解析関係 - 1172827656 - したらば掲示板

1：MRT：2007/03/02(金) 18:27:36: 解析に関する話題はここでお願いします．
SPMのUpdateや外部ツール，統計に関する話題なども
100：KI：2011/07/30(土) 05:49:50: MRIcronに二つの活動Mapをoverlayして見ると明らかにoverlapする部分があるのに
ImCalcで同様の二つの画像のoverlapの画像を作る（i1.*i2>0)と、あったはずの
場所にoverlapがない場合があります。誰かこの理由わかりますか？

MRIcronが不完全でoverlapがあるように見えているだけなんですかね。

それともImCalcでの入力（i1.*i2>0）がまずいんでしょうか。

誰かー。ヘルプミー。
101：MRT：2011/07/30(土) 06:31:56: 閾値の問題？
MRIcronでoverlayするときに使った画像（spmT or con）の色の表示範囲は同じになってます？
MRIcronは画像読み込みの時に画像に含まれる輝度(信号値)の値がもっとも映えるように
勝手に値の提示範囲を調整するので，閾値以下の値も表示してしまっている可能性があります．

i1，i2に対応するResultを一度，SPM上で表示 and Saveしたもの（同じ閾値）を
MRIcronでoverlayするとImCalcと同じになるかと思われます．

要はi1,i2の画像の閾値以下の値を初めから０にしておけば，
閾値の問題は回避できるのではないか，という話　ｄ(・・　）
102：MRT：2011/07/30(土) 06:49:23: 蛇足．

i1.*i2>0で作った画像は「式の結果が０以上のVoxel全てに１が突っ込まれる」ので
定量的な評価はできないです．　（・・；）

MRcronにoverlayする画像にcon.imgは使わないほうが良い．
con.imgにはβ値が保存されているため統計的に有意でないvoxelまで表示される
というか，con.imgでは統計的な閾値が分からない．．．

spmT.imgには閾値以下の値も格納されてるので
Figure用に加工する場合はあらかじめSPMのSave機能で閾値以下の値を切っておくと処理が楽
でないと，閾値以下の値をもつvoxelまでMRIcronに表示されてしまう（>>101の話）

この場合，MRIcronの表示範囲に閾値を設定してやれば閾値以下は消えるのだけど，
そうすると今度は閾値付近の表示色が黒っぽくなって見栄えが悪くなる．

以上，すでに知ってることが多いとは思うけど蛇足まで　（・・；)ヾ
103：MRT：2011/07/30(土) 06:51:55: ANDの領域のt-MAPを作りたいのか，Maskを作りたいのか？

Figure用の加工画像を作りたいのか，結果考察用に画像を表示させたいだけなのか？

など，目的によってやり方が変わるかも　ｄ(・・；
104：KI：2011/07/31(日) 05:46:00: MRTさんありがとうございます。

ただすでにMRTさんのおっしゃるように「i1，i2に対応するResultを一度，SPM上で
表示 and Saveしたもの（同じ閾値）をMRIcronでoverlay」して、overlapを確認
してる（Transparency on other overlaysでAdditiveにして色が変わっていると
ころがある）のですが、ImCalcの出力と同じになりません。なぞです。。

ちなみに二つの画像の共通領域を作る前に、それぞれの画像をImCalcでi1>0に
加工してからやってみるとoverlapが出てきました。これも意味不明ですよね。

ただ、これでやったのとMRIcronでのoverlapは若干形がことなります。
さらに意味不明で、混乱してます。
105：MRT：2011/07/31(日) 08:52:07: なるほどです

あとImcalcでかけたときに桁落ちが起こってるかと思ったのですが
閾下でSaveした画像だと最低でもT値は３は超えてそうだし(unc p<.001)．．．

こうなると確かに謎ですね　（－－；）

モノ(Saveした画像２枚)と出たり消えたりするROI座標をメールで送ってもらえれば
こちらでも見てみますよ？　壁|ω・；)
106：KI：2011/08/01(月) 02:27:14: MRTさん

ありがとうございます。なんか二つの画像のうちの一つがおかしいような気が
してるんですか、わからぬままです。もうちょっといろいろ試してみてストレ
スの限界に達したらMRTさんにお願いするかもしれません。
107：MRT：2011/08/01(月) 03:18:11: 了解です　(｀・ω・´)ゝ

またなんかあったらお気軽に．
108：MRT：2011/08/22(月) 18:20:42: 今更ですが，上記の件，MRICronの表示上の問題だったみたい
Cronで図表を作る人は注意です．

一応，注意レスまで　ｄ(・・　）

＊原因
Cronはoverlayする画像に勝手にsoomtingをかけてるため（3ｍｍ程度？），
活動のすそ野が広がり，表示される値もちょっと変わる．
109：MRT：2011/12/06(火) 16:53:31: SPMのFigを「別名保存」してIllustratorなどで編集すると結構，バグる．

以前はTIFFなどで保存すれば勝手に図表のObjectを分割認識してくれたのだけど，
最近，どの形式で保存してもバグる．とにかくバグる！これでもかとバグる！！

で，その修正方法がみつかったので少し　ｄ(・・　）

SPMで結果を出した後，MatlabのFigureWindow右上にある「SPM Figure」を使う．
このプルダウンの中の「Specify file」を選択すると
PS形式で画像が保存される．

一旦，PDFに変換してもいいけどIllustratorはPS形式を読めるので
このまま読み込むとObjectごとに分割認識してくれる

sloverなどを使って作ったDisplaySlice画像の場合は
PSでも若干バグる(座標値が消える)ので一旦，PDFにすると直る．

Fig作成時に困ってる方はお試しあれ　ヾ(｀・ω・´)ノ
110：MRT：2011/12/06(火) 17:31:57: ↑の件ですが，画像によっては保存時に
フォントやライセンスがどうこうケチをつけてくることがあります

その場合は読み込んだ画像を全選択して
CenturyなどIllustratorで使用できるフォントに変えてしまえば
クリアできます．
111：YM：2012/08/01(水) 08:58:36: SPM8に関する質問をさせていただきたいと思います。
現在、Windows7でSPM8を立ち上げようとしているのですが、下記のエラーメッセージが出て立ち上がりません。
何が原因かおわかりの方がいらっしゃいましたら教えていただけると大変助かります。
どうぞよろしくお願いします。ちなみにSPM5は同じ環境でも問題なく立ち上がりました。
＜エラーメッセージ＞
>> spm fmri
Error using spm_check_installation>check_basic (line 86)
There appears to be some problem with the installation.
The original spm8.zip distribution should be installed
and the updates installed on top of this. If in doubt,
consult your local network administrator.

Error in spm_check_installation (line 25)
check_basic;

Error in spm (line 330)
spm_check_installation('basic');
112：HSTR：2012/08/01(水) 18:05:34: >>111
前にデスクトップのテーマをwindowsのクラシックに変えたら動いたことがありました。
matlabのエラーだったかSPMだったかは忘れてしまいましたが。
113：OGT：2012/08/01(水) 18:13:53: >>111
YMさん
問題のエラー発生条件を当たってみたところ、
SPMをアップデートなどした際にどこかのファイルが上書きされなかったorファイルが足りない
などの時に起こるエラーのようです。

ちなみに問題のソースコードは
%-Ensure that the original release - as well as the updates - was installed
%--------------------------------------------------------------------------
if ~exist(fullfile(d,'@nifti','create.m'),'file') % File that should not have changed
if isunix
error(sprintf([...
'There appears to be some problem with the installation.\n'...
'The original spm8.zip distribution should be installed\n'...
'and the updates installed on top of this. Unix commands\n'...
'to do this are:\n'...
' unzip spm8.zip\n'...
' unzip -o spm8_updates_r????.zip -d spm8']));
else
error(sprintf([...
'There appears to be some problem with the installation.\n'...
'The original spm8.zip distribution should be installed\n'...
'and the updates installed on top of this.']));
end
end

なので、SPM内＠niftyフォルダ内の何かファイルが足りないなどの理由で引っかかっているのでは、と思います。
安っぽい解決策ですが、SPM本体と、アップデートの方をインストールし直してみるのが良いかと。

ちなみに、現在自分もWindows7 Professional(32bit)でSPM８を使用しているので、
Win７特有の問題ではないと思われます。

もし見当違いの事を言っていたら申し訳ありません。
一助になれば幸いです。

(´～`)。。oＯ(間違ってたらMRTさんが華麗に訂正してくれるはず……)
114：YM：2012/08/01(水) 20:52:00: HSTRさん、OGTさん
色々とアドバイスいただきましてありがとうございます。
Windows7特有の問題ではないことが分かり安心しました。
もう一度SPM8をインストールしなおしてみようかと思います。
本当に助かりました！
115：YM：2012/08/02(木) 05:32:40: OGTさんがおっしゃったように、ファイルが欠損していたようで、
SPM8の最新版をupdateしたら使えるようになりました。
本当にどうもありがとうございました。
116：MRT：2012/08/07(火) 13:53:48: MRICronに「GL」ってのがでてます．
ttp://www.mccauslandcenter.sc.edu/mricrogl/

Rendering機能が強化されていて
Renderの視点移動やCuttingのユーザビリティが上がっていて地味に便利

取りあえずは，Fig作成用にどうぞ
（他の機能は今一かも？）
117：MRT：2013/02/07(木) 16:03:13: SPM12のβ版がでてるけど誰か使ってる？　壁|ω・)？
118：MRT：2013/02/07(木) 16:37:09: 今，軽くのぞいてみたけどNormalizeの方法が結構変わってる

DARTELを使ってるぽい？誰か詳しい人いたら教えてほしい　壁|ω・）
ttp://brainmap.wisc.edu/pages/8-Normalizing-DARTEL-Templates-to-MNI-Space

あとAffine Regularisationに
「European Brain」と「East Asian brains」の選択ができたりしてる

他にも解析のモデル関係も結構，いじってそうですね．
そろそろ乗り換えも考えてみようかなぁ
119：MJH：2013/02/16(土) 22:57:39: まだ使ってないですねぇ。
前にMRTさんが紹介してくださったMRIcronGLはいじってみました。
操作性かいいですね。MRIcronだと3Dで表示させたときに脳をカットしたりするのに時間がかかりましたが、タイムラグもなくて扱いやすいと思いました。
120：MRT：2013/03/18(月) 15:40:42: ニッチすぎる小ネタをひとつ

SPMで３D構造画像をNormalizeすると脳だけが残るように
前後左右がカットされる．解析時はそれで良いのだけど，

目や鼻を残したままで構造テンプレートを作りたい場合
NormalizeパラメーターのBoundingBoxを下記のパラメータに書き換える　　ｄ(・・　）
-100 -130 -80
100 100 100
（デフォルトを前後左右に拡張させただけ）

でもって，これをMRICronGLに読ませて
機能画像をAddすると

広報用の画像を作る時に見栄えが良くなる!!　　　　

．．．気持ち分だけね　（・・；）

構造画像を公開する際にクレジットがいらなくなる！！

．．．ＭＮＩ使うのに気にする人もいないけどね　（・・；）
121：MJH：2015/01/31(土) 12:51:02: どなたかご存知でしたらアドバイスください。

Matlab R2013b(64bit, Mac)でイメージングのデータを解析をしています。
処理速度をもっと上げたいのですが、いまの速度しか出ない理由（何が処理速度のボトルネックになってるか）がよくわからず、速度を上げるためにハードをアップグレードする必要があるのか、ソフトウェア上のなんらかの設定の変更で高速化できるのかがわかりません。
処理に時間のかかるプログラムを走らせている間のCPU, メモリ、ディスクへの書き込みの様子を見ていると、どれも比較的余裕があるような状態に見えていて、ハードの問題ではなくて、単純に何らかのソフトウェア的な理由で自分のMacが本気出してないんじゃないかという気がしているのですが。

いまのマシンの環境は以下の通りです。
MacBook Pro (Late 2013)
CPU: 2.8GHz Dual Core Intel Core i7
Memory: 16GB 1600MHz DDR3
Graphics: Intel Iris 1536MB
外付けHDDをUSB3.0で接続し、データの読み書きをしている（マシンはUSB3.0対応、3.0として認識してることは確認済み）

Matlab R2013b
解析に時間がかかるプログラムを走らせている時のCPUは約70～90%あたりがIdle状態、Memory pressureは常時全くなく（Activity Monitor上は緑しか見えない）、スワップは常時ほとんどゼロ～2MB程度。
Diskへの書き込みは最大でも40MB/s程度、通常は数MB/s程度でふらふら（最初は外付けHDDへの書き込み速度がボトルネックかと思ったのですが、この書き込み速度だとUSB3.0の速度の限界には達していないように見える）。

だいぶ余力を残しつつえっちらおっちら走ってる感じなんですが、どうしたらもっと早くなるでしょう？
アドバイスいただけると助かります。
122：KI：2015/02/02(月) 18:28:17: オレも似たような感じで、全然解決策じゃないけど
CPUが100%になるぐらいまでMatlabを何個も立ち上げて並列に走らせてる。

あとはparallel processing toolboxのforloopを使うとか。
123：KI：2015/02/02(月) 18:30:32: 補足：parallel processing toolboxのfor loop、つまりparforのことです。
124：MJH：2015/02/02(月) 22:56:17: KIさん
おー、ありがとう！toolboxは入ってるけど、parfor使ったことなかったわ。これは良さそう。早速試してみる。

複数のmatlabで同じHDDにアクセスしても大丈夫？HSTRさんが昔、これでいくつかHDDぶっ壊してたけど。
SSDなら大丈夫なのかな。
125：MJH：2015/02/02(月) 23:35:01: うーむ、なんか変数の使い方に縛りがあってすんなり実行とはいかず。
ちょっとコードの書き方に工夫がいりそう。
126：KI：2015/02/03(火) 01:58:52: parforは各ループで変数が独立じゃないといけないからちょっとめんどいよね。

オレ今MacProでMatlab１０個ぐらい立ち上げて、外付けHDDのデータ（SSDじゃない）
で解析やってるけどなんの問題もないよ。データの書き込みはそれぞれ数１０分に
一回とか。過去数カ月なんの問題もない。
127：MJH：2015/02/03(火) 03:24:12: そうみたいね。とりあえず今は複数のmatlab立ち上げてやってみるわ。
Matlabを複数立ち上げて、それぞれ別のスクリプトを同時に実行したら速くなるってことは、（それぞれで走らせるスクリプトが並列計算を要求しないとして）別々のMatlabで走らせるスクリプトは別々のコア（ワーカー）を使って計算してるのかな。
一つのmatlab（instance)の中でそれぞれbatchとして複数のスクリプトを実行した場合となにか違うのかとか、なんかよくわからんのだけども。
128：KI：2015/02/03(火) 04:16:20: オレも詳しいことはようわからん。一つのMatlabで早いのも、何個が同時にやれるのも
最終的なスピードは変わらんと思ってそうしてる。でも、やっぱ一個のスピードは
何がボトルネックになってるかは知らんけど限界あるみたいね。
詳しい人に聞いても複数に振り分けてやればいいと言われたことあるわ。

今の大学はクラスターも使えるから割といいぞ。そっちにはないの？
129：MJH：2015/02/03(火) 05:36:23: あーすんません、ちょっと書き方が曖昧だった。
「それぞれ別のスクリプトを同時に実行したら速くなる」っていうのは、全部処理が終わるまでのトータルの時間が、
複数のスクリプトを複数のmatlabで同時に実行 < 一つのmatlabで複数のスクリプトを順番に実行　になるっていう意味。

確かに走らせるスクリプトが並列処理できるように書かれていなくて、matlab一つ＝１コアだったとすると、
複数matlab立ち上げて走らせた方が全部終わるのが早いのも納得できる。
自分のマシンが余力を残して走ってるように見えた（Idle 50%を切らない）のも、常にコア一つしか使ってなかっただろうという気がしてきた。

一個のスクリプトの処理時間は、スクリプトが並列処理できるように書かれてるかっていうのと、
CPUのパフォーマンス、（並列処理の場合はさらに）コア数に依存するってことなんだろうね。

そういえば、前にボスがうちの大学のクラスターは結構立派なのがあると言ってた。
いままではあんま必要性なかったけど、そろそろ限界きたし使ってみようかな。
130：HSTR：2015/02/03(火) 11:19:04: HDDじゃないの？ボトルネック。
USB3.0で転送速度に余裕があっても、書き込みに機械的な動きを伴うからUSB転送速度前のHDD自体の速度がネックというのはあると思う。
HDDをRAID0とかでストライピング運用にすれば故障率は上がるけど速度は上がるよ。
アクティブなデータだけをSSDに入れて、それを解析するのが一番速そうな気はする。
個人的には、マルチコアになってからCPUを100%にするのは無理だと思っている。
そもそものCPUの設計思想が100%になっていた時代のとは違うしねー。

オレはmatlabは2つ立ち上げて処理することが多くて、1つが処理している裏で次に走らせたいものを入力するというやり方をする。
たまった処理は夜間に１つのmatlabで順に処理するようにしている。
いろいろ試した結果これに落ち着いた。
131：MJH：2015/02/04(水) 03:24:56: HSTRさん、コメントありがとう。
使ってるWDのHDDは、実測で書き込み速度120MB/sぐらい出るみたい（USB3.0接続）。
ttp://www.techradar.com/reviews/pc-mac/pc-components/storage/disk-drives-hdd-ssd/western-digital-my-passport-slim-1183614/review
自分がモニターしてた範囲では最大40MB/sぐらいの書き込み速度だったし、その値がでるのも極稀だった。
なので今の状態でボトルネックになってるのは、外付けHDDの書き込みではなさそうなんだよね。

でもたぶん並列処理できるようなプログラムで走らせた場合、次にボトルネックになるのはHDDの書き込みだろうし、
普通にデータの転送速度も速いから、次はThunderbolt接続のSSDにしようかと思ってる。

あと昨日調べてみたところ、Macのactivity monitorで出てくるCPUの状態は、50%になってても実質100%ぐらいになってる場合があるんじゃないかという話もあるみたい。
ttp://uk.mathworks.com/matlabcentral/answers/125161-hyperthreading-number-of-cores-parallel-computing-toolbox
もうこうなってくるとなにがなんだかわからんし、モヤモヤしてるけど、実際に処理が終わるまでの時間で何が一番早くなるか検討してみるのがよさそうだね。

KIさん、HSTRさん、アドバイスありがとうございました。
132：KI：2015/02/04(水) 07:14:37: クラスター使うしかないだろ。
133：MJH：2015/02/04(水) 09:58:36: クラスターは要検討。
データを出張先で取って、そこで解析することも多いから、ローカルでも手早く解析できるようにはしておきたい。
134：MJH：2015/02/04(水) 10:02:33: ってかクラスター使える環境ならMacProいらなかったんじゃない？あえて買うメリットなんかあった？
おれも来年度買おうかと思ってたけど、クラスター使えるんだったら買う必要ないかもと思った。
135：HSTR：2015/02/04(水) 12:06:07: >MJH
シーケンシャルで書き込みさせた理論値の速度と実測値はだいぶ違うぞ。
特に複数のプログラムからそれぞれ違うデータにアクセスさせるとその分ヘッドがたくさん動くからかなり遅くなると思う。
136：KI：2015/02/04(水) 17:01:25: MacProはSPDの最後が半年だったからお金をすぐに使い切る必要があるから買った
というのもある。当時はどこに移動するかもわからなかったし、クラスターも使えなかったからね。
137：MJH：2015/02/04(水) 22:38:36: HSTRさん
リンク先のwebsiteにはどういう環境でテストしたか書いてないけど、これは実測だと思う（じゃないとreviewしてる意味ないので）。
ここにも同じ型のHDDのbenchmarkの結果が出てるけど、ほぼ同じぐらいの速度がでてる（118MB/s)。
ttp://letstalk-tech.com/wd-passport-slim-1tb-review/
上に書いた自分の解析中の時の値(max 40MB/s)も、matlabひとつだけ立ち上げた状態（他のappからの書き込みもなし）での速度。
なので、自分のケースはHDDの書き込み速度がボトルネックになっているわけではないように思う。
一方、二つ目のリンク先に書いてある現象は、たしかに（activity monitorの表示の仕方の問題ではなくて）複数のmatlabからのアクセスによるHDD書き込み速度の低下で説明できそうだ。

KIさん
なるほど、そういうことかー。
確かに次にどこにいくかわからんことを考えると、MacPro買えるタイミングで買っておくのもいいかもしれない。
もう少し悩んでみる。
138：MJH：2015/02/04(水) 22:51:26: ２つmatlab立ち上げて同時に走らせてみたけど、4回走らせて２回も謎のエラーで止まった。
matlab一つ、単独で走らせたら問題無く走るんだけど。同じファイルを読み込みにいくからかな。
よーわからんけど、自分の環境ではうまくいかなそう。
139：KI：2015/02/05(木) 05:12:35: オレは同じファイルを複数のMatlabで読み込んでエラー出たことないと思うな。
読み込みだけじゃなくて同じファイルへの書き込みもやってるとエラーでるかも。
一個が書き込んでる瞬間にもう一個が読み込みにいったりとか。
140：MJH：2015/02/05(木) 07:09:23: そうかー、なんでだろう。ってかいま気づいたけど、読み込みにいってるのも（同じフォルダ内の）別ファイルだわ。
書き込みも全く独立のファイル。二つのmatlabで共通してるのは、同じfunctionを使ってるってだけだと思う。
よくわからんなぁ。
141：HSTR：2015/02/05(木) 16:53:15: >MJH
実測値だけど、1つのファイルのみにアクセスしているときの速度と複数の別々の場所に格納されたファイルにアクセスしているときの速度は違うよ、と言いたかった。
複数のファイルに同時にアクセスしている場合、ヘッドのシークタイムが余計に発生するから、
余計に時間がかかるのだ。
ttp://www.pasonisan.com/customnavi/z1012hdd/08cry.html
リンク見るとランダムアクセスとシーケンシャルアクセスでだいぶ時間違うでしょ。
ランダムアクセスの単位が小さくなればなるほどスピードが落ちているがわかる。
複数のmatlabから複数ファイルにアクセスするということはランダムアクセスになっているから、
余計なシーク時間が発生して遅くなっているのではないか、という説明でした。
わかりずらくてすまんかった。
142：MJH：2015/02/05(木) 23:06:20: うん、言ってることはわかるよ。
matlabを複数立ち上げて、同じディスクの違うファイルにアクセスしている場合に速度が落ちる
というのは確かにそうだろうと思う（そして上のmathworksのリンク先に書いてあったケースは
この可能性で説明できそう）けど、上で数字を出してボトルネックの話をしてたのは、基本的に
matlabを一つ立ち上げて処理した場合の話ね。

でもmatlab一つでもあっちこっちファイル読みに行ったり書いたりしてるだろうから、それを考慮すると
matlab一つの場合でもHSTRさんの言うようにsequentialの値よりrandomの方と比べた方が妥当かもしれないね。
ちなみに自分の使ってるHDDのデータ（実際使ってるのはこれの2TBのやつだけど）はここに出てた。
ttp://www.laptopmag.com/reviews/storage/western-digital-my-passport-slim-1tb
random writeで52.5MB/s。確かに自分がモニターしながら見てた最大値40MB/sとそんなにかけ離れては
いない。そうするともう少し出てもよさそうな気もするんだけども。40MB/sは自分がモニターしてた範囲
での最大値だから、ほとんどの時間はもっとゆっくりなんだよね。

でもとりあえずHDDの書き込みがボトルネックになっている可能性もありえるというのは納得した。説明ありがとう。
143：MJH：2015/02/05(木) 23:07:31: ↑なんか一部日本語おかしいけど気にしないでください（笑）
144：MRT：2015/02/25(水) 12:38:59: 遅レスだけどspm_defaultsのMaxmemはいじってみた？　|壁|ω・)

Memory pressureが無くてCPUに余裕があり，
HDD読み書きにも余裕がありそうでparforが効くってことは，
CPU-メモリ間がボトルネックになってる可能性がありそう
読み込むメモリ処理を増やして計算回数減らせば高速化できないかな？

2010年ごろにPCの性能に合わせて2＾26に上がったけど，
64が主流の今，もう少し上げても良いかもしれない．

あとDDR3の1600Mhzも少し早いのに変えてみるとか
（デスクなら3000，ノートでも2000くらい）

もう試した後だとは思うけど取りあえず　　|壁|ω・；)
145：MJH：2015/02/28(土) 08:23:20: MRTさん
いまSPM12とSPM8を使っていて、SPM12の方はMaxmemを26^30まで上げて使っているんですが、SPM8の方は上げるのを忘れてました！
SPM8の方はMVPAのツールボックスを使う時に一部関数を使ってるだけなんですが、もしかしたら効果あるかも。やってみます。

メモリの速度を上げるという手もあるんですね。たぶん近々マシンを買い換えると思うので、その時はこれも考慮してみますね。
アドバイスありがとうございます！
146：MRT：2015/02/28(土) 14:35:33: やはりすでにトライ済でしたか．さすがです

ちなみにメモリはこの辺も見てみるといいかも　壁|ω・）

New Mac Pro 2015のRAMはＤＤＲ４ぽい
ttp://www.macworld.co.uk/news/mac/new-mac-pro-2015-release-date-new-processor-delay-3536364/

ＤＤＲ３とＤＤＲ４の比較
ttp://www.crucial.com/usa/en/memory-server-ddr4-ja

また上手く行ったら教えてください　壁|ω・)ノ
147：MJH：2015/03/01(日) 00:42:25: おー、情報ありがとうございます。早速チェックしました。
MacProの次のモデルはDDR4なんですね。なるほど、確かにこれはよさそう。

ちなみに今月はじめにKIさんやHSTRさんからアドバイスを頂いた後にいろいろ試してみました。
HDDをWD My Passport Slim 2TB (USB3.0接続）からWD My Passport Pro 4TB（RAID 0)（Thunderbolt接続）にして、
同じプログラムを走らせてみたら、予想に反して遅くなってしまいました。一概に比較は難しいとは思いますが。

あと大学のクラスタも使ってみたんですが、こちらはさらに時間がかかりましたね。
聞いたところによると、うちの大学のクラスタは一つ一つのコアの速度がだいぶ遅いらしいです。
Matlabを走らせるときに、一つのジョブに対して４つまでしかコアを使わせてもらえなかったり、他のユーザーのジョブが常にかなり投入されてて、混んでるのも原因だろうと思います。
いま使ってるMacBook Proがdual coreなので、それよりは早くなると期待してたのですが。
うちの大学のクラスターは、たぶん一気にジョブをたくさん投げるような仕事をしてる人（シミュレーションとか）をやってる人には良さそうですが、
少ないジョブを早く終わらせたいような場合には向かなそうです。
他にもリモートで操作した時の速度の問題や、プラットフォームの違い？による結果の違いなどいろいろあって、結局ここでクラスタを使うのはやめました。

自分の今の環境では、ローカルで高速なマシンを使うのが一番な気がしました（といってもまもなくここを去りますが）。
次のMacProに期待してみます。
148：MRT：2015/10/05(月) 19:03:03: SPM12からspm_defaultsの扱いが少し変わった模様．
別のところにspm_my_defaultsとかを作って必要な項目だけ修正しておけば良い

あとこんなページもあるようですね
SPMの高速化（SPM/Faster SPM）
ttps://en.wikibooks.org/wiki/SPM/Faster_SPM
149：MRT：2015/10/30(金) 11:28:49: SPMって確か前処理でＬ－Ｒの反転をやってたと思うのですが，
どこでやってたか覚えている人おられます？

確かNormalizeのところだったと思うのだけど　（・・；）