STAP問題の全解に向けて、その11 - 1507574974

663：シャーロック・ホームズ：2017/10/20(金) 11:50:26: 三誌のリジェクト理由はESコンタミの疑いというものだ。少なくともこのまま
放置していれば、翌年４月の期限までに提出される論文内容からはキメラは外される。
小保方さんも書いているように<キメラマウスの実験が必要ないヒト細胞を
用いてアメリカで実験を行うほうがいいのではないか>という方向で新しい論文が
書かれていくことになるだろうね。彼女は若山さんの幹細胞論文は分けてるんだよね。
若山さんが同時２報というアドバイスに従って考えている。
あのまま契約解除の方向に進んだら何も無かったろうね。若山さんもあれ
コンタミだったのかなあととぼけていれば済むね。呼び戻したのは理研なのか
若山さんなのか?
664：ドクター・ワトソン：2017/10/20(金) 11:52:54: よし、そこから先は後で考えよう。そこに至るまでの事情解明だ。まずは
②promoter demethylationの捏造問題からだ。
665：小野小町：2017/10/20(金) 11:59:42: ふむ、これは小保方さん自身が認めているわね。捏造教唆の問題ね。でも
テラトーマやキメラでなく自分の細胞の問題だわね。お昼よ。

youtube.com/watch?v=Jd09uTs0cbM
666：デラ・ストリート：2017/10/20(金) 13:00:07: さて、メチル化実験の件ね。まずは桂報告だわね。
>>
２）Article Fig.2c について 
メチル化を示すいくつかの黒丸および白丸の整列に乱れがある点（Oct4-GFP+cells の Oct4 promoter） 
DNA メチル化解析データについて Oct4 の CD45+と Cultured CD45+、および Nanog の ES と Cultured CD45+、Nanog の CD45+と Cultured CD45+が酷似している点 
オリジナルデータとの不一致がある点
（調査結果）
CDB 若山研におけるプログレスレポート（PR）にて提示された資料、論文原稿の各バージョンで示された図、実験を担当した CDB 若山研メンバーより提供された実験ノート記録、GRAS のコンピューターに残っていた実験データを照合し、PR 資料や論文図に示されたデータの信憑性を検討した。また、小保方氏に作図法やデータ処理について聞き取り調査を行った。その結果、以下のことが判明した。
667：一言居士：2017/10/20(金) 13:03:36: まずこの実験が若山研で行われていて、その担当者は小保方さんでないということと、
後に笹井研で行われたものでもないという二つを確認しておこうかな。
668：デラ・ストリート：2017/10/20(金) 13:10:59: 桂報告が判明したとしていることは以下よ。
>>
（１）図として提示されている結果は、以下のような経緯をたどっていた。PR 資料では、 2011 年 9 月 22 日に最初のデータ（非処理細胞、スフェア Oct4 発現細胞、および ES 細胞のOct4遺伝子およびNanog遺伝子のプロモーター領域のメチル化）が提示され、その後、2011 年 11 月頃にも提示された。この 2 回の資料は同じ実験結果を示していると判断されたが、これらデータの真贋性を裏付ける実験データやノート記録を確認することはできなかった。なお、これら PR 資料で ES 細胞とスフェアの結果が入れ替わるなど、小保方氏のデータ取扱いの杜撰さがうかがえた。
669：一言居士：2017/10/20(金) 13:17:49: <Oct4遺伝子およびNanog遺伝子のプロモーター領域のメチル化>の提示ね。
対象は
①非処理細胞
②スフェア Oct4 発現細胞
③ES 細胞
の三種類だ。2011/9/22はまだキメラ実験は開始されていない。2011年11月頃は最中だね。
そしてこれは若山研でのプログレスレポートで論文ではない。②と③が間違えて入れ代わって
いたのはどちらもメチル化されていたからだね。
670：小野小町：2017/10/20(金) 13:28:10: メチル化の説明は佐藤貴彦さんの勝『STAP細胞　残された謎』の135Pにあるわね。
>>
(四)メチル化実験
これはOct4の発現を調べる実験である。Oct4遺伝子のプロモーターの部位のCGという配列になっているC(シトシン)がメチル化を受けると、Oct4遺伝子はォフになる。メチル化されていないときはONになる。メチル化されているか、されていないかを調べるためには、まずバイサルファイト(亜硫酸水素塩)処理をする。するとメチル化されてないのはウラシルに変わる。あとはプラスミドに結合させ、大腸菌を使ってDNAクローニングをして塩基配列を決定する。
671：在原業平：2017/10/20(金) 13:33:11: 佐藤貴彦さんの勝→佐藤貴彦さんの本　でしょ?

その程度の引用でいいよ、小町ちゃん。著作権法違反になっちゃいけないからね。
佐藤さんはこの捏造教唆の問題に関してこの本で既に詳しく述べられているから
興味のある人は買って読むといいね。事件の真相より残された謎の方がど素人には
勉強になる。
672：デラ・ストリート：2017/10/20(金) 13:36:30: はい、桂報告の続きよ。
>>
その後、2012 年4月 12 日付けの PR 資料に全く別の実験結果が図として提示され、この図は2012年4月のNature投稿原稿、Cell投稿原稿でも使われ、最終的にArticle Fig.2c として発表された。この図では、メチル化を示す黒丸の配置に一部乱れがあり、手動で作図したと考えられた。また、CD45 陽性細胞（CD45+および Cultured CD45+）のデータについては、両者のパターンが酷似していた。
また、STAP 幹細胞についてもメチル化解析が行われ、この結果は 2013 年 3 月に投稿された Letter 原稿 Fig.3 として初めて提示され、最終的には Article Extended Data Fig.8d として発表されている。この図でも CD45 陽性細胞におけるメチル化が示されているが、Oct4 遺伝子、Nanog 遺伝子いずれのプロモーターも Article Fig.2c と比較して、メチル化程度が低いことが特徴的である。
673：一言居士：2017/10/20(金) 13:38:28: おい、おい。以前のプログレスレポートは無関係なのかい。何のための説明だったんだい?
674：閲覧者：2017/10/20(金) 13:39:38: 論文とは無関係なんだけど彼女のデータの扱いの杜撰さを言い募るためのようだよ。ははは。
675：一言居士：2017/10/20(金) 13:43:00: いつのまに<Cell投稿原稿>を手に入れたのかな。渡辺報告ではひどく小保方さんを
非難していたけどねえ。
まあ、それはともかくとして、<2012 年4月 12 日付けの PR 資料に全く別の
実験結果が図として提示され、この図は2012年4月のNature投稿原稿、Cell投稿原稿でも
使われ、最終的にArticle Fig.2c として発表された。>ということで、笹井さんのところでは
一切関与していないということだね。
676：閲覧者：2017/10/20(金) 13:57:05: 2012 年4月 12 日付けの PR 資料=Article Fig.2c だということね。
アーティクルは
①ES cells Oct4 promoter
②Oct4-GFP+ cells
③CD45+ cells
④Cultured CD45+ cllls
のそれぞれにOct4 promoterとNanog promoterの図を載せている。
対するリジェンドは以下。
c, DNA methylation study by bisulphite sequencing. Filled and open circles indicate methylated and non-methlylated CpG, respectively.
677：翻訳機：2017/10/20(金) 13:59:44: c、亜硫酸水素塩シークエンシングによるDNAメチル化試験。黒丸および白丸は、それぞれメチル化および非メチル化CpGを示す。
678：開高健：2017/10/20(金) 14:02:06: ゲッ!翻訳機がそのまま使える訳文を出してきたぞ。
679：小野小町：2017/10/20(金) 14:03:50: あなたたち最近英文に訳をつけるようになったの、どうして?
Ooboeさんのアドバイスを入れたの?
680：開高健：2017/10/20(金) 14:06:36: そうね。自分たちで考えている間は良かったんだけど、どんな人が黙って見てるか
分からない状況になって、ほんとに英文読めない人が居たとして、この論に説得力が
弱まるなと思ってさ。
681：小野小町：2017/10/20(金) 14:09:18: Ooboeさんイタリア語講座に通ってるらしいわね。しょっちゅうヨーロッパ旅行に
行ってるらしいのね。ブルジョアはうらやましいわあ。
682：在原業平：2017/10/20(金) 14:12:11: 僕、全然うらやましくないよ。何しろ金なら数十億もってるからいつでも
どこでも遊びに行けるんだけどね。飛行機の長旅によく耐えない。若さが
うらやましい。
683：鉄：2017/10/20(金) 14:14:16: よく言うわ。二人とも脚が無くてどこにでもテレポートできるくせに。
684：ふふふ：2017/10/20(金) 14:17:07: グーグルアースは旅行の喜びを半減させたな。北朝鮮のスカイスクレーパの
空撮画像がそのがらんどうを映しているのにはぶったまげたけど。京都の太秦かい。
685：デラ・ストリート：2017/10/20(金) 14:20:59: あなたたち、グーグルの翻訳機に感心してないでCpGの説明なさいな。
686：開高健：2017/10/20(金) 14:24:46: はいはい。
なんでもウィキだよん。
>>
CpGアイランドとは、シトシンの次にグアニンが現れるタイプの２塩基配列(ジヌクレオチド)であるCpGサイトの出現頻度が、ゲノム中で他と比べ高い領域のことである。CpGの「p」の文字は、シトシンとグアニンの間のホスホジエステル結合を表している。
>>
ホスホジエステル結合（ホスホジエステルけつごう、Phosphodiester bond）
687：一言居士：2017/10/20(金) 14:32:41: 佐藤さんの解説があったからわかりやすいね。
688：閲覧者：2017/10/20(金) 14:35:57: 雑談しないでくれよ。で、 STAP幹細胞に関しては笹井研くさいんでしょ。
>>
また、STAP 幹細胞についてもメチル化解析が行われ、この結果は 2013 年 3 月に投稿された Letter 原稿 Fig.3 として初めて提示され、最終的には Article Extended Data Fig.8d として発表されている。
689：小野小町：2017/10/20(金) 14:55:29: 2013 年 3 月に投稿された Letter 原稿 Fig.3→最終的には Article Extended Data Fig.8d として発表

これが査読指示の結果なのね。
690：在原業平：2017/10/20(金) 14:58:17: そのあたりは又後で検証しないといけない。何しろそもそも小保方さんは基本的に
STAP幹細胞も、FI幹細胞も自分で作れていない。しかも若山さんから聞いたプロトコルで
できていない。こんな論文を書かされることになる経緯と絡んでくる問題なんだよ。
でも今はメチル化の問題だ。
691：小野小町：2017/10/20(金) 15:05:21: <この図でも CD45 陽性細胞におけるメチル化が示されているが、Oct4 遺伝子、
Nanog 遺伝子いずれのプロモーターも Article Fig.2c と比較して、メチル化程度が
低いことが特徴的である。>というのは同じCD45+なのにどうしてという意味ね。
これは笹井研で新たに行われたものよね。違う時期の実験を同じように比較するって
誰かさんがひどく小保方さんをけなしていたことじゃなかったかしら。
692：デラ・ストリート：2017/10/20(金) 15:07:12: はい、続きよ。
>>
（２）CDB 若山研メンバーが GRAS に依頼し取得され、GRAS に残されていた配列データを解析した結果、これら配列データを用いて Article Extended Data Fig.8d が作図されたと考えられた。ただし、データの選別（シークエンスした DNA クローンの選別）が行われており、また、STAP 幹細胞については異なる細胞のデータが作図に使われるなど、意図的なデータ取扱いがあった可能性を否定できない。
693：小野小町：2017/10/20(金) 15:10:28: あら、<2013 年 3 月に投稿された Letter 原稿 Fig.3 として初めて
提示され>と書かれているから笹井研でのものだと思ったら、<CDB 若山研メンバーが
GRAS に依頼し取得され、GRAS に残されていた配列データを解析した結果、
これら配列データを用いて Article Extended Data Fig.8d が作図されたと
考えられた。>って、いつ分析に出された分なのかしら。
694：デラ・ストリート：2017/10/20(金) 15:23:32: <PR 資料では、 2011 年 9 月 22 日に最初のデータ（非処理細胞、スフェア
Oct4 発現細胞、および ES 細胞のOct4遺伝子およびNanog遺伝子のプロモーター領域の
メチル化）が提示され、その後、2011 年 11 月頃にも提示された。>としているのに続きは以下よ。
>>
（３）Article Fig.2c は、2012 年 4 月に投稿論文原稿図として現れているが、それ以前に小保方氏は計 3 セット（2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット）、 GRAS に DNA 配列解析を依頼していることが判明した。そのサンプル名には bisulfiteとあること、また 11 月 17 日の 2 セット分についてはそれぞれ「oct4」、「nanog」との記述もあることから、これはメチル化 DNA 解析であったと判断した。
695：小野小町：2017/10/20(金) 15:31:50: <2011 年 9 月 22 日に最初のデータ>とあるのは<2011 年 10 月 27 日 1 セット>と
無関係ね。対応してないわ。
<2011 年 11 月頃にも提示>とあるのは<2011 年 10 月 27 日 1 セット、
同 11 月 17 日>なのかしらね。対応関係はきっちりと整合が取れてないのね。
696：在原業平：2017/10/20(金) 15:42:18: 小町ちゃん、紛らわしいけど以下しいうことよ。
>>
2012 年4月 12 日付けの PR 資料=Article Fig.2c だということね。

これに対応しているのが<計 3 セット（2011 年 10 月 27 日 1 セット、
同 11 月 17 日に 2 セット）、 GRAS に DNA 配列解析を依頼している>
分だということよ。そのくせここに残されているデータからは
Article Fig.2c ができないと言ってるわけよ。
697：デラ・ストリート：2017/10/20(金) 15:46:08: それは以下ね。桂報告の先ほどの続きよ。
>>
「oct4」については 96 クローンのシークエンスが行われ、作図に利用可能な高精度配列情報は 74 クローン分であった。しかし、この 74 クローン分のデータを用いて Fig.2c の Oct4 プロモーターの図を作図することは不可能であった。例えば Fig.2c では 11 か所中メチル化部位が 1 か所以下のクローンが 18 クローンあったことを示すが、シークエンス結果でこのようなパターンを有したクローンは 3 クローンのみであった。アライメントできなかった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であったと考えられた。また、「nanog」については 96 クローン中 40 クローンが作図に使用可能と考えられたが、これらを用いても Fig,2c に示された Nanog プロモーターの結果は得られない。Fig.2c には 100%メチル化クローンが 15 クローン存在するが、シークエンス結果でこのようなクローンは最大で 7 クローンしか存在しなかった。アライメントできなかった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であった。
698：ペリー・メイスン：2017/10/20(金) 15:50:24: 2012 年4月 12 日付けの PR 資料=Article Fig.2c≠3 セット（2011 年 10 月 27 日 1 セット、
同 11 月 17 日に 2 セット）と言ってるんだな。
699：小野小町：2017/10/20(金) 15:53:16: <CDB 若山研メンバーが GRAS に依頼し取得され、GRAS に残されていた
配列データを解析した結果、これら配列データを用いて Article Extended Data Fig.8d が
作図されたと考えられた。>という話と別問題ね。若山研メンバーが依頼したのは何時のことなの?
私はこれを笹井研でのものかと勘違いしたんだけど、若山研ならいつの分析依頼なのかしら。
そしてこの人は誰なの?
700：在原業平：2017/10/20(金) 15:54:28: まあ、野老博士さんだろうけどね。
701：小野小町：2017/10/20(金) 16:03:06: 126Pね。
>>
若山研にいた頃から、私よりも遺伝子解析に詳しい若山研の研究員の先輩が常に付き添って助言してくれ、理研CDBの遺伝子解析部門の専門家らに次世代シーケンサーによる解析の相談に乗ってもらっていた。
702：在原業平：2017/10/20(金) 16:05:05: 夫妻以外には李さんと野老さんだけが正式博士研究員だからね。
703：デラ・ストリート：2017/10/20(金) 16:09:15: 続きよ。
>>
CDB 若山研メンバーが GRAS に依頼し取得され、GRAS に残されていた配列データを解析した結果、これら配列データを用いて Article Extended Data Fig.8d が作図されたと考えられた。
704：デラ・ストリート：2017/10/20(金) 16:11:04: 失礼貼り間違いよ。上は無し。
続きよ。
>>
（４）小保方氏の聞き取り調査から、メチル化のデータを取りまとめる際に、仮説を支持するデータとするために意図的な DNA 配列の選択や大腸菌クローンの操作を行ったことが確認された。この点について、小保方氏から誇れるデータではなく、責任を感じているとの説明を受けた。
705：孤舟：2017/10/20(金) 16:12:34: これって本当に小保方さんのやったことなのかな。
706：開高健：2017/10/20(金) 16:21:08: 小保方晴子日記
2015/1/28
昨日の暗い気持ちを引き摺り、ひどく落ち込んだままの一日だった。おかげでこれまでの経緯の詳細まで思い出してしまった。いろいろと思うところはある。でも、私はこの世にいる限り、これから先も、どんな相手にも傷つける言葉は発しないし、卑怯な態度も撮らないでいたい。
707：山村聰：2017/10/20(金) 16:23:44: まあ、東大の加藤研究室の事例を思い出すところだね。ボスの命令には誰も
逆らえないからな。実に狭い世界だ。
708：デラ・ストリート：2017/10/20(金) 16:25:25: 続きよ。
>>
（評価）
CDB 若山研の PR 資料において図の取り違えがあったこと、Article Fig.2c について裏付ける実験記録の存在が確認できないことなど、小保方氏のデータ管理は杜撰であった。のみならず、小保方氏は、自認するとおり、得られたデータのうちの一部だけを仮説に沿って意図的に選別して提示し、データの誤った解釈を誘導する危険性を生じさせた。小保方氏はこのような危険性について認識しながらデータを選別したうえ、手動で作図して存在しないデータを新たに作り上げたものである。よって、捏造に当たる研究不正と判断した。
709：一言居士：2017/10/20(金) 16:28:28: 論文とPR資料は重要さが違う。
間違いと捏造は別問題だ。
間違えたからねつざぅもしていると判断していいのかな。
そして自白したから犯人だと判断していいのかな。
それならどうして更なる続きがあるのかな。
710：デラ・ストリート：2017/10/20(金) 16:29:57: ここね。
>>
このようなことが行われた背景には、共同研究者によるデータに対する過剰な期待があったことが推察された。若山氏は、上記のメチル化解析を小保方氏が行った研究室の主宰者であり、シニア研究者として小保方氏を指導監督するとともに、共同研究者として、データの正当性、正確性について十分な注意を払うことが求められていた。若山氏はデータの意図的な選別・提示に直接的に関与したとまでは認められないが、小保方氏が若山氏の過剰な期待に応えようとして捏造を行った面も否定できない。少なくとも若山氏は、小保方氏の指導監督を怠り、データの正当性、正確性について検証することなく、このような捏造を誘発したと認められ、その責任は過失とはいえ極めて重大である。
711：在原業平：2017/10/20(金) 16:42:31: 佐藤さんに怒られるかな。もうちょっと彼の本から引用しようか。137P。
>>しかし、ここでまた気になるのは、小保方さんが「(生データ)を持っていったら『これでは論文に使えない』と言われたので操作した」と証言していることである。これについて、桂委員長は、記者の質問に次のように答えている。
---(メチル化実験のデータで)「これじゃ論文にならない」と、小保方さんは誰に言われたんですか?
桂「はいあの、若山さんだろうと思います。ただそれは小保方さんが『このデータでは論文にならない』と言われたと言ってるだけで、若山さんが言ったということは確認していません」
712：小野小町：2017/10/20(金) 16:45:02: 小保方さんは細胞増殖率表については手記で触れているけどこのメチル化の件は
語って居ないわね。人が噛んでいる可能性があるわね。
713：一言居士：2017/10/20(金) 17:27:34: キメラ化はこの程度でペンディングしておこう。次にこの頃の問題として検討を
要するのが同時並行でFI幹細胞の遺伝子解析が行われていることだね。まず問題提起として
桂報告の16Pから入ろうか。
>>
緯について調査を行った。 2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。
714：一言居士：2017/10/20(金) 17:28:40: 緯について調査を行った。 →削除
715：閲覧者：2017/10/20(金) 17:30:53: TS1が<129xB6 へテロ系統マウス由来>とされているところね。
若山さんの持ち出しリストは以下だ。
>>
Ｃｏｎｔｒｏｌ　ＥＳ　ｃｅｌｌ 2012/5/25 129Ｂ6Ｆ1-ＧＦＰ 6 129Ｂ6Ｆ1ＧＦＰ-1
Ｃｏｎｔｒｏｌ　ＴＳ　ｃｅｌｌ 2012/5/25 129Ｂ6Ｆ1-ＧＦＰ 2 129Ｂ6Ｆ1ＴＳ-1
716：小野小町：2017/10/20(金) 17:35:03: あれ? ESは「僕のマウス」ESだわよね。ホモね。桂報告の細胞リストにある。
でも樹立日が違うのよね。不思議だったところだわね。TS-1は理研の木星リストに
なくて若山さんの持ち出しリストにあって、ノートリアス松崎は若山さんのを送ってもらって
分析しているのね。うふふ。
717：在原業平：2017/10/20(金) 17:37:57: TS-1はヘテロだったのか。持ち出しリストでは同じ日に作られていることに
なってるね。でも、そろそろ虎ノ門見ないと。モウストデインジャラスコンビの日だ。
718：小野小町：2017/10/20(金) 17:41:34: んじゃね。

youtube.com/watch?v=aeYjU5xrHLY
719：リスベット・サランデル：2017/10/21(土) 00:10:22: >>611
Article論文にはNOD/SCIDマウスが使われたと記載があるのに使われたマウスが裸マウスだった。の議論ですが、１つのあり得る考察として提案します。
このマウスの外観は全然違いますよね。NOD/SCIDマウスは有毛。
小保方さんが、どうマウスを評価して、論文に反映させたか分かりませんが、双方共に免疫不全マウスですよね。アンチや調査委員会に問われれば記入ミスで訂正できる問題としてやり過ごせます。端から見る印象として、最初はいきなり高価なNOD/SCIDマウスは使いません。実験ノートにも伺えるように裸マウスから実験しているはずです。
そして現実に出来ていることから、NOD/SCIDマウスより安価な裸マウスで試して、たまたまテラトーマが出来た。この確実な結果や本論が覆らないなら、査読者や論文を読む研究者に裸マウスと記載するよりは、あらかじめNOD/SCIDマウスを使ったと誇張して書いて納得させる事もあります。
小保方さんに限らず、研究者が各自論文の中でついつい論文を飾ってしまう常道です。免疫不全マウスの中で「NOD/SCIDマウスを使う」の記載はある意味、Natureならなおさら論文記述上のチャンピオンデータとして。
査読者の
Why were NOD/Scid rather than syngeneic mice used as recipients?に対する答にto avoid possible enhancement of post-graft inflammation caused by this scaffold even in syngenic mice.という言葉で論文中にネイチャー査読者への対応していますが単純に「裸マウスを使った」と書けば、Revise中にもっと不満を込めた鋭い質問が査読者からあったと考えます。
720：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2017/10/21(土) 00:19:38: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
721：在原業平：2017/10/21(土) 06:23:36: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
722：小野小町：2017/10/21(土) 06:38:58: お気に入りは変化なしよ。Tsさんのところも丁寧に見たけどコメントの追加もない。
救う会はOoboeさんが相変わらず元気よ。根本さんはプチッとスイッチ切っちゃったんで
アラシの最後っ屁で終わってる。最後っ屁までは書き込ませてからアク禁にするところが
根本さんらしいわね。そもそも感情で書き込んでるんだったら最初から来なきゃいいのにね。
アラシって人と話がしたいんでしょうね。現実の社会生活が貧しいんじゃないのかしら。
事柄に関心があれば事実が何かと話し合うことになるんで、喧嘩にはなりようがないんだけどね。
723：鉄：2017/10/21(土) 06:44:35: 俺がなぜそういう奴が来た時に蹴り出すのか分かってくれた?
人はリアルな社会で生きていかないといけないんでこんなところに逃げ込んでは
いけないのさ。こういうブログは何かを論じているんでその何かも無いのに
入ってくる奴は実社会の敗残兵だ。こんなところで人とつながらないで身近な
人々の中で生きろってことだよ。特に若い奴はそうだな、
724：小野小町：2017/10/21(土) 06:46:32: あとは学さんが相変わらずバカからかつて遊んでくれてる。ありがたいわ。
725：在原業平：2017/10/21(土) 06:59:15: ほんとだな。ただ彼女はSTAP論文本物論だからね。②だ。
>>
①既存ESによる意図的コンタミ論(桂報告論)
②論文記載STAP細胞がそのままある論(木星さんオフ会グループ論)
③STAP細胞核使用ntES論(閲覧者論)

従って、なぜ本物なのに若山さんが取り下げたのかということを考えないといけない。
今、この考察を行っている人々はいないね。一つには自分たちのこのことに関する考察が
何らかの陰謀論でだというところで行き詰って具体的な対象が思いつかない。もう一つは
我々がntES論を出したので今の我々の論述展開をきいているということだろうね。本当は学さんは
そちらの考察に進みたいんだろうけどね。
726：一言居士：2017/10/21(土) 07:10:45: 事柄に関心の無い奴というのは相手の言ってることだけしか考えてないんだよね。
我々は③だ。従って①の矛盾点をたくさん指摘している。①の論者がまずしなければ
ならないことは我々が指摘したその矛盾を合理的に説明することで、ntES論の
矛盾点を指摘することではない。我々は①の矛盾を解くためにntES論に至っている。
②もそうだ。①の矛盾を指摘しているのは我々と同じだ。だから①は②に対しても
②と③が指摘している矛盾を合理的に説明しなければならない。できてないね。
そして②と③に関しては①に対する矛盾指摘は共通して終わらせているんだから
互いに相手の矛盾を指摘し合うことになる。③は②に対してその陰謀が何かを解明
説明しなさいと要請しているということだ。そして最後に①と②は3に対して
その矛盾指摘をすることになるのでなければならない。
727：閲覧者：2017/10/21(土) 07:17:56: 二つの問題を指摘してる。まず①を主張している人々はどこにもいないということだ。
桂報告は犯人は分からないと言っている。桂報告の擁護者はいるが①の主張者は居ない。
敢えて言えば①があると言っているのは②と③の人々なんだ。だから②と③の指摘する
矛盾に答えられる人が居ないのよ。
もう一つの問題は③の説は我々が主張しているがまだその全体整合の説明は終わってない。
これで③に対する批判を言える人は居ないということだ。加えて言えば、この問題に
関心のある人も少ないかな。ははは。
728：一言居士：2017/10/21(土) 07:37:14: 事柄に関心があるというのは客観的事実を知りたいということと同義なんで
自分の今の考えが間違っていると判断したらどんどん訂正していくことになる。
自然科学者の態度と同じだけど、実はこれは科学に限らない。どんな事柄に関しても
人は客観的でなければならない。でも自然科学と違って、社会生活は感情生活を
している人間の言動が対象になることが多いんで自然現象に対するように単純に
客観的であることが難しいんだね。そんなに難しく考えるなという教えが実践的で
あったりするだろ。つまり何が真実であるかという事だけが人の思考目的であることは
少ないぞということも分かっているのでないと社会は維持していけない。全体が
どう動くのかが問題であるときその部分に過ぎない一思考者が何か普遍的な原理解明に
至ることは厳密にはできない。そんな原理を一個人が全体の中から発見したとしたら
もしその発見者が居なかったらまた社会の全体の動きは別様になってしまうことになる。
つまりその原理が正しくなかったということになってしまう。あたかもケインズが
有効需要の原理を提唱して、経済政策手段を提示したときのように。人々は
その原理を知るとそれを自分の行動原理に織り込んでしまって、そのうち
ケインズが予測したようには行動しなくなる。
729：ふふふ：2017/10/21(土) 07:42:34: 真実は便所の壁にこっそり書き込まれているべくなのだ。そしてたまたまそれを
読んだ人がニタッと笑ってそして何も言わない。これが真実が世に現れる唯一の
姿だ。
730：吉田兼好：2017/10/21(土) 07:43:47: 襖の下張りだな。
731：小野小町：2017/10/21(土) 07:46:50: リスベット・サランデルさんがお見えだったわよ。
732：在原業平：2017/10/21(土) 07:55:28: そうだったね。彼は書き込みが何時も遅い時間なんで現役の人だね。
忙しいからここを全部読まれているわけでない。近辺をざっと読み流して
アイデアを書き込まれている。おっしゃっていることは最近でも既にここで
書いている。実はもうこの問題は3年前から繰り返し考え直してきているから
昔からフォローしている人は我々が何を識別しようとしているかは分かって
いるんだけど、彼は最近考え始めているんで我々とかみ合ってないんだろうね。
733：小野小町：2017/10/21(土) 07:57:35: 忙しい人はここを全部読み直す暇なんてないわね。彼の思考に従って
レビューしてくれない?
734：ふふふ：2017/10/21(土) 08:11:08: 僕の役目かな。
>>
Article論文にはNOD/SCIDマウスが使われたと記載があるのに使われたマウスが裸マウスだった。の議論ですが、１つのあり得る考察として提案します。

①PNAS論文はNOD/SCIDだとティシュー論文への転載経緯から推定される。
②ティシュー論文はNOD/SCIDである。
③博論はNOD/SCIDである。
④ネイチャー、セル、サイエンスともテラトーマのリシピエント記述までの詳細記述はなさそう。
⑤アーティクル論文はNOD/SCIDである。
⑥川田議員の質問書に理研若山研でのNOD/SCIDに関する記録は無いと答弁があった。
⑦2011/12/27に検収されたのは裸マウスである。
⑧小保方さんの実験ノートのNHK流出映像に裸マウスという言葉が二か所出てくる。

<使われたマウスが裸マウス>というのは上下三枚組の上3枚のHE染色画像で、下3枚の免染画像は博論のままなのでNOD/SCID。
735：ふふふ：2017/10/21(土) 08:15:35: >>
このマウスの外観は全然違いますよね。NOD/SCIDマウスは有毛。

裸マウスは無毛、NOD/SCIDは白毛の赤目、従ってアルビノ。小保方さんは
どちらも使ったことがあって知っているマウスです。
736：ふふふ：2017/10/21(土) 08:25:13: >>小保方さんが、どうマウスを評価して、論文に反映させたか分かりませんが、

二つのマウスの違いは彼女は知っています。<マウスの評価>の意味が良く分からないですが
なぜNOD/SCIDを昔から使っているかは昔に決めたことだとつい最近にもその考察を書いています。
ヴァカンティの耳マウスは裸マウスの背中に移植されている。ヴァカンティ研には裸マウスが
あったんですから最初小保方さんはそれを使っている。できないのがリシピエントが原因だとも
考えられたからNOD/SCIDにしてみたらできた。だからその後もNOD/SCIDだという推論です。理研で
何かこのことに関して決めたわけではない。むしろ理研には裸マウスしかなかったから小保方さんは
裸マウスでやるしかなかったんですが、これで出来たことが不思議じゃなかったかということと、
どうして論文にNOD/SCIDと書いたかという問題提起なんです。
737：ふふふ：2017/10/21(土) 08:33:29: >>
双方共に免疫不全マウスですよね。

①裸マウスは免疫不全マウス
②NOD/SCIDマウスは超免疫不全マウス
で、作られた順番も番号通りです。①は最初に開発された免疫不全マウス。その後いろんな開発があって
このNODとSCIDの組み合わせもできてきた。このマウスは人間の細胞を移植しても拒絶反応が無いので
ヒト細胞を使って創薬の研究なんかにもつかわれている。小保方さんは裸マウスでうまくできないから
もっと拒絶反応の少ないものとNOD/SCIDを使ってみたらできたということで、特になぜそうなるのかの
理由まで調べてはいなかったと思ってますけどね。
738：ふふふ：2017/10/21(土) 08:42:11: >>
アンチや調査委員会に問われれば記入ミスで訂正できる問題としてやり過ごせます。

論文書いてるときに流石にアンチや調査委員会は想定されてませんね。彼女は自由に書いただけです。
ミスというのは裸マウスを使ったのに昔の論文の文章をそのまま貼ってしまったという意味のミスですね。
彼女は二つのマウスを間違えるということはありません。流石にこれを間違える人は盲人でしょう。
で、仮に貼り間違えとして、上三枚に対しては嘘になっているのに下三枚に対しては本当のことに
なってしまっていますね。これが変だという問題意識も一つあるんです。
739：ふふふ：2017/10/21(土) 08:48:17: >>
端から見る印象として、最初はいきなり高価なNOD/SCIDマウスは使いません。

そのことはヴァカンティ研での検討箇所に既に書いています。わざわざ高い方からやってみることはしません。
出来なかったから高くてもNOD/SCIDでやってみた。そしてらできたということです。これは米国で既に
決まってしまっていたことで理研では選択の余地のなかったことです。川田議員の質問書は読まれてますね。
ただし、我々が理研のマウス業者に対する預託金の存在からマウスの購入に関して種類に反映されないような
闇がある可能性に触れていることも忘れないでください。
740：ふふふ：2017/10/21(土) 08:49:41: 種類に→書類に
741：ふふふ：2017/10/21(土) 08:56:21: >>
実験ノートにも伺えるように裸マウスから実験しているはずです。

実験ノートに裸マウスがあることは分かっていますが、NOD/SCIDがないかどうかは
公表されていません。しかし、川田議員に対して購入記録等無かったと答えてますから
実験ノートの中にも無かったと思います。あったらさすがに三木さんが指摘するはずです。
ただ、無かったから闇入手が無かったとは言えません。なぜなら三木さんは
4月からテラトーマ実験記入がノートにあると証言していますが、この時期
そんな動物実験申請書は出ていませんから裸マウスですら買えません。なぜ
あったのか。それは闇入手とか別の研究室の借用という杜撰なことも考え得るということです。
にも拘わらず12/27Harukoはほぼ間違いなく裸マウスです。だから図の上半分に対して
NOS/SCIDは嘘になっている。
742：ふふふ：2017/10/21(土) 09:07:01: >>
そして現実に出来ていることから、NOD/SCIDマウスより安価な裸マウスで試して、たまたまテラトーマが出来た。この確実な結果や本論が覆らないなら、査読者や論文を読む研究者に裸マウスと記載するよりは、あらかじめNOD/SCIDマウスを使ったと誇張して書いて納得させる事もあります。

理研以前のテラトーマはNOD/SCIDでできたんです。誇張でもなんでもありません。
安価なほうでできなかったからやむを得ず高い方でやってできたから高いままに
なっているだけです。テラトーマ実験はできればいいだけですから、使ったマウスの
値段が高いということが何らかの誇張になるということはありません。むしろ
ここまで特殊なマウスを使わなければできないということが足場を使ったことも
合わせて、小保方さんがスタンダードな意味で、多能性証明としてのテラトーマが
できたことにはならないとして、これをテラトーマライクと呼んだんです。
これがティシュー誌に書かれていることで、だからこそ逆に、理研で裸マウスで
できたこと自体が彼女にとって不思議であったはずだがという疑義を今検討しているんです。
743：ふふふ：2017/10/21(土) 09:10:00: >>
小保方さんに限らず、研究者が各自論文の中でついつい論文を飾ってしまう常道です。

これはよくあることのようですね。でもこの場合NOD/SCIDマウスを使ったことは何の飾りにもなりません。
それどころか、普通にはできないのねと判断されるだけです。
744：ふふふ：2017/10/21(土) 09:20:57: >>
免疫不全マウスの中で「NOD/SCIDマウスを使う」の記載はある意味、Natureならなおさら論文記述上のチャンピオンデータとして。
査読者の
Why were NOD/Scid rather than syngeneic mice used as recipients?に対する答にto avoid possible enhancement of post-graft inflammation caused by this scaffold even in syngenic mice.という言葉で論文中にネイチャー査読者への対応していますが単純に「裸マウスを使った」と書けば、Revise中にもっと不満を込めた鋭い質問が査読者からあったと考えます。

文章の繋がり具合が良くわかりませんので意味を推測しますが、一つには先に
述べたNOD/SCIDを使うことが何かの飾りになるという誤解がありますね。
もう一つはこれは私も昔研究者ブログで、あの片目の眼鏡でぴっこの小人女で
あるバ感想の奴に教えられたことがありますが、syngeneic mice というのは近交系マウスのことで
査読者が確認しているのはなぜNOD/SCIDなのかということには違いないんですが、どうして
裸マウスではないのだと問うては居ないということです。どうしてsyngeneic mice では
無いのかと問うている。その答えはだから炎症対策なのだということで、なぜ裸マウスでは
いけないのかということは問われてないから答えてないわけです。でも裸マウスでは
いけないからNOD/SCIDマウスなんです。しかもこれは理研でこうなったのではない。
ヴァカンティ研での試行錯誤の結果だということです。
745：在原業平：2017/10/21(土) 09:32:41: ということでお分かりと思いますが、我々は片方で小保方さんは12/27Harukoが
偽物ではないかと薄々気づいていたから博論のテラトーマを意図的に使っているのでは
ないか。だからテラトーマに関する論文記述が正しく博論のテラトーマに対応していて
そこにSTAP幹細胞の注入実験を付け加えただけなのではないかという疑いを抱きながら
でも、貼り間違えただけだという前提で考えて、その矛盾がどこにあるのか、或いは
良く考えれば無いのかということを今追及しているんです。
746：ヘーゲル：2017/10/21(土) 09:35:10: ふふふさん、出っ歯という言葉を書き洩らしているぜ。
ヤスパース君、本題頼むぜ。
747：カール・ヤスパース：2017/10/21(土) 09:36:09: 本題、何でしたっけ?
748：デラ・ストリート：2017/10/21(土) 09:39:29: コントロールTSであるTS-1は129B6のヘテロだったのねというところからだわ。
しかもCAG-GFP。

ちょっと今からボランティアの仕事ででかけないと。
749：在原業平：2017/10/21(土) 12:12:56: 小町ちゃん、コーヒーね。
750：小野小町：2017/10/21(土) 12:30:29: (持ち出しリスト)
Ｃｏｎｔｒｏｌ　ＥＳ　ｃｅｌｌ 2012/5/25 129Ｂ6Ｆ1-ＧＦＰ 6 129Ｂ6Ｆ1ＧＦＰ-1
Ｃｏｎｔｒｏｌ　ＴＳ　ｃｅｌｌ 2012/5/25 129Ｂ6Ｆ1-ＧＦＰ 2 129Ｂ6Ｆ1ＴＳ-1
(桂報告細胞リスト)
129B6F1ES1 受精卵ES 2012/4/19 129x1 SLC/B6N SLC CAG(ホモ)
(木星リスト)
16 129 B6 ES-2 2 若山TL樹立
17 129 B6 ES-3 1 若山TL樹立
18 129 B6 ES-4 1 若山TL樹立
19 129 B6 ES-5 1 若山TL樹立
20 129 B6 TS-3 1 若山TL樹立
21 129 B6 TS-4 1 若山TL樹立
22 130 B6 TS-5 1 若山TL樹立
23 130 B6 TS-6 1 若山TL樹立
751：在原業平：2017/10/21(土) 13:55:21: (桂報告細胞リスト)の129B6F1ES1 には注があって<*5 129B6F1ES1～6がSTAP細胞に
対する標準ES細胞ととて作製されたが、本調査に最も関わりが深いのは129B6F1ES1である>と
ある。そのサンプルは木星リスト16番から19番にあって2～3までで1と6を欠く。それに対して
若山さんの持ち出しリストに6ライン樹立したという情報に対して129B6F1GFP-1 として１ライン
残されている。そしてその6としては
木星リスト
115 129B6F1GFP ES-6 　　1 由来不明
というのがそれではないかと推測している。
752：ジム ◆L2homMtBOk：2017/10/21(土) 14:18:22: >>725
＞②論文記載STAP細胞がそのままある論(木星さんオフ会グループ論)

木星さんは既に有志の会から距離を置いて、あのブログにも書き込みはしていない
だから勝手に名前を出すのは失礼になる
木星さんオフ会なんていうのは、単なる憶測にすぎない
ここは科学的な議論をするところなので、憶測で書き込まないように
753：一言居士：2017/10/21(土) 14:40:25: このSTAP細胞に対する標準ES細胞としている細胞は桂報告<スライド>の中で
受精卵ES1～6としてあたかも一揃いであるかのように表示されているが、
分かっている範囲内ではラベルは以下である。
①受精卵ES1　　129B6F1GFP-1(若山研 Control ES cell 2012/5/25)
②受精卵ES2　　129 B6 ES-2(理研木星リスト 16番若山TL樹立)
③受精卵ES3　　129 B6 ES-3(理研木星リスト 17番若山TL樹立)
④受精卵ES4　　129 B6 ES-4(理研木星リスト 18番若山TL樹立)
⑤受精卵ES5　　129 B6 ES-5(理研木星リスト 19番若山TL樹立)
⑥受精卵ES6 129B6F1GFP ES-6(理研木星リスト 115番由来不明)

しかも①について桂報告の細胞リストは
①'受精卵ES細胞　　129B6F1ES1(CAGホモ 2012/4/19)
としているのである。
754：閲覧者：2017/10/21(土) 14:52:35: 桂報告は①'を分析してAC129は①'だとしていることは明らかだ。これは樹立日が
2012/4/19なので①とは別物だという理屈になってしまうのだが、理研と山梨の両者の
サンプルの残り方と樹立ライン数を勘案すると①=①'であるらしいから、この樹立日の
ディスクレはペンディングしておこう。
AC129はもともと小保方さんに129Sv-CAGホモ(「僕のマウス」の片親)を渡したのに分析の結果
①=①'が出たとしているものである。
755：一言居士：2017/10/21(土) 16:02:10: そうだねえ。①=①'だということはノートリアス松崎は若山さんの持ち出しリストの
①を分析したということだけど、若山さんの持ち出しリストはTSとセットで同日に
コントロールとしてES、TSが同時樹立開始されている。そしてESに関しては桂報告に
STAP細胞の標準ESだという説明をつけている。しかし、STAP細胞はGOFでも作られているし
F1でも作られていて、この①が標準という意味になり得るのは「僕のマエス」を渡したと
若山さんが言っているに過ぎないFLSを作ったSTAP細胞という意味に限定される。
最初のF1がヘテロであったのは既に分かっている。しかも、ここでこのコントロールTSが
129B6F1のCAGヘテロであるとも報告されいる。
756：デラ・ストリート：2017/10/21(土) 16:03:35: 桂報告書16Pね。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。
757：デラ・ストリート：2017/10/21(土) 16:13:11: TS1とFI-SC1というのは小保方さんが提出した記載だね。これが
(持ち出しリスト)の
Ｃｏｎｔｒｏｌ　ＴＳ　ｃｅｌｌ 2012/5/25 129Ｂ6Ｆ1-ＧＦＰ 2 129Ｂ6Ｆ1ＴＳ-1
であるかどうかという問題と、コントロールのTSって何に対するものかということだわね。
STAP幹細胞は胎盤は光らないことになってるから、このコントロールはSTAP細胞か
FI-SCに対する標準TSだということになると、それがヘテロであったということになると
STAP細胞もしくはFI-SCのの由来マウスはCAGヘテロであることにならないといけない。
>>
(持ち出しリスト)
ＴＳ 2012/5/25 129Ｂ6Ｆ1-ＧＦＰ 1ＳＴＡＰ/ＷＥＬＬ　ｘ　4 3 Ｃａｌｌｕｓ-ＴＳ-1 Ｏｎｌｙ　1　ｌｉｎｅ　Ｉ　ｈａｖｅ
758：ペリー・メイスン：2017/10/21(土) 16:38:09: ここだね。25Pだ。
>>
（調査結果）若山氏と小保方氏への書面調査により、FI幹細胞CTS1は、若山氏が渡したCAG-GFPを有する129X1とB6Nを掛け合わせて誕生したF1マウスを材料に小保方氏が作製したSTAP細胞から、若山氏が2012年５月に樹立したもの（5月21日に作製開始してより5月28日樹立完了）であることが判明した。
759：小野小町：2017/10/21(土) 16:41:50: 樹立日も微妙に違うし、どちらに入っているGFPかもはっきりしないし、
そもそも条件そろえるということを知らないのはどっちなのといいたくなるわねえ。
760：在原業平：2017/10/21(土) 17:01:30: ボランティアで忙しいのは分かるがイライラしないでね。夜更けて日は暮れぬ。
渡したマウスの整理だ。キメラは作製無しの時もあるだろう。
>>
①最初のF1キメラ(129/B6F1CAGもしくはAcr-CAGヘテロのどちらか)
②GL時キメラ(GOF)
③FLS時キメラ(129/B6F1CAGホモ)**論文と若山証言不一致
④GLS時キメラ(GOF)
⑤FLB時キメラ(129/B6F1CAG<GFPソートされているので>ホモヘテロ不明)
⑥CTS時キメラ(129/B6F1CAG-GFPヘテロ)
⑦AC129時キメラ(129Svもしくは129/Sv carrying Rosa26-gfp 不明)
⑧FLS-T時キメラ(不明)
761：一言居士：2017/10/21(土) 17:02:56: 条件揃えてから調査しろよなあ。
762：ドクター・ワトソン：2017/10/21(土) 17:38:17: ①からは12/27Harukoを通してアクロシンが出たかな。
②は調査されていない。
③はアクロシンが出た。
④は後回し。
⑤は調べられていない。
⑥はアクロシンが出た。
⑦は「僕のマウス」がでた。
⑧も「僕のマウス」がでた。
アクロシンは岡部マウスから入る可能性と太田ESから入る可能性と二つある。
太田ESは無論太田さんが全部引き上げたと証言しているんだから最初に
考えなければならないのは岡部マウスだ。