小保方さん　応援パートⅢ

1：まっちゃん：2014/06/05(木) 13:00:55: 　ttp://jbbs.shitaraba.net/study/12333/
という掲示板がありましたが、スパムが寄せるので、休止しました。
　（ ※　個人への中傷というスパムが寄せてきて、削除依頼が来たが、
　　　　私はいちいちスパムを管理する手間は掛けられないので・・・と管理人さんからの伝言です。
このコーナーは、まじめな討論の場です。個人中傷は禁止です。何故閉鎖されたのか解らないのですが常識的な言動でお願いします。
まっちゃんの意見
　擁護派でして、石井委員長の調査が杜撰であり本人が納得するまで調査するべきだったと考えています。しかも小保方一人が不正、捏造したと　
　発表したものですから刑事犯の犯罪者と思ったのです。論文の一部に強引なミスがあっても主要部分がよければいいのではないか。
　またまた、おかしな報道がでています。ESと STAP細胞は混ざらないと言うのに遺伝子が二種類出てきた。
　それよりか応援したいのにかなり不利です。記者会見で見た小保方さんは真面目そうな、嘘を言ってる感じがしなかった。
　まっちゃんの「見る目がなかったのかなぁ」と。
498：名無しさん：2014/06/11(水) 04:45:58: TCR再構成を利用してセレクション説を否定するロジックは後から構築したっぽい。
当初は、トリチュレーションで作ったSTAP細胞を主軸に論文書いたけれど、査読で蹴られたから、セレクション説を否定する必要に迫られて、後から付け足したけれど、実験が足らなかったのかな？
いずれにしてもOct4陽性細胞（死にかけでない正常細胞）までは高い確率で存在するという合意は得られましたね。
多能性の有無は議論の余地がありそうだけど。
499：名無しさん：2014/06/11(水) 04:47:47: >>495
苦手で現存する幹細胞はオール若山産だけど、自分でも作ったと４月に言ってなかった？
500：名無しさん：2014/06/11(水) 04:49:08: >>494
ESとiPSの距離もゼロだけど？
501：名無しさん：2014/06/11(水) 05:14:53: >>498
テラトーマまでは固いんじゃないかな？
幹細胞を巡るドタバタ劇は若山先生がT細胞は全てTCR再構成をしていると勘違いしていた、に１票
502：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 05:31:03: 皆様おはようございます。
半日でずいぶんコメントが進みましたね。
私はといえば昨日の夜は踏んだり蹴ったり・・・いやそんなことはどうでもよいですが。

>>407 Baggioさん

全く専門外からの印象批評かも知れず誠に恐縮ですが、今回のSTAP論文の行く末はなかなか困難なものがあるかと想像しています。Oct4発現までは追試報告にあるとおり何とか行けそうですが、そこから先が棘の道で、丹羽氏の検証計画にあるように、もともとTCR再構成を指標とすること自体に困難があるような気もします。
あと、樹立したとされる43株中たった8株しか残っていないのなら、それだけでTCR再構成を確認すること自体、土台望み薄だったでしょうか。

ただどこかのコメントで見ましたが、STAP細胞＞STAP幹細胞の樹立自体はそれほど困難ではないらしいので、その点ではOct4発現でリプログラミングされた細胞（必ずしもT細胞由来でなくてもよい）が同定でき、かつその細胞から確実にSTAP幹細胞が出来たという証拠を示せれば、こちらはクリアできる可能性があるのでしょうか。
キメラの方は、さらに困難が伴うようですが・・・。

これだけ困難が伴う作業を、30歳の研究者が指揮して完遂できたとすれば、それこそ奇跡的だったのでしょうか。
503：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 05:31:42: >>409

> 事実誤認が多い方が何人もいて参照リンクも読まない(少なくとも1人はそう明言)、

このあたりのやりとりは私も当時ちょっとだけ拝見していました。
確かに「難波教」とか言われてしまうとやる気が失せるというのは分からないでもないですが（苦笑）、まあ今回の騒動の前提となる議論（吉村先生や難波先生の見解）くらい押さえておけというのは、私でも同様に申し上げるところだろうと思います。

避難の意味も分かりました。まあ、向こうの私たちの議論が評価されたのだと前向きに受け取ります。今回向こうの閉鎖でこちらで議論させて頂くことになりましたが、向こうの常連さん（皆さん鋭い論客です）もこちらにたくさん来られているようなので、これまでのようなことはないだろうと、思っています。

論文撤回の是非については>>401のYasuさんへのコメントで申し上げたとおり、調査手続その他の見直しをする前提で、撤回妥当だと私も思います。
ただ、撤回不要という議論もありだと思います。もちろんその場合はちゃんとした理論的根拠を明示して頂くということが前提ですが。
504：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 05:35:28: >>503
すみませんリンク間違えました。
×>>401のYasuさんへのコメント
○>>400のYasuさんへのコメント
505：名無しさん：2014/06/11(水) 05:41:49: >>503
個人的には再現実験をさせてみて、どこまで再現できるか見極めた上で、撤回か訂正か決める話なのかな？
少なくともテラトーマまでは造れるのであれば、細胞すり替えの可能性はかなり下がるから訂正で良いという立場です。
506：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 06:16:38: >>412

プロトコルの当該箇所については>>415でお示しの箇所で結構です。
すでに>>420でお示しになっている丹羽氏の「STAP現象の検証の実施について」によれば、

> １週令マウス脾臓由来CD45陽性血液細胞の１０－２０％がT細胞で、
> そのうち１０－２０％がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ。
> （全CD45陽性細胞の１－４％がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ）
（9ページ）

だそうですので、STAP幹細胞中にTCR再構成を持つ確率もまた1-4％ということになるでしょうか。
そうだとすると、残されたたったの8株の中でTCR再構成が確認できなかったこと自体は、さほど不思議なことではないのでは？とも思います。
（分野外の邪推なので間違っているかも知れませんが）

もちろん、このことによって「Nature論文はSTAP細胞（ないしSTAP幹細胞）が分化した細胞からのinductionによって多能性を獲得したことを証明できていない」という事実は変わらないので、もっと多くのSTAP幹細胞を作成してTCR再構成の有無を見極めるべきか、丹羽氏の主張のように別の指標を見つけるべきなのか、どちらかになるでしょうか。
507：名無しさん：2014/06/11(水) 06:28:57: >>502
>>357で20株程度あると述べられています。

>>501
テラトーマも画像が使い回しなんだよなぁ。テラトーマができるならSCとかもできて然るべき。
508：名無しさん：2014/06/11(水) 06:33:43: >>500
0じゃないよ。この辺は確認しようか。T由来iPSにはTCR-Rが認められる。他方ESにはない。
new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=346
509：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 06:38:44: >>505
コメントありがとうございます。

私自身も、騒動が持ち上がった当初は撤回は必要とせず画像差し替え＆訂正でよいのでは？と思っていました。もし今回の論文騒動が吉村先生らが指摘するTCR再構成問題（つまり論文全般のロジックの問題）だけであるか、または論文不正が軽微なものであるか、あるいは実験ノートなどで実験の存在を検証できたならば、訂正でよかった可能性はあると思います。

ただ今回の場合、論文全体のロジックに欠陥がある上に、画像はおかしな加工をしている、実験ノートは穴だらけで実験結果を検証できない、さらに小保方氏から声明のあった「他の実験的証拠」もいつまで経っても出てこないなど、本当に実験が行われたのかすら誰にも分からないという状況の中で、一旦撤回しやり直せという考えは、決して極端な（あるいは小保方氏に対して著しく不利な）結論ではないのでは？とも思います。
ただし、私は手続的公正の観点から、処分はSTAP問題全体が解決してからでも遅くはないかも知れない、あるいは再実験などによって実験そのものがある程度（正しいと）検証できるようなら、小保方氏に名誉挽回の機会を与えておくようにすれば、よいのではないかと思っています。
510：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 07:10:24: >>507
コメントありがとうございます。

実は私も>>345で、Baggioさん（>>357）と全く同じソースによって20株と考えていたのですが、>>346さんから8株だというご指摘を受け、私自身どちらなのか判断が付いていませんでした。
検索してみると、8株というのは理研において凍結保存されている数というのが正しいのでしょうか。ただ、そうすると小保方氏の20株（若山教授と同じ）はどこへ消えたのだろうと素朴な疑問も湧きます。

ともあれ20株が正しいのだとしても、>>506で申し上げたとおりCD45陽性細胞全数中TCR再構成のあるものが1-4%というのが正しいなら、確率論的にTCR再構成がひとつも確認できないことはありうると思いますが、いかがでしょうか。
511：名無しさん：2014/06/11(水) 07:19:46: >>510
廃棄した模様
512：名無しさん：2014/06/11(水) 07:54:57: >>510
若山教授が山梨大に移るときに論文に使わなかった株は廃棄したと新聞記事になっていたはずですよ。
513：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 08:55:51: >>511-512
コメントありがとうございます。

確かに「廃棄」とか「若山教授が廃棄」という報道は検索に引っかかってきますが、確実な数が示されているのはBaggioさんが>>357で述べられている朝日新聞の報道で、43株作った中で20株を廃棄、残る20株は小保方氏と各自同じ20株を持つようになった（これ自体も3株の行方が分かりませんが）というものです。そうするとこの20株と、「理研に残っている8株」などとどう関係するのかがよく分からないわけです。「8株」が問題になっている報道として、例えば以下の報道があります。

ＳＴＡＰ細胞実験マウスに新たな疑問
3月25日 19時28分（NHK NEWSWEB）
ttp://www.webcitation.org/6OLNuLUlv
------------------------------------------------------------------------
専門家は、論文で出来たとされ凍結保存されている８株のＳＴＡＰ細胞すべてについて詳しく調べるべきだとしています。
------------------------------------------------------------------------

「メスの幹細胞もある」小保方氏が朝日新聞記事に反論
2014年4月14日15時00分（朝日新聞DIGITAL）
ttp://www.asahi.com/articles/ASG3T6Q7ZG3TPLBJ002.html
------------------------------------------------------------------------
弁護団が小保方氏から聞き取ったとする内容で、その中に朝日新聞記事への反論も含まれていた。この文書によると、ＳＴＡＰ幹細胞は少なくとも１０株は現存し、理研に保管されているという。そのうち、８株の幹細胞はオスだったが、それ以外を第三者機関で調べたところ、メスの幹細胞も含まれていたと指摘。
（中略）
論文や共著者の若山照彦山梨大教授によると、ＳＴＡＰ幹細胞は若山教授が少なくとも４３株を作った。うち論文の中で説明している主要な８株の性別を調べた結果、すべてオスだった。このため、若山教授はつくったＳＴＡＰ幹細胞はすべてオスと判断していた。
------------------------------------------------------------------------
514：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 09:07:54: 以前>>323ないし>>326でまっちゃんさんの「小保方さん応援」スレの（事実上の）前スレに当たる「STOP（再）宣言から・・・まだ続けるの？」の過去ログをアップしましたが、Googleに405番から428番（これがおそらく最終）のコメントを含むキャッシュが残っていたので、それを補充したものを再アップします。これでこのスレは完全な形で保存されたことになると思います。
以下よりダウンロード下さい。
「STAP細胞掲示板」では他にもスレがありましたが、こちらも見つかり次第報告いたします。

STOP（再）宣言から・・・まだ続けるの？
ttp://fast-uploader.com/file/6958000637775/

今から読み直してみると、たった1ヶ月前ですが、私自身もかなり「青い」議論をしています・・・。
515：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 09:14:48: >>514
すみません、
×405番から428番（これがおそらく最終）のコメント
○405番から427番（これがおそらく最終）のコメント
です。
516：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 09:15:29: 本人は実験参加に意欲を燃やしているようだね。
www.sponichi.co.jp/society/news/2014/06/11/kiji/K20140611008340950.html

一体どこからこの自信が来るのか・・・
517：名無しさん：2014/06/11(水) 09:26:12: 200回つくったからなんじゃない？
518：名無しさん：2014/06/11(水) 09:27:43: 再現実験で大恥をさらすか、奇跡の成功を遂げるか。
今のところ理研が再現実験に反対している理由が不明だね。
519：Yasu：2014/06/11(水) 09:34:33: >>509
論文撤回という事は、全てがゼロに成ることを意味します。
後から名誉挽回はあり得ません。
３０年間、冤罪で懲役を受けた人の、名誉回復が「本当の意味で」可能だと
思いますか？

ですから、昨日も書いたように、「学問科学として」批判する以上は、
刺し違える覚悟、手続きを経て行うべきだと思います。
すなわち、小保方氏が悪意のある捏造を行って、学問界を追放するに値する、
という意見に瑕疵があった場合、その人物は、逆の立場に立たされる義務があります。

ましてや、匿名を使ったり、自分は専門家では無いと自称したり、これから勉強します、などと
言ってみたり、大御所の意見を「読もうね」などと言って、自分の意見に箔をつける程度の理屈に、
上記の覚悟があるとは、到底思えない。
520：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 09:40:58: >>519
電気泳動の合成は悪意ある改ざんだが。
この一点で追放の論拠は十分だろう。
本人も認めてるから冤罪じゃない。

論文提出するまでもない。
521：Yasu：2014/06/11(水) 09:46:42: >>520
それにしては、
口数が多過ぎやしないか？
522：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 09:51:01: >>521
ん？何を指して言ってる？具体的に指摘してほしいが
523：Yasu：2014/06/11(水) 09:53:28: >>522
やはり、ボクちゃんだな。言われただろ？
524：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 09:57:58: >>519

それこそ、事実誤認。
著者らが自ら撤回した場合には、キチンとした事実が出た場合には、訂正論文を撤回した論文にリンク付けして再投稿する事ができます。
もちろん、Nature側から提出期限が決められているはずですが。
それが受理されれば、過去の撤回論文の訂正と言うことで認識されますので、一定の名誉は回復されます。
もちろん、Yasuさんの事なので、完全な名誉回復にはなっていないと言うことだと思います。
が、ばからしい切り貼りや取り違え、実験記録の杜撰な部分のツケまで名誉回復させる義理はありません。

また、冤罪だと言うなら、何故、バカンティー氏までもが撤回に同意した？
思い当たる部分があるからだろう。
525：Yasu：2014/06/11(水) 10:06:06: >>524
他人を批判する時の、仁義について述べたまでですよ。
526：375：2014/06/11(水) 10:12:05: >>518
小保方氏が検証実験に立ち会い
ttp://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20140611-00000012-mai-sctch
試料に手をふれない約束で、立ち会いをしているそうだ。
527：名無しさん：2014/06/11(水) 10:16:43: 画像を改ざんしたことは事実だが、結果を変えてないから問題なさそう。
528：名無しさん：2014/06/11(水) 10:23:44: な、キリがないだろ。下らない揚げ足取ったり。
まあ個々に委ねられる事項だが。私の結論としてはやはりまともに相手にすべきでないと思う。議論の質を下げる。
向こうでの議論を思い出して頂きたい。事実誤認や論理破綻が酷すぎる方一人のために周りが合わせる必要はないはずだ(こんなこと書くと人文系氏にお叱りを受けるな)。参照リンクも>>519からしてやはり読んでいないようだし。
529：名無しさん：2014/06/11(水) 10:33:53: スルーしたい人はしたらいいし好きなように議論するのが掲示板でしょ。
530：Yasu：2014/06/11(水) 10:36:12: >>528
エライ人の意見を、部分的にコピペして、
自分は高級な意見を言っている、と思っているのか？
さらに、自分は皆お見通しだから、自分の意見に同意しろと、再三に
渡って述べる事の恥ずかしさを、指摘されてもなお、理解出来ない。

自己責任で持論を述べた経験が無いらしい。
531：名無しさん：2014/06/11(水) 10:40:12: >>519で義務だと述べているのに>>525で仁義だと述べたり。
自分もハンネでしかないのに捏造派を批判したり(自身で仁義と述べているのに)。
ここだけですら突っ込みが追い付きませんぜ。
532：名無しさん：2014/06/11(水) 10:40:20: そのくせ武田先生のものは読むなとか言ったりしてるでしょ。参考になるし
為になることも書いてる。
ご自信が推薦するのは自由だけど他のものをけなしちゃだめじゃないかな。
533：名無しさん：2014/06/11(水) 10:53:32: >>532
武田先生の本件の言論を全ておかしいとは言ってないが。
確かに正論書いている部分はある。ただ、トンデモをかなり含んではいるから優先順位としては下にすべきだ。
534：名無しさん：2014/06/11(水) 11:00:03: まるでロンパールーム
535：名無しさん：2014/06/11(水) 11:10:04: Yasuさん、あまり熱くならないで。
僕もstap細胞はあると思っています。
「stap細胞はありそうだ」
「stap幹細胞も可能性あるぞ」
で、いいと思っています。
ここに居る多くの方は中立で正論を装ってはいますが、
どうもそうは思えません。
536：Yasu：2014/06/11(水) 11:11:09: >>534
業界用語を並べたり、省略言葉を並べたりした、
エセ科学論の方が、ロンパールームに近いと、ボクは思うがな。
537：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 12:01:36: >>530
そういうなら、君は当然STAPが実在することを証明した論文書いてて
論文誌に投稿する準備中なんだよね？

いつ頃載るのかな？読むから教えてほしいんだが
538：Yasu：2014/06/11(水) 12:03:22: >>537
ヨーチエンジ
539：名無しさん：2014/06/11(水) 12:07:43: とても疑問なんですが、笹井氏にしても丹羽氏にしても素人ではないわけで、これだけ自家蛍光が疑われている中でも、Oct4陽性細胞はあると言っているのに、まずそれを疑う人々は何を根拠にしているの？
540：名無しさん：2014/06/11(水) 12:13:30: >>535
あると主張するのは構わないが、何か具体的な根拠があるのかね? それがなければ意味はない。論理的飛躍、事実誤認なしに説明して下さい。
541：名無しさん：2014/06/11(水) 12:13:36: >>539

癌化してもそうなるから
542：名無しさん：2014/06/11(水) 12:20:24: >>539
Oct発現と万能細胞の間にハードルが相当あること理解している?
Oct発現しても死かそれに瀕した細胞の可能性があるわけで。例のライブセルイメージも、死細胞の誤認が有力。
543：名無しさん：2014/06/11(水) 12:23:47: >>542
僕？日本語読めないの？
544：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 12:32:17: >>519 Yasuさん、

論文撤回と名誉回復については>>524Baggioさんが述べられているとおりだろうと思います。
ただし、現在の状況では小保方氏の論文撤回は彼女に著しく不利になるというような主張は可能かも知れません。説得的に語って頂けるなら賛同される方があるでしょうか。

あと、
> ましてや、匿名を使ったり、自分は専門家では無いと自称したり、これから勉強します、などと
> 言ってみたり、大御所の意見を「読もうね」などと言って、自分の意見に箔をつける程度の理屈に、

今回のSTAP疑惑のように、すでに社会問題化している事柄について、私たちが一般の立場で議論することは何ら問題ないと思います。もちろん個人攻撃や誹謗中傷は論外ですが、基本的にこういった公の場での意見表明は自由ですから、もしおかしな点があれば相手を尊重した上で論理的な反論をすべきだと思います。

あと余計なことですが、>>528さんのご指摘にあるとおり、反論される場合は一応は相手の提示した情報なりに目を通すのが礼儀だと思います。そうでなければ一方的に自説をごり押しするだけと受け取られてしまいますので。それはYasuさんにとっても心外であろうと思われます。
545：名無しさん：2014/06/11(水) 12:33:46: >>543
ライブセルイメージが誤認というのが有力な以上、少なくとも素人でないからと言って鵜呑みにできないということ。気づいたなら公開前に取り換えるはずだろう。
まあ何だかんだそこまではできるとは思うけど。そこから先が棘の道ということ。
546：名無しさん：2014/06/11(水) 12:37:17: >>542
539は、Oct4陽性細胞の有無しか書いていないから、万能性の話は飛躍しすぎ。
Oct4陽性細胞=万能細胞ではないと主張しながら、自らOct4陽性細胞=万能細胞と述べているのは、小学生レベルの日本語としても変だよ
547：名無しさん：2014/06/11(水) 12:39:53: >>545
笹井さんは結構ドライだから、間違えに気づいたら素直に認めるよ。
公開されている情報が怪しいからと決めつけは良くないんじゃない？
ついでに割りとネットも見てるから、さまざまな疑惑に対して自分で確認して、それでも存在すると考えたから記者会見したんだよ。
548：名無しさん：2014/06/11(水) 12:41:40: >>541
あんなマイルドな条件でガンになるか？
しかもT細胞www
549：Yasu：2014/06/11(水) 12:46:00: >>544
社会問題になっていませんよ。
ボクの知る限り、香港・中文・大学の李教・授が、STAP細胞の存在を否定する論文を、
Nature誌に投稿し、リジェクトされたと訊いています。その後の動向は判りません。
（どなたか、ご存じですか？）
いわゆるマスコミ用語のリケジョの活躍やら、服やアクセ・サリーのブラ・ンドが
とりざたされたに過ぎません。

公の場での意見表明は自由です。
しかし、論文に書かれている「学問的内容」に関して、批判を加えるのは、
表現の自由に担保される意見表明とは違います。
ボクは、その点はわきまえて書き込みしているつもりです。
（NGワード回避の為に、読みにくくなっています）
550：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 12:47:00: >>526
すでに実験やってるようなもんだね。

>>538
自らの提言に責任を持たないなら、相手にするだけ無駄だな。
以降は放置するか。
551：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 12:52:15: >>539

Oct4陽性細胞はあっても良いかなと思っていますので、疑っている人々には該当しませんが、コメント。

笹井氏も丹羽氏もNature投稿時は、自分で実験してないから、小保方氏から聞いた話を鵜呑みにしただけだと思う。
二人は、ラボ外（当時は若山ラボ）の人間なので、小保方氏からリアルタイムでは実験結果の報告は受けているはずがない（これは事実らしい）。
と言うか、論文の画像と論文にある実験項以外の部分は知らなかったと思う。
そもそも、二人とも論文作成の後半の方で関わったと言っているしね。

バカンティ氏からの強い要請で、若山ラボの関係者でも特定の人間（ほぼ若山氏一人）にしか結果を見せていなかったらしいし、若山ラボの報告会では小保方氏は1回も報告をしていないと言うのは事実。
さらに、成果をプレゼンする面接でも笹井氏や若山氏など特定の人物だけで非公開で行った事が明らかとなっている。
笹井氏が論文作成時に、実験事実をキチンと生データで確認し、実験ノートを見ていたら、Natureを出す前に実験ノートの杜撰さとかデータの取り違えなどは把握出来ていたはずなので、記者会見での話からしても、笹井氏が生データで確認していないのは明らか。

つまり、笹井氏と丹羽氏のOct4陽性細胞があると言うコメントは参考にならない。
552：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 12:52:33: >>528

いえ、私は人を叱るような立場にはありません。ここはお互いに同等の資格で議論をする場だと考えます。
また、もしある人の議論が無価値だと思われるなら、>>529さんのご提言通り基本スルーでよいと思われます。下手に構うとスレが荒れる原因にもなりますので。

ところで>>409で
> 自分含めこっちの議論投げた旨の書き込みがあったはず

というのは「パートⅠ」スレで2013年以降の論文不正の話をされた986番さんのことでしょうか。986番さんには次スレ（「パートⅡ」スレ）で筑波大の不正の例をご教授頂きましたが、大変有意義なコメントだったと思います（>>323）。
553：名無しさん：2014/06/11(水) 12:53:25: 私も528の意見に基本的には賛成です。Yasuさんのコメントは主題があっちに行ったりこっちに行ったりで、確固たる論拠をもってコメントしているとは思えません。結局この方の原点は243であって、科学的な議論よりもむしろ信仰のレベルに近いような気がします。しかも、520-523や537-538を読むと、議論の主題とは無縁の、相手への罵倒もお得意らしい。こういう掲示板では当然のことながら、書かれたことがすべてであって、仮に工学修士さんが「ボクちゃん」や「ヨーチエンジ」であったとしても（私は毛頭、そうは思っていませんが）、まともな議論にはなんら影響しません。むしろ、こういう、男女の痴話げんかのような悪罵の類は、せっかくの議論の質に大きく影響すると思いますね。
554：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 12:56:13: >>549 Yasuさん、

> しかし、論文に書かれている「学問的内容」に関して、批判を加えるのは、
> 表現の自由に担保される意見表明とは違います。

いえ、そんなことはないと思いますよ。
学問的内容であっても、批判は自由だと思います。
もちろん、掲示板やブログでの批判と、論文発表による批判は自ずと重きが異なるでしょうが、それはそれ相応の評価がされるということだろうと思います。
555：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 12:59:56: >>549
>>ボクの知る限り、香港・中文・大学の李教・授が、STAP細胞の存在を否定する論文を、Nature誌に投稿し、リジェクトされたと訊いています。その後の動向は判りません。

事実は知りません。
しかし、STAP細胞の真偽を理研が検証している中で、STAP細胞の存在を否定する論文を投稿しても、当然、リジェクトされるでしょう。
再検証実験の存在をNatureも知っている状況下では、当たり前。
556：名無しさん：2014/06/11(水) 13:00:58: >>547
残念ながらあの会見は生物板で論破ないし説明できるとされた事項以上のことを説明していない。そして会見自体に矛盾があり、鵜呑みにできない。いくつかあるが、過去にあまり出さなかった方の見解を。
nosumi.exblog.jp/20586616/
557：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 13:02:15: >>549
>>しかし、論文に書かれている「学問的内容」に関して、批判を加えるのは、表現の自由に担保される意見表明とは違います。

論文として公の場に出したのですから、それが批評されるのは当然のこと。
良くても悪くても。
558：名無しさん：2014/06/11(水) 13:04:17: >>548

あれも癌化して白血病になるよ

ほとんどの細胞がくたばる条件はマイルドではないな
559：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 13:05:14: >>551 Baggioさん

> バカンティ氏からの強い要請で、若山ラボの関係者でも特定の人間（ほぼ若山氏一人）にしか結果を見せていなかったらしいし、若山ラボの報告会では小保方氏は1回も報告をしていないと言うのは事実。
> さらに、成果をプレゼンする面接でも笹井氏や若山氏など特定の人物だけで非公開で行った事が明らかとなっている。

そうなると、前スレ201番、213番あたりで議論に挙がったピアレビューの話は、やはり無かったか不充分にしか行われなかったことの傍証になるでしょうか。
560：名無しさん：2014/06/11(水) 13:15:37: >>552
そこじゃないと思う。そんな有意義なコメは書いた記憶はない。
記憶が定かなら500後半(70付近?)かと思うのだが、間違ってても許してね。このスレか確証がない。ちょっとログ見てみます。
561：名無しさん：2014/06/11(水) 13:17:17: 意見が正反対だからと言って排除したがるのは感心しないな。本人が
そう思っているのだからそれは一つの意見として受け止めたらいいじゃない。
武田先生のような人がここに現れたら議論にならないということになるね。
562：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 13:27:16: >>560
もしかするとこれでしょうか。
パートⅠスレの378番からの議論がありました（>>323）。

378 ：名無しさん：2014/05/04(日) 19:20:22
>>371
もう一つの掲示板とか酷いよね。陰謀とか権威主義とか下らない書き込み多すぎて投げた。

このあと382番、385番、387番、390番とレスがつづくようです。
563：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 13:28:01: >>510への追記です。

もしSTAP幹細胞株が多数の細胞が集積したものであって、その中で1-4%の割合でTCR再構成を持つT細胞起源の幹細胞が確認できるというのであれば、幹細胞株でTCR再構成が確認できるものは当然存在する、ということになるのでしょうか。
「1-4%の割合で必ず存在する」のか「存在する確率が1-4%しかない」のか、読み方によっても変わってしまいますが（あるいは私は誤読しているでしょうか）。
564：名無しさん：2014/06/11(水) 13:28:31: ２月に三回成功した場には笹井さんも立ち会ったはずだけどなー
565：名無しさん：2014/06/11(水) 13:30:02: >>563
株として確立する際にセレクション入るけどな。
566：名無しさん：2014/06/11(水) 13:34:25: >>562
それだ。全然違って失礼(70番というのはかろうじてあってたが)
567：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 13:35:54: >>565
コメントありがとうございます。

すみませんセレクションってどんな感じでしょうか。
成功したものと失敗したものを選り分けるとかでしょうか。
568：名無しさん：2014/06/11(水) 13:37:57: >>561
武田先生でも正論なら歓迎しまっせ。
569：名無しさん：2014/06/11(水) 13:40:49: 新たな情報が入って参りました。これは致命的じゃないか。
www3.nhk.or.jp/news/html/20140611/k10015134871000.html
570：名無しさん：2014/06/11(水) 13:47:46: >>567
幹細胞は作ったことないけれど、通常、目的の細胞を誘導した場合、TCR再構成のある幹細胞を欲しいと意識しなければ、増殖力旺盛な細胞郡を選ぶから、仮説になるが、TCR再構成幹細胞が、それ以外より増殖力低いなら、その時点で人為的に排除されます。
全てのT細胞にTCR再構成があると思って樹立したのなら、わざわざヒョードルな細胞群を拾わないという話。
わずかでも、TCR再構成のある幹細胞が欲しいと思います樹立していたのなら、増殖力旺盛なのからヒョードルなのまで、根こそぎ拾うけど、若山先生がT細胞にTCR再構成が全てあると思って実験していたのなら、拾えないよね？
増殖力がTCR再構成していない細胞由来の幹細胞と同じなら、同じ確率で拾うかもしれないけれど。
571：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 13:53:24: >>569

これも小保方氏はデータを取り違えたと言うのだろうか・・・
572：名無しさん：2014/06/11(水) 13:55:37: >>570
TCR-Rあれば増殖能が上下するって根拠がないんだよな。
逆にあれば増殖能が上がってより高い確率で拾う、というのも可能だ。
573：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 13:56:49: >>569
日経サイエンスも号外来た。無料でダウンロード可能だ。

www.nikkei-science.com/wp-content/uploads/2014/06/20140611STAP.pdf
574：名無しさん：2014/06/11(水) 14:04:30: >>572
仮説としては、高率で拾う可能性もあるが、実際に拾ってないのだから、低率で拾う状態になったのでしょう。
575：名無しさん：2014/06/11(水) 14:07:43: この前のSCの異常に関しては、キメラとか解析されてないから完全確定とは言えなかったと思う。しかし今回は大本のSTAP自体の疑惑。しかも通常産まれないマウスでの実験。
自分は致命的だと思うのですが、皆様の見解を聞きたい。
576： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 14:26:27: >>573
これ、すごいですね。ｍＲＮＡのＳＮＰ解析か・・・。
凹グループが証拠隠滅し損ねた、唯一の現存するＳＴＡＰのデータだからな。
ただ、ＮＧＳ解析に出した細胞株を間違えたとか、そういう言い逃れは可能だが、
それはそれで認知症レベル。科学者をやめるべきですね。
577：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 14:35:58: STAP細胞5つをデータ登録して、その5つすべてがトリソミーって・・・
終了ですね。

論文では細胞分裂しないからセレクションではないと結論したのに、細胞分裂しないと出てこないトリソミーがすべてに見られるとは・・・
さらにSTAP細胞だと言って出しているmRNA配列のデータの1つは、多能性を持たない単なる体細胞だったとは・・・

ここまで杜撰だと救いようがない・・・
578： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 15:04:16: >>563
>もしSTAP幹細胞株が多数の細胞が集積したものであって、その中で1-4%の割合でTCR再構成を持つT細胞起源の幹細胞が確認できるというのであれば、幹細胞株でTCR再構成が確認できるものは当然存在する、ということになるのでしょうか。
>「1-4%の割合で必ず存在する」のか「存在する確率が1-4%しかない」のか、読み方によっても変わってしまいますが（あるいは私は誤読しているでしょうか）。

私の発言、なんでいつも、スルーするのかな？もし良かったら、読み返してみて？

ＩＮＰＵＴ：ＣＤ４５＋細胞塊中に、ＴＣＲ再構成のある細胞の割合は、１～４％でしょ。
ＯＵＴ１：ＳＴＡＰ細胞塊中に、ＴＣＲ再構成のある細胞の割合は、？です。でも、１～４％と仮定しましょう。
ＯＵＴ２：ＳＴＡＰ幹細胞塊中に、ＴＣＲ再構成のある細胞の割合は、これも、？です。でも、１～４％と仮定しましょう。

で、ＴＣＲ再構成があるかどうかを検出するには、ＰＣＲで目的の塩基配列だけを切り出し、その量を増やした後、
電気泳動でバンドを見るわけでしょ。
そのＰＣＲにかける検体が、ＣＤ４５＋細胞塊であろうと、ＳＴＡＰ細胞塊であろうと、ＳＴＡＰ幹細胞塊であろうと、
目的の塩基配列の量を増やした後に、電気泳動かけるんだから、結果は同じでしょうが？

ＳＴＡＰ幹細胞塊で１～４％の確率で検出されるって、
それって、１００個の細胞から1個の細胞を取り出した時に、その細胞にＴＣＲ再構成がある確率でしょ。

何度も言うように、何かメカニズムが働かない限り、
ＳＴＡＰ細胞とＳＴＡＰ幹細胞では、ＴＣＲ再構成の検出確率は、同程度でないとおかしい。
つまり、丹羽の資料Ｐ１２？は、間違っているということです。
579：名無しさん：2014/06/11(水) 15:06:41: >>573 破壊力凄まじいですね

もう検証実験が意味あるか不明です
580：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 15:27:38: >>578

丹羽氏のプレゼン資料は、新プロトコルを踏まえて説明されたものなんで、STAP細胞からSTAP幹細胞に培養する際にTCR再構成が見られない理由として、何からのネガティブなバイアスがかかっている可能性があると丹羽氏は説明しています。
そう言う資料です。

新プロトコルの該当部分「・・・・none contained the rearranged TCR allele, suggesting the possibility of negative cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin) for STAP cells to give rise to STAP stem cells in the conversion process.」

ですので、丹羽氏はTCR再構成以外でも初期化の根拠を示す方法を検討すると述べていたはずです。
ネガティブなバイアスについては、具体的には明言されていなかったはずですので、言い訳の様な感じですけどね。
581：名無しさん：2014/06/11(水) 15:39:48: トリソミーは致死的というか生まれてこないのがほとんどだからね。
ヒトでは知っていたけど、やっぱりマウスでも致死的なんだ。
582：名無しさん：2014/06/11(水) 15:48:21: 研究不正を疑う、暴く側もいい気はしないだろうな。とりあえず遠藤氏には惜しみ無い賞賛を送りたい。真に科学者たる存在と。
583： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 15:57:31: >>563
要するにあなたは、
・ＴＣＲ再構成のある細胞の存在確率と、
・ＰＣＲ＋電気泳動によって、バンドとしてＴＣＲ再構成を、目で見て確認できる確率を、
混同しているわけだ。

確かにキメラの場合は、胚盤胞に注入できる細胞数、ならびにキメラ個体まで成長できる細胞数に限りがあるため、
「ＴＣＲ再構成のある細胞の存在確率」が、もろに影響してくる。
しかし、ＳＴＡＰ幹細胞の場合は、「ＴＣＲ再構成のある細胞の存在確率」は、無関係。
細胞塊の中に、一個でもＴＣＲ再構成のある細胞が含まれていれば、
ＰＣＲにかけた段階で、ＴＣＲにかかわる塩基配列は量産されていてるのだから、
電気泳動をかけた際に、１００％、バンドとして、目で見て確認できます。（ＴＣＲ再構成が検出される）
584：名無しさん：2014/06/11(水) 16:08:09: >>583は基礎的な知識がないね。
585：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 16:16:38: >>573
の
実は一番重要なのは最後の一文だと思うんだ。

＞結果は近く論文として発表される。

論文発表ですよ。その衝撃たるや・・・
586：名無しさん：2014/06/11(水) 16:24:56: 批判するなら匿名ではなくて実名を出して論文として発表しろ、って言っている人が複数いた気がするので、
ちょうどいいんじゃない？
587： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 16:33:29: >>584
はい、私は専門家ではありません。
しかし、論理的に考察する能力は、あるはずです。
間違っている箇所がありましたら、そこをピンポイントで、ご教授頂ければ、
知識も増えますし、ありがたいです。よろしくお願いします。
588： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 16:37:38: 正直言って、「ＥＳとＴＳは、接着しない（分離する）」とする２羽と些細の説も、疑わしい。
確かに、酸処理してなければ、そうなるだろうことは、なんとなく想像はつく。
しかし、酸処理して「死に体」となったＥＳ・ＴＳなら、「凝集しない」とは言えないのではないか？

これは、例えば、ＣＤ４５＋細胞に含まれる、
Ｔ細胞、Ｂ細胞、造血幹細胞、マクロファージ、その他、の細胞で考えてみると、わかりやすい。
酸処理していなければ、これらの細胞種は、凝集しないだろう。（同じ細胞種でコロニーをつくるだけ）
種類が異なる訳だし、多細胞化による共生関係にもないのだから、これは当たり前だ。
ところがＳＴＡＰ実験下で、酸処理した後の「死に体」の細胞は、細胞種が違っても、凝集するのでしょ。

その理由を考えてみると、推測になるが、
１．マクロファージによる寄せ集め。
２．瀕死状態なので、（細胞種を問わず）他の細胞に接着して、栄養やエネルギーを奪い取ろうとしている。
まあ、凝集の理由は、こんなところ？

でも、これって、どう考えても、酸処理して「死に体となったＥＳやＴＳ」でも、同じ状況になるでしょ。
誰も実験してないみたいだけど、僕は「死に体」となった細胞は、細胞種を問わず、凝集すると思う。
二羽と些細は、酸処理していない「ＥＳとＴＳは、接着しない（分離する）」と言っているだけであり、
酸処理した後に「ＥＳとＴＳが凝集するか」については、何も語っていない。
ある意味、巧妙な、言葉のトリックである。なので、それを真に受けて、議論をミスリードしないで欲しい。
２羽と些細は、捏造の容疑者であり、彼らには、真相を隠そうとする動機があるのだ。
589：Yasu：2014/06/11(水) 16:47:34: >>586
批判するなら匿名ではなくて実名を出して論文として発表しろ、
って言っている人が複数いた気がするので、ちょうどいいんじゃない？

御意です。
これで決着が付くと思います。
可能性は、小保方さんの撃沈かな？
残念ですが、言い逃れは出来ませんね。

ただし、（あくまで可能性の話ですが）遠藤さんらの批判に間違いが有った場合も、
結構な結果になります。
590：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 16:51:01: >>575
STAPの捏造ほぼ確定。生まれてないのはダメでしょ。
もう検証実験は実況見分程度の意味合いしかなくなったと思うな。

ほぼトリソミーが見られたというから、トリソミーの発生してた
ES細胞を使いまわしたということになるかな？
591：名無しさん：2014/06/11(水) 16:58:33: 不可解なのは、こんなすぐにわかる捏造をやるかな？
誰かにはめられた？
592：Yasu：2014/06/11(水) 17:16:52: >>591
捏造というより、あどけないミスと言うべきでしょうね。
（指摘が正しければ）

いずれにしても、学問研究として体を成していません。
593：名無しさん：2014/06/11(水) 17:19:51: 博論やらコピペやらから考えても彼女がやったとしか考えられないんだよなあ。
キメラとテラトーマはどう思います? 今更ながら解析必要か不要か。
594：名無しさん：2014/06/11(水) 17:34:18: 辞任要求。まあ妥当やろな。
www.sponichi.co.jp/society/news/2014/06/10/kiji/K20140610008342650.html

関係ないけど、どの辺で懐疑的になった? 自分は2月半ばにノフラー氏の5つの疑問見たとき。進化は些細な刺激による初期化を排除してきたはず(で合ってたか?)というので懐疑的になった。でコピペやらTCR再構成なしやらで確信に変わった。
595：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 17:35:29: >>583
>>しかし、ＳＴＡＰ幹細胞の場合は、「ＴＣＲ再構成のある細胞の存在確率」は、無関係。
>>細胞塊の中に、一個でもＴＣＲ再構成のある細胞が含まれていれば、ＰＣＲにかけた段階で、ＴＣＲにかかわる塩基配列は量産されていてるのだから、電気泳動をかけた際に、１００％、バンドとして、目で見て確認できます。（ＴＣＲ再構成が検出される）

PCRの検出限界を考えてちょうだい。
1個でも細胞が存在しさえすれば、100%必ず見えるって方法じゃないよ。
596：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 18:16:47: >>594
野依氏も辞任したほうがいいと思うけどね。
部下の責任はトップの責任だし。

俺はkahoの日記を読んでから懐疑的になった。
論文の稚拙なミス、改ざんを知って確信になった。
597：名無しさん：2014/06/11(水) 18:34:34: こんな稚拙な嘘、普通つくかしら？
ちょっと怖いものがありますが、実は小保方氏は本当と信じていたのかも知れない。いずれにせよ、こんなレベルだと、それ以外の人は騙されたということにならざるを得ないですね。

小保方さん 応援パートⅢ