小保方さん　応援パートⅢ

1：まっちゃん：2014/06/05(木) 13:00:55: 　ttp://jbbs.shitaraba.net/study/12333/
という掲示板がありましたが、スパムが寄せるので、休止しました。
　（ ※　個人への中傷というスパムが寄せてきて、削除依頼が来たが、
　　　　私はいちいちスパムを管理する手間は掛けられないので・・・と管理人さんからの伝言です。
このコーナーは、まじめな討論の場です。個人中傷は禁止です。何故閉鎖されたのか解らないのですが常識的な言動でお願いします。
まっちゃんの意見
　擁護派でして、石井委員長の調査が杜撰であり本人が納得するまで調査するべきだったと考えています。しかも小保方一人が不正、捏造したと　
　発表したものですから刑事犯の犯罪者と思ったのです。論文の一部に強引なミスがあっても主要部分がよければいいのではないか。
　またまた、おかしな報道がでています。ESと STAP細胞は混ざらないと言うのに遺伝子が二種類出てきた。
　それよりか応援したいのにかなり不利です。記者会見で見た小保方さんは真面目そうな、嘘を言ってる感じがしなかった。
　まっちゃんの「見る目がなかったのかなぁ」と。
363：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 10:38:42: >>341
>>その結果の断片が（恐らく恣意的に）理研内部からリークされているのです。

おそらく、若山氏などからのインタビューを元に、マスコミが面白くなるように断片的にセレクションしているだけです。
364：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 10:41:33: >>362

ここまで間違いだらけの論文は撤回しなければ科学者として失格です。
STAP細胞が存在するなら、キチンとしてから訂正論文を出すのが同然の行動です。
Natureから撤回勧告に近い著者自身で撤回してはどうかという提案がコレスポンディングであるバカンティ氏に出されています。
365：Yasu：2014/06/10(火) 10:42:02: >>360
だから、kaho氏の行動には問題がある、と思うのです。

少なくとも、ボクは、報道等から得られる情報だけで、小保方さんに
捏造の疑いを掛ける事は不適切、と述べているだけです。
「学問科学」としての擁護も批判もしていません。
366：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 10:47:30: >>365

そうですか？
kaho氏は、報道から得られた情報で解析をしたのではありませんよ。
小保方氏の論文で開示されている生データと遺伝子データバンクに登録されている生データを解析して意義を唱えています。

匿名の日記で述べているだけのことと、掲示板で匿名で書き込みすることは同じだと思います。
367：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 10:52:08: >>351 >>365 Yasuさん

kaho氏の評価については、私は>>360 >>366 Baggioさんの見解を支持します。
しかもkahoさんはもう匿名ではありません。遠藤高帆さんの名前で堂々と主張されています。
（>>283のNHK記事参照）
また誤解があるようですが、kaho氏は報道から得られる情報で判断したのではなく、理研に残っている科学データから、自身の科学的手法を用いて分析し（Chip-seqとCNVの分析）結果を公表しています。
もちろんkaho氏の仮説が正しいかどうかは今後の検証を待たねばなりませんが、理研内部から疑惑解明に一石を投じたという点では評価すべきだと私は思っています。

小保方氏に対する批判派はすべて悪意があるという認定は、もはや現時点では支持され得ない見解だと思います。もし擁護派として主張しうる面があるとすれば、それは小保方氏が論文不正については多くの疑義はあっても、実験そのものは（ある程度）成功していたという可能性でしょうか。
その可能性はまだ残っていると思います。
368：名無しさん：2014/06/10(火) 10:57:56: >>361
まあ穏当な表現でないけれども、未だに>>362のような論理的飛躍や事実誤認が酷すぎる方を相手にして議論として何か有意義になるのかという問題があります。
過去レスから分かるのは平行線にしかならない。それはレスの無駄ではないか。だからこそ向こうに避難する方がいたわけです。
369：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 10:58:28: >>367

その通りだと思います。
STAP細胞が存在しても、論文の間違いについては、微修正できるレベルの間違いではないので、撤回して訂正する必要があります。
370：Yasu：2014/06/10(火) 11:06:18: >>367

ボクが述べたのは、
報道から得られる情報以上の、
自分で調べたり、分析したりした内容で批判することは、
もはや「学問科学」だから、相手と同レベル（今回の件であれば）
Natureに投稿する必要があると思う、と言う事です。

掲示板で議論されていることは、
報道から得られる情報から、どのレベルまでの結論が出せるか？
という点に過ぎない、と述べたのです。

蛇足ですが、
論文に疑義があれば、論文として存在価値が無い、と言ってしまうと、
疑義の有る無しを議論する土俵である、論文誌の存在を否定することになります。
371：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/10(火) 11:11:35: >>358
8ページ見たけど、
IMPORTANT . (iii)　に
[none contained the rearranged TCR allele]って明確に書いてあるが・・・

どこにTCR再構成があるって書いてある？

>>356
それは知らなかった。まぁ今後の受け答えで判断します。

>>362
念のため聞くが、なんで撤回すべきでないと思う？
今のところ、STAP出来た証拠はどこにもないわけだけど。
372：Yasu：2014/06/10(火) 11:16:00: >>371
＞どこにTCR再構成があるって書いてある？
TCR再構成の有る無しの論議では無かったはずですが？

＞念のため聞くが、なんで撤回すべきでないと思う？
既に書きました。
＃３７０あたりが最新の物です。
373：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 11:25:58: >>370

だから、kaho氏の物は報道から得られている情報ではありません。
また、論文として投稿すると言うことで、報告書としてまとめられ理研に提出された物です。
Natureに投稿したとして、それが載るかは別の話です。

>>掲示板で議論されていることは、報道から得られる情報から、どのレベルまでの結論が出せるか？という点に過ぎない、と述べたのです。

個人的な日記（kahoの日記）も同じですが、用いているデータは、報道から得られるような科学としてのレベルの低い情報ではないので、結論する科学レベルは掲示板より高いものであることは当然です。

>>論文に疑義があれば、論文として存在価値が無い、と言ってしまうと、疑義の有る無しを議論する土俵である、論文誌の存在を否定することになります。

飛躍しないようにお願いします。
そんなことは述べていません。

論文は疑義のあるなしを議論するものではなく、実験事実を元にした科学的な議論を報告するものです。
その実験事実に疑義がある以上、訂正するのは当然の義務です。
374：Yasu：2014/06/10(火) 11:32:50: 少し極論をすることで、問題の核心が見えることもあります。

仮にkaho氏のデータ、論理に間違いがあった場合、
kaho氏はどの様な責任の取り方が出来ますか？

という事です。
375：名無しさん：2014/06/10(火) 11:40:26: イスラエルハイテクベンチャーさんの記事によると･･･
「ＳＴＡＰ細胞ＮＧＳデーターを元に改竄・捏造・偽造されたＮＣＢＩ登録データー」
ＮＧＳデーターが何者かによって「捏造」（コピペ）されたそうだ。
この記事は、嘘だとは思えないのだけどな。

とにかく、kahoの解析も俎板の上にのって、科学者同士で磨き合っていただきたいです。
手続き上の問題とか、人格的な事を批判するだけでなくてね。
376：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 11:46:17: >>374

日記は、データの引用元が明らかになっていて、解析方法を提示していて、解析結果を開示しているのですから、間違いなら間違いであると判断されるだけなので、責任を取る必要はないと思います。
単なる参考程度の話です。

また、実名で論文にする方については、論文としての評価がそのまま責任になります。
解析方法に疑義がかかれば、その論文が撤回、訂正されれば良いだけです。
さらに、解析方法に捏造などの論文不正があれば、処罰の対象になり、懲戒解雇か諭旨免職になるだけです。
377：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/10(火) 11:47:52: >>372
ん？では何に対する議論だったのかな？

>>370
小保方氏がどうしても論文取り下げなかったら
kaho氏によるNatureへの投稿も必要だったかも知れんね。

まぁそんなことになったら小保方氏が更に恥をさらすだけだけど
それがお望み？
378：名無しさん：2014/06/10(火) 11:52:39: >>374

それはあなたにも言えるこどだ。
願望だけで人に疑いかけたでは済まない
379：375：2014/06/10(火) 12:10:04: >>376
そう簡単な問題ではないと思います。
壮大なネガティブキャンペーンですから。

kahoの解析は、完全に評価が決定して、誰もが認める、「証拠能力」のあるものでは、ないと思います。人文系ポスドク氏が、以前引用されていた、個人ブログもみていましたが、解析結果の読み方に「個人差」があるように思えました。
ですから、ゲノムデーターの解析には、慎重であるべきですし、研究者間の切磋琢磨が必要だと思うのです。
380：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 12:26:07: >>379

遠藤高帆氏は、証拠であるとは述べていませんが。
解析結果の読み方の個人差は、議論されれば良いだけです。
少なくとも、遠藤高帆氏は、解析手法を開示し、データの所在を示し、どう解析を行ったかをキチンとすべて開示しているので、そこに嘘がなければ、その解析結果は著者の主張であって、議論されれば良いだけです。
それに対して反論があるなら、どこの部分がどう間違いなのか、正しくはどうするべきなのかと言う別の著者が議論を投げれば良い話です。

この様なネガティブキャンペーンは別に特別な事ではありません。
結晶構造解析などの分野では、普通に解析結果の疑義が論文として投稿されます。
381：Yasu：2014/06/10(火) 12:42:54: >>380
だから遠藤高帆氏も論文投稿をすれば良い。

そう言っただけです。
382：375：2014/06/10(火) 12:44:01: >>380
政治的云々を言い出したのは、kaho本人であって、当初から純粋な科学的議論ではないように思えます。

論文上で反証を出し合って、または、学会などで、議論する分には、手続き上問題ないですね。
383：名無しさん：2014/06/10(火) 12:44:21: イスラエルハイテクベンチャーの記事持ってきてもあんまりな…。
登録データの改竄というのは無理がありすぎる。潰そうとしている勢力って何だよ。このブログの命題を真とするために幾つの仮定が必要になるか見当がつかない。
そもそもコピペやらをしなければよかっただけの話であって。毒麦とやらを蒔く必要はない。
384：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 12:51:18: >>381

それは日記での話でしょう。
日記でどう主張しようが本人の日記以上の物ではありません。
Openブログの管理人と同レベルの話。

実名を出して理研の職員として報告書を出して以降は、責任が発生すると思います。
日記での発言を同じ扱いにするのはお門違いです。
385：名無しさん：2014/06/10(火) 12:57:03: 匿名でも名誉毀損罪は成立するけどね。
386：名無しさん：2014/06/10(火) 12:59:22: >工学修士
Oct4陽性まではTCR再構成があるのだから、そこまではT細胞由来となりますね。
他の細胞からもSTAP作ったみたいだから、幹細胞にTCRがないから間違いとは言えない。
正確にはT細胞からできたことを証明できていない状態。
387：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 13:01:31: >>384で書いた>>381は
>>382の間違いです。
388：名無しさん：2014/06/10(火) 13:15:39: そもそもイスラエル(ryの主張が真ならば、少なくとも追試して失敗と報告した全ての研究所がグルということになる。しかもそれだけでなく偽の細胞を理研ですり替え、あまつさえ登録データの改竄すら行わなくてはいけない。
こんなのはムーの与太話と同レベル。到底信頼に値しない。
ネガキャンとか既得権益がどうのであれば、ES細胞に対してiPSはどうなりましたか? これだけで十分。
389：375：2014/06/10(火) 13:20:04: >>384
kahoの場合、実名を出さなかったから、ネガティブキャンペーンに成功したのではないですか？
バイアスがかかりました。実際に、女性？と思っていた人は、多かっただろうし･･･
理研職員？内部告発？というのも、効いたのかな？

日記にどこまで、責任があるのか？わかりませんが･･･
最初から論文として出すより、「ゲノム解析」という分野に脚光があびました。
宣伝になったのは、確かでしょう。
390：名無しさん：2014/06/10(火) 13:59:04: どこも追試に成功していない現実を見るべきだな。内容が正しいならば追試は成功されネガキャン()も起きなかった。
とりあえずネガキャン()の必要性を教えて下さい。それと登録データの改竄()が正しいとする根拠も。
391：名無しさん：2014/06/10(火) 15:09:01: Oct4陽性細胞までの追試には成功しているのですが、まだまだ安定しないのが難点です。
それでも、だいぶ条件を絞り込めてきました。
丹羽先生の中間報告には間に合わない見通しですが、その少し後には発表できそうです。
392：375：2014/06/10(火) 15:45:54: >>390
現実をみると、再現性が疑わしい論文は、世の中には結構あるようですね。「３割程度の論文にしか、再現性がない」といわれる分野のようですから･･･
他者の追試も、Oct4陽性までは、一月ほどで、再現出来るのだと思いますが、その先、初期化の証拠や、キメラまでとなると、どうしても、２年位はかかるのでしょうか？　

>>391
朗報ですね。
当該論文では、「ＣＤ４５陽性細胞は、分化した体細胞」として、論旨を組み立てています。懐疑論者は、初期化の証拠がないといいますが、論理的には、「ＣＤ４５陽性細胞は、体細胞である」と「Ｔ細胞は、体細胞である」は、同等の確かさしかないので、ＴＣＲの再構成がなくても、体細胞が、「リプログラミングされた可能性があるのでは？」と言う、幹細胞の専門家もいらしたように思います。
393：名無しさん：2014/06/10(火) 15:52:17: ＞Oct4陽性細胞までの追試には成功している
これが本当なら、ただの小保方外しだったということで終了なのでは？
これがマスコミに流れたらかなりの人々が理研に不信感を持つのは
免れないような気がします。
394：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 16:33:47: >>393

STAP細胞が真実だったとしても小保方氏と共著者が論文不正を行った事に変わりは無いです。
小保方氏の処分はSTAPの存在とは別物です。
理研自体はSTAP細胞が存在しないと言うコメントは一度も出していません。
395：名無しさん：2014/06/10(火) 16:35:14: 丹羽さんがどこまで追試に成功しているのか興味深いですね。
一部報道にあるようにOct4陽性細胞すら造れていないのであれば、中間報告でその旨述べるはずだけど、直後（？）にOct4陽性細胞の追試成功発表がなされたら、面目丸潰れというより、恥さらしの極地。
それはそれで理研に徹底的に恥をかいてもらう意味では良いのだけど、丹羽さん可哀想。
396：名無しさん：2014/06/10(火) 16:47:32: >>394
393です。
そう思います。
ただ世間の皆さんはどう思うかな、と思ったのです。
理研のまっとうな理屈よりも、
そっちの方が重要だということもあるのではないですか？
スポーツ新聞かなんかで、
「小保方大逆転！」なんていう見出しが出てしまう可能性だってあるし。
397：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 16:59:15: >>396

確かにマスコミの餌食になるのは見えていますね。
各社、雑誌、新聞が売れることしか考えてませんから。

粛々と対応するしか無いと思います。
やったことはやった事として処分を行うべきですし、世論の意見で処分の重さが変わるのは今後のためにもなりません。
理研は、何故、その処分になったかを、キチンと説明する義務は当然あると思いますが。
398：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 16:59:23: >>368
私はこういった議論をする際に、いつも必ずJ.S.ミルの言った「どんな少数意見でも公開され議論されるのが望ましい」という格言を思い出します。
それがたとえ誤った意見だとしても、今回の一連の議論が示すように、問題点をはっきりさせることに貢献しているというのが、私の意見です。
「向こうのスレへの避難」という話は初めて聞きました。まあ、私たちは最初から向こうが本拠地でしたが、Yasuさんという一人の論客に対して避難するという対応は、結果的には議論の負けを認めたことになってしまいませんか？
399：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 17:00:31: >>369 Baggioさん

前スレ以来、今回の一連の討論を振り返ってみると、やはり
（1）論文の不正問題
（2）STAP研究そのものの是非（STAPの実在性）
はやはり別個に考えていくしかなかったのかも知れませんね。

ただ、前々から主張していることですが、手続的公正を含めた不正疑惑への対応の問題が、今回の騒動を面倒にしてしまった嫌いはあると思います。その点で研究者コミュニティーは大きな課題を背負ったと言えると思います。
400：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 17:01:44: >>370 Yasuさん

確かにSTAP研究自体の是非は、論文で戦うべき、というご指摘は一理あると思います。
ただ、今回の場合は小保方氏の画像加工の問題、実験ノートに代表されるデータの不備など、Nature論文が正しいことの証拠を殆ど提示できていない、というのが大きな問題だと思います。
（小保方氏は4/9会見で実験的証拠は出すと答弁していましたが、まだその証拠がひとつも出てきていません）

ただ、不正認定の過程で、理研ないし科学コミュニティー全般にいろいろ不備があったことは確かです。これについては改革委員会が提起しているように、調査のやり直し、小保方氏を含む再実験の実現、理事の更迭など是正手段が執られるべきだと思います。

上のことが適切に対処されたという前提の上で、私はNature論文は一旦撤回の上再実験し再投稿、という結論を支持します。
401：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 17:04:36: >>377 工学修士さん
私の>>355は読んで頂けましたでしょうか？

>>386さん、>>391さんのご指摘にもありますが、Oct4陽性レベルではTCR再構成は確認できていますし、これは前スレの320さん、343さん、本スレの>>7栗田覚さんも追試に成功されています。
問題は、STAP幹細胞やキメラでもそれが確認できるかですね。
402： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 17:15:01: >>345
＞これについては>>7栗田覚さんが「ESとTSを混ぜて培養しても、STAP細胞のようなものにはならない」と否定的な見解を述べられています。

人文さんは、一見、中立なようで、判断が、擁護に偏りすぎてます。
この人が、エア実験でないという、証拠があるのですか？　まずは、それを提示してください。
Ｏｃｔ４の発現量も調べずに、誰かが実験しました、とここで記述したら、全部それを、鵜呑みにするわけですか？
そもそもここは、「小保方さん、応援パート」ですよ。そういう工作員がいても、なんら不思議ではないでしょう。

Ｏｃｔ４の発現だけなら、既に何人もの人が確認しているのではないですか？
香港の李教授だって、そうでしょ。でも、発現量が少なすぎるということで、撤退しました。
もともと、我々の身体を構成する細胞すべてに、Ｏｃｔ４遺伝子は含まれているのですよ。
でも、分化していく過程で、それが抑え込まれて、発現しないようになっているだけ。
でも、細胞が死んだり、ＤＮＡがばらけたりしたら、その休眠していたＯｃｔ４が、
偶然、いくらか発現することは、簡単に想像がつきませんか？

もし、本当に中立に議論がしたいなら、証拠も何も示さない、>>7 のような人の発言を、
あたかも既成事実であるかのような発言は、しないで欲しいね。
403： ◆tpyev2PYpI：2014/06/10(火) 17:17:39: 画像捏造にしても改ざんにしても、石井氏は差し替えが認められたのに小保方は撤回なのをどう説明するかかな？
理研が小保方氏を処分するならば。
それが科学コミュニティに普遍的に受け入れられる内容かどうかで、再現実験成功後のマスコミ報道と世論の向きが変わりそう。
私の認識では、そもそも画像の誤りについては、差し替えで対応すべき、改ざんとされた画像も白線入れればいいなら、入れた画像を差し替えれば良い話かな？
letterのESマウスの画像も同じ。
「間違い」箇所がやたらあるのは難点だけど、研究成果そのものに誤りがないのなら、差し替えで済むもの差し替えれば良いという認識。
一部報道に拠れば、野依氏は川合理事に対して「弁護士を雇うような人間は解雇しろ」と発言した模様。
事実ならば、驚くべき人権感覚の欠如と言わざるを得ず、そのような発言を理事に対して行う人物が独立行政法人の理事長として適格かどうかの審査が必要だと思います。
404：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 17:19:33: >>391
>>392
>>395

Openブログでもその話は出ましたが、ヒトT細胞はサイトカイン刺激でOct4を発現すると言う報告がなされています。
ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23207483

CD45陽性細胞を酸刺激した場合にOct4発現が起こらないと言う保証がありません。
Oct4が発現したからと言って、すぐに多能性を得た事にはならないですよ。
またCD45陽性細胞でも未分化細胞が混在している可能性があるので、キチンと純化して使う必要があります。
最低限、この辺りはクリアにしないとダメだと思います。
405：名無しさん：2014/06/10(火) 17:22:04: ＞人文さんは、一見、中立なようで、判断が、擁護に偏りすぎてます。
それはあなたも同じでしょう？
406：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 17:26:24: >>402
コメントありがとうございます。

私の議論が「一見、中立なようで、判断が、擁護に偏りすぎて」いるかどうかはご判断にお任せします。
>>7栗田覚さんの追試成功のご報告については、前スレ320番さん、343番さんが提起した追試成功の報告と以降の一連の議論が元になっていて、また本スレでは>>7、>>87以降のOct4陽性に関する一連の議論、そして>>386さん、>>391さんのご報告などがあり、ひとつの見解として無視できないものになっていると、私は認識します。
407：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 17:28:03: >>399

その辺りは難しい判断でもありますが、論文の疑義があり得ない間違えなので、別で考えた方が良いと思います。
仮に、論文不正の疑義がすべて適正な物であり、不正はなかった結論されたとしても、論文は正しい物となりますが、第三者に再現ができない限り、STAP細胞があるかどうかの議論は続くでしょう。
日本では、あるとして認知され、小保方氏を取り巻く環境はかなり違ったものにはなったでしょうし、理研も新法人の認定がなされたでしょう。
でも、諸外国では、他者が再現できるまで、真偽の議論は続くと思います。
408：名無しさん：2014/06/10(火) 17:28:31: >>404
結局は再現実験待ちだね。
自家蛍光なのか、酸でヒストン外れたのか。サイトカイン同様の刺激で発現したのか。
キメラまでいけば、CD45陽性の未分化細胞でかつ酸刺激で陰性になる細胞がセレクションされた可能性は残るにしても、小保方晴子が見たことは事実ということになります。
仮説が正しくない可能性は引続き残るけれど。
409：名無しさん：2014/06/10(火) 17:29:17: >>398
1人だけでなかったというのがこっちの問題です。せめて彼らには参照リンク読む位の努力はして欲しかったのですが。
事実誤認が多い方が何人もいて参照リンクも読まない(少なくとも1人はそう明言)、更に批判派はこちら側では半数かむしろ少数となると骨折り損というもの。
向こうのどのスレかは覚えていないけど自分含めこっちの議論投げた旨の書き込みがあったはず。
あなたもポスドクならあの論文を撤回しなくていいなんて結論には至らないでしょう。この方は論文書いたと主張しているにも関わらずそう言っている以上少なくともこの主張は手に負えない。違いますか?　しかも別スレに見られたように飛躍したりしている人はこの方だけじゃない。それなら真剣に議論したい方々は向こう行きますよ。
410：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 17:32:10: >>408

そうですね。

でも論文では、リプログラミングが起こったとしているので、未分化細胞ではダメでしょう。
分化した細胞から初期化で多能性を得たと言う事がアブストラクトに明記されていて、それをSTAP細胞としているので。
また、未分化細胞ならMuse細胞のようなものと言うことになります。
411：名無しさん：2014/06/10(火) 17:39:44: 擁護派も真実に向かって真剣に議論したいと思っていますよ。
412： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 17:42:28: >>355
>そこで、プロトコルではどうして「幹細胞」ではTCR再構成を確認できなかったかをいろいろ類推しているということです（Protocol Excange: p.8）。
人文さんに質問、いいでしょうか？

具体的に、どの文章を指しているのでしょうか？できれば、その文章、引用してもらえませんか？

ちなみに私は、ＳＴＡＰ→ＳＴＡＰ幹細胞になるにあたって、何らかのメカニズムが働かない限り、
ＴＣＲ再構成の検出確率は、ＳＴＡＰとＳＴＡＰ幹細胞で、同程度であるべきと考えています。
ただし、キメラになると、個体になれる細胞数が限られるので、ＴＣＲ再構成の検出確率は下がると予想します。
413： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 18:01:32: ＮＣＢＩのデータ、上げときます。

重要そうなのは、７と１６、、、
クリックした先のページで、Ｓａｍｐｌｅのとこの「more」をクリックすると、
どの系統のマウス由来か、など、いろいろわかるようになってます。
414： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 18:02:59: ＮＣＢＩのデータ、上げときます。

ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?Db=sra&DbFrom=bioproject&Cmd=Link&LinkName=bioproject_sra&LinkReadableName=SRA&ordinalpos=1&IdsFromResult=238286

重要そうなのは、７と１６、、、
クリックした先のページで、Ｓａｍｐｌｅのとこの「more」をクリックすると、
どの系統のマウス由来か、など、いろいろわかるようになってます。
415：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 18:04:02: >>412

>>288を参照下さい。
また、ttp://www3.riken.jp/stap/j/b9document1.pdf
このPDFのP10とP11に記載されています。
416： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 18:13:55: >>412
－－－－－－Protocol Excange: p.8から、引用します。－－－－－－－－
none contained the rearranged TCR allele, suggesting the possibility of negative
cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin) for STAP
cells to give rise to STAP stem cells in the conversion process. This may be
relevant to the fact that STAP cell conversion was less efficient when
non-neonatal cells were used as somatic cells of origin in the current protocol.
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
たぶん、この文章だと思うけど、
suggesting the possibility of negative
cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin)
この部分を、どう訳していいのか、悩ましい。
たぶん、Ｔ細胞にはＴＣＲ再構成があるものは、１０％～２０％しかないので、
ＴＣＲ再構成のないＴ細胞だったのではないか？とそういうことかな？
ここは、どう訳してよいのかわからない。
後半は、分かり易い。要するに、この再現実験は、新生児マウスを使わなかったんだ。
で、それを理由にしてる。

だけど、この２つの理由は、いずれも、
「なぜ、ＳＴＡＰとＳＴＡＰ幹細胞で、ＴＣＲ再構成の検出確率は等しくならないのか？」
この疑問には、何も答えていない。何も説明していない。
417：名無しさん：2014/06/10(火) 18:18:15: 幹細胞拾うときに元気の良いコロニーを拾うせい？
418：名無しさん：2014/06/10(火) 18:20:01: >>416
私訳だが持ってきた
blog.goo.ne.jp/yamanekohotaru/e/28a5b7f98697cd60d5258b362aea330c
419：Yasu：2014/06/10(火) 18:20:31: >>416
STAP細胞と、STAP幹細胞のTCR再構成検出実験は
同じ条件では無かったからではないでしょうか。

この文章が言っていることは、若い細胞を使わないと
上手くいかない（TCR再構成が起きない）から、注意してくれ、
という事ですよ。
何が大騒ぎすることなのか？不思議だ。
420： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 18:28:23: >>415
２８８を書いたのは私です。
私が言いたいのは、たぶん、丹羽氏の書いたこの資料の、
ttp://www3.riken.jp/stap/j/b9document1.pdf
Ｐ１１の内容は、正しいと認めますが、
Ｐ１２の内容は、間違いだということです。

なぜなら、論理的に、説明がつかないからです。
もし、ｐ１２の内容が正しいというならば、
それを論理的に、なぜそうなるのかを、説明してみてください。

ＳＴＡＰ→ＳＴＡＰ幹細胞になるにあたり、
何らかのメカニズムが働かない限り、ＴＣＲ再構成が見られなくなる（８株そろって）
という現象は、起こり得ません。
ＳＴＡＰ幹細胞にＴＣＲ再構成が見られなかったのであれば、
ＳＴＡＰ細胞でも、ＴＣＲ再構成はなかったはずです。（メカニズムが働かない限り）
メカニズムが働かない限り、ＳＴＡＰとＳＴＡＰ幹細胞は、
同程度の確率で、ＴＣＲ再構成が検出されなければいけないのです。（くどいね、ごめん）

Protocol Excangeでも、ＳＴＡＰ幹細胞についてＴＣＲ再構成の有無を述べていますが、
今度は比較対象である、ＳＴＡＰ細胞についてのＴＣＲ再構成の有無の記述を省略しています。
なんか、巧みですね。
ネイチャー論文は、その逆。ＳＴＡＰではＴＣＲ再構成を議論しているのに、
ＳＴＡＰ幹細胞に関しては、ＴＣＲ再構成を議論してない。
421：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/10(火) 18:47:10: >>401
すいません飛ばしました。申し訳ない。
ご解説感謝します。
422：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 19:01:35: >>419

電気泳動で見ているだけなので、同じ条件じゃないってことはあり得ません。
STAP細胞塊を用いてSTAP幹細胞を作製するので、>>420さんのご指摘の通り、何かしらのメカニズムが無い限り、STAP細胞でTCR再構成が見えたのと同じ確率で、STAP幹細胞にもTCR再構成が出て当然です。
なので、STAP幹細胞では、TCR再構成が起きないから注意しろというのは、おかしい記述だと言う事です。
T細胞は成熟細胞なので、若い細胞を使わないと上手く行かないと言うのは、未分化細胞を使っている可能性が疑われます。
STAP細胞は、成熟細胞を初期化して多能性を獲得したと言う趣旨なので、未分化細胞だとなるとSTAP細胞では無くなります。

>>420

私はP12が正しいとは言っていませんが・・・。
ここに書いてあると述べただけです。
423：名無しさん：2014/06/10(火) 19:08:49: >>422
輝度をいじってるから細胞塊のTCR再構成の度合いはわからないよ。
424： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 19:30:32: >>418
情報提供ありがとう。
ちょっと、熱くなりすぎたので、いったん離れます。
仕事の合間にでも、もう一度、αやβ、対立遺伝子のことなど、
ＴＣＲ再構成について、勉強し直してみます。
425：Yasu：2014/06/10(火) 19:30:33: >>422
成熟したマウスの細胞からでは、STAP幹細胞にTCR再構成が見られない事は、
STAP細胞にTCR再構成が見られない事と同質の現象だ、と言っているのだから、
この８株のSTAP幹細胞は成熟したマウスから出来た物なのでしょう。

一方、論文掲載の電気泳動パターンに依ってTCR再構成を確認したSTAP細胞は
新生児マウスから作ったものだったのでしょう。

上の事を以って、条件が違う、とボクは書いたのです。
426：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 19:32:56: >>422

度合いは関係が無いよ。
>>420さんが言っているのは、STAP細胞でTCR再構成が一定の確率で起こっているなら、それを用いたSTAP幹細胞でもTCR再構成が見られるのは当然だと言っているだけね。
STAP幹細胞にした際に、見られなくなるというなら、何でそうなるかの理屈を示すべきだと言うことでしょ。
427：Yasu：2014/06/10(火) 19:34:12: >>424
勉強し直す事は結構なことだが、
だとすると、
これまでの貴兄の発言は、不十分な理解から出た理屈だ、
という事になりますよ？
428：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 19:36:11: >>425

だから、成熟したマウスからSTAP幹細胞が出来たとしても、TCR再構成が見られていないと言うことは、初期化されたことを証明していないってこと。
STAP幹細胞については、セレクションである事の否定が出来ていない。
STAP幹細胞とSTAP細胞が同じ原理で出来ている証拠が提示されていないってことだよ。
429：Yasu：2014/06/10(火) 19:39:17: >>428
「同じ原理」とは書いてありませんね。
「同様の性格」（意訳です）と書いてあります。
430：名無しさん：2014/06/10(火) 19:51:49: 大人のT細胞にTCRが無いのなら
大人は皆免疫無いことになります

馬鹿らしい
431：源氏蛍 ◆VnRg4xmClA：2014/06/10(火) 20:02:35: >>416
その部分の訳は、

「細胞のタイプ（元の細胞の成熟度も含めて）に依存するネガティブなバイアスが存在する可能性を示唆している」

ぐらいの感じでしょうから、
T細胞全体あるいはTCR再構成を起こしているT細胞は細胞の種類的にSTAP幹細胞になりにくいのかもしれない、
もしかすると分化が進みすぎていると幹細胞になりにくいのかもね、くらいのことを丹羽さんは言いたいのかなあと私は考えています。

そのネガティブ・バイアスのメカニズムを具体的に解明できていないことに私は不満ですし、だったら一度分化した細胞が初期化されて多能性を持ったことの別の根拠を示さなければいかんでしょと思いますが。
432：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/10(火) 20:07:51: >>427
小保方氏もあのようなずさんな論文を書くのだから
不十分な理解のもとに研究してたってことだね。

なら貴方もSTAPが真実かどうかは怪しいって思ってるってことになるね。
433：Yasu：2014/06/10(火) 20:08:23: だからさ、
今、マスコミから流れている情報から、
小保方さんが捏造ぶっこいて、ごまかしていると言えるの？
434：名無しさん：2014/06/10(火) 20:13:51: 果たして>>243のようなことを未だに言っている人を相手にして何か意味はあるのだろうか。
まあ個々の判断に委ねられる事項だが。TCRなしが注意喚起に過ぎないとか(結局SCになかったことに変わりはない)、自身論文書いたと主張しているのにあの論文を撤回すべきでないと言っている辺り相手にしてもキリがないと思う。
435：名無しさん：2014/06/10(火) 20:16:53: そもそも論文そのものがおかしい
マスコミの情報は必要ない
436：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/10(火) 20:18:34: >>430
ないのは「再構成」ね。

>>435
そうね、だから小保方氏は論文撤回したわけだからね。
437：375：2014/06/10(火) 20:25:37: 「分化細胞特異的Cre組み換え酵素発現による恒常的子孫細胞追跡法」
Ｔ細胞で、行き詰まりを感じているので･･･
丹羽先生の検証実験（１６ｐ）のこの方法で証明されれば、初期化の証拠になりますか？

Ｔ細胞について、ある時期に、膨大な量の研究がなされ、それ相当の論文が出たため、却って、その性質が良くわからなくなってしまったというのを聞いたことがありますが、本当でしょうか？
438：名無しさん：2014/06/10(火) 20:27:10: 遺伝子に再構成がなければ細胞膜にはTCRも存在しないだろう

抗原をレセプトできず免疫が機能しない

大人になるってそうゆうことか？
439：Yasu：2014/06/10(火) 20:30:04: >>436
小保方さんは、検証実験がやりたければ、論文を撤回しろ、
とオジサンにドヤされて承知したのですよ。
大人は、そのくらいのことは、推察してあげるモノでしょ？
440：名無しさん：2014/06/10(火) 20:35:22: >>439 弁護士の妄想しか報道されてないよ
441：名無しさん：2014/06/10(火) 20:35:31: >>436
オコチャマはすっこんでろ
442：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/10(火) 20:44:47: >>439
それなら小保方氏を批判するべきなのだな。
なぜ弁護士を使わなかったのかと。弁護士はそのために雇ったのだから。
理研がそんなことを言ったのだったら、弁護士にとっては良い攻撃材料。
それこそ理研を悪者にして小保方氏は理研追及の星になれたのに。

>>441
いやぁ、飛び級で修士取れるほどIQ高くないけどねぇ。
443：名無しさん：2014/06/10(火) 20:45:00: >>436
まあ確かに再構成入れないと正確でないのだが(TCR自体がないという意味になる)、文章的には意味は通じるし省略しても問題ないのでないか。どうしてもならTCR-Rで問題ないかな?
444：名無しさん：2014/06/10(火) 21:08:02: あれだけ撤回に反対していたのだから、何らかの取引はあったんだろね。
445：素人：2014/06/10(火) 21:14:45: 素朴な疑問ですが、論文に反対している若山氏も、その友達もOct4陽性細胞までは固いといい、よくわからないのだけど、たぶん生物の世界では有能な笹井、丹羽もOct4陽性細胞には肯定的。
さらにこのスレの栗田氏も追試成功と述べて発表予定。
確かに科学的なデータは出てきてないけれど、特に笹井氏は有力な反証はないとまで発言。
普通に考えたら、Oct4陽性細胞までは存在すると考えると思うのですが否定派の人々は、どういった根拠で否定しているの？
446：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 21:18:46: >>433

皆、マスコミの情報に関係なく、論文とプロトコルを読めば、論文が矛盾している事になると述べているだけよ。
論文の主旨が証明されていない事は明確になっている。
だから、丹羽さんも初期化で多能性を得た証拠を出すために、TCR以外の方法で証明をなんとかしようとしている。

>>439
>>小保方さんは、検証実験がやりたければ、論文を撤回しろ、とオジサンにドヤされて承知したのですよ。

それもマスコミからの情報。
理研は否定している。
自分に都合の悪いことは、マスコミの情報で信じるなと言い、自分に都合の良いことは、マスコミからの情報を元に正解かの様に述べる。
取るに足らない。
447：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 21:20:03: >>444

バカンティー氏から撤回に同意してサインをNatureに送ったと言われたからだよ。
それも相談無しに事後報告でね。
448：名無しさん：2014/06/10(火) 21:20:27: >>445

死細胞及びガン細胞ですら発現擦るから
449：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 21:24:27: >>445
>>普通に考えたら、Oct4陽性細胞までは存在すると考えると思うのですが否定派の人々は、どういった根拠で否定しているの？

Oct4の発現は多能性の指標になるが、初期化されたかどうかは別の話なのでね。
そもそも未分化の細胞をセレクションしてきただけなら、そもそも多能性を持っている細胞を分けてきただけなので、Oct4は当然発現する。

STAP細胞のミソは、分化した細胞が初期化されて多能性を獲得した事にあるので、TCR再構成でも他の方法でも何でも良いが、初期化した証拠を提示する必要があるから。
未分化細胞のセレクションならMuse細胞が既に報告されているので初めての事ではないのよ。
450：Yasu：2014/06/10(火) 21:26:09: >>446
＞皆、マスコミの情報に関係なく、論文とプロトコルを読めば、
論文が矛盾している事になると述べているだけよ。

論文には、STAP細胞のTCR再構成に関して書かれている。
理研発表のプロトコルには、STAP幹細胞のTCR再構成に関して書かれている。
この２つの実験には、同じマウスの細胞は使われていないと推察される。
よって、矛盾も何も無い。

＞自分に都合の悪いことは、マスコミの情報で信じるなと言い、自分に都合の良いことは、
マスコミからの情報を元に正解かの様に述べる。

大人としての推察、と書いたはずだが？
451：源氏蛍 ◆VnRg4xmClA：2014/06/10(火) 21:26:28: >>445
私はOct4発現までは事実であってもおかしくないと思っていますよ。
むしろそこまでは事実である可能性のほうが高いと思っています。
ただ、それが多能性に結びつくものではないのだろうと思っているだけです。
452： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 21:27:18: >>427
>勉強し直す事は結構なことだが、だとすると、
>これまでの貴兄の発言は、不十分な理解から出た理屈だ、という事になりますよ？

まず言いたいのは、論理的な考察・議論をするのに、身分は関係ないということ。
論理的に、筋さえ通っていれば、小学生が参加してもＯＫだと思います。
（私は、国立大の理学部を出てますが、院は出てません。つまり、専門家ではありません。）

それと、「論破してもらえると、逆に、うれしいのです。」
なぜなら、今まで知らなかったこと（真実）が、分かるからです。
ですから、ＴＣＲに関して、αやβのことを含め、もっと深く学習すれば、
ひょっとすると、ＴＣＲ再構成が、ＳＴＡＰ幹細胞になると消失してしまう理由が、
わかるのではないか、、、そう期待している訳です。
453：名無しさん：2014/06/10(火) 21:28:08: つける薬ねえな
454：名無しさん：2014/06/10(火) 21:28:15: >445
Oct4陽性細胞は理研が発見したのであって
小保方さんが発見したのではない。
と、理詰めで言いたいのではないでしょうか？
ずーっと前から言われていた懸念ですよね。
455：名無しさん：2014/06/10(火) 21:32:05: 管理人へ

役一名袋叩きだが
これがあなたの望みか？
456：名無しさん：2014/06/10(火) 21:34:21: 言っておくが
俺はスパム云々の言い訳など
まったく信用していない
457： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 21:34:52: >>451
同感です。
そもそも、我々の身体を構成する全ての細胞に、Ｏｃｔ４遺伝子が組み込まれているにも
関わらず、それが発現しないのは、何らかの発現抑制機構が働いているからに他なりません。
瀕死状態となって、あるいは、死んでしまって、その発現抑制機構が解除されれば、
それなりの量のＯｃｔ４発現が観察されることは、何ら不思議なことではありません。

ただ、万能細胞であるＥＳやｉＰＳでは、Ｏｃｔ４を、積極的に、しかも大量に、
生産しているのです。そういうメカニズムが働いているのです。

だから、Ｏｃｔ４発現のメカニズムが、全然、違うということです。
458：名無しさん：2014/06/10(火) 21:35:04: お前は最低だ
459：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 21:38:14: >>450

矛盾だらけ。

STAP幹細胞は、STAP細胞塊から作製されたと書かれている。
STAP細胞にTCR再構成があったのに増殖能を付与してSTAP幹細胞するとTCR再構成が消える理由は示されていない。

別のマウスの実験だろうが、条件が異なろうが、STAP幹細胞が分化した細胞から初期化を経て作製された細胞だと言う証拠が何処にも存在していない。
つまり、Letterで示されているキメラが分化した成熟細胞から初期化を経て作製された多能性細胞から作製されたものであるという証拠になっていない。

分化した細胞が初期化によって多能性を得たので無ければ、論文の趣旨は間違いであると言う事。
STAP細胞が存在したとしても、現時点でそれが証明出来ていなければ、論文としては成立しない。
これらを証明できた時に、その詳細を論文に明記して訂正論文として投稿誌直すのが筋。
460：名無しさん：2014/06/10(火) 21:38:39: >>388
イスラエル・ハイテクベンチャーのgeno_computing氏の報告は
これが本当なら、大どんでん返しとなるインパクトのあるものだ。
しかし、匿名であることと解析結果がデータをもって具体的に
公開されていないので、説得力が弱い。
強い証拠となるべく、第三者によるＮＣＢＩ登録データーの
解析・確認と、geno_computing氏の実名による登場を願いたい。
461：源氏蛍 ◆VnRg4xmClA：2014/06/10(火) 21:41:10: >>457
同感ですね。
462：Yasu：2014/06/10(火) 22:04:06: >>459
本当に正気で書いているのか？
プロトコルは、追試を行う人の利便のために書かれたものだ。
特に、STAP幹細胞のTCR再構成の下り（８ページ）は、
実験に際する注意書きの項だ。
何の証明をしろと言うのだ？

小保方さん 応援パートⅢ