・・・・・・・・・・・で、気を取り直して・・・・・世間一般ではどうなのか分かりませんが、少なくともPrescott先生ご本人は対数変換したGDPにH-Pフィルターをかけているようです。というのはKydland and Prescott (1990)に以下のように書いてあるからです。
(H-Pフィルターについて説明した後に)
"We found that if the time series are quarterly, a value of ¥lambda = 1600 is reasonable. With this value, the implied trend path for the logarithm of real GNP is close to the one that students of business cycles and growth would draw through a plot of the series (以下略)"(Kydland and Prescott (1990)のpp. 7、第2パラグラフ)。1990年の論文なので、GDPじゃなくてGNPになってますが・・・
それとwikipedia (英語版)にも"logarithms of a time series variable"と書いてあるので、対数変換した値にH-Pフィルターをかけるのがよくあるやり方なのではないかと思います。
[参考文献]
Finn E. Kydland & Edward C. Prescott, 1990. ”Business cycles: real facts and a monetary myth," Quarterly Review, Federal Reserve Bank of Minneapolis, issue Spr, pages 3-18.
Hodrick-Prescott filter - Wikipedia, the free encyclopedia