スタップ紀行5 - 1544395788 - したらば掲示板

357：在原業平：2018/12/16(日) 10:17:11: これが共産主義の裏の顔だ。選挙で追い出せないから組織が腐敗しても、内部からは
もはや壊せなくなる。密告と粛清さ。こういうのは日本の社会でも小規模には
あちこちで起きてるからね。同族のブラック企業なんてこんなの珍しくない。
ただ、自由主義圏ではそんな会社はとっとと辞めて別の会社に行ける。人材が
枯渇して長期的には倒産して排除される仕組みだ。だから民主主義は大事なんだよ。
ただ、民主主義は戦争強くないからな。瞬発力がないからな。チョン・チャンコロなんていう
野蛮人に弱い。まあ、弱いとわかってたら対応策はいくらでもあるけどな。
ボーとしてるんじゃないぜ。
358：小野小町：2018/12/16(日) 10:27:27: あした理研から回答があるのね。楽しみね。根本さんの帰属の問題もだんだん
明らかになるはずね。若山さんも客員主管研究員なんだけど客員規定にMTAの縛りが
書いてあるわね。
>>
（研究成果の取扱い）
第９条
客員が研究所における研究の過程又は結果として作製又は取得した研究成果の取扱いは、原則として職務発明規程（平成１５年規程第７１号）その他の規定を準用する。
２客員の研究成果にかかわる研究論文及び研究論文にかかわる図表等についての著作権は当該客員に帰属する。
３前項において、研究所は、客員の研究成果にかかわる研究論文及び研究論文にかかわる図表等の全部又は一部もしくは必要に応じて適当な修正を加えたものを、研究所の広報活動、研究成果の普及、官庁への報告等にかかわる業務を行うために利用できるものとする。ただし、研究成果の発表に際して、客員と研究論文等の掲載先との間で著作権について取決めがある場合はこの限りではない。（研究成果物の移転）
第１０条
客員が、研究成果物を他の機関から又は研究所から移転するときは、研究所の許可を受けなければならない。
359：小野小町：2018/12/16(日) 10:30:59: 職務発明規程は以下だわね。

*ttp://ccjsun.riken.go.jp/ccj/doc/usersguide/files/007-004-010.pdf
360：在原業平：2018/12/16(日) 10:37:27: 理研で行われた研究は約定で別途記載がない限り全部理研の権利だよ。それは
当然のことでもあるよね。他国のために何かしてはいけない研究機関だ。
日本人の税金で運営されているからね。
361：小野小町：2018/12/16(日) 10:39:05: これはMTAの規定と連動しているはずなんだけど、その規定が見つからないのよね。根本さんも見つけてないわね。
>>
第１０条
客員が、研究成果物を他の機関から又は研究所から移転するときは、研究所の許可を受けなければならない。
362：在原業平：2018/12/16(日) 10:43:45: 口頭の許可を受けて持ち出し可能なのかな。そんなことないよな。
<研究所の許可を受け>た押印文書があるよね。通常それはMTAも伴うよな。
363：小野小町：2018/12/16(日) 10:46:44: MTAは事後締結されている。従って「<研究所の許可を受け>た押印文書」はMTAの事後締結を
約した覚書のはずだわね。無ければ持ち出し自体が違法行為だわね。
364：在原業平：2018/12/16(日) 10:50:00: 若山さんが持ち出したことが違法行為なのではなくて、転勤が分かっていながら
許可もせずに持ち出させた理研に違法行為があることになる。そして、そんなことは
あり得ないと言ってるんだ。
365：小野小町：2018/12/16(日) 10:53:58: 守秘のために論文発表までの間MTAを延期することを約した覚書が必ずあるということね。
無かったら大変な事件になってしまうわね。つまり、若山さんはMTAも交わさずにサンプルを
持ち出して、早くMTAしないと窃盗で訴えるぞと言ったという情報を小保方さんに流して
手記に書かせるきっかけを作った上層部の犯罪が何であったか問われることになるのね。
366：在原業平：2018/12/16(日) 11:01:38: 守秘のためにMTAを延期していたんだよと言えばすむものをどうして嘘をついたか。
理研が特許申請で深々と関わっていたということを世間に知らせないためだったよね。
野依さんは研究者の問題ということで責任を自分までかぶせられるのは納得できないと
抗弁してたからね。MTAを延期したとわかったら研究所の関与の程度が問題になってしまう。
だからこの問題を外に出す杭として、小保方さんに対しても嘘の説明をしたんだと
我々は考えている。でもこれも事実は小説より奇なり、百聞は一見に如かず。
あれほど共同研究だと言っておきながら共同研究契約書は無かったと。
367：在原業平：2018/12/16(日) 11:03:19: 出す杭として→出すまいとして
368：小野小町：2018/12/16(日) 11:04:13: こちらもどうだか分かりゃしないわね。
369：ヘーゲル：2018/12/16(日) 11:19:57: 本題頼むぜ。
370：カール・ヤスパース：2018/12/16(日) 11:20:40: 本題、何でしたっけ?
371：デラ・ストリート：2018/12/16(日) 11:26:08: GFPが光ったというところよ。
372：ペリー・メイスン：2018/12/16(日) 11:28:42: 小保方さんは<研究協力協定、共同研究契約等>或いは<当該研究課題等>の<等>の根拠で
客員研究員として受け入れられたとしておこうかな。明日までは。契約書も研究計画もないと。
373：デラ・ストリート：2018/12/16(日) 11:36:16: そうね。小保方さんはできてるんだという仮説に乗り換えて、酸浴細胞を
たくさん作ってたくさん蛍光したらキメラができるかもしれないと思って、
いろいろと試した結果、たくさんGFPが光るようになったのよね。そしてこのときに
①メチル化の確認実験
②ライブセルイメージング実験
の二つを行っているのよね。
374：ペリー・メイスン：2018/12/16(日) 11:37:19: ここで大事なことはこの二つの実験はキメラ成功前に行われているということだ。
375：デラ・ストリート：2018/12/16(日) 11:40:28: NHKで流された実験ノートのカレンダーページにテロメアという文字が見えるから
テロメアの長さの確認実験も行われているのね。テロメアは通常は再生されないけど
酸浴のリプログラムでどうなるのかの検査ね。
376：ペリー・メイスン：2018/12/16(日) 11:42:06: 彼女の関心はこの細胞がリプログラムされているか否かの確認だね。ESコンタミなんか
考えている人の仕事ではないよね。
377：一言居士：2018/12/16(日) 11:46:00: ここで気を付けなければならないのは彼女のOct4発現確認はここではもうGFPの蛍光確認に
絞られているということだ。OPRでの確認は行われていない。それくらいGFP蛍光とOct4発現の
相関を信じ込んでいて、かつ、若山さんも同じだよね。GPFのGFPってそういう使い方を
するように設計されているかどうかは疑問だよね。通常は生体内の実験に使われるものだよね。
378：一言居士：2018/12/16(日) 11:47:57: OPRでの→PCRでの
GPFのGFP→GOFのGFP
379：閲覧者：2018/12/16(日) 11:51:50: 細胞をバラバラにして遠心分離したり酸浴させたりして亜致死状態に置くと
その細胞の生命活動は生きた正常の個体の中の細胞の振る舞いと同じであることは
できなさそうだよね。
も関わらず、GFPは正常な細胞で動き始めるはずのプライマーに連動してGFP蛋白が
製造されるように設計されている。これでいいのかな?
380：一言居士：2018/12/16(日) 11:57:14: 設計の概要はOct4遺伝子を活性化させているプライマーの配列を調べて、
それと同じプライマーを人工的に作ってその後ろにGFP蛋白を製造する遺伝子配列を
繋ぐ。その人工遺伝子が細胞核内にウィルスを使って移植されているわけだよな。
従ってこのプライマーは同じものなので、このプライマーを活性化させる蛋白質が
来るとどちらも発現するようになってるんだろ。
381：閲覧者：2018/12/16(日) 12:00:31: そうなんだよ。だから通常の細胞ならOct4GFPが蛍光しているということはOct4遺伝子が
発現していることで、Oct4遺伝子が発現していたらOct4蛋白質が作られていることになる。
でも、丹羽さんはOct4遺伝子が発現することなくGFP遺伝子が発現している現象を発見した。
382：小野小町：2018/12/16(日) 12:05:58: ①Oct4遺伝子のプライマー配列
②Oct4遺伝子(→Oct4蛋白質)
③GFP製造遺伝子(→GFPタンパク質)

①と②が繋がっているのが内在性の遺伝子ね。
①と②を繋げて人工的に移植したのがOct4-GFP遺伝子ね。

①は同じ構造なのでこれを活性化する蛋白質が来るとどちらも
活性化して繋がっている後ろの遺伝子を発現させるのね。
383：小野小町：2018/12/16(日) 12:07:25: ①と②を繋げて人工的に移植したのがOct4-GFP遺伝子ね。
↓
①と③を繋げて人工的に移植したのがOct4-GFP遺伝子ね。
384：在原業平：2018/12/16(日) 12:11:47: 発現するという意味はRNAが核外にでてPCRで確認できたという意味だね。
プライマーは同じものなのだから反応は同じだけど、GFP遺伝子は発現するけど
内在性のOct4遺伝子が発現しないというのは、それが核外に出られなかったという
意味になるね。
385：小野小町：2018/12/16(日) 12:15:20: 核外に出れるか否かは又別の要因が考えられるのよね。黒田先生が教えてくれるわね。
キャップが付かないと出れない。何か分からないけどそういう仕組みが組み合わさって
丹羽さんのいわゆるGFPの漏れ出しということがありそうなのよね。
386：在原業平：2018/12/16(日) 12:23:28: 我々は所詮門外漢だからね。あれこれと推測したところで何が本当かなんてことは
分りゃしない。でも、丹羽さんの報告によって、今後酸浴なんかさせた細胞の
Oct4遺伝子発現の確認にGFPなんて使ってはいけないということだけは分かるよね。
こんなのはただの論理なんだから素人も専門家もありゃしない。
387：ドクター・ワトソン：2018/12/16(日) 12:24:49: でもねえ、こんなことすら、丹羽さんが発見しなかったら世界中でこれを
知ってた人なんて一人もいやしないんだぜ。
388：小野小町：2018/12/16(日) 12:25:34: 科学ってコツコツとした積み重ねなのね。
389：ドクター・ワトソン：2018/12/16(日) 12:28:53: 科学に限らないけどね。人間の知識は先人の功績の上にすこしずつ
積み上げられていく繰り返しだよ。永遠の繰り返しさ。
我々も何か一つくらい自分で見つけてそこに載せておきたいよな。
390：鉄：2018/12/16(日) 12:33:33: 俺は昔列車の席を自分の指定席だと言って日本人の生徒を脅して立たせたチョンを見て
すぐさまぶん殴ってノックダウンして、チョンは口ほどにも無く弱いと証明してやって、
小さな石を人類の知識の集積の上にひょいと載せといたぜ。ひひひ。
391：シャーロック・ホームズ：2018/12/16(日) 12:39:39: 若山さんも小保方さんもこの頃丹羽さんの再現実験の結果なんて知りゃしないんだから
GFPが光ったらOct4蛋白質が発現していると思ったに決まってるよな。これは多能性細胞の
一つの特徴ではあるのだと。最終証明はキメラを作ってみたら分かる。でもその前に
メチル化が解除されているかどうか、テロメアが再生されていないか、自家蛍光では
無いのかと色々と調べることは多いだろうな。
392：デラ・ストリート：2018/12/16(日) 12:58:43: はい。
>>
（３）Article Fig.2c は、2012 年 4 月に投稿論文原稿図として現れているが、それ以前に小保方氏は計 3 セット（2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット）、 GRAS に DNA 配列解析を依頼していることが判明した。そのサンプル名には bisulfiteとあること、また 11 月 17 日の 2 セット分についてはそれぞれ「oct4」、「nanog」との記述もあることから、これはメチル化 DNA 解析であったと判断した。「oct4」については 96 クローンのシークエンスが行われ、作図に利用可能な高精度配列情報は 74 クローン分であった。しかし、この 74 クローン分のデータを用いて Fig.2c の Oct4 プロモーターの図を作図することは不可能であった。例えば Fig.2c では 11 か所中メチル化部位が 1 か所以下のクローンが 18 クローンあったことを示すが、シークエンス結果でこのようなパターンを有したクローンは 3 クローンのみであった。アライメントできなかった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であったと考えられた。また、「nanog」については 96 クローン中 40 クローンが作図に使用可能と考えられたが、これらを用いても Fig,2c に示された Nanog プロモーターの結果は得られない。Fig.2c には 100%メチル化クローンが 15 クローン存在するが、シークエンス結果でこのようなクローンは最大で 7 クローンしか存在しなかった。アライメントできなかった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であった。
393：ペリー・メイスン：2018/12/16(日) 13:02:20: 2011/10/27と2011/11/17にはまだキメラはできてない。これらの実験は
後のSTAP細胞論文のために行われた実験ではない。まずそこを押さえないとね。
キメラができた後にこの実験結果をあれこれといじってるんだ。キメラができていなかったら
いじる必要もなかったろうね。キメラができているというのは多能性細胞の最終的
証拠だ。メチル化は解除されてないといけないというのは論理だよ。
394：ガリレオ・ガリレイ：2018/12/16(日) 13:03:23: 論理に従うな。見たものを見なかったことにするな。
395：小野小町：2018/12/16(日) 14:44:44: メチル化が解除されていないという事実を見たらキメラはできて無かったはずだがと
気づけたのね。弱き者よ。汝の名は。
396：デラ・ストリート：2018/12/16(日) 14:45:31: ウィミン。
397：マーガレット・サッチャー：2018/12/16(日) 14:47:02: この議会に男は自分しかいないのか?
398：ペリー・メイスン：2018/12/16(日) 14:53:33: この時点では若山さんも小保方さんもGFPがたくさん光ったのは多能性細胞である可能性を
示すものと考えていた。
①メチル化実験→リプログラムされていないようだ。
②テロメア調査→別に長く戻ったようには見えなかった。
③ライブセルイメージング実験→自家蛍光識別したがそれでもたくさん光っていた。最初光ってないのに後から光り始める。

でも、最終的にはキメラ実験で確認するんだということだな。
399：一言居士：2018/12/16(日) 14:59:01: そして、まずGOFマウスのたくさんGFP蛍光している細胞でキメラ実験してできなかった。
手記ではこの時小保方さんはできない結果で論文をまとめようとしたとあるね。
400：在原業平：2018/12/16(日) 15:01:17: その論文には、

①メチル化実験→リプログラムされていないようだ。
②テロメア調査→別に長く戻ったようには見えなかった。
③ライブセルイメージング実験→自家蛍光識別したがそれでもたくさん光っていた。最初光ってないのに後から光り始める。
④蛍光細胞をスタンダードな方法でキメラ実験してできなかった。

と書かれるはずだったんだね。後の不正と言われた図表は必要なかったね。
401：小野小町：2018/12/16(日) 15:03:19: ところが若山さんはもう少しやってみようと言い出した。雑種強勢ということを
考えてF1マウスでやってみると言い出したのね。
402：一言居士：2018/12/16(日) 15:04:42: どうしてなんだい。ここで止めたらどうなったのかな。
403：デラ・ストリート：2018/12/16(日) 15:07:24: 若山研に居る必要は無くなるわね。彼女はこの細胞に関してキメラができないとして
実験結果を論文に纏めようとしたというわね。これって今までの自分のテーマを捨てる
という意味にはならないわね。キメラはできないと論文に纏めて、ではこの細胞は何だと
研究を続けるということになるわね。それって、若山研に残るという選択にはならないわね。
404：ペリー・メイスン：2018/12/16(日) 15:12:28: 若山さんは小保方さんを客員でラボ内にいさせている。契約は無い。
①どうせできやしないよ。
②短い期間なんだろ。
③自分のラボに入れと誘ったのに来なかったから断ってもいいんだけど、まだ、脈がある。
④熱心な子なので、だからこそ気に入ったんで、ここで突き放してしまうのもかわいそうだ。
⑤共同研究契約にするのも面倒じゃないか。
405：一言居士：2018/12/16(日) 15:44:19: ①②⑤ならここでグッバイだよ。だれが考えても。③④があった上に

ライブセルイメージング実験→自家蛍光識別したがそれでもたくさん光っていた。最初光ってないのに後から光り始める。

これが加わっている。
406：小野小町：2018/12/16(日) 15:49:00: 私たちは共同研究契約書があって、計画書が提出されていて、そこに
若山さんの幹細胞化実験の計画が書かれていたと睨んでいたんだけど、
理研は今回の楠本さんの問い合わせに対して無いと答えたわね。
そして根本さんは常識的にはそんなことはないはずだと疑義を提出され、
楠本さんは再度電話で確認し、理研は月曜日、つまり明日に解凍するということに
なってるのね。
407：在原業平：2018/12/16(日) 15:56:49: 根本さんの疑義は当然で自己点検委員会の報告書に共同研究だと書いてある。
ただし、共同研究という言葉を常識的な意味に解すると別に契約がなくても、
実態が共同研究とみなせればそう書いて悪いということでもない。また、客員研究員は
規則を詳細に確認すると契約書がなくても契約書等の<等>に口頭での約束も
含まれうるので契約書が無ければ客員身分が得られないという風にも読めない。
ただ、常識的には根本さんの疑義は当然だね。法に従って調査されているんだからね。
その報告書に共同研究だと書かれていたら規定の主旨に従っていると考えて当たり前だ。
408：一言居士：2018/12/16(日) 16:00:13: もし、詳細に問い合わせて、結論としてそういう問われ方なら契約書は有るということに
なったら、今回の回答は理研が隠そうとしていたと判断していいことになるね。
409：閲覧者：2018/12/16(日) 16:07:22: 楠本さんの問い方は普通の問い方だよね。ハーバードと理研との間に
共同研究に関する契約書が取り交わされているかという趣旨で、STAPは
ないがスフィアならあるとか、その日付ではないが他の日付ならあったとか、
細胞に関するものでなくキメラ実験ならあったとかいうケースは全て
楠本さんの問いの主旨に入っていると考えるのが世間常識なんで、もし
再度の確認であるということになったら、今回のは隠そうとしてたのだと
言っていいだろうね。
ただ、僕はそんなことは無さそうな気がするけどね。というのもそんなことしたら
こうなるとわかってるはずだ。
410：小野小町：2018/12/16(日) 16:09:36: でも、消えた年金資料は無いと言ってたけど社会保険庁は倉庫に隠してたのよね。
411：開高健：2018/12/16(日) 16:13:56: それって救えないレベルぞ。悲しいぞ。
412：名無しさん：2018/12/16(日) 21:06:45: 💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩💩
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413：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2018/12/17(月) 02:48:28: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
414：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/12/17(月) 06:05:38: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
👩　👦　👧　🙍　🙋　🙅　👮　👪　👫　🙇　🙈　🙊　🐰　😸　🐜　💪　👍　👎　
👉　👊　👋　🙏　🙌　👏　👣　👅　💋　🐦　👻　⛅　💩　🌠　💚　💜　💙　💏　
💞　💓　💖　💕　🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　🎥　🎶　🎵　🎧　🔊　📀　📞　🔫　🚓　　
🍸　☕　🍰　🍶　🍻　📡　🔑　🌈　📖　🆖　⏫　⏬　❎　🆘　🅿　🆗　⏪　🔙　　
🔜　💸　💐　🚨　📠　🏣　🏢　🚢　🏦　🏭　⛵　🚇　⚾　⚽　🏈　🎿　🎆　🍀　
🏊　♨　🎲　🎌　🎳　🎢　🌁　🌟　💢　📹　📺　📱　💻　📷　💊　⏰　⌛　🗻　🗾　
🗽　☔　🍓　🍌　🌛　🍒　🍮　🌀　🔓　🔥　🔰　🎴　✨　💦　❄　💨　🎐　💉　🍷　
❗　💡　🚧　🎏　🕖　🕚　⛔　🌃　🔔　🔎　💧　👼　💫
☀　✈　✂　✒　✌　♠　☺　㊙　🈴　㊗　🈶　🈚　🈸　▶　↩
415：在原業平：2018/12/17(月) 06:31:50: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
416：小野小町：2018/12/17(月) 06:32:31: 左団扇まであと15日しかないわね。
417：ヘーゲル：2018/12/17(月) 06:33:45: 本題頼むぜ。
418：カール・ヤスパース：2018/12/17(月) 06:34:51: 本題、何でしたっけ?
419：デラ・ストリート：2018/12/17(月) 06:39:02: キメラ実験前、
①メチル化実験→リプログラムされていないようだ。
②テロメア調査→別に長く戻ったようには見えなかった。
③ライブセルイメージング実験→自家蛍光識別したがそれでもたくさん光っていた。最初光ってないのに後から光り始める。
キメラ実験後
①メチル化実験→リプログラムされていないようだ。
②テロメア調査→別に長く戻ったようには見えなかった。
③ライブセルイメージング実験→自家蛍光識別したがそれでもたくさん光っていた。最初光ってないのに後から光り始める。
④蛍光細胞をスタンダードな方法でキメラ実験してできなかった。

ここからよ。
420：ペリー・メイスン：2018/12/17(月) 06:41:26: そうだね。そしてF1キメラ実験が行われた。
①メチル化実験→リプログラムされていないようだ。
②テロメア調査→別に長く戻ったようには見えなかった。
③ライブセルイメージング実験→自家蛍光識別したがそれでもたくさん光っていた。最初光ってないのに後から光り始める。
④蛍光細胞をスタンダードな方法でキメラ実験してできなかった。
⑤F1の酸浴細胞のスフィア塊を形態判断し、スタンダードな方法でキメラ実験してできなかった。
421：小野小町：2018/12/17(月) 06:44:08: そして、今日の検討はナイフ切り分け実験のことね。
①メチル化実験→リプログラムされていないようだ。
②テロメア調査→別に長く戻ったようには見えなかった。
③ライブセルイメージング実験→自家蛍光識別したがそれでもたくさん光っていた。最初光ってないのに後から光り始める。
④蛍光細胞をスタンダードな方法でキメラ実験してできなかった。
⑤F1の酸浴細胞のスフィア塊を形態判断し、スタンダードな方法でキメラ実験してできなかった。
⑥F1の酸浴細胞のスフィア塊を形態判断し、ナイフ切り分け手法でキメラ実験したらできた。
422：在原業平：2018/12/17(月) 06:47:10: 小町ちゃん、①②③④⑤⑥をまとめて論文書けるかい?
423：小野小町：2018/12/17(月) 06:53:05: 無理ね。それぞれの実験事実を整合させる論理が見つからないわ。
①②④⑤はリプログラムされていない証拠
③は多能性細胞である可能性を示す証拠
⑥は移植された細胞が多能性細胞であったという最終絶対的証明終わり。
424：ペリー・メイスン：2018/12/17(月) 07:05:36: この実験は論文的には
①三誌論文2012年春から夏
②12/11ヴァージョン原稿論文2012年末
③笹井ヴァージョン2013/3/10
④同上リヴァイズ変更
⑤ネイチャーアクセプト論文2013/12/25
という経過だね。

この中で矛盾はどう整合させられたのかな。
425：デラ・ストリート：2018/12/17(月) 07:16:52: まず脱メチル化確認実験は捏造認定されてるわ。①以前からの問題よ。ただし、
注意深い検証が必要みたいね。19Pからね。
>>
２）Article Fig.2c について 
・メチル化を示すいくつかの黒丸および白丸の整列に乱れがある点（Oct4-GFP+cells の Oct4 promoter） 
・DNA メチル化解析データについて Oct4 の CD45+と Cultured CD45+、および Nanog の ES と Cultured CD45+、Nanog の CD45+と Cultured CD45+が酷似している点 
・オリジナルデータとの不一致がある点
426：ペリー・メイスン：2018/12/17(月) 07:20:00: 三誌論文以前にラボ内でのプログレスレポートが問題視されているよね。
>>
（調査結果）
CDB 若山研におけるプログレスレポート（PR）にて提示された資料、論文原稿の各バージョンで示された図、実験を担当した CDB 若山研メンバーより提供された実験ノート記録、GRAS のコンピューターに残っていた実験データを照合し、PR 資料や論文図に示されたデータの信憑性を検討した。また、小保方氏に作図法やデータ処理について聞き取り調査を行った。その結果、以下のことが判明した。
427：デラ・ストリート：2018/12/17(月) 07:22:56: ここに重要な情報があるわね。
>>
（１）
図として提示されている結果は、以下のような経緯をたどっていた。PR 資料では、 2011 年 9 月 22 日に最初のデータ（非処理細胞、スフェア Oct4 発現細胞、および ES 細胞のOct4遺伝子およびNanog遺伝子のプロモーター領域のメチル化）が提示され、その後、2011 年 11 月頃にも提示された。この 2 回の資料は同じ実験結果を示していると判断されたが、これらデータの真贋性を裏付ける実験データやノート記録を確認することはできなかった。なお、これら PR 資料で ES 細胞とスフェアの結果が入れ替わるなど、小保方氏のデータ取扱いの杜撰さがうかがえた。その後、2012 年4月 12 日付けの PR 資料に全く別の実験結果が図として提示され、この図は2012年4月のNature投稿原稿、Cell投稿原稿でも使われ、最終的にArticle Fig.2c として発表された。この図では、メチル化を示す黒丸の配置に一部乱れがあり、手動で作図したと考えられた。また、CD45 陽性細胞（CD45+および Cultured CD45+）のデータについては、両者のパターンが酷似していた。また、STAP 幹細胞についてもメチル化解析が行われ、この結果は 2013 年 3 月に投稿された Letter 原稿 Fig.3 として初めて提示され、最終的には Article Extended Data Fig.8d として発表されている。この図でも CD45 陽性細胞におけるメチル化が示されているが、Oct4 遺伝子、Nanog 遺伝子いずれのプロモーターも Article Fig.2c と比較して、メチル化程度が低いことが特徴的である。
428：小野小町：2018/12/17(月) 07:28:54: 何もかも一緒くたに話さないで欲しいわね。
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①PR 資料では、 2011 年 9 月 22 日に最初のデータ（非処理細胞、スフェア Oct4 発現細胞、およびES細胞のOct4遺伝子およびNanog遺伝子のプロモーター領域のメチル化）が提示され
②その後、2011 年 11 月頃にも提示された。

2 回の資料は同じ実験結果を示していると判断されたが、これらデータの真贋性を裏付ける実験データやノート記録を確認することはできなかった。なお、これら PR 資料で ES 細胞とスフェアの結果が入れ替わるなど、小保方氏のデータ取扱いの杜撰さがうかがえた。

③2012 年4月 12 日付けの PR 資料に全く別の実験結果が図として提示され、この図は2012年4月のNature投稿原稿、Cell投稿原稿でも使われ、最終的にArticle Fig.2c として発表された。

この図では、メチル化を示す黒丸の配置に一部乱れがあり、手動で作図したと考えられた。また、CD45 陽性細胞（CD45+および Cultured CD45+）のデータについては、両者のパターンが酷似していた。

④また、STAP 幹細胞についてもメチル化解析が行われ、この結果は 2013 年 3 月に投稿された Letter 原稿 Fig.3 として初めて提示され、最終的には Article Extended Data Fig.8d として発表されている。この図でも CD45 陽性細胞におけるメチル化が示されているが、Oct4 遺伝子、Nanog 遺伝子いずれのプロモーターも Article Fig.2c と比較して、メチル化程度が低いことが特徴的である。
429：在原業平：2018/12/17(月) 07:30:22: ①②はキメラ成功前だね。
②③はキメラ成功後だ。
430：小野小町：2018/12/17(月) 07:48:14: ①メチル化実験→リプログラムされていないようだ。
a.PR 資料では、 2011 年 9 月 22 日に最初のデータ（非処理細胞、スフェア Oct4 発現細胞、およびES細胞のOct4遺伝子およびNanog遺伝子のプロモーター領域のメチル化）が提示され
b.その後、2011 年 11 月頃にも提示された。
(2 回の資料は同じ実験結果を示していると判断されたが、これらデータの真贋性を裏付ける実験データやノート記録を確認することはできなかった。なお、これら PR 資料で ES 細胞とスフェアの結果が入れ替わるなど、小保方氏のデータ取扱いの杜撰さがうかがえた。)
②テロメア調査→別に長く戻ったようには見えなかった。
③ライブセルイメージング実験→自家蛍光識別したがそれでもたくさん光っていた。最初光ってないのに後から光り始める。
④蛍光細胞をスタンダードな方法でキメラ実験してできなかった。
⑤F1の酸浴細胞のスフィア塊を形態判断し、スタンダードな方法でキメラ実験してできなかった。
⑥F1の酸浴細胞のスフィア塊を形態判断し、ナイフ切り分け手法でキメラ実験したらできた。
431：在原業平：2018/12/17(月) 07:51:02: PR資料では小保方さんはスフィア細胞の脱メチル化があったと書いているのかね?
432：在原業平：2018/12/17(月) 07:58:03: <ES細胞とスフェアの結果が入れ替わる>ということがあったらES細胞はそもそも
人為的なリプログラムなんて関係なく無論メチル化してないからね。報告自体に
意味がないんだけど、ES細胞とスフィア細胞の結果が入れ替わってるということを
<裏付ける実験データやノート記録を確認すること>もできなかったのに、どうして
それが分かったのかの証拠を示さない桂報告の情報取扱いの杜撰さはうかがえたね。
433：在原業平：2018/12/17(月) 08:01:08: 一言居士さん、僕の名前で書きこまないでね。まぎらわしいから。
皮肉はともかく、プログレスレポートではスフィア細胞の脱メチル化があったと書いてあったのかね。
434：一言居士：2018/12/17(月) 08:02:53: <（非処理細胞、スフェア Oct4 発現細胞、およびES細胞のOct4遺伝子および
Nanog遺伝子のプロモーター領域のメチル化）が提示され>と書いてある。
435：在原業平：2018/12/17(月) 08:07:42: 書かれていることは分かってるよ。書かれてないことは書かれてないだけだな。
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①非処理細胞は体細胞なんだからメチル化されて多能性を発揮できないようになってる。
②スフィア-Oct4発現細胞は脱メチル化していないと変だね。Oct4発現しているんでしょ。メチル化されていたら発現しない。
③ES細胞は、そもそもインナーセルマスの細胞だから多能性細胞だ。メチル化なんてしてるわけない。
436：小野小町：2018/12/17(月) 08:13:42: ②が問題なのよね。彼女は基本GFPの発現で判断している。GFPの漏れ出しだったら
Oct4遺伝子は発現してないわよね。彼女はGFP蛍光細胞塊をPCRにかけている
のよね。一個あったら引っかかってくるのよね。
これらの遺伝子解析結果は何事も語らないことになってしまう。ただし、このころ
小保方さんも、若山さんも、頭の中はGFP蛍光=Oct4遺伝子発現になってる。
437：ドクター・ワトソン：2018/12/17(月) 08:15:05: ①メチル化実験→リプログラムされていないようだ。

は間違いで、

①メチル化実験→リプログラムされているようだ。

ということか。
438：シャーロック・ホームズ：2018/12/17(月) 08:16:38: ①メチル化実験→リプログラムされているようだ。
②テロメア調査→別に長く戻ったようには見えなかった。
③ライブセルイメージング実験→自家蛍光識別したがそれでもたくさん光っていた。最初光ってないのに後から光り始める。
④蛍光細胞をスタンダードな方法でキメラ実験してできなかった。
⑤F1の酸浴細胞のスフィア塊を形態判断し、スタンダードな方法でキメラ実験してできなかった。
⑥F1の酸浴細胞のスフィア塊を形態判断し、ナイフ切り分け手法でキメラ実験したらできた。
439：小野小町：2018/12/17(月) 08:19:37: その上で以下なのね。

①メチル化実験→リプログラムされているようだ。
a.PR 資料では、 2011 年 9 月 22 日に最初のデータ（非処理細胞、スフェア Oct4 発現細胞、およびES細胞のOct4遺伝子およびNanog遺伝子のプロモーター領域のメチル化）が提示され
b.その後、2011 年 11 月頃にも提示された。
(2 回の資料は同じ実験結果を示していると判断されたが、これらデータの真贋性を裏付ける実験データやノート記録を確認することはできなかった。なお、これら PR 資料で ES 細胞とスフェアの結果が入れ替わるなど、小保方氏のデータ取扱いの杜撰さがうかがえた。)
②テロメア調査→別に長く戻ったようには見えなかった。
③ライブセルイメージング実験→自家蛍光識別したがそれでもたくさん光っていた。最初光ってないのに後から光り始める。
④蛍光細胞をスタンダードな方法でキメラ実験してできなかった。
⑤F1の酸浴細胞のスフィア塊を形態判断し、スタンダードな方法でキメラ実験してできなかった。
⑥F1の酸浴細胞のスフィア塊を形態判断し、ナイフ切り分け手法でキメラ実験したらできた。
440：デラ・ストリート：2018/12/17(月) 08:21:35: 一つ飛ばして以下よ。
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（３）
Article Fig.2c は、2012 年 4 月に投稿論文原稿図として現れているが、それ以前に小保方氏は計 3 セット（2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット）、 GRAS に DNA 配列解析を依頼していることが判明した。そのサンプル名には bisulfiteとあること、また 11 月 17 日の 2 セット分についてはそれぞれ「oct4」、「nanog」との記述もあることから、これはメチル化 DNA 解析であったと判断した。「oct4」については 96 クローンのシークエンスが行われ、作図に利用可能な高精度配列情報は 74 クローン分であった。しかし、この 74 クローン分のデータを用いて Fig.2c の Oct4 プロモーターの図を作図することは不可能であった。例えば Fig.2c では 11 か所中メチル化部位が 1 か所以下のクローンが 18 クローンあったことを示すが、シークエンス結果でこのようなパターンを有したクローンは 3 クローンのみであった。アライメントできなかった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であったと考えられた。また、「nanog」については 96 クローン中 40 クローンが作図に使用可能と考えられたが、これらを用いても Fig,2c に示された Nanog プロモーターの結果は得られない。Fig.2c には 100%メチル化クローンが 15 クローン存在するが、シークエンス結果でこのようなクローンは最大で 7 クローンしか存在しなかった。アライメントできなかった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であった。
441：在原業平：2018/12/17(月) 08:25:39: なるほど。キメラ成功後の話は後回しとして、プログレスレポートに関する実験は
<2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット>なんだね。
プログレスレポートは2011 年 9 月 22 日が最初で2011 年 11 月頃にも提示されたけど、
<2 回の資料は同じ実験結果>なんだから、この2011/10/27と2011/11/17の実験は無関係だ。
442：小野小町：2018/12/17(月) 08:30:07: そうね。するとこのキメラ成功前のプログレスレポートで提示された実験結果は
今のところ捏造ではないわね。ただ<PR 資料でES細胞とスフェアの結果が入れ替わる>という
ミスがあったということね。多分ES細胞はほとんどメチル化されているわけがないから、
黒と白の割合を見てミスがあるとわかったのね。こういうのはちゃんと図があるんでしょうから
添付してもらいたいわね。
443：在原業平：2018/12/17(月) 08:33:50: プログレスレポートはラボ内での報告だからね。論文ではないからな。こういう記載は
小保方さんの印象を悪化させるための余計な記載になっているという批判はまぬかれないよ。
なんなら桂報告スライドの1月(最終)は6月(最終)のはずだがこれはプログレスレポートレベルの
ミスではないぞと大騒ぎしてやろうか。この卑怯者が。
444：ふふふ：2018/12/17(月) 08:43:35: 鉄、ここは泣いてくれ。泥をかぶってくれい。頼む。
445：鉄：2018/12/17(月) 08:47:20: 親分、組織のひずみの寄ってきたるところを全部無実のあっしに背負いこませて
代わりに刑務所に入ってくれとお頼みなさる以上、後に残された家族のことは
頼みますぜ。ぐすっ。
446：ふふふ：2018/12/17(月) 08:49:29: そうか、鉄、引き受けてくれるか。ありがとう。出てきたら次の代は
お前が引き継ぐんだ。
447：小野小町：2018/12/17(月) 08:50:25: 生きて出てこれたらね。子芝居いいから。
448：ペリー・メイスン：2018/12/17(月) 08:52:03: 問題はキメラ成功以降だろ。
449：デラ・ストリート：2018/12/17(月) 08:57:55: <2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット>はキメラ成功前の
プログレスレポートとは無関係だが、2011/10/27はまだキメラ実験自身が
始まっていない。又最初のキメラ取り出しだった2011/11/28の4Nキメラの
報告にも接していない時期の検査だわね。
450：一言居士：2018/12/17(月) 09:04:00: どちらも依頼日だね。小保方さんはこの実験を二度行ってるね。それは酸浴細胞の
作り方もだんだん変化していくからだね。でもこの10/27と11/17の結果は最初
<2012 年 4 月に投稿論文原稿図として現れている>んだね。そしてそれは
Article Fig.2c に引き継がれている。
451：閲覧者：2018/12/17(月) 09:06:04: そこは(一)の真ん中に戻って、そこに書かれている経緯だな。
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③2012 年4月 12 日付けの PR 資料に全く別の実験結果が図として提示され、この図は2012年4月のNature投稿原稿、Cell投稿原稿でも使われ、最終的にArticle Fig.2c として発表された。

この図では、メチル化を示す黒丸の配置に一部乱れがあり、手動で作図したと考えられた。また、CD45 陽性細胞（CD45+および Cultured CD45+）のデータについては、両者のパターンが酷似していた。

④また、STAP 幹細胞についてもメチル化解析が行われ、この結果は 2013 年 3 月に投稿された Letter 原稿 Fig.3 として初めて提示され、最終的には Article Extended Data Fig.8d として発表されている。この図でも CD45 陽性細胞におけるメチル化が示されているが、Oct4 遺伝子、Nanog 遺伝子いずれのプロモーターも Article Fig.2c と比較して、メチル化程度が低いことが特徴的である。
452：小野小町：2018/12/17(月) 09:09:02: <2012 年 4 月に投稿論文原稿図として現れている>というのは
①2012 年4月 12 日付けの PR 資料
②2012年4月のNature投稿原稿
③Cell投稿原稿
④Article Fig.2c
の順で受け渡されているのね。
453：シャーロック・ホームズ：2018/12/17(月) 09:16:39: 三誌の投稿日はよく分かってないんだよね。でもここに幾分ヒントらしきものが
あって
①ネイチャー***4月投稿?、4月リジェクト
②セル*********4月投稿?、2012/6/6リジェクト
③サイエンス***投稿?、2012/8/21リジェクト

らしいところまで分かったね。
454：ドクター・ワトソン：2018/12/17(月) 09:23:47: ①2011 年 9 月 22 日とその後、2011 年 11 月頃とのPR資料は捏造問題とは無関係
②キメラ成功前である<2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット>のGRAS提出試料の解析結果発表はキメラ成功後の2012 年4月 12 日付けの PR 資料に最初に現れた。
455：一言居士：2018/12/17(月) 09:27:12: 小保方さんは若山さんが何かいたずらしたなんて知らない。
さて、君だったら、このデータをどう処理するかね。
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①「oct4」については 96 クローンのシークエンスが行われ、、作図に利用可能な高精度配列情報は 74 クローン分であった。
②「nanog」については 96 クローン中 40 クローンが作図に使用可能と考えられた
456：鉄：2018/12/17(月) 09:27:56: 俺だったら、、、