STAP問題の全解に向けて、その27 - 1530770319

101：ドクター・ワトソン：2018/07/07(土) 09:18:39: 女性はコツコツと何かやり続けることに忍耐力があって、横から男がそれを
奪い取るというケースは時々あるかな。キューリーさんは夫婦だつたから
まだよかったのかな。でも放射能で手の皮膚がぼろぼろになったのは婦人のほうだったね。
102：シャーロック・ホームズ：2018/07/07(土) 09:19:48: でも先に亡くなったのは旦那のほうだ。
103：小野小町：2018/07/07(土) 09:23:54: 厳密さにおいて小保方さんの研究はミューズ細胞論文やムー産の論文にかなわないわね。
ただ、小保方さんは三胚葉由来組織のすべてに三胚葉に再分化していく多能性細胞が
存在しているという仮説の証明なんで、対象範囲が広すぎるのよね。
104：在原業平：2018/07/07(土) 09:26:04: 問題は彼女が４種の組織から取り出したものを３種の誘導培養液のすべてで
分化誘導だきたという事実だ。
105：小野小町：2018/07/07(土) 09:29:09: 12のお皿の中ですべて分化が生じたということね。
①試験管内分化誘導実験
②テラトーマ分化誘導実験
③キメラ作製実験

のうち、①が確認されていることね。これがヴァカンティの特許クレーム根拠なのね。
世界の誰も出来てない。
106：ドクター・ワトソン：2018/07/07(土) 09:41:27: 最初にヴァカンティは身の潔白の証明のために特許申請しているけど
それだけではないといった意味わかってくれた?
PNASから理研での騒ぎに巻き込まれたけど、理研で得られたものとして
刺激で出来てきているという仮説に代わっているということね。
それがティシュー論文の結果の意味付けを変えているんだよ。
すべての組織細胞はある種の刺激を受けると試験管内で三胚葉に分化する程度には
リプログラムされるということだ。ヴァカンティが特許申請しているのは
その細胞の作りかただ。
107：デラ・ストリート：2018/07/07(土) 09:46:44: HPのレシピに以下のようにあるわね。GFPを使った酸浴実験に対する疑念が出てるんじゃないかしらね。
ティシュー段階に戻ろうとしているわね。２年前の段階ね。
>>
***At this point, Dr. Vacanti and Dr. Kojima highly recommend to trituration of the cells with a thin-glass pipet (A). Also, I recommend using SLO (Streptolysin O) treatment if the cells don’t form clusters well (B).
108：在原業平：2018/07/07(土) 09:53:22: HPの時期はあの日の出版後で、かつ無論丹羽検証の後で、ハーバードとしては
とても参考になる実験だよね。彼らは自分たちの行った実験はよく知ってるからね。
ただ小保方さんを理研に送ってからの研究は小保方さんからの日報で知る以外には
無いからね。今までそう信じていたことがESコンタミだなんて言われたら、いままで
理研でやってたことは何だったんだと考えるよな。無論彼らは特許申請維持して
いることからも小保方さんの証言を信じているからね。どうしてこんなことになるのかと
疑義するよね。その判断に再現検証実験の報告はとても参考になっているはずだ。
109：小野小町：2018/07/07(土) 10:00:17: 小島さんは今どこにいるのか知らねえ?
110：在原業平：2018/07/07(土) 10:01:03: V-cellに居たりして。ひひひ。
111：ドクター・ワトソン：2018/07/07(土) 10:04:35: 僕の推測では刺激の最たるものは細胞を一個一個に分離してしまうことだと思ってるんだけどな。
一応高等生物の組織細胞はそういうことをするとほどなく死んでしまうんだけど
一部にリプログラムが生じて培養するとある一定期間維持できるんじゃないの。
もし、特許が成立したらこの細胞からの発展的研究はヴァカンティにロイアリティを
支払わない限り２０年間はできなくなるね。
112：デラ・ストリート：2018/07/07(土) 10:05:54: あら、ネイチャー論文には酸浴させたものとさせなかったものとでGFP蛍光の
あるなしが識別されているわ。
113：ペリー・メイスン：2018/07/07(土) 10:07:42: GFPの使用と酸浴刺激との関係は、細胞単離と試験管内分化実験結果と無関係で
あった可能性に関して今検討しているんでしょ。
114：ドクター・ワトソン：2018/07/07(土) 10:10:28: そこに、本来の小保方さんの発見した現象とは全く無縁の、若山さんによる
エイプリル・フールが組み合わさってる可能性があるんで、その解明は
ネイチャー論文でどういう実験結果が出ているかで推測がつくと考えて
いるのさ。
115：シャーロック・ホームズ：2018/07/07(土) 10:15:29: 若山さんのエイプリル・フールには前提がある。
①小保方さんの三胚葉分化実験結果を信じている。
②GOFマウスのGFP蛍光はスタンダードな現象と考えている。
③小保方さんと一緒に山梨でこの細胞の解明を行いたかった。
116：在原業平：2018/07/07(土) 10:17:10: 小保方さんのスフィァ塊の細胞を使ってntESを作ったとしても、そのこと自体はとても
真面目な研究だね。何の問題もない。
117：小野小町：2018/07/07(土) 10:25:55: その後のことは複雑すぎるのね。
①12/27テラトーマに何かあった。
②ヴァカンティとの確執
③小保方さんが自分の思うようになってくれない。
④小保方細胞核のntESからの研究発展も何か面白くなった。
⑤理研が割り込んできた。
⑥笹井さんが囲い込んだ。
⑦論文が書き上げられ、三者特許が申請された。
⑧論文が通りそうだ。
⑨もうだめだ。
⑩論文取り下げ意思の発表
⑪反笹井派のリークを含む嫌がらせ。
⑫マスコミの大騒ぎ。
⑬業界の裏まで飛び火しそうだ。
⑭文科省が割り込んできた。
⑮すべては抑え込まれた。
⑯文科省の権力が米国には及ばないところで今うじうじと。ひひひひ。
118：孤舟：2018/07/07(土) 10:36:47: ラブオンザビーチと息子の裏口と、、、はは。
天網恢恢疎にして漏らさず。
119：小野小町：2018/07/07(土) 10:37:46: Ooboe さんが、ご心配よ。
120：孤舟：2018/07/07(土) 10:38:59: 阿久悠の家の周りが湖になって孤立しているらしい。今連絡中。
121：在原業平：2018/07/07(土) 10:41:58: それは昨日の話だろ。今水位は平時に完全に戻ってる。大丈夫の筈だ。
ただ自宅に上る坂道が壊れてたと言ってたな。
122：孤舟：2018/07/07(土) 10:43:49: 車幅くらいは辛うじて残っていると言ってたがな。何か復旧のことで忙しいのかな。
123：在原業平：2018/07/07(土) 10:47:08: そんな場所危なくて通れないだろ。
それにしてもOoboe さんはどうして我々が九州にいるなんて思い込んでるんだろうか?
そんな情報を出した覚えはないんだけどな。我々は海峡を挟んだ海外にいるだけだ。
124：孤舟：2018/07/07(土) 10:52:24: 釣りに行っちゃ駄目ですよ！🚫
なんて、やっとわかったよ。Ooboeさんの旦那は国土交通省か警察勤務だ。
公人だと聞いてたよな。
125：小野小町：2018/07/07(土) 10:55:16: 今は降りやんでるけど日曜まではまだ前線が通り過ぎないのよね。
その後はピーカンの夏日よ。ああおぞましい。
126：ヘーゲル：2018/07/07(土) 10:56:36: 本題頼むぜ。
127：カール・ヤスパース：2018/07/07(土) 10:57:13: 本題、何でしたっけ?
128：デラ・ストリート：2018/07/07(土) 10:58:26: 何ぜmorula を調べているのか?
129：小野小町：2018/07/07(土) 11:03:35: HPのmorulaのデータは丹羽さんの作ったものね。でもレター論文にあるデータは
2012年8月に解析に出された分だわね。これは若山さんしか作れないので、若山さんが
桑実胚と胚盤胞をコントロールとして作ってデータ解析して小保方さんに比較
させようとしたものよね。そしてその比較させる理由は丹羽さんがこれを渡した
理由と同じ筈だわね。
130：ペリー・メイスン：2018/07/07(土) 11:06:54: そうだね。でもレター論文にはこの比較はないんだけどな。アーティクルにも
ないよな。でもSAMN02393434はレター論文に書き込まれている。
131：ドクター・ワトソン：2018/07/07(土) 11:11:37: 先にHPの方を考えたいね。STAP細胞の多能性マーカーを見てるんだよね。その比較に
ESと桑実胚が並べられている。本当にこの桑実胚のデータが丹羽さんのかどうかは
はっきりしないけど、まあ、一応下記にはそうあるよな。
>>
The cell culture was performed by Haruko Obokata. Photography and gene expression analyses were performed by other members in the STAP verification experiment team.
132：ペリー・メイスン：2018/07/07(土) 11:16:19: たまに気づかずにエーエヌエーエルを書き込んでも通る時があるね。
まあ、ここの禁止ワードの不可思議さはともかくとして、桑実胚のデータを
並べたのは丹羽さんだとしか思えないね。ではどうして並べたのか。
133：ドクター・ワトソン：2018/07/07(土) 11:23:58: いろんな多能性マーカーをSTAPとESと比べるならそこに桑実胚とか胚盤胞は
どうなのだという比較があっても何もおかしくはないよな。おかしく感じるのは
それがたまたまGFPの発現が変だからだろ。
134：ペリー・メイスン：2018/07/07(土) 11:28:07: いや、それだけでなくて、桑実胚を並べたのならどうして胚盤胞もならべなかったんだろうか
ということも疑問なんだ。レターには胚盤胞の分も登録データとして挙がってる。
135：デラ・ストリート：2018/07/07(土) 11:30:09: gene expression analyses　のデータを作ったのは小保方さんではないけど、
グラフに纏めたのは小保方さんで、その時に論文時のデータも中途半端に加えてないかと?
136：小野小町：2018/07/07(土) 11:33:02: それは分からないわね。分からない時は両方考えるんでしょ。もしこの桑実胚の
データが登録データベースのものだったらこのGFPの不思議は2012年8月時点に遡るということね。
もし丹羽さんのものだったら、コンタミ事故としか考えられないのね。
137：在原業平：2018/07/07(土) 11:34:09: 2012年8月に遡ってもコンタミ事故の可能性はあるんだろうよ?
138：小野小町：2018/07/07(土) 11:39:31: そうね。ただ2012年に遡った時のコンタミはマウスのコンタミも疑われるんじゃないの。
若山研では長く自家繁殖させてるからね。普通のB6のケージにGFPマウスが
飛び込んでたりすると交配時にGFPヘテロマウスとの交配が混じってGFPのある
卵細胞が混じるわよね。数匹の中に何パーセントかあるとあの結果にはなり得る
のよね。
139：在原業平：2018/07/07(土) 11:42:01: マウスは多産だからな。その可能性はあるな。丹羽さん達は新たに
凍結細胞からマウスを作っているからその心配は少ないね。丹羽さん達の
コンタミならゲルに流し込む直前なんだろうね。
140：デラ・ストリート：2018/07/07(土) 11:43:38: ①丹羽さん達のDNAコンタミ
②若山さん達のDNAコンタミ
③若山さん達のマウスコンタミ
141：ペリー・メイスン：2018/07/07(土) 11:45:36: ④GFPとプロモーターとの連結相関がおかしい。

というのはmorula では考えにくいと。
142：シャーロック・ホームズ：2018/07/07(土) 11:48:57: 取り敢えずmorulaの件はそこでペンディングしとこう。で、次はSTAP細胞なんだけど
ここでもGFPとプロモーターの連結相関がおかしいという問題はより深刻にあるよな。
143：ドクター・ワトソン：2018/07/07(土) 11:51:52: 刺激しているからな。普通の状態ではないよな。これは未知の領域だよ。
144：小野小町：2018/07/07(土) 11:55:14: ランチだわ!

youtube.com/watch?v=lQK5RKqXIYY
145：ゲッツ：2018/07/07(土) 11:56:26: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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146：在原業平：2018/07/07(土) 17:29:33: 小町ちゃん、ジンライムね。
147：小野小町：2018/07/07(土) 17:38:54: あちこち被害が出てるわね。
148：孤舟：2018/07/07(土) 17:40:36: 明日までは油断できないな。すでに地盤はゆるゆるだ。
149：開高健：2018/07/07(土) 17:50:50: 天災だからな。どうしようもないけど、どこまで政府行政の責任かということね。
被害はそういう場所はたいてい皆保険に入っている筈だけど、これも具体的には
誰かの労働力と生産施設を使って修復するんだからね。和ほかに使うための生産力を
補修のために使う。単純に言うと、河川を常時浚渫しているのと普段土砂の堆積する
ままに任せて、天災が来たら仕方なく補修するのと、どっちがコスパがいいかという
選択だね。最近なんか考えてないよね。偏差の外側に居る奴らはいったいどこに
行ったのかな。
150：山村聰：2018/07/07(土) 17:52:23: ラブオンザビーチとか裏口なんかに居るらしいぜ。
151：開高健：2018/07/07(土) 17:58:54: そもそも地方公務員自体に政治家の口利きの裏口があるくらいだからな。
東大の法学部の教授が国家公務員試験の問題を流出させたこともあるくらいなんだから
医者の裏口なんて今更馬鹿言っちゃいけないよ。日大だってお前たちは運動選手枠なんだから
ラグビーやめるなら大学やめろなんて言ってる学長がいるのに、そもそも誰も
そんな話聞いてないって。
152：孤舟：2018/07/07(土) 18:02:27: がはははははは。立派な奴は皆特攻して死んだ。残った人間はクズだけだ。
それが恥ずかしくてたまらなかった人々もいないくなって、もはや、、、
いずれ特亜のけだものどもに殺されるぜ。チベットや、ウィグルみたいにな。
153：ヘーゲル：2018/07/07(土) 18:09:58: 本題頼むぜ。
154：カール・ヤスパース：2018/07/07(土) 18:12:20: 本題、何でしたっけ?
155：デラ・ストリート：2018/07/07(土) 18:16:51: まずはなによりもATP-No1だわよ。
156：ペリー・メイスン：2018/07/07(土) 18:19:28: まず第一に確認しておかなければならないのはこのAYPシリーズで使われている
マウスはGOFマウスでOcr4-GFPが挿入されていて、CAGでは無いということだな。
157：ドクター・ワトソン：2018/07/07(土) 18:47:12: そうだ。次に大事なのはY軸は対数表示だということだな。1と10の間は下ほど疎で
上ほど密だということね。例えば５倍の線はどのあたりかというと間隔を１０等分して
2.5のあたりだ。逆に間隔の真ん中はどの程度かというと
7*7が49だからね。７倍のあたりだ。そのように見る。
158：デラ・ストリート：2018/07/07(土) 18:58:44: とり合えず単純に見ると、リニアで1.35の当たりね。つまり６倍程度の線なのね。
１がESのGFP+細胞なのよね。つまりESの６倍GFPが発現している。
ところがここにからくりがあって、まずESの1はどういう風に計量された数値かというと、
Gapdhの発現量に対して比例させてある。ハウスキーピング遺伝子というのは
生体内で常時発現している遺伝子を選んである。Gapdhもそうだ。話を早めると
単純にES細胞のすべての細胞でGapdhが発現していて、GFPも全部発現しているとすると
GFPが1ということはGapdhも１だということになる。それがSTAPで６倍出るということは
あり得ない。従って、逆にGapdhが僅かしか出てないとみるしかないわけね。
159：在原業平：2018/07/07(土) 19:01:39: まあ、例の書き込み者が最初に推測していることがそれだね。言うまでもないが
問題山積みだよな。中学生でも、ええっ、センセなんか変ですと言い出しそうだよね。
160：小野小町：2018/07/07(土) 19:11:58: あなたこれ、晩酌しながら考えるのよしなさい。明日にしましょ。原理的に
ハウスキーピング遺伝子が１発現するとき他の遺伝子が１以上ということはありえないのね。
また、仮にハウスキーピング遺伝子の発現が他のサンプルに対して少し変動するとしても
大きく変動するなら、そもそもその遺伝子はハウスキーピング遺伝子として選択してはいけないわよね。
Gapdh遺伝子は今までそういう目的で特に問題なく使われてきた指標遺伝子だわよね。
それに対してCAG-GFPという常時発現するように設計されている遺伝子が1として
表示されているのに、STAPにおいてOct4-GFP遺伝子が６倍発現することはあっては
行けなくて、あるとしたら壊れていて、しかも転写がおかしくなってるということね。
そしてでも、Oct4構造遺伝子は８倍くらい出てる。ひひひひひ。これはGapdhが使えない
ということだわよね。
161：在原業平：2018/07/07(土) 19:17:07: そうだね。そこまでならだれでもわかる。でも、小保方さんはずっとそれで
実験データを解析してきたんだよな。だったら、検証実験では本当は
Gapdhが不安定なんて主観要因でせっかく出来ていた細胞を除外した相澤さんは
間違っていたのではないかと考えるのに、今の晩酌時はいけないと、君は
そう説教するわけだな。
162：小野小町：2018/07/07(土) 19:22:48: そういうこと。相澤さんは相澤さんでキメラができないと特許は取り下げと考えてるんだから
小保方さんがどのように間違えて行ったのかということをトレースするのが仕事ではないのよね。
小保方さなーんにとってもここでキメラが出来ているということが考察の決定的な要素になっていて、
普通なら気づく疑義を気づかせないということがあるのよね。んじゃ。
163：ふむ：2018/07/07(土) 19:26:07: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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164：名無しさん：2018/07/07(土) 21:33:49: おもしれーよな。
弁護士の三木は何でFBで、HPのデータは予備実験だからと外されたと、それは小保方と理研双方に確認したと色々、嘘付いたんだろうな。
理研、相澤に文書でやり取りをした奴がその物証を限定的に公開してんのをココの奴ら知らんだろwww
ま、オマイらは小保方のデタラメに付き合ってやれやー
165：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2018/07/08(日) 00:33:12: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
166：名無しさん：2018/07/08(日) 04:06:18: >>164

無理スンナ。アッポはバレてる。青洟垂らして死ね。
167：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/07/08(日) 04:18:52: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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168：在原業平：2018/07/08(日) 04:19:49: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
169：小野小町：2018/07/08(日) 04:25:02: こっちの雷神さんは居なくなったみたいね。お気に入りは変化なしよ。DORAさんだけね。
170：在原業平：2018/07/08(日) 04:32:21: 丹羽論文のFigure3-bのATP10-3のKlf4の黄色のグラフにあるエラーバーを見てごらん。
小保方さんのグラフと同様の上下不均等がある。データ数は３個だね。これは明らかに
データが少ないときに上下データ値にするようにプログラムが組まれているということだ。
>>
（調査結果）本件に関しては、Extended Data Fig.1a について過去に投稿された論文原稿に遡りグラフが投稿毎に一致しないこと（特にエラーバーのサイズ、有無など）を確認した。小保方氏本人対する聞き取り調査で、図を描画ソフト等で修正したことはないかを含め原因の心当たりを確認したところ、修正したことはないが、本人としてもエラーバーが不自然であること、ただ表計算ソフトの問題でこのようなことはよく起きると考えていたとの回答を得た。パソコンに入っていると思われるオリジナルデータの提出を小保方氏に求めたが、提出されなかった。
（評価）小保方氏本人も図が不正確であると認識していたと認められ、本来であれば別のソフトウェアを用いるなりすることで、正確な図を描くことが当然であるが、同氏にその意識が欠如していたため起こった、意図的ではない間違いであったとも考えられる。表計算ソフトの問題で起きる事は考えにくいが、オリジナルデータの確認がとれないため、調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。
>>
（調査結果）本件に関しては、Extended Data Fig.1a について過去に投稿された論文原稿に遡りグラフが投稿毎に一致しないこと（特にエラーバーのサイズ、有無など）を確認した。小保方氏本人対する聞き取り調査で、図を描画ソフト等で修正したことはないかを含め原因の心当たりを確認したところ、修正したことはないが、本人としてもエラーバーが不自然であること、ただ表計算ソフトの問題でこのようなことはよく起きると考えていたとの回答を得た。パソコンに入っていると思われるオリジナルデータの提出を小保方氏に求めたが、提出されなかった。
（評価）小保方氏本人も図が不正確であると認識していたと認められ、本来であれば別のソフトウェアを用いるなりすることで、正確な図を描くことが当然であるが、同氏にその意識が欠如していたため起こった、意図的ではない間違いであったとも考えられる。表計算ソフトの問題で起きる事は考えにくいが、オリジナルデータの確認がとれないため、調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。
171：小野小町：2018/07/08(日) 04:34:25: その問題は解決ね。そもそも桂報告は何がおかしいのかを先に自分が提示しなさいということね。
172：在原業平：2018/07/08(日) 04:36:43: さて、本題だ。
173：ヘーゲル：2018/07/08(日) 04:37:45: え? 私の出番は?
174：カール・ヤスパース：2018/07/08(日) 04:39:15: 師匠、まあ、いいじゃありませんか、たまには。
昨日の続きなんでしょうから。
175：デラ・ストリート：2018/07/08(日) 04:47:01: HPのATP-No1よ。Oct4-GFP遺伝子の発現はコントロールESの6倍、Oct4構造遺伝子の
発現はコントロールESの8倍程度になっていて、単純にみるとESよりたくさん
発現していると思われやすいけど、ESはCAG-GFPで常時発現するように設計されているし、
一応ハウスキーピング遺伝子としてのGapdhもそうなのね。つまりES以上の発現って
ほとんど無意味なのよね。
176：ペリー・メイスン：2018/07/08(日) 04:51:43: CAG-GFPの設計思想からしたらこれ自身がハウスキーピング遺伝子だと考えていいくらいだよ。
通常の細胞状態なら常時発現していて、これ以上の発現なんてありえない。
それだけで、まずそのES以上に発現していることのおかしさに気づかないといけない。
なぜ気づかないのかという問題が昨日提示しておいた問題だな。
177：小野小町：2018/07/08(日) 04:54:24: 何はともあれ、この細胞からはキメラが出来ていて、多能性細胞であることが
証明されているのよね。何がおかしくても結論は決まっている。多能性細胞だわ。
はは。
178：在原業平：2018/07/08(日) 05:19:16: エラーバーに関して小保方さんはn=3のときに均等に出ない理由をプログラムの関係だと
思ってたと言ってる。丹羽さんは同じ現象に関しては当然ちゃんとわかっているだろうけど
何も言わずにn=3の時のエラーバーを示して桂報告を書いた人々のレベルを風刺した。
小保方さんは大先生達にかこまれてあんたたちアッポちゃうのとは言えなかったから、
女性らしく相手を傷つけないように間接的にやんわりと説明してやってるのに、アッポどもは
理解できずにあんな結論を書いてしまったということになったのだろうか。
179：ドクター・ワトソン：2018/07/08(日) 05:23:34: そこはまた別問題だ。論文で小保方さんは多能性マーカーの発現解析グラフの
Y軸を全部リニアにとってる。これがまた謎だ。
180：デラ・ストリート：2018/07/08(日) 05:36:55: リニアに換算し直したらエラーバーもそうならないといけないわね。
まさかログ軸にそのままリニア目盛りを打ったなんてことはないわよね。
181：ドクター・ワトソン：2018/07/08(日) 05:41:53: 流石にそれは無いと思うけど、Relative Expression LevelでES基準で
リニアに２倍３倍という表示も気になるね。HPみたいな原データから
更に加工しているよね。これって、おかしさに気づいていた可能性は
あるんじゃないか。
182：小野小町：2018/07/08(日) 05:49:54: 私たちは既に事件になってESコンタミだなんて説明がなされているから
疑いを持ってデータを見るんだけど、当時、キメラができていて、自分の細胞は
多能性細胞だと証明されているのを、いやいや、先生、キメラができたのは
何かの間違いじゃないんですかと、わざわざ、マーカー解析結果が変なんです
んて言い出す人があるかということね。本当はそうでないとおかしいんだけど、
でも、自分の細胞から先生によってキメラが出来たのを否定できる本人って
あり得るかということね。
183：在原業平：2018/07/08(日) 05:51:28: 12/27Harukoを彼女がずっと使わなかった理由を我々は今でもペンディングしている。
184：ペリー・メイスン：2018/07/08(日) 05:54:03: 手記では幹細胞誘導が自分でできなかったことを気にしていたことが書かれているね。
彼らはまさか若山さんがエイプリルフールをやってたなんて誰も疑わないからね。
185：デラ・ストリート：2018/07/08(日) 06:00:40: 薄々気づいてるってことね。半信半疑のアンビヴァレントな心境ね。
186：在原業平：2018/07/08(日) 06:19:29: 薄々気づいているという言い方はどうかな。なんか変だけど、ま、いいかでしょ。
思考停止なんじゃないかな。彼女はHP開設現在時で、自分自身が提示したこの
グラフの不思議に気づいていない。
187：小野小町：2018/07/08(日) 06:23:24: そうね。ESのGFP遺伝子の６倍とか８倍の発現が何を意味するかを、まだこの時点でも
気づいていないわね。
彼女がどの程度キメラを疑ったことがあるか否かに関しては後回しにして、もう少し
先に進んでみましょうよ。
188：ドクター・ワトソン：2018/07/08(日) 06:28:58: このデータ自体は丹羽さん達が作ったものだから小保方さんが何か工作してるわけじゃない。
そんなことしたら丹羽さんが承知しないだろうからね。
ESの６倍８倍の原因は既に明確だね。Gapdh値を基準にしているからだけど、
Gapdhがハウスキーピング遺伝子であるという常識がこの細胞を亜致死下に置く実験では
通用してないということだね。
189：シャーロック・ホームズ：2018/07/08(日) 06:37:07: 死にそうな目にあってる細胞のGapdh構造遺伝子は大半が働かなくなってるということだね。
ほとんど発現してない。これではハウスキーピング遺伝子ではありえないな。
仮に発現している細胞が1/10に減ったら、相対的に同じ量発現しているGFP遺伝子は
１０倍発現しているように見えてしまうということだろ。
190：ドクター・ワトソン：2018/07/08(日) 06:45:01: 相澤、丹羽チームはそのことに気づいたから、ハウスキーピング遺伝子をGapdhから
Gnb2l1に変えたと。でもなぜGnb2l1なのかの説明がないね。亜致死下に置かれた細胞では
Gapdhはハウスキーピング遺伝子として使えないがGnb2l1は使えるのだという根拠も
説明されていなければ、そもそもGapdhがなぜ使えないのかの検討もない。
191：シャーロック・ホームズ：2018/07/08(日) 06:51:19: それは、こういう経験が初めてだからだな。こんなことした人は居ないからでしょ。
こんなことになるなんて誰も知っていない。原因を究明しようとしたらそれだけで
一つの研究テーマになってしまう。彼らは特許申請維持していていいのかということを
知りたいわけだ。それが検証実験の目的だからね。分からないことはそのまま
スルーしてとにかくキメラが出来なかったという事実を示さないといけなかったのさ。
そして結論自体は正しいかった。できると言われていたものができなかったんだから
特許の申請維持は止めるということだ。あとは研究者がやりたければやればいいということだ。
192：ドクター・ワトソン：2018/07/08(日) 06:59:06: 相澤さんはGapdh値が安定していないという理由で、Gapdh発現量の少ないスフィアは
外したんだよな。そのことによって今ガンバレブログに挙げられているような
自家蛍光がほとんどなくて緑色蛍光の明確な細胞も外されたと推測されるんだよな。
これは仮にGapdh値が正常だったとしたら６倍８倍ではなくて１倍前後でES並みの
発現になるんだな。でもGapdh値が低いという理由で外された。つまり正常な
細胞でないから外されたということだ。
193：シャーロック・ホームズ：2018/07/08(日) 07:01:57: 二方向の問題があるな。
①その細胞はSTAP細胞なんじゃないのか。
②その細胞はSTAP細胞でなくても、小保方さんはそう思って分析してきた細胞なのだからデータから外すと小保方さんがなぜ間違えたかの究明に差しさわりがある。
194：小野小町：2018/07/08(日) 07:16:51: いいわ。この件はそのくらいで止めておきましょう。いろいろと周りのことを
調べておきたいわね。丹羽さんの報告論文のFigure3-bに戻りましょう。私たちは
いろいろと調べたけどGnb2l1のことは欲分からなかったわね。でも、丹羽さんが
Gapdhの代わりにこれを選んだんだから、それなりの根拠のあるものだと信じましょう。
亜致死下でも使えるという根拠のあるハウスキーピング遺伝しなのよね。
事実丹羽さんのデータはESの発現量に対して全部相当な内側に入っていて、
HPみたいな現象は起きてないのね。
195：在原業平：2018/07/08(日) 07:21:57: そうだね。ちょっと分かりにくいだろうけど丹羽さんのESのコントロールは細胞１０個分だからね。
対して酸浴細胞の方はスフィアだから大雑把には１０００個だ。つまり１００倍だ。Y軸は対数表示で
一番上が10になってるがそのもう一段上が100のラインだ。だから仮に同じ細胞数に直して比較するときは
コントロールESの発現量は100のラインにある。だから逆に1をそのままにしたら
スフィア側の発現量は1/100になる。それが全体の比較だ。
196：小野小町：2018/07/08(日) 07:28:04: そうね。でもそれではとても少ないということは理解できるけれども、例えば
試験管内三胚葉分化がなぜ起きるのかの説明には１０００個入れて何個かあれば
分化増殖すると考えると、では一体何個あるのだと知りたくなるわよね。それを
計算可能にするためにわざわざ１０個分というスケールを当ててるのよね。
で、あの表では辛うじて１個以上あるスフィア塊は１４スフィアのうちの
３スフィアだったということが分かったわけね。
197：在原業平：2018/07/08(日) 08:08:11: あの表ではKlf4だけが1のラインを超えているんで、勘違いしやすいけど
ESのコントロールの総量比較では最大でもESの1/1０程度しか発現してない
ということだね。それを見ているときにエラーバーにも気づいた。
198：小野小町：2018/07/08(日) 08:19:02: まあ、だんだんわかって来たわね。では次はATP-No2ね。これはGFPが100のラインを
超えていてリニア換算すると500倍のラインあたりかな。Oct4遺伝子は３０倍程度かしらね。
これって、プロモーターに対する反応としてはGFPが１６倍反応してるってことね。
199：在原業平：2018/07/08(日) 08:29:07: 同じプロモーターに対しての反応相関の違いもまた、一研究対象だよね。それは
ちょっとど素人の考察対象にはできないね。ただ言えるのESとの倍率がこんなになってるのは
そのベースにあるGapdhの発現量が極端に少ないからだ。まるでハウスキーピング遺伝子になってない。
こんな実験って他の分野でやってたら物笑いの種だよ。
でも、これを野依さんが言ったように未熟な研究者の研究に若山さんのキメラ作製が加わったという解説は
どうなのかな。あたかも小保方さんの未熟さだけが取り敢えずの原因にされているが、これに気づかなかったのは
シニアの研究者全員だぜ。はじめとのことにどうしてそう簡単に気づけるかね。
しかも、若山さん以外は、キメラは本当に出来てると信じ込んでいる。
200：小野小町：2018/07/08(日) 08:30:47: 野依さんはそれを言うならアーティファクトの存在の可能性に最初に気づくべきだったのは若山さんだと
いうべきだったのよね。キメラがntES化によって作られていたなんて誰も知らなかったぞと。