STAP問題の全解に向けて、その13 - 1510442000

1：鉄：2017/11/12(日) 08:13:20: イェイ。
574：一言居士：2017/11/26(日) 10:09:20: まあ、我々は素人だからね。そのあたりどうしてそういう順序で考えなかったかは
その専門の分野を十分勉強してからでないと納得するのは無理だろうね。でも我々は
別にこの分野で専門家になろうなんて思ってるわけじゃない。とりあえず彼らの結論が
我々の解明に役立つところが無いかなと思って見ているだけだから、まずは彼らの説を
聞こうじゃないか。
それに、今言ったように金華豚のクローンには発見されなかったが、牛のクローンからは
ヘテロプラズミーが発見されているというところから出発している究明論文なんだからね。
575：小野小町：2017/11/26(日) 10:10:37: なるほど。いいわ。じゃ続けてよ。
576：一言居士：2017/11/26(日) 10:26:44: 彼らは金華豚の体細胞クローン豚を13頭作出して、そのmtDNAを調べた結果
全頭リシピエントであるヨークシャー豚のものであると確認した。そしてその後
このクローン豚の中の雌を6頭選んで金華豚の雄と掛け合わせて66頭の子豚を
得たんだよ。そしてそのmtDNAを調べた結果22頭(33.3%)にヘテロプラズミーを
発見し、そのドナーの混合率は1.15%から99.95%まで種々であったと報告したのさ。
577：小野小町：2017/11/26(日) 10:31:10: どうしてそんなことになったのかの説明は?
578：一言居士：2017/11/26(日) 10:36:07: ①ドナー由来mtDNAが無いと判断したのが間違いで検出限界以下(今回の場合は１%以下)で存在していた。
②ドナー由来mtDNAの存在割合が組織によって違っていた。
③その他。
579：小野小町：2017/11/26(日) 10:42:38: まあ、私の疑義のためにちゃんと③が用意されているのね。うふふふふ。
580：一言居士：2017/11/26(日) 10:43:43: 小町さん、失望させて悪いがあなたの疑義は可能性としてすら数え挙げられていない。
581：小野小町：2017/11/26(日) 10:44:30: どうしてなの、普通の疑問じゃないの。
582：孤舟：2017/11/26(日) 10:48:10: ヘラブナ釣りの餌の配合を教えてあげたからと言ってその練り加減を一律に
言うことはできない。その日の魚に聞くしかない。でも教えられた方はそんなことは
百も承知して聞いている。これが仲間の世界なんで、当たり前のことは言わずもがな
と言うことがあって、外から聞いてると疑問だらけということはよくあることだ。
小町さんの疑問もその類である可能性が高いね。
583：開高健：2017/11/26(日) 10:50:55: まれに仲間内の思い込みに過ぎなかったというようなことを初心者に教えられることはあるでしょ。
584：佐藤垢石：2017/11/26(日) 10:51:32: 往々にしてあるな。
585：大野晋：2017/11/26(日) 10:56:38: 往々にしてあるというのは滅多にないという意味だね。まず先に全然ないという
前提があっって、その全然を否定する意味で、滅多にないという。しかし、滅多に無いを
全然ないの方向に引き付けて考える人に対してそれを否定するとき、往々にしてあるという。
でも時々あるというほどには無い。ひひひひひ。
586：丸谷才一：2017/11/26(日) 11:00:58: センセ、我々の出る幕ではないそうですよ。
587：一言居士：2017/11/26(日) 11:09:51: ①に関してはそもそもクローン胚を作るときに精子の刺激はないので電気刺激や
化学物質の刺激で活性化させると説明されていて、この時にドナー核の周りに
くっついているわずかな量のミトコンドリアも分解されると考えられていたんだけど
さきに挙げたクローン牛の中にヘテロプラズミーが発見されたということから考察を
出発しているので、まず最初に無いというほど精度高く検証してないということを
言ってる。これは実験精度を高めて行けるのなら次の論文では解決されている
問題になるだろうね。
588：小野小町：2017/11/26(日) 11:12:33: なるほど、では②は?
589：一言居士：2017/11/26(日) 11:20:17: ②は既存の知見があって各組織でヘテロプラズミーの出現率が異なるというここが
分かっているので、今回は臍帯、毛根、血液で変わりなかったが、他の器官でどうかは
調べてないということだ。要するに他の研究では発見されてないことが今回発見された
ことの理由として挙げている。たまたまうまくヘテロプラズミーにぶちあたったのかも
知れないという自己認識だね。これは全体像はとても分かってないという自己表出でも
ある。
590：小野小町：2017/11/26(日) 11:21:25: ふん。で、③は?
591：一言居士：2017/11/26(日) 11:24:30: 小町さん、怒っちゃいけないぜ。これは僕が言ってるんじゃなくて試験場の
先生方がそうおしゃってるんだよ。
③については移植の際にドナー細胞を培養するんだけど、その時の条件に関係しているのではないかというものだ。
つまり、ヘテロプラズミーが有ったり無かったりする原因としてね。
592：閲覧者：2017/11/26(日) 11:28:20: そこで次に小町さんの疑義のある所に関連して、いずれにせよどうしてクローンには
あったとしてもわずかなのに、というよりこの実験では検出限界内ではなかったんだけど、
子供には大量にあるのかという問題に移るのさ。
593：小野小町：2017/11/26(日) 11:30:27: ふむ、ふむ。閲覧者さん、好き。
594：閲覧者：2017/11/26(日) 11:36:01: 好かれてもなあ、書かれていることを曲げて解説することもできないよ。
この論文ではわずかにあったドナーミトコンドリアが既存知見であるmtDNAの
ボトルネック効果によって顕在化したのではないかと言う推定結論なんだよ。
結論は暫定的なもので、ただ現象事実を報告しているものだ。ちょうど
小保方さんの博論レベルかな。
595：小野小町：2017/11/26(日) 11:41:47: 専門家の思い込みちゃうの。
クローン動物の卵子には精子ミトコンドリアの排除能力に欠落しているものもあるという
可能性に気づけたら大発見になるかもしれないのに。ばああああか。
596：一言居士：2017/11/26(日) 11:47:17: 小町さん、一応、クローン自体からも牛でヘテロプラズミーは発見されているんだからね。
この論文の新しさは後代産子にまでドナーmtDNAが見いだされたということで、そこから
繋げて推論されているものだ。小町さんの思い付きは又別の現象だね。その確認のためには
厳密にドナーmtDNAの無いと証明されたクローン豚と金華豚を掛け合わせてみるしかないね。
597：シャーロック・ホームズ：2017/11/26(日) 11:50:15: よし、和モガさんの紹介してくれた論文の主旨はだいたい理解できたな。次は
和モガさんのブログ自体の検討だ。
598：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 11:52:06: これね。
>>
「STAP細胞事件」-FLS3にはクローンの痕跡がある
2017/11/20(月) 午前 9:02にTs.Maker氏のブログのコメントに次のコメントが書かれていた。Ts.Maker氏自身のコメントである。
「memo chrM 12,188」
「chrM」とはミトコンドリアのDNAを指し、何かを見つけたのでその地番を12,188とメモ書きしたということであろう。
599：一言居士：2017/11/26(日) 11:54:51: 最初にTSさんが気づいたんだね。
600：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 11:55:34: 続きだわ。
>>
体細胞は核DNAの他にミトコンドリアに独自のDNA（mtDNA）を持つ。このmtDNAは必ず母親から子に受け継がれ、父親から受け継がれることはない。したがってmtDNAを調べれば、母親、母親の母親、さらに母の母の母と女系を遡ることができる。またmtDNAは組換えが起こらないので、mtDNAに違いがあるとすればそれは突然変異によるということになる。
601：一言居士：2017/11/26(日) 12:35:29: <またmtDNAは組換えが起こらない>の部分は今は間違いじゃないかな。
>>
riken.jp/~/media/riken/pr/press/2006/20061205_1/20061205_1.pdf

でもこれが全体の論旨にどう影響するかは僕にはわからない。
602：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 12:36:30: 続きよ。
>>
私はFLS3がクローンマウスの仔から作られていると考えていたので、FLS3がクローンならミトコンドリアは移植先のmtDNA（おそらくICRマウス）になり、ミトコンドリアを調べれば129B6F1の母親側の129マウスとは違う塩基（SNP）が見つかるだろうと思っていた。そこで、このコメントを見て、すぐFLS3のミトコンドリアを見にいった。
603：閲覧者：2017/11/26(日) 12:51:07: ①私はFLS3がクローンマウスの仔から作られていると考えていたので、

和モガさんの2017/5/5づけのフローチャートにあらわされた考え方だね。
第三者説なので特に最初の成功実験に使われたマウスがヘテロであることを
若山さん自身が口走ってしまっているので、このチャートはちょっと無理と見ている。

②FLS3がクローンならミトコンドリアは移植先のmtDNA（おそらくICRマウス）になり、ミトコンドリアを調べれば129B6F1の母親側の129マウスとは違う塩基（SNP）が見つかるだろうと思っていた。

ここは同じだ。今でもちゃんと検証したら幹細胞からICRのmtDNA配列が現れる
と見ている。でもその検証はTSさん、和モガさん、阿塁未央児さんたちには
できないんでしょうからね。
604：小野小町：2017/11/26(日) 12:55:13: どうしてできないと思うの?
605：一言居士：2017/11/26(日) 13:02:43: 僕も良く分かってないんだけどね。そもそもFLSは母親が129/SvX1だよね。でも仮に
これがクローンもしくはクローン胚からのntESであったとして、若山研で通常使われいていた
リシピエントマウスはICRだったので、仮にここてもそうであったと仮定して、
FLSのミトコンドリアDNAが129/SvX1であるかICRであるかを区別できるためには
両者の塩基配列は相当に違っているのでなければならないよね。人のミトコンドリアDNAと
マウスのミトコンドリアDNA配列は全然違う。でもここでマウス同士のミトコンドリアDNAはどの程度
違うのかね。明確に区別できるほど違っているのなら検証は楽だよね。
606：閲覧者：2017/11/26(日) 13:09:37: なるほどね。染色体DNAは相当に違うよね。それは白人と黒人くらいの違いは
簡単に識別できる。だから129/SvX1とICRの違いくらいは全ゲノム比較したら
分かるんだろうと思うな。多分129/SvX1と129/SvTerとの違いでも比較検証可能
だろうね。でもミトコンドリアってもともと細菌が共生したものが原始状態で
あったとされているくらいなんで、そのDNAって亜種別に区別できるのか
ということだね。
607：一言居士：2017/11/26(日) 13:16:36: うん、まずそれがあの三人にできるのかと問うた理由。そして更に加えるに
仮に全ゲノム解析比較で区別可能だとして、今彼らは
①FLSのミトコンドリアDNAの全ゲノムシーケンシング結果を持っていて、
②129SvX1のミトコンドリアDNAの全ゲノムシーケンシング結果を持っていて、
③ICRのミトコンドリアDNAの全ゲノムシーケンシング結果を持っていないのでは
完全な意味での比較判別ができないのではないかと危惧しているのさ。
608：閲覧者：2017/11/26(日) 13:21:20: なるほど。①と②の違いがとても大きければ①と②は違うと言えるけど、
それにしても③を持っていれば例えば①と同じじゃないかと完全証明が可能だということだね。
それはそもそもミトコンドリアDNAの違いがマウス亜種のそれぞれに関して
区別可能かと言う先の心配に繋がってるんだね。
609：小野小町：2017/11/26(日) 13:23:17: まあ、とりあえず①と②の違う個所をマッピングするくらいは彼らの道具でも
できるんでしょうよ。
610：在原業平：2017/11/26(日) 13:54:18: 和モガさんの言ってる<129マウスとは違う塩基（SNP）が見つかるだろうと思っていた。>の
意味だね。SNPsって一塩基だけの変異だね。個体差を識別する指標に使われている。僕の顔と
あなたの顔の違い程度だとこの一塩基変異の程度の違いだけで決まる。白人と黒人の違いは
一塩基変異ではないんでしょ。もうちょっと多くの変異が含まれていて多型だね。129とICRの
違いくらいの違いのはずだね。ただし、今比較しようとしているのはミトコンドリアだけで
そんなにたくさんの機能を帯びた遺伝子じゃないんでどれだけ違うんだという話だね。
611：一言居士：2017/11/26(日) 13:59:23: チンパンジーと人間だと９８%同じだというね。白人と黒人の違いは人間の中の亜種の
問題だから2%の遥か内側の違いに過ぎない筈だね。
612：閲覧者：2017/11/26(日) 14:02:32: ヒトの遺伝子では0.1%の違いの中にすべての違いが含まれていると言われている。
つまり人は999/1000は皆同じだということだ。おそらくマウスの違いもその範囲内に
収まってるんだろうね。
613：ペリー・メイスン：2017/11/26(日) 14:07:42: まずヒトゲノムは31億塩基対だ。

3,100,000,000

1/1000は

3,000,000

３百万塩基対が人の違いを作り出してる。
614：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 14:13:09: すべての塩基がタンパク質合成に働いているわけじゃないのね。無意味な配列とか
過去に捨てられて使われなくなった配列も引き継いでるのね。ついでに遺伝的には
違っていても表現型に現れないのもあるのね。ちがってても当面は無害ね。
後々の変化まではわからないわよね。でも識別には使えたりして。
615：ペリー・メイスン：2017/11/26(日) 14:46:32: でもそれは染色体DNAの話しだね。核の中にあるDNAだ。遺伝単位としては２万強とされているね。
今TSさんが分析しているのはミトコンドリアDNAだ。ヒトの場合は16569塩基対の環状DNAだね。
ミトコンドリアの中に8000個程度ある。このミトコンドリアDNAがマウス亜種間でどの程度
違うかという問題だ。何しろ基礎情報の不足に悩むね。
616：一言居士：2017/11/26(日) 14:50:12: 核内DNAと同じくらいには識別が効くのならFLSがクローン胚から作られたものか否かは
簡単にわかりそうだけど、仮にマウスに限っては亜種間でミトコンドリアDNAは
全く同じで区別はないんだよと言うことになったら、これは識別不能ということになるね。
617：閲覧者：2017/11/26(日) 14:55:57: そうだね。理屈はそうだ。でも実際にはミトコンドリアDNAの変異は核内DNAの
１０倍の速度で起きているというから、違いはあるはずだよ。程度の差はわからないけどね。
何しろ母数が10の４乗程度だからね。ヒトとあまり違わない数でしょ。違いも
1/1000の違いだとしたら10から数10個程度の違いになっちゃうね。
618：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 14:59:40: それで金華豚のミトコンドリアDNAの由来も点突然変異で識別するよりなかったのね。
619：小野小町：2017/11/26(日) 15:01:20: それって和モガさんの識別手法と同じだわね。
620：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 16:45:23: 続きよ。
>>
IGVで見ると①のようになっていた。これは予想外であった。①のFLS3に塩基AとTが半々ずつ出ていたからである。mtDNAは母親のDNAしか持っていないので、1塩基中に2種類出るとは思っていなかったのである。
621：小野小町：2017/11/26(日) 17:08:52: <ミトコンドリアを調べれば129B6F1の母親側の129マウスとは違う塩基（SNP）が
見つかるだろうと思っていた。>のよね。そこは私たちと同じだわね。私たちとの違いは
和モガさんは自分で調べる道具を持っているのにそれをやっていなくて、TSさんに変な
ヒントをもらった瞬間にそこにSNPがあるのだなと勘違いしたのね。
622：在原業平：2017/11/26(日) 17:20:08: そうだよ。彼はFLSの12188位のローカスの塩基が129と違っているのだなと
推測して見に行った。当然129と比較するんだから両方見比べようとしてたんだね。
ところが最初に気づいたのは比較以前に二種類の塩基があったという事なんだな。
無論後から129との比較もしたということだね。更についでに「僕のマウス」ESも
比較した。でもそれは二次的な問題だったということだ。これは我々が比較して
調べればわかると述べたことを彼は同じように思っていたからやってみただけだ。
ちゃんとやるなら我々が既に述べたように全ゲノム比較をすればいいんで、12188は
たまたま見つけただけでしょう。他にはないのかということは科学的思考する人間なら
全部調べるべきだと思うだろうな。でも、彼はそれ以前に立ち竦んでしまったという
ことだね。
623：小野小町：2017/11/26(日) 17:24:26: それが朝から私たちのお勉強した金華豚の研究論文なのね。なるほど。
これは比較して決める手法とは別の証明になっているかもしれないのね。
比較しなくてもただ二つあるという事だけでこれはクローン胚の問題が
絡んでいると。
624：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 17:26:58: 続きよ。
>>
しかし、文献「体細胞クローン金華豚、およびその後代産子におけるドナー体細胞由来mtDNAの伝達性」を見ると、次の記述があり、体細胞クローンではドナーとレシピエントのmtDNAが混在すると書かれていた。
体細胞クローンウシでドナー由来のmtDNAが検出されて（Hiendlederら1999；Steinbornら2000）以来、体細胞クローン動物に関しては、伝達割合に差はあるものの、クローン個体内でドナーとレシピエント双方由来のmtDNAが混在する状態（ヘテロプラズミー）と考えられつつある（Takedaら」2000；Inoueら2004）
AとTが両方でるのは、FLS3が体細胞クローンで12,188番のTの塩基はドナーの129B6F1の129系塩基T（②）に、レシピエントのmtDNA（おそらくICRマウスで塩基はA）が混在しているからだと思われる。
625：閲覧者：2017/11/26(日) 18:05:11: そこがね。ヘテロプラズミーって細胞単位で結構発生してるというのが朝張り付けた理研の論文で
>>
riken.jp/~/media/riken/pr/press/2006/20061205_1/20061205_1.pdf

ちょっと今日のところはこの辺でお開きということで。
626：小野小町：2017/11/26(日) 18:07:54: どうしてこんないいところで止めるのよ?
もっとお続けなさいな❗　👉　👊
627：閲覧者：2017/11/26(日) 18:10:05: おっと、小町さん。暴力はいけないよ。何しろあなたは気づいてないだろうけど、
僕は４時からすでに飲み始めている。もう限界だよ。
628：小野小町：2017/11/26(日) 18:12:39: どうしてそんなに人の店のお酒を無断で飲むの?ちゃんと伝票に記入してる?
629：閲覧者：2017/11/26(日) 18:14:24: 腰痛だって言ったでしょ。腰痛の鎮痛剤。大晦日までには払うからさっ。
630：小野小町：2017/11/26(日) 18:20:34: しょうがないわねえ。業平君には内緒よ。んじゃね。

youtube.com/watch?v=hAQz7Hq_4mQ
631：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2017/11/26(日) 22:44:17: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
632：在原業平：2017/11/27(月) 07:55:11: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
633：小野小町：2017/11/27(月) 08:17:09: 今日は昨日の理研論文の検討ね。要するにTSさんのみつけたヘテロプラズミーの
原因がクローン化の過程で起きたものか、突然変異によるものかの検証ね。
634：一言居士：2017/11/27(月) 08:20:41: TSさんは例によって説明なしだからな。和モガさんはクローンの可能性といい、
阿塁未央児氏は突然変異と考えているようだね。
635：小野小町：2017/11/27(月) 08:22:34: 若山さんはntES化実験をやって居たという私たちの論の実証可能性に関わる
問題なのね。
636：在原業平：2017/11/27(月) 08:29:41: そうなんだよ。実は今まで我々は状況証拠から若山さんが小保方細胞をntESに
したのは間違いないが、物証はまだ調べられていないのだから我々の論を例えば
そのまま裁判に持ち込むことはできない。しかし、作られた幹細胞は
残されているのだから細胞質の調査をすれば簡単にわかることなので、調べてから
裁判に持ち込むか、裁判所に理研に対して調査するよう指示を出してもらえば
済むと考えていたんだけど、どうも、そもそもミトコンドリアDNAの違いが
どの程度なのか分からないということになってしまった。ひょっとしたら
細胞の調査では解明できないかも知れないぞという心配だ。
637：シャーロック・ホームズ：2017/11/27(月) 08:31:55: 今度はミトコンドリアのお勉強なのかい。ははは。一筋縄ではいかないねえ。
638：ドクター・ワトソン：2017/11/27(月) 08:33:15: ホームズ、我々は創作上の人物なんで、この世に何ら急ぐことをもってないぞ。
時間はなんぼでもある。
639：在原業平：2017/11/27(月) 08:35:34: 私ももう忘れてしまったくらい昔に死んでるんで時はもはやなかるべしです。
640：小野小町：2017/11/27(月) 08:37:50: でも、腰は痛かったりするのね。
641：川上のぼる：2017/11/27(月) 08:38:53: それは僕のシナリオ次第だ。
642：小野小町：2017/11/27(月) 08:42:48: あら、川上さん。昨日、腰が痛いからとアントンでのジミーボーンみたいに
私の店で付けで飲んでたのは閲覧者さんよ。シナリオの登場人物の書き間違いなの?
643：川上のぼる：2017/11/27(月) 08:45:34: ああ、ああいうのね。シナリオの世界では交差とか乗り換えとかいう現象でね。
登場人物が勝手に入れ替わるのさ。僕の所為じゃないよ。
644：デラ・ストリート：2017/11/27(月) 08:49:32: 早くやって。
>>
<60 秒でわかるプレスリリース >
2006年12月5日
独立行政法人理化学研究所
ミトコンドリア DNA 複製の常識の一端が覆る - ミトコンドリア DNA 複製開始には遺伝的組換え開始と共通の装置がはたらく

riken.jp/~/media/riken/pr/press/2006/20061205_1/20061205_1.pdf
645：ペリー・メイスン：2017/11/27(月) 08:53:56: 和モガさんの推測は以下だね。金華豚の論文はもう読んだからいいよね。外しとくよ。
>>
AとTが両方でるのは、FLS3が体細胞クローンで12,188番のTの塩基はドナーの129B6F1の129系塩基T（②）に、レシピエントのmtDNA（おそらくICRマウスで塩基はA）が混在しているからだと思われる。
調査委員会はFLS3はFES1由来で、FES1は129×B6の受精卵ES細胞ということであった。それなら、mtDNAの12,188は②のように塩基Tで灰色表示されるはずである。作製者の太田氏は作成後、研究には使わなかったというので、突然変異が半分まで蓄積するはずもない。FLS3が受精卵ES細胞でないのは明らかだ。
646：一言居士：2017/11/27(月) 09:15:02: 太田さんが2005年に作って凍結していたFES1は受精卵ES細胞だ。和モガさんの
ブログにはこのFES1の結果は図示比較されていない。でも阿塁未央児氏の11/25の分に
上から三番目にFES1があってヘテロプラズミーがあるけどFLS3とは割合が違うようだね。
647：閲覧者：2017/11/27(月) 09:27:25: 理研論文の解説ではヘテロプラズミーは突然変異で普通に起きる現象だとされているよね。
新生児のミトコンドリアの中のDNAは全身で全く同一にホモプラズミーにリセットされている。
それがミトコンドリア自身が自分で作り出してしまう活性酸素の影響で核内DNAの１０倍の速度で
突然変異を起こして経年によってミトコンドリア病の原因を作るわけだね。で、この
ヘテロプラズミーが卵子の中で次世代のためにホモに修復される過程を解明したのがこの論文だね。
従ってあるマウスの体細胞の中にこの突然変異によってヘテロプラズミーが生じていたとしても
それ自体では不自然でもなんでもないということになる。
648：小野小町：2017/11/27(月) 09:30:18: 閲覧者さん、ここはアントンの店じゃないから付けはできないのよ。いつもにこにこ現金払い。
昨日の分払っといて。
649：閲覧者：2017/11/27(月) 09:37:28: そっかあ、ミトコンドリアのDNA異常が蓄積して呼吸できなくなったり、首が
回らなくなっても困るからなあ。いやね、金ならなんぼでもあるんだけど
何事も経験しないで三途の川に行くのも癪なんで、付けと言うのも一生に一度くらいは
やってみたいなと思っただけだ。はい、お釣りは要らないよ。
650：小野小町：2017/11/27(月) 09:39:00: そんなこと言って、お釣りもないくらいきっちり支払うのね。あなたらしいわ。
651：閲覧者：2017/11/27(月) 09:40:07: だからお釣りは要らないって言ったでしょ。
652：デラ・ストリート：2017/11/27(月) 09:41:40: あなたたち、時間稼ぎしないでね。どう説明するつもりなの?
653：一言居士：2017/11/27(月) 09:47:28: まずは説明より先に事実認識だな。
①FLS3の12188位がヘテロプラズミーになっている。
②129-CAGの同じ場所はホモプラズミーである。
③129xB6F1の同じ場所はホモプラズミーである。
④FES1の同じ場所は阿塁未央児氏データではヘテロプラズミーであるが割合が異なっているようだ。
654：シャーロック・ホームズ：2017/11/27(月) 09:50:59: ヘテロプラズミーになる原因に
①突然変異と
②クローン化過程でドナーミトコンドリアの混入
の二つの原因がありうるんだね。
655：ドクター・ワトソン：2017/11/27(月) 10:03:25: この①と④の事実を単純に関連付けると犯人はともかくとして④が①に混ぜられていると
結論しそうだね。ははは。
656：シャーロック・ホームズ：2017/11/27(月) 10:07:17: ④は受精卵ES細胞なので、割合の解釈はともかくとしてヘテロプラズミーだとしたら
そうなってる原因は
①突然変異
しかないよね。
657：小野小町：2017/11/27(月) 10:14:41: ②129-CAGの同じ場所はホモプラズミーである。
③129xB6F1の同じ場所はホモプラズミーである。

にも拘らず、どうして

④FES1の同じ場所は阿塁未央児氏データではヘテロプラズミーであるが割合が異なっているようだ。

と言うことがあり得るの?
658：一言居士：2017/11/27(月) 10:17:22: mtDNAの突然変異は個体の一生の中で起こり蓄積する。次世代では修復されるというのが
理研論文の骨子だ。
659：小野小町：2017/11/27(月) 10:37:10: 太田さんが使ったマウスは2005年頃に生きていた129/SvX1の個体ね。これは近交系マウスだから
2011年や2012年になっても維持されているコロニーの中のマウスは全くと言えるくらいに同じ
遺伝子配列を持っているのよね。ただしこれは核内のDNAの話しね。今調べているのはmtDNAで
一個体の一生の中で頻繁に突然変異が起きてヘテロプラズミーが蓄積していくんだけど、子供に
引き継がれるときに全部ホモに整理し直される。その時に二つの道があって、ヘテロであった
mtDNAは
①親から受け継いだままのホモプラズミーと
②変異を受けたmtDNAだけのホモプラズミーに分かれるのね。
そして、母系遺伝なので、母親がどちらを持つかによって、
変異遺伝子をホモで持つグループも近交系の中でも発生するということね。
660：一言居士：2017/11/27(月) 10:48:10: 阿塁未央児氏のデータが正しいとしよう。割合はともかくあれはヘテロプラズミーだ
とする。数年後に彼の使ったマウスに存在していた変異遺伝子(A)をホモに整理された
マウスが維持されていたとして、今度は若山さんがそのマウスを小保方さんに渡して
小保方さんがそのままSTAPを作って、若山さんが幹細胞としてFLS3をつくったとするなら
TSさんの発見したヘテロプラズミーは偶然にも同じ場所でまたもとに戻る変異(T)を起こしたことになる。
ありえないね。
661：閲覧者：2017/11/27(月) 10:53:54: ヘテロプラズミーは一個体の一代の中てぜ起こる。その変異遺伝子は次世代では
変異前も変異後もどちらもホモに整理されなおす。つまり、2005年に存在した
ヘテロプラズミーは2005年で終わっている。2012年に発生したヘテロプラズミーは
2012年だけのものだ。ところが全く同じ個所に同じようなヘテロプラズミーが
有るのはなぜか。それはこの二つが同じものだからだ。
①FLS3にFES1を入れた奴がいるか、
②FES1にFES3を入れ替えた奴がいる。

小町ちゃん、お釣りは要らないぜ。
662：小野小町：2017/11/27(月) 11:01:23: それは突然変異によるヘテロプラズミーであるか、クローン化過程で
ドナーミトコンドリアが入ったためのヘテロプラズミーであるかを問わないのね。
663：一言居士：2017/11/27(月) 11:18:30: ②129-CAGの同じ場所はホモプラズミーである。
③129xB6F1の同じ場所はホモプラズミーである。

と言う意味は、この二つは同じ母親コロニーのものだけどそこには2012年頃
ヘテロプラズミーがなかったということだ。
そしてFES1は受精卵ESだとされているからには本来突然変異以外には
ヘテロプラズミーの起きる理由がない。
FLS3は今FES1とは数年の時期の隔たりがある。同じ場所に突然変異が起きるのは
考えられない上に和モガさんの言っているように半分まで突然変異が蓄積することはない。
そもそも仕組み的にもないことが理研論文でわかる。と言うことはこのFES3の
ヘテロプラズミーはクローン化過程で入り込んだものだということが分かる上に更に
加えてFES1の全く同じローカスにおける変異は中身の入れ替え以外にないと知れる。
664：デラ・ストリート：2017/11/27(月) 11:23:23: やっとTSさんブログに戻れそうな予感ね。FES1とFES2の違いは中身の入れ替えによる
と言う私たちの推測は正しかったようね。FES1とFLS3は中身が同じなのね。FES1の
そもそもの中身はFES2とほぼ同じだったはずという読みだったわね。
試料のやり取りに関する謎はいよいよOoboeさん達の出番になりそうだわね。
665：小野小町：2017/11/27(月) 11:24:50: Ooboeさんの情報はこれだったわね。
>>
567： Ooboe ：2017/11/26(日) 09:38:58
分身さん達

🌅お早うございます💚
和モガさん情報、に関わる
FES1の新情報をパートナーは入手しています。📡
もう少し確認作業があります。
12月中旬には報告したいとのことです。
666：ペリー・メイスン：2017/11/27(月) 11:26:38: 和モガさんブログの検討を全部済ませようぜ。
>>
もし、FES1のミトコンドリアもFLS3と同じなら、桂調査委員会が調べたFES1は太田氏の作成した受精卵ES細胞ではなく、すり替えられ太田氏作製のFES1として調査委員会に提出されていたことになる。逆に、FES1がFLS3と違うなら、それはそれで、FLS3はFES1由来とは言えないことになる。
いずれにしてもこのミトコンドリアの一塩基で桂調査委員会は詰んでいるのである。
667：一言居士：2017/11/27(月) 11:31:32: ややこしい書き方になってるけど要するに太田ESをFLSの作成過程でコンタミさせたという
桂報告は間違ってるということだね。なぜならば、、、
668：閲覧者：2017/11/27(月) 11:33:53: 一代限りのヘテロプラズミーが2005年と2012年に全く同じローカスで一致するなんて
確率はほとんどゼロだからだね。
669：小野小町：2017/11/27(月) 11:36:55: それだけではどちらがどちらに混ぜられたのかが分からないわね。
670：閲覧者：2017/11/27(月) 11:41:51: うーーーん。そうか。
FES1がそのままFLS3になったのならヘテロプラズミーに不思議はないんだったな。
671：一言居士：2017/11/27(月) 11:48:36: そうか。FES1で起きていた突然変異がそのまま解凍されて時空を超えて来たということか。
でも太田さんの受精卵ESって129SvX1とB6の受精卵から作られているんでしょ。
受精卵段階ではもうすべてのミトコンドリアDNAは整理されて全部ホモになってるはずなんで
そもそもヘテロがあるということ自体が既におかしいんだな。これでFLS3からFES1への
中身の入れ替えが確定だね。
672：ドクター・ワトソン：2017/11/27(月) 11:59:47: 理研の論文は酵母菌だからね。雌雄がないんだよね。金華豚は豚だし、ここで論じているのは
マウスだものな。成果を統一して一般化はできないね。
673：小野小町：2017/11/27(月) 12:10:44: うーーん。
ランチね。

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