://github.com/BepInEx/BepInEx/wiki/Writing-preloader-patchers#notes-and-tips
- Do not mix plug-in DLL with patcher DLL! Plugins often reference assemblies
that must be patched, which will cause the assemblies to be loaded prematurely.
>>691
BepinExのソース中に「The following assemblies have been loaded too early
and will not be patched by preloader」というエラーの文言を見つけたので何らかの
チェックは行っているようですが、詳しいことはわかりませんでした。
結局、原因は特定できませんでしたが、今後の参考にしてもらえればと思います。