解析関係 - 1172827656 - したらば掲示板

1：MRT：2007/03/02(金) 18:27:36: 解析に関する話題はここでお願いします．
SPMのUpdateや外部ツール，統計に関する話題なども
47：KI：2010/07/02(金) 03:17:21: ちょっと別の質問ですが、解析時にマスクを使った場合と使わなかった場合で
uncorrectedの閾値で結果を出せばマスク内に関しては全く同じ値が再現される
と思いきやそうではないようなのですが（微妙だけど違う）、この理由が分か
る人います？

すげー簡単に言えばGLMのいろんなtermを計算するときに今まで全脳を使って
いたものがマスクの中だけを使うようになったからということでしょうか？

シグナルは確か全脳の値でnormalizeされますよね、マスクするとそうじゃな
くなる？
48：MRT：2010/07/02(金) 08:53:23: >解析時にマスクを使った場合と使わなかった場合

マスクを使うと「リセル」の値が
変わってくるんじゃなかったっけ？

あと根っこが同じ話になりますが，
Randam field theoryにおける母集団の状態が変わるので
uncorrectedの統計値にも影響するのかもです．

Randam field theory：
空間状での乱雑な凹凸が，どのくらいの確立で閾値を越えるのかを予想する幾何理論
３Ｄのstatistical mapを幾何的な凹凸に見立てて第一種の過誤を予測している．

＞今まで全脳を使っていたものが
＞マスクの中だけを使うようになったからということでしょうか？

処理のどの段階までがマスクに限定されるのかは不明ですが
基本的にはこの理解で正しいと思います．
49：KI：2010/07/03(土) 01:08:09: なるほどー、とにかく分析上のミスってことではないですよね。

MRTさんありがとうございました。
50：HTU：2010/07/03(土) 02:43:29: >46
MRTくん、ありがとう。
簡単にできました。
（HSTRくんもコメントありがとう）

あと、ちなみにコマンドだと
spm_flip
と入力し、flipさせたいimgファイルを選択するようです。
これだと複数枚を一度に選択できました。
結果はファイル名の前に"f"の付いたflip画像が出来ます。
ただ、imgなら行けるけど、niiはダメでした。
51：HSTR：2010/07/05(月) 13:03:11: SPM8で構造画像系の処理をすると「メモリが足りません」エラーが頻発するのですが、
誰か同じ目にあっている人います？
僕が遭遇したのは、
構造画像のdicom importで、以下のようなエラーがでます。

Failed 'DICOM Import'
エラー: ==> zeros
メモリが足りません.HELP MEMORYとタイプしてオプションを確認してください
In file "X:\Matlab\spm8\spm_dicom_convert.m" (v3307), function "write_volume" at line 564.
In file "X:\Matlab\spm8\spm_dicom_convert.m" (v3307), function "convert_standard" at line 222.
In file "X:\Matlab\spm8\spm_dicom_convert.m" (v3307), function "spm_dicom_convert" at line 52.
In file "X:\Matlab\spm8\config\spm_run_dicom.m" (v2094), function "spm_run_dicom" at line 32.

The following modules did not run:
Failed: DICOM Import

segmentでも同じようなエラーがでます。

matlabは7.1と7.4で試しましたがいずれもだめで、物理メモリは上限までつんでいます。
spm5では同じ処理でエラーがでないので、spm8のなんかがおかしい気がするのですが。
ちなみに64bit機だとエラーなく動くので、今は必要なときだけ64bit機で部分的に解析をしています。

試してみてだめだった処理は以下の通りです。
（１）spm_defaultsのdefaults.stats.maxmemの値をいじる
（２）windowsの仮想メモリの値を増やす
（３）Matlabの考えられる設定の変更
SPMのmailing-listにも時々out of memory errorの報告があるのですが、
参考になるのは見つからず、でした。

どうも変換後のファイルを生成する直前に、
zerosで空のデータを作るときに容量オーバーするみたいなんですが、、。
52：MRT：2010/07/05(月) 19:05:35: >>51
こちらで使っている分には特に問題は無いようでした
SPM８，Matlab2008a，WinVista64bitです

SPMのr3684だとspm_dicom_convert.mが10/01/14に更新されてるけど
r3307だと09/05/??くらいの更新じゃなかったっけ？

ver upしてみればなおるかも
53：MRT：2010/07/05(月) 19:25:05: Realignに関する質問です．

６sessionの実験で３session目に一回，被験者を出して休ませ，
もう一度，入れ直した場合，脳の位置が多少ずれますよね　ｄ(・・　）

この場合に６回分を貫通させてRealignかけた方が良いのか？
というのが質問です．

個人的には３回分ずつにRealignをかけて一旦，Normalizeし，
その後にもう一度６回分まとめてRealignかけ直した方が
良いような気がするのだけど, どうでしょう？

理由は下記の通りです．

Realignの手順としては，
先ず，Sessionごとの１枚目の画像でSession間のRealignをかけ，
その後にSession内の画像でRealignをし，
１段階目のSession間パラメーターを加味してHeaderを書き直していたと記憶しています

で，この１段階目の処理の時にSesion間で画像の質が違いすぎる，
例えば，スライス１枚分ずれてしまうと
剛体変換をベースにしたRealign処理が上手くいかないのではないかと感じました

そこで，間にNoramlize処理をかませて非剛体変換を経由し，
形状を似せてから合わせた方から２度目のRealignをした方が合いやすいのではないかと考えました．

もちろんRealign処理の過程でSmoothingされてしまうので（Defaultで5mm），
２回目のRealign処理時にはSmootingパラメーターを0ｍｍに変更する必要があるかと思いますが　ｄ(・・；）

実験中に一度，被験者を出すことって
たまにありますが皆さんどのように処理しています？
54：MRT：2010/07/05(月) 20:00:19: 今更ですが．．．

SPM８のButchにあるUtil→Reorient Images
で簡単に複数のファイルをまとめてFlipできるようです
かなりお手軽です．

以下，ReorientMatrixのHelp（ButchWindowの下段）に詳細有り
55：KI：2010/07/06(火) 02:26:13: >53

一回出して休ませてからもう一回ってことやったことがあります。私は一発のrealign
でやりました。PPSにいたころTYD先生と一度しゃべったことがありますが、ようは
どれだけrealignを信頼するかということだと思います。私は一発でやっても見た目
上おかしなことになっている感じは全ての被験者でなかったのでそのままやりました。

ただもちろん厳密にやりたい場合はMRTさんの提案とか、あとはcoregisterを利用す
るとか方法はあると思います。ただMRTさんの提案の同じ人のデータとは言え別々に
normalizeしたものをrealignするというのもちょっと気持ち悪いような気もします。
normalize後の画像って前半と後半で完全に一致はしなくないですか？そしてそのま
ま残りの解析をするってことですよね。まあこれはほぼ一致としても問題ない範囲と
いうことなんでしょうが。
56：MRT：2010/07/06(火) 04:33:31: なるほどです

一発Realignは異なる角が欠けたサイコロの位置を合わせるような
感じがしてちょっと気になったのですが

要はRealignを信じるかNormalizeを信じるかってことですね
確かに言われてみると五十歩百歩な気もしますね

＞同じ人のデータとは言え別々にnormalizeしたものを
＞realignするというのもちょっと気持ち悪いような気もします

そうなんですよねー
私もここが気持ち悪くてなんか押し切れないのです

>normalize後の画像って前半と後半で完全に一致はしなくないですか？

Normalizeは１つのパラメーターで全部のデータに同じ処理をかけるので
前半後半で一致しないということは「Normalize前」のデータが一致してないことになるハズ

つまりRealignがあまり上手く行ってないってことなので
そのデータはちょっと注意が要るかもです
57：HSTR：2010/07/06(火) 11:14:15: >MRTさん
レスありがとうございます。
verは最新版なはずです、が、確認してみます。
v3307はSPMのverではなく、dicom importのver何だと思ってました。

僕も64bit機ではうまくいくんですよ。
64bit機でも処理が終わる寸前に使用メモリ量が4GBを超えるので、そのときに32bit機ではとまってしまうみたいなんです。
58：HSTR：2010/07/06(火) 11:21:32: >53
僕も１回出してもう１回の実験をやっています。
処理はRealignを一発でやっていて、MRTさんの書いている方法のまんまです。
KI君と同様、ぱっと見問題なさそうだったのでそのままその方法を使っています。
まえにKCYMさんに質問したときは、
Norm SD > Realign SD
だから個別Normalizeよりも一発Realignのほうがよいといわれたような気がします。
が、KCYMさんコメントはうろ覚え情報なので参考までに聞き流しておいてください。
59：MRT：2010/07/06(火) 12:13:33: >>57
>v3307はSPMのverではなく、dicom importのver何だと思ってました

それはそれで合ってますよ　ｄ(・・　）
SPMは小さいver upを繰り返していてその都度VerNoを更新しているようです
たまにまとめて上げるときに公式に載せてるだけてな感じのようです

>58
そっかー
やっぱり一発Realignなのかー

ＫＩ君もＨＳＴＲ君もありがとう
61：MRT：2010/07/30(金) 15:11:56: 今，気がついたんですが
現役ＰＰＳでここに来てるのってＳＳＫ君とＯＧＴ君，
あとはたまにＲＯＭってるＫＴＤさんくらいか　（・・；）

何気にＯＢ板化してきてますね．
62：MRT：2010/08/10(火) 14:11:44: トレーニングコースの関係でSPMを勉強し直していたら見つけました
ttp://www.geocities.jp/fmri_lab_1968/spm5_use/spm5_use.html

そいや，前にも聞いたことあったなぁ，と　（・・；）
63：KMD：2010/08/10(火) 23:22:45: MRTさん
どうもありがとうございます。
実は、これ最近探していたところです。
SPM8版も、あったりしませんかねえ。
64：MRT：2010/09/09(木) 20:25:59: ＤＣＭのROIを抜き出すときのデザインマトリクス補正（Highpass・共分散）
をするための河内山さんマニュアルってどなたか持ってます？
（複数セッションのデータを強引に繋げ直すところ）

一応，自分で書いた補正用のMatlab Programはあるのですが
理論的なところをちょっと確認したくて探してます．
65：YM：2010/09/10(金) 00:03:34: 上記のマニュアルがあれば私も頂きたいです。
こちらではDCM解析を始めましたが、探索的なのでドツボにはまりがちです。。
DCM解析の理論や解釈方法で役立ちそうな論文があれば、共有できるとありがたいです。
どうぞよろしくおねがいしますm(_ _)m。
66：MRT：2010/09/10(金) 19:37:30: ＤＣＭ用に作ったデザインマトリクス補正用のプログラム書いたけど興味ある人おられます？
（複数セッションを１セッションにまとめたときのHighpassおよび共分散構造補正）

Session数や条件数などのモデルパラメーターを数か所書き換えるだけで
複数のspm.matを一括変換してくれるようにしてみました．

そんなに難しいことはしていないので問題は無いと思いますが，
プログラムの中身を検証してくれる人がおられると助かります　（・・；）
67：YM：2010/09/11(土) 07:11:46: ↑デザインマトリクス補正用のプログラム、興味あります！
便利なプログラムですね。今のところ１セッションだけの解析をしているので
大丈夫ですが、いずれ複数セッションの実験をした際に使わせていただければ
ありがたく思います。もしよければ、いただけないでしょうか？
メールで添付とかでも可能ですか？？
68：DNS：2010/09/12(日) 19:14:01: 僕も、興味有ります
良かったら見せて下さい
69：MRT：2010/09/12(日) 20:49:32: 了解です

明日にでもお送りいたします　(｀・ω・´)ゝ
70：YM：2010/09/13(月) 12:52:58: MRTさん
ありがとうございます。お手数をお掛けしますがどうぞよろしくお願いします！
71：MRT：2010/09/13(月) 19:07:46: >DNSさん
gmailに送りました　(｀・ω・´)

>YMさん
東北大のメールアドレスはまだ生きてる？
新しいのがあればそっちに送ります
72：YM：2010/09/13(月) 21:41:34: MRTさん
東北大のメアドはまだ使えるのでそちらに送っていただけると助かります。
よろしくお願いします。
73：MRT：2010/09/14(火) 15:01:55: >ＹＭさん
idac.tohokuに送りました　(｀・ω・´)
74：YM：2010/09/14(火) 23:33:11: ＞MRTさん
ありがとうございます。無事に受け取りました！
75：MJH：2010/09/19(日) 04:48:56: VBM, DTIの解析をしたいと思っています。
素人な質問で申し訳ないですが、VBMはSPM, DTIはFreesurferで解析されてますか？
それとも他に良い方法ありますか？

また、具体的に何というツールボックスを使っているか、よいマニュアルなどもあれば紹介してもらえると助かります。
76：HTU：2010/09/21(火) 09:47:07: VBMならChristian Gaserのvbm5よりもspm8のDARTELがいいようです。
詳しくはspm8のフォルダ内\manにあるmanual.pdfを参照。
FreesurferのVBM解析もregistrationが時間がかかるけど、思いの外いいみたい。
(by TTR S先生）

DTIはよく知らないです。
77：MJH：2010/09/30(木) 02:20:34: ＜Graphics windowのフォントサイズの変更＞
トレーニングコースなどでノートPCで作業をしていると、必ず「もっと解析結果のテーブルのフォント、でかくなりませんか？」って質問があると思います。
何年か前のトレーニングコースの時にだれかが説明してくれたはずなんですが、私はすっかりどのファイルをいじればいいか忘れてしまっていましたが、最近これを調べる機会があったので書いておきます。
spm.mを開けて、607行目付近に下記の記述あり。（SPM8のバージョンによっては多少位置がずれてるかも。）

%=======================================================================
case {'fontsize','fontsizes','fontscale'} %-Font scaling
%=======================================================================
% [FS,sf] = spm('FontSize',FS)
% [FS,sf] = spm('FontSizes',FS)
% sf = spm('FontScale')
%-----------------------------------------------------------------------
if nargin<2, FS=1:36; else FS=varargin{2}; end

ここの最後の行の、FS=1:36; を　FS=2:36;　とか　FS=3:36;　とかに変えてあげるとGraphicWindow内のフォントサイズが変わるはず。
78：MJH：2010/09/30(木) 02:50:38: そういえば以前話題に上がっていましたが、イギリスに来てから刺激の呈示にPsychtoolboxを使っています。
Behaviorで使っているだけでMRIではまだ試していませんが、参考までにちょっとレポート。
・ライセンス料タダってのはイイ
Matlabで走らせるので。Presentationないところでも実験できますね。
・刺激のランダマイズ時間制御、被験者のフィードバックを利用した制御がしやすい。
bmpなどを読むのは少し遅いが（fMRIでは全く問題にならない程度）、プログラム上での図形を描画がしやすい。
被験者のフィードバックを利用して次の刺激を出すのも容易にできるはず。
・ログを即座に解析可能
Matlab上で走らせるので、別に解析プログラムを組んでおけば出力したログを即座に解析できる。

特に一つ目と三つ目のメリットはかなり大きい気がします。
80：MRT：2010/10/04(月) 15:56:30: >>78
実験心理屋さん，特に視覚屋さん御用達のToolBoxですね

MatlabベースなのでI/O関係もかなり柔軟に対応できるのも特徴ですね．
MR実験だとResponceやMRパルスを収集するのが
ハード的（装置環境）に限定されることが多いので
結構，大事なポイントだったりします．

C#はGUIプログラミングできるから刺激制御は楽なんだけど
普通にやってるとパラレルポートが読めないからなぁ．．．（－－；）
81：KI：2010/10/05(火) 01:08:52: オレもこっちでpsychotoolbox使い始めた。fMRIやってそれをSPMで解析すること
をgivenとすると、matlabは既にあるので金がかからないのはいいね。

まあ、オレはpsychophysicsとかやるわけではないので、どっちでもいいかなって
気がするけどMatlabで解析をできるようになりたいのが動機かな。
82：YM：2010/10/15(金) 03:09:33: ＤＣＭの結果に関して、基本的な質問があります。
ＤＣＭ．Ｂ(connectivity strength)やＤＣＭ．Ｃ(direct input strength)を開いた際に出てくる結果で”マイナス－”の
値が含まれていますが、このnegative connectivityの意味はどういったことなのでしょうか？

１）負の結合強度（結合が極めて弱い？）
または
２）逆向きの結合強度（領域Ａ１→領域Ａ２の結合強度が-1の場合は、領域Ａ２→領域Ａ１の結合強度が１という意味？）
のどちらかかなと思ったのですが・・・。

とても基本的な質問で申し訳ないのですが、どなたかご存知の方がいらっしゃったら教えていただけますと幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。
83：MRT：2010/10/15(金) 13:47:45: 式から考えると分かりやすいと思います
DCMのモデルは下記の式で表されます

Z' = (A + ΣuB)Z + Cu
ttp://www.fil.ion.ucl.ac.uk/~mgray/Presentations/DCM%20for%20fMRI%20Theory.ppt
（本HPのPPTが比較的分かりやすい．８枚目あたりに式の詳細）

この式の意味合いは，
ある部位の時系列変化量Z'（時間データの微分項）を他の部位の時系列データZで表現し，
それを一つの系の中で整合性が取れるようにパラメータA,B,Cを計算しているのがDCMです

例えば

Z1' = {[a11 a12 a13 0] + u3[0 b12 0 0]}[Z1 Z2 Z3 Z4]T + [0 C12 0][u1 u2 u3]T
とし，(前述のスライドに準拠．Tは転置の意)

上の式をもう少し簡略化すると下記のようになります
Z1' = a11*Z1 +(z12 + u3*b12) Z2+ a13*Z3 +C12*u2

,b12の値がマイナスになるとすると，
この式に示した通りZ1’を説明するためのZ2の影響が負に出ていることを指します
微妙に異なりますが，これはSPMの通常解析でいうところの
β値が負であることの意味合いと同じです
（Z1’とZ2の次元が違うので厳密には異なる）
84：MRT：2010/10/15(金) 14:10:12: >>82の問いに戻ると

>１）負の結合強度（結合が極めて弱い？）

結合力が負であるというだけで，
結合が弱いわけではありません．

>２）逆向きの結合強度
ベクトルの向きは別の係数で表現されるので，
逆向きでもありません．

先ほどの式をもっと簡略化して考えると
Z1' = u3*b12*Z2 + Ａ＋ C

u3はタスクのON/OFFによる矩形関数なので
「Task RelatedなZ2の活動を反転させた信号がZ1の活動に影響を及ぼす」

つまり，
Task RelatedなZ2の活動がRestに対してポジティブならネガティブな影響を与えているし，
Task RelatedなZ2の活動がRestに対してネガティブならポジティブな影響を与えていると思われます．

「影響力」という意味で論じるならネガでもポジでもそのスカラー量が大きいなら
影響力も大きいので，例え負にでてもその値が０より有意に大きいのであれば
「何らかの関係性はある」と言えます．

最後に生理的な意味合いについてですが，
それぞれのタスクや実験内容によっても変わってくるので
それに応じてDiscussionで論じれば良いのではないでしょうか
85：MRT：2010/10/15(金) 14:12:08: 蛇足になりますが，
一般的にはDCMのROI決めの時に通常の解析で得られたβが
Restに対してポジティブに出ている領域を使うので

結合力が負になった時は
「抑制的な影響を与えている」と言ってよいのかもしれません．
86：YM：2010/10/16(土) 01:25:55: ＭＲＴさん
大変丁寧に教えていただきありがとうございました。
とても分かりやすいので、分かった気になっているだけかもしれませんが・・・、
ＤＣＭではconnectivity間の抑制と促進の両方を見られるものなのですね。
確かに抑制でも促進でも、何らかの影響を与えることには変わりないので、
納得できました。
お忙しい中、本当にありがとうございました。
87：MRT：2010/11/11(木) 19:57:26: SPM8のResultsってコントラスト変えるとき，
わざわざSPM.mの選択まで戻らなくて良くなったのですね

Orthogonalityを見る「Design」の隣に
「contrust」ボタンができてるようで地味に便利!!
88：KMD：2010/11/12(金) 23:30:59: ほんと便利ですね。
水曜までシカゴでSPM8コースを受けていて、初めてSPM8を使ってみました。
それにしても、PPSのと違って、不親切極まりないトレーニングコースでした。。
PPSのSPMコースは、かゆいところに手が届く感じで丁寧でしたからねー。
89：KI：2010/11/22(月) 06:46:56: 久々にSPMをいじってみて、「Contrast」ボタン感動しました。閾値変えるのも
同じところからできますね。
90：MRT：2011/01/17(月) 18:36:43: 知り合いから聞かれたのですが，
下記の現象について何かご存知の方おられますか？

特に福井のGE使いの方からコメント貰えると幸いです

> (1) GE の MRI (Signa HDxt) で撮像したデータが、SPM2 あるいは
> SPM8 の DICOM import ファンクションではうまく扱えない
>
> SPM8では、Read DICOM header の段階で "Unknown odd numbered
> Value Length (44c55)" というエラーメッセージが出で、その後に
> "Cant find appropriate modality information for ～" というエラ
> メッセージが出ます。NIfTIファイルは作成されません。
>
>
> (2) 上記のデータを MRIcroで Analyze に変換した場合、anonymize
> されたデータから変換すると、slice thickness が元のデータの３倍
> （あるいは６倍や９倍）になる
91：HSTR：2011/01/18(火) 12:00:00: >>90
エラーの内容は違いますが、SPM8の3D変換で一部エラーを出しました。
3D-T1の画像のファイルサイズが岡崎の数倍だか十数倍だかで、
メモリーがオーバしてしまい止まる、というものでした。
たしかSPM5では同様のエラーがでなかったような気がします。
この問題はSPM8 on 64 bit OSを使うことで解決しました。
僕の場合はEPIでは特に問題がでていません。
92：MRT：2011/01/18(火) 14:32:46: 返信ありがとう

やっぱりデータエラーが起こるのですね
どうも変換時にデータが数倍に膨れ上がるそうですが，

64Bit機を使うとデータの膨張も防げるのですか？
それともメモリ枠が大きいのでエラーを起こさないだけ？
93：HSTR：2011/01/18(火) 15:05:29: >>92
たぶん後者です。
メモリ使用量をモニタしていると、処理の一番最後のフェーズで激しい増加が起きます。
32 bit機ではそれが上限を振り切っている感じでした。
94：MRT：2011/01/18(火) 18:42:09: なるほどです．
あくまで対処療法しかないワケですね　(・ω・｀)

SPMのメーリングリストにもつい最近，コレとかぶる質問がでていたので
そちらの方の様子も見ておきます
ttps://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=ind1101&L=SPM&P=R22517&1=SPM&9=A&I=-3&J=on&d=No+Match%3BMatch%3BMatches&z=4

色々ありがとう．
95：YM：2011/03/03(木) 05:45:01: functional connectivity解析に関してお尋ねしたいことがあります。

質問１）CONN toolを用いて解析を行う際に、segmentationが必要なようですが、普段の一般的なSPM解析ではsegmentationをあまり用いたいため、segmentationをかけていないpreprocessingデータ（smoothingが終わったとこまでのデータ：sw__.img）を用いて良いのか、やはり最初のrawデータを用いてsegmentationからかけなおした方が良いのかどちらが正しいでしょうか？
segmentationはnormalize後にはかけてもあまり意味がないというかかけてはいけないものですよね？！（基本的なことですみません。。）

質問２）基本的な質問なのですが、見たいROIのマスクを作るために、pickatlas（またはmarsbar）を用いてマスク画像を作成すると、.roiファイルができるのですが、これと同じ内容のものを、.imgまたは.nii画像として保存するにはどのような方法があるでしょうか？
CONN toolにROIを入力する箇所があるのですが、.imgか.nii形式のファイルしか読み込めないようです。
たとえば、集団解析のピーク値でマスクを作成して、余分な個所をほかのマスクで消去して、見たいROIだけ抽出するなどの方法でもOKです！
どなたか教えていただけるととても助かります。どうぞよろしくお願いします。
96：YM：2011/03/03(木) 05:56:45: 度々すみません。。
質問２）に関して解決しましたのでご報告します。
marsbarのROI definition内のexportで作成した.roiファイルを選び、次にBase space for ROIsを選んで保存すると自動的に.niiファイルが作成できるようでした。
97：MRT：2011/03/03(木) 19:23:44: conn toolってコレのこと？
ttp://web.mit.edu/swg/software.htm

Segmentationからほぼ全部Batch経由で自動化してるぽいけど，
その自動化を使って一からデータを整形するか，
以前にPreProcessしたデータを転用できるのかが分からないってことかな？

少なくともSmoothingをかけたデータにSegmentationかけると
白質と灰白質を上手く分離できないと思います

Normalize後にSegmentationをかけることも
それ自体は問題無いと思いますが，
ROI設定に用いるマスクの扱いが変わりませんか？

マニュアルにはSkipもできると書いてありますが，
慣れてないなら素直に全部conn tool内（経由）でやった方が良い気がします

ちなみにconn toolの中のソースも読んでみましたが
ちょくちょくSPMの関数使っていますが基本的には自作部分が多いかも．
98：YM：2011/03/04(金) 02:15:09: MRTさん
早速アドバイスいただきありがとうございます。
やはり最初からpreprocessingをやり直そうと思います。
ありがとうございました！
99：YM：2011/03/05(土) 04:31:38: 度々すみません。。
Normalize前にSegmentationをすると、preprocessingのデータにも影響が出るものでしょうか？
Normalize後にかけた場合は、影響がありそうですが、前の場合は画像への上書きがあまり影響しないのかなと思いましたがどうなのでしょうか？
100：KI：2011/07/30(土) 05:49:50: MRIcronに二つの活動Mapをoverlayして見ると明らかにoverlapする部分があるのに
ImCalcで同様の二つの画像のoverlapの画像を作る（i1.*i2>0)と、あったはずの
場所にoverlapがない場合があります。誰かこの理由わかりますか？

MRIcronが不完全でoverlapがあるように見えているだけなんですかね。

それともImCalcでの入力（i1.*i2>0）がまずいんでしょうか。

誰かー。ヘルプミー。
101：MRT：2011/07/30(土) 06:31:56: 閾値の問題？
MRIcronでoverlayするときに使った画像（spmT or con）の色の表示範囲は同じになってます？
MRIcronは画像読み込みの時に画像に含まれる輝度(信号値)の値がもっとも映えるように
勝手に値の提示範囲を調整するので，閾値以下の値も表示してしまっている可能性があります．

i1，i2に対応するResultを一度，SPM上で表示 and Saveしたもの（同じ閾値）を
MRIcronでoverlayするとImCalcと同じになるかと思われます．

要はi1,i2の画像の閾値以下の値を初めから０にしておけば，
閾値の問題は回避できるのではないか，という話　ｄ(・・　）
102：MRT：2011/07/30(土) 06:49:23: 蛇足．

i1.*i2>0で作った画像は「式の結果が０以上のVoxel全てに１が突っ込まれる」ので
定量的な評価はできないです．　（・・；）

MRcronにoverlayする画像にcon.imgは使わないほうが良い．
con.imgにはβ値が保存されているため統計的に有意でないvoxelまで表示される
というか，con.imgでは統計的な閾値が分からない．．．

spmT.imgには閾値以下の値も格納されてるので
Figure用に加工する場合はあらかじめSPMのSave機能で閾値以下の値を切っておくと処理が楽
でないと，閾値以下の値をもつvoxelまでMRIcronに表示されてしまう（>>101の話）

この場合，MRIcronの表示範囲に閾値を設定してやれば閾値以下は消えるのだけど，
そうすると今度は閾値付近の表示色が黒っぽくなって見栄えが悪くなる．

以上，すでに知ってることが多いとは思うけど蛇足まで　（・・；)ヾ
103：MRT：2011/07/30(土) 06:51:55: ANDの領域のt-MAPを作りたいのか，Maskを作りたいのか？

Figure用の加工画像を作りたいのか，結果考察用に画像を表示させたいだけなのか？

など，目的によってやり方が変わるかも　ｄ(・・；
104：KI：2011/07/31(日) 05:46:00: MRTさんありがとうございます。

ただすでにMRTさんのおっしゃるように「i1，i2に対応するResultを一度，SPM上で
表示 and Saveしたもの（同じ閾値）をMRIcronでoverlay」して、overlapを確認
してる（Transparency on other overlaysでAdditiveにして色が変わっていると
ころがある）のですが、ImCalcの出力と同じになりません。なぞです。。

ちなみに二つの画像の共通領域を作る前に、それぞれの画像をImCalcでi1>0に
加工してからやってみるとoverlapが出てきました。これも意味不明ですよね。

ただ、これでやったのとMRIcronでのoverlapは若干形がことなります。
さらに意味不明で、混乱してます。
105：MRT：2011/07/31(日) 08:52:07: なるほどです

あとImcalcでかけたときに桁落ちが起こってるかと思ったのですが
閾下でSaveした画像だと最低でもT値は３は超えてそうだし(unc p<.001)．．．

こうなると確かに謎ですね　（－－；）

モノ(Saveした画像２枚)と出たり消えたりするROI座標をメールで送ってもらえれば
こちらでも見てみますよ？　壁|ω・；)
106：KI：2011/08/01(月) 02:27:14: MRTさん

ありがとうございます。なんか二つの画像のうちの一つがおかしいような気が
してるんですか、わからぬままです。もうちょっといろいろ試してみてストレ
スの限界に達したらMRTさんにお願いするかもしれません。
107：MRT：2011/08/01(月) 03:18:11: 了解です　(｀・ω・´)ゝ

またなんかあったらお気軽に．
108：MRT：2011/08/22(月) 18:20:42: 今更ですが，上記の件，MRICronの表示上の問題だったみたい
Cronで図表を作る人は注意です．

一応，注意レスまで　ｄ(・・　）

＊原因
Cronはoverlayする画像に勝手にsoomtingをかけてるため（3ｍｍ程度？），
活動のすそ野が広がり，表示される値もちょっと変わる．
109：MRT：2011/12/06(火) 16:53:31: SPMのFigを「別名保存」してIllustratorなどで編集すると結構，バグる．

以前はTIFFなどで保存すれば勝手に図表のObjectを分割認識してくれたのだけど，
最近，どの形式で保存してもバグる．とにかくバグる！これでもかとバグる！！

で，その修正方法がみつかったので少し　ｄ(・・　）

SPMで結果を出した後，MatlabのFigureWindow右上にある「SPM Figure」を使う．
このプルダウンの中の「Specify file」を選択すると
PS形式で画像が保存される．

一旦，PDFに変換してもいいけどIllustratorはPS形式を読めるので
このまま読み込むとObjectごとに分割認識してくれる

sloverなどを使って作ったDisplaySlice画像の場合は
PSでも若干バグる(座標値が消える)ので一旦，PDFにすると直る．

Fig作成時に困ってる方はお試しあれ　ヾ(｀・ω・´)ノ
110：MRT：2011/12/06(火) 17:31:57: ↑の件ですが，画像によっては保存時に
フォントやライセンスがどうこうケチをつけてくることがあります

その場合は読み込んだ画像を全選択して
CenturyなどIllustratorで使用できるフォントに変えてしまえば
クリアできます．
111：YM：2012/08/01(水) 08:58:36: SPM8に関する質問をさせていただきたいと思います。
現在、Windows7でSPM8を立ち上げようとしているのですが、下記のエラーメッセージが出て立ち上がりません。
何が原因かおわかりの方がいらっしゃいましたら教えていただけると大変助かります。
どうぞよろしくお願いします。ちなみにSPM5は同じ環境でも問題なく立ち上がりました。
＜エラーメッセージ＞
>> spm fmri
Error using spm_check_installation>check_basic (line 86)
There appears to be some problem with the installation.
The original spm8.zip distribution should be installed
and the updates installed on top of this. If in doubt,
consult your local network administrator.

Error in spm_check_installation (line 25)
check_basic;

Error in spm (line 330)
spm_check_installation('basic');
112：HSTR：2012/08/01(水) 18:05:34: >>111
前にデスクトップのテーマをwindowsのクラシックに変えたら動いたことがありました。
matlabのエラーだったかSPMだったかは忘れてしまいましたが。
113：OGT：2012/08/01(水) 18:13:53: >>111
YMさん
問題のエラー発生条件を当たってみたところ、
SPMをアップデートなどした際にどこかのファイルが上書きされなかったorファイルが足りない
などの時に起こるエラーのようです。

ちなみに問題のソースコードは
%-Ensure that the original release - as well as the updates - was installed
%--------------------------------------------------------------------------
if ~exist(fullfile(d,'@nifti','create.m'),'file') % File that should not have changed
if isunix
error(sprintf([...
'There appears to be some problem with the installation.\n'...
'The original spm8.zip distribution should be installed\n'...
'and the updates installed on top of this. Unix commands\n'...
'to do this are:\n'...
' unzip spm8.zip\n'...
' unzip -o spm8_updates_r????.zip -d spm8']));
else
error(sprintf([...
'There appears to be some problem with the installation.\n'...
'The original spm8.zip distribution should be installed\n'...
'and the updates installed on top of this.']));
end
end

なので、SPM内＠niftyフォルダ内の何かファイルが足りないなどの理由で引っかかっているのでは、と思います。
安っぽい解決策ですが、SPM本体と、アップデートの方をインストールし直してみるのが良いかと。

ちなみに、現在自分もWindows7 Professional(32bit)でSPM８を使用しているので、
Win７特有の問題ではないと思われます。

もし見当違いの事を言っていたら申し訳ありません。
一助になれば幸いです。

(´～`)。。oＯ(間違ってたらMRTさんが華麗に訂正してくれるはず……)
114：YM：2012/08/01(水) 20:52:00: HSTRさん、OGTさん
色々とアドバイスいただきましてありがとうございます。
Windows7特有の問題ではないことが分かり安心しました。
もう一度SPM8をインストールしなおしてみようかと思います。
本当に助かりました！
115：YM：2012/08/02(木) 05:32:40: OGTさんがおっしゃったように、ファイルが欠損していたようで、
SPM8の最新版をupdateしたら使えるようになりました。
本当にどうもありがとうございました。
116：MRT：2012/08/07(火) 13:53:48: MRICronに「GL」ってのがでてます．
ttp://www.mccauslandcenter.sc.edu/mricrogl/

Rendering機能が強化されていて
Renderの視点移動やCuttingのユーザビリティが上がっていて地味に便利

取りあえずは，Fig作成用にどうぞ
（他の機能は今一かも？）
117：MRT：2013/02/07(木) 16:03:13: SPM12のβ版がでてるけど誰か使ってる？　壁|ω・)？
118：MRT：2013/02/07(木) 16:37:09: 今，軽くのぞいてみたけどNormalizeの方法が結構変わってる

DARTELを使ってるぽい？誰か詳しい人いたら教えてほしい　壁|ω・）
ttp://brainmap.wisc.edu/pages/8-Normalizing-DARTEL-Templates-to-MNI-Space

あとAffine Regularisationに
「European Brain」と「East Asian brains」の選択ができたりしてる

他にも解析のモデル関係も結構，いじってそうですね．
そろそろ乗り換えも考えてみようかなぁ
119：MJH：2013/02/16(土) 22:57:39: まだ使ってないですねぇ。
前にMRTさんが紹介してくださったMRIcronGLはいじってみました。
操作性かいいですね。MRIcronだと3Dで表示させたときに脳をカットしたりするのに時間がかかりましたが、タイムラグもなくて扱いやすいと思いました。
120：MRT：2013/03/18(月) 15:40:42: ニッチすぎる小ネタをひとつ

SPMで３D構造画像をNormalizeすると脳だけが残るように
前後左右がカットされる．解析時はそれで良いのだけど，

目や鼻を残したままで構造テンプレートを作りたい場合
NormalizeパラメーターのBoundingBoxを下記のパラメータに書き換える　　ｄ(・・　）
-100 -130 -80
100 100 100
（デフォルトを前後左右に拡張させただけ）

でもって，これをMRICronGLに読ませて
機能画像をAddすると

広報用の画像を作る時に見栄えが良くなる!!　　　　

．．．気持ち分だけね　（・・；）

構造画像を公開する際にクレジットがいらなくなる！！

．．．ＭＮＩ使うのに気にする人もいないけどね　（・・；）
121：MJH：2015/01/31(土) 12:51:02: どなたかご存知でしたらアドバイスください。

Matlab R2013b(64bit, Mac)でイメージングのデータを解析をしています。
処理速度をもっと上げたいのですが、いまの速度しか出ない理由（何が処理速度のボトルネックになってるか）がよくわからず、速度を上げるためにハードをアップグレードする必要があるのか、ソフトウェア上のなんらかの設定の変更で高速化できるのかがわかりません。
処理に時間のかかるプログラムを走らせている間のCPU, メモリ、ディスクへの書き込みの様子を見ていると、どれも比較的余裕があるような状態に見えていて、ハードの問題ではなくて、単純に何らかのソフトウェア的な理由で自分のMacが本気出してないんじゃないかという気がしているのですが。

いまのマシンの環境は以下の通りです。
MacBook Pro (Late 2013)
CPU: 2.8GHz Dual Core Intel Core i7
Memory: 16GB 1600MHz DDR3
Graphics: Intel Iris 1536MB
外付けHDDをUSB3.0で接続し、データの読み書きをしている（マシンはUSB3.0対応、3.0として認識してることは確認済み）

Matlab R2013b
解析に時間がかかるプログラムを走らせている時のCPUは約70～90%あたりがIdle状態、Memory pressureは常時全くなく（Activity Monitor上は緑しか見えない）、スワップは常時ほとんどゼロ～2MB程度。
Diskへの書き込みは最大でも40MB/s程度、通常は数MB/s程度でふらふら（最初は外付けHDDへの書き込み速度がボトルネックかと思ったのですが、この書き込み速度だとUSB3.0の速度の限界には達していないように見える）。

だいぶ余力を残しつつえっちらおっちら走ってる感じなんですが、どうしたらもっと早くなるでしょう？
アドバイスいただけると助かります。
122：KI：2015/02/02(月) 18:28:17: オレも似たような感じで、全然解決策じゃないけど
CPUが100%になるぐらいまでMatlabを何個も立ち上げて並列に走らせてる。

あとはparallel processing toolboxのforloopを使うとか。
123：KI：2015/02/02(月) 18:30:32: 補足：parallel processing toolboxのfor loop、つまりparforのことです。
124：MJH：2015/02/02(月) 22:56:17: KIさん
おー、ありがとう！toolboxは入ってるけど、parfor使ったことなかったわ。これは良さそう。早速試してみる。

複数のmatlabで同じHDDにアクセスしても大丈夫？HSTRさんが昔、これでいくつかHDDぶっ壊してたけど。
SSDなら大丈夫なのかな。
125：MJH：2015/02/02(月) 23:35:01: うーむ、なんか変数の使い方に縛りがあってすんなり実行とはいかず。
ちょっとコードの書き方に工夫がいりそう。
126：KI：2015/02/03(火) 01:58:52: parforは各ループで変数が独立じゃないといけないからちょっとめんどいよね。

オレ今MacProでMatlab１０個ぐらい立ち上げて、外付けHDDのデータ（SSDじゃない）
で解析やってるけどなんの問題もないよ。データの書き込みはそれぞれ数１０分に
一回とか。過去数カ月なんの問題もない。
127：MJH：2015/02/03(火) 03:24:12: そうみたいね。とりあえず今は複数のmatlab立ち上げてやってみるわ。
Matlabを複数立ち上げて、それぞれ別のスクリプトを同時に実行したら速くなるってことは、（それぞれで走らせるスクリプトが並列計算を要求しないとして）別々のMatlabで走らせるスクリプトは別々のコア（ワーカー）を使って計算してるのかな。
一つのmatlab（instance)の中でそれぞれbatchとして複数のスクリプトを実行した場合となにか違うのかとか、なんかよくわからんのだけども。
128：KI：2015/02/03(火) 04:16:20: オレも詳しいことはようわからん。一つのMatlabで早いのも、何個が同時にやれるのも
最終的なスピードは変わらんと思ってそうしてる。でも、やっぱ一個のスピードは
何がボトルネックになってるかは知らんけど限界あるみたいね。
詳しい人に聞いても複数に振り分けてやればいいと言われたことあるわ。

今の大学はクラスターも使えるから割といいぞ。そっちにはないの？
129：MJH：2015/02/03(火) 05:36:23: あーすんません、ちょっと書き方が曖昧だった。
「それぞれ別のスクリプトを同時に実行したら速くなる」っていうのは、全部処理が終わるまでのトータルの時間が、
複数のスクリプトを複数のmatlabで同時に実行 < 一つのmatlabで複数のスクリプトを順番に実行　になるっていう意味。

確かに走らせるスクリプトが並列処理できるように書かれていなくて、matlab一つ＝１コアだったとすると、
複数matlab立ち上げて走らせた方が全部終わるのが早いのも納得できる。
自分のマシンが余力を残して走ってるように見えた（Idle 50%を切らない）のも、常にコア一つしか使ってなかっただろうという気がしてきた。

一個のスクリプトの処理時間は、スクリプトが並列処理できるように書かれてるかっていうのと、
CPUのパフォーマンス、（並列処理の場合はさらに）コア数に依存するってことなんだろうね。

そういえば、前にボスがうちの大学のクラスターは結構立派なのがあると言ってた。
いままではあんま必要性なかったけど、そろそろ限界きたし使ってみようかな。
130：HSTR：2015/02/03(火) 11:19:04: HDDじゃないの？ボトルネック。
USB3.0で転送速度に余裕があっても、書き込みに機械的な動きを伴うからUSB転送速度前のHDD自体の速度がネックというのはあると思う。
HDDをRAID0とかでストライピング運用にすれば故障率は上がるけど速度は上がるよ。
アクティブなデータだけをSSDに入れて、それを解析するのが一番速そうな気はする。
個人的には、マルチコアになってからCPUを100%にするのは無理だと思っている。
そもそものCPUの設計思想が100%になっていた時代のとは違うしねー。

オレはmatlabは2つ立ち上げて処理することが多くて、1つが処理している裏で次に走らせたいものを入力するというやり方をする。
たまった処理は夜間に１つのmatlabで順に処理するようにしている。
いろいろ試した結果これに落ち着いた。
131：MJH：2015/02/04(水) 03:24:56: HSTRさん、コメントありがとう。
使ってるWDのHDDは、実測で書き込み速度120MB/sぐらい出るみたい（USB3.0接続）。
ttp://www.techradar.com/reviews/pc-mac/pc-components/storage/disk-drives-hdd-ssd/western-digital-my-passport-slim-1183614/review
自分がモニターしてた範囲では最大40MB/sぐらいの書き込み速度だったし、その値がでるのも極稀だった。
なので今の状態でボトルネックになってるのは、外付けHDDの書き込みではなさそうなんだよね。

でもたぶん並列処理できるようなプログラムで走らせた場合、次にボトルネックになるのはHDDの書き込みだろうし、
普通にデータの転送速度も速いから、次はThunderbolt接続のSSDにしようかと思ってる。

あと昨日調べてみたところ、Macのactivity monitorで出てくるCPUの状態は、50%になってても実質100%ぐらいになってる場合があるんじゃないかという話もあるみたい。
ttp://uk.mathworks.com/matlabcentral/answers/125161-hyperthreading-number-of-cores-parallel-computing-toolbox
もうこうなってくるとなにがなんだかわからんし、モヤモヤしてるけど、実際に処理が終わるまでの時間で何が一番早くなるか検討してみるのがよさそうだね。

KIさん、HSTRさん、アドバイスありがとうございました。
132：KI：2015/02/04(水) 07:14:37: クラスター使うしかないだろ。
133：MJH：2015/02/04(水) 09:58:36: クラスターは要検討。
データを出張先で取って、そこで解析することも多いから、ローカルでも手早く解析できるようにはしておきたい。
134：MJH：2015/02/04(水) 10:02:33: ってかクラスター使える環境ならMacProいらなかったんじゃない？あえて買うメリットなんかあった？
おれも来年度買おうかと思ってたけど、クラスター使えるんだったら買う必要ないかもと思った。
135：HSTR：2015/02/04(水) 12:06:07: >MJH
シーケンシャルで書き込みさせた理論値の速度と実測値はだいぶ違うぞ。
特に複数のプログラムからそれぞれ違うデータにアクセスさせるとその分ヘッドがたくさん動くからかなり遅くなると思う。
136：KI：2015/02/04(水) 17:01:25: MacProはSPDの最後が半年だったからお金をすぐに使い切る必要があるから買った
というのもある。当時はどこに移動するかもわからなかったし、クラスターも使えなかったからね。
137：MJH：2015/02/04(水) 22:38:36: HSTRさん
リンク先のwebsiteにはどういう環境でテストしたか書いてないけど、これは実測だと思う（じゃないとreviewしてる意味ないので）。
ここにも同じ型のHDDのbenchmarkの結果が出てるけど、ほぼ同じぐらいの速度がでてる（118MB/s)。
ttp://letstalk-tech.com/wd-passport-slim-1tb-review/
上に書いた自分の解析中の時の値(max 40MB/s)も、matlabひとつだけ立ち上げた状態（他のappからの書き込みもなし）での速度。
なので、自分のケースはHDDの書き込み速度がボトルネックになっているわけではないように思う。
一方、二つ目のリンク先に書いてある現象は、たしかに（activity monitorの表示の仕方の問題ではなくて）複数のmatlabからのアクセスによるHDD書き込み速度の低下で説明できそうだ。

KIさん
なるほど、そういうことかー。
確かに次にどこにいくかわからんことを考えると、MacPro買えるタイミングで買っておくのもいいかもしれない。
もう少し悩んでみる。
138：MJH：2015/02/04(水) 22:51:26: ２つmatlab立ち上げて同時に走らせてみたけど、4回走らせて２回も謎のエラーで止まった。
matlab一つ、単独で走らせたら問題無く走るんだけど。同じファイルを読み込みにいくからかな。
よーわからんけど、自分の環境ではうまくいかなそう。
139：KI：2015/02/05(木) 05:12:35: オレは同じファイルを複数のMatlabで読み込んでエラー出たことないと思うな。
読み込みだけじゃなくて同じファイルへの書き込みもやってるとエラーでるかも。
一個が書き込んでる瞬間にもう一個が読み込みにいったりとか。
140：MJH：2015/02/05(木) 07:09:23: そうかー、なんでだろう。ってかいま気づいたけど、読み込みにいってるのも（同じフォルダ内の）別ファイルだわ。
書き込みも全く独立のファイル。二つのmatlabで共通してるのは、同じfunctionを使ってるってだけだと思う。
よくわからんなぁ。
141：HSTR：2015/02/05(木) 16:53:15: >MJH
実測値だけど、1つのファイルのみにアクセスしているときの速度と複数の別々の場所に格納されたファイルにアクセスしているときの速度は違うよ、と言いたかった。
複数のファイルに同時にアクセスしている場合、ヘッドのシークタイムが余計に発生するから、
余計に時間がかかるのだ。
ttp://www.pasonisan.com/customnavi/z1012hdd/08cry.html
リンク見るとランダムアクセスとシーケンシャルアクセスでだいぶ時間違うでしょ。
ランダムアクセスの単位が小さくなればなるほどスピードが落ちているがわかる。
複数のmatlabから複数ファイルにアクセスするということはランダムアクセスになっているから、
余計なシーク時間が発生して遅くなっているのではないか、という説明でした。
わかりずらくてすまんかった。
142：MJH：2015/02/05(木) 23:06:20: うん、言ってることはわかるよ。
matlabを複数立ち上げて、同じディスクの違うファイルにアクセスしている場合に速度が落ちる
というのは確かにそうだろうと思う（そして上のmathworksのリンク先に書いてあったケースは
この可能性で説明できそう）けど、上で数字を出してボトルネックの話をしてたのは、基本的に
matlabを一つ立ち上げて処理した場合の話ね。

でもmatlab一つでもあっちこっちファイル読みに行ったり書いたりしてるだろうから、それを考慮すると
matlab一つの場合でもHSTRさんの言うようにsequentialの値よりrandomの方と比べた方が妥当かもしれないね。
ちなみに自分の使ってるHDDのデータ（実際使ってるのはこれの2TBのやつだけど）はここに出てた。
ttp://www.laptopmag.com/reviews/storage/western-digital-my-passport-slim-1tb
random writeで52.5MB/s。確かに自分がモニターしながら見てた最大値40MB/sとそんなにかけ離れては
いない。そうするともう少し出てもよさそうな気もするんだけども。40MB/sは自分がモニターしてた範囲
での最大値だから、ほとんどの時間はもっとゆっくりなんだよね。

でもとりあえずHDDの書き込みがボトルネックになっている可能性もありえるというのは納得した。説明ありがとう。
143：MJH：2015/02/05(木) 23:07:31: ↑なんか一部日本語おかしいけど気にしないでください（笑）
144：MRT：2015/02/25(水) 12:38:59: 遅レスだけどspm_defaultsのMaxmemはいじってみた？　|壁|ω・)

Memory pressureが無くてCPUに余裕があり，
HDD読み書きにも余裕がありそうでparforが効くってことは，
CPU-メモリ間がボトルネックになってる可能性がありそう
読み込むメモリ処理を増やして計算回数減らせば高速化できないかな？

2010年ごろにPCの性能に合わせて2＾26に上がったけど，
64が主流の今，もう少し上げても良いかもしれない．

あとDDR3の1600Mhzも少し早いのに変えてみるとか
（デスクなら3000，ノートでも2000くらい）

もう試した後だとは思うけど取りあえず　　|壁|ω・；)
145：MJH：2015/02/28(土) 08:23:20: MRTさん
いまSPM12とSPM8を使っていて、SPM12の方はMaxmemを26^30まで上げて使っているんですが、SPM8の方は上げるのを忘れてました！
SPM8の方はMVPAのツールボックスを使う時に一部関数を使ってるだけなんですが、もしかしたら効果あるかも。やってみます。

メモリの速度を上げるという手もあるんですね。たぶん近々マシンを買い換えると思うので、その時はこれも考慮してみますね。
アドバイスありがとうございます！
146：MRT：2015/02/28(土) 14:35:33: やはりすでにトライ済でしたか．さすがです

ちなみにメモリはこの辺も見てみるといいかも　壁|ω・）

New Mac Pro 2015のRAMはＤＤＲ４ぽい
ttp://www.macworld.co.uk/news/mac/new-mac-pro-2015-release-date-new-processor-delay-3536364/

ＤＤＲ３とＤＤＲ４の比較
ttp://www.crucial.com/usa/en/memory-server-ddr4-ja

また上手く行ったら教えてください　壁|ω・)ノ