因みに今問題になっている斜め巻ラベルの細胞と言われている以下は静香論文に出てくるものだからね。
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④117番 129B6 ICSI P4 ES1 3/17/05 1本 全くわからない
Establishment of Male and Female Nuclear Transfer Embryonic Stem Cell Lines from Different Mouse Strains and Tissues
Sayaka Wakayama Hiroshi Ohta Satoshi Kishigami Nguyen Van Thuan Takafusa Hikichi Eiji Mizutani Masashi Miyake Teruhiko Wakayama
Biology of Reproduction, Volume 72, Issue 4, 1 April 2005, Pages 932–936, ttps://doi.org/10.1095/biolreprod.104.035105
Published: 01 April 2005 Article history
Animals
The nuclear donor mouse genotypes used were B6D2F1 (C57BL/6 × DBA/2), B6C3F1 (C57BL/6 × C3H/He), C57BL/6, C3H/He, DBA/2, and transgenic mouse lines (B6D2F1 and 129B6F1 backgrounds) with the green fluorescent protein (GFP) gene inserted [18, 19].
えっとね、JISAI氏の指摘は僕も気づいていたけどよく分からなかったものだ。ただ、
その検討に入る前に彼の雄雌表記は紛らわしいよね。最初が雌、後ろが雄で表記するのが
ルールだ。それだと♂♀記号を付けないでもいい。でも彼は記号を付けてイレギュラーな
書き方をしているので、勘違いなのかそうで無いのかかが判断できない。記号通りだとは思うがね。
<stap論文の「B6GFP♂x129/Sv♀」は実は正しく>という部分、Article Extended Data Figure 7-bの
129/Sv x B6GFPのことを指していると思われるが、この写真はdの下の写真と対応していることが
キャプションでわかる。そしてこの雄雌記述が間違いだと桂報告が指摘しているのは、
Letter Extended Data Figure1-aの写真を言っていて、この写真のリジェンドにはB6GFP x 129/Svと
書いてあるが、若山さんによればこれは129/Sv x B6GFPだと言ったことによるんだ。
それってArticle Extended Data Figure 7-dの下では無くて上の写真が
Letter Extended Data Figure1-aの胎児の形態と似ていたことから起きた疑義なんだけど
そもそもキャプションを見たら上の写真が129/Sv x B6GFPと書かれていて、こちらは
写真としては全然似てない方なのよね。疑義との物がトンチンカンなのね。
ところが若山さんはB6GFP x DBA/2の写真の胎児をレターの胎児と勘違いして
薄メスが逆だとまたトンチンカンなことをリトラクション理由にいれてるのよね。
そして、このことによって、最初のころに使われていたマウスはホモじゃないということを
間接的に白状してしまったのね。
これ、どお?
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Question: What Is The Sequencing 'Depth' ?
I often see the word depth in the manuals of the tools for NGS, what is its meaning ?
thanks.
Eric gives the correct answer for depth (of coverage). I think confusion in this area stems not from the term "depth" but from the term "coverage". Coverage now appears to have 3 meanings:
1.the theoretical "fold-coverage" of a shotgun sequencing experiment: number of reads * read length / target size
2.the theoretical or empirical "breadth-of-coverage" of an assembly: assembly size / target size
3.the empirical average "depth-of-coverage" of an assembly: number of reads * read length / assembly size
(1) and (3) are not the same because of sequencing error & unclonable/unmappable regions of the genome. Lander-Waterman theory deals with the relationship between (1) and (2).
bamCoverageね。
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This tool takes an alignment of reads or fragments as input (BAM file) and generates a coverage track (bigWig or bedGraph) as output. The coverage is calculated as the number of reads per bin, where bins are short consecutive counting windows of a defined size. It is possible to extended the length of the reads to better reflect the actual fragment length. bamCoverage offers normalization by scaling factor, Reads Per Kilobase per Million mapped reads (RPKM), counts per million (CPM), bins per million mapped reads (BPM) and 1x depth (reads per genome coverage, RPGC).
このツールは、リーズやフラグメントを入力（BAMファイル）として整列させ、
カバレッジトラック（bigWigまたはbedGraph）を出力として生成します。
カバレッジはリーズ数/ビンとして計算される。ビンは定義された大きさの短い
連続した数えられる小窓である。実際の断片の長さをよりよく反映するように、
リーズの長さを延長することは可能です。 bamCoverageは、scaling factor,
Reads Per Kilobase per Million mapped reads (RPKM), counts per million (CPM),
bins per million mapped reads (BPM) and 1x depth (reads per genome coverage, RPGC).
によって正規化することができます。
はい。ビンの定義だわ。
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bin
synonyms: window, region
A ‘bin’ is a subset of a larger grouping. Many calculations calculation are performed by first dividing the genome into small regions (bins), on which the calculations are actually performed.
遠藤論文に入手経路が書かれている。
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Raw sequencing data from the original RNA-seq experiments examined in this study were downloaded from the short read archive (SRA) at NCBI. The accession number of the project is SRP038104. Genome sequences of mouse (version 38, mm10) obtained from B6 mouse strain were downloaded from NCBI GenBank and encoded into a bowtie database using the bowtie-build (for colored space fastq files) or bowtie2-build (for fastq files) program. The accession numbers (i.e., SRA ID) of the RNA-seq experiments are listed in Table S1 (Supporting Information), and the checksums of archived sequences were confirmed by Dr Teruhiko Wakayama, Yamanashi University, one of the corresponding authors of the original paper.
TSさんの<mergeするとカバレージ倍増。>というのは以下の説明だね。
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Merged BAM File
A set of BAM files can now be loaded merged into a single track. If each file contains different Sample or Read Group tags, as specified in the SAM/BAM file format, then the merged track can be sorted by these to differentiate the origins of reads to these files within a single track.
Create a text file containing a list of the BAM files you want to load, listed by either file path or URL. IGV will load all the BAM files as a single track.
This file must be in plain text format with .txt extension. Rich text format will cause an error.
For older versions of IGV, be sure there is not an extra line at the bottom of the list. This causes an error.
If IGV gives an error "Error loading.... Cannot find reader for alignment file" see here.
Required Extension: .bam.list
