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STAP問題の全解に向けて、その13

1:2017/11/12(日) 08:13:20
イェイ。

127ドクター・ワトソン:2017/11/15(水) 09:09:10
C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29)はGLSとGLの事ではないよ。驚かないかい?
>>
We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.

数数えててね。んじゃ、また。

12855555:2017/11/15(水) 15:54:16
htp://bit.do/dTkrs

129在原業平:2017/11/15(水) 17:24:11
小町ちゃん、ジンライムね。

130小野小町:2017/11/15(水) 17:27:05
お気に入りブログが更新されて忙しくなったわね。とりあえず今日の一番の出来事は
和モガさんが分析結果の一部についていくらかでも説明を始めたということなんでしょ。

131在原業平:2017/11/15(水) 17:42:39
そうだよ。「僕のマウス」ESと「僕のマウス」STAP細胞FLSは違ってるぞという報告だ。
「僕のマウス」ESはGFPホモなんでそうであるかどうかをまずホモを確認しないといけない。
次に「僕のマウス」ESが捏造に使われたF1のSTAPはFLS-Tなんで、FLS-T解析結果が必要だ。
更に、STAP側はFLSであるかFLS-Tであるかのどちらかなので、どちらであるかは
太田ESを調べないといけない。で、ここからはまだ何も言えない。ただ事実が報告されているだけだ。

132小野小町:2017/11/15(水) 17:43:23
事実が大事なのね。

133在原業平:2017/11/15(水) 17:44:24
そうだ。何事も最初はファクトファインディングから始まる。

134小野小町:2017/11/15(水) 17:51:04
分析された試料がどういうものかの追跡は今私たちが行っていることで、
最終的には小保方さんがGRASに提出した試料の出処を解明するのが
ゴールね。その時重要なのはSTAP細胞は小保方さんが作れるがSTAP幹細胞と
FI幹細胞は小保方さんは作れないので幹細胞の提供者は若山さんということね。
それとSTAP細胞を作ったのは彼女だが、マウスの提供とSTAP細胞を受け取った
後の処理は若山さんということね。パズルを解くときのヒントになるわね。

135在原業平:2017/11/15(水) 17:54:06
そういうことだ。その上に彼はこの辺りで逃げる準備をしているという条件が
加わる。3手の読みで止めてはいけないぜ。4手まで読む。

136小野小町:2017/11/15(水) 17:55:34
根本さんは特許の件が11月が一つの山場になるとおっしゃってるわね。

137在原業平:2017/11/15(水) 18:02:17
彼女がエイプリルフール先生の存在に気づいてから彼女の心は徐々に
晴れ晴れしてきているのが感じられる。一番のトゲが抜けたんだろうね。
今回のピーチ姫には笑ってしまったが、手記にあった憎しみはもう消えているね。
分かってしまったら彼女は当事者だからね。我々部外者なんかとは比較にならないくらい
深く分かってしまうはずだよ。それに今彼女は落ち着いて理研時代のメールを
読んでるだろうからね。それと米国とは常にコンタクトを取っているはずだ。
それは根本さんの情報伴関係しているかも知れないよ。

138小野小町:2017/11/15(水) 18:14:20
で、C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29)の謎に戻るのね。そしてその後
FLS-Tの謎に行って第三者は無いと納得したら、サランデル氏の話しと更に
もう一度テラトーマの問題に戻るのね。

139在原業平:2017/11/15(水) 18:17:57
論文じゃないからね。結論を得てから書くんじゃない。考えている過程を書いて
仲間も読んでいるということも意識して時々リビューしてる。本当は1人だったら
トコトン迷路の中をさまよい歩きたいところだよね。でも時々思考の筋を示して
置かないとOoboeさんから苦情が入るからな。

140小野小町:2017/11/15(水) 18:20:22
将棋指しってそうやってさ迷い歩くのが楽しい人たちなんでしょうね。きっと。
延々五時間くらい考えてる時ってあるわね。

141在原業平:2017/11/15(水) 18:24:39
彼らは商売なんだよ。勝負だから形成判断を間違えた方が負けるんだ。負けたら
食っていけなくなる厳しい世界だよ。釣りが楽しいのはアマチュアなんで、漁師は
釣れないと生活できなくなる。アマチュアの釣り師はプロには絶対にかなわないね。

142孤舟:2017/11/15(水) 18:31:52
アマチュアと言うのは別に自分の生活のためのプロフェッショナルな世界を持ってる。
だれだって生活はしているんでね。互いに人の世界で息抜きするのが楽しいんだろ。
人の世界なら無責任で居られる。昔漁師に聞いたよ。生活がかかって無かったら
漁師でも釣りは面白いって。アマチュアが釣りを面白いと思うのは当たり前だよ。ははは。

143小野小町:2017/11/15(水) 18:34:21
あたしたちのはアマチュアの便所の落書きなのね。無責任に考えるのは楽しいと。

144ドクター・ワトソン:2017/11/15(水) 18:37:31
STAP-SC 2011/11/25 GOF(B6) Chimera embryos x 10 8 GL-1 to -8 *GL:GOF lymphocyte
STAP-SC 2012/1/31 GOF(B6) 2STAP/WELL x 13 13 GLS-1 to -13

数が合わないと。これって面白いか。

145シャーロック・ホームズ:2017/11/15(水) 18:41:34
GLは8of10
GLSは13of13だね。

C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29)って何だい。

146ドクター・ワトソン:2017/11/15(水) 18:43:29
GLの8of10がある限り29of29には絶対にならないからGLは数えられていない。
ということは別に16of16のGOFのSTAPがあるということだね。

147ドクター・ワトソン:2017/11/15(水) 18:44:50
GOFのSTAPがあるということだね。

GOFのSTAP幹細胞があるということだね。

148小野小町:2017/11/15(水) 18:59:52
虎ノ門の時間よ。

youtube.com/watch?v=LC_XM4l1DHo

149ドクター・ワトソン:2017/11/15(水) 19:02:40
キメラが作られているんだよ。
>>
We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.

150シャーロック・ホームズ:2017/11/15(水) 19:07:41
ワトソン、明日にしようってさ。

151自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2017/11/16(木) 00:17:18
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

152在原業平:2017/11/16(木) 08:16:56
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。💪

153小野小町:2017/11/16(木) 08:19:49
朝から張り切っても今日は車の点検で書き込み時間はないんでしょ。

154ドクター・ワトソン:2017/11/16(木) 08:22:31
早く始めとくれ。
>>
We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.

155翻訳機:2017/11/16(木) 08:31:55
我々はSTAP細胞塊からSTAP幹細胞を樹立するために以下の3つの異なる遺伝的背景のマウスを試した結果、再現性のある樹立データを観察した:Oct4-gfpの挿入されたC57BL / 6(29の29)、Rosa26-gfpの挿入された129/Sv (2の2)およびcag-gfpの挿入された129 / Sv×C57BL / 6(12の16)。 これらの全ての遺伝的背景を有するSTAP幹細胞はキメラ形成能を示した。

156シャーロック・ホームズ:2017/11/16(木) 08:40:01
①Oct4-gfpの挿入されたC57BL / 6(29の29)
②Rosa26-gfpの挿入された129/Sv (2の2)
③cag-gfpの挿入された129 / Sv×C57BL / 6(12の16)
の三つだね。三つともすべてキメラ実験も同時に行われているんだね。
まずは②だよね。
>>
なお、Article のメソッドに、129/Sv carrying Rosa26-gfp からキメラ寄与能を有する STAP 幹細胞が樹立された、との記述があるが、129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないことから、 これは誤記と考えられ、若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。

157ドクター・ワトソン:2017/11/16(木) 08:48:50
AC129の樹立開始は2012/8/13だからね。我々の推測では若山さんは一方で
既に逃げる準備もしていると考えてる。ここからは「僕のマウス」ESが出たんで、
これを第三者が行うのは難しいと書いたね。これは若山さんなんだよ。自作自演だ。
この後にもう一度今度はFLS-Tを作るよね。これにも「僕のマウス」ESが入っていた。
ここはいざとなったら小保方さんの所為にして逃げる準備なんで、小保方核を使って
ntESの実験を行っていることを黙っていたというような段階ではないよね。

158一言居士:2017/11/16(木) 09:01:41
僕は以前Rosa26-gfpマウスを使った丹羽さんの論文を見たように記憶している。
彼は再現実験でうまくいけばTCR再構成の確認手法でなくこちらを使おうとしていた。
ムーさんの開発した手法だね。彼は既に自分で試していたはずだ。そうでないと
再現実験で自信をもって使えないからね。だから<129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは
理研 CDB に導入された記録や飼育記録はない>というところはまたもそのような129/Svは
無いという意味に限定しないといけないんじゃないかな。別の系統マウスのローザはあるんだよ。
小保方さん犯人説で追っていた時にはこの桂報告は絶対的に信じるという方針だったが
今や、逆に桂報告はある意図をもってとてもレトリカルに書かれているいかがわしい
文書だと思ってるよ。

159閲覧者:2017/11/16(木) 09:04:29
そうだね。文献を読むときにはニーチェの言うように昆虫の複眼のようにあちこちから
じろじろと見つめなくちゃいけないんだよな。我々はトンボになんなくっちゃな。
でも、小保方さんがなぜ
②Rosa26-gfpの挿入された129/Sv (2の2)
と書いたかの理由はちゃんと考えないといけないぜ。

160孤舟:2017/11/16(木) 09:05:40
おっと、トヨペットに行かないと。時間だ。

161ジム ◆L2homMtBOk:2017/11/16(木) 13:11:12
>>115
>でも梨狩りさんとかピーチ姫とか、あだ名のつけ方にユーモアが感じられるね。

梨狩りさんってあだ名なの?
だったら本名は?

162:2017/11/16(木) 18:08:35
ジムさんとはコンタクト取ってないふりをしてようと思ったけどさすがに
笑ったんで、お返事差し上げましょう。実は僕もずっと不注意で如何にもありそうな
姓なので本名だと思ってたんだけど、ある時ふと<梨狩>でなく<梨狩り>と書かれている
ことに気づきました。そうか本名なんか書くわけないなとその時に自分の迂闊さにも
気づいたんです。きっと所内の旅行で梨狩りに行ったときに仲良くなった女性事務員さんでは
ないでしょうかね。

163ジム ◆L2homMtBOk:2017/11/16(木) 18:34:47
>>162

なるほど!
しかし身内にしかわからんネタですね(笑)

164ジム ◆L2homMtBOk:2017/11/16(木) 20:02:15
デル先生は、デルパソコンを使っている医者だとすぐイメージできたが、理研の梨狩りさんと唐突に書いてあったので、今まで気がつかなかった
しかし読み手には、「理研の事務の方」と書けば意味が充分に通るのだが、そこは小保方さんならではのユニークさなのだろう(笑)

165名無しさん:2017/11/16(木) 20:56:21
yahooさん ちょっと前から私のblogで障害発生のようだが、早く直して。by Ts.Marker

166名無しさん:2017/11/16(木) 21:18:59
がんばれ、負けるなyahoo!

167自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2017/11/16(木) 23:34:22
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

168在原業平:2017/11/17(金) 07:51:31
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

169在原業平:2017/11/17(金) 08:03:18
お気に入りは変化なしよ。DORAさんが捏造教唆説を強く主張されているわね。
Tsさんのとこは大変みたい。
>>
阿塁未央児‏&nbsp;
@aruimiouji
Tsさんのブログにアクセスしようとしたら、接続不可になっている。
ん〜〜〜っ……。
別に、誰も被害妄想なことなんて言いたくはないんだけれど……ちょっと心配はしてしまう。ハッキングとか全然知らないからな……。
学習しておこうかな???。
勿論、「防衛」のためです。
>>
23. Ts.Marker 2017年11月16日 21:45
サイトへの攻撃って?
24. Ts.Marker 2017年11月16日 21:47
ケーブルはずしたが、遅かったかな

170在原業平:2017/11/17(金) 08:08:00
小町ちゃん、僕の名前で書き込まないでね。阿塁未央児‏氏のツイッターは12時間前だ。
昨日の夜10時前後だね。ここへの書き込み、阿塁未央児‏氏のツイッター、救う会ブログでの返答かな。
>>
165 :名無しさん :2017/11/16(木) 20:56:21
yahooさん ちょっと前から私のblogで障害発生のようだが、早く直して。by Ts.Marker

171小野小町:2017/11/17(金) 08:13:15
ここへの書き込み、救う会ブログでの返答、阿塁未央児‏氏のツイッターかもよ。
ヤフー側の問題ならケーブル外しても関係ないわね。自分の方側の問題も考えた
ということでしょ。書き込みはスマホかしらね。

172在原業平:2017/11/17(金) 08:22:14
誰かの妨害と言うことはないでしょう。こんなことしてたら逆に疑われてしまう。
ヤフーに修復を任せておいて原因を教えてもらうしかなさそうだね。
片目の眼鏡でビッコの小人女は撤収するなんて言ってるぞ。
>>
この問題に口を出し始めたとき、最も心配していたのは、若山氏ら関係者への誤解や中傷です。今はもう閾値を下回り、心配なくなったと感じます。誰も気にしない場所で、おかしな人たちがぶつぶつ言っているだけです。正統な方法で説明責任を果たし、過ちを正した人が認められる世の中に、信頼が持てるようになりました。若山氏が名誉棄損の訴えに動くときに助けにならないかと、Web上のログを取り続けてきました。それも役に立つことはなさそうです。しかし、これらは私の主観であって、何か具体的な成果があったわけではありません。

173小野小町:2017/11/17(金) 08:27:43
あら、あの人まだ居たの?研究者ブログで終わった終わった誰も関心持ってない
なんて仲間でワイワイ言ってたじゃないの。<今はもう閾値を下回り>って、
終わったところからまだ下がり続けていたの?婦人公論なんて男もこっそり
読んでるわよねえ。

174在原業平:2017/11/17(金) 08:31:31
我々は彼女は犯人の仲間だと思ってるからね。逃がさないぜ。同じ思いの人もあるみたいだね。
>>
4511. あのくたら 2017年11月17日 03:33
感想さん、嘘はいけないよ。若山氏の中傷を心配するほど利他的な心があるなら、あなたが回答すべきことは、まだ残ってるのでは?

175ヘーゲル:2017/11/17(金) 08:33:16
本題頼むぜ。

176カール・ヤスパース:2017/11/17(金) 08:34:17
本題、何でしたっけ?

177デラ・ストリート:2017/11/17(金) 08:36:27
はい、ここからよ。
>>
We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.
我々はSTAP細胞塊からSTAP幹細胞を樹立するために以下の3つの異なる遺伝的背景のマウスを試した結果、再現性のある樹立データを観察した:Oct4-gfpの挿入されたC57BL / 6(29の29)、Rosa26-gfpの挿入された129/Sv (2の2)およびcag-gfpの挿入された129 / Sv×C57BL / 6(16の12)。 これらの全ての遺伝的背景を有するSTAP幹細胞はキメラ形成能を示した。

178ペリー・メイスン:2017/11/17(金) 08:46:05
まずは数の問題だったね。
①C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29)
②129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2)
③129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16)

若山さんの持ち出しリストのGOF由来幹細胞は以下だ。
1.GLS(13 of 13)
2.GL(8 of 10)
計(21 of 23)

179小野小町:2017/11/17(金) 08:52:54
<①C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29)>は失敗無しの樹立だから<2.GL(8 of 10)>は
カウントされていなくて、もう一つ別に(16 of 16)の実験があったか、もしくは小保方さんは
あったと聞いているということになるのね。そうでないと(29 of 29)にならないとということね。

180ペリー・メイスン:2017/11/17(金) 08:59:12
そうだ。②は後回しにして③を先にやると、これは少なくともFLSの実験は
当然入っている。持ち出しリストでは以下だね。
3.FLF(8 of 12)
逆残すると(4 of 4)がどこかに無ければならない。

181小野小町:2017/11/17(金) 09:02:48
4.FLS-T(2 of 3)
5.FLB(8 of 18)

のどちらも該当しない別の実験があるということね。桂報告は何を調べているのかしらね。

182小野小町:2017/11/17(金) 09:07:41
事実の確認をしようと言う気がさらさらないと思われても仕方ないだろうね。
②に戻るとローザの件を外すと、これだけはAC129と数が一致しているね。
6.AC129(2 of 2)

183小野小町:2017/11/17(金) 09:12:13
メイスンさん、私の名前で書き込まないでね。

①と③の実験数を確かめないで
②129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2)と6.AC129(2 of 2)は同じもので
小保方さんはローザの件を間違えたのだというのね。
>>
なお、Article のメソッドに、129/Sv carrying Rosa26-gfp からキメラ寄与能を有する STAP 幹細胞が樹立された、との記述があるが、129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないことから、 これは誤記と考えられ、若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。

184一言居士:2017/11/17(金) 09:22:25
129のローザが無いといういみだったよね。他の系統は無いわけではない。
それから<若山さんの説明によれば>と言うのは小保方さんの説明をは聞いてないということかな。
<可能性が高い<ということは確認できてないということだね。それからもっと重大なことは
<キメラ寄与能を有する STAP 幹細胞が樹立された>と言うところで、
②129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2)と6.AC129(2 of 2)がおなじものなら
ここからはキメラも作られているということだ。幹細胞は「僕のマウス」ESだったのなら
キメラは白色で無かったという事だよね。そもそもキメラのリシピエントは白色のICRでしょ。
白に白のキメラを作るというのはGFP判断だけだよね。そこに色のついているのが生まれたら
分かるでしょ。若山研の129/Svはチンチラではなくて白だったよね。記者会見で「僕のマウス」の
説明をしたとき母親は図解で白だったよね。このAC129は持ち出しリストで129/Sv-GFPと
書かれている。「僕のマウス」の母親だよね。

185ペリー・メイスン:2017/11/17(金) 09:42:35
分からないことが多すぎるよね。調べるべきことで調べられるものを
調べていないというところに意図を感じさせるね。
ところで、全体の事実関係がこれだけ曖昧なところで検討のしようも
ないところだけれども、どうして小保方さんは129/Sv carrying Rosa26-gfp と
書いたのだろうかね。彼女はありもしないマウスストレーンを書く動機がないね。

186デラ・ストリート:2017/11/17(金) 09:51:10
①誰かが(若山さんが)129/Sv carrying Rosa26-gfpだと言って、事実129/Sv carrying Rosa26-gfpを渡した。
②誰かが(若山さんが)129/Sv carrying Rosa26-gfpだと言って、実際には129/Sv-CAGを渡した。
③渡されたマウスは129/Sv-CAGだったし、聞いていた話も同じだったが、小保方さんのワープロの学習機能が129と入れた時に129/Sv carrying Rosa26-gfpと変換した。

187一言居士:2017/11/17(金) 10:03:08
我々はこのコンタミを若山さんが万が一に備えて小保方さんの捏造を装うために
行ったマッチポンプのコンタミだと思っている。
①結論的にこの幹細胞はコントロールの「僕のマウス」ESであった。
②若山さんは小保方さんに白の何かのマウスを渡してSTAP細胞を作らせて、それを廃棄し129B6F1ESと取り替えAC129と名付けた。
あたかも129/Svからも幹細胞ができたと装い、後に発覚した時にここから「僕のマウス」ESがでることによって小保方さんが
自分がコントロールのために作って渡していたESを使って捏造したと思わせたかったわけだ。

188閲覧者:2017/11/17(金) 10:12:11
錯綜しているよね。事実が確定されてないことが多いからだね。そもそも渡されたマウスが
129/Sv carrying Rosa26-gfpだったとして、若山さんはどうしてそんなマウスを渡すのかな。
これは細胞の追跡システムなんだから、若山さんは丹羽さんと同じ発想でTCR再構成手法でなく
くれシステムをやってみようとしたということになるね。TCR再構成の追跡法は確率があって
何度もやらないと引っかかってこない可能性がある。TCR再構成のあるものを一つでも見つければ
それは証明されたということになるんだけど、見つからないということはその否定を意味しないんだね。
これが笹井さんなんかがTCR再構成が無かったのを消えたと解釈して、再確認しなかった理由だね。
時間が無かったんだよね。特許の本申請の期限が迫っていた。この手法は若山さんのメンターの西川さんの
アドバイス何で、こんなクレ追跡をやってみようとしたなんて隠したいことの可能性もあるかな。

189小野小町:2017/11/17(金) 10:16:45
その可能性に関しては桂報告の若山さんの実験ノート参照したらしい以下の記述が参考になるかな。
>>
STAP 幹細胞株樹立に遺伝的背景が及ぼす影響を調べる実験が、若山氏により 2012 年 夏から秋にかけて行われ、2012 年 9 月 4 日に STAP 幹細胞 AC129-1 および AC129-2 が樹 立された。若山氏が交配した 129/Sv-CAG-GFP マウス(CAG-GFP 遺伝子が第 18 染色体に挿 入されたホモ接合体)由来の脾臓 CD45 陽性細胞を材料とし、小保方氏が STAP 細胞を作 製し、それを用いて若山氏が STAP 幹細胞として AC129 を樹立した。

190一言居士:2017/11/17(金) 10:29:39
細胞リストでは樹立開始日は2012/8/13だね。2012/9/4凍結なんだね。22日間、
3日計算でも7継代だね。それで出来たと。キメラ胚を作る時期と同時培養開始なんだから
胎児でも新生児でも2012/8/9/4までには確認できてると。本当にCAGならどちらでも
紫外線を当てれば蛍光するから分かるね。毛色で判断するなら生まれさせないと
分からない。すべてを帝王切開するわけもないんで残りは生ませてるよね。すると
ICRをリシピエントに使っていたら全部白が生まれるはずだけど、桂報告では
これは「僕のマウス」ESだったんでしょ。すると最初からのコンタミなら色のついた
キメラが生まれていたはずだよ。その時点で分かったはずだ。でもそのことに
気づかなかった理由に全部白だったという可能性もある。そして紫外線を当てたら
全部ところどころに緑色蛍光があったと。にもかかわらず、幹細胞AC129だけが
「僕のマウス」ESだということになると、今度は中身を入れ替えたのだという可能性も
出てくるんだね。

191閲覧者:2017/11/17(金) 10:36:29
まあ、我々はキメラを作ったというのも若山さんの嘘だと思ってるけどね。
小保方さんは言われたとおりに書いて困ることは何もないわけだ。だから
①129/Sv carrying Rosa26-gfpと誰かが言った。
②ワープロの学習機能付き返還によるミスタイプ。
の二つを考えたらいいんじゃないか。この変換ミスや切り貼りのミスは我々は
ティシュー論文の文章検討ではっきり知ってるからね。小保方さんはそういうところは几帳面さが無い。

192在原業平:2017/11/17(金) 10:43:40
丹羽さんがメンターについてから彼女はTCR再構成の話題で丹羽さんと笹井さんが
議論しているのを横で聞いているよね。その話の中でクレシステムの話しも出でいて
おかしくない。小保方さんがそれを勉強する過程や、ハーバードへの日報で
129/Sv carrying Rosa26-gfpと打ち込んだ過去があると129/Sv carrying 程度で
自動的に129/Sv carrying Rosa26-gfpと変換されてうっかり気づかないということも
ありうるよね。これは我々でも経験するところだ。

193一言居士:2017/11/17(金) 10:56:33
僕はその蓋然性が一番強いと思っている。でも、そうだとするとそれはただ
②129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2)と6.AC129(2 of 2)は同じものだという説明に
都合がいいだけで、では
①C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29)
③129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16)
の数のデイスクレはどうなってるのか、②だけが数があってるから同じものなんだと
安易に言えるのかな。

194一言居士:2017/11/17(金) 10:58:58
彼女は2012/11/10前後にはアメリカに帰ってしまうのね。2012/9/4って微妙な時期なのね。

195一言居士:2017/11/17(金) 11:06:05
あれ、小町さん、僕の名前で書き込まないで。
彼女の論文は2012/8/21に正式にサイエンスから拒絶されて三誌拒絶が決定した。
この三誌の論文は酸浴でOct4-GFP細胞ができて、それをナイフカットでキメラ胚に
入れたらキメラができたというもので、査読者たちはそれはESのクロスコンタミだよと
一蹴したんだよね。STAP幹細胞だとかFI幹細胞の論文なんかまだ全く書かれていないね。

196ペリー・メイスン:2017/11/17(金) 11:16:05
我々は今第三者犯人説なんて成り立たないという証明をしようとしているんだよね。
そこはいいよね。AC129を作るとき第三者が「僕のマウス」ESを入れたら若山さんが
キメラの生まれた時に気づくよね。犯人は小保方さんか若山さんだ。小保方さんは
生まれてくるキメラ子の毛色も考えずに入れたことになるね。若山さんが犯人だったときは
そもそもなんでもありだね。全部分かってやっていることだ。で、GOFに戻ろう。
>>
①C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29)
1.GLS(13 of 13)
2.GL(8 of 10)
計(21 of 23)

197シャーロック・ホームズ:2017/11/17(金) 11:22:05
①は全部樹立なので2は入らない。従って別に(16 of 16)の実験があったと
いうことになる。小保方さんはSTAP細胞を作って渡しているから、その都度
若山さんから結果を聞くことになる。我々はntES論なんで小保方さんが作った
GOF由来STAP細胞は捨てられていて別の実験に使われることはあっても、
幹細胞作製やキメラ作製には使われていないと考えているんだよね。そもそも
小保方さんの細胞ではできやしない。

198ドクター・ワトソン:2017/11/17(金) 11:29:46
しかし、若山さんは小保方細胞核のntES化なんて話していないから、彼女の作ってきた
細胞を受け取る都度、その結果を言わないといけないね。それが
<1.GLS(13 of 13)>と未知の(16 of 16)なんだね。小保方さんは少なくとも
2012年以降2度GOF由来STAP細胞を幹細胞作製のために渡しているということだね。
しかも、テラトーマ実験も12/27Haruko以外に行っているからそれもGOF由来STAPだね。

199小野小町:2017/11/17(金) 11:32:25
<未知の(16 of 16)>の幹細胞もキメラも現在どこにも残されていないのね。

200在原業平:2017/11/17(金) 11:44:23
我々が知っているC57BL/6 carrying Oct4-gfp のSTAP関連実験は以下だ。
①BL6(oct4-gfp)7days
②BL6(oct4-gfp)10days
③GLS(13 of 13)
④GL(8 of 10)
⑤未知の(16 of 16)
①②は同時に④を樹立したときの実験だと思うんだけどね。

201小野小町:2017/11/17(金) 11:47:24
7daysと10daysの違いは新生児ほどキメラができやすいという証明に使われているのね。
これって新生児の方がGFPの蛍光細胞が多くできたという手記の記載とはまた別の
証明なのね。

202一言居士:2017/11/17(金) 11:59:22
キメラができた時には常に同時に幹細胞が樹立されている。添い所の成功時からそうだ。
いま残っているGOF由来STAP幹細胞はGLで2012/11/25樹立開始だ。このときに使われた
STAP細胞は当然キメラも作られている。それが
①BL6(oct4-gfp)7days
②BL6(oct4-gfp)10days
ということになる。ただし、これらのSTAP由来キメラに後の実験の分も
加えられているかどうかは分からない。作られたキメラ胚の数は
①73、②35だ。生まれた子は①35、②20で、そのうちキメラになってたのは
①24、②4だ。そのなかでもHigh contributionが①2、②0なんで、これが
2Nキメラの実験だと分かる。

203小野小町:2017/11/17(金) 12:04:02
言うまでもなくこれはGOFマウスなんでCAGは光らないわね。ICRのリシピエントにB6を
入れるんだからキメラの毛色は白と黒のぶちになるのね。後は目の色が黒だとキメラになってる
ということね。ICRはアルビノだから目にも色素が無くて血液の色が透けて赤なのね。

204一言居士:2017/11/17(金) 12:11:48
そういうことだね。これらの結果はアーティクルのExtended Data Figure7のbにある。
これは数からして一回の実験くさいかな。後のGLSを作った時のキメラ実験の結果も
加えられているようには思いにくいね。一つにはもう10daysはやらないだろうからね。
まして<未知の(16 of 16)>の時のキメラ実験の結果が加わっていたらこんな数ではないと
思われるよ。するとこの表は2011年の実験臭いよね。そこにB6GFPxDBA/2があるんだよね。
しかも罫線でそれだけがポツンと区分けされている。

205一言居士:2017/11/17(金) 13:15:28
因みにこの表の129/SvxB6GFPの2Nキメラ子20匹の兄妹交配の結果がc表なんだね。
個の20匹のキメラ子の雌雄ペアを5つ作ってジャームライントランスミッションを
確認している。これは明らかにインブリードしている。それが本文ではインタークロスも
したという表記になっている。

206小野小町:2017/11/17(金) 13:27:56
私たちの理解は以下ね。
①品種改良の手法としてのバッククロス(戻し交配=遺伝的親にかけ戻すこと)とインブリード(兄妹交配)という対の用語がある。ちなみに戻し交配は雄親を使うことが多い。それは無論出産効率がいいからである。売れるカブトムシのヘラクレスの角の品種改良や、競馬のサラブレッドの作成。
②近交系マウスを作るときに20世代以上のインブリードを行うが、そのときの交配系を
1.インクロス=同じ種類の相同遺伝子をホモにもつ個体どうしの交配型
2.アウトクロス=異なった相同遺伝子をホモにもつ個体どうしの交配型
3.バッククロス=ホモ接合体とヘテロ接合体との交配型
3.インタークロス=ヘテロ接合体どうしの交配型
の4つに分類し、世代を重ねていく毎に目的のインクロスが増えてくるという証明がグリーンによってなされた。

207在原業平:2017/11/17(金) 13:31:13
ど素人の悲しさだね。確信がないからなあ。でも、仮にこの理解が正しいとしたら
小保方さんのインタークロスもしたという言い方が何を意味するのかということだね。

208小野小町:2017/11/17(金) 13:35:08
小保方さんはSTAP細胞について言っていて、STAP幹細胞からのキメラの
ジャームライン実験について言ってるのではないわね。つまりこの表の
実験に関して言っている。これは行っていることはインブリードだわね。
>>
Because the number of CD45+ cells from a neonatal spleen was small, we mixed spleen cells from male and female mice for STAP cell conversion. To make germline transmission more efficient, we intercrossed chimaeras in some experiments.

209在原業平:2017/11/17(金) 14:07:53
キメラ子はキメラなので体の各部分がリシピエントのICRである部分と、ドナーである
129B6の部分とに分かれている。まず小保方さんの作ったSTAP細胞は雄雌が
混ざっているんでできてきたキメラのうち生殖細胞がドナー側になっていたものに
関しては雄雌両方の種類がある理屈だ。そして生殖細胞がICR側になっているものも
もともと受精卵の胚盤胞期や、8細胞期の、すでに卵割の始まっている細胞なので
雌雄二種類ある。
その組み合わせでペアを作るので、結果一匹でも黒毛の子孫が生まれたらジャーム
ライントランスミッションがあったということになる。子供ができても黒毛でなかったら
それはICR同士の子供ということになる。

210在原業平:2017/11/17(金) 14:14:01
あの掛け合わせもなんかすきっとしないよね。そもそもSTAP細胞にするときに
雄雌何対何かを書いておいて欲しいよね。
あの結果は出産されなかったものを覗いてB6のジャームライントランスミッションが
確認されたのは35%だね。でもその中でキメラ貢献度を考えた組み合わせが入っていて
29の0というのがあるからそれを除くと54%になる。どちらも半々の確率でひらうと
75%に黒が来ないといけないよね。ただ、ジャームライントランスミッションはあったのか
無かったのかという問題だけだったらあったんだよね。

211在原業平:2017/11/17(金) 14:17:50
一言居士さん、僕の名前で書き込まないで。
確かに専門家に言わせたら生ものは力学みたいにはスカッと行かないのだというような
弁明もあるのかも知れないけど、それならなおさらの事できるところはできるだけ厳密に
制約しておいてほしいよな。

212小野小町:2017/11/17(金) 14:23:59
でも問題はそこではないんでしょ。
we intercrossed chimaeras in some experiments.の意味ね。

213在原業平:2017/11/17(金) 14:51:16
日本語感覚として分かるのはキメラを異種交配させたという意味だね。但しその場合でも
異種交配させなかった実験では何をしたのか。つまりそれが戻し交配なのかということね。
でもその場合はバッククロスはgermline transmission を more efficientではないという
意味になるね。実際に行って居るのはインブリードで、厳密にはsib-matingだね。
インブリードは近親交配と言う意味だから厳密にはバッククロスも入るね。でも
日本のブリーダーの間ではバッククロスと言う特殊な交配法に対して兄妹交配に関してのみ
インブリードと意味を狭めて使っているみたいね。

214デラ・ストリート:2017/11/17(金) 14:57:17
intercrossって虎とライオンと掛け合わせる感覚だわね。でもこの場合は系統の違う
マウス同士のしかもキメラ形成している生殖器関係だけの異種交配なのね。なんか
紛らわしい使い方よね。それともともと受動態でしか使って無かった用法よね。
そこは今はこういう使い方もするということなんでしょうね。でもこれをグリーンの
定義に当てはめてヘテロ同士の掛け合わせとはいくら何でも解せないわね。そもそも
何がヘテロなのかがわからなくなる。

215小野小町:2017/11/17(金) 15:06:02
あなた方がここの解釈にこだわっているのは桂報告に4Nキメラを戻し交配した時
という言葉が入ることになる経緯に関して引っかかるものがあるからよね。
だったらこれからインタークロスでなかったらバッククロスなのかどうか、
そしてバッククロスだとインタークロスに対してジャームライントランスミッション実験の
効率が悪いという意味がどういうことなのかを考えてみればいいわけでしょ。

216ペリー・メイスン:2017/11/17(金) 15:18:32
小保方さんが厳密な専門用語としてこの言葉を使っていなくて、若山さんの戻し交配という
言葉を聞いてあれこれと理屈を考えた可能性があるということだよ。つまり、我々は
戻し交配という言葉は桂調査チームが初めて若山さんに問い合わせた結果苦肉の策で
若山さんがひねり出した答えだとしているんだけど、もしこのインタークロスの用法が
間違っていたとしてその原因が若山さんの言葉であったとしたら小保方さんは
戻し交配と言う言葉をあの時に既に聞いていたということになって、我々の推測が
間違っていたことになるんでしょ。

217シャーロック・ホームズ:2017/11/17(金) 15:24:26
何か確実な手掛かりが欲しいね。
>>
To make germline transmission more efficient, we intercrossed chimaeras in some experiments.

キメラをインタークロスさせない方法ではジャームライントランスミッション実験の項率が悪いと小保方さんは考えている。
これは動かないだろう。

218ドクター・ワトソン:2017/11/17(金) 15:26:12
効率が悪い。そう思っているのは確かだ。

219シャーロック・ホームズ:2017/11/17(金) 15:28:00
ワトソン。では聞くがな。
インタークロス以外でジャームライントランスミッションの確認をする方法は何と何なのだい?

220ドクター・ワトソン:2017/11/17(金) 15:31:12
ホームズ。では答えるがな。
小保方さんがキメラをインタークロスさせたと言っている意味が分からないままに
君の問いに答えるためには、そもそもジャームライントランスミッションの確認実験とは
何かと考えればいいよな。それは小保方さんの意図とは独立して答えを求め得る問いだ。

221シャーロック・ホームズ:2017/11/17(金) 15:33:10
確かに、ワトソン。でかした答えだ。尤もその問いに君が答えてからの話だが。

222ドクター・ワトソン:2017/11/17(金) 15:36:39
ホームズ。それはたやすい仕事ぞ。STAP細胞がキメラ形成して、そのキメラの
生殖能力があるかないかを確かめるためにはそのキメラとなんでもいいから別の
生殖能力があると分かっているマウスとを掛け合わせてやったらいいんだよ。子供が
できたらジャームライントランスミッションがあったということになるのさ。

223シャーロック・ホームズ:2017/11/17(金) 15:37:52
出来なかったら?

224ドクター・ワトソン:2017/11/17(金) 15:38:53
無いのさ。

225シャーロック・ホームズ:2017/11/17(金) 15:39:27
何回やって?

226ドクター・ワトソン:2017/11/17(金) 15:40:23
沢山やってみるんだよ。


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