STAP問題の全解に向けて、その26 - 1529441250

1：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/06/20(水) 05:47:30: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
👩　👦　👧　🙍　🙋　🙅　👮　👪　👫　🙇　🙈　🙊　🐰　😸　🐜　💪　👍　👎　
👉　👊　👋　🙏　🙌　👏　👣　👅　💋　🐦　👻　⛅　💩　🌠　💚　💜　💙　💏　
💞　💓　💖　💕　🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　🎥　🎶　🎵　🎧　🔊　📞　🔫　🚓　🍸　
☕　🍰　🍶　🍻　📡　🔑　🌈　📖　🆖　⏫　⏬　❎　🆘　🅿　🆗　⏪　🔙　🔜　
💸　💐　🚨　📠　🏣　🏢　🚢　🏦　🏭　⛵　🚇　⚾　⚽　🏈　🎿　🎆　🍀　🏊
♨　🎲　🎌　🎳　🎢　🌁　🌟　💢　📹　📺　📱　💻　📷　💊　⏰　⌛　🗻　🗾　
🗽　☔　🍓　🍌　🌛　🍒　🍮　🌀　🔓　🔥　🔰　🎴　✨　💦　❄　💨　🎐　💉　🍷　
❗　💡　🚧　🎏　🕖　🕚　⛔　🌃　🔔　🔎
☀　✈　✂　✒　✌　♠　☺　㊙　🈴　㊗　🈶　🈚　▶　▶　↩
916：在原業平：2018/07/05(木) 07:27:48: サンプルのばらつきの両端にいる少数のうちの下流はバカなんで他国の工作を
受けやすかったということだな。この2.5%はどんな時代、どんな世代にもいて
たまたま時代が人畜無害にしているだけだということも知っとかないとな。
917：小野小町：2018/07/05(木) 07:29:01: オーム真理教の構成員は団塊の世代では無かったわね。どんな世代にも馬鹿がいるから
ちゃんと見張ってないとね。
918：一言居士：2018/07/05(木) 07:35:52: 君たちは団塊の世代だったのか。僕は君たちよりはずっと若いからなあ。
勉強嫌いだったんで会社を起こしたんだ。親も裕福で何不自由なかったからなあ。
勉強なんてする奴は貧乏人だと思ってたんで、小保方さんみたいな目に合わなくて
よかったぜ。
919：閲覧者：2018/07/05(木) 07:37:47: 君は事業成功したからそんななんで、失敗してたらオーム真理教に入信してたりして。
920：一言居士：2018/07/05(木) 07:41:31: 僕が事業失敗して損する額なんて親の資産の1%にもならないんだからそんな
心配なんかしたこともないよ。ほんと貧乏人って考えがせせこましいんだねえ。
そんなに人間がせせこましいと成功する事業も失敗しちまうぜ。事業は
成功するようになってんだよ。松下幸之助さんがそういってるんだから間違いない。
921：閲覧者：2018/07/05(木) 07:44:48: 彼の時代は焼け野原の国富ゼロの時代から右肩上がりに生産力をつけていく時代だから
言ってることが正しいんで、今から１００年先に向かってその考えが正しいなんて
保証はないね。今、焼け野原はない。あって欲しい?
922：閲覧者：2018/07/05(木) 07:46:29: 彼の時代は焼け野原の国富ゼロの時代から右肩上がりに生産力をつけていく時代だから
言ってることが正しいんで、今から１００年先に向かってその考えが正しいなんて
保証はないね。今、焼け野原はない。あって欲しい?
923：小野小町：2018/07/05(木) 07:47:12: 時代は変わっていくのね。経済学も書き換えられていく。
924：在原業平：2018/07/05(木) 07:49:11: 上流の2.5%は時代を作らないといけないぜ。偏差の外に生まれついた人の使命だ。
925：小野小町：2018/07/05(木) 07:49:51: バカンとポッポが張り切ってるわ。
926：孤舟：2018/07/05(木) 07:51:02: トンチンカンなやつだ。
927：開高健：2018/07/05(木) 07:53:53: 一隅を照らす者国の宝でしょ。国の宝にならなくちゃ。国のお荷物になっちゃだめよん。
ゴミは目立つからな。国の印象を悪化させる。
928：ヘーゲル：2018/07/05(木) 07:56:31: 本題頼むぜ。
929：カール・ヤスパース：2018/07/05(木) 07:57:30: 本題、何でしたっけ?
930：デラ・ストリート：2018/07/05(木) 08:00:41: Figure2-bの多能性マーカー発現はESなみであるが、これは何だということよ。
931：小野小町：2018/07/05(木) 08:04:55: Figure2-aの多能性マーカーも同じね。これは何かと。GFPの蛍光に関しては
個々の細胞レベルまで蛍光していて、これは再現実験の予備実験と言われている
Ooboeさん達の写真で実在が証明されているのね。ただ、多能性マーカーはこの論文にある
発現が実証されてない。
932：在原業平：2018/07/05(木) 08:09:10: いや、そこの検討は、丹羽、相沢報告と小保方さんのHPの検討を行ってからの
結論になる。その前にこのFigure2-a、Figure2-bの次にあるFigure2-cの
メチル化実験が捏造とされていて、裏に若山さんの圧力があるとされていることが
他のデータにどんな影響を及ぼしているかがはっきりしてないという問題がある。
933：小野小町：2018/07/05(木) 10:17:19: ややこしいわね。でもやはりその前にFigure2-aよ。四つ並んだスフィア塊はDAPI染色
画像があって縦に同じものだと証明されている。そして一番下のOct4-GFPの蛍光画像は
存在しうることが゜再現予備実験画像で証明されている。Oct4-GFP画像が、ESでなければ
一番上の横列の多能性マーカー遺伝手の染色画像は本物だということになるんでしょ。
934：一言居士：2018/07/05(木) 10:19:09: なるほどね。逆にこれが捏造写真だとしたら、まず一応疑わねばならないのは学生の
コントロールntESだね。これでこの写真を作ることはできるね。
935：閲覧者：2018/07/05(木) 10:21:25: 捏造ならそんなに几帳面なことしなくてもいいんで、GFPはCAG-GFPでもいいね。
Oct4-GFPだと書いて置けばいいだけの話だ。
936：在原業平：2018/07/05(木) 10:25:36: ESによる捏造であるなら小保方さんはどちらも持ってるという前提になってるけどね。
ただ、大田ESを持っていたという証明はない。129/GFPですらFLSだと答えている形なんで
若山さんの入れ替えなんてことを考えない小保方犯人説でも、大田ESを持っていたという
証明は出来ていない。
937：一言居士：2018/07/05(木) 10:31:59: そうかな。その場合はFLS=129/GFP=FES1によってESコンタミが証明されていて、
①犯人は小保方さん
②犯人は小保方さん以外の人
ということになるんだけど、ESコンタミと証明されているという前提では
当然Figure2-aもESだということになって、①だと演繹されるんでしょ。
ESコンタミの場合は必ず犯人は小保方さんになるのよ。桂報告は
論理すら間違っている。
938：小野小町：2018/07/05(木) 10:35:00: 私たちは今Figure2-aはESではないと考えているのよね。そして最下段のGFP蛍光は
存在が再現証明されているから、では最上段の多能性マーカー遺伝子の染色はどうなのかと
検討しているのね。そのときに丹羽さんはこのような細胞は作れていないわね。
939：在原業平：2018/07/05(木) 10:42:08: Oct4遺伝子はひとつぶずつたくさん発色しているね。SSEA1もNanogもE-cadherinも
すべてそうだね。良く発色している。我々が今疑義している未知のアーティファクト
だったとしても、このFigure2-aとFigure2-bは説明可能でなければならない。本物なら
もちろんのことね。
940：小野小町：2018/07/05(木) 10:56:11: 相澤さんと丹羽さんはGapdh値の低いものは取り除いているのよね。これって
小保方さんが行った実験の再現にはなってないわね。
>>
定量 PCR 解析においては、生細胞を判定する Gapdh（glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase）の発現が不安定で、サンプル調製に要する時間の影響も想定された。
941：在原業平：2018/07/05(木) 11:01:28: 彼らは特許申請されているキメラのできるSTAP細胞の存否を追及している。
小保方さんの論文図表が作られた時の条件を検討しているのではない。ここで
Gapdh値にこだわらず、しかもできたと同時に小保方さんの居た場所で分析していたら
たぶんFigure2-aの写真は撮れただろうね。かれらはGapdhを基準に大半を
捨ててるからね。これは小保方さんの行わなかったことだ。
942：小野小町：2018/07/05(木) 11:02:51: あら、Figure2-bの方もじゃないの?
943：在原業平：2018/07/05(木) 11:07:53: 丹羽さんはハウスキーピング遺伝子をGapdhからGnb2l1に変えた。こんなことも小保方さんの
行わなかったことだ。この時のスフィア塊毎のGapdh比較データはHPにあるのが
正しいんだ。我々がアーティクル論文の真否を検討するときはこちらと比較しないといけない。
944：ドクター・ワトソン：2018/07/05(木) 11:28:11: HPのPCR解析結果は一番右側のGFP陽性のES細胞の１サンプルが基準値とされている。
Gapdhの発現量に対して一定割合の発現量を１に換算しているという意味だ。
で、その左隣のESはGFPが入っていないESだ。これは入っている方と比較して
GFP遺伝子発現がゼロだというコントロールとしておかれている１サンプルなんだけど
同時にESとしては同じものであってもサンプルが違うと他の多能性マーカー遺伝子の発現が
基準値の1からずれているということの証明にもなってる。こういうのを統計処理するのが
あのエラーバーのついているグラフソフトだね。この場合はそれぞれ一つのサンプルしか
分析していないのさ。
945：シャーロック・ホームズ：2018/07/05(木) 11:38:11: 二つのESの多能性マーカーの発現量の違いはハウスキーピング遺伝子である
Gapdhがどんな場合も変動が無ければ多能性マーカー遺伝子の発現量の変動を
意味しているんで、この二つのESに関してはその正しさがほぼ期待できるわけだね。
というのも、この二つのES細胞サンプルのGapdh発現量はそのサンプルの細胞数に
比例しているというのがハウスキーピング遺伝子の定義だからね。個々の細胞は
一つ残らずGapdh遺伝子のmRNAを発現しているんだよな。
946：ドクター・ワトソン：2018/07/05(木) 11:42:02: さて、問題は、ということだな。細胞をバラバラにして遠心分離したりメッシュに通したり
酸浴させたりして、死にかけている細胞のGapdh値って何だということね。
947：シャーロック・ホームズ：2018/07/05(木) 11:47:17: この時も論文の実験をしているときの小保方さんの立場になって考えないといけないよな。
彼女はGFP蛍光を赤色フィルターで識別してすぐに自家蛍光でないスフィア塊を
取り出すんだね。そしてPCRとか免染確認をするんだけど、その小保方さんの取り出した
細胞塊の中身が問題だよね。
①死んでる細胞
②死んでる細胞から流出したmRNA
③死にかけている細胞
④死んでない細胞。
948：小野小町：2018/07/05(木) 11:51:44: 何か知らないけど緻密に識別はされていない細胞塊なのね。これだとGapdhのみならず
他の多能性マーカー遺伝子の発現量もいわゆるスタンダードな考え方の通用しない
正常なもので無い可能性を含んでいることだけは確かね。

ま、ランチね。
949：4.Foreign Policy:Fighting for Peace：2018/07/05(木) 11:58:57: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
👩　👦　👧　🙍　🙋　🙅　👮　👪　👫　🙇　🙈　🙊　🐰　😸　🐜　💪　👍　👎　
👉　👊　👋　🙏　🙌　👏　👣　👅　💋　🐦　👻　⛅　💩　🌠　💚　💜　💙　💏　
💞　💓　💖　💕　🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　🎥　🎶　🎵　🎧　🔊　📞　🔫　🚓　🍸　
☕　🍰　🍶　🍻　📡　🔑　🌈　📖　🆖　⏫　⏬　❎　🆘　🅿　🆗　⏪　🔙　🔜　
💸　💐　🚨　📠　🏣　🏢　🚢　🏦　🏭　⛵　🚇　⚾　⚽　🏈　🎿　🎆　🍀　🏊
♨　🎲　🎌　🎳　🎢　🌁　🌟　💢　📹　📺　📱　💻　📷　💊　⏰　⌛　🗻　🗾　
🗽　☔　🍓　🍌　🌛　🍒　🍮　🌀　🔓　🔥　🔰　🎴　✨　💦　❄　💨　🎐　💉　🍷　
❗　💡　🚧　🎏　🕖　🕚　⛔　🌃　🔔　🔎
☀　✈　✂　✒　✌　♠　☺　㊙　🈴　㊗　🈶　🈚　▶　▶　↩
950：名無しさん：2018/07/05(木) 13:14:43: サンプル数3で標準偏差のエラーバーに意味があるのかの問題と
error bars show average±s.d.
がデータ区間（range）を意味しているのかは別問題ですね。
s.d.は　標準偏差 standard deviation 　と解釈するのが普通では？
最高値、最低値を意味しているのなら、Article論文Fig.3dの場合、片側しかエラーバーがありませんが、最低値は省略したのですか？

n=3 の場合の図の示し方として参考になる記事
*ttp://www.kbs.med.kyoto-u.ac.jp/PNE09.pdf
951：4.Foreign Policy:Fighting for Peace：2018/07/05(木) 13:42:43: n=3 の場合の図の示し方として参考になる記事
*ttp://www.kbs.med.kyoto-u.ac.jp/PNE09.pdf

は山中伸也さんが入ってるんですね。ど素人の我々が思った疑問と同じこと言ってますね。
驚いた。我々文系とび職は統計学は経済学くらいしか用いないからなあ。でもここで
サンプルが少ないときは個別数字を並べればいいと言ってて、これを参考にプログラマーが
アプリを作ったら小保方さんらの使っていたソフトになるんじゃないですか。
952：4.Foreign Policy:Fighting for Peace：2018/07/05(木) 13:58:18: >>
最高値、最低値を意味しているのなら、Article論文Fig.3dの場合、片側しかエラーバーがありませんが、最低値は省略したのですか？

僕に聞かないで桂報告書を書いた人にどうして小保方さんに聞かなかったのだと聞いてくださいな。
オリジナルデータなんかなくても口があったら聞ける。
冗談はさて置いて、一応片側しか書かないのは原則下も同じ長さだからですね。
我々はとりあえずFigure2-bのSox2の緑の棒グラフのエラーバーが上下均等に
見えないことを意識していたんだけど、これは単なる印刷のずれなのかなあ。
それからご指摘のArticle論文Fig.3dは細すぎて見ずらいから下を省略したのか、
下の省略が明確なのはExtended Data Figure-1-aかな。他はおかしくないよね。
仮に左右均等なのなら全くおかしくないということになりますね。疑問そのものがなかったと。
それなら<s.d.は　標準偏差 standard deviation 　と解釈するのが普通で>しょう。
何かありました?みたいな落ちになりますね。
953：4.Foreign Policy:Fighting for Peace：2018/07/05(木) 14:07:59: >>
（調査結果）本件に関しては、Extended Data Fig.1a について過去に投稿された論文原稿に遡りグラフが投稿毎に一致しないこと（特にエラーバーのサイズ、有無など）を確認した。

ここが発端なんでしょ。これはマーカー発現のグラフと違ってPhのちがいによるOct4-GFPの発現効率ですね。
データが大数ですから統計処理しておかしくないもので、グラフが小さくて見ずらいから下は表示しなかった。
そして疑義されていることは過去に出されているデータと違うと言ってるんですね。違うと言ってる過去の
データを出してないのは小保方さんではなくてまずは桂報告の方ですね。どう違うのか示してないんで
読者にはわからないところで、小保方さんがPC提出しないから分からなかったなんて、子供じゃあるまいし。
ちゃんとお話しなさいという母親に怒られている幼稚園児みたいですね。
954：4.Foreign Policy:Fighting for Peace：2018/07/05(木) 14:14:39: 小保方さんは優しい女性ですからねえ。俺が横についていたら、何を因縁つけてやがんだよ。
過去の表もつけて、それがExtended Data Fig.1a と同じ実験で別のものでないという証拠から
貴様が先に出さんかとねじ込んでやるんだが。何しろ俺は大金持ちで質問者と無関係に
生きていけるからなあ。小保方さんはまだこの業界で生きていくためにはこんなクズどもにも
センゼ、センセとおもねってなきゃいかん。貧乏こきたくないね。いひひひひ。
955：4.Foreign Policy:Fighting for Peace：2018/07/05(木) 14:18:49: 俺だったら馬鹿か貴様はと言えるのに、彼女は言えない。こういうのをパワハラと
いうんでしょ。
956：イェイ：2018/07/05(木) 14:22:08: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
👩　👦　👧　🙍　🙋　🙅　👮　👪　👫　🙇　🙈　🙊　🐰　😸　🐜　💪　👍　👎　
👉　👊　👋　🙏　🙌　👏　👣　👅　💋　🐦　👻　⛅　💩　🌠　💚　💜　💙　💏　
💞　💓　💖　💕　🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　🎥　🎶　🎵　🎧　🔊　📞　🔫　🚓　🍸　
☕　🍰　🍶　🍻　📡　🔑　🌈　📖　🆖　⏫　⏬　❎　🆘　🅿　🆗　⏪　🔙　🔜　
💸　💐　🚨　📠　🏣　🏢　🚢　🏦　🏭　⛵　🚇　⚾　⚽　🏈　🎿　🎆　🍀　🏊
♨　🎲　🎌　🎳　🎢　🌁　🌟　💢　📹　📺　📱　💻　📷　💊　⏰　⌛　🗻　🗾　
🗽　☔　🍓　🍌　🌛　🍒　🍮　🌀　🔓　🔥　🔰　🎴　✨　💦　❄　💨　🎐　💉　🍷　
❗　💡　🚧　🎏　🕖　🕚　⛔　🌃　🔔　🔎
☀　✈　✂　✒　✌　♠　☺　㊙　🈴　㊗　🈶　🈚　▶　▶　↩
957：孤舟：2018/07/05(木) 14:23:30: 大雨だ。もう一遍チャンスがあるかもしれないぞ。明日はダムのハタキ確認だ。
958：小野小町：2018/07/05(木) 14:33:47: そっかあ、このエラーバーの問題ってFigure2-bのSox2にある上下不均衡の問題だと
思ってたらそうでないのね。まずはSox2は単なる印刷のずれね。それで片側表示の
問題はそもそも問題なんてないところね。となると今度は小保方さんの返事の中の
ソフトの問題ね。これは上下不均衡の問題ではないのね。他の資料と比較して何か
違うところがあると言われての、ソフトの問題と言ってるのね。
959：在原業平：2018/07/05(木) 14:40:58: Sox2の問題が単なる印刷のずれなら我々の言ってるソフトの問題はあっても関係ないな。
そして問題にされていることが違っていたんだから、それは桂報告が他の資料を提示してくれてからの
話なんで、Ooboeさんのパートナー氏にでも取り寄せてもらってからの話だね。
どこがどう違うのか。
①過去に投稿された論文原稿に遡り
②グラフが投稿毎に一致しないこと
③（特にエラーバーのサイズ、有無など）
ちゃんと提示されて、どこが違っていて、そもそも違っていたらイケナイものなのかを
先に確定させてから検討することになるね。
960：名無しさん：2018/07/05(木) 14:41:33: 特許の画像に同類の図があるので、これと同じような図が推測されます。
特許Fig.5Bは2012.4.24の仮出願の時にも使われている図で、本出願の時に特許Fig.16Bが加わっています。
これにはエラーバーが付けられています。
これらはとても綺麗な図ですが、
Article論文Extended Data Fig.1aは縦軸のメモリも35から50に飛んでいて目盛りとラインも対応しておらず、グラフ用のソフトを使ったものとは思えないくらい雑な図ですね。
961：小野小町：2018/07/05(木) 14:43:23: こんな手続きもやらずに項目として挙げるというのはフェイクニューズの手法と同じね。
分かってないことにさいては沈黙しないと。分かっていることだけを論じるものよ。
962：在原業平：2018/07/05(木) 14:53:46: 我々は今自身の仮説検証に入ってるんで、その件は自分で論を展開してください。
ここにスレを新しく立ててその件について分かっていることを全部書かれてください。
ここは図は表示できないですが、いろいろと工夫は可能です。５０は４０の間違いでは
ないんですか。
①特許Fig.5B
②2012.4.24の仮出願の時にも使われている図
③本出願のExtended Data Fig.1a時に特許Fig.16B
④Extended Data Fig.1a
を比較してどういうことがいえるんでしょう。待ってます。HN は何でもいいから
ジムさんの手法でつけた方が紛らわしくないと思いますよ。
963：デラ・ストリート：2018/07/05(木) 14:56:00: では、そろそろ便所の壁の白壁余白も少なくなってきたことなんで河岸を替えるわよ。
964：名無しさん：2018/07/06(金) 11:57:35: 2chでのエラーバーに関する指摘
*ttps://ai.5ch.net/test/read.cgi/life/1399966447/59

3) fig2b: エラーバーはSDであるはずなのに上下で長さが異なる。多能性幹細胞マーカー遺伝子の発現レベルが揃い過ぎており、従来の知見に照らして不自然。元のデータを確認する必要がある。

8) fig3d: エラーバーがずれており、人の手による操作が疑われる。元のデータを確認する必要がある。

10) ext. fig1a: 縦軸の数字の配列がずれており、数値も不自然である。pH4.5付近のエラーバーが平均値が0に近いにも関わらず2程度の幅がある。これはいずれかのデータがマイナス値でなければ説明できず不正が疑われる。元データの確認が必要である。

13) ext. fig5d: EpiSC、STAPの平均値が0に近いデータにおいてSDのエラーバーが不自然に大きく、これはデータのいずれかがマイナス値でなければ説明できない。元データの確認が必要である。

これらは、2014年5月に疑義をまとめたものの中にあった指摘です。
桂報告書P.23
「９）Article Fig.2b、3d、3g、Extended Data Fig.1a、Extended Data Fig.6dについてエラーバーが不自然である点」
と若干の違いはありますが、上記の指摘があって調査に含めたのではないかと思います。
調査報告書のExtended Data Fig.6dは肉眼では不自然な部分がみつけられなかったので、2chまとめ13）のext. fig5dの方ではないかと思いますが、専門的な部分で不自然な点があったのかもしれないのでこの部分はよく分かりません。

「本件に関しては、Extended Data Fig.1aについて過去に投稿された論文原稿に遡りグラフが投稿毎に一致しないこと（特にエラーバーのサイズ、有無など）を確認した。」
については、外部の指摘に、過去の投稿論文との比較が含まれていたとは考えにくく、調査委員会が入手した資料から確認できた内容を記述したものと思われます。

特許の図表はSTAP論文に使われているものがほとんどで、同じ実験であれば特許の図表は論文で使用していたと考えて、桂報告書の指摘は、こんな感じだったのだろうと推察するくらいは十分にできるでしょう。
同じデータから得られた図ならエラーバーが違うはずはなく、違う実験データならこれほどピッタリの値になることも不自然なので、やはりオリジナルデータの確認が必要でしょう。

報告書でも「表計算ソフトの問題」というのも、考えにくいと書かれていますが、もしもエラーバーの不正確さやext. fig1aの縦軸の問題が「描画ソフト等で修正したこと」はなく、「表計算ソフトの問題」だったとしたら、このソフトを使ったすべての図表の信頼性が疑われます。
965：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2020/02/27(木) 22:13:55: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！