一般的な書き直しだと
This is the house in which he was born □.
ようは
This is the house which he was born in □.
ですかね。
「in □」の固まりの結びつきが強いから、□の部分を物だと指定している
whichの前にinを持って来たくなるのかもとか考えてみましたが、
ちょっと考えてみました。
This is the house "in which" he was born □.
□の中身は、inのイメージに限定された物ですよと示して、埋めたい気持ちで
強固な修飾関係を作り出しているだけかもしれませんね。
要は他の関係詞と一緒ですね。
前置詞+名詞、後ろの名詞を前置詞のイメージの中に限定する。
そこには強固な結びつきがあると感じます。
ですから分けたりせず、先に1つの固まりとして
□の中身が何であるか言っちゃったほうがわかりやすい
親切な文なのかもしれませんね。
意識は後ろからではなくやはり前からではないでしょうか?
This is the house "in which"
ここまで聞いたときネイティブはthe houseをグラブすると思いますし、
後続の文に埋めるべき(ジョインすべき)穴が来る用意もすると思うのです。
その穴の中身の指定が"in which"物の中(inのイメージに限定された物)、
つまりはそのイメージの意味としては場所ですよと言う事になって、
関係副詞のwhereにも書き換えられるとも言えるのかもしれません。
イメージ自体もこの2つはだいぶ近いところにあるような気がします。
もちろんパーヤンさんの意見でも図ではこの"in which"というまとまりとして
扱うようになっていますから、同じような事をお考えだと思います。
まぁ私の書いている内容は大西先生のご説明されている
関係詞の項目を少しだけ自分なりに掘り下げてみただけですが。