ペーパー一枚の報告に向けて、その4 - 1535831136

233：小野小町：2018/09/06(木) 05:49:42: 学さんのところでいろいろと論じられているけど他は今日は静かだわ。
234：在原業平：2018/09/06(木) 06:07:54: >>
ここに一つの例がある。アマゾンレビューへの投稿であるが、小保方氏がアニマルカルスと言ったのは、2011年のはずだが、「あの日」には2012年と書かれているから、小保方氏の嘘といったような解釈になるようだ。
これなど、小保方氏の記憶の単純ミスと考えるべきである。

2011年にはカルスと呼ばれていた。2012/3/23にアニマルカルスと名付けたと手記に書かれている。
235：在原業平：2018/09/06(木) 06:12:08: >>
大和先生が、“専門家”という言葉を使っているが、この”専門”の使い方は、研究者と一般人では違う。
研究者レベルの専門家と、一般人がイメージする専門家にギャップがある。
さらに、大和先生の言葉「見たことさえない」の前には、状況からして、（ES）ではなく（幹細胞）という言葉がはいる。大和先生は、「STAP幹細胞を見たことさえないんだから・・・」と言ったと考える方が自然だ。

ティシュー論文にESのマーカー解析がスフィァに対するコントロールとして
使われている。ESのテラトーマも作られていて、足場付きのテラトーマライクと
比較されている。
236：在原業平：2018/09/06(木) 06:15:49: >>
2014年4月の会見で「STAP細胞を作成していたころ、研究室内ではES細胞の培養は一切行っていなかった」と小保方氏が言ったのも嘘とあります。
論文を読めば、研究者たちが、ESとの比較を常にやっていたのはわかります。
つまり、ESが無いというのは嘘でしょう。
ここは、上司から小保方氏はそのように言うように言われていたと考えるべきです。
つまり、嘘をつかざるを得ない状況ですよ。

129B6CAG-GFP(ホモ)のESは無かったという意味で小保方さんも若山さんも言ってる。
我々はそもそも129B6CAG-GFP(ホモ)のSTAPはそのESが作られる以前には無いと言ってる。
237：在原業平：2018/09/06(木) 06:29:27: >>
FLSのジャームライントランスミッションの実験で、小保方氏が「私は若山先生が光る精子を顕微授精する実験を行っていたことを思い出し」と言ったのも間違い（小保方嘘つき）と言っています。
若山氏は、ジャームライントランスミッションを早く知るために、精巣内の蛍光細胞（精子）をみていたのではないですかね？
顕微授精は、狭義では卵子に精子を人工的に入れ込む手技です。このレビューを書いた方は専門家から入手した知識だから正しいと主張されているようですが、専門家から狭義の意味での顕微授精の説明を受けたのではないでしょうか？
若山研究室では、この時点で狭義の顕微授精はしてないでしょうし、小保方氏は知っていると思いますよ。レビュアーの人より、小保方氏はずーっと専門家のはずでしょう？

光る精子を扱っていたということ自体が若山記者会見での彼の主張と合わない。
「僕のマウス」から太田ES1に行くためには彼が光る精子なんか扱っていては
誰も信じない。だから黙っていた。小保方さんはその嘘を暴露したんだ。
238：在原業平：2018/09/06(木) 06:35:29: >>
『著書とは正反対で、夫は小保方晴子さんに「ＳＴＡＰ細胞」の培養方法を教えようとしていた。妄想が爆発してしまっている感じがする。周囲とはフィクションなんだろうねと話している。』
と、若山夫人が文春に言ったそうです。

ここはとても重大な箇所で、彼らの間で行き違いがある。若山さんは小保方さんを
山梨にに連れて行きたい。つまり自分の研究に関心を持ってもらいたかったんだ。でも
彼女は自分の研究課題から離れようとしなかった。ここは二人の願望が食い違っている
ところで、それがこの事件の中核にあるんだよね。それは二人の関係史を追っていかないと
分からない。
239：小野小町：2018/09/06(木) 06:40:06: アニマルカルスセル(ACC)というのは三誌論文とヴァカンティの米国特許仮申請時に
使われてる言葉ね。理研の特許でもこのACCが引き継がれているのね。
240：在原業平：2018/09/06(木) 06:53:52: カルスという言葉がアニマルカルスより前からあることは以下で分かる。
①12/27テラトーマグラススライド記載
②その実験ノート記載
③桂報告
>>
小保方研のフリーザーに「カルスキメラ子 1」～「カルスキメラ子 9」と書かれた 9 本の DNA 試料があり、2011～2012 年の CDB 若山研では STAP 細胞を「カルス」と呼んでいたことから、これらはこのキメラの子の DNA と考えられた。
>>
（調査結果） RNA-Seqの解析と系統樹の作成は、CDB機能ゲノミクスユニットおよびGRASのメンバーが担当した。この間、マウスのリファレンスゲノムのバージョンアップがあったことから、再度マッピングをやり直し、系統樹を作図した。当初の系統樹では、Callus1とCallus2 と小保方氏が呼んでいたサンプルを含むが、CD45+サンプルはなかった。2013年3月の Nature再投稿に際して、図のスタイル変更とサンプル名付加の要請が小保方氏よりあった。その際、小保方氏はCallus1とCallus2がそれぞれSTAP細胞とCD45+細胞であると資料に書き込み、それに従って図の改訂を行った。 TSおよびFI幹細胞のデータについてはそれぞれ複数のサンプルを準備してシークエンスを行ったが、予想外にデータのばらつきが認められた。これについて、小保方氏の説明によれば、FI幹細胞については3サンプルのうちの系統樹上で3サンプルの中間に位置するものを最終的に作図に用いたとのことであった。TSについては細胞培養時に分化したことが考えられたことから、丹羽研のメンバーが培養・サンプル調製を行ったものを追加して作図に用いた。
（評価） CDB 若山研における Callus という言葉の使用は、のちに STAP 細胞と呼ばれるものを示していた。CD45+細胞は Callus/STAP 誘導に用いる細胞であり、CD45+細胞サンプルに Callus という名称をつけサポートユニットへ解析依頼するという行為は、混乱を招く可能性が大きいものであった。CDB 若山研では異なるサンプルに区別困難な類似名称を付与することが散見されたが、そのような慣習も遠因となった可能性がある。また系統樹を GRAS スタッフに依頼する過程で、解析結果を受けとめ討論することなく、単に論文に図を含めるための改訂依頼、という印象を与える対応は、共同研究として十分なものではなかった。しかし、調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。
241：ヘーゲル：2018/09/06(木) 07:23:44: 本題頼むぜ。
242：カール・ヤスパース：2018/09/06(木) 07:24:31: 本題、何でしたっけ?
243：デラ・ストリート：2018/09/06(木) 07:25:25: 学さんが気づかせてくれた桂報告書の26Pよ。
244：ペリー・メイスン：2018/09/06(木) 07:40:07: ①RNA-Seqの解析と系統樹の作成は、CDB機能ゲノミクスユニットおよびGRASのメンバーが担当した。
②この間、
③マウスのリファレンスゲノムのバージョンアップがあったことから、
④再度マッピングをやり直し、
⑤系統樹を作図した。
⑥当初の系統樹では、
⑦Callus1とCallus2 と小保方氏が呼んでいたサンプルを含むが、CD45+サンプルはなかった。
⑧2013年3月の Nature再投稿に際して、図のスタイル変更とサンプル名付加の要請が小保方氏よりあった。
⑨その際、小保方氏はCallus1とCallus2がそれぞれSTAP細胞とCD45+細胞であると資料に書き込み、それに従って図の改訂を行った。
⑩TSおよびFI幹細胞のデータについてはそれぞれ複数のサンプルを準備してシークエンスを行ったが、予想外にデータのばらつきが認められた。これについて、小保方氏の説明によれば、FI幹細胞については3サンプルのうちの系統樹上で3サンプルの中間に位置するものを最終的に作図に用いたとのことであった。
⑪TSについては細胞培養時に分化したことが考えられたことから、丹羽研のメンバーが培養・サンプル調製を行ったものを追加して作図に用いた。
245：ペリー・メイスン：2018/09/06(木) 07:40:50: ⑫（評価） CDB 若山研における Callus という言葉の使用は、のちに STAP 細胞と呼ばれるものを示していた。CD45+細胞は Callus/STAP 誘導に用いる細胞であり、CD45+細胞サンプルに Callus という名称をつけサポートユニットへ解析依頼するという行為は、混乱を招く可能性が大きいものであった。CDB 若山研では異なるサンプルに区別困難な類似名称を付与することが散見されたが、そのような慣習も遠因となった可能性がある。
⑬また系統樹を GRAS スタッフに依頼する過程で、解析結果を受けとめ討論することなく、単に論文に図を含めるための改訂依頼、という印象を与える対応は、共同研究として十分なものではなかった。
⑭しかし、調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。
246：一言居士：2018/09/06(木) 07:46:06: はっきりとしたことから検討しようかな。
⑪で若山さんの作った129B6F1CAG-GF(ホモ)の細胞が<分化したことが考えられた>から
丹羽研で作ったものと差し替えられたんだね。
我々は遺伝子発現解析の結果が変だったから差し替えられたのではと推測していたね。
247：閲覧者：2018/09/06(木) 07:53:11: このコントロールTSは現在でも木星リストの中にあるよ。
20　　129 B6 TS-3　　1　　若山TL樹立
21　　129 B6 TS-4　　1　　若山TL樹立
22　　129 B6 TS-5　　1　　若山TL樹立
23　　129 B6 TS-6　　1　　若山TL樹立

全部解凍して調べ直したら分化したのか、そもそも違うものかがわかるよ。
マウス背景も調べ直した方がいいだろうね。丹羽さんはこのころ若山さんを
疑っていないからね。TSの遺伝子マーカー発現が無かったから分化してしまったと
考えたんじゃないかな。そもそも系統図は比較のためだけだからどんなTSでも
構わないからね。
248：ドクター・ワトソン：2018/09/06(木) 07:55:36: TSがどの程度分化するとTS特異的マーカー発現が無くなるのかな。ど素人では
どうにもならんな。
249：しゃーロック・ホームズ：2018/09/06(木) 07:59:56: <細胞培養時に分化した>って、解凍後の分化だよね。作製培養中の若山さんの
樹立時の話じゃないよな。このTSからは若山さんの証言から2Nのキメラ胎児と
胎盤が作られていて、小保方さんに渡したと記者会見で証言している。
250：ドクター・ワトソン：2018/09/06(木) 08:08:15: 君はいつからしゃーロックになったんだい。
そのTSの組織サンプルブロックは木星リスト-30℃フリーザーの9番にある。
ACTSとTSのサンプルがたくさんあるね。それを調べてもいろんなことがわかりそうだね。
251：小野小町：2018/09/06(木) 08:11:31: ACってアニマルカルスね。AC-TSと分解できるのならこれは後のCTSだわね。
でもAC129というのもあって、これって最初AC-TS129で無かったかという疑義も
あったわね。何しろローサの不可思議が付きまとってる。
252：一言居士：2018/09/06(木) 09:32:59: まず、8月、1月、1月(最終)、6月の事実関係が分かってないからな。
253：閲覧者：2018/09/06(木) 09:35:00: 6月というのは桂報告書本文側の間違いではないかな。
>>
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。(16P)
254：小野小町：2018/09/06(木) 09:37:08: スライドの1月に二回という説明の方が整合的だと?
>>
⑧2013年3月の Nature再投稿に際して、図のスタイル変更とサンプル名付加の要請が小保方氏よりあった。
255：在原業平：2018/09/06(木) 09:42:11: <2013年3月の Nature再投稿に際して>というのは1月のことで、6月ではないね。
しかも丹羽さんのTSはスライドでは1月のことになっている。ここでも1月と
考えておかしくない。FI-SCもスライドでは1月で終わっていて、6月には何も
残らないことになる。
256：小野小町：2018/09/06(木) 09:44:48: 1月(最終)***スライド=6月***本文かということね。今のところ6月が間違いとしか
考えられないわね。もっとも日本語書けない人がこの報告書書いてるからねえ、はは。
257：名無しさん：2018/09/06(木) 09:52:29: >再度サンプルを2013年1月および6月に

6月を1月に書き換えたら
「再度サンプルを2013年1月および1月に」
258：在原業平：2018/09/06(木) 09:55:53: 取り敢えずスライドではRNA-SeqとChIP-Seqは区分されているね。データベースの
RNA-Seqの中はTru-SeqとSMARter-Seqに分かれているが、桂報告はSMARTer-Seqを
全く分析していないよね。つまり、ここでRNA-Seqと言われているものはTru-Seqだね。
259：鉄：2018/09/06(木) 10:01:44: >>257

スライドは確認したか?
もし、スライド側が間違いだったら、1月(最終)が6月(最終)の間違いだということになる。
これは既に我々が以前考えたことだな。でも今26Pの記載を検討しているのだが、
この記載で6月にも提出したのが最終だと読めるか?
⑥～⑪まで続けて読んでTSとFI-SC3が6月だと読める?
260：デラ・ストリート：2018/09/06(木) 10:09:52: Tru-Seq
×①556　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム②557　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
×③558　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1　129/Sv
ム④559　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2　129/Sv
×⑤560　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv
ム⑥561　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv
×⑦565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
ム⑧566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
261：名無しさん：2018/09/06(木) 10:10:14: *ttp://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140327_1/
※6：調査報告書（全文）について、一部に記載の間違いがあったため修正しました。
16ページ　下から3行目：【誤】3月　【正】6月
262：デラ・ストリート：2018/09/06(木) 10:10:30: ×⑨580　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム⑩581　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
×⑪585　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
ム⑫586　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
〇⑬590　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1
ム⑭591　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1
263：鉄：2018/09/06(木) 10:25:28: 我々の使っているのは既に訂正済のものだ。でも、最初3月とされていて後に
6月とされた以上、8月、1月、6月は間違いないものだな。ということは、

⑧2013年3月の Nature再投稿に際して、図のスタイル変更とサンプル名付加の要請が小保方氏よりあった。

と書いたときは3月頃と大雑把に考えていて3月と書いていたんだな。
264：ふふふ：2018/09/06(木) 10:28:30: どうかな。
>>
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。(16P)

<2013年1月および3月>と最初あったものを<2013年1月および6月>と訂正したということだ。1月は初めから分かっていた。
3月だと思っていたものを6月に変えた。
265：鉄：2018/09/06(木) 10:32:45: スライドは1月(最終)で、丹羽さんのTSとFI-SCの2,3が出尽くしているぞ。つまり
3月も6月もない。本文の3月を6月に訂正した時に、何を6月に訂正したらよかったんだ?
266：ふふふ：2018/09/06(木) 10:35:57: 3月(最終)とあったものを6月(最終)と訂正しないといけなかったのに1月(最終)と
間違って訂正した。もしくはそもそも3月(最終)と書かれていなければならなかったものを
最初に本文と違って1月(最終)と間違えていて、本文が6月に訂正されても気づかずに
放置されていた。
267：小野小町：2018/09/06(木) 10:37:36: この人たちって仕事真面目にやってるの?
268：名無しさん：2018/09/06(木) 10:38:11: >⑧2013年3月の Nature再投稿に際して、図のスタイル変更とサンプル名付加の要請が小保方氏よりあった。

これは、
１２）Letter Fig.2i 、Extended Data Fig.6dについて
・Letter Fig.2iは2012年にTruseqによるRNA-seqを行い、そのデータに基づいて作成した系統樹と考えられるが、論文の図では系統樹の一部が除かれている点
・Letter Extended Data Fig.6dは、2012年にSMARTERキットによるRNA-seqを行い、そのデータをもとに作成した系統樹と考えられるが、このとき解析結果を返された際にはCallus1（当時のCDB若山研の命名法ではSTAP細胞1という意味）と名付けられていた試料が、Letter ではCD45+となっている点

３月云々は2つある疑義のうちの下の疑義に対応しているのでは？
「RNA-Seqの解析と系統樹の作成は、CDB機能ゲノミクスユニットおよびGRASのメンバーが担当した。この間、マウスのリファレンスゲノムのバージョンアップがあったことから、再度マッピングをやり直し、系統樹を作図した。当初の系統樹では、Callus1とCallus2と小保方氏が呼んでいたサンプルを含むが、CD45+サンプルはなかった。2013年3月のNature再投稿に際して、図のスタイル変更とサンプル名付加の要請が小保方氏よりあった。その際、小保方氏はCallus1とCallus2がそれぞれSTAP細胞とCD45+細胞であると資料に書き込み、それに従って図の改訂を行った。」
269：タカハシワケ：2018/09/06(木) 10:39:46: 一般企業だと使い物にならんと言われるレベル。
270：鉄：2018/09/06(木) 10:51:32: ついでに、「僕のマウス」ESの疑義は解けたね。最初5/25とされていた。つまり
若山さんの持ち出しリストの5/25に逢わされていたが、恐らくだけど実験ノートに
培養開始日が書かれていたんだろうね。4/19と訂正された。これってカメラマ胎盤が
光った直後で、特許仮申請の4/24の5日前だ。
271：ふふふ：2018/09/06(木) 10:55:06: 逢わされて→合わされて　だな。
若山さんの持ち出しリストは培養開始日と樹立凍結日が混在していて
信用できないものだということだな。
272：デラ・ストリート：2018/09/06(木) 11:02:27: で、全文引用し直しね。
>>
１２）Letter Fig.2i 、Extended Data Fig.6dについて 
Letter Fig.2iは2012年にTruseqによるRNA-seqを行い、そのデータに基づいて作成した系統樹と考えられるが、論文の図では系統樹の一部が除かれている点  Letter Extended Data Fig.6dは、2012年にSMARTERキットによるRNA-seqを行い、そのデータをもとに作成した系統樹と考えられるが、このとき解析結果を返された際には Callus1（当時のCDB若山研の命名法ではSTAP細胞1という意味）と名付けられていた試料が、Letter ではCD45+となっている点
（調査結果） RNA-Seqの解析と系統樹の作成は、CDB機能ゲノミクスユニットおよびGRASのメンバーが担当した。この間、マウスのリファレンスゲノムのバージョンアップがあったことから、再度マッピングをやり直し、系統樹を作図した。当初の系統樹では、Callus1とCallus2 と小保方氏が呼んでいたサンプルを含むが、CD45+サンプルはなかった。2013年3月の Nature再投稿に際して、図のスタイル変更とサンプル名付加の要請が小保方氏よりあった。その際、小保方氏はCallus1とCallus2がそれぞれSTAP細胞とCD45+細胞であると資料に書き込み、それに従って図の改訂を行った。 TSおよびFI幹細胞のデータについてはそれぞれ複数のサンプルを準備してシークエンスを行ったが、予想外にデータのばらつきが認められた。これについて、小保方氏の説明によれば、FI幹細胞については3サンプルのうちの系統樹上で3サンプルの中間に位置するものを最終的に作図に用いたとのことであった。TSについては細胞培養時に分化したことが考えられたことから、丹羽研のメンバーが培養・サンプル調製を行ったものを追加して作図に用いた。
（評価） CDB 若山研における Callus という言葉の使用は、のちに STAP 細胞と呼ばれるものを示していた。CD45+細胞は Callus/STAP 誘導に用いる細胞であり、CD45+細胞サンプルに Callus という名称をつけサポートユニットへ解析依頼するという行為は、混乱を招く可能性が大きいものであった。CDB 若山研では異なるサンプルに区別困難な類似名称を付与することが散見されたが、そのような慣習も遠因となった可能性がある。また系統樹を GRAS スタッフに依頼する過程で、解析結果を受けとめ討論することなく、単に論文に図を含めるための改訂依頼、という印象を与える対応は、共同研究として十分なものではなかった。しかし、調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。
273：デラ・ストリート：2018/09/06(木) 11:03:42: 間に入られたからこちらもやり直し。
>>
Tru-Seq
×①556　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム②557　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
×③558　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1　129/Sv
ム④559　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2　129/Sv
×⑤560　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv
ム⑥561　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv
×⑦565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
ム⑧566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
274：デラ・ストリート：2018/09/06(木) 11:04:14: ×⑨580　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム⑩581　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
×⑪585　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
ム⑫586　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
〇⑬590　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1
ム⑭591　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1
275：ペリー・メイスン：2018/09/06(木) 11:10:30: イ.Letter Fig.2iは2012年にTruseqによるRNA-seqを行い、
ロ.そのデータに基づいて作成した系統樹と考えられるが、
ハ.論文の図では系統樹の一部が除かれている点 
二. Letter Extended Data Fig.6dは、2012年にSMARTERキットによるRNA-seqを行い、
ホ.そのデータをもとに作成した系統樹と考えられるが、
ヘ.このとき解析結果を返された際には Callus1（当時のCDB若山研の命名法ではSTAP細胞1という意味）と名付けられていた試料が、Letter ではCD45+となっている点
276：一言居士：2018/09/06(木) 11:13:04: よっしゃ。やり直しだね。

258：在原業平：2018/09/06(木) 09:55:53
取り敢えずスライドではRNA-SeqとChIP-Seqは区分されているね。データベースの
RNA-Seqの中はTru-SeqとSMARter-Seqに分かれているが、桂報告はSMARTer-Seqを
全く分析していないよね。つまり、ここでRNA-Seqと言われているものはTru-Seqだね。
277：閲覧者：2018/09/06(木) 11:14:28: まず、

ロ.そのデータに基づいて作成した系統樹と考えられるが、

の根拠が示されていないね。
278：デラ・ストリート：2018/09/06(木) 11:16:14: 考えなくていいから、小保方さんと丹羽さんに確認すればわかることだわ。
どうしてこんなに何もかも曖昧なのかしらね。
279：シャーロック・ホームズ：2018/09/06(木) 11:21:16: 彼らは
①小保方さんの12/11ヴァージョン原稿と若山さんの幹細胞に関するデータを持っている。
②8月に何が解析されたか知っている。
③1月に何が解析されたか知っている。
④6月に何が解析されたか知っている。
⑤レター論文を持っている。
⑥丹羽さんは理研の所員だったから聞ける。
⑦小保方さんの聞き取りは何度もやってる。

㉟<考えられるが>とは何だ。違う可能性があるのか。あるなら書いて提出し直せ。
280：ドクター・ワトソン：2018/09/06(木) 11:23:11: デラさん、こいつらは怠惰なんだよ。いわゆるグズだ。
281：一言居士：2018/09/06(木) 11:35:39: イ.Letter Fig.2iは2012年にTruseqによるRNA-seqを行い、

とある以上、8月にまず解析されて、樹状図化されていたものがあったと
いうことだね。12/11ヴァージョン論文は確認したんだね。そして幹細胞化の
原稿は完成はしてなかったけど、原稿はあって、笹井さんが一から完全に書き直したと
されているが、その原稿段階で樹状図があるのは確認しているんだよね。
282：一言居士：2018/09/06(木) 11:37:06: ㊱原稿段階で樹状図があったという証拠を示して、報告し直せ。
283：一言居士：2018/09/06(木) 11:41:03: あ、シャーロック・ホームズさん、僕の名前で理研に要望しないでね。
まあ、それはいいとして、その後、1月にFI-SC2を提出したんだね。そして
6月(最終)としてTS2として丹羽研のCD1由来のTSを提出し、かつFI-SC2を提出した。
284：閲覧者：2018/09/06(木) 11:47:38: 2012.8
TS1(129B6 CAG-GFP)、FI-SC1(129B6 Acr-GFP/CAG-GFP)
2013.1
FI-SC2(129B6 Acr-GFP/CAG-GFP)
2013.6
TS2(CD1)、FI-SC3(B6 Oct4GFP　+　α)
285：一言居士：2018/09/06(木) 12:05:07: これが最終的に樹状図となった。そしてTs.Markerさんの解析して、我々ど素人が
見て判断した分が以下だろ。
>>
Tru-Seq
×①556　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
×③558　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1　129/Sv
×⑤560　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv
×⑦565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
×⑨580　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
×⑪585　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
〇⑬590　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1
286：閲覧者：2018/09/06(木) 12:09:00: ⑦と⑨にTrophoblast marker genesの発現がないのによく樹状図が作れたね。
287：一言居士：2018/09/06(木) 12:17:02: ⑬は丹羽さんのTSだから当然Trophoblast marker genesの発現があって当たり前なんだけど、
これは2012.8のTS1(129B6 CAG-GFP)では無かったから差し替えられたのかな。
2012.1段階ではそのままネイチャーに出ているはずだね。何か査読で
言われたのかな。⑦はFI-SC3(B6 Oct4GFP　+　α)だね。一応論文にGOFでも
作られたと言われている細胞かも知れないが、Trophoblast marker genesの発現は
無いね。問題は⑨だね。背景が「僕のマウス」になってる。差し替えはTSとFI-SCだけなら
これは8月の分だ。
288：小野小町：2018/09/06(木) 12:29:01: Callus1とCallus2の問題ね。ランチよ。

youtube.com/watch?v=yqRjwvAMgnA
289：ふむ：2018/09/06(木) 12:29:33: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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290：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2018/09/07(金) 01:25:09: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
291：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/09/07(金) 04:41:25: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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292：在原業平：2018/09/07(金) 04:43:37: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
293：小野小町：2018/09/07(金) 04:49:59: 虎の門はスカイプ登場ではなくて首相官邸で行われたのね。時代ね。
お気に入りはアルイミオウジ氏復活よ。ボランティアが忙しかっただけみたいね。
根本さんのところにMTAのやり取りの新しい資料が出てるわ。内容的には既知のものだわね。
学さんは相沢、丹羽論文の評価よ。
294：在原業平：2018/09/07(金) 05:09:56: まだよくわからないけどOoboeさんたちはMTAを結んでいないということの意味を
どう受け止めてるのかな。根本さんの心配が杞憂であることを祈るけど。
太田さんがFES1等の6種の細胞をMTAなしで研究者個人の所有に属するものとして
理研から持ち出して京都大学に保持していたことは違法ではないよね。その細胞を
どこに送ろうと太田さんは理研の許可を要しない。MTAの必要がないと判断したのは
理研の側の判断だからね。前にも言ってるけど、あれだけ大きな組織で
移籍のあるたびに試料の持ち出しに関してマニュアルがないなんてことはないんで、
手続しないと持ち出せないようになってる。その手続きの中にはその判断をした理研の
押印文書があるはずだというのが、我々の推理だね。若山さんの持ち出した試料に関しては
MTAを結ばなかったのがイレギュラーだけど、イレギュラーを許可した書類もあるはずだと
考えている。ヴァカンティが守秘にうるさかったということがあって、MTAを結ぶと
その情報が山梨大学に漏れてしまうから、一時的にイレギュラー処理したとみてる。その証拠に
後にちゃんと事後処理されている。特許関連試料だからね。本来ならMTAが結ばれないと
いけなかったものだ。Ooboexさんたちはどうして結ばれなかったのですかと
理研に問えばいいんだけどね。小保方さんの手記はその意味では事情の分からない人の
思いに過ぎないんで、事実は確認したらわかるよ。
295：小野小町：2018/09/07(金) 05:20:53: 研究資料は基本的には研究者自身以外には価値のないものなのだという基本理解が
必要なのね。研究している人以外には何の意味があるのかわからないからよね。でも
資本主義下ではすべての財には所有権があって、例えば理研で研究に使われた財は
すべて理研の株主のものね。この場合株主は政府よね。その管理人が文科省ね。
で、研究者が移籍するときに今まで研究していた試料は全部置いていかないと
いけないのは一般企業で人が辞めた時と同じね。自分のもの以外は会社のものだわね。
そもそも会社の中に必要最小限の私物以外に置いていること自体が違法だわね。
保管スペースは只じゃない。株主の金で購入されているもので、従業員個人の
ために購入されているのではない。
296：在原業平：2018/09/07(金) 05:30:12: ①研究試料の所有権は法人に属す。
②基本的に研究試料は研究者個人にしか価値がない。

そして、研究においてはほとんど大半の試料はゴミに過ぎなくて、資産価値が
無い。STAP研究にいくら投資したかにかかわらず、例えばAC129サンプルが
一本百万円で売れるということはない。つまり市場価値がないから、商品という
棚卸資産を形成しないのさ。では何かというと費用だけ掛かったゴミだということだ。
研究というのはこのゴミの山を繰り返し作って、その中に一粒のダイヤモンドが
あったらなあという世界だ。
297：小野小町：2018/09/07(金) 05:42:58: すべてのゴミの所有権は理研の側にあるけど、理研にとってはゴミなんだから
持ち帰りたいという人には只で上げるというのが、研究者個人の所有に属するものと
判断されたものね。太田さんのFES1等がそれね。そもそも論文に使う予定もなく
作ったと本人が言ってる。論文に使われていてその将来価値が見込まれるものに関しては
所有者側が、それは今はゴミではあるがいつかダイヤモンドになる可能性があるから、
こっちで保管していても永遠にダイヤモンドにならない以上、所有権だけは確保しておくけど
持ち出して使うのは君の自由だと契約するのがMTAなのね。その意味で、若山さんが
MTAも交わさずにSTAP関連試料を持ち出すなんて通常ではあり得ないのね。小保方さんは
自分の許可が無かったと手記で書いてるけど、それは小保方さんは3/1に理研の従業員に
なったばかりでそもそも彼女には何の権限もない。彼女のものは理研のものだわ。
理研のものは理研のものね。
298：在原業平：2018/09/07(金) 05:48:36: そこにハーバードとの共同研究協約書との関係があるのさ。だからOoboeさんたちに
その取り寄せの重大さを分かってほしいんだけどね。それとMTAをなぜ結ばなかったのかということの
理由を理研に直接といただすことね。忘れてたとか、若山さんが勝手になんてことは
絶対にないんだからね。資本者ぎ社会というのは法治されているんだよ。忘れたりは
できないことになってる。勝手に持ち出すと窃盗になる。利用があって、必ず
竹市さんが許可している。
299：在原業平：2018/09/07(金) 05:53:24: 資本者ぎ社会→資本主義社会
利用があって、→理由があって、
300：小野小町：2018/09/07(金) 05:55:09: 事務方の責任者が若山さんに窃盗で訴えるぞと言ってると小保方さんに説明したと手記に
あるわね。
301：在原業平：2018/09/07(金) 05:58:51: むつかしいことを研究者なんかに言ってもわからんと高をくくられてるのさ。
イレギュラー処理しているということを一研究者なんかに知らせる必要もない。
窃盗で訴えられていないでしょ。それ以前に許可もなく若山さんに持ち出させたなんて
ことがあったらこの責任者は首だよ。
302：小野小町：2018/09/07(金) 06:00:50: 大将だったかしらね。この登場人物も怪しそうな人ね。
303：在原業平：2018/09/07(金) 06:03:33: ラブオンザビーチの違法天下りの一人じゃないのかな。文科省は無論捏造事件には
関与していないが、事件の影響であちこちに飛び火するのを恐れている。
304：ヘーゲル：2018/09/07(金) 06:08:24: 本題頼むぜ。
305：カール・ヤスパース：2018/09/07(金) 06:09:07: 本題、何でしたっけ?
306：デラ・ストリート：2018/09/07(金) 06:12:18: ①RNA-Seqの解析と系統樹の作成は、CDB機能ゲノミクスユニットおよびGRASのメンバーが担当した。
②この間、
③マウスのリファレンスゲノムのバージョンアップがあったことから、
④再度マッピングをやり直し、
⑤系統樹を作図した。
⑥当初の系統樹では、
⑦Callus1とCallus2 と小保方氏が呼んでいたサンプルを含むが、CD45+サンプルはなかった。
⑧2013年3月の Nature再投稿に際して、図のスタイル変更とサンプル名付加の要請が小保方氏よりあった。
⑨その際、小保方氏はCallus1とCallus2がそれぞれSTAP細胞とCD45+細胞であると資料に書き込み、それに従って図の改訂を行った。
⑩TSおよびFI幹細胞のデータについてはそれぞれ複数のサンプルを準備してシークエンスを行ったが、予想外にデータのばらつきが認められた。これについて、小保方氏の説明によれば、FI幹細胞については3サンプルのうちの系統樹上で3サンプルの中間に位置するものを最終的に作図に用いたとのことであった。
⑪TSについては細胞培養時に分化したことが考えられたことから、丹羽研のメンバーが培養・サンプル調製を行ったものを追加して作図に用いた。
307：デラ・ストリート：2018/09/07(金) 06:13:17: ⑫（評価） CDB 若山研における Callus という言葉の使用は、のちに STAP 細胞と呼ばれるものを示していた。CD45+細胞は Callus/STAP 誘導に用いる細胞であり、CD45+細胞サンプルに Callus という名称をつけサポートユニットへ解析依頼するという行為は、混乱を招く可能性が大きいものであった。CDB 若山研では異なるサンプルに区別困難な類似名称を付与することが散見されたが、そのような慣習も遠因となった可能性がある。
⑬また系統樹を GRAS スタッフに依頼する過程で、解析結果を受けとめ討論することなく、単に論文に図を含めるための改訂依頼、という印象を与える対応は、共同研究として十分なものではなかった。
⑭しかし、調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。
308：デラ・ストリート：2018/09/07(金) 06:13:57: Callus1とCallus2 の問題からよ。
309：一言居士：2018/09/07(金) 06:44:43: ①RNA-Seqの解析と系統樹の作成は、CDB機能ゲノミクスユニットおよびGRASのメンバーが担当した。

GRASのメンバーは門田満隆さんだね。手記にも登場する。CDB機能ゲノミクスユニットは上田さんで有名だね。
ただこの時はもういなかったはずだね。
>>
物品購入要求
起案年月日　２０１１年１月１４日
依頼要求元　計算生命科学センター設立準備室　合成生物学研究グループ
納入場所所在地　神戸　建物　幹細胞研究開発棟
使用者　上田　泰己
件名　幹細胞研究開発棟2階交流スペース及び居室用什器
業者　２１００４１７（株）　カッシーナ・イクスシー
合計金額４，８７２，０００
310：閲覧者：2018/09/07(金) 06:46:14: 2004年 - 東京大学大学院医学系研究科博士課程修了、博士（医学）
2004年 - 独立行政法人理化学研究所発生・再生科学総合研究センター機能ゲノミクスサブユニットユニットリーダー（兼任）
2009年 - 独立行政法人理化学研究所発生・再生科学総合研究センターシステムバイオロジー研究プロジェクトプロジェクトリーダー
2011年 - 独立行政法人理化学研究所生命システム研究センター細胞デザインコアコア長
2011年 - 独立行政法人理化学研究所生命システム研究センター合成生物学研究グループグループディレクター
2013年 - 東京大学大学院医学系研究科システムズ薬理学教室教授
311：一言居士：2018/09/07(金) 06:48:17: 機能ゲノミクスサブユニットは2013年に閉鎖されている。粕川さんが
所属していたことは知られているね。
312：閲覧者：2018/09/07(金) 07:00:54: ここの所属だったのかなあ。いろいろと内部情報は語っていたけどね。はっきりしない。

系統樹を作成したのが彼らだと書かれているよね。どういう意味になるのかな。
313：一言居士：2018/09/07(金) 07:03:16: <RNA-Seqの解析と系統樹の作成>と書かれているからね。こういうものが欲しいと言って
依頼したら彼らがああいう図を作ったということは、この時点で実際にそういうデータが
出ていたということだね。
314：閲覧者：2018/09/07(金) 07:10:26: 僕の間違いなんだろうね。
>>
286：閲覧者：2018/09/06(木) 12:09:00
⑦と⑨にTrophoblast marker genesの発現がないのによく樹状図が作れたね。
315：一言居士：2018/09/07(金) 07:17:43: 間違いの可能性としては二つあるよね。一つは最初から言ってるヴィユアーの
見方だね。我々はたくさん出てたらて〇、少ないときは△か×判断しているからね。
この見方そのものはペンディングされている。そもそも遺伝子発現解析自体の
有効性も我々はペンディングしているからね。今は遺伝子発現を細胞の同一性
判断に使っているだけだ。ただし、Trophoblast marker genesの発現に関しては
論文でも有効性が認められているようで、丹羽さんがこの表に関して大きな疑義は
だしてないよね。不完全とは言ってるけどね。それを信頼してるかな。
もう一つは、樹状図はTrophoblast marker genesの発現とは別に作られうるという
可能性の考え抜けだね。
316：閲覧者：2018/09/07(金) 07:30:53: まあ、前者に関してはRNA-Seqは定量性に関して厳密には言えないんだよな。
増幅させるときに最初の量が必ずしも最終的な量に比例しているとは限らないんだね。
で、我々はTs.Markerさんのデータが何を意味しているのかが分からない。まず
出てる出てないの基準が分からないね。ということは何もわかってないということなんだけど、
例えばSox21が出てるというときにはたくさん出てるから、出てるというのはその程度に
あるということだという判断をしている。それがあの〇×だ。だから、基本的には
この細胞とあの細胞は違ってるという判断には使えるとみてるんだけどね。
317：小野小町：2018/09/07(金) 07:33:20: そのあたりの出てる出てないの判断をTs.Markerさんに教えてほしいわね。
318：シャーロック、ホームズ：2018/09/07(金) 07:35:41: 系統図の方はどうなんだい。そもそもあの系統図は何を意味してるの。もしくは
何を意味していると皆に思わせたがってるの。
319：ドクター・ワトソン：2018/09/07(金) 07:43:41: あの系統図のリジェンドは以下だよ。
>>
i, Cluster tree diagram from hierarchical clustering of global expression profiles. Red, approximately unbiased P values.
320：小野小町：2018/09/07(金) 07:59:22: 意味わかんない。
321：一言居士：2018/09/07(金) 08:05:40: 我々はど素人だからね。習ったこともないことは推測するよりないからな。
global expression profilesと書いてある以上、ベースにあるのはそれぞれの
細胞種の全RNA発現解析結果だね。例えばSTAP細胞だったらその細胞塊で
常時発現しているRNAを取り出して何が発現しているかを全部調べたということでしょ。
322：閲覧者：2018/09/07(金) 08:08:21: まあ、ど素人としてはそう解するよりないね。そして各種の細胞塊で
同じことをやって、その後それぞれを分類したところまでは分かるんだけど、
そいつを階層分けした基準が分からんね。
323：一言居士：2018/09/07(金) 08:10:53: 素人としては縦軸に数値があるんだから、その数値によって階層をつけたと考えるよね。
0.00、0.05、0.10、0.15とリニアに刻まれている。
324：デラ・ストリート：2018/09/07(金) 08:18:50: 本文で2-iが参照されているのは以下ね。
>>
To investigate the relationship among STAP cells, STAP stem cells, Fgf4-induced stem cells, ES cells and trophoblast stem cells, we performed genome-wide RNA-sequencing analysis (Fig. 2i for dendrogram; Extended Data Figs 3 and 4 for expression analyses of representative genes　; Supplementary Tables 2 and 3 for analysis conditions).
325：ペリー・メイスン：2018/09/07(金) 08:23:36: genome-wide RNA-sequencing analysis というのがリジェンドのglobal expression profilesと
対応しているんだね。後ろにRed, approximately unbiased P values.とあるのは何かね。
326：一言居士：2018/09/07(金) 08:26:32: 赤字で書かれているのはauと100という文字だけだ。auはArbitary Unit 任意単位だ。
で、100の意味は不明。
327：一言居士：2018/09/07(金) 08:27:49: 0.00、0.05、0.10、0.15とリニアに刻まれているものはHightとされている。
何の高さなのかは不明。
328：一言居士：2018/09/07(金) 08:30:21: P valuesというのは以下。
>>
P値は、仮説検定で用いられ、証明したい仮説の統計的優位性を測るものです。P値が小さければ小さいほど、証明したい仮説の統計的優位性が高いことを示しています。通常はこのP値が０．０５より小さければ、証明したい仮説が正しいと結論付けることが多いです。
329：閲覧者：2018/09/07(金) 08:32:50: approximately unbiased P valuesが100という意味も分からないね。縦軸がP値だとしても
意味が分からない。そもそも何にも分からない。
330：小野小町：2018/09/07(金) 08:36:38: にもかかわらず

①RNA-Seqの解析と系統樹の作成は、CDB機能ゲノミクスユニットおよびGRASのメンバーが担当した。

のね。無論この図の意味は分かっているはずね。
331：在原業平：2018/09/07(金) 08:40:46: 一応専門の論文だからね。専門分野での常識的な知識の解説はないよね。わかる奴だけが
読めばいいものだ。で、通常は言語で書かれていることもあって、素人の間違った解釈でも
大筋で矛盾が出るということは少ない。わからないなりにでも何となく理解できると
いうのはそのあたりの事情だよね。でも、これってそもそも思想がわからない。
何を証明したがっているんだ。
332：小野小町：2018/09/07(金) 08:44:24: 図の印象から素人判断すると、ESとSTAP-SCは似た性質だと。そして階層の
一つ上がったFI-SCはその二つを同時に含むものだと。そして更に階層の上の
TSはそれ以下を包含すると。でもTSはESにはならないわね。その矛盾はさておいて
更にその上にSTAP細胞があってその上にCD45という体細胞があるという概念図ね。