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STAP紀行1

625在原業平:2018/10/16(火) 07:04:53
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

626小野小町:2018/10/16(火) 07:06:03
お気に入りは変化なしよ。
ローサはあったのね。

627小野小町:2018/10/16(火) 07:07:09
ローサはアーティクルとレターの両方に出ている。これが無かったのなら、捏造だよ。

628小野小町:2018/10/16(火) 07:09:55
あら、業平君、私の名前使わないで。
使ってないマウスを使ったように書いたら捏造だわね。しかも、とても特殊なマウスで
間違えるような類のマウスじゃない。

629在原業平:2018/10/16(火) 07:12:53
それだけじゃないぜ。使ってないマウスを使っているように書いたら捏造なんだから
何か使ったようにしなければならない理由が必要のはずなのに、この使ったと言われている
実験では使わなくても何ら差しさわりが無いという不思議さなんだけどね。

630小野小町:2018/10/16(火) 07:15:53
そうね。だから、桂報告書は何かの間違いだということにしたのね。でも間違いで
アーティクルとレターの両方のしかも重大な場所に出てくるということも考えられないのよね。
上代な場所にででくるから、使ってないのに使ったと書いたら捏造なのよね。でも使ってないと
書いていても何も困らなかったという不思議さね。
これって使ったからそのまま書いたということで解釈に何の困ることもないわね。

631小野小町:2018/10/16(火) 07:16:59
上代な→重大な

632在原業平:2018/10/16(火) 07:24:19
むしろ、こちら側に捏造があるのではないかな。
>>
なお、Article のメソッドに、129/Sv carrying Rosa26-gfp からキメラ寄与能を有する STAP 幹細胞が樹立された、との記述があるが、129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないことから、 これは誤記と考えられ、若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。

そしてレター論文に表れている(Fig. 1a; shown with Rosa26-GFP)は無視している。

633小野小町:2018/10/16(火) 07:30:32
<ここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。>が
間違いなのね。これはマウス背景がSTAP細胞作製に与える影響の調査実験なんかではないわね。
クレロックスシステムで細胞のトレースを確認した実験だわね。加えて、
キメラを作っていて、ジャームライントランスミッションの確認もしている。
私たちのntES論だと129/Svでの新たな小保方細胞核使用ntES作成実験なのね。

634在原業平:2018/10/16(火) 07:32:30
若山さんの嘘だね。
>>
(調査結果) STAP 幹細胞株樹立に遺伝的背景が及ぼす影響を調べる実験が、若山氏により 2012 年 夏から秋にかけて行われ、2012 年 9 月 4 日に STAP 幹細胞 AC129-1 および AC129-2 が樹 立された。

635小野小町:2018/10/16(火) 07:36:45
私たちはここを若山さんのマッチポンプだとしてたのよね。でも、そもそも別の実験を
すり替えたのね。AC129は単に「僕のマウス」ESにAC129とラベルしただけなのね。
和モガ説と一致するわね。

636一言居士:2018/10/16(火) 07:44:12
我々のntES論にとっも重大な場所だね。この129/Sv carrying Rosa26-gfpの
キメラ胎盤は光っているんだ。しかも、我々はこの小保方細胞核使用ntESは
丹羽さんの検証実験の結果からして、ほとんど生き残ったただの血球細胞である
可能性が高くて、若山さんは、小保方さんの50万個に最大12個、もしくは30万個の
中のせいぜい12個にあたっていない、今まで自分たちが何度も作っていた普通の
体細胞ntESの胎盤貢献を始めて確認しただけかもしれないんだよな。

637閲覧者:2018/10/16(火) 07:48:11
そちらの可能性に行く前に小保方さんが書いている(Fig. 1a; shown with Rosa26-GFP)に
関してCreマウスの説明が一切ないということに関して考えて置いた方がいいんじゃないかな。

638シャーロック・ホームズ:2018/10/16(火) 08:02:53
FI-SCは他の実験を見る限りOct4-GFPマウスを使って作成されているけど、
一応STAP幹細胞を作るときにCD45陽性血球を使ってることが書かれているが、
他の実験がどうかははっきりしない。いろんな実験が行われている。
FI-SCも血球だとして、かつ、129/Sv carrying Rosa26-gfpもそうだとして、
これはCD45+CreマウスとのF1だということになるな。由来がCD45陽性血球である
という証明のあるキメラ胎盤だということになるね。

639ドクター・ワトソン:2018/10/16(火) 08:07:59
ホームズ。これはFI-SCの実験ではないんだぜ。STAP細胞の胎盤貢献実験だ。
>>
When splenic CD45+ lymphocytes are exposed to pH 5.7 for 30 min and subsequently cultured in the presence of LIF, a substantial portion of surviving cells start to express the pluripotent cell marker Oct4 (also called Pou5f1) at day 2. By day 7, pluripotent cell clusters form with a bona fide pluripotency marker profile and acquire the competence for three-germ-layer differentiation as shown by teratoma formation.

640シャーロック・ホームズ:2018/10/16(火) 08:13:04
そうか、先を急ぎすぎだな。取り敢えずはまずSTAP細胞が胎盤貢献しているということだな。
そしてこのマウスは129/Sv carrying Rosa26-gfpでCD45陽性細胞だけがCAG-GFP蛍光しているんだから
それ以外の細胞由来ではないぞと。確かに体細胞であるCD45陽性細胞なんだよと
説明するためにはCD45+Creマウスの説明が必要だけど、論文にはそれが書かれていないという問題だな。

641ペリー・メイスン:2018/10/16(火) 08:15:38
この論文は笹井さんが書いたんだよね。データは小保方さんから受け取ったにせよ、
文章を書くときに、その意味を理解せずに書くことはできないな。笹井さんは初めて
(Fig. 1a; shown with Rosa26-GFP)という文章に出会った時、この意味をどう
解釈したのだろうか。

642デラ・ストリート:2018/10/16(火) 08:37:05
それだけじゃないわ。アーティクルでも出会っている。ワンセンテンスごとに
小保方さんと肩を並べて添削していったんだわ。
>>
We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16).

643小野小町:2018/10/16(火) 08:44:58
二か所に出ている以上笹井さんが最初に原稿を作った時にどちらもなかったとは
思えないわね。Rosa26-GFPが細胞トレースに使われる人は知ってるはずだから、
TCRが確認できなかった時にどうしてこちらのことに気づかなかったのかしらね。
ましてや、小保方さんはどうなのよ。

644小野小町:2018/10/16(火) 08:46:53
使われる人は→使われることは

645在原業平:2018/10/16(火) 08:52:55
笹井さんは原稿を仕上げる段階ではまだそういう問題は起きてないから、ああ、
ローサでも確認しているんだなと思ってスルーした可能性はあるね。AC129の中身が
「僕のマウス」ESだったということもまだ知らない。彼はローサのことは分かってたと思うし、
ましてや、丹羽さんはああ、若山さんはクレロックスシステムも使ったんだなと
思ってたはずだよ。ただし、小保方さんはただローサだと聞いていただけかもしれないね。
彼女は自分の細胞がキメラ作成によって多能性細胞であるということが
実証されたということが大事なんであって、他の細かなことはどうでもいいわけだからね。

646一言居士:2018/10/16(火) 08:57:21
笹井さんは自分の記者会見時、幹細胞のTCR再構成が無かったということの解釈に関して
とても詳細に説明したんだけど、でも、クレ・ロックスシステムでも確認されてたはずだけどとは
言わなかった。また、丹羽さんも自分の記者会見で、そのことには触れず、検証実験時に、
あたかも自分が初めて試すかのようにクレ・ロックスシステムの説明をした。

647閲覧者:2018/10/16(火) 08:59:42
マウス業者への預け金によるマウス入手ルートがあって、口外できないんだな。
川田龍平議員の質問や、ピースの質問にもちゃんと答えられなかった。ひひひ。

648ペリー・メイスン:2018/10/16(火) 09:05:06
STAP幹細胞ってこんなに確率良くできるというのも後で考えれば変だよね。

①C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29)
②129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2)
③129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16)

649デラ・ストリート:2018/10/16(火) 09:10:06
①既存ESでの捏造である。→FES1の入手経路がない。
②STAP細胞は本物の多能性細胞である。→丹羽検証実験で否定されている。残っているのは部分多能性のみ。
③若山さんが小保方細胞核を使ったつもりで只の体細胞ntESを作ってしまった。→様々な勘違いから自分たちのntESの胎盤貢献を結果的にみつけてしまった。

650ふふふ:2018/10/16(火) 09:11:21
わあっははははははははははははははは。

651:2018/10/16(火) 09:14:42
親分、どうしたんですかい、突然。

652ふふふ:2018/10/16(火) 09:15:44
気の塞ぐときは笑い飛ばすに限る。

653ヘーゲル:2018/10/16(火) 09:16:30
本題頼むぜ。

654カール・ヤスパース:2018/10/16(火) 09:17:53
あれ、今までの本題じゃなかったんだっけな。
本題、何でしたっけ?

655デラ・ストリート:2018/10/16(火) 09:28:28
学さんブログのリビューよ。まだ最初のa,bだわ。
>>
534: 在原業平 :2018/10/13(土) 08:35:15
そうだね。
>>
Fig1 STAP細胞とSTAP 幹細胞を用いた実験 
Octでソートした細胞は、胎児のみならず胎盤形成に寄与する

a bは若山氏が違うといった?胎児胎盤の写真 
c  STAP細胞はキメラの胎盤・卵黄のう形成に寄与するとの棒グラフ(キメラ胎児の6割に貢献)
d  STAP細胞は胎児形成能を持つOct4,Nalog,Rex1を発現するが、ESとの比較で示す
およびTSマーカー(Cdx2、Eomes, Elf5)の発現についてTSとの比較で示す
e  STAP 幹細胞3種は、胎盤形成に寄与しない。 TSとのGFP細胞の割合の比較
f  STAP 幹細胞、ES 細胞は Cdx2、Eomes,、Elf5 マーカーを発現しない。TSとの比較

656ペリー・メイスン:2018/10/16(火) 09:31:41
a,bは今いろんな可能性の存在が視野の前に開けてきたね。
cはどうなんだ。

657一言居士:2018/10/16(火) 09:39:00
ESが50個の胎盤、STAP細胞が10個の胎盤だね。この10個の胎盤に関して
AC129だとごまかされた129/Sv carrying Rosa26-gfpのキメラ胎盤が2個と分かっている。
最初に3月頃作成されて小保方さんに渡された<STAP細胞からと言われたいくつかの胎盤>が
あって、その残りが8月のGRAS提出直前に行われていたはずの<C57BL/6x129/Sv>の
酸浴STAP細胞から作られたキメラ胎盤があるはずとみているんだね。

658閲覧者:2018/10/16(火) 09:45:10
①AC129だとごまかされた129/Sv carrying Rosa26-gfpのキメラ胎盤が2個
②最初に3月頃作成されて小保方さんに渡された<STAP細胞からと言われたいくつかの胎盤>
③8月のGRAS提出直前に行われていたはずの<C57BL/6x129/Sv>の酸浴STAP細胞から作られたキメラ胎盤

計10三の胎盤の6割、つまり6個の胎盤が光った。そのうちの一つが①の中の
Letter Figure 1-bの胎盤だ。もう一つは③のLetter Extended Data Figure 1-aの胎盤だということになる。

659閲覧者:2018/10/16(火) 09:46:31
計10三→計10個

660一言居士:2018/10/16(火) 09:50:44
後者は桂報告は若山さんの主張として2011/11/28の4Nキメラの写真だと言ってるね。
ここは胎盤の免染画像とマウス画像の一致が明確でないね。もう一つは若山さんは
どうも最終論文ではなく事前に渡されていた画像番号で物を言ってる可能性が高い。
それと3月頃のキメラのマウス背景は語られていない。だから確定的なことは言えないが、
だからこそ、桂報告の推定は無責任なものだ。

661閲覧者:2018/10/16(火) 09:51:58
単に無責任なのかな。ただただ逃げたいだけなのかな。触れられたくない問題が
あちこちに転がってるんじゃないの。

662小野小町:2018/10/16(火) 09:56:20
対してコントロールのESキメラが50個って、そんなに作んなきゃいけないのかなあ。

663在原業平:2018/10/16(火) 09:57:44
他の実験のコントロールとしても使うからだということにしとこう。

664デラ・ストリート:2018/10/16(火) 10:00:42
はい、お次よ。
>>
d  STAP細胞は胎児形成能を持つOct4,Nalog,Rex1を発現するが、ESとの比較で示す
およびTSマーカー(Cdx2、Eomes, Elf5)の発現についてTSとの比較で示す

665一言居士:2018/10/16(火) 10:03:03
さあ、ここだよ。和モガツイッターの検討で今ペンディングされているところでもある。
この遺伝子発現解析はqPCR解析結果だからね。Oct4もGFP確認なんかではないよ。

666閲覧者:2018/10/16(火) 10:07:20
そして、大事なことはこのSTAP細胞は小保方さんが作ったもので、キメラや幹細胞に
使われた、小保方核使用ntESではないということだ。小保方さんはこの実験に関しては
自分だけでできるんだ。そして、この結果は後の丹羽検証実験結果と鋭く対立している。

667ドクター・ワトソン:2018/10/16(火) 10:12:39
スケールはコントロールを1としたリニアスケールだね。左側の多能性マーカーに関しては
Oct4が0.6、Nanogが0.8、Rex1が1.1程度かな。

668デラ・ストリート:2018/10/16(火) 10:18:41
これって当然ES細胞の数とSTAP細胞の数は同数ね。

669ペリー・メイスン:2018/10/16(火) 10:23:49
リジェンドを読めばわかるように、Oct4-GFP強発現している細胞をFACS選別したものと
ES細胞を同数比較している。
>>
qPCR analysis of FACS-sorted Oct4-GFP-strong STAP cells for pluripotent marker genes (left)

670一言居士:2018/10/16(火) 10:29:29
丹羽さんはできたままのスフィア塊の中にどの程度の多能性マーカー発現細胞が
存在しているかを調べたんんだけど、この実験は丹羽さんのとは違うよね。まず
Oct4-GFP強発現細胞をFACSで選別して集めている。これを丹羽さんの実験と比較すると
丹羽さんが3万個の細胞の中に発見した最大12個の細胞だけを集めたということになるよね。
これならこういう結果が出でも不思議ではないね。問題は絶対数だね。

671閲覧者:2018/10/16(火) 10:40:47
さすがに丹羽さんの実験での最大12個では集めるときにあまりに少なくてアーティファクトに
気づくはずだからね。丹羽さんのと小保方さんの造り方に差があると思わざるを得ないね。
とくにあの監視室の中で手早い処理ができなかったのが大きな原因くさいよな。

672在原業平:2018/10/16(火) 10:44:25
漏れ出しの原因以外に、Oct4-GFP強発現細胞の中に内在性Oct4発現細胞が
丹羽さんの最大12個程度ではなく、もっと多数存在している実験も可能だ
ということになるね。でも、多能性遺伝子を発現しているからキメラができる
多能性細胞であるということにもならないんだよな。

673一言居士:2018/10/16(火) 10:47:49
それはそれでまた別問題だけどね。ただ、d表の左側のグラフを成立させる
実験は例えば丹羽さんの12個であっても、ESを12個にすれば成立するんだけど、
その場合はあまりに少ないということに小保方さん自身が気づくよね。だから
小保方さんはこの実験時、丹羽さんより10倍とか100倍程度は作れているはずだ。

674孤舟:2018/10/16(火) 10:51:42
ちと所用。

675ふむ:2018/10/16(火) 10:52:41
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676Ooboe:2018/10/16(火) 11:48:11
皆さん✨😃❗こんにちは

昨夜から須田氏文庫版を徹夜で読みました
いろいろ気がついたこと
学さんちでコメントしてますが
こちらの考察サッパリ追いつけませんの
ごめんなさい🙇
分身さん達の考察理解したいなぁ〜〜
ローザてなんなの?♒

677自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2018/10/17(水) 01:56:06
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

678地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう:2018/10/17(水) 03:39:03
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679在原業平:2018/10/17(水) 03:40:41
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

680小野小町:2018/10/17(水) 03:45:42
お気に入りは変化なしよ。Ooboeさんが見えたわ。

681在原業平:2018/10/17(水) 03:54:07
やあやあ、Ooboeさん。お元気でなによりです。僕は昨日免許更新で出かけた
序でに近くの本屋に入ったら桃子の文庫版が置いてあったので予定より早く入手しましたよ。
喫茶店に入ってバラバラめくりましたが、これは増補ではなさそうですね。新著です。
以前のは疑惑ですけど、今回のはESコンタミ犯は小保方さんだと桃子と若山さんが
話していますね。疑惑に文句はつけられませんけど、犯人でないのに犯人だと
断定されていますから小保方さんは名誉棄損で訴えるんじゃないですかね。
桂報告は犯人は分からないと書いていますから、この本は小保方さんが犯人だと
断言している日本で唯一の本ですね。証拠を出せと訴えられたらアウトですよ。
本当は小保方さんがESコンタミ犯だとしても、証拠なくこんなことを公表したら
敗訴ですね。面白くなってきましたね。いずれ根本さんが何かコメントされるでしょう。

682小野小町:2018/10/17(水) 04:11:27
どういう意味なの。ntESを作ったことを後悔しているの?まるでノートを見たら、蛍光が漏れ出しかもしれなかったと気づけたとでもいうのかな。ふふふ。
>>
思い切って聞いてみた。「CDBの複数の先生が、若山先生の実験結果があったからこそ信じたと話しています。そのことは同とらえていますか」。
「僕がノートを見るとかして、おかしいということを突き止めておけば、他の先生が信じてしまうのを防げたと思う。ただその時点では、僕自身が信じていたから、すごいんだ、というのを(小保方氏と)一緒になって話をしてしまった。僕がキメラのデータを出して、笹井先生を含め皆が信じてしまったというのは、申し訳なかったと思います」
若山氏は謝罪の言葉を口にした。

683在原業平:2018/10/17(水) 04:13:26
ははは、憎めないアッポばっかりだね。よくしゃべる。

684一言居士:2018/10/17(水) 04:20:08
いつも両様に取れるように用心して話しているね。でも桃子は小保方さんが
犯人だと思って聞いていて、そのまま書いてるな。ほんとアッポだな。何の
裏取りもない。物事をザッハリッヒに考えられないんだな。誰の言うことが
本当かとふらふら歩いていたって事実は見つけられないよ。

685閲覧者:2018/10/17(水) 04:24:49
理解というのは言葉になった時点より後でないと不可能なんだけど、言葉が
物事に接している場所があって、そこに至らないと事実が見えないね。
格物致知というね。

686ペリー・メイスン:2018/10/17(水) 04:29:13
小保方さんが提訴するかどうかはヴァカンティ次第だね。向こうでの特許申請の進捗次第では
資料が出て来る可能性があるね。当時の日米間のメール連絡も全部出てくるぞ。

687デラ・ストリート:2018/10/17(水) 04:31:53
ヴァカンティは身の潔白の証明として特許申請維持している意味合いが強いんだけど
あきらめて方針転換した時の方が面白くなりそうね。

688孤舟:2018/10/17(水) 04:35:04
急ぐ旅で無し。急ぐと棺桶が近づいてくるぞ。ひひひ。

689在原業平:2018/10/17(水) 04:49:54
楠本氏への業務連絡
ガンバレに見やすく拡大アップされているのは誰の何なのかは分からないが、
間違ってるんじゃないかな。
>>
Letter Fig.2gは、逸失したLetter Fig.1bと同一の胎盤だからFI幹細胞CTSではない。調査委の悪質な捏造。

690小野小町:2018/10/17(水) 04:54:38
Letter Fig.1bはSTAPキメラ。Letter Fig.2gはFI-SCキメラと小保方さんがそれぞれの
リジェンドに書いているわね。<Letter Fig.2gは、逸失したLetter Fig.1bと同一の胎盤>と
うのは誰の言ってることなのかしら。若山さんがピンセットで裏返したとかいう話だったっけ?

691デラ・ストリート:2018/10/17(水) 04:57:06
そこはこれからの話と関係していくわね。

692在原業平:2018/10/17(水) 05:00:24
こっちの業務連絡はどうなのさ。もう何度も書いているのに。ひどいじゃないか。
>>
分身さん達の考察理解したいなぁ〜〜
ローザてなんなの?♒

693小野小町:2018/10/17(水) 05:02:54
刑事さんと話したり、有名な雑誌の編集者と話したり、徹夜で桃子本読んだり、
大変なのよ。

694ふむ:2018/10/17(水) 05:11:41
これか?
youtube.com/watch?v=YtllOKsiGSY

695デラ・ストリート:2018/10/17(水) 05:12:27
違うし。

696ペリー・メイスン:2018/10/17(水) 05:17:43
泥縄ではあるけど、ローサ26というのは遺伝子座の名前らしいよ。この遺伝子は
何の働きもなくてこのあたりに人工遺伝子を挿入してもまったく細胞の振る舞いに
影響がないとされているんで、そこに人工遺伝子を挿入してあるようだ。

697ドクター・ワトソン:2018/10/17(水) 05:22:04
泥縄ではあるけど、ローサ26GFPというのがその人工遺伝子で、特殊なGFP遺伝子で、
恒常的にGFPを発現する遺伝子なんだけど、その前方部にストップ機構がついていて、
通常はこの人工遺伝子が働けないようになってるそうだよ。

698シャーロック・ホームズ:2018/10/17(水) 05:29:14
泥縄ではあるけど、恒常的にGFPを発現する人工遺伝子というのの代表は
CAG-GFPで、CAGが何を意味しているかはよく分からない。丹羽さんが作った。
以下の説明で何となく理解している。
>>
当研究室では、主にpCAGGSベクター(Niwa et al., 1991)を基本として遺伝子導入用コンストラクトを構築している。 pCAGGSベクターは、いわゆるCAGプロモーター、すなわち、Cytomegalovirus enhancerと Chicken β-actin promoterをつなげた構造と、兎のβ-グロビン遺伝子のpolyA signalサイトによって、 導入したい遺伝子をほぼ全身性に過剰発現させることができる。

699在原業平:2018/10/17(水) 05:42:20
泥縄ではあるけど、Gの意味が分からない。上のグロビンという説明があったような。
>>
CAG promoter
Hybrid construct consisting of the cytomegalovirus (CMV) enhancer fused to the chicken beta-actin promoter.

700孤舟:2018/10/17(水) 05:48:41
泥縄ではあるけど、恒常的にGFPを発現するというのがCAG-GFPだと理解してれば
そんなに不都合はないだろう。対してOct4-GFPというのはOct4遺伝子が発現する
ときでないと同時に発現することはない。構造遺伝子と人工遺伝子が同じ
プロモーター配列につながれているからだ。CAGプロモーターというのはだから
細胞内でできるだけ常時発現している遺伝子のプロモーターをいくつか
組み合わせてるのであろうと理屈から推測している。

701開高健:2018/10/17(水) 05:58:13
泥縄ではあるけど、このローサ26-GFPの本体が実際にCAG-GFPなのかは
よく分からない。ただ、常時発現しているGFPだということは分かっている。
丹羽さんの中間報告のスライド中に<Rosa‐loxP‐STOP‐loxP‐H2BEGFP&nbsp;Tg>と
あって、Tgはトランスジーン(挿入遺伝子)、loxP‐STOP‐loxPがストップ機構、
H2BEGFPが本体のGFPでH2BとEGFPに分かれる。Eはエンハンスで、GFPを改良して
もっと強く発現するようにしたもの。これができる前は、挿入遺伝子のコピー数を
増やして量でカバーしていた模様。

702井伏鱒二:2018/10/17(水) 06:14:43
泥縄ではあるけど、H2BはDNAを巻き取ってるヒストン位置(H2A,H2B,H3,H4,H1)の名前で、
これらのローサ26マウスはOoboeさんもご面識のある相澤研究室で12種類開発された中のひとつで、
丹羽さんのCAG-GFPではない。CAGプロモーターを使わなくてもローサ26の遺伝子座にあれば
全ての組織で発現するという性質があるらしい。以下は理研の2011年12月12日 のニューズ。
>>
これまでの手法が抱える問題を解決するために、彼らは染色体上のROSA26遺伝子座に着目 した。この領域に導入された遺伝子はほぼ全ての組織で発現することが知られ、しかも、ホモに 変異を導入しても異常を生じない。そこで、ROSA26 領域へ蛍光遺伝子を導入し、それを Cre-loxP システムで組織特異的に発現させれば、ライブイメージングに適した汎用性の高いレ ポーターマウスを作成できると考えた。

703山村聰:2018/10/17(水) 06:19:05
今までこれをCAGで説明していたのは小保方さんがLetter Figure 1-bをCAG-GFPと
キャプションに書いているので、小保方さんの理解に沿って考えていたものだが、
これは後に再考する。

704アイザック・ウォルトン:2018/10/17(水) 06:27:46
泥縄ではあるけど、<loxP‐STOP‐loxP>のストップ機構の両側についている
LoxPという蛋白質を分解する酵素がCre蛋白質で、このCreが発現すると、LoxPは
分解されて溶けるのでSTOP配列もDNAから脱落してしまう。するとその後ろの
H2BEGFPが発現する。Rosa26のローカスにあるからCreのあるどんな組織でも発現する。

705青鬼:2018/10/17(水) 06:35:34
泥縄ではあるけど、他方Creはいかにして発現させるかというと、今度は別のマウスを使う。
Creも人工遺伝子なのだけれども、どういうプロモーターに繋ぐかでどこの組織に発現させるかを
決めることができる。これは丹羽さんの中間報告のスライドが分かりやすい。肝臓で
発現させようと思ったら、肝臓で作られるアルブミンの遺伝子のプロモーターに
つないでおくと、アルブミン遺伝子が発現すると、同時にクレも発現する。
心臓に発現させたかったら、Nkx2.5の遺伝子のプロモーターに繋いでおく。
そういうマウスを作っておく。そして二つのマウスを交配してF1を作るのだ。

706赤鬼:2018/10/17(水) 06:41:46
泥縄ではあるけど、丹羽さんの中間報告スライドにあるとおり、アルブミンクレマウスを
使った場合、肝臓だけが常時GFP蛍光しているマウスができる。その肝臓を取り出してSTAP細胞を
作ったらそれはどこまで行っても蛍光し続ける。血球でやる場合もそういうクレマウスを
作ってやればいいだけだ。キメラができた時に何からできたと由来に悩まなくていい。
TCR再構成なんてどんだけ迂遠なやり方なんだと。

707在原業平:2018/10/17(水) 07:03:38
そういう泥縄の知識を前提にしてレター論文を読む。そこには(Fig. 1a; shown with Rosa26-GFP)とある。
>>
Here we have investigated the unique nature of STAP cells, focusing on their differentiation potential into the two major categories (embryonic and placental lineages) of cells in the blastocyst. We became particularly interested in this question after a blastocyst injection assay revealed an unexpected finding. In general, progeny of injected ES cells are found in the embryonic portion of the chimaera, but rarely in the placental portion (Fig. 1a; shown with Rosa26-GFP). Surprisingly, injected STAP cells contributed not only to the embryo but also to the placenta and fetal membranes (Fig. 1b and Extended Data Fig. 1a–c) in 60% of the chimaeric embryos (Fig. 1c).

アーティクル論文を読む。そこには<129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2)>がある。
>>
We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16).

708小野小町:2018/10/17(水) 07:06:47
ところが桂報告はこんなことを言う。10P。
>>
129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないことから、 これは誤記と考えられ

709孤舟:2018/10/17(水) 07:07:59
相澤さんたちが作ったマウスだろ。

710ヘーゲル:2018/10/17(水) 07:09:44
本題頼むぜ。

711カール・ヤスパース:2018/10/17(水) 07:10:39
本題、何でしたっけ?

712デラ・ストリート:2018/10/17(水) 07:12:04
本題の前に楠本さんから業務連絡よ。アトモス部屋が出典よ。

713ペリー・メイスン:2018/10/17(水) 07:17:14
了解。確認しました。やっぱりピンセットでひっくり返した話だったよね。
そういえばTsさんはabとこのgと混同があるのかな。ただアトモス部屋さんは
松崎氏は若山さんの証言を知らなかっただけかもしれない可能性については
考えてなかったのかな。もうだいぶ以前に読んだものだから忘れてしまったね。

714デラ・ストリート:2018/10/17(水) 07:19:08
本題は結局はそのあたりよ。今学ブログのdの左側まで終わったところだわ。

715在原業平:2018/10/17(水) 08:23:56
せっかく桃子本の文庫版を手に入れた折だからここんところの桃子の認識を
貼り付けとこうかな。229Pだね。文庫では243Pだ。
>>
入手した資料などによると、レター論文は、小保方氏が二〇一二年一月以降に作成に取り組んでいたが、この年の十二月に小保方氏が研究ユニットリーダーに内定した後、笹井氏が全面的な書き換えに携わった。若山氏がレター論文の草稿と図表を最初に見た二〇一二年十一月末の段階では、キメラマウス画像は正しく使われていたという。若山氏が書き換え後の論文の図表類を見たのは投稿前日の二〇一三年三月九日、問題の画像が使われていたのはこの段階だったという。

716小野小町:2018/10/17(水) 08:31:04
桃子は手記を読み比べてないのかしらね。2012年の1月ってFLSの実験で、幹細胞化実験ではあるけど
論文自体はアーティクルに対応する論文すらまだ書いてないのよね。レターに対応する論文を書こうとしたのは
8月にアーティクル対応分の三誌論文が最終的にサイエンスにリジェクトされて、そのころ進んでいたFI幹細胞の実験の
資料も合わせて小保方さんに渡して書くように指示したんだから、1月からの理解が間違ってるわね。
2012年11月に見て、2012年3月に違ってるのに気づいたらまだまだ十分間に合うのに言わんかいってことよね。
バッカじゃないの。嘘に気づかないのか記事が欲しいだけなのかしらないけど。

717在原業平:2018/10/17(水) 08:36:54
両方だろうね。ただ、12/11ヴァージョンのレター部分の未完成論文は若山さんは
見てるとこのことから分かるんだよな。
このときにローラは僕の前で震えていたはずだ。

718デラ・ストリート:2018/10/17(水) 08:37:43
違うっし。

719小野小町:2018/10/17(水) 08:43:04
2012年11月の時点でも、2012年3月の時点でも若山さんは
129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) や(Fig. 1a; shown with Rosa26-GFP)の
ローサ26のことは気にならなかったと。

720在原業平:2018/10/17(水) 08:50:10
小保方さんは渡米して数日後の11月15日に若山研の学生から連絡を受けて
西川さんからのメールを見てと知らせが入った。12月10日にヴァカンティからの
帰国許可が出て日本に戻る。若山さんが11月末のまだ在米中の小保方さんから
レター論文の原稿を受け取ったというのは理研と若山さんの間で了解が
あったということだね。だから小保方さんは理研に渡す資料を若山さんに
確認のために送ってるんだな。桃子ってとても便利な人だ。

721一言居士:2018/10/17(水) 08:59:42
このやり取りのメールも全面解禁になったら全部出て来るぞ。桃子はいよいよ
小保方さんからの提訴に備えないと。名誉棄損は民事だからとても気楽だよ。
裁判が始まったら事実がどんどん明らかになってくる。困るのが誰かは
もうわかってるけどな。

722在原業平:2018/10/17(水) 10:09:29
うむ、楠本さんの業務連絡を受けてアトモス部屋を読み直していたら参考になることがたくさん
再発見されたぞ。この幹細胞の43件に関して笹井さんが記者会見で答えているんだよな。その中に
ローサもある。僕の前で震えている。ひひひ。

723小野小町:2018/10/17(水) 10:11:42
学生は李ではないんだけどね。ふふふ。

724孤舟:2018/10/17(水) 10:12:55
ちと所用。


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