でも、ESであったら絶対に無かったはずよね。で、小保方さんはアーティクルに
キメラの尻尾の検査の結果を書いてない。
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PCR bands from STAP cells were subjected to sequencing analysis and identified as rearranged genomic fragments of the (D)J recombination.
キメラの尻尾の確認は分からないけど、キメラを作った時の幹細胞とされている
FLSにTCR再構成が後から調べた限りでは無かったことは事実ね。
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(iii) We have established multiple STAP stem cell lines from STAP cells derived from CD45+ haematopoietic cells. Of eight clones examined, none contained the rearranged TCR allele, suggesting the possibility of negative cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin) for STAP cells to give rise to STAP stem cells in the conversion process. This may be relevant to the fact that STAP cell conversion was less efficient when non-neonatal cells were used as somatic cells of origin in the current protocol.
ちと、中断。サイエンス査読部分は以下だよね。
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The DNA analysis of the chimeric mice is the only piece of data that does not fit with the contamination theory. But the DNA fragments in the chimeras don’t look the same as those in the lymphocytes. This assay is not properly explained. If it is just an agarose gel then the small bands could be anything. Moreover this figure has been reconstructed. It is normal practice to insert thin white lines between lanes taken from different gels (lanes 3 and 6 are spliced in). Also I find the leading edge of the GL band suspiciously sharp in #2-#5.
<the DNA fragments in the chimeras don’t look the same as those in the lymphocytes. >ということは
何らかのゲル写真があったということなのかな。血球の分は今アーティクルに
ってるような奴だよな。同じ画像にキメラの尻尾の分が並べられていたのか?
小保方さんは12/11ヴァージョンにそのままキメラの尻尾もつけてたのね。
でも先生たちにそれじゃ証明にはならないと言われて外したのね。でも
キメラも調べたという意味合いで言葉は残しておいたということね。実際には
あったのよね。小保方さんがESコンタミしてたら無いと知ってる筈よね。
でも2Nで調べてあったから喜んで使ってたら、サイエンスでThe DNA fragments
in the chimeras don’t look the same as those in the lymphocytes.と指摘され、
笹井さんや、丹羽さんにもリシピエントの血球のTCR再構成をひろったんじゃないのと
言われて、写真は削除したのね。
まあ、捏造するならそんな試料はどこからでも取って来れるわね。まさに、査読者みたいに
The DNA fragments in the chimeras don’t look the same as those in the lymphocytes.
と意地悪く疑うことはできるのね。丹羽さん達は信じているから捏造は疑って無くて、ただ2Nじゃ
証明にならないでしょとアドヴァイスしただけね。
ではどうして若山さんはアドヴァイスしなかったのかしら。
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プロトコル公開されました．
論文と矛盾する点が多いので，苦し紛れに見えます．
ゲノム再構成についてはこの部分でちゃんと述べています．
(iii) We have established multiple STAP stem cell lines from STAP cells derived from CD45+ haematopoietic cells. Of eight clones examined, none contained the rearranged TCR allele, suggesting the possibility of negative cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin) for STAP cells to give rise to STAP stem cells in the conversion process. This may be relevant to the fact that STAP cell conversion was less efficient when non-neonatal cells were used as somatic cells of origin in the current protocol.
８つのサンプルのうちゲノム再構成がみられたものはなかった，だそうです．
これは私が提出した資料を見た可能性があります．そうだとすればこの数日のうちに書いたものでしょう．
だとすれば分化した細胞から作成されたという証拠はなくなるし，論文の図も誤っていることになります．数枚の図の訂正ではすまない「修正」が必要になるでしょうね．
次の日記で書こうと思っていましたが元々CD45はここで述べられているようにT細胞のマーカーではなく血球系の広い細胞のマーカーです．論文中でT細胞だと書いた部分は全て間違っており，ゲノム再構成についての記述も全て削除しなければならないでしょう．
最初はCD45+で細胞を選択した理由は単なる無知か，わざと（幹細胞を含む）雑多な細胞を混ぜるためだと思っていました．その中にSTAPとなりうる細胞が含まれているかもしれないからと．しかし恐らくそうではありません．他の研究者が理解しづらくするための煙幕だと，今は思っています．
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kaho
相澤報告に戻るのね。ペンディングされている問題だわよね。
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411： デラ・ストリート ：2018/06/26(火) 17:18:32
続きを読んだら。
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(1) Preliminary FACS analysis of low pH-treated, Oct-GFP transgenic spleen cells suggested that the frequency of green fluorescent cells was very low and that the majority of surviving cells were CD45-positive after one week in culture under the conditions used in the present study. In the previous study, CD45+ cells were rare and a significant number of green fluorescent cells were observed (Figure 1c in Obokata et al., 2014a).
<元々CD45はここで述べられているようにT細胞のマーカーではなく>って、誰も
そんなこと言ってないわよね。アーティクルもちゃんと読んでないのよね。
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The emergence of Oct4-GFP+ cells at the expense of CD45+ cells was also observed by flow cytometry (Fig. 1c, top, and Extended Data Fig. 1b, c). We next fractionated CD45+ cells into populations positive and negative for CD90 (T cells), CD19 (B cells) and CD34 (haematopoietic progenitors), and subjected them to low-pH treatment. Cells of these fractions, including T and B cells, generated Oct4-GFP+ cells at an efficacy comparable to unfractionated CD45+ cells (25–50% of surviving cells on day 7), except for CD34+ haematopoietic progenitors, which rarely produced Oct4-GFP+ cells (<2%; Extended Data Fig. 1d).
