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スタップ紀行5

557一言居士:2018/12/18(火) 05:14:46
それに関しては桂報告書には説明がない。

(全録)STAP細胞問題 理化学研究所の調査委員会が会見(1/2)
*ttps://www.youtube.com/watch?v=M9oJGioHvIQ
36:04/1:46:50のあたりから説明がある。

558閲覧者:2018/12/18(火) 05:23:42
会場で渡されている資料がある。これは桂報告書にはないものだ。説明では
<①<2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット>のGRAS提出試料>に関して
GRASに保存されていたオリジナルデータがあって、それが会場に配られている。
横軸11か所は12か所調べたCpGの中から小保方さんが選んだが選択基準は分からないらしい。そして
全部真っ黒は18例あっていいはずだがFigure2-cには3例しかない、全部真っ黒は17例あっていいはずだが
実際には4例しかないと説明している。ただ、配られているデータが見れないので論文図表を
見ても何を言ってるのか分からない。

559一言居士:2018/12/18(火) 05:26:37
この部分だな。Fig.2cを見ただけでは分からないことを説明しているんだね。
なんか地頭が悪いよな。なんか愚鈍に感じるのは僕だけかなあ。
>>
①この 74 クローン分のデータを用いて Fig.2c の Oct4 プロモーターの図を作図することは不可能であった。
a.例えば Fig.2c では 11 か所中メ チル化部位が 1 か所以下のクローンが 18 クローンあったことを示すが、
b.シークエン ス結果でこのようなパターンを有したクローンは 3 クローンのみであった。

560井伏鱒二:2018/12/18(火) 05:30:02
文章をあとからいろんなことを考えながら切り貼りしてるんだよ。だからすっきりと
通らない説明になってる。不都合なことを隠そうとしているからね。たくさんの人間たちの
意見によって小突き回されている文章と見えるね。

561開高健:2018/12/18(火) 05:31:48
こういう文章を最初から一人の人間で一気に書くことはほとんど不可能だよ。
精神分裂症患者なら知らないがね。

562デラ・ストリート:2018/12/18(火) 05:34:57
でも、記者会見の説明で

③<メチル化のデータを取りまとめる際>というのは何時の話だ

という疑問に対する答えは得られたわね。

563小野小町:2018/12/18(火) 05:36:21
私の整理のもう一つ前なのね。
>>
452: 小野小町 :2018/12/17(月) 09:09:02
<2012 年 4 月に投稿論文原稿図として現れている>というのは
①2012 年4月 12 日付けの PR 資料
②2012年4月のNature投稿原稿
③Cell投稿原稿
④Article Fig.2c
の順で受け渡されているのね。

564ペリー・メイスン:2018/12/18(火) 05:39:55
ふふふさんのご指摘どおりだ。
>>
⑤<大腸菌クローンの操作を行った>というのは検査結果ではないぞ。検査中の行為だ。

565小野小町:2018/12/18(火) 05:47:47
①<2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット>のGRAS提出
a.これでは使えない❗
b.<大腸菌クローンの操作を行った>
②2011/11/28の直後に4Nキメラができたと伝えられた。(生もの)
③2012 年4月 12 日付けの PR 資料
④2012年4月のNature投稿原稿
⑤Cell投稿原稿
⑥Article Fig.2c
の順ね。

566在原業平:2018/12/18(火) 05:50:29
<2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット>というのは
提出されたすべてなので、この後に提出されたものはない。
>>
(評価)
CDB 若山研の PR 資料において図の取り違えがあったこと、Article Fig.2c について裏 付ける実験記録の存在が確認できないことなど、小保方氏のデータ管理は杜撰であった。 のみならず、小保方氏は、自認するとおり、得られたデータのうちの一部だけを仮説に 沿って意図的に選別して提示し、データの誤った解釈を誘導する危険性を生じさせた。 小保方氏はこのような危険性について認識しながらデータを選別したうえ、手動で作図 して存在しないデータを新たに作り上げたものである。よって、捏造に当たる研究不正 と判断した。 このようなことが行われた背景には、共同研究者によるデータに対する過剰な期待が あったことが推察された。若山氏は、上記のメチル化解析を小保方氏が行った研究室の 主宰者であり、シニア研究者として小保方氏を指導監督するとともに、共同研究者とし て、データの正当性、正確性について十分な注意を払うことが求められていた。若山氏 はデータの意図的な選別・提示に直接的に関与したとまでは認められないが、小保方氏 が若山氏の過剰な期待に応えようとして捏造を行った面も否定できない。少なくとも若 山氏は、小保方氏の指導監督を怠り、データの正当性、正確性について検証することな く、このような捏造を誘発したと認められ、その責任は過失とはいえ極めて重大である。

567:2018/12/18(火) 05:51:10
変だろ。

568ふふふ:2018/12/18(火) 05:52:01
頭が丸米味噌だな。

569小野小町:2018/12/18(火) 05:52:43
味噌も糞も一緒くたね。はは。

570在原業平:2018/12/18(火) 05:56:53
<CDB 若山研の PR 資料において図の取り違えがあったこと>は
<2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット>の分ではないぞ。
>>
①PR 資料では、 2011 年 9 月 22 日に最初のデータ(非処理細胞、スフェア Oct4 発現細胞、およびES細胞のOct4遺伝子およびNanog遺伝子のプロモーター領域のメチル化)が提示され
②その後、2011 年 11 月頃にも提示された。

2 回の資料は同じ実験結果を示してい ると判断されたが、これらデータの真贋性を裏付ける実験データやノート記録を確認 することはできなかった。なお、これら PR 資料で ES 細胞とスフェアの結果が入れ替 わるなど、小保方氏のデータ取扱いの杜撰さがうかがえた。

571ペリー・メイスン:2018/12/18(火) 06:01:25
小保方さんがESコンタミしたと思い込んでるから別の実験結果の発表が
最初から捏造を意図したものだと推定されている。だから後の実験の捏造を
指摘するときに前の実験の単なるミスが補強材料として書き込まれる。しかも
実際にどういうミスであったかを実物提示していない。悪質だとしか言いようが
ないな。

572小野小町:2018/12/18(火) 06:02:16
青洟がズルズル出たり入ったりしてるのね。

573デラ・ストリート:2018/12/18(火) 06:04:15
まあ、ノートリアス野郎のことは後回しにして、核心の検討をお願いしたいわ。
小保方さんはこれでは使えないと言われたと桂チームに証言したのね。

574とゃーロック・ホームズ:2018/12/18(火) 06:06:57
小保方さんの証言が事実かどうかは別問題として、仮に小保方さんの言ってる通りだとして、
持っていったらこれでは使えないと言われたんだな。で、クローンをもちゃもちゃやって
再提出したということにならざるを得ないよな。

575ドクター・ワトソン:2018/12/18(火) 06:10:03
とゃーロックさん、変わったお名前ですな。ひひひ。

おっしゃる通り、<2011 年 10 月 27 日 1 セット>を提出して、その結果を
若山さんのところに持っていったら、これでは使えないと言われたから、
<同 11 月 17 日に 2 セット>持って行って捏造したということになるね。

576:2018/12/18(火) 06:11:28
変だろ。

577ふふふ:2018/12/18(火) 06:12:15
キメラはまだできてないぜ。

578小野小町:2018/12/18(火) 06:17:00
記者会見の説明では、
最初は全部黒とか全部白ではなかったけど、持っていったらこれでは論文に使えないと
言われたので、ここでどうも操作をしたようなことを言われたので、捏造認定したという主旨ね。

579在原業平:2018/12/18(火) 06:21:50
手記には論文を書けと言われたのは翌年の3月頃のことと書いてあるね。そもそもこんなまだ
キメラもできてないときにこれでは論文に使えに無いなんて若山さんが言うわけがない。

580小野小町:2018/12/18(火) 06:26:27
はは、なるほどね。
>>
①<2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット>のGRAS提出
a.<大腸菌クローンの操作を行った>
②2011/11/28の直後に4Nキメラができたと伝えられた。(生もの)
③論文を書くように指示された。
a.①の結果を持って行ったらこれでは論文に使えない❗といわれたので操作した。
④2012 年4月 12 日付けの PR 資料
⑤2012年4月のNature投稿原稿
⑥Cell投稿原稿
⑦Article Fig.2c
の順ね。

581閲覧者:2018/12/18(火) 06:29:07
さあ、いよいよ核心だな。クローン操作は論文時にはできない。検査の時にしかできない。
しかし、オリジナルデータは捏造されていない。どうしてクローンがいじられたと分かるのか?
ははは。
>>
a.<大腸菌クローンの操作を行った>

582一言居士:2018/12/18(火) 06:35:37
Figure2-cとGRASに残されていたオリジナルデータを比較して違っているから
捏造だと言ったんでしょ。<大腸菌クローンの操作を行った>のは<2011 年 10 月 27 日 1 セット>の
結果が予期したものではなかったから、<大腸菌クローンの操作を行った>ものを
<同 11 月 17 日に 2 セット>持ち込んだということでしょ。でも結果は大して変わらなかった。
で、それを<③論文を書くように指示された。>ときに<a.①の結果を持って行ったら
これでは論文に使えない❗といわれたので操作した。>ということじゃないか。

583ガリレオ・ガリレイ:2018/12/18(火) 06:36:56
捏造だ。

584小野小町:2018/12/18(火) 06:39:50
捏造教唆はどうなるの?
>>
このようなことが行われた背景には、共同研究者によるデータに対する過剰な期待が あったことが推察された。

585在原業平:2018/12/18(火) 06:41:37
小町ちゃん。ことの本質は捏造教唆ではない。忘れてるのかい?
>>
②2011/11/28の直後に4Nキメラができたと伝えられた。(生もの)

586ドクター・ワトソン:2018/12/18(火) 06:45:03
このやんちゃキメラが全ての原因だな。

587小野小町:2018/12/18(火) 06:47:40
Extended Data Figure 8-dのメチル化実験結果はどうなったの?

588デラ・ストリート:2018/12/18(火) 06:50:18
ここね。
>>
④また、STAP 幹細胞についてもメチル化解析が行われ、この結果は 2013 年 3 月に投 稿された Letter 原稿 Fig.3 として初めて提示され、最終的には Article Extended Data Fig.8d として発表されている。この図でも CD45 陽性細胞におけるメチル化が 示されているが、Oct4 遺伝子、Nanog 遺伝子いずれのプロモーターも Article Fig.2c と比較して、メチル化程度が低いことが特徴的である。

589ペリー・メイスン:2018/12/18(火) 06:58:42
STAP幹細胞のできた時期を考えたらこれは又別の実験だと分かるじゃないか。
>>
①PR資料では、 2011 年 9 月 22 日に最初のデータ(非処理細胞、スフェア Oct4 発現細胞、およびES細胞のOct4遺伝子およびNanog遺伝子のプロモーター領域のメチル化)が提示されその後、2011 年 11 月頃にも提示された。

②2012 年4月 12 日付けの PR 資料に全く別の実験結果が図として提示され、 この図は2012年4月のNature投稿原稿、Cell投稿原稿でも使われ、最終的にArticle Fig.2c として発表された。
a.Article Fig.2c は、2012 年 4 月に投稿論文原稿図として現れているが、それ以前 に小保方氏は計 3 セット(2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット)、 GRAS に DNA 配列解析を依頼していることが判明した。

③また、STAP 幹細胞についてもメチル化解析が行われ、この結果は 2013 年 3 月に投 稿された Letter 原稿 Fig.3 として初めて提示され、最終的には Article Extended Data Fig.8d として発表されている。

590一言居士:2018/12/18(火) 07:02:30
①②の時期には幹細胞もまだできてない。Article Extended Data Fig.8dにしめされている
メチル化検査結果はCD45+とESとSTAP-SCだけだ。笹井研での追加の実験だよ。FLSはntESだからね。
ほとんどすべて脱メチル化している。

591小野小町:2018/12/18(火) 07:04:41
結果的に桂報告こそ捏造報告なのね。

592在原業平:2018/12/18(火) 07:13:37
桂さんはキメラのナイフ切り分けに関してもう一度ばらして確認しなかったことを
批判しながらも、そこまで要求するのも若山さんに気の毒だと述べている。気の毒だと
言ってるんだ。若山さんが犯人だとは全く気付ていない。
でも、変だという感覚はずっと持っていたようだな。ntESに関しても気づきはすると
思うんだけど、手記は出てなくて、若山さんが彼女を山梨に連れて行きたがっていたという
事情を知らないと、とても動機に思い至れないんだね。西川さんは随分
早くに退社した。彼が一番先にきづいたんじゃないかな。

593シャーロック・ホームズ:2018/12/18(火) 07:15:34
非常に疑念を残したまま文科省の方針で結論を出さなければならなくなったことが
桂報告書が捏造報告になってしまったことの原因だね。分からないことは分からないと
結論しておくべきだったんだよ。今からでも遅くない。取り下げてもらおう。

594ガリレオ・ガリレイ:2018/12/18(火) 07:21:24
それでも捏造は捏造だ。小保方さんには事実に対して雄々しくあってほしかった。

595デラ・ストリート:2018/12/18(火) 07:23:17
自分の目で見たメチル化実験結果と、キメラができたという人の言葉のどちらを
重要視するのか。科学者としての自覚の分かれ目だわね。

596ペリー・メイスン:2018/12/18(火) 07:25:10
で、結局どこまですすんだんだっけ?

597デラ・ストリート:2018/12/18(火) 07:32:38
今学ブログのレター論文図表取りまとめに従ってリヴューしてるところね。

光る胎盤はどこにあるのか。

598小野小町:2018/12/18(火) 07:36:26
今頑張れを確認に行ったらムー論文が紹介されてたわ。

599在原業平:2018/12/18(火) 07:37:47
楠本さんの業務連絡がないね。根本さんのコメントを待っておられるのかな。

600一言居士:2018/12/18(火) 07:53:34
ムーさんの論文は2010年の論文だね。弟子のキンガ・ヴォイニーツの論文は
2015年だ。小保方さんの実験に触発されてムーさんの発見したリプログラムされた
筋肉原細胞に injury induced muscle-derived stem cell-like cells (iMuSCs) と
名付けた上で生体外に取り出して各種の実験を行った結果、キメラまでできたというものだ。
笹井さんの先見ではない。笹井さんのリヴァイズ時にはこのリプログラムは証明されていて
笹井さんや丹羽さんは無論知ってた。

601閲覧者:2018/12/18(火) 07:57:39
ムーさんが多核細胞である筋肉細胞が単核に戻ることをトレース証明した手法が
丹羽さんが再現実験で使おうとしたクレロツクスシステムだね。我々はこの
ムーさんの2005年論文がノーベル賞をいずれ取るんじゃないかと予測している。

602小野小町:2018/12/18(火) 08:01:20
小保方さんはとても乱暴に細胞を取り出していて、そういうことがこのムーさんの
発見したリプログラム原理と関係しているのではないかと推測はするのよね。でも、
ntESt化なんてされちゃったら本筋から外れてしまうわよね。惜しかったわね。
あのままヴァカンティ研で思うがままにやってたら、筋肉細胞に限る性質ではないと
証明されたかもしれないわよね。

603在原業平:2018/12/18(火) 08:02:49
証明されなかったかもしれない。
大事なことは証明することで想像するだけならど素人でもできる。

604ドクター・ワトソン:2018/12/18(火) 08:06:56
まあな。たくさん想像することのできる人が、どの分野でもプロになっていく。
人はたくさん想像して楽しくなる分野でプロになっていったらいいんだよな。
なかなか諸般の事情で全員が思い通りになるとは限らないけどな。

605シャーロック・ホームズ:2018/12/18(火) 08:08:07
いやいや入った道でもやってるうちに面白くなってプロになるということもあるぞ。

606デラ・ストリート:2018/12/18(火) 08:11:25
好きな人をみつけて結 婚するより、結 婚してから好きになった方が手早いっちゃ
手早いわ。ひひひ。

607ロバート・マルサス:2018/12/18(火) 08:21:26
僕の『人口の原理』で食料と人口の相関に関してのみ論じたのは片手落ちだったな。
食料は足りているのに少子化問題があるなんて。人間の三大欲求もあてになんないな。
むひひひひ。

608チャールズ・ダーウィン:2018/12/18(火) 08:26:18
種の多様性は環境の変化に対して生物が如何様にも対応し得るように発生しているので
移民なんかを受け入れて人類皆兄弟なんてやっちゃうと、滅びるときは同時に全員滅び去るぞ。
いひひひひひ。資本の移動と労働力の移動は根本的に異次元の問題。

609デラ・ストリート:2018/12/18(火) 08:32:52
光る胎盤はどこにあるのか。

Extended Data Figure 1よ。

610ペリー・メイスン:2018/12/18(火) 08:34:23
あの図表に関して小保方さんはESキメラでは卵黄嚢も光らないと聞かされているのかな?

611一言居士:2018/12/18(火) 08:56:40
卵黄嚢は魚時代の名残だよな。昔は卵黄が入っていて栄養の塊だったけど、
哺乳類では胚体の外にできて一時造血を担う。そして後に胚体に取り込まれて
二次造血を担う組織の一部になる。


昔の西川さんたちの2007年研究だね。
*ttp://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/070328_nishikawa_nature.html

612小野小町:2018/12/18(火) 08:59:54
胚体も卵黄嚢もインナーセルマスから作られるのね。それに対して胎盤は
インナーセルマスを包み込んでいるトロフォブラストという膜が子宮壁に
埋まった時に母体側とトロフォブラスト側の両方から作られるのね。

613在原業平:2018/12/18(火) 09:02:15
胎盤が光ったから皆が驚いたという情報はあるけど、卵黄嚢が光ったから
驚いたという情報はないね。小町ちゃんの理解が正しいなら、小保方さんはなんのために
cの免染を行ったのだろうかね。

614小野小町:2018/12/18(火) 09:09:19
小保方さんはaの写真で胎児の前後にある白い矢印で示したものを胎盤と卵黄嚢だと
リジェンドに書いているわ。そしてbにはそのどちらにもGFPが入っていることを示している。
そして更にcで卵黄嚢だけのGFPと膜であることの免染結果をしめしているわね。
これって、卵黄嚢が蛍光しているのは驚くべきことだという認識を示しているわよね。

615在原業平:2018/12/18(火) 09:11:24
そこだよ。前々からよく分からなかった。まずはESだったら卵黄嚢は光らないんだよね。
だってbにはGFPの無いESの卵黄嚢が示されているじゃないか。

616小野小町:2018/12/18(火) 09:20:09
ということは私の理解が間違っているということかしら。卵黄嚢はインナーセルマスからではなく
トロフォブラストから作られるの?それって変よね。胎盤は基本子宮の組織だわよね。そこに
胎児側のトトロフォブラストの細胞も入り込んでいるのね。卵黄嚢って子宮側から作られたなんて
話は聞いたことないわね。鶏の卵だとか昆虫の卵と同じ発生だわよね。彼らの
卵は体外に産み落とされて母体とは繋がってない。同様に子宮内にはいったところで
卵の中に卵黄嚢ができるんだから、ESキメラの卵黄嚢に母体組織が入るということはないわね。
そうするとインナーセルマスからできているか、リシピエント卵のトロフォブラストからできているかの
違いになるわけね。

617一言居士:2018/12/18(火) 09:25:25
論理の導くところ、ESキメラの卵黄嚢は全てがリシピエント卵のトロフォブラストから
できていて、ESキメラの胎盤は仮親の子宮とリシピエント卵のトロフォデラストから
出来ているということになるね。両方光らないけど、構成されている細胞は両者で
違っている。

618小野小町:2018/12/18(火) 09:28:27
なるほど。それなら理解は可能ね。でも事実はどうなの?
卵黄嚢は胚盤胞期のインナーセルマスからではなくトロフォブラストから
作られるかどうかに関する事実は何?

619デラ・ストリート:2018/12/18(火) 09:40:59
ここよ。
>>
組織の形成
桑実胚のうち、内側の細胞が内部細胞塊となる。外側の細胞の大部分は栄養芽細胞(英語版)となり、栄養外胚葉を形成する。
内部細胞塊を取り囲んでいる栄養外胚葉の細胞は胎盤を形成する。内部細胞塊は胚盤葉上層と原始内胚葉 (primitive endoderm。ニワトリ胚における胚盤葉下層に相当)の2層に分離し、二層胚盤 (bilaminar germ disc) と呼ばれる構造を形成する。
胚盤葉上層からは胚体と羊膜が形成される。原始内胚葉は胚体外の層であり、胚体の細胞は作らず卵黄嚢を形成する。

620小野小町:2018/12/18(火) 09:44:38
あたしの理解が正しかったわね。卵黄嚢はインナーセルマス由来だわ。つまりこの場合CAG-GFPの入っている
コントロールESキメラの卵黄嚢は光ってないとおかしい。
>>
内部細胞塊は胚盤葉上層と原始内胚葉 (primitive endoderm。ニワトリ胚における胚盤葉下層に相当)の2層に分離し、二層胚盤 (bilaminar germ disc) と呼ばれる構造を形成する。
胚盤葉上層からは胚体と羊膜が形成される。原始内胚葉は胚体外の層であり、胚体の細胞は作らず卵黄嚢を形成する。

621在原業平:2018/12/18(火) 09:48:49
そうなんだよね。STAPキメラもESキメラも卵黄嚢は光っていなければならないんだよ。
でもESキメラが光ってないのは変だし、そもそも卵黄嚢は光ってて当たり前なんだから
わざわざ免染結果を示すこと自体がおかしいだろう。それならキメラ胎児の組織も
免染しろよということになっちゃう。ここまで来て初めて分かることがあるな。

622一言居士:2018/12/18(火) 09:52:26
これ、卵黄嚢ではなくて羊膜だよな。そもそもこんな胎児段階まで卵黄嚢が残って
胎児の外側に存在しているわけがない。彼女は英語を間違えてる。yolk sackじゃなくて
amnionだ。

623閲覧者:2018/12/18(火) 09:53:45
羊膜はトロフォブラスト由来だ。

624デラ・ストリート:2018/12/18(火) 10:03:54
それで謎は解けたのね。彼女の示している免染結果は正しいのね。でも
彼女は羊膜がESキメラでは光らず、STAPキメラでは光っていることは当たり前だと
いうことには気づかず、胎盤がESキメラでは光らずSTAPキメラでは光っていることは
重大事象だということの区別がついてないのね。しかも、紛らわしいことに
このSTAP細胞の胎盤が光ってるのはntESキメラの胎盤が光っていることに
なるのだということは若山さんしか知らない上に、当の若山さん自身がその原因を
小保方細胞核を使ったが故だと信じ込んでるのよね。

625ペリー・メイスン:2018/12/18(火) 11:03:43
桂報告も間違いが多いな。
>>
4)Letter Extended Data Fig.1a について  2N キメラの写真ではなく、Article Extended Data Fig.7d と同じ 4N キメラ胎児胚 の写真の疑いがある点(論文撤回理由 2)(これについては、2014 年 5 月 10 日に著者か ら報告、5 月 21 日に報道されている)  この写真で胚の一部を胎盤と誤同定している可能性がある点

(調査結果)
4N キメラ胚であることは、マウス胚撮影に用いた PC に残存する写真(2011 年 11 月 28 日撮影)と若山氏の実験ノートから確認できた。論文の図の説明には 2 つの矢印があっ て、胎盤と卵黄嚢とされているが、専門家の意見によれば 2 つとも卵黄嚢である可能性 が高い。

626一言居士:2018/12/18(火) 11:07:18
①そもそも論文に2Nキメラだなんてどこにも書いてない、これは指摘済み。
②<胚の一部を胎盤と誤同定している可能性>というのは<2つの矢印があっ て、
胎盤と卵黄嚢とされているが、専門家の意見によれば 2つとも卵黄嚢である可能性>と
れているものだな。

627閲覧者:2018/12/18(火) 11:11:50
<専門家の意見によれば>というのは自分たちは専門外で分からないとでもいうのかな。
卵黄嚢は早い段階で一部造血系組織に吸収されて、他は委縮して無くなってしまう。
そんなことを専門家が知らないのか。馬鹿なことを言うな。これは小保方さんが
羊膜のことをyolk sackと間違えて書いただけで、これを早くから羊膜と説明していた
解説もあったくらいだが、そもそも小保方さんをESコンタミ犯だと決めつけているから
曖昧な解明になってしまってるだけだな。

628小野小町:2018/12/18(火) 11:13:28
論理的にはどちらも羊膜である可能性はあるのね。

629閲覧者:2018/12/18(火) 11:17:20
可能性としてはあるが、小保方さんは組織をDAPI染色しているから形態が見えやすいよね。
そもそも胎盤と胎児という説明で渡されているサンプルなんだから胎盤を見間違うことはない。
これは2011/11/28のキメラ写真とは別の2012年春のSTAP細胞由来キメラ胎児胎盤羊膜だ。

630デラ・ストリート:2018/12/18(火) 11:19:59
若山さんの嘘ね。それに桂チームが調子を合わせてるのね。
>>
(評価) 2Nキメラか4Nキメラかは、論文の重要な論点とは考えられず、過失による可能性が高いと判断した。STAP細胞の胎盤への寄与は、Letter の論点として重要であり、研究の価値を高めるために強引に胎盤と断定した可能性があるが、調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。なお、図の説明にある「B6GFP×129/Sv」 は、最初にメス、その後でオスの遺伝的背景を書く通常の表記法では「129/Sv×B6GFP」 が正しいが、不注意による間違いと思われる。

631一言居士:2018/12/18(火) 11:26:59
①2Nキメラだなんて論文には書いてない。若山さんが勝手に取り下げ理由に勘違いを書いているだけだ。過失はお前たちの側にある。
②<STAP細胞の胎盤への寄与は、Letter の論点として重要であり、研究の価値を高めるために強引に胎盤と断定した可能性>はない。そもそもこれは若山さんのntESだ。小保方さんのESコンタミだと思い込んでるから疑問を晴らさないままにこんなバカな報告をしている。
③<調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。>という論理が理解不能。<研究の価値を高めるために強引に胎盤と断定した>ら捏造に決まってるだろ。間抜け。
④<図の説明にある「B6GFP×129/Sv」 は、最初にメス、その後でオスの遺伝的背景を書く通常の表記法では「129/Sv×B6GFP」 が正しい>という証拠をだせ。勝手に背景を変えるな。確認しろ。

632小野小町:2018/12/18(火) 11:28:07
終わったわね。その辺は繰り返しね。

633ヘーゲル:2018/12/18(火) 11:28:42
続きの本題頼むぜ。

634カール・ヤスパース:2018/12/18(火) 11:29:36
続きの本題、何でしたっけ?

635デラ・ストリート:2018/12/18(火) 11:35:14
やっと学さんブログに戻るのよ。今[8]にあるわ。
>>
Fig2
a STAP細胞塊からFI細胞へ転換していくとの図
b Fgf培地で細胞が平坦化コロニーへ変化していく写真 Octの発現
c d  FI細胞におけるインテグリンα7、Eomesの免疫染色
e ES TS FI細胞 STAP細胞 CD45+細胞におけるOct4, Cdx2、Eomesの発現の違い
FI 細胞とSTAP細胞では、Cdx2転写量は十分だが、FI細胞の免疫染色では核内より細胞質内に十分量Cdx2蛋白の存在が確認でき、一方のSTAP細胞は転写量は十分であっても、Cdx2、Eomesの核内蛋白の存在は確認できない。これらの現象より、FI 細胞とSTAP細胞において、転写後の蛋白合成は複雑なダイナミックな調整である。
fg FI細胞(Cag-GFP) は胎児の53%において胎盤に寄与する(n=60) 胎盤胎児写真
h FI細胞3種における細胞レベルでの胎盤寄与率。FI細胞の種類によって、若干寄与率が異なるが平均10%  FI-SC‐1 では15%、 FI-SC‐2では4%、 FI-SC‐3では10%
(GFP陽性細胞の占める割合で示す)、一方ES3種では胎盤寄与率はゼロ
i デンドログラム
j k JACKインヒビターを入れた時のESとFI細胞のqPCR (Oct4,Nalog,Rex1)の違い
(JACKインヒビターでESは除去され遺伝子のqPCR値が低下するが、FI 幹細胞はJACKインヒビターの影響を受けない)

636ペリー・メイスン:2018/12/18(火) 14:16:52
デラ、そこじゃなかったぜ。今3だよ。確か。
>>
Fig3
FI細胞をLIF+FBS培地で培養するとOct4、Nanog, SSEA-1を発現してきてES様細胞(STAP幹細胞)となり、このES様細胞は,TSマーカ(インテグリンα7、Eomes9)の発現を失う。
b ES様細胞はES並みの遺伝子発現(Oct4,Nalog,Rex1Kelf24,Sox2,Esrrb・・・)を保つが
TS並みの遺伝子発現(Cdx2、Eomes,、Elf5)を失う。
e f FI細胞はMEKインヒビターを入れて培養するとバラバラになって死んでしまうが、ES細胞は生き残る (TSとFIはFGF-MEKシグナル系に依存しているが、ESは依存していない)。

637一言居士:2018/12/18(火) 14:21:16
今eだよ。MEKiの実験のところ。Fig.4はいよいよ和もがさんとTs.Markerさんのブログへの
帰り道だ。

638ドッチラケ:2018/12/18(火) 21:21:48
自分の都合で卵黄膜を勝手に羊膜に変えないでよね。羊膜は透明、卵黄膜に決まってる。
小保方さんが胎盤と卵黄嚢としたのを、桂調査報告書は、ある専門家の意見ではどちらも卵黄嚢である可能性が高いだって。
ES細胞とTS細胞をインジェクションしても卵黄嚢は光らない。なーぜだ。ES細胞、TS細胞はどうやって作られたか考えてみてよ。
光るのはSTAPキメラだからだよん。だから、Ex-Data 1があるの。

639自死の自由を!安楽死施設をつくりましょう!:2018/12/18(火) 23:00:44
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

640御意:2018/12/19(水) 00:32:48
透明じゃなくて半透明だけど、そだよね。

641どっちらけ:2018/12/19(水) 06:41:04
人間の卵黄嚢
卵黄嚢という名称であるが、(魚類などと違い)嚢内に卵黄はなく、液が入っている。臍小胞 (umbilical vesicle) とも呼ばれる。
胎生して約2週目で、ヒューザー膜(ホイザー膜、胚外体腔膜とも呼ぶ)で覆われた一次卵黄嚢が形成され、卵黄嚢壁に「血島」(血管や血球の原基)ができる。ここでの造血活動は卵黄嚢造血と呼ばれ、胎生10日〜2ヶ月の間の造血が行われる。
一次卵黄嚢 primary yolk sac(原始卵黄嚢 primitive yolk sac)は縮んで消滅するが、二次卵黄嚢 secondary yolk sacもできる。
最終的に、二次卵黄嚢の背方部は原腸となり、他は萎縮する。

642ぎょい:2018/12/19(水) 06:59:23
半透明だね。そだよね。

643地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう:2018/12/19(水) 07:00:42
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644在原業平:2018/12/19(水) 07:02:00
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

645小野小町:2018/12/19(水) 07:03:00
どうやら、羊膜論は不評よ。

646在原業平:2018/12/19(水) 07:12:19
ははは、Figure 1-bの丸い胎盤の上でくしゃくしゃっとなってるのがマウスの
卵黄嚢だね。ブライトフィールドではっきり識別できる。そして、胎児、胎盤、
卵黄嚢がグリーンに蛍光している。これが小保方さんはSTAP細胞だといい、1-aは
ES細胞だと言った。若山さんはどちらもSTAP細胞だと言ったんだっけ。
>>
(1) Figure 1a and b in the Letter both show embryos generated from STAP cells, not a comparison of ES- and STAP-derived chimaeric embryos, as indicated in the legend.

647小野小町:2018/12/19(水) 07:15:24
ある意味、ESであれ、STAPであれ、使われているマウスはGFPマウスで、胎児は当然緑色蛍光するのね。
ふふふ。

648在原業平:2018/12/19(水) 07:21:10
そだよね。胎児はいいんだ。あのaはローザだということになってるんだけど、まあ、
いいでしょう。論文の言わんとするところは胎児はGFP蛍光で光る。胎盤と卵黄嚢は
光らないはずなのに光ってるという論旨だ。

649小野小町:2018/12/19(水) 07:22:43
光らないはずという言葉の意味は?

650在原業平:2018/12/19(水) 07:24:46
光るというのはマーカーとしてのGFPを通してキメラのドナー細胞が
胎児胎盤卵黄嚢に入っているという意味だ。光らないというのはだから、
入っていないという意味。

651小野小町:2018/12/19(水) 07:25:55
自然胚は全てに入っているのね。

652在原業平:2018/12/19(水) 07:31:01
そだよね。だからGFPマウス同士を交配して胎児を作って12.5日胚だっけな。
帝王切開で取り出したらFigure 1-bの写真が撮れる。ブライトフィールドで
胎児胎盤卵黄嚢を撮影し、次に紫外線を当てて蛍光写真を撮るとあれに似た
写真になる。

653小野小町:2018/12/19(水) 07:31:52
似たとは?

654在原業平:2018/12/19(水) 07:50:50
自然交配は親もGFPマウス、卵も精子もGFPマウスだ。全部が同じ強さで光る。
これを少し条件を変えて、自然交配したGFPマウスの受精卵をGFP無しの仮親の
子宮に入れて同様に帝王切開で成長した胎児を取り出すと、子宮は親と子供と
双方の組織で出来ているんだから、親にGFPが無い分だけ、胎盤の蛍光は弱く
なる。Figure1-bの写真と近くなるよね。

655小野小町:2018/12/19(水) 07:52:15
卵黄嚢は?

656在原業平:2018/12/19(水) 07:56:34
その問題を昨日考えて道に迷ったんだな。ははは。
この場合ただ仮親を使って埋ませただけだから卵黄嚢は胎児と同じだけ光るよね。
つまりFigure1-bの写真にはまだならない。胎盤だけは似てくるけど卵黄嚢は
胎児と同じくらい光ってることになる。あの写真は胎盤と卵黄嚢のどちらもが
同じように胎児と比較して薄く光っている。


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