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STAP問題の全解に向けて、その13

1:2017/11/12(日) 08:13:20
イェイ。

49閲覧者:2017/11/13(月) 07:51:47
小保方さんがESを入れてキメラを作るような人か否かは身近な人なら分かるはずだ。
我々は関係者じゃないからね。それを判断の要素に取り入れることはでない。でも
笹井さんや丹羽さんは最後まで彼女の人間性は信じているね。彼女がESを入れてないと
いうことになると一番考えられるのは若山さんが入れたということだ。でもそれは逆に
小保方さん以上にありえないことだと普通の人は考えるね。しかし、ではどちらでもなければ
どうしてキメラができているのだ。我々はど素人だから気づくまで時間がかかったけど
同業者なら早いよね。そうであるか否かは別として可能性の中にいの一番に入ってくる。

50一言居士:2017/11/13(月) 07:54:28
野依さんの若山さんが名人芸でキメラを作ったと言ったもんだから記者が
驚いて若山さんが捏造したという意味ですかと問うたね。ははは。

51閲覧者:2017/11/13(月) 07:57:27
あのあと、今後は後進の育成に専念しますという若山さんの言葉があったね。
なんだか呼応していたように聞こえたけど。

52デラ・ストリート:2017/11/13(月) 07:59:06
小保方さんは文科省の"落としどころ"の犠牲者なのね。

53ペリー・メイスン:2017/11/13(月) 08:00:12
らぶおんざびーち。

54小野小町:2017/11/13(月) 08:05:20
野依さんはでもなぜ帰さなかったのかは分からなかったのね。でも
私たちはだいたいわかっているのかしらね。

55ペリー・メイスン:2017/11/13(月) 08:28:06
①小保方細胞に惚れた。
②小保方さんの潜在能力に惚れた。
③山梨大のプロジェクトが欲しかった。

56デラ・ストリート:2017/11/13(月) 08:29:49
チーフ、②がなければ①はないのだし、①が無ければ③もないですわね。

57シャーロック・ホームズ:2017/11/13(月) 08:37:01
ヴァカンティはまず①に惚れて、次に②に惚れたね。笹井さんも①に惚れて
②に惚れたからケビンコスナーの話しになった。若山さんもやはり①に惚れたんだね。
でも作り方は教えてもらっているんだからヴァカンティに許可を貰えば
研究はできるね。③は小保方さんを助手に連れて行かなくても可能だったね。でも
連れて行きたがった。そのあたりの理由に②もあるんだろうけど、小保方さんの仲介
無しにヴァカンティとの共同研究の話しが進まないという事情もあったかな。

58小野小町:2017/11/13(月) 09:00:28
彼女には何か人を引き付ける魅力があるのね。ヴァカンティを引き付け、
若山さんを引き付け、笹井さんを引き付けた。何か発するオーラがありそうね。

59在原業平:2017/11/13(月) 09:07:39
何かに夢中になっている人はそのことに関して他者を引き付ける。これは
疑いないよ。彼女の論文とか手記を読んで彼女の鋭い論理の切れ味に
引き付けられるというのはないね。そういうのはむしろ丹羽さんの論文に感じるね。
論文を読んで楽しいというのはポアンカレみたいな透明な知性の思考をたどるときの
何とも言えない快感でしょ。小保方さんの論文ってそういうものとは正反対の
ところにあるよね。彼女の潜在的な能力って笹井さんがそっちの面に感じるかなあ。

60小野小町:2017/11/13(月) 09:09:30
彼女の研究に対する情熱に引き付けられているのね。それだと理解可能ね。

61井伏鱒二:2017/11/13(月) 09:12:29
若山さんはキメラができずに彼女と別れなければならなくなったときに
別れたくなかったんだね。それなら理解可能だ。

62孤舟:2017/11/13(月) 09:15:56
阿久悠から電話だ。

63小野小町:2017/11/13(月) 09:21:53
ふーーーん。もう一度考え直しかあ。

youtube.com/watch?v=tozhe0yTAqo

64Ooboe:2017/11/13(月) 12:52:23
dsd*****さん

情報ありがとうございます

65在原業平:2017/11/14(火) 04:57:12
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

66小野小町:2017/11/14(火) 05:45:42
Ooboeさんが資料の書き写しをはじめられたわね。他は進展なしよ。DORAさんは
戦争の可能性五分五分とおっしゃってるわ。

67在原業平:2017/11/14(火) 05:52:36
戦争はとっくに始まってるじゃないか。どこ見てるんだよ。
亡命するか、殺されるかのどちらかの選択なんだからその意味では五分五分だけど、
僕は奴が亡命を決意する可能性は二分程度しか見ていないので開戦確率は八分と見てるかな。
水は常時新鮮なものと入れ替えてストックしている。ガソリンは毎日夕方満タンにしている。

68:2017/11/14(火) 06:47:09
夜な夜な酒池肉林して二日酔いの頭でアメリカに向かって原爆落としてやるなんて
言ってる豚をアメリカがこのまま放置するわけないわな。旧ソ連だって言わなかった言葉だ。
綸言汗の如し。

69小野小町:2017/11/14(火) 06:50:25
アメリカにとっての自衛戦争ね。

70在原業平:2017/11/14(火) 06:51:15
日本にとってもね。

71ヘーゲル:2017/11/14(火) 06:52:42
本題頼むぜ。

72カール・ヤスパース:2017/11/14(火) 06:54:01
世界にとっても。

73ヘーゲル:2017/11/14(火) 06:54:50
本題だってのに。

74カール・ヤスパース:2017/11/14(火) 06:56:30
え?本題。何でしたっけ?

75デラ・ストリート:2017/11/14(火) 07:09:38
なぜ、若山さんは彼女をヴァカンティの許に帰さなかったのか。

76ペリー・メイスン:2017/11/14(火) 07:20:31
小保方さんはキメラができなかったんでできないという結果を論文にまとめて
米国に戻ろうとした。でも若山さんがもう少しやってみようと言い出したと手記に
書いてるね。これは無論手記の一方的な言い分だからそのまま鵜呑みにする人もいないだろうが、
野依さんはキメラができなかったときどうして帰さなかったのだろうと記者会見で
いぶかった。手記はまだ出ていない。双方から聞き取りした結果、手記に書いてあるような
事情で、GOFマウスでできなかった後に、
①F1でやってみようと言ってできなかった。
②次にナイフ切り分けでやってみると言ってできた。
と言うことなんだよね。

77シャーロック・ホームズ:2017/11/14(火) 07:33:36
小保方さんが自分の所属するハーバードに帰ろうとしたことが本当かどうかということだね。
もしそれが本当なら、彼女は「うん、ちゃんと光ってるね」という細胞ができたのが
10月頃なんだから、そこから計画したんだから一カ月かかる。10月末か11月初めが
①GOFのマウスで失敗したときだ。
そして最初のキメラが確実にCAG蛍光したのがPCのハードディスク内にプロパティ証拠のある
2011/11/28なのだ。胎児は10日弱の大きさだ。10日として11/18にキメラ胚にインジェクトしたものだ。
これはナイフで切りわれた。その前に一度F1で失敗している。マウスは既に準備されているんだから

78ドクター・ワトソン:2017/11/14(火) 07:37:44
ちょっと待てよ。ホームズ。そこのところはもう少し厳密に行きたいな。
日付はともかくとして、小保方さんがGOFマウスでの実験でキメラができないことを
確認した後米国に帰ろうとしたことは野依さんの発言から推測してその経緯は
若山さんも認めているんだね。つまり
①小保方さんはGPFマウスでのキメラ実験直後、太田ESを持っていない。
ということだね。

79ドクター・ワトソン:2017/11/14(火) 07:40:28
GPFマウス→GOFマウス

80小野小町:2017/11/14(火) 07:43:51
小保方さんは学生のGOF-ESは持ってたわ。こちらはずいぶん早くから学生さんに
コントロールとしてシャーレ毎一皿貰ってるのね。GOFマウスで使おうと思えば
使えたのにね。

81在原業平:2017/11/14(火) 07:51:04
小保方さんはキメラができるために胎児がCAG蛍光して欲しいなんて思わないな。
キメラができるということが証明されればいいんだから、実際に産ませて毛色で
キメラ判断が出来たらもうそれでできたということになる。Oct4-GFPが光ったもので
キメラ成功した方が望ましいんで、捏造するならGOFマウスのスフィアに学生の
GOFntESをコンタミしたいだろうね。でも彼女はやってないね。そしてその後
ヴァカンティの許に帰ろうとした。このことを野依さんが認めているね。野依さんは
すべての調査結果を知っている。帰ろうとはしていなかったのなら若山さんが反論した
筈だ。この経緯は若山さんも認めていることになる。

82ドクター・ワトソン:2017/11/14(火) 07:58:15
ナイフの切り分け技術を顕示したかった、見事にCAGの胎児が顕微鏡下で光ることろを
見せたかったのは若山さんだろうね。ハワイ大学でクローン胎児が光った時のあの
夢よもう一度だね。

83シャーロック・ホームズ:2017/11/14(火) 07:59:18
誰に対しての顕示なのかね?

84ドクター・ワトソン:2017/11/14(火) 08:00:57
無論、論文は書かれていないのだから世間に対してではない。小保方さんに対してだ。

85シャーロック・ホームズ:2017/11/14(火) 08:02:20
何のために?

86ドクター・ワトソン:2017/11/14(火) 08:03:19
小保方さんを自分のラボに引き留めるために。

87小野小町:2017/11/14(火) 08:39:23
若山さんは小保方さんが腰かけている間に西川さんと相談して待遇条件を示して
小保方さんを引き留めようとしたわね。引き留めたかったのは明らかね。

88ペリー・メイスン:2017/11/14(火) 09:06:10
仮にこの最初の成功時に太田ESを第三者がコンタミしたのだとする。その場合は
若山さんがキメラ胚を作成する以前のどこかの段階ということになる。小保方さんは
マウスを受け取ってから1週間インキュベーターに寝かせる。ESを酸浴させると
どうなるのか誰もやってみてない。酸浴後の細胞はDMEM/F1培地の中でも死滅を続けて
どんどん数が減っていくことはライブセルイメージングで見れる。そこに一滴ES細胞を
入れるとすさまじい増殖力で増えるだろうからね。入れるタイミングはとても遅い時期だ。

89デラ・ストリート:2017/11/14(火) 09:08:53
しかも、ナイフ切り分け写真にあるような接着細胞塊を作るかどうかも分かってないわね。
それに対してSTAP細胞は丹羽さんが細胞塊を形成することを確認しているわね。

90ペリー・メイスン:2017/11/14(火) 09:19:35
まあ、それが小保方さん、若山さん双方にばれずに実験が行われえたとして、
第三者である犯人は次に行われたGOFマウスでキメラ作製再チャレンジのときに
今度は学生のntESを手に入れてコンタミしたことになるが、学生のntESを持っているのは
当の学生と小保方さんだけで、仮に持っていたとしても若山さんくらいのものだね。
若山さんと奥さんは一連托生と考えておくにしても、それ以外のラボメンバーが
学生のntESを手に入れられる確率は低いだろうね。そして次に小保方さんはテラトーマを
作ろうとした。ここにはAcr-CAGが入っていた。小保方さんも若山さんも犯人ではないのだから、
第三者犯人は最初にできたF1キメラと同時培養のSTAP幹細胞か、元の太田ESを小保方さんの作ろうとしていた
移植箇所に注射したことになる。何のためにそんなことをするのかも考えなければならなくなるし、太田ESなら
ちゃんと下テラトーマができるので体細胞らしきテラトーマなんかが含まれることはないね。どうしても
最初にできたESと言うことになるんだけど、その場合若山さんの作ったESを第三者はどうして見つけだしたのかね。

91デラ・ストリート:2017/11/14(火) 09:26:23
2011/11/25樹立開始のGOFマウス由来の幹細胞GLを桂チームは解析しなかったのね。
彼らの結論からはこれらも学生のntESによるコンタミと言うことになるはずだけど
全く解析証明されていないのね。どうしてかしらね。F1には太田ES、GOFマウスには
学生のGOFESとコンタミし分けるのって二人の実験の詳細を知ってないと次々に
方針が変わっていくことに第三者は簡単について行けないわよね。特に初期の実験って
二人だけでやってるんでしょ。

92ペリー・メイスン:2017/11/14(火) 09:29:54
翌年になって、初出勤した小保方さんはまず
①12/27テラトーマの切り出しを行い、次に
②STAP細胞キメラのジャームライントランスミッション実験を行い、更に
③新たなテラトーマ実験を行い、かつ、
④FLSの増殖率実験を行った。

93一言居士:2017/11/14(火) 09:33:18
いや、ペリーさん。②はペンディングしておいてください。あのジャームライントランスミッションの
実験対象となったキメラ子が2011年のものか、2012に新たに作製されたものかの
確認はまだ取れていません。FLSキメラと同時並行して作られたSTAPキメラのものかもしれませんから。

94閲覧者:2017/11/14(火) 09:35:46
2012に新たに作製されたのならなおさらのことですが、ペリーさん。
あなたがおっしゃりたいのは小保方さんは帰国後たくさんの種類のSTA細胞を
作製しなければならなかったということですね。

95ペリー・メイスン:2017/11/14(火) 09:47:14
その通りです。閲覧者さん。まずジャームライントランスミッション実験に供されたキメラ子は
2011年に作成されて50日経過して成体となったマウスだったとしておきましょう。これは既にあるということになりますね。
では帰って来てから彼女はどういうSTAP細胞を作ったか。
①2012/1/31、2012/2/2樹立開始のFLSのための129B6F1由来STAP細胞
②2012/1/31、2012/2/2、2012/2/3樹立開始のための129B6F1由来STAP細胞
③2012/1/31樹立開始のGLSのためのGOFマウス由来STAP細胞。
④新たなテラトーマ実験のためのGOFマウス由来STAP細胞。

96デラ・ストリート:2017/11/14(火) 09:50:59
①と②は持ち出しリストによれば同じF1だけど、②のマウス背景は遺伝子確認されていないわね。
③と④は同じGOFマウスだから同時使用可能だけど、④は時期が手記によれば
数回作られたと言ってるから、STAP細胞作製としては3、4回かしらね。

97ペリー・メイスン:2017/11/14(火) 10:01:35
そうだ。第三者犯人はその3,4回の実験時にどういう幹細胞が作られようとしているかということを
知った上で太田ESと学生のntESをインキュベーターのメモか何かを頼りにコンタミし分けたということになる。
しかも、テラトーマはそれだけではなく、2回目以降もまた注射しているはずだ。実験結果はn=50の内
①Oct4-GFP+ Fraction(dissociated) 3/20(20%)
②Oct4-GFP-dim Fraction(dissociated) 0/10(0%)
③STAP cluster(non-dissociated) 8/20(40%)
だよ。

98デラ・ストリート:2017/11/14(火) 10:08:19
第三者だったら注射しないといけないわね。最初と条件は同じだものね。12/27テラトーマに
注射したのなら第三者であれば同様に注射する。でもここで不可能になるのね。どれがどのテラトーマか
分からないわよね。そもそも第三者がテラトーマに注射する目的もはっきりしないしね。
成功させてやりたい第三者よね。論文で大々的にもてはやされる2年も前の話しだわ。小保方さんが
成功するとうれしい第三者だとか、一度成功と見せかけて置いて2年後に地獄の底に落としたい憎しみの
第三者なんて、ちょっとねえ。考えずらいわね。

99ペリー・メイスン:2017/11/14(火) 10:27:41
Article Extended Data Figure 4は全部STAP細胞由来のテラトーマだ。dの表は
単離細胞のFACSによる強発現細胞と弱発現細胞、および細胞塊のままでのテラトーマ
作製結果だ。
そもそもできにくいテラトーマを3種に分けて①が2割、②はゼロで③は4割
できるように注射するなんて本人以外には不可能だよ。第三者は無いと分かるでしょ。
無論、小保方さんは注射しているわけではない。

100デラ・ストリート:2017/11/14(火) 10:31:28
では、なぜできたのか。相沢さん達はテラトーマは細胞数が足りないから簡単に
できないと思って作らなかったのよね。小保方さん自身も博論以前の段階では
相当に苦労しないとできていない。理研にはNOD/SCIDマウスもない。

ちょっとマウスのスクロール機能がおかしいから電気屋に行ってくるわ。

101ペリー・メイスン:2017/11/14(火) 12:29:29
<③STAP cluster(non-dissociated) 8/20(40%)>は小保方さんとしては
当然GOFマウスで作っているつもりのはずだね。
>>
d, Teratoma-forming ability of Oct4-GFP+ and Oct4-GFP-dim cells (isolated by FACS, top). Oct4-GFP+ cells, but not Oct4-GFP-dim cells, efficiently formed teratomas (table at the bottom). However, because STAP cells were dissociation-intolerant, the teratoma-forming efficiency of dissociated Oct4-GFP+ cells was lower than that of non-dissociated STAP cell clusters.

102翻訳機:2017/11/14(火) 12:36:12
d、Oct4-GFP陽性およびOct4-GFP-dim細胞の奇形腫形成能(FACSによる単離、上段)。 Oct4-GFP陽性細胞は<Oct4-GFP-dim細胞では出来ない>、効率的に奇形腫を形成した(下段表)。 しかし、STAP細胞は解離不耐性であるため、解離したOct4-GFP陽性細胞の奇形腫形成効率は、非解離STAP細胞クラスターのそれよりも低かった。

103ドクター・ワトソン:2017/11/14(火) 12:43:10
ここには二つの問題がある。まず小保方さんはsTAP細胞からのテラトーマは数回行っているが
12/27Haruko以外のサンプルは誰かによって持ち去られていたというね。
もう一つはテラトーマにとってのSTAP細胞の解離不耐性なんていつ考え出されたのか
と言う問題。つまり、これってナイフ切り分けキメラからの理由だよね。博論以前では
そもそも解離不耐性なんて問題になってない。要するに簡単にはできないから足場付きで
埋納してたよね。ひょっとしてこれって笹井さんのところで論文をリバイズしている過程で
思いつかれたのかな。笹井さんのところでのテラトーマ実験もあるのかな。

104ペリー・メイスン:2017/11/14(火) 12:46:17
ちょっと待ってくれないか、ワトソン。今、第三者犯人はなさそうだという
根拠を調べて行ってるんだろ。その問題はちと複雑そうだから、後二つのコンタミが
第三者によって可能であったかどうかを先に終わらせちゃえよ。

105小野小町:2017/11/14(火) 12:49:25
次のコンタミはAC129に対する「僕のマウス」ESのコンタミだわ。

106シャーロック・ホームズ:2017/11/14(火) 13:06:48
なるほど。AC129は小保方さん命名のアニマルカルスと言う名前と129/Svを組み合わせたもので
持ち出しリストと桂報告リストによると2012/8/13樹立開始だ。若山さんは最初リストに2013と書いて
後に2012と訂正した。3誌のリジェクト決定直前になぜこんな幹細胞を作ろうとしたのかね。
FI幹細胞の実験も終わりつつある。

107ドクター・ワトソン:2017/11/14(火) 13:24:39
ホームズ。129/Svはそれに対応する既存ESが無いんだよ。そしてこの129/Svは
CAG-GFPが組み込まれていて、それはもともと若山さんが米国時代に自分で作っていた
B6-CAG(ホモ)から129にGFPを移し替えたもので、要するに「僕のマウス」の母親だ。
「僕のマウス」は桂報告で129X1 SLC♀/B6N SLC♂とあるように、若山さんが渡した
129/Svは129X1/Svだね。SLCの取り扱っている129X1/Svは白とチンチラと両方あるけど
例の記者会見の図解で分かるように129はアルビノだ。小保方さんは白のマウスを渡されたんだ。

108シャーロック・ホームズ:2017/11/14(火) 13:33:06
このAC129からは「僕のマウス」ESが出て来たんだね。小保方さん犯人説の人は
小保方さんが真っ白のマウスを渡された時、129B6F1の毛色になるESを意図的に
コンタミしたと言ってるんだね。キメラは作らないと決まってたのかな。
第三者の場合はどこで「僕のマウス」ESを手に入れるんだろうね。そもそも
キメラは作らないからなんでもいいんだったら太田ESか学生のESでいいよね。
どうしてわざわざ小保方さんに渡した「僕のマウス」ESのコンタミになってるんだい。

109小野小町:2017/11/14(火) 13:38:35
NHKの番組で誰かさんったらワンツーナインではありません、なんて小芝居してたわね。
小保方さんにコントロールESを渡しておいてAC129をそのESで捏造して小保方さんを
犯人と思わせる工作をあらかじめしていたのだとしたら、それって第三者ではないわね。

110ドクター・ワトソン:2017/11/14(火) 13:45:23
小保方さんはこの時渡されていたマウスを129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) だと
思い込まされていたみたいだよね。
>>
We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.

111在原業平:2017/11/14(火) 13:48:41
ぎょっとしちゃうな。でも僕ちょっと婦人公論買いに行ってくる。んじゃ。

112リスベット・サランデル:2017/11/14(火) 20:17:37
ずっと気になっている事があります。
ヒト系なのでマウスの世界は疎いですが、個人的に理解している知識で可能性を考察しました。理解が間違っていたら指摘して下さい。

Extended Data Fig.1aのマウスの遺伝的背景を小保方さんはB6GFP×129/Svと若山氏から教えられた通りに間違わずに書いたとしての質問です。

元々、若山氏の中には雌雄を逆に表記する、戻し交配マウスの遺伝的背景のB6GFP×129/SvF1を使用した実験があった。それを若山氏は彼女に意識的か無意識かF1を付けずにそのまま教えた。彼女はそのまま書いた。

小保方さんはマウスに疎く、ましてや戻し交配表記なんか知らないので、若山氏から論文に記載するマウスの遺伝的背景を教えられた時、戻し交配マウスの雌雄の逆転表記には、必ず後ろに「F1」表記しなくてはならないことに気づく訳がなかった。
知っているなら、その場で雌雄逆転している表記を見て、その意味を間違いか、直感的に戻し交配なのか若山氏に問いかけていたはず。

近交交雑のF1表記と雌雄を逆に書いたマウスの戻し交配の遺伝的背景のF1表記は意味が全く違う。後者は後ろにF1を付けないと、単なるマウス背景の雌雄の順番表記した書き間違いにされてしまう。

129/Sv×B6GFPF1←近交交雑マウス
B6GFP×129/SvF1←戻し交配マウス
B6GFP×129/Sv←表記の書き間違い

若山氏は調査委員の問いかけに自己都合かどうか、間違いと発言している。
結局、調査委員会の報告書には
「…図の説明にあるB6GFP×129/Svは最初にメス、その後でオスの遺伝的背景を書く通常の表記法では129/Sv×B6GFPが正しいが、不注意による間違いと思われる。」の報告になってしまった。

本当はExtended Data Fig.1aのマウスの遺伝的背景は、B6GFP×129/SvF1の戻し交配マウスであった可能性もあるのではないか?

仮に調査委員会の報告書の結論に反して真実はExtended Data Fig.1aのマウスはB6GFP×129/SvF1であったなら、GFPのジャームライントランスミッションが元の129/Sv×B6GFPとの比較において後の結果にどう反映されるのか、何かの折りに考察お願いします。

113在原業平:2017/11/15(水) 06:51:55
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

114小野小町:2017/11/15(水) 07:19:09
サランデルさんがお見えだったわ。それに今日のお気に入りはあちこちで更新されてるわ。
あなた今日は病院行きでしょ。時間が無いわね。それに手記まだもらってないわ。

115在原業平:2017/11/15(水) 07:26:54
手記でなくて日記でしょ。婦人公論持ってきてあげたよ。小保方さんは元気に
なった。日記を書いている時期は元気が無かったはずだけど、今それを読み返して
編集している彼女はもう元気だ。彼女はエイプリルフール先生だったのだと知ったからね。
吹っ切れたみたいだぜ。桃子のことは大嫌いだけどね。でも梨狩りさんとか
ピーチ姫とか、あだ名のつけ方にユーモアが感じられるね。彼女はどんなに
鬱の時にもユーモアのセンスは失わない。それが彼女の精神のバランサーになってるんだね。
ああいうのは生まれついた性質だからな。

116小野小町:2017/11/15(水) 07:35:30
和モガさんがESとSTAP細胞は明確に違ってると言ってるわね。

117在原業平:2017/11/15(水) 07:56:23
うん、我々はど素人だからね。三人の解析を待つだけだ。以下の比較だね。
>>
SSR1171560 若山    Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1                     C57BL/6x129/Sv
SSR1171561 若山    Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2                     C57BL/6x129/Sv
SSR1171580 小保方  Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
SSR1171581 小保方  Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv

118小野小町:2017/11/15(水) 08:06:51
ESはコントロールの「僕のマウス」ESだわね。CAGホモのはずね。
STAP細胞の方はF1だけどOct4蛋白の発現確認をqPCRで確認してあるという意味ね。
マウス背景のGFPはESの方はそれしかないんでホモであるという若山証言があるれど
STAP細胞に関しては小保方さんは自分ではヘテロだと思い込まされているのよね。
それから雌雄表示に関してはB6が♀表記になってるけど、若山さんの持ち出しリストには
ESは129B6F1-GFPと書かれているのね。

119在原業平:2017/11/15(水) 08:16:28
そのF1表記に関してサランデル氏が戻し交配表記のルールがあるとおっしゃつてるんだね。
僕はど素人何でそれは知らない。親にかけ戻すという意味での戻し交配なら、連続戻し交配という
手法もあってそういう表記では区別がつかないのではとも思うんだけど、まず全く知らなかったんで
調べてはみるよ。近交系マウスを作るときの原理としての交配型の一つとしての
バッククロと言う定義と品種改良時に使われるバッククロスとは意味が違うと思ってるんだけど、
それはフィキュアースケートで足を交差させながら後ろ向きに滑るのをバッククロスというのとも
違うという意味で言ってる。これが間違ってるのかも知れないね。

120小野小町:2017/11/15(水) 08:21:08
良く調べないとね。でも若山さんは品種改良の意味で戻し交配する必要も無ければ
近交系マウスを作るために戻し交配しているわけでもないのね。ただジャームライン
トランスミッション確認のために戻し交配したとおっしゃったのね。そもそもそんなこと
してないでしょと言うのが私たちの解釈よね。それは何で1/4でなく半分なんだと
問われたことに対する苦肉の策としてひねり出した答えだと。

121在原業平:2017/11/15(水) 08:37:41
気になるのはアーティクルの本文のキメラ実験の項で以下の記述があるね。
>>
To make germline transmission more efficient, we intercrossed chimaeras in some experiments.

122小野小町:2017/11/15(水) 08:44:50
これって、効率を重視してバッククロスしなかったという意味にも取れるわね。
この場合実際の実験としてはキメラ子同士の交配を意味しているとしか
考えられないんで、事実上は兄妹交配を意味しているんだけど、兄妹交配って
インブリードという言葉を使うのが普通よね。インタークロスと言う意味は
ヘテロ交配と言う意味しかなくて、その場合は以前分類した4つの交配型の
中の一つだということになるんだけど、この場合何がヘテロなのかと言うことになるわね。

123在原業平:2017/11/15(水) 08:50:54
その前の文章から続けて読めばわかるけど、これはSTAP細胞由来マウスの
ジャームライントランスミッション確認実験だ。
>>
Because the number of CD45+ cells from a neonatal spleen was small, we mixed spleen cells from male and female mice for STAP cell conversion. To make germline transmission more efficient, we intercrossed chimaeras in some experiments.

124小野小町:2017/11/15(水) 08:57:39
アーティクルのExtended Data Figure7ね。bの中の129B6で98個のキメラ胚を作って
生まれてきたキメラが20匹だった。それをcに書かれた五つの組み合わせで
確認したら105匹子供ができたが、33匹にジャームライントランスミッションが
あったと言ってるのね。これは2Nの実験ね。やってることは明らかにインブリードなのよね。

125在原業平:2017/11/15(水) 08:59:41
用語の混乱もありそうなんだけどな。

126孤舟:2017/11/15(水) 09:05:01
出かける時間だぜ。

127ドクター・ワトソン:2017/11/15(水) 09:09:10
C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29)はGLSとGLの事ではないよ。驚かないかい?
>>
We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.

数数えててね。んじゃ、また。

12855555:2017/11/15(水) 15:54:16
htp://bit.do/dTkrs

129在原業平:2017/11/15(水) 17:24:11
小町ちゃん、ジンライムね。

130小野小町:2017/11/15(水) 17:27:05
お気に入りブログが更新されて忙しくなったわね。とりあえず今日の一番の出来事は
和モガさんが分析結果の一部についていくらかでも説明を始めたということなんでしょ。

131在原業平:2017/11/15(水) 17:42:39
そうだよ。「僕のマウス」ESと「僕のマウス」STAP細胞FLSは違ってるぞという報告だ。
「僕のマウス」ESはGFPホモなんでそうであるかどうかをまずホモを確認しないといけない。
次に「僕のマウス」ESが捏造に使われたF1のSTAPはFLS-Tなんで、FLS-T解析結果が必要だ。
更に、STAP側はFLSであるかFLS-Tであるかのどちらかなので、どちらであるかは
太田ESを調べないといけない。で、ここからはまだ何も言えない。ただ事実が報告されているだけだ。

132小野小町:2017/11/15(水) 17:43:23
事実が大事なのね。

133在原業平:2017/11/15(水) 17:44:24
そうだ。何事も最初はファクトファインディングから始まる。

134小野小町:2017/11/15(水) 17:51:04
分析された試料がどういうものかの追跡は今私たちが行っていることで、
最終的には小保方さんがGRASに提出した試料の出処を解明するのが
ゴールね。その時重要なのはSTAP細胞は小保方さんが作れるがSTAP幹細胞と
FI幹細胞は小保方さんは作れないので幹細胞の提供者は若山さんということね。
それとSTAP細胞を作ったのは彼女だが、マウスの提供とSTAP細胞を受け取った
後の処理は若山さんということね。パズルを解くときのヒントになるわね。

135在原業平:2017/11/15(水) 17:54:06
そういうことだ。その上に彼はこの辺りで逃げる準備をしているという条件が
加わる。3手の読みで止めてはいけないぜ。4手まで読む。

136小野小町:2017/11/15(水) 17:55:34
根本さんは特許の件が11月が一つの山場になるとおっしゃってるわね。

137在原業平:2017/11/15(水) 18:02:17
彼女がエイプリルフール先生の存在に気づいてから彼女の心は徐々に
晴れ晴れしてきているのが感じられる。一番のトゲが抜けたんだろうね。
今回のピーチ姫には笑ってしまったが、手記にあった憎しみはもう消えているね。
分かってしまったら彼女は当事者だからね。我々部外者なんかとは比較にならないくらい
深く分かってしまうはずだよ。それに今彼女は落ち着いて理研時代のメールを
読んでるだろうからね。それと米国とは常にコンタクトを取っているはずだ。
それは根本さんの情報伴関係しているかも知れないよ。

138小野小町:2017/11/15(水) 18:14:20
で、C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29)の謎に戻るのね。そしてその後
FLS-Tの謎に行って第三者は無いと納得したら、サランデル氏の話しと更に
もう一度テラトーマの問題に戻るのね。

139在原業平:2017/11/15(水) 18:17:57
論文じゃないからね。結論を得てから書くんじゃない。考えている過程を書いて
仲間も読んでいるということも意識して時々リビューしてる。本当は1人だったら
トコトン迷路の中をさまよい歩きたいところだよね。でも時々思考の筋を示して
置かないとOoboeさんから苦情が入るからな。

140小野小町:2017/11/15(水) 18:20:22
将棋指しってそうやってさ迷い歩くのが楽しい人たちなんでしょうね。きっと。
延々五時間くらい考えてる時ってあるわね。

141在原業平:2017/11/15(水) 18:24:39
彼らは商売なんだよ。勝負だから形成判断を間違えた方が負けるんだ。負けたら
食っていけなくなる厳しい世界だよ。釣りが楽しいのはアマチュアなんで、漁師は
釣れないと生活できなくなる。アマチュアの釣り師はプロには絶対にかなわないね。

142孤舟:2017/11/15(水) 18:31:52
アマチュアと言うのは別に自分の生活のためのプロフェッショナルな世界を持ってる。
だれだって生活はしているんでね。互いに人の世界で息抜きするのが楽しいんだろ。
人の世界なら無責任で居られる。昔漁師に聞いたよ。生活がかかって無かったら
漁師でも釣りは面白いって。アマチュアが釣りを面白いと思うのは当たり前だよ。ははは。

143小野小町:2017/11/15(水) 18:34:21
あたしたちのはアマチュアの便所の落書きなのね。無責任に考えるのは楽しいと。

144ドクター・ワトソン:2017/11/15(水) 18:37:31
STAP-SC 2011/11/25 GOF(B6) Chimera embryos x 10 8 GL-1 to -8 *GL:GOF lymphocyte
STAP-SC 2012/1/31 GOF(B6) 2STAP/WELL x 13 13 GLS-1 to -13

数が合わないと。これって面白いか。

145シャーロック・ホームズ:2017/11/15(水) 18:41:34
GLは8of10
GLSは13of13だね。

C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29)って何だい。

146ドクター・ワトソン:2017/11/15(水) 18:43:29
GLの8of10がある限り29of29には絶対にならないからGLは数えられていない。
ということは別に16of16のGOFのSTAPがあるということだね。

147ドクター・ワトソン:2017/11/15(水) 18:44:50
GOFのSTAPがあるということだね。

GOFのSTAP幹細胞があるということだね。

148小野小町:2017/11/15(水) 18:59:52
虎ノ門の時間よ。

youtube.com/watch?v=LC_XM4l1DHo


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