[GOFのFI幹細胞の件11]
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In the spring of 2012, Vacanti, Obokata, and Wakayama made their first submission to Nature. The journal rejected their manuscript, arguing that they had failed to prove that the cells had converted: perhaps they had simply isolated other stemlike cells within the tissue, or perhaps the samples had been contaminated with embryonic stem cells. Reviewers at Cell and at Science concurred.
[GOFのFI幹細胞の件12]
“The bar to say you’ve demonstrated your hypothesis is correct is very high for those journals,” Vacanti says. “It’s a lower bar for other journals. Do you decide to try to jump over a lower bar or do you jump higher?”
[桂報告の矛盾3]
レター論文で公共データ登録紹介されている分は以下です。
RNA-seq and ChIP-seq files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430, SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435.
実際に登録されているデータはもっと多いですが、ナンバーの後ろにアスタリスクのあるものとこのレターの紹介と一致している。 ただしSAMN02393433だけはつけ忘れられている。
[桂報告の矛盾8]
⑦⑧は当然GOF由来FI-SCで論文のメインの論旨を構成している物証なんですからこれを登録するのは当たり前です。そこにCD1がコンタミしていると最初に主張したのが遠藤さんです。これで小保方さんの捏造を示唆したんですね。でもこれはExtended Data Figure 5-e,fで使われた試料を解析に出したからなんですね。ここに出たCD1はESで、そこで検出されたElf5はESから発現していたElf5だと私は申し上げていて、これを確認するのは簡単で熊本大学におられる丹羽さんに聞けばいいだけです。でも電話しても彼は答えないと思いますよ。理由はもう皆さんお分かりの通りで、業界ではもう空気を読めと言うことになっちゃってるんですよね。これが日本人の長所でもあり弱点でもある和をもって尊しと為すなんでしょうね。小保方さんとヴァカンティ、小島さんたちは今のところその犠牲者ということです。以上です。深いところのあそこに戻ります。
[Oct4-GFP蛍光8]
これだけのことは押さえたうえで、Extended Data Figure 5-e,fの問題を考えようということです。最初に考えなければならない問題は、e,fで使用されたFI-SCはc,dで使われたものと同じ株であるのかということです。もし違う株を使ってると話が変わる。でも普通の科学者ならたくさん培養した同じ株を使うでしょ。同じ株だったら中段左の白矢印の先は光ってないとおかしい。cの下段は光ってるではないか。まずはその原因から考えることになる。私は結論は持っていないんです。ロゴスの導くままに推論するだけです。次回にします。以上です。
レター論文の最後に書かれていることね。
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As for STAP-cell-derived Fgf4-induced stem cells, which can also contribute to both embryonic and placental tissues, our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and trophoblast-stem-like cells in the culture. Collectively, our study indicates that STAP-based conversion can reprogram somatic cells to acquire not only pluripotency but also the ability of trophoblast differentiation.
<our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly
indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely
to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and
trophoblast-stem-like cells in the culture. >という部分がこの実験の
意味するところなんだね。誤解してたよな。
<The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct
from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive
and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or
ES cells (which could expain the occasional Nanog positive cells). >の部分は
<STAP cell-derived TS-like cells=FI-SC>のことを論じている。<ＳＴＡＰ実験全体>の
話ではない。
[学さんへの返事10]
(続き)
>>
The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or ES cells (which could expain the occasional Nanog positive cells).
いや、今送ってきたよ。
>>
[培地の違い1]
>>学さん
前回の続きです、まず以下はレター論文の最後の二つの文章です。
>>
As for STAP-cell-derived Fgf4-induced stem cells, which can also contribute to both embryonic and placental tissues, our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and trophoblast-stem-like cells in the culture.
[培地の違い2]
(続き)
Collectively, our study indicates that STAP-based conversion can reprogram somatic cells to acquire not only pluripotency but also the ability of trophoblast differentiation.
[培地の違い4]
それに対して、Extended Data Figure 5-c,dの培地は何なのか。リジェンドには以下のようにある。
>>
a–f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells. Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h. JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b).
[培地の違い5]
(続き)
The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments). Scale bar, 100 μm.
[培地の違い7]
ではe,fの培地は何なんでしょうかね。リジェンドは以下です。
>>
e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells).
[培地の違い8]
（続き)
Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).
[培地の違い11]
Extended Data Figure 5-cのFI-SCのOct4-GFPが蛍光しているのに、5-eのOct4-GFPが蛍光していないのは、前者の培地がES培地であり、後者の培地がTS培地だからだということです。前者は査読者の求めに応じて、まずES-like転換後のFI-SCにJAKiを添加してES細胞でないことを示したもの。後者は、TS培地の中でTS-like転換されているFI-SCのOct4-GFP蛍光がなく、混ぜているES細胞ではOct4-GFP蛍光があり、JAKi添加後では消えるという違いを示しているものです。
[培地の違い12]
論文のリジェンドの説明では培地の違いが分かりにくいですね。ど素人には理解しにくい。でも、本文の説明をよく読めば、 <our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and trophoblast-stem-like cells in the culture. >の実験ってExtended Data Figure 5-e,fの実験では無いかと気づけますね。
デイナの記事はそこに繋がっているのね。
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“The bar to say you’ve demonstrated your hypothesis is correct is very high for those journals,” Vacanti says. “It’s a lower bar for other journals. Do you decide to try to jump over a lower bar or do you jump higher?”
[希望4]
小保方さんによる学生のGOF-ES使用の捏造はExtended Data Figure 7-bのGOF由来キメラの存在によって否定されたと同時に、若山さんのGLSを使った中身入れ替えも否定された。そしてキメラは出来ている。本物である可能性は否定されていませんね。無論若山さんの作ったntESであった可能性も否定されていませんけどね。どうでしょう。以上です。
②がキメラ作成不可ですと桂報告書の論理ですと②を使っていると言ってることになるExtended Data Figure 7-bのキメラのできていることと矛盾します。③と④のキメラはいずれにせよ論文には表れていませんよね。
カツラ報告書の<５）マウス個体で X 染色体上に上記のように大きな構造異常が生じた場合、その染色体 は世代を超えて安定に維持されないこと>は、とりあえずそういうESであってもキメラは出来ると考えていいのですかね。以上です。
Extended Data Figure 7-bのキメラを作ったEDF7b-ORIGIN-CELLsは存在しています。GLS1-11を作ったGLS-ORIGIN-CELLs(X染色体異常あり)も存在しています。Aの場合両者は別の細胞です。Bの場合は同じであることもあり得るし、別の細胞でもあり得る。でもどのケースでも論文通りのSTAP細胞であることはできません。論文通りであるということは両者が同じであることを意味しますが、STAP細胞は(X染色体異常あり)であることはできないのでした。
その返事は昨日貼っといた。
>>
a
御批判有難うございます。なかなかそこまで深く入ってくれる人も少ないんです。助かります。一人でやってるとどうしても見落としが多くなりますからね。かといってあまり調べたり考えたりしてない人と討論してもこっちばかり説明する羽目になって時間のロスが大きい。
まず問い合わせの件です。
d
小保方さんは他のチューブに関しては、■■さん、もしくは■■氏と書いていて、呼び捨てはないんですね。それに例えば糸井由来→小保方も変ですよね。ここの■■は学生という文字かも知れない。ただ、DORAさんご指摘の如く<2011年5月26日〜同年10月31日>と桂報告は書いているんですから、そこは当然実験ノートを確認してますよね。ただ、正確にいつ小保方さんにあげたのかは桂報告の書き方は曖昧ですね。ただ、<この期間に>と書いてますから、そこは確認しているのではないですか。
松崎氏が調査のために保管部署からの許可を得て102番を持ち出したのは2014/8/1で、桂報告書がGOF ESと呼んでいるサンプルは、中身の問題はともかく、これ以外ではありません。この中身とGLS1-13の全てに全く同じ<X 染色体上の構造異常（大きな欠失＋末端重複逆位接続）>があったというのが事実なら、このGLS-1-13が真正のSTAP由来でないのは論理の導く結論です。
e
ですから問題は、GOF-ESと、GLS1-13及びそこから小保方さんの株分けしたものも含めた全ての株に、共通の<X 染色体上の構造異常（大きな欠失＋末端重複逆位接続）>があったというのが事実なのかということですね。
GLS1-13及びそこから小保方さんの株分けしたものも含めた全ての株、株数にして26株ですが、松崎氏が2014/10/21に持ち出して調べたことだけははっきりしています。ただし、その中の木星リスト28番と38番は丹羽さんが2014/4/22に持ち出して核型解析させて、その結果はDORAさんのブログにアップされていますね。その分を松崎氏がもう一度取り寄せて調べたかどうかはわかりません。実質24株持ち出した記録は残されているわけです。
f
STAP細胞というのはたくさんの酸浴細胞なので、酸浴させた所為で仮に1個に遺伝子異常ができても同じ異常は一個です。キメラの場合はたくさん入れるので他に入れた細胞がキメラになれば問題ない。幹細胞化の実験でもたくさんある酸浴細胞を分割してたくさんのシャーレに入れてできたものがGLS1-13なんだから樹立されたと判断した時点で、すべてのラインに同じ遺伝子異常があることもあり得ないし、その後の継代によっても全ラインに同じ遺伝子異常が入るなんてことはありません。あり得るのは元が遺伝子異常の入っている学生のくれたES細胞群か、若山さんの作った小保方核使用ntES群からの株分けであるかしかないですよね。
g
Extended Data Figure 7-bのキメラを作った時の由来細胞は論文どおりのSTAP細胞ではあり得ない。なぜならば、論文のSTAP細胞は(X染色体異常なし)のGOFマウスから直接酸浴で作られていることになっていて、そのキメラを作った余りの細胞を沢山のシャーレで培養して13ライン樹立されたものがGLS1-13であるのならシャーレに分割される前の塊の細胞であるGLS-ORIGIN-CELLsは各細胞がすべて同じ(X染色体異常あり)であったということはあり得ないし、その後の継代ですべてに同じ異常が入るということもあり得ないからである。
h
論文通りのキメラは出来ていない。上の証明を覆すためには、DORAさんのおっしゃるように、前提となっている命題を否定しないといけない。その命題は以下ですね。
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GOF-ESと、GLS1-13及びそこから小保方さんの株分けしたものも含めた全ての株に、共通の<X 染色体上の構造異常（大きな欠失＋末端重複逆位接続）>があった
大事なところなので、もう一度考え直しましょう。
ティシュー論文のマテメソに<BM, spinal cord (ectoderm), muscle (mesoderm), and lung(endoderm) were collected from 3- to 4-week-old and 12-week-old C57BL/6J mice (Jackson Laboratory). >とあります。博論でも同様の記述がその草稿のマテメソにあったはずだということを示す<Bone marrow, lung, muscle and spinal cord tissues were procured from 3- to 4-week-old C57BL/6J mice as described below. >という一文があるので、まず、小保方さんがＢ6の毛色を見慣れているということはよろしいですね。
