STAP問題の全解に向けて、その13 - 1510442000

1：鉄：2017/11/12(日) 08:13:20: イェイ。
521：名無しさん：2017/11/24(金) 23:01:30: ぷ
522：在原業平：2017/11/25(土) 07:52:41: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
523：小野小町：2017/11/25(土) 08:13:02: お気に入りはDORAさんはお相撲よ。他は変化なし。ぱっと見重大な事実指摘を
されているのは阿塁未央児さんみたいだけど、どうなの?
524：在原業平：2017/11/25(土) 08:15:46: 昨日の僕の疑義に対する回答になる事実開示みたいだね。
>>
480：在原業平：2017/11/24(金) 11:32:50
16500の遺伝子座の中の１個をもってヘテロプラズミーと判断できるのかな。
でもこの辺りはど素人としては判断不能だね。なにしろ、そうでなければ何なのかと
言う質問に対して答えられないからなあ。
525：閲覧者：2017/11/25(土) 08:24:55: chrMの3130、3123、3091番の遺伝子座の4塩基の分布をみるとTSさんと和モガさんの指摘した
12188番だけでないことがわかる。これはミトコンドリアに混在のあることを意味しうるね。
でも阿塁未央児さんは突然変異を見ているのかな。
526：一言居士：2017/11/25(土) 08:41:19: 細胞種は以下だね。
>>
SSR1171585 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
SSR1171586 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2　　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
SSR1171569 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
SSR1171589 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
DRR028646 太田 FES1
DRR028632 若山 FLS3
527：一言居士：2017/11/25(土) 08:43:50: 御免。番号振っとこう。
>>
①SSR1171585 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
②SSR1171586 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2　　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
③SSR1171569 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
④SSR1171589 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
⑤DRR028646 太田 FES1
⑥DRR028632 若山 FLS3
528：ペリー・メイスン：2017/11/25(土) 08:52:26: 彼は彼の視点からこれを見ているので、そのことにはコメントしないが、我々はこのデータを
かなり重大視するね。一つ「僕のマウス」に関して、彼は④をそれだとしている。でもこの認識は
錯綜してるよね。
529：ふふふ：2017/11/25(土) 08:55:25: 以前僕が以下のように書いたんで、読んだよという意味のウィンクであるかもしれないね。
>>
441：ふふふ：2017/11/23(木) 09:48:01
ははははは。「僕のマウス」の名づけ親は僕だよ。ここのアーカイブの底の方に溜まっているのを
覗けばわかる。最近は阿塁未央児氏も<所謂僕のマウス>と使用実例を作ってくれている。
言うまでもなく129/Sv-CAG-GFP x B6-CAG-GFP　のF1マウスのことだよね。彼が記者会見で
盛んに<僕のマウス>と言ってたんで、嘘つき野郎がという揶揄を込めて不詳ふふふたるこの私が
「僕のマウス」と命名した。わははははははは。
530：ペリー・メイスン：2017/11/25(土) 09:03:13: 意図と言うのは証明できないんでね。彼からのシグナルであるか否かも問わないが、
「僕のマウス」の意味するものは129/Sv-CAG-GFP x B6-CAG-GFP　のF1マウスだ。
まず最初に小保方さんは公共データベースに登録したマウス背景はF1はすべて
C57BL/6x129/Svで雌雄は逆表示だ。GFPのホモヘテロに関しても書かれていない。
Oct3/4 expressing cellsというのはqPCRで内在性蛋白の発現を確認しているという意味で、
無論F1なんだからOct4-GFPマウスではない。
531：デラ・ストリート：2017/11/25(土) 09:08:38: 小保方さんはそもそも「僕のマウス」が実験に使われたとは思ってないのよね。
彼女の認識ではここに登録したデータはC57BL/6-CAG-GFPx129/Svのつもりなのよね。
だってジャームライントランスミッションの実験時に半分しかGFPが来なかったという
説明のときも、結果的にはヘテロだということなんだからホモマウスなんて
そもそも論文に出で来ないわよね。
532：小野小町：2017/11/25(土) 09:21:36: 会見全録の1/4の8:04近辺で<そして、この実験、、、論文ではFLSというSTAP幹細胞は
僕の渡したこの129B6F1GFP(ホモ)マウスから作られたことになっています。これが
予備知識です。>と言っていて、論文にはホモマウスの記載はないのね。若山さんは
論文を読んでないのか知らねえ。それともすっとぼけているのかしら。
533：ペリー・メイスン：2017/11/25(土) 09:26:16: 僕はすっとぼけていると思ってるけどね。まあ、それはともかくとして阿塁未央児氏が
<「僕のマウス」だけ特異的になることを期待したけれど、そんな感じにはならなかった。>と
おっしゃっていて、当の「僕のマウス」を④だと思われているのはいろんな意味で我々には違和感がある。
534：一言居士：2017/11/25(土) 09:35:23: 我々はそもそも小保方さんに「僕のマウス」を渡したと若山さんが言っているのは
嘘だと思っているからね。だから本当に「僕のマウス」から作られたのはコントロールの
ESが最初だと思っている。従って

①SSR1171560　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1 C57BL/6x129/Sv
②SSR1171561　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2 C57BL/6x129/Sv
③SSR1171562　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 C57BL/6x129/Sv
④SSR1171563　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 C57BL/6x129/Sv
⑤SSR1171564　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input C57BL/6x129/Sv

がまずそれだということになって、その後にAC129とFLS-Tにこれが使われたということになる。
①は和モガさんがES細胞として並べたものだね。これは「僕のマウス」由来です。
535：閲覧者：2017/11/25(土) 09:45:28: 阿塁未央児氏は見ている視点が我々と違っているからここは問題意識のないところなんだね。
上記のESも小保方さんは由来をC57BL/6x129/Svと書いてるね。これはC57BL/6-CAG-GFPx129/Svの
意味で、彼女はこのコントロールESのマウス背景をそう認識しているということなんだ。
ということはArtivle Extended Data Figure 8-i,jのSTAP-SC $1～#8までのFLSの由来マウスも
そうだと認識しているんだよ。
でも重要なことはこのFLSはAcr-CAGが入っているマウス由来だったと既に分かっている。
536：一言居士：2017/11/25(土) 09:57:21: ということで阿塁未央児氏が
④SSR1171589 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
を「僕のマウス」と注したのはいろんな意味でconfusingだ。
これは若山さんが後に渡したのは「僕のマウス」だと主張した実験で作られた細胞で
検証の結果129/S129vX１ x B6N-Acr-CAG-GFPマウスだと判明し、かつ、桂報告がこれを
太田ESだと断定した細胞だということです。そしてこれは試料の中身的には
⑤DRR028646 太田 FES1
⑥DRR028632 若山 FLS3
と同じものです。
537：ドクター・ワトソン：2017/11/25(土) 10:07:36: そこでもう一度今回の阿塁未央児氏のでデータ解析を見ると面白いことに気づく。
つまりデータは３つに分類され得る。
第一グループ
①SSR1171585 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
②SSR1171586 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2　　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
④SSR1171589 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
第二グループ
③SSR1171569 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv
第三グループ
⑤DRR028646 太田 FES1
⑥DRR028632 若山 FLS3
538：シャーロック・ホームズ：2017/11/25(土) 10:18:34: ⑤は受精卵ESだったはずだね。もし、ヘテロプラズミーが原因なら、⑤は中身を
捨てられて⑥の中身を入れたものということになる。我々はntES論なんで
ヘテロプラズミーは可能性の中にまだ入れていない。ntESをそのまま継代して
行っているだけだと思ってるんでね。ヘテロプラズミーがあるためには一度
クローンマウスを作った後にその中の雌を選んでもう一度父親と交配させないと
いけない。我々はそういう経過を今まで一度も考えていないし、またそうしなければ
ならない理由にも考え及んでいない。従ってもしこのミトコンドリアDNAに父方の
ものが混在していたのなら、我々の論にも修正が必要だということになるね。
539：ドクター・ワトソン：2017/11/25(土) 10:23:28: 我々にとっての驚きは第一第二グループと第三グループとの間に明らかな
断絶があることだね。というのも我々はこれら⑥ラインは全部同じntES由来だと
思っていたからね。まだ何かミッシングリングがあるようだね。
540：在原業平：2017/11/25(土) 10:28:29: 分析の進展を待とう。何しろこっちはど素人なんでね。
541：ヘーゲル：2017/11/25(土) 10:30:50: 本題頼むぜ。
542：カール・ヤスパース：2017/11/25(土) 10:31:35: 本題、何でしたっけ?
543：小野小町：2017/11/25(土) 10:57:28: 129B6 F1ES1～6のワンセットはどこにあるのだということ、からだつたわよね。
544：在原業平：2017/11/25(土) 11:06:42: 小保方さんはコントロールESの由来をC57BL/6-CAG-GFPx129/Svと思っているんだったね。
そしてだから当然Article Extended Data Figure 8-i,jのSTAP-SC $1～#8までのFLSの
由来マウスもそうだと認識していた。若山さんの半分しかGFPが来なかったという説明でも
それを訂正する必要を感じなかったわけだ。ただ、木星リストサンプルラベルに
+/-表示を入れておいただけだ。
若山さんは記者会見で論文もホモマウスを使ったことになっていると証言しているが論文には
ホモ記載はないね。
545：一言居士：2017/11/25(土) 11:10:20: <なっている>という言い方は<そして、この実験、、、論文では>と言い直したことと
相まって引っかかるところだね。
>>
そして、この実験、、、論文ではFLSというSTAP幹細胞は僕の渡したこの129B6F1GFP(ホモ)マウスから作られたことになっています。これが予備知識です。
546：小野小町：2017/11/25(土) 11:13:02: 論文では(ホモ)にはなってないわね。系統は一致しているけどね。
若山さんも厳密には<僕の渡したこの129B6F1GFPマウス>と言っていて間違いには
なっていないけど、その直前にそのマウスが(ホモ)だと説明しているんだわよね。
547：一言居士：2017/11/25(土) 11:19:24: ここは論文執筆の経緯をちゃんと知っていないとこんがらがっちゃうところだけど
まず３誌リジェクトされた論文ではみの幹細胞株化の実験にはまったく触れられていない。
手記の説明によればその後の再提出はできないが、この幹細胞株化の実験成果論文と
合わせて提出すれば一度リジェクトされた論文の再提出ということにならずに
受け付けられるという若山さんのアドバイスに従って、この幹細胞株化論文、つまり
後のレター論文になるもののたたき台を書き始めたんで、その間若山さんは小保方さんが
どんな論文の書き方をしているのかは詳細には知らないんだよね。ただ、データを
沢山渡していて、そして口頭でその説明をしているということだ。そ説明も無しに
論文を書けるわけもない。
548：小野小町：2017/11/25(土) 11:29:14: それが途中いろいろあって、小保方さんはアメリカに逃げ帰っていた時に幹細胞化実験の
論文をある程度纏めていて、笹井さんが論文を見直すことになったときに12/11ヴァージョンとして
その論文を渡したわけね。笹井さんは最初にアーティクルを一週間で書き上げて
小保方さんがそれをヴァカンティのところにもっていって見せて、そこから理研、東京女子医大、
ハーバードという共同特許申請の話しがまとまっていくのね。そして笹井さんはその後にレター論文を
一から書き直した。だからこの辺りまでは若山さんは論文を見てないんだよね。
でも、データと説明は小保方さんにしていて、それの論文化したものを笹井さんが
一から書き直したんだわね。
549：在原業平：2017/11/25(土) 11:42:41: そうだね。
>>
2013/3/10 ネイチャーに論文投稿(手記は3/11夜間ウェブ投稿終了)

この時点ではアーティクルは三胚葉分化、テラトーマ形成、キメラ樹立しか書かれていない。
そしてレター側にそ若山さんの幹細胞化実験の結果が書かれていた。幹細胞化の導入を
アーティクルにも入れろと言う査読指示があったのは最終リバイズに近い辺りだったようだね。
そのレター論文の最初の原稿を若山さんは読んでるんだよね。そして８月に自分で読んでも
理解できない難しい論文になっていたから責任著者を降りたい旨笹井さんにメールで言ったと告白した。
全録会見2/4の29け34辺りね。
550：在原業平：2017/11/25(土) 11:44:03: 全録会見2/4の29け34辺りね。→全録会見2/4の29:34辺りね。
551：小野小町：2017/11/25(土) 11:47:50: 一度は読んでいるのよね。そして(ホモ)であると書かれていないことをスルーしている。
そもそも小保方さんは雌雄を逆に書いているけどそれもスルーしている。小保方さんは
いろんなマウス背景を書いてるけど背景の雌雄の書き順はわかっているわね。B6-CAGマウスは
論文で前に来り後ろに来りしている。聞いたとおりに書いているだけわよね。
552：在原業平：2017/11/25(土) 11:53:32: 若山さんは小保方さんを山梨に連れて行きたくていろんな提案をしている。
引き留めるための策なんだよね。それが決裂したのが2012年11月初旬の
渡米なんだよ。その後で起きたことは若山さんの意図やコントロールから
外れてしまったところで行われているんだ。幹細胞株化の論文を書いて
合わせて再提出するには小保方さんは若山さんと山梨に行くことになってしまうじゃないか。
若山さんはそのために一生懸命小保方さんに粉を振ってるだけだ。
論文は山梨でちゃんと書いてもらえばいいことだ。そういう気持ちなら彼が
彼女の書いている論文のマウス背景なんかに関心があろうはずもないんだ。
すべては山梨でのプロジェクトの成功として仕上げられて行かなければならない。
553：小野小町：2017/11/25(土) 13:18:22: ふふ。そういう風に見えるとこの事件の全貌が把握できはじめるのよね。
西川さんと竹市さんがRULの道を作った。これが最後のボタンの掛け違いになったのね。
キメラができなかったときに帰していればと野依さんはおっしゃったけど
このRULの話しも無ければ無事だったのよねえ。結果論だけど。
554：一言居士：2017/11/25(土) 14:17:54: 和モガさんの紹介論文よく読むとどうもこれは核移植時に持ち込まれたドナー系の
ミトコンドリアもあるようだ。つまり後の受精時に排除されなかったミトコンドリアだけでは
ないようだ。これってntESの可能性がますます高くなってるね。
555：閲覧者：2017/11/25(土) 17:41:42: うん、和モガさんがなぜFLS3と129/SvとESを並べたのかということに気づけば
このへテロプラズミーがたった一か所であるにも関わらずntES化する際にドナーから
持ち込まれたミトコンドリアによってヘテロ化したのだという可能性が高いと知れるんだよね。
僕もやっとわかったよ。
556：小野小町：2017/11/25(土) 17:43:51: どういうことなの?
557：閲覧者：2017/11/25(土) 17:59:08: ミトコンドリアDNAのヘテロプラズミーというのは核DNAなんかより
ミトコンドリアDNAが１０倍くらい突然変異を起こしやすくて、そもそも元の
マウスにもいくらか最初から存在していることもあって、少量なら病気にも
ならないでそのまま遺伝されていく。阿塁未央児氏はあれを突然変異だと
見ているんだね。ちょっと彼は別の事を考えながら見ているんで和モガさんの
データをよく見てないと思うんだけど、まずFLSというのは桂報告では太田ESだと
されている。要するに129/Sv x B6-Acr-CAGだね。その下に彼が並べたのは
129/Sv-CAGでいわゆる僕のマウスの母親だね。そして更にその下に置いたのが
「僕のマウス」ESだ。これは言わずと知れた129/Sv-CAG x B6-CAGだよね。
つまり三つとも129/SvのミトコンドリアDNAの12188位のローカスが並べられている。
そしてヘテロプラズミーのあるのはFLS3だけだねと示している。
558：小野小町：2017/11/25(土) 18:05:09: えっ、FLS3って太田さんの作った受精卵ESだわよね。129/SvX１は三つに共通だわね。
ntES化によるドナー核からのわずかなミトコンドリアの侵入によってFLSだけに
ヘテロプラズミーが生じたのならFLSは太田ESではないということになるのね。
559：閲覧者：2017/11/25(土) 18:07:15: FLSはntESだった。
560：一言居士：2017/11/25(土) 18:08:39: 和モガさんはそうは書いてないぜ。クローンの痕跡があると書いている。
561：小野小町：2017/11/25(土) 18:15:17: 明日にしましょう。おもしろくなりそうだわね。

youtube.com/watch?v=oUExfRjeYOw
562：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2017/11/25(土) 20:31:44: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
563：名無しさん：2017/11/26(日) 08:54:06: 4倍体胚盤胞補完法によるクローンマウスが使われた可能性も高まった。
564：在原業平：2017/11/26(日) 09:21:33: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
565：小野小町：2017/11/26(日) 09:23:13: 今日は和モガさんの紹介してくれてる論文の説明から願いたいわ。
566：一言居士：2017/11/26(日) 09:35:38: 静岡県中小家畜試験場の2005年12月の研究報告だね。
金華豚のクローンの作成とその継代に成功している試験場だ。
まず普通の受精卵の場合は精子のmtDNAは核DNAからの指示で分解されるが、まだ詳細解明には至っていないとしている。
次にリシピエントにヨークシャ種の豚を使って金華豚の核移植でクローンを作るんだけど、そのときには金華豚のmtDNAは検出されないと報告している。
次にこのできたクローンの雌豚を選んでもとの金華豚の雄を掛け合わせて後代産子を作ってそのミトコンドリアを調べた結果、ドナー由来のミトコンドリアDNAが混じっていたと報告している。
567：Ooboe：2017/11/26(日) 09:38:58: 分身さん達

🌅お早うございます💚
和モガさん情報、に関わる
FES1の新情報をパートナーは入手しています。📡
もう少し確認作業があります。
12月中旬には報告したいとのことです。
568：小野小町：2017/11/26(日) 09:40:45: え?母豚にドナー由来のmtDNAがないのに子豚にドナー由来のミトコンドリアDNAが発見されたら
普通は父親の精子にあるミトコンドリアを分解する能力が母豚の卵子に欠如しているから
取り込まれたのだと考えるんじゃないの?
569：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 09:47:22: 🌈　あら、Ooboeさん。了解よ。楽しみにしてるわ。🎻🎻🎻
570：在原業平：2017/11/26(日) 09:53:54: 小町ちゃん、僕もざっとも読んだときはそうなんだと思っていたのさ。でもよく読み直すと
そういう事ではないみたいだ。
伏線に体細胞クローン牛で既にドナーのmtDNAが発見されていて、徐々にクローンはミトコンドリアの
ヘテロプラズミーになっているのではないかという仮説が強まっているというんだよ。
571：小野小町：2017/11/26(日) 09:56:43: あら、でも金華豚のケースではドナーmtDNAは検出されなかったんでしょ。無いものがあるようになったのなら
受精の時に入ったとしか考えられないyじゃないの?
572：一言居士：2017/11/26(日) 09:58:30: でも、最初に言ったように精子のmtDNAは分解されてしまうんだぜ。
573：小野小町：2017/11/26(日) 10:02:03: それは普通の授精の時でしょ。この母親はクローン豚なんでしょ。もともと体細胞が
リプログラムされて発生してきたものだわよね。だったらジャームライントランスミッションが
あっても、精子のミトコンドリアを分解する能力に欠如があるのだとまず考えるのが
順序ではないの?
574：一言居士：2017/11/26(日) 10:09:20: まあ、我々は素人だからね。そのあたりどうしてそういう順序で考えなかったかは
その専門の分野を十分勉強してからでないと納得するのは無理だろうね。でも我々は
別にこの分野で専門家になろうなんて思ってるわけじゃない。とりあえず彼らの結論が
我々の解明に役立つところが無いかなと思って見ているだけだから、まずは彼らの説を
聞こうじゃないか。
それに、今言ったように金華豚のクローンには発見されなかったが、牛のクローンからは
ヘテロプラズミーが発見されているというところから出発している究明論文なんだからね。
575：小野小町：2017/11/26(日) 10:10:37: なるほど。いいわ。じゃ続けてよ。
576：一言居士：2017/11/26(日) 10:26:44: 彼らは金華豚の体細胞クローン豚を13頭作出して、そのmtDNAを調べた結果
全頭リシピエントであるヨークシャー豚のものであると確認した。そしてその後
このクローン豚の中の雌を6頭選んで金華豚の雄と掛け合わせて66頭の子豚を
得たんだよ。そしてそのmtDNAを調べた結果22頭(33.3%)にヘテロプラズミーを
発見し、そのドナーの混合率は1.15%から99.95%まで種々であったと報告したのさ。
577：小野小町：2017/11/26(日) 10:31:10: どうしてそんなことになったのかの説明は?
578：一言居士：2017/11/26(日) 10:36:07: ①ドナー由来mtDNAが無いと判断したのが間違いで検出限界以下(今回の場合は１%以下)で存在していた。
②ドナー由来mtDNAの存在割合が組織によって違っていた。
③その他。
579：小野小町：2017/11/26(日) 10:42:38: まあ、私の疑義のためにちゃんと③が用意されているのね。うふふふふ。
580：一言居士：2017/11/26(日) 10:43:43: 小町さん、失望させて悪いがあなたの疑義は可能性としてすら数え挙げられていない。
581：小野小町：2017/11/26(日) 10:44:30: どうしてなの、普通の疑問じゃないの。
582：孤舟：2017/11/26(日) 10:48:10: ヘラブナ釣りの餌の配合を教えてあげたからと言ってその練り加減を一律に
言うことはできない。その日の魚に聞くしかない。でも教えられた方はそんなことは
百も承知して聞いている。これが仲間の世界なんで、当たり前のことは言わずもがな
と言うことがあって、外から聞いてると疑問だらけということはよくあることだ。
小町さんの疑問もその類である可能性が高いね。
583：開高健：2017/11/26(日) 10:50:55: まれに仲間内の思い込みに過ぎなかったというようなことを初心者に教えられることはあるでしょ。
584：佐藤垢石：2017/11/26(日) 10:51:32: 往々にしてあるな。
585：大野晋：2017/11/26(日) 10:56:38: 往々にしてあるというのは滅多にないという意味だね。まず先に全然ないという
前提があっって、その全然を否定する意味で、滅多にないという。しかし、滅多に無いを
全然ないの方向に引き付けて考える人に対してそれを否定するとき、往々にしてあるという。
でも時々あるというほどには無い。ひひひひひ。
586：丸谷才一：2017/11/26(日) 11:00:58: センセ、我々の出る幕ではないそうですよ。
587：一言居士：2017/11/26(日) 11:09:51: ①に関してはそもそもクローン胚を作るときに精子の刺激はないので電気刺激や
化学物質の刺激で活性化させると説明されていて、この時にドナー核の周りに
くっついているわずかな量のミトコンドリアも分解されると考えられていたんだけど
さきに挙げたクローン牛の中にヘテロプラズミーが発見されたということから考察を
出発しているので、まず最初に無いというほど精度高く検証してないということを
言ってる。これは実験精度を高めて行けるのなら次の論文では解決されている
問題になるだろうね。
588：小野小町：2017/11/26(日) 11:12:33: なるほど、では②は?
589：一言居士：2017/11/26(日) 11:20:17: ②は既存の知見があって各組織でヘテロプラズミーの出現率が異なるというここが
分かっているので、今回は臍帯、毛根、血液で変わりなかったが、他の器官でどうかは
調べてないということだ。要するに他の研究では発見されてないことが今回発見された
ことの理由として挙げている。たまたまうまくヘテロプラズミーにぶちあたったのかも
知れないという自己認識だね。これは全体像はとても分かってないという自己表出でも
ある。
590：小野小町：2017/11/26(日) 11:21:25: ふん。で、③は?
591：一言居士：2017/11/26(日) 11:24:30: 小町さん、怒っちゃいけないぜ。これは僕が言ってるんじゃなくて試験場の
先生方がそうおしゃってるんだよ。
③については移植の際にドナー細胞を培養するんだけど、その時の条件に関係しているのではないかというものだ。
つまり、ヘテロプラズミーが有ったり無かったりする原因としてね。
592：閲覧者：2017/11/26(日) 11:28:20: そこで次に小町さんの疑義のある所に関連して、いずれにせよどうしてクローンには
あったとしてもわずかなのに、というよりこの実験では検出限界内ではなかったんだけど、
子供には大量にあるのかという問題に移るのさ。
593：小野小町：2017/11/26(日) 11:30:27: ふむ、ふむ。閲覧者さん、好き。
594：閲覧者：2017/11/26(日) 11:36:01: 好かれてもなあ、書かれていることを曲げて解説することもできないよ。
この論文ではわずかにあったドナーミトコンドリアが既存知見であるmtDNAの
ボトルネック効果によって顕在化したのではないかと言う推定結論なんだよ。
結論は暫定的なもので、ただ現象事実を報告しているものだ。ちょうど
小保方さんの博論レベルかな。
595：小野小町：2017/11/26(日) 11:41:47: 専門家の思い込みちゃうの。
クローン動物の卵子には精子ミトコンドリアの排除能力に欠落しているものもあるという
可能性に気づけたら大発見になるかもしれないのに。ばああああか。
596：一言居士：2017/11/26(日) 11:47:17: 小町さん、一応、クローン自体からも牛でヘテロプラズミーは発見されているんだからね。
この論文の新しさは後代産子にまでドナーmtDNAが見いだされたということで、そこから
繋げて推論されているものだ。小町さんの思い付きは又別の現象だね。その確認のためには
厳密にドナーmtDNAの無いと証明されたクローン豚と金華豚を掛け合わせてみるしかないね。
597：シャーロック・ホームズ：2017/11/26(日) 11:50:15: よし、和モガさんの紹介してくれた論文の主旨はだいたい理解できたな。次は
和モガさんのブログ自体の検討だ。
598：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 11:52:06: これね。
>>
「STAP細胞事件」-FLS3にはクローンの痕跡がある
2017/11/20(月) 午前 9:02にTs.Maker氏のブログのコメントに次のコメントが書かれていた。Ts.Maker氏自身のコメントである。
「memo chrM 12,188」
「chrM」とはミトコンドリアのDNAを指し、何かを見つけたのでその地番を12,188とメモ書きしたということであろう。
599：一言居士：2017/11/26(日) 11:54:51: 最初にTSさんが気づいたんだね。
600：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 11:55:34: 続きだわ。
>>
体細胞は核DNAの他にミトコンドリアに独自のDNA（mtDNA）を持つ。このmtDNAは必ず母親から子に受け継がれ、父親から受け継がれることはない。したがってmtDNAを調べれば、母親、母親の母親、さらに母の母の母と女系を遡ることができる。またmtDNAは組換えが起こらないので、mtDNAに違いがあるとすればそれは突然変異によるということになる。
601：一言居士：2017/11/26(日) 12:35:29: <またmtDNAは組換えが起こらない>の部分は今は間違いじゃないかな。
>>
riken.jp/~/media/riken/pr/press/2006/20061205_1/20061205_1.pdf

でもこれが全体の論旨にどう影響するかは僕にはわからない。
602：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 12:36:30: 続きよ。
>>
私はFLS3がクローンマウスの仔から作られていると考えていたので、FLS3がクローンならミトコンドリアは移植先のmtDNA（おそらくICRマウス）になり、ミトコンドリアを調べれば129B6F1の母親側の129マウスとは違う塩基（SNP）が見つかるだろうと思っていた。そこで、このコメントを見て、すぐFLS3のミトコンドリアを見にいった。
603：閲覧者：2017/11/26(日) 12:51:07: ①私はFLS3がクローンマウスの仔から作られていると考えていたので、

和モガさんの2017/5/5づけのフローチャートにあらわされた考え方だね。
第三者説なので特に最初の成功実験に使われたマウスがヘテロであることを
若山さん自身が口走ってしまっているので、このチャートはちょっと無理と見ている。

②FLS3がクローンならミトコンドリアは移植先のmtDNA（おそらくICRマウス）になり、ミトコンドリアを調べれば129B6F1の母親側の129マウスとは違う塩基（SNP）が見つかるだろうと思っていた。

ここは同じだ。今でもちゃんと検証したら幹細胞からICRのmtDNA配列が現れる
と見ている。でもその検証はTSさん、和モガさん、阿塁未央児さんたちには
できないんでしょうからね。
604：小野小町：2017/11/26(日) 12:55:13: どうしてできないと思うの?
605：一言居士：2017/11/26(日) 13:02:43: 僕も良く分かってないんだけどね。そもそもFLSは母親が129/SvX1だよね。でも仮に
これがクローンもしくはクローン胚からのntESであったとして、若山研で通常使われいていた
リシピエントマウスはICRだったので、仮にここてもそうであったと仮定して、
FLSのミトコンドリアDNAが129/SvX1であるかICRであるかを区別できるためには
両者の塩基配列は相当に違っているのでなければならないよね。人のミトコンドリアDNAと
マウスのミトコンドリアDNA配列は全然違う。でもここでマウス同士のミトコンドリアDNAはどの程度
違うのかね。明確に区別できるほど違っているのなら検証は楽だよね。
606：閲覧者：2017/11/26(日) 13:09:37: なるほどね。染色体DNAは相当に違うよね。それは白人と黒人くらいの違いは
簡単に識別できる。だから129/SvX1とICRの違いくらいは全ゲノム比較したら
分かるんだろうと思うな。多分129/SvX1と129/SvTerとの違いでも比較検証可能
だろうね。でもミトコンドリアってもともと細菌が共生したものが原始状態で
あったとされているくらいなんで、そのDNAって亜種別に区別できるのか
ということだね。
607：一言居士：2017/11/26(日) 13:16:36: うん、まずそれがあの三人にできるのかと問うた理由。そして更に加えるに
仮に全ゲノム解析比較で区別可能だとして、今彼らは
①FLSのミトコンドリアDNAの全ゲノムシーケンシング結果を持っていて、
②129SvX1のミトコンドリアDNAの全ゲノムシーケンシング結果を持っていて、
③ICRのミトコンドリアDNAの全ゲノムシーケンシング結果を持っていないのでは
完全な意味での比較判別ができないのではないかと危惧しているのさ。
608：閲覧者：2017/11/26(日) 13:21:20: なるほど。①と②の違いがとても大きければ①と②は違うと言えるけど、
それにしても③を持っていれば例えば①と同じじゃないかと完全証明が可能だということだね。
それはそもそもミトコンドリアDNAの違いがマウス亜種のそれぞれに関して
区別可能かと言う先の心配に繋がってるんだね。
609：小野小町：2017/11/26(日) 13:23:17: まあ、とりあえず①と②の違う個所をマッピングするくらいは彼らの道具でも
できるんでしょうよ。
610：在原業平：2017/11/26(日) 13:54:18: 和モガさんの言ってる<129マウスとは違う塩基（SNP）が見つかるだろうと思っていた。>の
意味だね。SNPsって一塩基だけの変異だね。個体差を識別する指標に使われている。僕の顔と
あなたの顔の違い程度だとこの一塩基変異の程度の違いだけで決まる。白人と黒人の違いは
一塩基変異ではないんでしょ。もうちょっと多くの変異が含まれていて多型だね。129とICRの
違いくらいの違いのはずだね。ただし、今比較しようとしているのはミトコンドリアだけで
そんなにたくさんの機能を帯びた遺伝子じゃないんでどれだけ違うんだという話だね。
611：一言居士：2017/11/26(日) 13:59:23: チンパンジーと人間だと９８%同じだというね。白人と黒人の違いは人間の中の亜種の
問題だから2%の遥か内側の違いに過ぎない筈だね。
612：閲覧者：2017/11/26(日) 14:02:32: ヒトの遺伝子では0.1%の違いの中にすべての違いが含まれていると言われている。
つまり人は999/1000は皆同じだということだ。おそらくマウスの違いもその範囲内に
収まってるんだろうね。
613：ペリー・メイスン：2017/11/26(日) 14:07:42: まずヒトゲノムは31億塩基対だ。

3,100,000,000

1/1000は

3,000,000

３百万塩基対が人の違いを作り出してる。
614：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 14:13:09: すべての塩基がタンパク質合成に働いているわけじゃないのね。無意味な配列とか
過去に捨てられて使われなくなった配列も引き継いでるのね。ついでに遺伝的には
違っていても表現型に現れないのもあるのね。ちがってても当面は無害ね。
後々の変化まではわからないわよね。でも識別には使えたりして。
615：ペリー・メイスン：2017/11/26(日) 14:46:32: でもそれは染色体DNAの話しだね。核の中にあるDNAだ。遺伝単位としては２万強とされているね。
今TSさんが分析しているのはミトコンドリアDNAだ。ヒトの場合は16569塩基対の環状DNAだね。
ミトコンドリアの中に8000個程度ある。このミトコンドリアDNAがマウス亜種間でどの程度
違うかという問題だ。何しろ基礎情報の不足に悩むね。
616：一言居士：2017/11/26(日) 14:50:12: 核内DNAと同じくらいには識別が効くのならFLSがクローン胚から作られたものか否かは
簡単にわかりそうだけど、仮にマウスに限っては亜種間でミトコンドリアDNAは
全く同じで区別はないんだよと言うことになったら、これは識別不能ということになるね。
617：閲覧者：2017/11/26(日) 14:55:57: そうだね。理屈はそうだ。でも実際にはミトコンドリアDNAの変異は核内DNAの
１０倍の速度で起きているというから、違いはあるはずだよ。程度の差はわからないけどね。
何しろ母数が10の４乗程度だからね。ヒトとあまり違わない数でしょ。違いも
1/1000の違いだとしたら10から数10個程度の違いになっちゃうね。
618：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 14:59:40: それで金華豚のミトコンドリアDNAの由来も点突然変異で識別するよりなかったのね。
619：小野小町：2017/11/26(日) 15:01:20: それって和モガさんの識別手法と同じだわね。
620：デラ・ストリート：2017/11/26(日) 16:45:23: 続きよ。
>>
IGVで見ると①のようになっていた。これは予想外であった。①のFLS3に塩基AとTが半々ずつ出ていたからである。mtDNAは母親のDNAしか持っていないので、1塩基中に2種類出るとは思っていなかったのである。