ペーパー一枚の報告に向けて、その2 - 1533184739

517：カール・ヤスパース：2018/08/11(土) 07:51:32: 本題、何でしたっけ?
518：デラ・ストリート：2018/08/11(土) 08:00:18: 大体分かったからサクサク行くわよ。目的地は<遺伝子発現パターン>の問題ね。
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和モガ
‏@wamoga
2016年3月20日
STAP幹細胞とES細胞は電子顕微鏡でみても酷似です。また、細胞の性質、培養方法も同じです。ES細胞とSTAP幹細胞は区別がつかないのです。
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2016年3月20日
STAP幹細胞が最初に出来たのは129B6F1マウスからです。告白本「あの日」によれば最初はOct4-B6マウスで作っていたが、途中からキメラが出来やすい129B6F1マウスに変えたとあります。そこでキメラが出来、残りの細胞でSTAP幹細胞が出来たと書かれています。
>>
2016年3月20日
偽装犯はこの最初のSTAP幹細胞をみているはずです。このSTAP幹細胞をみてES細胞と区別がつかなかったので混入偽装を思いついたのだと思います。この最初のSTAP幹細胞は何故か若山研が提出したMTA（移管書）には載っていません。
519：ペリー・メイスン：2018/08/11(土) 08:09:05: STAP細胞はES細胞よりやや小さいんだね。でもES細胞とSTAP幹細胞は区別がつかない。
STAP細胞が小さいという認識は最初のころは胞子様細胞は小さく存在していて
体細胞内で休眠しているという発想だった。博論草稿にあるよね。
>>
The in vitro behavior of cells in the spheres is likely to be very different from cells that reside in vivo. How these stem cells harbor in adult body and how they exert their potential

でも酸浴後は細胞質が痩せてくるという認識に変わった。でもそれを培養したらもとに戻ったのかな。我々のntES論はただの
ESなんだから大きさが同じなのは当然だけどな。
520：閲覧者：2018/08/11(土) 08:11:07: この箇所、明確に矛盾しているね。
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偽装犯はこの最初のSTAP幹細胞をみているはずです。このSTAP幹細胞をみてES細胞と区別がつかなかったので混入偽装を思いついたのだと思います。
521：一言居士：2018/08/11(土) 08:19:07: 最初の成功時幹細胞はテラトーマに注射されている。でも和モガさんは129/GFPESは
FLSのラベルにそう書いたものと言ってるね。FLSは翌年の実験で作製されているものだ。
時系列が合わない。従って、テラトーマからアクロシンが出たことの原因を作った犯人は
129/GFPESのラベルを書いた偽装犯とはまた別人だということになる。
522：閲覧者：2018/08/11(土) 08:23:04: <最初のSTAP幹細胞は何故か若山研が提出したMTA（移管書）には載っていません。>というところの
何故かは考えないといけないよね。なぜを放置したままじゃいけない。我々は無論、ntES論だから
この時の2Nの幹細胞がテラトーマに注射されてなくなったので、翌年FLBの実験がやり直され、
残っていた4Nの幹細胞がFLSになっと見ているけどね。
523：デラ・ストリート：2018/08/11(土) 08:28:22: 私たちの論はいいのよ。関心は<遺伝子発現パターン>の問題よ。こんな問題を抱えていて
和モガさんにntES論になれというのは無理よ。人間というのは皆そう思っている根拠を
持ってる。
>>
和モガ
‏@wamoga
2016年3月20日
MTAに書かれた最初のSTAP幹細胞は2011年11月25日樹立のGLというB6マウスから作られたものになっています。このMTAは「あの日」で、若山研がMTAなしに試料を持ち出したので、理研に「窃盗で訴える」と言われ、慌てて後出してきた自己申告のものだと書かれています。
524：ペリー・メイスン：2018/08/11(土) 08:41:15: ここはさんざん我々の検討したこところだね。理研ともあろう組織の総務が
MTA約定の手続きを忘れて、若山さんに勝手に試料を持ち出させたなんてことは
ありえません。特許申請する予定の試料ですからね。こういうのはちゃんと
マニュアル化されていて<総務の規定>としてルール化されていますから、
AIとロボットの時代になったらMTAの締結無しに若山さんが試料を持ち出そうとしたら
ロボットが車ごと戦車砲でブットバシテしまうでしょう。はは。
525：小野小町：2018/08/11(土) 08:47:52: 守秘の目的で所長許可の上でイレギュラー処理されたのね。だから2014/4/1に事後締結された。
事件になって守秘目的が不要になったからだわね。小保方さんの聞いた話は総務が本当のことを
言えないから話を作ってるのね。このMTAの再締結の時に戻って来た試料がありそうなのよね。
526：在原業平：2018/08/11(土) 08:50:16: 理研は理研で表沙汰にできない事情をたくさん抱えてるのはこれまでの理研不祥事の
歴史を調べたらわかる。
527：デラ・ストリート：2018/08/11(土) 08:53:06: 事件に直接関係ないことは取り敢えずいいから。
>>
和モガ
‏@wamoga
2016年3月20日
問題のFLS3は2012/1/31～2/2に樹立されたものです。
若山氏は2014年6月の会見でSTAP細胞用の129B6F1マウスは最初、自分が作っていたが、途中からテクニカルスタッフに変わってもらったと述べています。和モガ
‏
528：ペリー・メイスン：2018/08/11(土) 08:59:36: (全録)STAP細胞論文の共著者・若山照彦教授が会見(3/4) 7:20からだね。
529：デラ・ストリート：2018/08/11(土) 09:01:30: はい、次よ。
>>
和モガ
@wamoga
2016年3月20日
FLS3と129/GFP ESの近縁率は99.95％です。このため、FLS3が出来た直後、酷似のES細胞129/GFP ESを作っていたことになります。マウスのすり替えを行っていますから、次の偽装工作を着々と進めていることになります。
530：一言居士：2018/08/11(土) 09:17:53: あっ、しまったね。我々は間違えてたぞ。三つの細胞の相互関係は分かってたんだったな。
<FLS3>:<FES1>=100.00:99.33
<FLS3>:<129/GFPES>=100.00;99.95
<FES1>:<129/GFPES>=100.00:99.28
531：小野小町：2018/08/11(土) 09:19:52: どういうことになるの?
532：一言居士：2018/08/11(土) 09:24:33: 三者間の違いだから、違っている部分の重なり具合が確定しないから絶対的な
比較はできないけど、相対比較はできるよね。仮に10000個のSNPsだとして
<FLS3>と<FES1>の違いは67個だ。
<FLS3>と<129/GFPES>の違いは5個だ。
<FES1>と<129/GFPES>の違いは72個だ。
533：小野小町：2018/08/11(土) 09:40:39: なるほど。FLSと129/GFPESの距離が5でそれぞれからFES1への距離が67と72になる
三角形を想像したらいいのね。これだとまずFES1が大田さんの正直な受精卵ESだったとしても
説明がつくし、FLSは8ラインあってそれぞれSNPsに変化が起きてる可能性があるから、
山梨で若山さんが持っていた分のFLSだと言えるのね。そしてFLSと129/GFPESは
とても近いのでそんなに継代を隔ててないということは言えるのね。
534：閲覧者：2018/08/11(土) 09:46:44: えっとねえ、この比較は単独ではそれぞれの細胞の作られた相対的順序は証明しないぞ。
近似率だけだからね。ただFES1は昔作られていてFLSは最近だという別の情報があるだけだ。
もし入れ替えが無かったとして、FLSと129/GFPESはほとんど同じものとして置いて、どうして
こんなに離れているのかという問いを立てることはできるね。だって解凍してそれをFLSにしたんなら
少なくとも129/GFPESくらいには近くて当然だ。
535：小野小町：2018/08/11(土) 09:49:34: 凍結している時間って存在して無いも同じだから、大田ESが2005年の凍結で
FLSが2012年の凍結だから3年の開きがあるなんてことはないわよね。その錯覚は
ておいてということね。
536：小野小町：2018/08/11(土) 09:50:27: ておいて→さておいて
537：一言居士：2018/08/11(土) 10:00:35: >>
同じ細胞株で近縁率が100％にならないのはSNPに培養変異が起こるからです。

変だな。SNPsは培養変異ではないでしょ。長い進化の過程で起きた小さな
突然変異による差で、使われているマウスの個体差が基本じゃないのかな。
538：在原業平：2018/08/11(土) 10:05:03: この近縁率表はちょっと考えなおしだ。大本に戻ろう。桂報告のスライドだな。
まず比較されているSNPsはFES1とFES2のSNPsで違っているSNPsに限られている。
他のSNPsの比較は無い。だからFES1とFES2の近似率は0.00%だ。つまり100%違ってる。
当たり前だね。違っている奴だけの比較だ。
539：小野小町：2018/08/11(土) 10:15:08: いいわ。ここはFES1とFES2が本当に大田ESであったのか否かは問う必要はないのね。
そうだと言われている細胞という理解でいいのね。二つが違っている箇所だけの比較ね。
全比較も例のピンクと緑と青の塗分けグラフにあるわね。特に違ってるのは6番染色体と
12番染色体ね。だからこの比較はその部分だけを他の細胞と比較しているのよね。
12番だけについてはBCA報告にあって、今までさんざん討論されたところね。
540：在原業平：2018/08/11(土) 10:29:13: この近縁率というのはFES1とFES2の違っているSNPsに対して、他の細胞が
どちらにより近いかという分析をしているわけだね。結論はFES3、CTS1、
129/GFPESはFES2よりはFES1に圧倒的に近いということだけだな。唯一の例外は
ntES-G1,G2でこれはFES1に対して7割程度の近似で、裏返すとFES2に3割ほど
近似している。FES1とFES2の違っている部分のみの比較だから、これは二つの違いを
作り出している原因をこのntESが共有しているということを意味しているんだな。
541：小野小町：2018/08/11(土) 10:41:53: それ以上でも以下でもないわね。その意味でこの分析は結果評価も含めて正しいわね。
542：シャーロック・ホームズ：2018/08/11(土) 10:47:37: 和モガさんはその分析と結論の意図から離れたんだな。FES1とFES2の
どちらに近いかという問題意識を捨てて、近いものだけでどのくらい
近いかのわずかな差に着目した。
>>
和モガ
@wamoga
2016年3月20日
同じ細胞株で近縁率が100％にならないのはSNPに培養変異が起こるからです。FES1を培養し129/GFP ESとなり、さらに培養してFLS3になったのであれば、FLS3が129/GFP ESより近縁率が高いのは矛盾しています。割れたガラスの破片の一部が元に戻った話になります。
543：シャーロック・ホームズ：2018/08/11(土) 10:58:25: <SNPに培養変異が起こるから>という断定はどの論文にあるのかな。ただ、この
説明は桂さんが記者の質問でも言ってたな。

(全録)STAP細胞問題　理化学研究所の調査委員会が会見(1/2)1:14:14だ。変異が入ると
言ってる。
544：名無しさん：2018/08/11(土) 10:59:55: 青山繁晴みたいなイロモノから持ち上げられたって、ただの晒し者にしかならんわな。
545：Ooboe：2018/08/11(土) 11:37:01: パートナは
和モガさんに、プログ総集編に纏めて欲しいと
頼んだところ、すでにその積りだそうです。
今、取り込み中の事案処理が終わってから
だそうです。
546：小野小町：2018/08/11(土) 12:04:35: 取り敢えず、ランチ!

youtube.com/watch?v=2slOcM359iA
547：ふむ：2018/08/11(土) 12:05:22: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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548：Ooboe：2018/08/11(土) 12:35:19: パトナからの又聞きで
私の解釈が頓珍漢なら、ご免なさい、参考に

和モガさんは
順番を
FLSを樹立したあと、間もおかず
「129／GFP.ES」手書きラベル容器に株分け

そして
FLSを、FES1とラベルした容器にFLSを注入

この作業順と近縁率が整合すると

この作業に於いて2005作「FES1」本体は
一度も工作に使用されていない
2014年6月末に言葉として登場だけ
すなわち、FES1を口裏会わせに語らせただけ。

この作業は一番傍にいた方が内々に、、
先生はやっと2014年3月になって気が
付いた、、、
549：Ooboe：2018/08/11(土) 12:45:51: 2014年3月までは、一心同体の積りだったけれど一心同体ではなかった。
だが心ならずの一心同体にならざるを得なくなってしまった。
550：Ooboe：2018/08/11(土) 12:53:23: 一心同体と思い込み省くと、大盲点が前提に
なってしまう。とパートナの反省
551：Ooboe：2018/08/11(土) 15:03:39: すみません、今の段階では
暗示的表現になっていますが
したらばさん達と和モガさんの考察出発点に
於いて根本的な違いがあるようです。
端的には

*ずっと一心同体と捉えて考察省くか、一方で

*ある頃にか、、、一心同体では
なくなってしまって行ったと捉え考察していくか、、?

の違い、だと思います。
552：名無しさん：2018/08/11(土) 23:51:58: 胎盤が光った。この一点だわな。
553：名無しさん：2018/08/12(日) 00:18:23: letter論文の引用文献
*ttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2598811
「An assessment of the developmental potential of embryonic stem cells in the midgestation mouse embryo.」
Embryonic stem cells (ES) cells were injected into host blastocysts either in groups of 10-15 cells or as single cells in order to test their developmental potential in the developing embryo. The analysis of midgestation chimaeras, by electrophoretic separation of glucose phosphate isomerase (GPI) isozymes, showed that ES cells were capable of colonizing trophectoderm and primitive endoderm derivatives at a low frequency, as well as producing a high rate of chimaerism in tissues of the fetus and extraembryonic mesoderm.

細胞塊の状態の状態でインジェクションすることで、この論文の現象を再現していたということでしょうか？
554：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2018/08/12(日) 01:55:09: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
555： 地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/08/12(日) 06:02:39: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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👉　👊　👋　🙏　🙌　👏　👣　👅　💋　🐦　👻　⛅　💩　🌠　💚　💜　💙　💏　
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556：在原業平：2018/08/12(日) 06:05:22: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
557：小野小町：2018/08/12(日) 06:09:21: お気に入りは根本さんのところと学さんのところのコメント欄で桃子本の話題ね。
558：在原業平：2018/08/12(日) 06:17:09: 「小保方さんは何でもやってしまう人」の完全版かい?11次元の指摘は小島さんが
説明してるが追加取材して事実確認できたかな?完全版なんだろ。それとも井戸端会議の
拡大完全版という意味かい。はは。
そんなことよりDORAさんのあのマニアの程度がすごいな。春の祭典で26種だぜ。
閉口しちまうね。百田直樹もその道のマニアらしいけど、なんかいい勝負みたいな感じだね。
559：ヘーゲル：2018/08/12(日) 06:18:59: 本題頼むぜ。
560：カール・ヤスパース：2018/08/12(日) 06:20:18: 本題、何でしたっけ?
561：デラ・ストリート：2018/08/12(日) 06:25:27: 和モガさんのツイッターが面白いから今日もサクサク行きたいのね。
近縁率表はそのように解釈替えして使用可能かというところね。そもそも
培養時のSNPsの増加は科学的定説として認められているのかということに関して、
そう言うことがあるらしいと桂委員長が<私はそう思う>と記者会見で言ったという
ところまで昨日考えたのね。
562：在原業平：2018/08/12(日) 06:32:45: <私はそう思う>と科学者が言ったということはまだ定説になってないどころか、
今回いろいろ調べている過程で初めて気づいて和モガさんと同様に、培養
増殖分裂中にSNPが増えるということだろうと推測しているということだね。
科学的に確認証明がなされていないからそう思うと言っただけで、無論こういうことは
何度も実験を知り返してそういう法則を確認したら論文にして、皆が追試して
反論が出なければ、真実して認められて行って、そのうち教科書にも書かれるようになる
ということだね。その意味ではまだ真実ではないよ。だから、桂報告では
和モガさんが行ったような細かい近縁率を問題にしなかったんだ。目的はFLS3が
FES2よりFES1に近いことがはっきりしているという証明だけだ。
563：小野小町：2018/08/12(日) 06:37:19: ではあなたはこの増殖中の変異に関してどう思ってるの?
564：在原業平：2018/08/12(日) 06:57:02: 遺伝子の変異って細胞分裂の手順の中で起きるんでしょ。原因は紫外線、X線、温度、化学物質、等々らしいね。
一個もしくは数個の塩基が正常なものと違うのに置き換わる。
565：小野小町：2018/08/12(日) 06:57:55: ええっ、正常なものって何よ。何が基準なの。
566：在原業平：2018/08/12(日) 07:00:20: 基準は何でもいいのさ。相対的な問題だ。君の顔と僕の顔の違いなんだから
どっちが正常なのかなんてどうでもいい。君を基準にしたら君とは違う部分を
作る原因が僕のSNPsだ。
567：小野小町：2018/08/12(日) 07:01:22: マウスの例でお願いね。
568：在原業平：2018/08/12(日) 07:03:01: マウスは例えば猫とは違う。DNAの並びが違う。一塩基なんて問題じゃないくらい違う。
569：小野小町：2018/08/12(日) 07:04:14: そうね。猫と違うというのは分かるわ。ではマウスの中の亜種の違いは?
570：在原業平：2018/08/12(日) 07:08:47: マウスの中だけで比較すると大半のDNAは同じだ。でも例えば毛色が黒のマウスだとか
白のマウスだとかあるじゃないか。あれは変異でも大きな変異なのでSNPs原因ではない。
亜種を作る突然変異でもっと大きな塊の遺伝子の並びの違いだ。
571：小野小町：2018/08/12(日) 07:11:45: ふむ。大きな違いはいいわ。では桂報告でピンク、青、緑で区別されているような
グラフのSNPsって何なのよ。
572：在原業平：2018/08/12(日) 07:19:25: 具体的行こう。あれは129B6F1だよね。129/Svという近交系マウスと、B6という近交系マウスを
掛け合わせている。129/Svというのは毛色は白で目は赤い。アルビノペースだからね。対して
B6は毛色は黒で目も黒だ。で、さっきも言ったようにこれは大きな変異で亜種を形成している
遺伝子変異だ。でも、それ以外に小さな変異がある。我々はマウスの顔の違いなんて識別できない。
でも人の顔は目鼻たちは同じでもわずかな違いを識別する。そういう目に見えるところ
以外にもそれぞのマウスで個性があって、その原因をSNPsが作ってる。ただすべてのSNPsが
必ずしも表現型に出るわけではない。どうでもいいところにできるSNPsもあるのさ。
573：小野小町：2018/08/12(日) 07:22:50: なるほど。白人と黒人の違いとそれぞれの中の人々の顔の違いとあって、なべて言えば
全員違うんだけど、大きな違いだけ見ると白と黒だと。小さな違いを作るのがSNPsだと。
はい。で。
574：在原業平：2018/08/12(日) 07:23:39: 人間にはないけど、マウスにはクローンがある。
575：小野小町：2018/08/12(日) 07:24:29: ええっ、どういうこと。
576：在原業平：2018/08/12(日) 07:29:23: 人間は近親相姦はタブーだ。これは長い歴史の中で奇形を生むという経験から
文化となっている。子供の少ない高等動物ほどそうだ。でもマウスは多産で
そもそも近親交配する。奇形が出来たら死ねばいいというだけ。そこに科学的な
区的で実験動物として近交系マウスが作られ始めた。
577：小野小町：2018/08/12(日) 07:35:38: ヘラブナの産卵時みたいにおなかがすいたら自分の産んだ卵たちをバクバク食るなんて
ことがないだけマシなのね。
578：在原業平：2018/08/12(日) 07:41:27: マシだとマシでないとかいうことはない。子供が生まれるというのは自然現象で
天体の運動と同じで情は無い。情は産んだ側の親がどんだけ高等動物であるかという
ことによるのさ。ヘラブナは自分の産んだ子がかわいいなんて思ってない。自然の
摂理によって産んで、これも自然の摂理に従って腹が減ったからそれを食う。
小町ちゃん、そういう抒情詩をここに書きこまないでくれる?
579：小野小町：2018/08/12(日) 07:43:10: ふん、そんならあなたが叙事詩を書くといいわ。
580：在原業平：2018/08/12(日) 07:58:18: 近交系マウスというのは医療用の実験動物として20世代以上の兄妹交配を
続けたマウスだ。最初に雄と雌があって、それ以降は他のマウスはシャットアウトされていて、
産まれた子供同士が掛け合わされる。理論的に20世代以上続けると相同染色体上の対立遺伝子が
全部ホモに揃ってくる。そして無論他のマウスは入らないからSNPsの位置も固定してくる。
君と僕が結ばれて、その子供たちが君と僕の顔の中間みたいな顔になって、20世代兄妹交配を
させられていると全員同じ顔になってくる。ああ、おぞましい。
581：小野小町：2018/08/12(日) 08:00:38: 抒情詩書きなさんな。
582：在原業平：2018/08/12(日) 08:10:57: で、そういうマウスは世界の有名な研究所で最初作られて、そして日本にも
持ち込まれてくる。で研究三区的によっていろいろと亜種が作られていくのさ。
れでちゃんと世界基準で分類が行われている。それぞれの近交系マウスは最初の
匹の雌雄親マウスから作られていて、それ以降他の血は入らない。分かるでしょ。
二人の親の違いを作っていたSNPsは子供の相同染色体上にヘテロで存在している。
でもこれを20世代兄妹交配するとどちらかのホモになって固定されてる。これが
その近交系マウス独自のSNPsと呼ばれているものだ。
583：在原業平：2018/08/12(日) 08:16:05: ↓
で、そういうマウスは世界の有名な研究所で最初作られて、そして日本にも
持ち込まれてくる。研究目的によっていろいろと亜種が作られていくのさ。
それでちゃんと世界基準で分類が行われている。それぞれの近交系マウスは最初の
二匹の雌雄親マウスから作られていて、それ以降他の血は入らない。分かるでしょ。
二匹の親の違いを作っていたSNPsは子供の相同染色体上にヘテロで存在している。
でもこれを20世代兄妹交配するとどちらかのホモになって固定されてくる。これが
その近交系マウス独自のSNPsと呼ばれているものだ。
584：小野小町：2018/08/12(日) 08:18:13: 20世代を経過する間に新たにできたSNPsはどうなるの?
585：在原業平：2018/08/12(日) 08:30:59: これは培養中の変異ではないということは分かるでしょ。新たなSNPsは生殖細胞に
出来ているものだけだ。20世代経過した時に新たなSNPsが加わるチャンスは20回だけだと
分かるでしょ。その時に最初にあった親のSNPsはほぼすべてどちらかのホモになったとして
その間に加わったものはヘテロで残っている可能性がある。でも、そもそも新たに加わる
SNPsがとても少ないのと、同時に兄妹交配でホモに揃いきれない極わずかの違いのどちらが
割合として大きいかというと、後者だろうね。でも20世代経過時点の近交系マウスと
40世代経過させたマウスでは最初の親にあったSNPsのヘテロな残り具合は違ってくるけど
20世代の間に出来ていた新たなヘテロSNPは後の20世代でホモに揃ってくる。
すると新たに加わったSNPsがヘテロに残る割れ合いは一定率に固定されてくるだろうね。
でも300万個あるSNPsの中でそれらが影響する割合はとても低くて無視できるんだろうね。
だからこそSNPs分析が可能だとされているのだと思うよ。
586：小野小町：2018/08/12(日) 08:40:40: わかったわ。その129/Sv特有のSNPsとB6特有のSNPsのF1における分布を
表したのが例のグラフね。相同染色体のそれぞれの遺伝子配列をある程度の区間で
区切って、その中にそれぞれがSNPsの位置がよほど偏っていない限りは半々
あるのが当たり前なんだからそれが緑に色分けされているのね。全部緑に
なるのが当たり前なのね。
587：在原業平：2018/08/12(日) 08:51:14: F1なんだからね。染色体は親から一本ずつもらう。それぞれの区間のSNP位置は
厳密には均等ではないかもしれないが全体が数億ある塩基対の中に300万かな、
分布しているんだから区間ごとの数はほぼ同程度に分布していることが期待されるでしょ。
でもそうでない場所があるよね。青が勝つてる場所、ピンクが勝ってる場所とある。
これは親の双方にそのSNPsが共有されているということだ。なぜそういうことが起きるかは
129/SvとB6という別々に作られた近交系マウスの最初から両系統に共有されるSNPsがあったか、
それとも、業者から購入後の自家繁殖でコンタミが一度起きて、後の兄妹交配でそれが
固定されたかのどちらかだね。
588：小野小町：2018/08/12(日) 09:00:59: それは変だわ。だから私が最初に聞いたじゃないの。何が基準で変異なのだと。
まず大きな違いは除いてある。これは突然変異でSNPsじゃないのね。亜種を作る
要因なのね。SNPsは基本一か所の変異よね。あなた、変異は相対的と言ったじゃないの。
どちらもSNPsは基本ホモでそろっていて、突然変異の大きな違いは別として一個が
ちがうところがSNPsだと言った。片方を基準にして相手の違うところをSNPと定義したら
共有しているところなんてないはずだわよね。そして基準になってる方はSNPsは
無いことになる。それぞれの系統に特異的なSNPsというものがあるのなら、それは
基準になるマウスがあることになるわ。どうなのよ?
589：在原業平：2018/08/12(日) 09:05:10: >>
ある生物種集団のゲノム塩基配列中に一塩基が変異した多様性が見られ、その変異が集団内で1%以上の頻度で見られる時、これを一塩基多型（いちえんき・たけい、SNP : Single Nucleotide Polymorphism）と呼ぶ。

集団の多数が基準だ。
590：小野小町：2018/08/12(日) 09:06:40: 集団はマウスなの? 近交系マウスなの?
591：在原業平：2018/08/12(日) 09:10:01: この辺はど素人は基礎がないからなあ。僕は前者だと思う。
592：小野小町：2018/08/12(日) 09:15:25: ヒトゲノムを全部読んだというのは一人の人のゲノムを全部読んだということではなくて
相当数の人のゲノムを全部読んで99%共通したものだけを固定していったということね。
それと同じことがマウスで行われていて、その基準に対してそれぞれの近交系マウス
特異的なSNPsが決められているのね。そうであるなら各近交系マウスの特異的SNPsに
同じ場所があっても理屈的には何も変じゃないわね。
593：在原業平：2018/08/12(日) 09:19:49: 理屈はそうだけど、実際にはSNPs位置はそれぞれの系統で具体的にどこと
分かってるんだから、共通するところも分かっているということだよ。
でもそれにしてもあの桂報告に出ているような染色体の半分に及ぶような
大きな共通部分は無いのがあたりまえだからこそ、マウスのコンタミが
指摘されているわけでしょ。
594：小野小町：2018/08/12(日) 09:48:52: その原因としてさっき上げた二つがあるのね。その原因一つがジャクソン研究所での
昔のマウスコンタミ、もう一つが若山研でのコンタミね。でもこの問題って
その原因とは無関係なのよね。
595：在原業平：2018/08/12(日) 09:55:00: そうだね。このコンタミが有るという前提で、その変な共通部分がFLS3、FES1、
CTS1そして129/GFPESに共通しているというのが理研の検証結果で、理研が主張しているのは
これら4つがほぼ同じものだということだけで、何がもとになってどうされたということに関して
何も言ってない。ただし、レトリックによって、仄めかされているのがFES1の
置き忘れが元の細胞だということだね。STAP細胞はFES1であったと言ってるが、
どこにそれがあったかということは分からないと言ってる。それだけ。
596：小野小町：2018/08/12(日) 09:57:34: 警察とか裁判所の人たちが聞いたら笑い出しそうな話ね。彼らは4つの細胞が
ほぼ同じものだと証明しただけだわよね。STAP細胞は大田ESを含む既存細胞である
何て証明はどこにもないわね。大丈夫なのかしら、この人たちって。他の可能性に関して
一つも思い浮かばなかったのね。
597：鉄：2018/08/12(日) 09:58:49: 俺よりIQの低い奴って中学に一人しかいなかったんだけどな。俺の中学って
世界でも相当レベル高かったんだな。
598：ふふふ：2018/08/12(日) 10:01:07: お前の出た中学は明治天皇に泥棒の血筋は争えないなと言われた蜂須賀侯爵の出身地の
中学。物忘れ激しいな、お前。
599：鉄：2018/08/12(日) 10:05:34: 和モガさんのをもう一度貼っといてやろう。
>>
和モガ
‏@wamoga
2016年3月3日
調査委員会の調査で分かったのは「STAP細胞と酷似のES細胞がある」、これだけです。ES細胞が混入したという証拠はありません。それは調査委員会の単なる思い込みに過ぎません。それを事実認定するから紛糾し、現在、「STAP細胞事件」化しているのです。
600：小野小町：2018/08/12(日) 10:08:25: で、問題は培養で起きるSNPsの増加なのね。
601：在原業平：2018/08/12(日) 10:12:47: 兄妹交配の継続の中で起きるSNPs増加は問題にならないということはいいよね。
とても数が少ない。それに対してES細胞の培養増殖の際にどれだけ増えるのかという問題で、
ES細胞は分化を抑えられていて増殖だけしている。体細胞分裂している。
この時に自然の紫外線とか放射線とか、温度ストレス原因でどれだけ変異が
いるかという問題だったよね。
602：小野小町：2018/08/12(日) 10:18:41: 私はそもそもの前提からして疑いを持ってるわ。20世代だから20回のチャンスと
言ったけど、受精卵は分化増殖していくわね。その中でも最初に一つSNPができたら
次の二分割では二つとも同じSNPを持つわね。でも二つの状態で片方にSNPが出来たら
最終的には全体の半分にSNPが維持される。更に生殖細胞が作られるときにSNPが
有る方から作られたか無い方から作られたかも要素として考えないといけないわね。
603：在原業平：2018/08/12(日) 10:29:33: 変異というのは基本ほとんど起きないんだからね。そんなに簡単に起きてたら
生物は種を維持できないよ。体細胞分裂も減数分裂もとても正確に複写されて行くんだぜ。
それがまず前提だ。そしてその前提で一応SNP分析は可能であるとされていて、
現に分析に使われている。だから近交系マウスの特異的SNPsというのは概念として
成立していると考えていい。だからそちらはいいんだ。問題は培養時のSNPs発生だね。
こちらがマウスのジャームラインに反映している以上に増加するかというと、理屈上は
同一期間内を取ると発生と培養と変異要因に晒されている期間は同じだ。でも
発生は精子なり卵子に新たなSNPが入るか否かというところで、一度選別がある。
培養は混在したままだね。SNPの入ったものの増殖したものと元のままのものの増加したものと
混在している。そして分析するときはトータルで平均化される。多分後者の方が少し割合的には多そうだね。
でも問題はそこじゃないよな。
604：小野小町：2018/08/12(日) 10:31:26: 細胞は凍結されている間変異は入らないのね。
605：在原業平：2018/08/12(日) 10:37:52: >>
同じ細胞株で近縁率が100％にならないのはSNPに培養変異が起こるからです。

和モガさんの主張で培養中にあらたなSNPsができるというのは一応僕も同意する。
というのも他に原因が考えにくいからだ。でも近縁率が離れている原因は作られた
順番とは無関係だ。
606：小野小町：2018/08/12(日) 10:44:11: 基本は凍結されていない期間の長さに比例しているのね。
一つの細胞株が作られて凍結され、次にまた解凍されて、しばらくして
また凍結されたとして、最初の株より次の株の方がSNPsが多いのは
期間が追加されたからね。
でももともと二つの株があって、それぞれ凍結されるまでの期間が違っていたら
それだけですでにSNP増加数は違ってるのね。
607：在原業平：2018/08/12(日) 10:58:11: 我々はこういう風に考えたでしょ。
>>
FLSと129/GFPESの距離が5でそれぞれからFES1への距離が67と72になる
608：小野小町：2018/08/12(日) 11:02:33: もとはこれね。絶対数はないのね。絶対数があると増えたSNP数が決まるのね。
でもこれだと相対的な開きだけね。
>>
<FLS3>:<FES1>=100.00:99.33
<FLS3>:<129/GFPES>=100.00;99.95
<FES1>:<129/GFPES>=100.00:99.28
609：小野小町：2018/08/12(日) 11:03:53: >>
FLSと129/GFPESの距離が5でそれぞれからFES1への距離が67と72になる三角形

だね。
610：小野小町：2018/08/12(日) 11:13:24: あら私の名前で書き込まないでね。
私たちは小保方さんが若山さんから貰った株分けされたFLS(おぼFLS)を解凍し、
作業用として129/GFPESというラベルを貼り、またオボFLSは凍結したと考えているのね。
そしてFLSのいろんな実験の後に使わなくなって129/GFPESも凍結した。その間に
0.05%の新たなSNPsの増加が起きたと考えてるんでしょ。で、若山さんは山梨大で
自分の持っていたFLS(若山FLS)を解凍して大田ESであるFES1とラベルした。
で、その細胞はオボFLSとは0.67%も違っており、129/GFPESとは0.72%も違っていた。
これが小保方さんの細胞より多いのか少ないのかが絶対値が無いので決まらないのね。
611：在原業平：2018/08/12(日) 11:23:43: 若山さんが最初にFLSを作って凍結した。従ってこれが一番古い。次に小保方さんにその株分け分を
渡している。細胞増殖率表のFLSP40の1-8が木星リストにあるように小保方さんは作られてすぐのFLSを若山さんに
渡されているんだ。ただし、これはP40まで5月までかけて使われ続けていた分なんで、桂チームが分析したのはこれでなく、
その元になっているFLS 1-8 だ。そして小保方さんはその中の一つを他の分析用として129/GFPESとラベルしたはずだ。
我々のストーリーならね。ここは仮に若山嫁の分だったとしてもそんなに変わらない。問題は若山FLSの
方が離間率が高いよね。若山さんと小保方さんの間で培養期間の差が大きいということだ。でも、小保方さんの凍結は
樹立後すぐだね。つまり若山さんの方が長く培養していたということになるんだ。
612：小野小町：2018/08/12(日) 11:31:24: 若山さんはいつまでFLSを培養維持してたのかしら。
613：在原業平：2018/08/12(日) 11:33:34: 分からないよ。FLSからキメラを作った時はまだ維持しているよね。その後の実験が
よくわからないね。ラボの皆に手分けしていろんな細胞を渡していたようだからね。
614：小野小町：2018/08/12(日) 11:35:32: 小保方さんはいつまで129/GFPESを培養維持していたのかしら?
615：在原業平：2018/08/12(日) 11:43:40: 小保方さんはFLSからのテラトーマも作ってるからね。それから寺下さんは笹井研で
FLSから胚盤胞を作っている。分からないとしかいいようがないね。情報が少なすぎる。
616：小野小町：2018/08/12(日) 11:44:49: 仮に桂報告の立場に立って大田ESは2005年のものだとしたら?