ペーパー一枚の報告に向けて、その3 - 1534541215

426：一言居士：2018/08/26(日) 07:07:19: TSは丹羽研で作られたCD1(ICR)マウス由来のものだね。丹羽研で提供されたのは
樹上図を作る時に若山さんのコントロールTSのデータでは良いデータにならなかったが、
若山さんは理研に居ないから丹羽さんのところで作って検査し直したものだろうと
推測されている。ESはコントロールESだね。
この上二つからSox21が検出されていて、ESには無い。
427：デラ・ストリート：2018/08/26(日) 07:11:31: 次ね。
>>
和モガ
‏@wamoga
2017年7月6日
FI幹細胞の遺伝子発現量を調べるとES特異遺伝子とTS特異遺伝子が両方発現してました。
428：閲覧者：2018/08/26(日) 07:25:25: Ts.Markerブログの2017/7/5分だね。やっぱりね、だね。
>>
SSR1171567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
SSR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
SSR1171569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
429：一言居士：2018/08/26(日) 07:33:12: ES特異遺伝子(Oct4)とTS特異遺伝子(Cdx2)がSSR1171568にみられるといってるんだね。
ついでにこのSSR1171568のTs.Markerさん解析はLetter Figure 4-bのFI-SCとぴったり
一致していると言ってる。
430：デラ・ストリート：2018/08/26(日) 07:35:28: 次よ。
>>
和モガ
‏@wamoga
2017年7月8日
「STAP細胞事件」-桂調査委員会の結論が一発で吹き飛んだ解析データ
431：閲覧者：2018/08/26(日) 07:42:41: まず最初にotameshi の方の和モガさん解説だね。2017/7/8ブログになるね。もう何度もやったところだけど、何度でもお浚いだ。
これはSOX21はTS特異的遺伝子発現だということが根拠になっていて、その根拠が崩れると結論も崩れてしまうことだね。
そして我々は検討の結果、これは遠藤論文でそう判断されているから和モガさんもそうだと思っているに過ぎないことをつきとめたね。
むろん、そこに事実としてTSにSOX21が発現しているということもあるからね。
432：一言居士：2018/08/26(日) 07:58:07: 遠藤さんもTSにあるからTS特異遺伝子だと思い込んでるだけみたいだね。
ここはそうかもしれないけどそうでないかもしれないんで、調べたことも無いような
人の断言できるところでないね。丹羽さんみたいな専門家の判断、もしくは検証結果
報告の必要なところだけど、そういう論文の提示と学会内での承認状況の確認もないよね。
これは小保方さんのティシュー論文にもあって、そこではCdx2はES特異的で、スフィア特異的で
無いと結論されていたのに、STAP細胞では酸浴だということもあってか、むしろSTAP特異的と
判断されている。丹羽さんがこの解析は浅い解析で今後深めていくべき課題と言ったことが
手記に書き留められているね。そういう事情は和モガさんの判断にも適用されるべきだろうね。
433：シャーロック・ホームズ：2018/08/26(日) 08:01:53: そういう前提を置いた上で、仮に和モガさんの推定が正したかったとしたら、我々の
ntES論は成立しないのかな。つまり小保方さんの作ったSTAP細胞からTS特異的マーカーが
出たということはそれがntESでないことを証明しているのかな?
434：ドクター・ワトソン：2018/08/26(日) 08:10:43: まず常識的な判断から考えるとして、ntESもESだ。インナーセルマスから作られている。
だから、Sox21がTS特異的遺伝子発現だという前提なら、STAP細胞にそれが発現している以上
ES細胞ではありえないのと同様にntESでもあり得ないということになるね。
次にサンプルの信頼性だけど、この細胞は小保方さんはB6/129だと届け出ている。
でも、中身は129/B6-CAGであった。つまり小保方さんは嘘をつかれているんだよね。
435：シャーロック・ホームズ：2018/08/26(日) 08:14:25: サンプルは小保方さんが一人で調整してきたと桂報告は書いているけど、手記によれば
それは嘘で詳しい先輩(野老さんだな)に手伝ってもらっている。この雌雄の違いは論文にも
現れていて、若山さんの実験中の嘘が疑われているところなんで、何ら確定的なことは
言えないんだな。
436：ドクター・ワトソン：2018/08/26(日) 08:19:14: そういうことだ。STAP細胞は確かに小保方さんが作るんだけど、一旦若山さんに
渡すからね。野老さんを通して、その一部が戻ってくる可能性もあるんで、何とも
言えないところだ。若山さんの指示で皆で手分け作業する形になってる。確定的なことは
何も言えないよ。ただ矛盾だらけだということだな。
次に、今度はESとntESとどう違うのかは最も知ってるのは若山さんだということね。Sox21が
ESには出ないがntESには出るということがあるのかないのかも全く検討されていない。
437：小野小町：2018/08/26(日) 08:21:48: そうね。そこはそもそも和モガさんはntES論者じゃないしその可能性にも気づいていなかったんだから
考えてないのは当然ね。
438：在原業平：2018/08/26(日) 08:27:38: 結局、
①Sox21がTS特異的遺伝子であるという学会内での承認は提示されていない。
②Sox21がTS特異的遺伝子であると仮定すると、SSR1171581はESではない。
③Sox21がTS特異的遺伝子であると仮定すると、SSR1171581は常識的にはntESでもない。
④Sox21がTS特異的遺伝子であると仮定すると、SSR1171581は常識の通用しないntESであり得る。
⑤SSR1171581がSTAP細胞ではない可能性すらある。
こういうことでいいのかな。
439：一言居士：2018/08/26(日) 08:30:20: いいよ。その上で我々小保方さん無実論者にとっては、STAP細胞由来と称する
キメラ胎児、胎盤と卵黄嚢は実際に光っているということを付け加えておくべきだな。
440：閲覧者：2018/08/26(日) 08:35:58: それはむしろ若山さんの捏造を示唆しているんだね。論文捏造ではないけれど
小保方さんを引き留めるための自己顕示エイプリルフールだね。或いは何かまだ
知られていないプロモーションがらみだったか。そのあたりはまだまだ先の解明になるね。
441：デラ・ストリート：2018/08/26(日) 08:38:55: じゃ、FI-SCの方ね。
>>
和モガ
‏@wamoga
2017年7月10日
「STAP細胞事件」-FI幹細胞の存在を証明する解析データ
442：一言居士：2018/08/26(日) 08:50:30: 2017/7/11のブログだね。
>>
「STAP細胞事件」-FI幹細胞の存在を証明する解析データ
Ts.Markerブログの5月10日の記事は「STAP細胞はES細胞由来」を否定するものだったが、7月5日の記事はFI幹細胞の存在を証明するものである。
443：閲覧者：2018/08/26(日) 08:53:19: この解説はど素人の我々にはとても勉強になるね。
>>
小保方氏が登録した公共データベースにはFI幹細胞に関するデータが2種類あり、ひとつはRNA-seqデータで、もうひとつはChIP-seqデータである。
RNA-seqデータはFI幹細胞の遺伝子の発現が分かるデータであるが、桂調査委員会はそのことには触れていない。代わりにゲノムの配列を調べ、Oct4-GFPが挿入されたB6ホモ系統にCD1（TS細胞が作られた）と思われる2種類の細胞腫を含んだサンプルだと解析している。
このため、FI幹細胞でES細胞とTS細胞の特異遺伝子が発現したのは、ES細胞とTS細胞が混ざっていたからだとみんなは理解したのである。
444：小野小町：2018/08/26(日) 09:01:13: 二種類って以下ね。
>>
SSR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
SSR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
SSR1171567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
SSR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
SSR1171569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
445：閲覧者：2018/08/26(日) 09:04:20: そうだね。
>>
一方、もうひとつのCｈIP-seqデータも遺伝子の転写制御因子（H3K4me3は転写活性化因子、H3K27me3は転写抑制因子）でどの遺伝子座が発現しているかが分かるが、そのことには触れず、ゲノムの配列により129B6F1　Acr-GFP/CAG-GFPの細胞種だと解析しES細胞129B6F1　ES1とほぼ同一であるとしていた。
そこで、Ts.Marker氏は他の細胞が混ざっていないこのCｈIP-seqデータに目を付け、ダウンロードし解析ソフトにかけたのである。
その結果、小保方氏が2013年11月5日に公共データベースに登録したFI幹細胞のCｈIP-seqデータからES細胞特異遺伝子とTS細胞特異遺伝子の両方の発現を確認し、FI幹細胞の存在を証明したのである。
446：閲覧者：2018/08/26(日) 09:07:08: <ES細胞129B6F1　ES1とほぼ同一であるとし>の部分は削除訂正されている。ここでは
訂正線が表示できない。
447：一言居士：2018/08/26(日) 09:19:30: 小町ちゃんが上げてるデータって、和モガさんの遺伝子発現解析以前にすごい
矛盾だね。
①登録背景はC57BL/6x129/Svなのに実際にはGOF+CD1と129xB6-Acr-CAGの二種である。
②GOFマウスからのFI-SCは無いと桂報告に書かれているのにGOFマウスの使われているものがある。
③129xB6-Acr-CAGというのは岡部マウスのF1であるが、大田ESであっても、我々が推定しているFLSであっても遺伝子発現解析でTS特異的遺伝子発現がある。
448：在原業平：2018/08/26(日) 09:20:56: 複雑に矛盾しているね。
449：小野小町：2018/08/26(日) 09:25:22: まず、最初に疑われなければならないのは桂調査チームだわね。中身と登録された
マウス背景が違うのになぜ小保方さんに確認しないのか。
450：デラ・ストリート：2018/08/26(日) 09:28:39: 職務怠慢ね。
>>
このように、RNA-seq における FI 幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なっており、また ChIP-seq における FI 幹細胞、STAP 幹細胞では論文には記載のない Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞が用いられている。これらの実験は全て小保方氏によりサンプル調製がされているため、どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られず、ノート等の記載も見当たらないため詳細は不明であった。(15P)
451：ペリー・メイスン：2018/08/26(日) 09:30:00: 誰がC57BL/6x129/Svだと言ったのかを確認しないといけなかったね。明らかに聞いてないよね。
452：シャーロック・ホームズ：2018/08/26(日) 09:37:51: 小保方さんは言われた通り以外には書きようがないんだよね。論文もそうだし
データべース登録でもそうだ。それにこの登録はずっと後の時代なんだけど、
C57BL/6x129/Svと書いたのが可能性は小さいが理研側の事務員で小保方さんでない可能性すら
残ってる。更に桂チーム自体はこの登録された背景との違いに注意が向いてない。
単に論文だけの問題でないうえに、むしろ論文とは一致してすらいるからね。
453：ドクター・ワトソン：2018/08/26(日) 09:50:17: 手記には小保方さんは遺伝子解析に詳しい先輩に手伝ってもらってGRASとのやり取りをしていたと
書いてるんで、累が及ぶのを恐れて桂調査に対してはっきりとは答えていないんだろうね。
ただ、桂調査チームもそんなことは薄々分かっていた筈なので、小保方さんが語らないことをいいことに
報告のレトリック操作をしているよね。結論ありき報告なんだよな。C57BL/6x129/Svと
書かれた経緯を調べるなんて簡単なことだ。わざと曖昧にしているんだよな。
454：ペリー・メイスン：2018/08/26(日) 09:56:49: 詳しい先輩というのは野老さんだと思われるが、これは8月の分析だけだからね。
翌年の1月6月のTSとFI-SCの再提出は小保方さんだけだ。今そのFI-SCが問題になっているんだね。
455：ドクター・ワトソン：2018/08/26(日) 10:01:00: TSはどうせコントロールだからいいんだけど、FI-SCは何時提出されていようと
若山さんの残して行った細胞であることは変わりないからね。
桂報告の書き方だと、RNAシーケンス分はGOFとCD1を小保方さんが混ぜたように書いているね。
つまり、GOFのSTAP細胞に丹羽さんのTSを混ぜたかのように。
456：シャーロック・ホームズ：2018/08/26(日) 10:05:10: GOFマウスは笹井研でライブセルイメージングの撮影確認で使われているけど、それは3月までで
6月の解析には少なくとも若山研のGOFマウスは使えないね。GOFESと混ぜたというような誘導かな。
457：小野小町：2018/08/26(日) 10:09:58: RNAシーケンス試料は別として和モガさんはそういうように混ぜられてないとはっきりしている
CｈIP-seqデータにTS特異的マーカーが出でいるのはどうなんだと問うているわけだわね。
458：ドクター・ワトソン：2018/08/26(日) 10:14:01: CｈIP-seqデータでは混ぜられてないにも関わらずLetter Figure4-bのデータが取れているのに
どうしてRNAシーケンス分は混ぜる必要があるのだという理屈なんだけどな。実際混ぜたと言われる方の
遺伝子解析は何も論文に使われていない。
459：シャーロック・ホームズ：2018/08/26(日) 10:15:24: そこは若山さんが混ぜた、もしくは桂分析チームが嘘をついた可能性があるということだね。
460：ドクター・ワトソン：2018/08/26(日) 10:17:01: 桂報告では樹状図を作るのに必要だったのではという推理だね。
461：シャーロック・ホームズ：2018/08/26(日) 10:19:16: そこも勝手に言ってるだけで何の資料もデータも出してないぞ。
462：小野小町：2018/08/26(日) 10:24:08: でも、若山さんはGOFのFI-SCを作ってないと言ってるんだけど、無論レター論文には
Oct4-GFPを発現しながらFI-SCが作られていく写真があって、矛盾証言になっているんだけど、
それにしても丹羽研で作られたTSがたまたまCD1だったからといって、
若山さんがそんなTSを作って混ぜるなんてこともあり得なさそうよね。
463：在原業平：2018/08/26(日) 10:26:29: ここはCD1が混じっているという根拠は示されていないからね。ここ推測に過ぎない。
むしろTSを入れたと誘導するためらCD1という言葉を出したのではないかな。それは
若山さんがGOFマウスでもFI-SCを作っていたということをごまかす役割も果たしているよな。
464：名無しさん：2018/08/26(日) 10:55:07: 理研の規定を知らないんじゃあしょうがないね

楠本英正
33分前
UPされている資料はすべてではなく、一部に過ぎない。
ーーーー
ここには
>(イ) 京都大学、大田氏から
理研が取り寄せた。
(ロ) 山梨大学、若山氏から
理研が取り寄せた。
(ハ) 京都大学→山梨大学若山経由 →理研

の(イ)(ロ)(ハ)のうち、何を示しているかは書かれていません。
また、(イ)でも(ロ)でも、(ハ)とは矛盾していないと思いますが。

STAPの捏造に使われたES細胞はFES1だけではありません。FES1の受け渡しだけに拘って桂調査報告書を撤回申請するのは結構ですが、報告書は小保方氏にとって非常に甘い判定結果となっています。仮に再調査されたとしてもデータを提出することができなかった小保方氏の不正が増えるだけでは。それを小保方氏が望んでいるというなら気が済むまでやればいいと思いますが。削除
2018/8/26(日) 午前 7:52 [ チューバ ] 返信する
ーーーーー
この人、白紙撤回する事の意味分かっているのだろうか、白紙撤回するという事は、他の事案についても白紙撤回するという事なのだから。
なんで、小保方さんの不正が増えるのだろうか。
ttps://www.facebook.com/groups/1393691510903463/?ref=direct
465：↑：2018/08/26(日) 15:10:45: あはははははは。また<青洟コピペ間抜け>がへそ踊りしてるわ。みんなで笑ってやって。
466：↑：2018/08/26(日) 16:07:57: それをコアラに言ってやればｗ

フェイスブックにコピペしまくってるからｗｗ

みんなで笑ってやってｗｗ
467：↑：2018/08/26(日) 17:34:30: 青洟権太だあ。あははははは。
468：名無しさん：2018/08/26(日) 20:27:25: >>463
『Failure to replicate the STAP cell phenomenon』
An anomalous allele frequency distribution observed in FI-SCs, and reciprocal analyses of FI-SC heterozygous SNVs in TSCs and TSC homozygous and heterozygous SNVs in FI-SCs, revealed that FI-SCs were derived from a C57BL6 strain origin, with approximately 10% contamination from TSCs (Fig. 1i and Extended Data Fig. 3). These are concordant with the findings from a recent RIKEN report .
469：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2018/08/27(月) 02:43:30: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
470：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/08/27(月) 05:17:26: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
👩　👦　👧　🙍　🙋　🙅　👮　👪　👫　🙇　🙈　🙊　🐰　😸　🐜　💪　👍　👎　
👉　👊　👋　🙏　🙌　👏　👣　👅　💋　🐦　👻　⛅　💩　🌠　💚　💜　💙　💏　
💞　💓　💖　💕　🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　🎥　🎶　🎵　🎧　🔊　📞　🔫　🚓　🍸　
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♨　🎲　🎌　🎳　🎢　🌁　🌟　💢　📹　📺　📱　💻　📷　💊　⏰　⌛　🗻　🗾　
🗽　☔　🍓　🍌　🌛　🍒　🍮　🌀　🔓　🔥　🔰　🎴　✨　💦　❄　💨　🎐　💉　🍷　
❗　💡　🚧　🎏　🕖　🕚　⛔　🌃　🔔　🔎
☀　✈　✂　✒　✌　♠　☺　㊙　🈴　㊗　🈶　🈚　▶　▶　↩
471：在原業平：2018/08/27(月) 05:25:28: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
472：小野小町：2018/08/27(月) 05:51:42: お気に入りは学さんが、所謂小保方さんの言うところの<幼弱な多能性段階>に
関する丹羽さんの論文を紹介中だわ。
根本さんのところではOoboeさんが初めて<理研の報告書の不備>を指摘して撤回させるのが
目的と、パートナー氏の戦略を開示されたわ。これで誤解は晴れるでしょうね。
473：在原業平：2018/08/27(月) 05:59:56: XEN細胞に関してはアルイミオウジ氏がだいぶ論じているね。我々はそちらの方向に行く気はない。
というのもそれこそ専門家の仕事なんでね。小保方さんの見つけているスフィア細胞が何であるのか
という問題は小保方さん自身が述べているようにいずれ解明されていくよ。
我々の仕事は若山さんがスフィア細胞を如何にSTAP細胞に捏造してしまう結果を生んだ実験データを
小保方さんに渡してしまうことになったのかの経緯の解明だからね。
474：ヘーゲル：2018/08/27(月) 06:02:09: 本題頼むぜ。
475：カール・ヤスパース：2018/08/27(月) 06:03:03: 本題、何でしたっけ?
476：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 06:38:43: FI-SCに関する理研の嘘の可能性だわ。証拠が提示されていないということね。
>>
（調査結果） FI 幹細胞の RNA-seq データと NGS 解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により得られた SNPs データを詳細に解析すると、大多数のアレルは B6 ゲノム配列と一致するのに対して、5-10%程度のアレル頻度を持つ SNPs 箇所が多く認められる。これは大部分の RNA-seq データが B6 ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持った細胞から取得された RNA-seq サンプルが少量混じっている可能性を示す（少量混じっていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ（CD1 系統）と酷似している）。
477：在原業平：2018/08/27(月) 06:40:49: もう一度繰り返そうか。
>>
463：在原業平：2018/08/26(日) 10:26:29
ここはCD1が混じっているという根拠は示されていないからね。ここ推測に過ぎない。
むしろTSを入れたと誘導するためらCD1という言葉を出したのではないかな。それは
若山さんがGOFマウスでもFI-SCを作っていたということをごまかす役割も果たしているよな。
478：小野小町：2018/08/27(月) 06:42:45: FES1とFES2の違いはちゃんと全解析比較して色分けグラフにしたわよね。そして違っている
部分を提示しているのに、こんな大事なところで、なんの証拠も提示してないのね。
479：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 06:47:13: 彼らの主張を追いましょう。
>>
（調査結果) TS 細胞および FI 幹細胞の RNA-seq 解析に関しては、それぞれ複数サンプルがシークエンスされ、その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。それ以外の細胞に関する RNA-seq では 1 サンプルしか解析されていない。このことに関し、理研に残っていて論文には用いられていない RNA-seq データおよび複数サンプル解析を行った経緯について調査を行った。
480：ペリー・メイスン：2018/08/27(月) 06:49:27: ①その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。

論文のどこに何が対応しているのかが示されてないね。これから示されるんだね。
481：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 06:50:43: 続きよ。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。
482：ペリー・メイスン：2018/08/27(月) 06:58:45: ②2012年8月に第1回目 TS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1)

例えばSAP細胞は何時提供されたのか?どうして他の細胞に関しては提出時期を伏せて隠しているのか。
特にCD1のTSは若山さんは作っていると言ってないがゆえに、丹羽研で準備されていると推測しているが、
全ての提出日が書かれて居たら簡単に関連の分かることだ。

③強く示唆された。

冗談言ってるのか。示唆ってなんだ。根拠は?
483：一言居士：2018/08/27(月) 07:04:25: RNAシーケンシングって発現しているRNA部分だけだから、GFPの無い部分は分からないんだよ。
推測だけどSNPsの部分比較での推定じゃないかな。要するにしかと根拠がないということだ。
あれば部分SNPs比較でも図示して見せるでしょ。見せられないレベルだということ。
484：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 07:06:55: 続きよ。
>>
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。
485：ペリー・メイスン：2018/08/27(月) 07:13:07: 二つの<及び>はどう対応しているんだ。
④2013年1月　　　TS 細胞 1 種類(TS2)
⑤6月　　　　　　FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3)

なのか

④2013年1月　　　TS 細胞 1 種類(TS2)　FI 幹細胞 1 種類(FI-SC2)
⑤6月　　　　　　FI 幹細胞 1 種類(FI-SC3)

なのか。
486：井伏鱒二：2018/08/27(月) 07:14:08: 日本語何とかならんか。
487：ヘリー・メイスン：2018/08/27(月) 07:17:02: ⑥可能性が高い

その根拠!

⑦となっている。

<強く示唆された。>となっている、という意味か!
488：開高健：2018/08/27(月) 07:18:38: 日本語何とかならんか。
489：ペリー・メイスン：2018/08/27(月) 07:24:45: ⑧もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)

論文に採用されたというのは樹状図のことか!
10%程度の別細胞由来データの証拠提示!
(CD1 の可能性が高い)の証拠提示!
1月と6月の間に若山さんの移転が有るんでそれぞれの時期の明示が必要だということが分からんのか!
490：太安万侶：2018/08/27(月) 07:25:45: 何の専門家か知らないが国語力テストは落第。
491：三島由紀夫：2018/08/27(月) 07:26:32: 達意っていうんだよ。
492：谷崎潤一郎：2018/08/27(月) 07:41:02: 僕の文章読本でも読んだら。

---第一の條件---「分らせる」やうに書くこと、

僕の非凡なところは

---「分らせる」ことにも限度があること

という目次部分をざっと眺めるだけでも「分かる」はずだ。
493：三島由紀夫：2018/08/27(月) 07:44:28: 大谷崎先生のは欧文脈の文章読本だからなあ。
494：谷崎潤一郎：2018/08/27(月) 07:48:48: 僕は、ちゃんと、「この読本は、いろいろの階級の、なるべく多くの人々に読んで
貰ふ目的で、通俗を旨として書いた。」と断ってるでしょ。」君のは文芸の味わい方の
面白さを教える本だね。皆が読んでいい文章が書けるようになるハウツー本でもない。
495：小野小町：2018/08/27(月) 07:49:45: あなた方何か人に教えたかったら千年以上生きてからにしてね。
496：大谷崎・三島：2018/08/27(月) 07:51:02: はああああい。
497：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 07:53:30: 漫才終わった?続きよ。
>>
これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、 3 種類の FI 幹細胞 RNA-seq データは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2i に示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）が変わることが確認された。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。
498：鉄：2018/08/27(月) 08:00:41: 漫才と人の悪口は我々のストレス解消法だからなあ。
499：ペリー・メイスン：2018/08/27(月) 08:08:13: <Letter Fig.2i に示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）>が、
論文に採用されているという部分に対応していたんだね。複数でなく、樹形図だけだ。
達意の文章って、そういうときは最初から樹形図と言うね。
>>
480：ペリー・メイスン：2018/08/27(月) 06:49:27
①その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。

論文のどこに何が対応しているのかが示されてないね。これから示されるんだね。
500：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 08:13:21: もう一度貼り付けましょうかね。
>>
（調査結果) TS 細胞および FI 幹細胞の RNA-seq 解析に関しては、それぞれ複数サンプルがシークエンスされ、その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。それ以外の細胞に関する RNA-seq では 1 サンプルしか解析されていない。このことに関し、理研に残っていて論文には用いられていない RNA-seq データおよび複数サンプル解析を行った経緯について調査を行った。
501：ペリー・メイスン：2018/08/27(月) 08:17:22: <論文>を<Letter Fig.2i に示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）>と
置き換えればいいんだね。
>>
（調査結果) TS 細胞および FI 幹細胞の RNA-seq 解析に関しては、それぞれ複数サンプルがシークエンスされ、その中の 1 サンプルずつの解析結果が<Letter Fig.2i に示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）>に採用されている。それ以外の細胞に関する RNA-seq では 1 サンプルしか解析されていない。このことに関し、理研に残っていて論文には用いられていない RNA-seq データおよび複数サンプル解析を行った経緯について調査を行った。
502：6kkbja：2018/08/27(月) 08:18:42: <それ以外の細胞に関する RNA-seq >ってなんのことだ?
503：一言居士：2018/08/27(月) 08:29:57: 誤送信。上は僕だ。論理の立て付けは以下だね。
>>
２－３－１－２．ChIP-seq や RNA-seq などの公開データに関する疑義
１）実際に RNA-seq、ChIP-seq に用いた細胞株／マウス系統が論文記載、公共データベース登録内容と異なっている
　　　(調査結果)　略
２）FI 幹細胞の RNA-seq データは二種類の細胞種を含んだサンプルに由来する
　　　(調査結果)　略
３）STAP 細胞由来 ChIP-seq (input)サンプルは 129B6 F1ES1 から取得された
　　（調査結果）略
４）未登録（論文には用いられていない）RNA-seq データの解析により、未登録 RNA-seq データで用いられていた細胞株／マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いると Letter Fig.2i は再現できない
　　（調査結果)
　TS 細胞および FI 幹細胞の RNA-seq 解析に関しては、それぞれ複数サンプルがシークエンスされ、その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。それ
504：閲覧者：2018/08/27(月) 08:36:41: メイスンさんの怒りの矛先の対象は半分当たってるけど半分間違ってるかな。
<２－３－１－２．ChIP-seq や RNA-seq などの公開データに関する疑義>の本質である
サンプルの出所に関して何も調べずに最後にFI-SCに思慕の込まれて論文と概括したから
メイスンさんが怒ったんだけど、狭い範囲に絞りこめば、<論文>が<Letter Fig.2i に
示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）>であることは紛らわしいのは
別として理解可能なはずだ。そういう好意的理解を阻んでいるのは、大本の疑義を放置したまま
細部を断定していることへの怒りでしょ。
505：閲覧者：2018/08/27(月) 08:38:18: 思慕の込まれて→絞り込まれて
506：ペリー・メイスン：2018/08/27(月) 08:43:21: そうだね。この公共データベースと論文や、各種証言との矛盾が我々の最後の難関だよ。
桂報告は全く疑念に答えていないどころか、その疑念に蓋をしようとしていると睨んでいるよ。
507：一言居士：2018/08/27(月) 09:29:00: で、僕の「<それ以外の細胞に関する RNA-seq >ってなんのことだ?」はどうなった?
508：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 09:32:07: 何度でも貼り付けるわよ。
>>
（調査結果)
TS 細胞および FI 幹細胞の RNA-seq 解析に関しては、それぞれ複数サンプルがシークエンスされ、その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。それ以外の細胞に関する RNA-seq では 1 サンプルしか解析されていない。
509：閲覧者：2018/08/27(月) 09:36:11: 樹状図と分かった以上、それ以外というのは<TS 細胞および FI 幹細胞>以外、
つまり①②⑤⑥ということだ。
>>
①CD45
②STAP
③TS
④FI-SC
⑤ES
⑥STAP-SC
510：ペリー・メイスン：2018/08/27(月) 09:37:14: ①②⑤⑥の提出日は!
511：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 10:22:16: RNA-seq 解析の公共データベース登録分は以下ね。SSR→SRRよ。
>>
SSR1171556　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
SSR1171557　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
SSR1171558　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1　129/Sv
SSR1171559　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2　129/Sv
SSR1171560　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv
SSR1171561　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv
SSR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
SSR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
512：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 10:30:28: SSR1171570　若山　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv
SSR1171571　若山　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv
SSR1171572　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv
SSR1171573　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv
SSR1171574　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv
SSR1171575　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv
SSR1171576　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv
SSR1171577　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv
SSR1171578　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
SSR1171579　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
SSR1171580　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
SSR1171581　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
513：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 10:33:15: SSR1171585　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
SSR1171586　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
SSR1171590　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1
SSR1171591　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1
514：一言居士：2018/08/27(月) 10:40:09: 番号付けて欲しいんだけどな。
515：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 10:42:22: ①SSR1171556　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
②SSR1171557　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
③SSR1171558　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1　129/Sv
④SSR1171559　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2　129/Sv
⑤SSR1171560　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv
⑥SSR1171561　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv
⑦SSR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
⑧SSR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
⑨SSR1171570　若山　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv
⑩SSR1171571　若山　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv
⑪SSR1171572　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv
⑫SSR1171573　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv
516：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 10:44:21: ⑬SSR1171574　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv
⑭SSR1171575　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv
⑮SSR1171576　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv
⑯SSR1171577　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv
⑰SSR1171578　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑱SSR1171579　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑲SSR1171580　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑳SSR1171581　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
㉑SSR1171585　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
㉒SSR1171586　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
㉓SSR1171590　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1
㉔SSR1171591　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1
517：一言居士：2018/08/27(月) 10:45:59: そうだね。それてどれがどうなっているか、幾分分かるね。
>>
>>
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。
518：閲覧者：2018/08/27(月) 10:52:21: TSに関しては(TS2)というのが丹羽研の㉓㉔で桂報告書の書き手の未達意の文章の所為で
はっきりしないが1月か6月のどちらかに提出されていて、かつ、8月に別の(TS1)の分析依頼提出があって、
それが多分若山さんのこかコントロールTSだと推測されるね。公共データペースには
登録されなかったということだね。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。
519：一言居士：2018/08/27(月) 11:01:30: ふむ。TSに関して公共データ登録されたのは丹羽さんの㉓㉔だったということは
樹状図に出ているものは公共データ登録されていると考えていいね。となると、
樹状図のCD45は①②⑪⑫だね。STAP細胞は⑰⑱⑲⑳だ。TSは㉓㉔しかない。FI-SCは
⑦⑧㉑㉒だね。ESは⑤⑥⑬⑭だ。STAP-SCは㉑㉒しかないね。
520：小野小町：2018/08/27(月) 11:07:43: FI-SC間違ってるわ。
>>
CD45=①②⑪⑫
STAP細胞=⑰⑱⑲⑳
TS=㉓㉔
FI-SC=⑦⑧
ES=⑤⑥⑬⑭
STAP-SC=㉑㉒

だわよ。
521：閲覧者：2018/08/27(月) 11:11:04: FI-SCに関しては(FI-SC2)は公共データベース登録されていない分だね。そして(FI-SC3)が⑦⑧ということになるね。
>>
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。
522：小野小町：2018/08/27(月) 11:33:18: あれ?(FI-SC1)もないわね。

TS1=8月分析若山コントロールTS(129xB6 へテロ系統マウス由来:CAG-GFP)
FI-SC1=8月分析(129xB6 へテロ系統マウス由来:Acr-GFP/CAG-GFP)
FI-SC2=1or6月分析(129xB6 へテロ系統マウス由来:Acr-GFP/CAG-GFP)

TS2=1or6月分析丹羽研TS(CD1)
FI-SC3=1or6月分析(B6ホモマウス由来-90%:Oct4-GFP　+　CD1?-10%)
523：在原業平：2018/08/27(月) 11:37:58: 最後の奴が公共データベース登録されているということだね。FI-SC3にCD1の丹羽さんの
TSが混ぜられていると仄めかしているのが桂報告だな。
524：一言居士：2018/08/27(月) 11:43:21: ところがTSを混ぜるなら今まで全部アクロシン入りだったFI-SCを止めて
いきなりGOFマウスESにTSを盛ぜるという意味が分からないね。小保方さんは
FI-SCを作れないよ。ということはこれは別に作られたGOF由来FI-SCだよね。
525：閲覧者：2018/08/27(月) 11:50:37: いつの分析分かは不明だけどFI-SCのChIPSeq分は公共データベース登録されているんだぜ。
これって、
FI-SC1=8月分析(129xB6 へテロ系統マウス由来:Acr-GFP/CAG-GFP)
FI-SC2=1or6月分析(129xB6 へテロ系統マウス由来:Acr-GFP/CAG-GFP)

と同じ、アクロシン入りだよ。これを分析してTs.MarkerさんはESとは違う
遺伝子発現を確認している。我々はそれを小保方核使用ntESだと言ってるんだけどな。
和モガさんはこれが本物のFI-SCだと言ってる。ところがこれを使っては樹状図が
できなかったから、小保方さんが
FI-SC3=1or6月分析(B6ホモマウス由来-90%:Oct4-GFP　+　CD1?-10%)
を使って図を捏造したというんだけど、小保方さんはF1の代わりにGOF由来のFI-SCに
取り替えただけでしょ。CD1って何を分析してそう言ってるのかな。ひょっとして、
TS特異的遺伝子発現がででたからかい?