ペーパー一枚の報告に向けて、その4 - 1535831136

133：小野小町：2018/09/04(火) 07:14:04: 研究員が不正をしていたことの責任を理事長が取るのかという抵抗ね。でも
そうではなくて、社会を騒がせる結果になってしまったことの経営責任としての
辞任だということで呑んだのね。
笹井さんが記者会見で記者たちの質問に晒されているのも、その質問が彼の
経営責任を問うているのではなくて、どうして捏造を発見できなかったのかという
ことに向いているのでわかるわね。実験ノートを見なかったなんて、問題が
矮小化されているわよね。そもそも笹井さんはこんな捏造事件に関して責任なんかないわね。
会社の中で誰かが誰かの財布を盗んだら問題は警察に移されるので、窃盗が会社の中で
起きたことの責任を社長が取るなんてことはないわよね。実験ノートだって?
134：在原業平：2018/09/04(火) 07:20:32: マスコミは内部からの情報流出に飛びついたのさ。これは売れるということだ。
内部情報を流出させているのは野依、竹市、笹井に対する非主流派だよ。その中心に
若山さんの実験の見込み違いがあったことに関係した自己保身のための行動がある。
135：小野小町：2018/09/04(火) 07:29:58: 笹井さんの経営責任が問われずに論文の瑕疵に気づかなかったという責任を問うている
彼の記者会見映像は、馬鹿なマスコミの思い込みを離れて、当代一流の細胞生物学者の
この論文に関する見立てだ思って聞くと、小保方細胞が何かということを科学者が
如何に客観的に見ていたかということが分かって、これから先のこのSTAP現象研究の
発展にも参考になりそうなのね。キメラを若山さんがntESでつくってエイプリル
フールして、小保方さんを山梨に連れて行きたかったんだなんてことが分からなかった
責任なんて、誰が取れるっての。
136：在原業平：2018/09/04(火) 07:35:02: 笹井さんのSTAP現象に関する見立ては何度も繰り返し見て確認して置いた方がいいいよ。
学さんがおっしゃっているように笹井さんはライブセル・イメージングに関して
確信を持っている。この現象は何物かではあるんだと。それって若山さんが
見たものと同じだよ。
137：小野小町：2018/09/04(火) 07:38:50: そうね。笹井さんは2013年1月に笹井研で小保方さんがSTAP細胞の出来てくる過程を
ライブセルイメージング実験で初めて見たのね。笹井さんが記者会見で語っているのは
そのときの驚きだわよね。
若山さんが同じように驚いたのは2011年の10月以前の時点ね。
二人は同じものを見て同じように驚いた。
138：在原業平：2018/09/04(火) 07:41:29: 笹井さんは論文は仮説に戻ったと言った。
若山さんは2011年10月にキメラを作ってみた。そしてできなかった。
つまり彼もまた仮説に戻ったよね。
139：小野小町：2018/09/04(火) 07:45:48: 笹井さんや丹羽さんはキメラに関しては若山さんを信じているだけね。
若山さんは10月時点でキメラが出来なかったことを確認した。そこから先は
若山さんしか知らないことね。
記者会見で実験ノートを見なかったと騒いでいるマスコミのレベルって何なのかしら。
140：在原業平：2018/09/04(火) 07:48:38: 行く河の流れは絶えずして、しかも、もとの水にあらず。よどみに浮かぶ
うたかたは、かつ消え、かつ結びて、久しくとどまりたるためしなし。

人々は徐々に分かってくるのさ。マスコミはよどみに浮かぶうたかただよ。
141：小野小町：2018/09/04(火) 07:49:54: うたかたも河の一部なのね。
142：ヘーゲル：2018/09/04(火) 07:54:19: 本題頼むぜ。
143：カール・ヤスパース：2018/09/04(火) 07:56:21: 本題、何でしたっけ?
144：デラ・ストリート：2018/09/04(火) 07:57:14: 光る胎盤という発見は誰のものなのか。
145：小野小町：2018/09/04(火) 08:41:51: 取り敢えずデータベースね。
>>
Tru-Seq
⑦SRR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
⑧SRR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
ChIP-Seq
⑦SRR1171567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
⑧SRR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
⑨SRR1171569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
146：ペリー・メイスン：2018/09/04(火) 08:51:18: ⑦⑧のGOFが大問題なんだよな。デラ、桂報告ストライドではどうなってたっけ?
147：デラ・ストリート：2018/09/04(火) 09:00:08: >>
2.FI幹細胞のRNA-Seqデータは二種類の細胞種を持ったサンプルに由来する。

表は、
①2012年8月　　　　129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFP
②2013年1月 129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFP
③2013年1月(最終) B6 Oct4-GFP+α
148：ペリー・メイスン：2018/09/04(火) 09:02:29: 表は、
①2012年8月 129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFP
②2013年1月 129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFP
③2013年1月(最終) B6 Oct4-GFP+α
だね。
149：シャーロック・ホームズ：2018/09/04(火) 09:08:12: ㉞1月に二回提出があるんだ。最終の分は6月の間違いでは無いのだな。
>>
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。(16P)
150：ドクター・ワトソン：2018/09/04(火) 09:13:04: ここは重大なところなんだがな。1月に二回あっての最終なのか、6月で最終なのか。
因みにTSに関して表は
①2012年8月 129B6F1 CAG-GFP
②2013年1月 -
③2013年1月(最終) CD1系統
となっている。
151：小野小町：2018/09/04(火) 09:15:07: 今論じているのはRNA-seq の話ね。ChIP-Seq分は関係ない。
>>
Tru-Seq
⑦SRR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
⑧SRR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
152：在原業平：2018/09/04(火) 09:19:37: その分が

③2013年1月(最終) B6 Oct4-GFP+α

だということね。これらは差し替え前はChIP-Seq分と同様に129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFPで
あったという経緯を示している。しかも二度目も129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFPを提出したが、
それでもだめで3度目にB6 Oct4-GFP+αを提出した。
153：ドクター・ワトソン：2018/09/04(火) 09:21:16: このあたりは査読のリヴァイズ要請のあるところなんで、1月なのか6月なのかは
かなり重大な情報なんだがな。
154：一言居士：2018/09/04(火) 09:23:23: このあたりは和モガさんでもOoboeさんでもいいんだけど、理研に6月の間違いなのか
それとも1月の最終ということでいいのか、問い合わせ願いたいよね。
155：閲覧者：2018/09/04(火) 09:28:40: いろんな可能性のあるところだからね。ただ、8月にはGRASに提出されていた
FI-SCは129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFPであった。また、TSは若山さんの作った
「僕のマウス」TSであったことは明らかになってるね。そして1月の最終なのか
6月の最終なのかは分からないが、TSはどちらかで丹羽さんのCD1に差し替えられた。
156：一言居士：2018/09/04(火) 09:32:25: そうだ。そしてFI幹細胞に関しては桂報告書本文の<FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3)>の
1,2,3をスライドの図と対応させると1月(最終)は6月(最終)の間違いだと判断可能だね。
157：閲覧者：2018/09/04(火) 09:34:10: あるいは本文側が間違いの可能性も残るね。やはり確認が必要だ。
158：しゃーロック・ホームズ：2018/09/04(火) 09:41:43: 最終的にGOFベースになった理由はいろいろと考えられるが、系統樹の説明と
上手く整合しなかったからだよね。8月の解析では系統樹を作るなんて計画が
あったかどうか分からないね。若山さんは自分が指導するつもりなんだろうからね。
小保方さん、もしくは笹井さんがレター論文の解釈を書いたんで、それに合うものが
必要だった。無論、適当に混ぜ合わしてできるものとして、そんなことをしたら捏造だね。
彼らは一度同じような129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFPをFI-SC2として再検査してもらって、
それでもだめだったから別のものを出した。それがGOFのFI-SCのFI-SC3だったと
考えるのが順序だろうね。
159：ドクター・ワトソン：2018/09/04(火) 09:47:13: しかし、桂報告はあたかも、系統樹と整合しないからGOFのFI-SCを小保方さんが
作ったかのような説明だね。
>>
4.未登録RNA-Seqデータで用いられていた細胞株/マウス系統が論文とは異なり、
　これらを用いるとLetter Fig.2iの系統樹は再現できない
160：一言居士：2018/09/04(火) 09:49:32: 桂報告書の本文でも書かれているようにGOFのFI-SCを作った記憶はないという
容疑者の一人である若山さんの記憶を鵜呑みにしている。
161：閲覧者：2018/09/04(火) 09:52:15: 論文にはGOFマウスからFI-SCが作られたと書かれていて、若山さんはその論文を
2013年8月に責任著者を降りたいと言った時に見てるよね。自分で分からないと言ったんだから
読んでる。OCT4が光ってる写真を見てないのか。
162：一言居士：2018/09/04(火) 09:53:52: そのときにはGOFでは作ってないよと言わなかったんだろう。言ってたら笹井さんが
放置するわけがない。何をいまさら調査が入ってから作ってないだよ。
163：ドクター・ワトソン：2018/09/04(火) 09:59:43: 小保方さんの捏造だとすると可能性として考えられるのは
①ライブセルイメージングで作ったGOFのSTAP細胞をFI-SCだと称して提出した。
②学生のGOFESをFI-SCだと称して提出した。
③CD1であるかどうかもはっきりしない言い方だが、仮にそうだとして丹羽さんのTSを少し混ぜた。
164：名無しさん：2018/09/04(火) 10:05:09: GOFなら笹井研でもできる（ライブセル・イメージングでもGOF使用）し
彼女もFI-SCは自分でも作製してる（報告書P.14）から誰も疑問に思わなかったのでは？
165：小野小町：2018/09/04(火) 10:15:45: Ts.Markerさんの解析結果よ。
>>
565　〇　〇　〇　×　×　×　Tru-Seq　GOF+CD1
568　△　△　〇　〇　〇　〇　ChIP-Seq　Acr-CAG　
567　△　△　△　△　△　△　ChIP-Seq　Acr-CAG　やっぱりね
568　〇　〇　〇　〇　〇　〇　ChIP-Seq　Acr-CAG　やっぱりね
569　△　△　△　△　△　△　ChIP-Seq　Acr-CAG　やっぱりね
166：鉄：2018/09/04(火) 10:17:08: >>164

別スレで書けと言ってるだろう。間抜け。つまみ食いするな。馬鹿が。
167：小野小町：2018/09/04(火) 10:19:51: もう一度データベースね。
>>
Tru-Seq
⑦SRR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
⑧SRR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
ChIP-Seq
⑦SRR1171567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
⑧SRR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
⑨SRR1171569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
168：小野小町：2018/09/04(火) 10:20:53: 馬鹿が来たからもう一度遺伝子解析データね。
>>
565　〇　〇　〇　×　×　×　Tru-Seq　GOF+CD1
568　△　△　〇　〇　〇　〇　ChIP-Seq　Acr-CAG　
567　△　△　△　△　△　△　ChIP-Seq　Acr-CAG　やっぱりね
568　〇　〇　〇　〇　〇　〇　ChIP-Seq　Acr-CAG　やっぱりね
569　△　△　△　△　△　△　ChIP-Seq　Acr-CAG　やっぱりね
169：小野小町：2018/09/04(火) 10:24:16: Oct4　Nanog　Sox2　Cdx2　Eomes　Itga7の並びね。前三つはPluripotency marker genes、
後ろ三つはTrophoblast marker genesで胎盤が光るかも知れないシグナルね。
170：一言居士：2018/09/04(火) 10:31:26: 二つの問題があってGOFとアクロシンだね。後者は「やっぱりね」で指摘されているように
胎盤貢献能力が示唆されているんだね。でもそれはアクロシン入りで、「僕のマウス」では
ないということ。前者は考えられる可能性がかなり多い。
171：デラ・ストリート：2018/09/04(火) 10:35:41: マーカーというのは所詮マーカーだともいえるんで、胎盤は論文では本当に光っていて
マーカーの問題とは別ね。だけど、Ts.Marker さんたちはSox21も調べているわよね。
そちらはどうなっているの?
172：孤舟：2018/09/04(火) 10:52:58: 阿久悠から電話だ。
173：小野小町：2018/09/04(火) 11:01:43: あら、STAPのSoc21は調べているんだけど、FI-SCのがどこかにあったわよね。
ま、いっかあ。んじゃ、休憩だわ。

youtube.com/watch?v=yvfAGJqSvUI
ヴァルヒャの使ってるのはアンマー・チェンバロと呼ばれるモダン・チェンバロね。
バッハの時代にはなかったものね。
174：ふむ：2018/09/04(火) 11:02:25: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
👩　👦　👧　🙍　🙋　🙅　👮　👪　👫　🙇　🙈　🙊　🐰　😸　🐜　💪　👍　👎　
👉　👊　👋　🙏　🙌　👏　👣　👅　💋　🐦　👻　⛅　💩　🌠　💚　💜　💙　💏　
💞　💓　💖　💕　🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　🎥　🎶　🎵　🎧　🔊　📞　🔫　🚓　🍸　
☕　🍰　🍶　🍻　📡　🔑　🌈　📖　🆖　⏫　⏬　❎　🆘　🅿　🆗　⏪　🔙　🔜　
💸　💐　🚨　📠　🏣　🏢　🚢　🏦　🏭　⛵　🚇　⚾　⚽　🏈　🎿　🎆　🍀　🏊
♨　🎲　🎌　🎳　🎢　🌁　🌟　💢　📹　📺　📱　💻　📷　💊　⏰　⌛　🗻　🗾　
🗽　☔　🍓　🍌　🌛　🍒　🍮　🌀　🔓　🔥　🔰　🎴　✨　💦　❄　💨　🎐　💉　🍷　
❗　💡　🚧　🎏　🕖　🕚　⛔　🌃　🔔　🔎
☀　✈　✂　✒　✌　♠　☺　㊙　🈴　㊗　🈶　🈚　▶　▶　↩
175：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2018/09/04(火) 22:12:24: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
176：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/09/05(水) 06:10:05: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
👩　👦　👧　🙍　🙋　🙅　👮　👪　👫　🙇　🙈　🙊　🐰　😸　🐜　💪　👍　👎　
👉　👊　👋　🙏　🙌　👏　👣　👅　💋　🐦　👻　⛅　💩　🌠　💚　💜　💙　💏　
💞　💓　💖　💕　🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　🎥　🎶　🎵　🎧　🔊　📞　🔫　🚓　🍸　
☕　🍰　🍶　🍻　📡　🔑　🌈　📖　🆖　⏫　⏬　❎　🆘　🅿　🆗　⏪　🔙　🔜　
💸　💐　🚨　📠　🏣　🏢　🚢　🏦　🏭　⛵　🚇　⚾　⚽　🏈　🎿　🎆　🍀　🏊
♨　🎲　🎌　🎳　🎢　🌁　🌟　💢　📹　📺　📱　💻　📷　💊　⏰　⌛　🗻　🗾　
🗽　☔　🍓　🍌　🌛　🍒　🍮　🌀　🔓　🔥　🔰　🎴　✨　💦　❄　💨　🎐　💉　🍷　
❗　💡　🚧　🎏　🕖　🕚　⛔　🌃　🔔　🔎
☀　✈　✂　✒　✌　♠　☺　㊙　🈴　㊗　🈶　🈚　▶　▶　↩
177：在原業平：2018/09/05(水) 06:15:05: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
178：小野小町：2018/09/05(水) 06:45:39: お気に入りは学さんが昨日Ts.Markerツイッターの論文を紹介されてたのに
消されちゃってるわね。ちゃんと読んでおけばよかったわね。
179：在原業平：2018/09/05(水) 06:47:52: 学さんはときどきあれをやるからなあ。ざっとしか見てなかったんでがっかりだな。
まあ、いずれ自分で読むからいいや。今は無理だけどね。
180：小野小町：2018/09/05(水) 06:59:20: ガンバレの西岡さんはHSPの紹介ね。STAP現象のメカニズムになにかこういうものに似た
蛋白質機能が関与しているかも知れないということね。
根本さんは若山さんの実験ノート開示問題ね。
181：在原業平：2018/09/05(水) 07:04:51: 小保方さんの実験ノートの一部は一つはテラトーマの疑義に答える形で
弁護士の手によって部分公表されている。若山さんも証言していることの裏付けとして
その程度は公表しないとバランスが取れないね。
もう一つはNHKに全コピーが流出していて、一部が放映されている。違法流出、違法放映、
しかも恣意的に使用している虚偽報道だ。
182：小野小町：2018/09/05(水) 07:10:18: これって、本当は理研の責任なのよね。小保方さんに実験ノートを提出させて
おきながら、内容の守秘ができなかったことが明確で、しかも、みなし公務員が
調査書類である公文書をNHKに流出させた刑法罪を犯していることを分かっているのに、
放置している。犯人を捕まえないといけないわよね。
183：ペリー・メイスン：2018/09/05(水) 07:13:48: それは桃子に流出させたいくつかの資料とともに、STAP事件の中でもっとも明確な
刑事犯罪を構成している行為だな。
184：小野小町：2018/09/05(水) 07:20:15: 犯人誰なのかしらね。
185：鉄：2018/09/05(水) 07:21:06: 手を挙げて、横断歩道を渡りましょう。
186：ふふふ：2018/09/05(水) 07:22:18: 僕のマウスじゃない。
187：歌舞伎町：2018/09/05(水) 07:24:00: ラブオンザビーチ
188：ヘーゲル：2018/09/05(水) 07:27:53: 本題頼むぜ。
189：カール・ヤスパース：2018/09/05(水) 07:29:00: 本題、何でしたっけ?
190：デラ・ストリート：2018/09/05(水) 07:32:19: Trophoblast marker genes発現とは何か。
191：小野小町：2018/09/05(水) 07:36:48: Trophoblast marker genesを発現する細胞は?
192：ドクター・ワトソン：2018/09/05(水) 07:38:25: ①自然発生胚
②クローン胚
③TS細胞
193：ドクター・ワトソン：2018/09/05(水) 07:40:05: もとい。
①自然発生胚
②クローン胚
③iPS細胞
④TS細胞
194：小野小町：2018/09/05(水) 07:41:07: Trophoblast marker genesを発現しない筈の細胞は?
195：ドクター・ワトソン：2018/09/05(水) 07:42:25: ①ES細胞
②ntES細胞
196：小野小町：2018/09/05(水) 07:43:24: 今回の論文でTrophoblast marker genesを発現するはずとされている細胞は?
197：ドクター・ワトソン：2018/09/05(水) 07:44:19: ①STAP細胞
②FI幹細胞。
198：小野小町：2018/09/05(水) 07:46:04: 今回の論文でTrophoblast marker genesを発現しないはずとされている細胞は?
199：ドクター・ワトソン：2018/09/05(水) 07:46:37: ①STAP幹細胞。
200：一言居士：2018/09/05(水) 08:01:16: ふむ、Ts.Markerさんの結果と比較したいんだけど一覧性を確保する工夫が必要だね。
201：デラ・ストリート：2018/09/05(水) 08:06:33: SRR1171556→556と表示するわよ。
Trophoblast marker genesの発現は〇×△よ。
未調査はムね。
それぞれ頭に表示するわよ。
202：デラ・ストリート：2018/09/05(水) 08:11:55: Tru-Seq
×①556　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム②557　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
×③558　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1　129/Sv
ム④559　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2　129/Sv
×⑤560　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv
ム⑥561　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv
×⑦565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
ム⑧566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
203：デラ・ストリート：2018/09/05(水) 08:20:38: ×⑨578　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム⑩579　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
×⑪580　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム⑫581　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
×⑬585　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
ム⑭586　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
〇⑮590　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1
ム⑯591　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1
204：デラ・ストリート：2018/09/05(水) 08:26:52: ChIP-Seq
ム①553　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
ム②554　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
ム③555　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
ム④562　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv
〇⑤563　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv
ム⑥564　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input　C57BL/6x129/Sv
△⑦567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
〇⑧568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
△⑨569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
205：デラ・ストリート：2018/09/05(水) 08:34:15: ム⑩582　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-CAGヘテロ
〇⑪583　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム⑫584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム⑬587　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
〇⑭588　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム⑮589　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム⑯592　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1
〇⑰593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1
ム⑱594　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 　CD1
206：ペリー・メイスン：2018/09/05(水) 08:35:25: 203はSMARTerが入ったね。やり直し。
207：再度：2018/09/05(水) 08:36:11: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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208：デラ・ストリート：2018/09/05(水) 08:37:47: Tru-Seq
×①556　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム②557　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
×③558　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1　129/Sv
ム④559　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2　129/Sv
×⑤560　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv
ム⑥561　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv
×⑦565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
ム⑧566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
209：デラ・ストリート：2018/09/05(水) 08:40:19: ×⑨580　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム⑩581　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
×⑪585　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
ム⑫586　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
〇⑬590　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1
ム⑭591　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1
210：デラ・ストリート：2018/09/05(水) 08:40:55: ChIP-Seq
ム①553　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
ム②554　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
ム③555　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
ム④562　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv
〇⑤563　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv
ム⑥564　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input　C57BL/6x129/Sv
△⑦567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
〇⑧568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
△⑨569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
211：デラ・ストリート：2018/09/05(水) 08:41:33: ム⑩582　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-CAGヘテロ
〇⑪583　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム⑫584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム⑬587　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
〇⑭588　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム⑮589　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
ム⑯592　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1
〇⑰593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1
ム⑱594　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 　CD1
212：デラ・ストリート：2018/09/05(水) 08:47:02: SMARTer-Seq
ム①570　若山　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv
ム②571　若山　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv
ム③572　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv
ム④573　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv
×⑤574　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv
ム⑥575　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv
ム⑦576　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv
ム⑧577　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv
×⑨578　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv
ム⑩579　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv
213：よっしゃ！：2018/09/05(水) 08:47:42: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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214：小野小町：2018/09/05(水) 08:54:52: Trophoblast marker genesを発現する細胞は
①自然発生胚
②クローン胚
③iPS細胞
④TS細胞
Trophoblast marker genesを発現しない筈の細胞は
①ES細胞
②ntES細胞
215：一言居士：2018/09/05(水) 09:03:34: Trophoblast marker genesを発現している細胞

Tru-Seq
〇⑬590　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1
ChIP-Seq
〇⑤563　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv
〇⑰593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1

ChIP-Seqの563はおかしいね。
216：閲覧者：2018/09/05(水) 09:08:07: Trophoblast marker genesを発現していない細胞

Tru-Seq
×⑤560　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv
SMARTer-Seq
×⑤574　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv

これはおかしくないね。
217：デラ・ストリート：2018/09/05(水) 09:10:16: RNA-Seqはむしろ理屈に整合的で、むしろChIP-Seqが変そうだわね。
218：小野小町：2018/09/05(水) 09:12:12: 今回の論文でTrophoblast marker genesを発現するはずとされている細胞は
①STAP細胞
②FI幹細胞
今回の論文でTrophoblast marker genesを発現しないはずとされている細胞は
①STAP幹細胞
219：一言居士：2018/09/05(水) 09:16:38: 今回の論文でTrophoblast marker genesを発現している細胞は

Tru-Seq
無し
ChIP-Seq
△⑦567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
〇⑧568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
△⑨569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
〇⑪583　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
〇⑭588　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
SMARTer-Seq
無し

588はおかしいよね。変なのはChip-Seqだ。
220：閲覧者：2018/09/05(水) 09:23:44: 今回の論文でTrophoblast marker genesを発現していない細胞は

Tru-Seq
×⑦565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
×⑨580　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
×⑪585　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
ChIP-Seq
無し
SMARTer-Seq
×⑨578　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv

どっちが正しいのかな?
221：在原業平：2018/09/05(水) 09:31:00: 1月と6月の提出のし直しはどうやら最初のChIP-Seqの結果が妙だったので
出来る限り正しくしようと問題ないサンプルを笹井さんと丹羽さんが
入れ替えただけかも知れないね。そのときにTSまで入れ替えたというのは
相当に変だったんじゃないかな。それで<浅い解析>と丹羽さんが小保方さんに
言ったのかも知れない。手記ではChIPはいいがRNA解析はいけないと若山さんが
言ったと証言されている。
222：孤舟：2018/09/05(水) 09:33:00: ちと所用。
223：小野小町：2018/09/05(水) 09:38:06: 私たちの〇×判断が間違ってるのかしらね。んじゃ、またね。

youtube.com/watch?v=mQR0DmyB3rk
イギリス組曲はハミングでないわね。はは。
224：イエイ：2018/09/05(水) 09:38:53: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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225：クムリナ：2018/09/05(水) 16:01:24: >>178
>お気に入りは学さんが昨日Ts.Markerツイッターの論文を紹介されてたのに
消されちゃってるわね。ちゃんと読んでおけばよかったわね。

学さんのさんのブログのコメントの2018/9/4(火) 午前 11:04 [ hidetarou ] さん
が論文のリンクを貼ってくれています。
226：名無しさん：2018/09/05(水) 23:45:30: 誰かさんへ
発現量という定量性ではなく、何万回やっても動かないものをある一定の方向に動かす定性。
細かい手法や条件は後でなんとでも。
227：名無しさん：2018/09/06(木) 00:14:26: アルイミオウジは相手にしなくて良いよ。
228：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2018/09/06(木) 03:37:14: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
229：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/09/06(木) 05:38:55: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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230：在原業平：2018/09/06(木) 05:40:27: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。ハミングしてるから。
231：小野小町：2018/09/06(木) 05:46:31: あら、そうだった。お気に入りはDORAさんが韓国資本による太陽光発電の日本の法整備の不備をついて
金をせしめて山林破壊して、北チョンに資金送金している実態を指弾しているわね。
早く糞金殺せばいいのにねえ。あんな奴いつもでも遊ばせとかないで麻原の後を追わせればいいんだわ。
最近ロシア艦隊が太平洋に出たわね。
232：在原業平：2018/09/06(木) 05:48:44: 今日は8時から虎の門に安倍さんがスカイプ登場するらしいね。