小保方さん　応援パートⅢ

1：まっちゃん：2014/06/05(木) 13:00:55: 　ttp://jbbs.shitaraba.net/study/12333/
という掲示板がありましたが、スパムが寄せるので、休止しました。
　（ ※　個人への中傷というスパムが寄せてきて、削除依頼が来たが、
　　　　私はいちいちスパムを管理する手間は掛けられないので・・・と管理人さんからの伝言です。
このコーナーは、まじめな討論の場です。個人中傷は禁止です。何故閉鎖されたのか解らないのですが常識的な言動でお願いします。
まっちゃんの意見
　擁護派でして、石井委員長の調査が杜撰であり本人が納得するまで調査するべきだったと考えています。しかも小保方一人が不正、捏造したと　
　発表したものですから刑事犯の犯罪者と思ったのです。論文の一部に強引なミスがあっても主要部分がよければいいのではないか。
　またまた、おかしな報道がでています。ESと STAP細胞は混ざらないと言うのに遺伝子が二種類出てきた。
　それよりか応援したいのにかなり不利です。記者会見で見た小保方さんは真面目そうな、嘘を言ってる感じがしなかった。
　まっちゃんの「見る目がなかったのかなぁ」と。
319：名無しさん：2014/06/09(月) 00:32:42: >>316
その記録が杜撰だったから隠しているんだろ？理研はさ。
320：305：2014/06/09(月) 00:34:30: >>318
なるほど了解です。ありがとうございました。
321：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/09(月) 00:34:51: >>301 Yasuさん
コメントありがとうございます。

> いわゆる生物関係の研究は、数物系で言うところの「現象論」だと認識しています。

> 特に、数式表現が出来ないので、実験結果も数値を使った評価が出来ないところが、
> 理論（原理）と実験の乖離を論じる時の、曖昧さを許す結果になっています。
> 厳しい言い方をすれば、学問としてはかなり原始的なレベルと言えます。

私も数学・論理学などの理論系の人たちと多少議論する機会もありますので、そのようなご意見は確かに理解できるところがあります。理論系の方の「数式化」への信頼は、絶大なものがありますね。
ただ、数式表現が出来ない分野を「原始的」と言っていいかどうかという点では、もはやそういう時代ではないのでは？と思います。それだけ科学の分野も裾野が広がっていますし、特に医学生物系のように成果次第では多額の資金が動くようなところでは、また独自の「基準作り」が必要だと思います。

他方、同じ応用系でも工学系では医学生物学系と違って検証が比較的容易に行われることから、研究不正についてさほどうるさく言わなくてもよいという事情は、前スレの工学系中年さんらのコメントでも明らかになりました。
その点で、同じ科学系といってもそれぞれで基準が異なっているわけで、例えば実験ノートや画像の真正さなどが問題となる分子生物学の分野は、固有な科学分野として独自の基準作りを必要としているということだろうと思います。>>299でバイオ系さんのコメントを引用したのも、そういった「分野固有の事情」を斟酌しなければ、正しい意味で「適切な基準作り」が出来ないだろうということを申し上げたかったからです。
322：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/09(月) 01:00:36: >>304 270さん
コメントありがとうございます。

実は、お示しになった2chスレ82番氏が引用している15番コメントは、閉鎖になった「STAP細胞掲示板」で行われた議論そのものです。
（2chの人たちも結構ここ（ないし以前の「STAP細胞掲示板」）を見ているようです）

この15番さんが提起した問題はつづきがあるのですが（私もちょっと参加しています）、結局ここでの暫定的な結論としては

（1）Nature論文で使われたキメラマウスはB6/129のF1
（2）それとは別に、若山氏は129のマウスを小保方氏に渡して、別なマウスでも同様の結果が出るのか試そうとした
（3）小保方氏は129でも成功したと言って細胞2株を渡したが、この細胞を検証すると実はB6とB6/129のF1由来だった（3/25の朝日、NHK、産経の報道）

というストーリーです。

上の議論は閉鎖になった掲示板の「STOP（再）宣言から・・・まだ続けるの？」スレ（まっちゃんさんスレの前スレに当たる）で行われたもので、こちらも不完全ながら過去ログが残っていました。こちらもアップロードしましたので、次のコメントでリンクを示します。
323：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/09(月) 01:04:08: >>168ここのスレの過去ログ一覧改訂版になります。
>>322で話題となっているスレの過去ログもアップロードしました。
ご活用下さい。

小保方さん、応援パートⅡ
ttp://fast-uploader.com/file/6957598202412/

小保方さん、応援
ttp://fast-uploader.com/file/6957598122116/

STOP（再）宣言から・・・まだ続けるの？
ttp://fast-uploader.com/file/6957795597675/

以前の「STAP細胞掲示板」では議論の盛り上がったスレが事実上の本スレという状態で、まっちゃんさんの「小保方さん、応援」スレの事実上の前スレに当たるのが新たに追加した過去ログです。元ポスドクさん（私とは別人）ご提案の「小保方氏による再実験」の可否で議論が盛り上がりました。
このスレは428番くらいまでコメントがあったはずですが、残念ながら404番までしか保存できていません。もし完全な過去ログをお持ちの方がおられたらご一報頂ければ幸いです。
324：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/09(月) 01:43:23: >>307 Baggioさん

> B6と129のF1で合っていると思います。

ご教授ありがとうございます。
ここの過去スレを当たってみましたが、ここでも同様の結論となっていました。
（>>322-323）

そうすると、>>283のNHK記事は、こちらはNature論文で作成したキメラのことであるとすると、

ttp://www3.nhk.or.jp/news/html/20140603/k10014947431000.html
------------------------------------------------------------------------
その結果、この細胞は「（※B6と129の）Ｆ１」という種類のマウスから作ったとされていたのに、実際には、この実験には使われていないはずの「Ｂ６」と「ＣＤ１」という２種類のマウスの細胞だった疑いが強いことが分かったということです。
------------------------------------------------------------------------
※は私が補足しました

ということになるのでしょうか。
（これで>>305さんの疑問解消になるでしょうか？）
325： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/09(月) 02:09:17: >>322
>（2）それとは別に、若山氏は129のマウスを小保方氏に渡して、別なマウスでも同様の結果が出るのか試そうとした

そうか、そういう事だったのですね。
今まで、マウスの系統の事まで、深く考えたことがなかったので、
「あれ～、若山氏は、１２９Ｓｖのオスのマウスを凹に渡してるのに、なんで論文では、Ｆ１キメラ作ったことになってるんだろ？」
とか、真剣に悩んじゃいましたｗｗ
私も素人なんで、あんまり深入りはしたくないのですが、やはり不正が蔓延する社会にはしたくないのです。
だから、この問題に関しては、ついつい熱くなってしまって、貴重な時間を浪費しております。
はやく、すべてが明らかになり、不正対策も強化して欲しいです。
次の、若山氏の会見で、いろいろと解決されることを期待してます。
326：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/09(月) 02:17:53: すみません、>>323でアップした過去ログは余計な広告バナーが残っていました。
再アップしましたのでこちらのリンクをご活用下さい。

STOP（再）宣言から・・・まだ続けるの？
ttp://fast-uploader.com/file/6957802892507/
327： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/09(月) 03:16:47: 今回、ＮＧＳ解析で出てきたＣＤ１という系統のマウス、、、
これ、ぐぐって調べてみても、何だかよくわからない。
かなり特殊な系統のマウス、なのではないでしょうか？

ということは、これの出所を辿っていけば、何かしら、解決の糸口を見い出せるかもしれない。
当然、理研は調査してるだろうけど、もし、ＣＤ１系統のマウスの購入履歴がないのであれば、
それは、既に樹立され、継代培養されている、ＣＤ１系統由来のＥＳやＴＳを混入させたことの、確たる証拠となるだろう。
なぜなら、購入履歴のないＣＤ１系統のマウスの脾臓細胞を、ＳＴＡＰを作るための試料として利用することはできないからだ。
つまり、ＳＴＡＰ細胞は、脾臓細胞から作られたのではなく、
継代培養されている、ＣＤ１系統由来の細胞（おそらくＥＳかＴＳ）を、意図的に混入させてできたことを意味するのだ。
ＣＤ１系統が特殊な系統である以上、コンタミはあり得ない。混入は、１００％、意図的なのだ。

まずやるべきは、ＥＳやＴＳを保管しているのは、誰かを調べることだ。
次に、そのＥＳやＴＳが、ＣＤ１系統由来かどうかを、調べること。
かなり特殊な系統である、ＣＤ１系統由来のＥＳやＴＳを保持している人がいれば、
その人が混入の犯人である。または、それをこっそり拝借できる人が、犯人である。

しかし、もう誰も持っていないかな？　既に、処分されてしまったかな？　さて、寝るか・・・
328：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/09(月) 03:37:37: >>325
コメントありがとうございます。、
若山氏がNature論文の実験とは別に渡したマウス（129系）については、そういうことのようです。

ちなみに、Nature論文では、articleの645ページで「B6GFP×129/Sv」が言及されている以外に、644ページでは「CD45+ cel-derived STAP cells (from F1 mice of B6GFP×129/Sv or DBA/2）」という表現もあり、そうするとB6と129のF1ばかりでなくB6とDBA/2のF1も使われていたということになるでしょうか。
さらにletter論文では「shown with Rosa26-GFP」というような表現もありますが（677ページ）、これに関連して上の過去ログ（>>326）では、B6の雑種由来のES細胞は極めて少なく、また129マウスも129SvRosa26-GFPであれば希少種で、これがES細胞による捏造説とどう関連するかについても議論されていました（結論は出ていませんが）。
B6と129のF1も129SvRosa26-GFPも希少種だとすると、結果的にはこれを使ったES細胞捏造説という可能性は低くなるでしょうか。ただし、6月3日のNHK報道ではCD1というさらに別なマウスも登場しているので、ややこしいです。

私のような人文系の部外者はどう評価していいかさっぱり分かりませんが、分子生物学に詳しい皆さんのコメントを期待したいと思います。

>>327
CD1（ICR）マウスについては研究用によく使われているマウスらしいです。
たとえば
ttp://www.crj.co.jp/product/domestic/detail/37
ttp://endocrine.seitai.saitama-u.ac.jp/research02.html

理研のサイトによれば、ICR由来のES細胞は2種類ほどあるようです。
ttp://www2.brc.riken.jp/lab/cell/s5_list.cgi?key=e

ところでB6（C57BL/6）は黒色のマウスで、CD1（ICR）は白色のマウスのようですね。こういった知識もあると、分かる人はマウスを見ただけで分かるということになるのでしょうか。
329：名無しさん：2014/06/09(月) 09:31:53: 幹細胞のシーケンスデータと理研保有のESは一致したのかな？
一致していれば、話は早いんだけどー。
330：Yasu：2014/06/09(月) 10:11:55: >>329
シーケンスデータが簡単に取れるのなら、それでES細胞混入の疑惑には決着が
付きますね。
Nature論文不正に関する再調査を、理研は「行わない」としていますから、
データを持っていたとしても、言及はしないのかも知れません。
331：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/09(月) 10:56:57: >>319

内部規定（文科省からの通達）で決まっている動物実験の管理記録の杜撰さについては、我々で判断出来る所ではないので。
山中先生が、マウスが飼育室外に出てしまって謝罪したのも、これらの動物実験の管理についての責任です。
これに違反していれば、若山氏と小保方氏に処分が追加されるだけの事。
332：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/09(月) 11:02:18: >>324

第三者機関での解析については、どの幹細胞を解析したのかは、不明ですね。
最初の8株であれば、論文とは関係なく、129系統でやりたいと言って渡したものだと思われます。

最初の2株で129系統ではない129/B6/F1とB6であると出た事を受けて、保有している20株すべてを解析すると言っていたので、そちらの解析結果の中から抜粋している可能性もあります。
明らかにされていませんので、若山氏の記者会見を待つしか無いと思います。

幹細胞は全部オスだと言うコメントにも、疑惑がかけられているので、そちらも併せて記者会見で公表されるでしょう。
ただし、小保方氏は自身の保有株を調べた所、メスもあったと言う事についてこの分析結果はどこにも提示されていないようです。
333：Yasu：2014/06/09(月) 11:38:04: 状況を整理しませんか？

若山先生は、Nature論文を撤回しましょう、という呼びかけをされていた。
関係者にメールするなりで、済む事ですが、小保方さんと連絡が取れないので、
会見を開いたと言った内容の発言がありました。
結果的にNature論文は撤回される（予定）ので、若山先生から「世間一般」に
対しての声明は出ない、と推察されます。（するべきでも無い）

若山先生が独自に調査、試験した結果は、理研上層部には届いている模様ですが、
若山先生が公式にコメントしたわけではなく、いわゆるリーク情報に基づいた
マスコミ報道が出ているだけです。
334：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/09(月) 12:21:59: >>333
>結果的にNature論文は撤回される（予定）ので、若山先生から「世間一般」に
>対しての声明は出ない、と推察されます。（するべきでも無い）

それは分からないが
自分は若山氏は記者会見すべきだと思う。

今のところ、論文不正（電気泳動の合成とか酷い・・・）に加え、
STAPができた証拠は一つもなく、小保方氏は実験不正もしたのではないかとの疑いが濃くなっていく中で
論文撤回したから不問としていいのか？と非常に疑問に思う。

また同じようなことが起こったときに、論文撤回すればいいという
悪しき前例となるし。
335：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/09(月) 12:33:30: >>296

一応、突っ込んどくけど・・・
アインシュタインの功績だけど
相対性理論は生前から評価されてたよ。

>1919年にアーサー・エディントンが皆既日食を利用して、一般相対性理論により予測された太陽近傍での光の曲がりを確認したことにより、理論の正しさが認められ、世間への認知が一気に広まった。

アインシュタインは1919年前から亡くなってたの？

ノーベル賞は他の論文でもらってたから、二つ目は貰えなかっただけ。
キュリー夫人は2つ貰ったが、アインシュタイン当時はノーベル賞は2つ貰えないようになってたようだ。
336：Yasu：2014/06/09(月) 12:58:12: >>335
>1919年にアーサー・エディントンが皆既日食を利用して、一般相対性理論により
予測された太陽近傍での光の曲がりを確認したことにより、
理論の正しさが認められ、世間への認知が一気に広まった。

この実験の正しさには、疑問が唱えられています。
ノーベル賞が見送られた理由は、正確には解りませんが、
当時、誰もが納得できるレベルには認知されていなかったと思われます。
337：名無しさん：2014/06/09(月) 18:21:33: >>335
そんな規定はないよ
338：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/09(月) 18:52:23: >>337
そうね、勘違いだった。失礼。
339：Yasu：2014/06/09(月) 19:45:31: ボクに賞が出ないのは、
規定の為だと思う。
340：305：2014/06/09(月) 20:55:59: >>324
なるほど。おかげで頭の中が少しすっきりしました。ありがとうございます。
ただひとつ不可解なことは129系統の遺伝子が全く検出されなかったかのように読めることですね。それとも129系統＋B6＋CD1のデータが検出されたのか？また一体何のデータなのか？キメラなのか、細胞なのか、幹細胞なのか？
キメラだとするとarticleのfigure 4にc, Adult chimaeric mice generated by STAP-cell (B6GFP × 129/Sv; agouti) injection into blastocysts (ICR strain; albino).とある。
これって「ＣＤ１系アルビノにＢ６/129のF1から作成したSTAP細胞をインジェクションして作ったキメラマウス」という意味としかとれないんだけど、そうだとするとCD1（＝ICR）由来のＤＮＡが検出されても何の不思議もない気がするのですが、間違ってるかな？
341：Yasu：2014/06/09(月) 21:44:04: >>340
ほとんどボクの推察なんですがね。
小保方さんと若山先生の間の連絡に、混乱があったのだと思います。
（小保方さんのノートを見ると、彼女自身に混乱があるのかも知れません）
若山先生は、その点が釈然としないので、自分を納得させるために、
調査をされているのだと思います。

その結果の断片が（恐らく恣意的に）理研内部からリークされているのです。
繰り返しますが、若山先生が口頭で伝えられていた話と、その後、理研から
発表された内容の食い違いを調査（確認）する話の一部を、作為的にリーク
している為に、小保方さんがキワドイ、捏造隠蔽工作をしている様に見えるのだと
思います。
342：名無しさん：2014/06/09(月) 22:02:25: 若山先生、もしかしたらT細胞全てにTCR再構成があると思っていたのかも？
この話、免疫屋さんの間では常識なのですが、他の分生の人に聞いたら意外そうな顔をされたので、それほどメジャーではない？
若山先生は、STAP幹細胞にTCR再構成がないと知って動き始めたから、もしかしたら、誤解による暴走？
343：Yasu：2014/06/09(月) 22:43:43: >>342
若山先生は、STAP幹細胞にTCR再構成がないと知って動き始めたから、
もしかしたら、誤解による暴走？

聞いていた話と、違うじゃない？程度の内輪話だったのではないか？
理研内部に「敵」がいるのでしょうね。
秘密裏に進められたプロジェクトは、快く思わない人が出てくる事は、
避けられません。
344：名無しさん：2014/06/10(火) 05:57:03: >>342
もしそうだとすると、おぼちゃんは、軽い気持ちでTCR再構成あるんじゃない、たぶん。

と若山先生に言ったかもしれないけれど、若山先生の方は8クローン全てにTCR再構成がないと知って、ESつかまされた？！と激焦った可能性もあるね。

おぼちゃんにメールしても返事が来ないから、なおさら騙された感を募らせた？

そう考えれば、日経サイエンスのOct4陽性細胞までは固い発言も納得できるね。
345：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 06:51:59: >>332 Baggioさん
コメントありがとうございます。

すみません。私自身>>283の報道報告以来、議論をごっちゃにして進めてしまった嫌いがありますので、Baggioさんからいただいたコメントを契機に、少し整理してみます。

まず、>>283での毎日新聞報道とNHK報道は、関連はしているが全く別の案件に関する報道で、

（1）若山教授が所持していたSTAP幹細胞（おそらく20株）について若山教授自身が第三者機関に調査を委ね、その結果が近々記者会見で発表される（毎日新聞）
（2）STAP細胞のものとして理研に残されているデータを（kaho氏らが）分析したことによって、実験で本来使われていなかったはずのマウスが使用されていたという疑惑が発覚した（NHK）

になります。
まず、（1）についてはおそらく4月中旬に発覚したSTAP幹細胞の「オス」「メス」騒動に関連して発表された、若山さん自身が所持している20株のSTAP幹細胞が、第三者機関に解析を依頼されていると報道されたもの（下記）を受けてのものだと思われます。これについては毎日記事の書き方が曖昧で、具体的な内容がよく分かりません。その点でBaggioさんのご指摘（>>332）の通り、詳細は記者会見を待つしかないようです。また、この20株のうち、幾つかは>>322で指摘した129系やB6、B6/129のF1マウス由来になるのでは？と思うのですが、これらの関係もまだよく分かりません。

朝日新聞
「残存の幹細胞、第三者が解析」　小保方氏「メスも存在」、本紙に反論　ＳＴＡＰ論文
2014年4月15日05時00分
ttp://www.asahi.com/articles/DA3S11084677.html

（2）についてはkahoさん（遠藤高帆さん）の報告書がいよいよ公にされたということで、その内容の一部がNHK記者に（部分的に）リークされたもののようです。これはNature論文に発表されたSTAP細胞発見の元データとなるはずのもので、NHKが「F1」と報道しているマウスは、>>305さんご指摘の通りarticle論文では「B6と129のF1」となっており、このことを指すのではないか（>>324）というのが今のところの結論です（ただし同論文ではB6とDBA/2のF1も使っているような書き方もしています >>328）。ただしNHK発表のCD1マウスについては>>305さんが別の疑義（>>340）を示されていますので、こちらは要検討となるでしょうか。他にNHKで出てきたB6マウスについては、よく分かりません（が（1）の若山教授所持の株でB6由来の細胞株が登場しています）。
なおNHKの報道では、STAP捏造疑惑としてES、TS混入説を強く示唆した内容になっていますが、これについては>>7栗田覚さんが「ESとTSを混ぜて培養しても、STAP細胞のようなものにはならない」と否定的な見解を述べられています。

以上かんたんにまとめてみましたが、間違いなどありましたらご指摘頂ければ幸いです。
346：名無しさん：2014/06/10(火) 07:50:35: 幹細胞については、報道を総合すると、20株樹立した。
それとは別に129系統から２株樹立した。
状態の良い８株+２株以外は若山先生が山梨大に移動するときに廃棄した（メスは廃棄した株）。
残り８株は株分けして、同じものを小保方と若山が保有することにした。
だから、理研保有の８株と若山保有の８株は同じもの。
２株は129系統から作ったはずの幹細胞で若山オリジナル。
３月に独自に系統解析をしたのは10株全て（若山オリジナルの２株で系統異常）。
今回、第三者機関に依頼して解析したのが何かは判然としないけれど、若山オリジナルの２株だと思います。
８株であれば理研にもあるし、その株の解析は理研が強固に反対しているので、若山先生も解析に出せないのだと思います。
347：名無しさん：2014/06/10(火) 07:54:32: >>344
私もTCRの問題は追試開始前に考えました。
吉村先生から、全てのT細胞で起こるわけではないと聞いて、STAPはあると考えて追試を始めました。
348：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/10(火) 09:13:51: >>344
TCR再構成は論文の要。分化した細胞が初期化したというね。
だからこそSTAPは凄いという話になった。

でも理研のプロトコル開示では、TCR再構成ないって話になる。
論文と違うことを言ってる。
だから若山氏が論文撤回呼び掛けるのは当たり前。
むしろ、若山氏以外が呼び掛けなかったのがおかしい。
349：Yasu：2014/06/10(火) 09:27:57: >>348
理研のプロトコルでは、
TCR再構成の無い事と、古い（成熟した）細胞が符合するから、
若い細胞を使わないと上手く行きません、と注意喚起しているのです。
350：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 09:43:56: >>340 305さん
コメントありがとうございます。

とりあえず>>345で今までの経緯をまとめてみたつもりだったのですが、>>305さんのご発言も含めてもう一度Nature論文を見てみると、どうもさらに不可解なところが出てきました。

4月中頃に「STAP細胞掲示板」で議論されたもの（>>322）、ないし6月3日NHKでの「F1」マウス報道（>>324）から、本来Nature論文でSTAP細胞が作られたのは「B6と129のF1」マウスではないかと推定したのですが、Natureのarticle論文（＝>>305での一覧）によると

> STAP cells (B6GFP CD45+ cells carrying cag-gfp）

という表現が出てきて（pp.644-645）、要はB6純系マウスでもSTAP細胞を作ったことになっています。p.646ではOct4-GFPマウスもC57/BL6（つまりB6）だという表現も出てきますので、そうすると、小保方氏が129だと言って若山教授に渡したSTAP幹細胞株がB6やB6/129のF1であることはある意味で自然（つまり元々Nature論文時代に作っていた）ということになるのでしょうか。
そうすると、NHKが「STAP細胞を培養して出来た細胞」が「「F1」という種類のマウスから作ったとされていた」というのは論文全般のことではなく、ある特定のデータ（例えばkahoさんの解析したChip-seqのデータ？）についてのことだという話になるのでしょうか。結局開示された情報だけでは、よく分かりません。

あと、305さんからご提示頂いた

> Adult chimaeric mice generated by STAP-cell (B6GFP × 129/Sv; agouti) injection into blastocysts (ICR strain; albino).

は確かに「B6/129のF1マウス由来のSTAP細胞をTCR（CD1）マウスの胚盤胞にインジェクションした」と読めますね。CD1はインジェクションの相手なのでこれ由来のSTAP幹細胞というのも妙ですが、要は使い回しをしているうちにいろんなタイプの幹細胞株が出来たということでしょうか。
どうも与えられた情報からは確実なところはさっぱり分からないようです。
351：Yasu：2014/06/10(火) 09:59:44: >>350
情報が、恣意的にネガティブセレクションされているのですよ。

若山先生が、小保方さんとのやりとり（会話）で、誤解、聞き違いをしている
事は確からしい。そのことを若山先生は確認しているのです。

少し話が逸れますが、
kahoと言う人物は、匿名で実名人物を批判する、と言う大人げない行動を
とっている自覚が無いのでしょうかね？
352：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/10(火) 10:09:09: >>349
若い細胞を使えばTCR再構成されるって、どこに書いてあるのだ？
具体的にご指摘願いたいな。
353：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 10:16:45: >>346
コメントありがとうございます。

> 状態の良い８株+２株以外は若山先生が山梨大に移動するときに廃棄した（メスは廃棄した株）。
> 残り８株は株分けして、同じものを小保方と若山が保有することにした。

たしかこの話もどこかで聞いた記憶がありますが、とにかくいろいろなことが起こるので失念しておりました。もしソースが分かればご教授頂ければ幸いです。
そうすると理研に残っている8株は、元々小保方氏所有だった20株のうちの8株だということになるのでしょうか。どうもこの辺の正確なところがメディアの報道からは伝わってきませんね。
結局残っているのが8株ずつ（プラス2株）ということになると、作ったもののうち検証できるのは部分的なものに過ぎないかのも知れませんが。
354：名無しさん：2014/06/10(火) 10:17:15: >>346
40株となっていますが。その後20株廃棄と。
理研のと同一の株が出されていなくても10株は解析に出されているはず。もし↓のが違うなら出典を示して頂けませんか。
www.asahi.com/sp/articles/photo/AS20140415000384.html
355：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 10:25:26: >>348 工学修士さん

> でも理研のプロトコル開示では、TCR再構成ないって話になる。
> 論文と違うことを言ってる。

いえ、事柄はそれほど単純ではなくて、
まずNature論文で主張されたのは、あくまでOct4-GFPの時点（STAP細胞出現の時点）でTCR再構成が確認されたという話です（article: p.642）。
それに対し、3/5の実験プロトコルの話は、そのSTAP細胞からSTAP幹細胞を樹立した時に、「STAP幹細胞では」TCR再構成が確認できなかった、という話です。
そこで、プロトコルではどうして「幹細胞」ではTCR再構成を確認できなかったかをいろいろ類推しているということです（Protocol Excange: p.8）。

慶大・吉村先生らの指摘は、TCR再構成がOct4-GFP時点ばかりでなく、STAP幹細胞やキメラでも確認できなければ、「分化された細胞からinductionされたSTAP細胞が、最終的に多能性かつ増殖性のある細胞として役立つということ」全体が証明されていないのでは？という疑義だったと思います。
この指摘は正しいわけですが、他方でNature論文とプロトコルでの「TCR再構成」別なステップでの話なので、それ自体は矛盾してはいないわけです。
356：名無しさん：2014/06/10(火) 10:25:34: >>352
この方を相手にすべきでないと思われます。
あなたも(コテハン通り修士の方ですよね?)少なくともあの論文は撤回が妥当というのは遅くとも3月中に把握したのでは。この方は自身論文書いたと主張しているにも関わらず撤回に反対というのを4月以降も繰り広げた人です。詳しくは別スレ参照。
357：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 10:28:01: >>346

間違っています。
幹細胞の樹立は43株です。
ttp://www.asahi.com/articles/DA3S11084677.html

20株くらいは廃棄されていて、同一の20株を小保方氏と分け合ったとあるので、理研に保有されている物と若山氏が持っている20株は同一のもの。
なので、解析結果が出れば、メスが入っていたかどうかも解る。

ネーチャーのブログにも論文で説明されている8株を含む20株が解析に出されたと書かれている。
ttp://blogs.nature.com/news/2014/06/genetic-tests-suggest-stap-stem-cells-never-existed.html

なので、保有しているすべての幹細胞を解析に出されています。
その結果がどういう物なのかが明らかになっていないと言うだけ。
ES細胞とTS細胞の混在らしいと言うのも、先に出した8株の結果なのか、20株すべての結果なのかが不明と言うこと。
358：Yasu：2014/06/10(火) 10:28:26: >>352
ttp://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140305_1/

８ページを見てください。
（NGワードが使われているそうで、貼り付けが出来ません）
359：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 10:28:55: >>355
すみませんスペルミスです。
×（Protocol Excange: p.8）
○（Protocol Exchange: p.8）
360：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 10:34:54: >>351
>>kahoと言う人物は、匿名で実名人物を批判する、と言う大人げない行動をとっている自覚が無いのでしょうかね？

これを言ってしまっては、ここで、小保方氏を批判している人、若山氏を批判している人、共著者を批判している人は、全員、大人げない行動を取っていますね。
Kaho氏は、論文で開示されたデータを基にして、自分の独自の解析結果を理由として提示し、これが正しければ、実名人物は間違っていると述べているので、解析結果が正しくなければ自分が間違っている事を明確にしています。
こちらの掲示板の方々は、実データを基にした分析を行って、それを理由に反論を述べている人は一人も居ませんよ。
マスコミやネット上の情報以外の生データを入手して書き込みしている人が居ますかね？
361：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 10:36:14: >>356
すみません横レスですが、

「相手にすべきではない」というのはあまり穏当な表現ではないように思われます。
ある立場を主張すること自体は言論の自由として認められているわけですから、もしその主張が正当性を持たないとお考えであれば、相手の人格を認めた上で、論理的かつ説得的に自説を展開されることをお勧めします。
362：Yasu：2014/06/10(火) 10:37:32: >>356
はい、今でもNature論文は撤回するべきではない、と思っています。
理研上層部は、理研という組織を守るため、あるいは特定法人認可を
スムーズに受けるために、世間受けの良い判断を下したのです。
サイエンスを理解している人間は、ダメ元であっても、それに反発する
義務があります。
363：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 10:38:42: >>341
>>その結果の断片が（恐らく恣意的に）理研内部からリークされているのです。

おそらく、若山氏などからのインタビューを元に、マスコミが面白くなるように断片的にセレクションしているだけです。
364：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 10:41:33: >>362

ここまで間違いだらけの論文は撤回しなければ科学者として失格です。
STAP細胞が存在するなら、キチンとしてから訂正論文を出すのが同然の行動です。
Natureから撤回勧告に近い著者自身で撤回してはどうかという提案がコレスポンディングであるバカンティ氏に出されています。
365：Yasu：2014/06/10(火) 10:42:02: >>360
だから、kaho氏の行動には問題がある、と思うのです。

少なくとも、ボクは、報道等から得られる情報だけで、小保方さんに
捏造の疑いを掛ける事は不適切、と述べているだけです。
「学問科学」としての擁護も批判もしていません。
366：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 10:47:30: >>365

そうですか？
kaho氏は、報道から得られた情報で解析をしたのではありませんよ。
小保方氏の論文で開示されている生データと遺伝子データバンクに登録されている生データを解析して意義を唱えています。

匿名の日記で述べているだけのことと、掲示板で匿名で書き込みすることは同じだと思います。
367：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 10:52:08: >>351 >>365 Yasuさん

kaho氏の評価については、私は>>360 >>366 Baggioさんの見解を支持します。
しかもkahoさんはもう匿名ではありません。遠藤高帆さんの名前で堂々と主張されています。
（>>283のNHK記事参照）
また誤解があるようですが、kaho氏は報道から得られる情報で判断したのではなく、理研に残っている科学データから、自身の科学的手法を用いて分析し（Chip-seqとCNVの分析）結果を公表しています。
もちろんkaho氏の仮説が正しいかどうかは今後の検証を待たねばなりませんが、理研内部から疑惑解明に一石を投じたという点では評価すべきだと私は思っています。

小保方氏に対する批判派はすべて悪意があるという認定は、もはや現時点では支持され得ない見解だと思います。もし擁護派として主張しうる面があるとすれば、それは小保方氏が論文不正については多くの疑義はあっても、実験そのものは（ある程度）成功していたという可能性でしょうか。
その可能性はまだ残っていると思います。
368：名無しさん：2014/06/10(火) 10:57:56: >>361
まあ穏当な表現でないけれども、未だに>>362のような論理的飛躍や事実誤認が酷すぎる方を相手にして議論として何か有意義になるのかという問題があります。
過去レスから分かるのは平行線にしかならない。それはレスの無駄ではないか。だからこそ向こうに避難する方がいたわけです。
369：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 10:58:28: >>367

その通りだと思います。
STAP細胞が存在しても、論文の間違いについては、微修正できるレベルの間違いではないので、撤回して訂正する必要があります。
370：Yasu：2014/06/10(火) 11:06:18: >>367

ボクが述べたのは、
報道から得られる情報以上の、
自分で調べたり、分析したりした内容で批判することは、
もはや「学問科学」だから、相手と同レベル（今回の件であれば）
Natureに投稿する必要があると思う、と言う事です。

掲示板で議論されていることは、
報道から得られる情報から、どのレベルまでの結論が出せるか？
という点に過ぎない、と述べたのです。

蛇足ですが、
論文に疑義があれば、論文として存在価値が無い、と言ってしまうと、
疑義の有る無しを議論する土俵である、論文誌の存在を否定することになります。
371：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/10(火) 11:11:35: >>358
8ページ見たけど、
IMPORTANT . (iii)　に
[none contained the rearranged TCR allele]って明確に書いてあるが・・・

どこにTCR再構成があるって書いてある？

>>356
それは知らなかった。まぁ今後の受け答えで判断します。

>>362
念のため聞くが、なんで撤回すべきでないと思う？
今のところ、STAP出来た証拠はどこにもないわけだけど。
372：Yasu：2014/06/10(火) 11:16:00: >>371
＞どこにTCR再構成があるって書いてある？
TCR再構成の有る無しの論議では無かったはずですが？

＞念のため聞くが、なんで撤回すべきでないと思う？
既に書きました。
＃３７０あたりが最新の物です。
373：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 11:25:58: >>370

だから、kaho氏の物は報道から得られている情報ではありません。
また、論文として投稿すると言うことで、報告書としてまとめられ理研に提出された物です。
Natureに投稿したとして、それが載るかは別の話です。

>>掲示板で議論されていることは、報道から得られる情報から、どのレベルまでの結論が出せるか？という点に過ぎない、と述べたのです。

個人的な日記（kahoの日記）も同じですが、用いているデータは、報道から得られるような科学としてのレベルの低い情報ではないので、結論する科学レベルは掲示板より高いものであることは当然です。

>>論文に疑義があれば、論文として存在価値が無い、と言ってしまうと、疑義の有る無しを議論する土俵である、論文誌の存在を否定することになります。

飛躍しないようにお願いします。
そんなことは述べていません。

論文は疑義のあるなしを議論するものではなく、実験事実を元にした科学的な議論を報告するものです。
その実験事実に疑義がある以上、訂正するのは当然の義務です。
374：Yasu：2014/06/10(火) 11:32:50: 少し極論をすることで、問題の核心が見えることもあります。

仮にkaho氏のデータ、論理に間違いがあった場合、
kaho氏はどの様な責任の取り方が出来ますか？

という事です。
375：名無しさん：2014/06/10(火) 11:40:26: イスラエルハイテクベンチャーさんの記事によると･･･
「ＳＴＡＰ細胞ＮＧＳデーターを元に改竄・捏造・偽造されたＮＣＢＩ登録データー」
ＮＧＳデーターが何者かによって「捏造」（コピペ）されたそうだ。
この記事は、嘘だとは思えないのだけどな。

とにかく、kahoの解析も俎板の上にのって、科学者同士で磨き合っていただきたいです。
手続き上の問題とか、人格的な事を批判するだけでなくてね。
376：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 11:46:17: >>374

日記は、データの引用元が明らかになっていて、解析方法を提示していて、解析結果を開示しているのですから、間違いなら間違いであると判断されるだけなので、責任を取る必要はないと思います。
単なる参考程度の話です。

また、実名で論文にする方については、論文としての評価がそのまま責任になります。
解析方法に疑義がかかれば、その論文が撤回、訂正されれば良いだけです。
さらに、解析方法に捏造などの論文不正があれば、処罰の対象になり、懲戒解雇か諭旨免職になるだけです。
377：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/10(火) 11:47:52: >>372
ん？では何に対する議論だったのかな？

>>370
小保方氏がどうしても論文取り下げなかったら
kaho氏によるNatureへの投稿も必要だったかも知れんね。

まぁそんなことになったら小保方氏が更に恥をさらすだけだけど
それがお望み？
378：名無しさん：2014/06/10(火) 11:52:39: >>374

それはあなたにも言えるこどだ。
願望だけで人に疑いかけたでは済まない
379：375：2014/06/10(火) 12:10:04: >>376
そう簡単な問題ではないと思います。
壮大なネガティブキャンペーンですから。

kahoの解析は、完全に評価が決定して、誰もが認める、「証拠能力」のあるものでは、ないと思います。人文系ポスドク氏が、以前引用されていた、個人ブログもみていましたが、解析結果の読み方に「個人差」があるように思えました。
ですから、ゲノムデーターの解析には、慎重であるべきですし、研究者間の切磋琢磨が必要だと思うのです。
380：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 12:26:07: >>379

遠藤高帆氏は、証拠であるとは述べていませんが。
解析結果の読み方の個人差は、議論されれば良いだけです。
少なくとも、遠藤高帆氏は、解析手法を開示し、データの所在を示し、どう解析を行ったかをキチンとすべて開示しているので、そこに嘘がなければ、その解析結果は著者の主張であって、議論されれば良いだけです。
それに対して反論があるなら、どこの部分がどう間違いなのか、正しくはどうするべきなのかと言う別の著者が議論を投げれば良い話です。

この様なネガティブキャンペーンは別に特別な事ではありません。
結晶構造解析などの分野では、普通に解析結果の疑義が論文として投稿されます。
381：Yasu：2014/06/10(火) 12:42:54: >>380
だから遠藤高帆氏も論文投稿をすれば良い。

そう言っただけです。
382：375：2014/06/10(火) 12:44:01: >>380
政治的云々を言い出したのは、kaho本人であって、当初から純粋な科学的議論ではないように思えます。

論文上で反証を出し合って、または、学会などで、議論する分には、手続き上問題ないですね。
383：名無しさん：2014/06/10(火) 12:44:21: イスラエルハイテクベンチャーの記事持ってきてもあんまりな…。
登録データの改竄というのは無理がありすぎる。潰そうとしている勢力って何だよ。このブログの命題を真とするために幾つの仮定が必要になるか見当がつかない。
そもそもコピペやらをしなければよかっただけの話であって。毒麦とやらを蒔く必要はない。
384：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 12:51:18: >>381

それは日記での話でしょう。
日記でどう主張しようが本人の日記以上の物ではありません。
Openブログの管理人と同レベルの話。

実名を出して理研の職員として報告書を出して以降は、責任が発生すると思います。
日記での発言を同じ扱いにするのはお門違いです。
385：名無しさん：2014/06/10(火) 12:57:03: 匿名でも名誉毀損罪は成立するけどね。
386：名無しさん：2014/06/10(火) 12:59:22: >工学修士
Oct4陽性まではTCR再構成があるのだから、そこまではT細胞由来となりますね。
他の細胞からもSTAP作ったみたいだから、幹細胞にTCRがないから間違いとは言えない。
正確にはT細胞からできたことを証明できていない状態。
387：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 13:01:31: >>384で書いた>>381は
>>382の間違いです。
388：名無しさん：2014/06/10(火) 13:15:39: そもそもイスラエル(ryの主張が真ならば、少なくとも追試して失敗と報告した全ての研究所がグルということになる。しかもそれだけでなく偽の細胞を理研ですり替え、あまつさえ登録データの改竄すら行わなくてはいけない。
こんなのはムーの与太話と同レベル。到底信頼に値しない。
ネガキャンとか既得権益がどうのであれば、ES細胞に対してiPSはどうなりましたか? これだけで十分。
389：375：2014/06/10(火) 13:20:04: >>384
kahoの場合、実名を出さなかったから、ネガティブキャンペーンに成功したのではないですか？
バイアスがかかりました。実際に、女性？と思っていた人は、多かっただろうし･･･
理研職員？内部告発？というのも、効いたのかな？

日記にどこまで、責任があるのか？わかりませんが･･･
最初から論文として出すより、「ゲノム解析」という分野に脚光があびました。
宣伝になったのは、確かでしょう。
390：名無しさん：2014/06/10(火) 13:59:04: どこも追試に成功していない現実を見るべきだな。内容が正しいならば追試は成功されネガキャン()も起きなかった。
とりあえずネガキャン()の必要性を教えて下さい。それと登録データの改竄()が正しいとする根拠も。
391：名無しさん：2014/06/10(火) 15:09:01: Oct4陽性細胞までの追試には成功しているのですが、まだまだ安定しないのが難点です。
それでも、だいぶ条件を絞り込めてきました。
丹羽先生の中間報告には間に合わない見通しですが、その少し後には発表できそうです。
392：375：2014/06/10(火) 15:45:54: >>390
現実をみると、再現性が疑わしい論文は、世の中には結構あるようですね。「３割程度の論文にしか、再現性がない」といわれる分野のようですから･･･
他者の追試も、Oct4陽性までは、一月ほどで、再現出来るのだと思いますが、その先、初期化の証拠や、キメラまでとなると、どうしても、２年位はかかるのでしょうか？　

>>391
朗報ですね。
当該論文では、「ＣＤ４５陽性細胞は、分化した体細胞」として、論旨を組み立てています。懐疑論者は、初期化の証拠がないといいますが、論理的には、「ＣＤ４５陽性細胞は、体細胞である」と「Ｔ細胞は、体細胞である」は、同等の確かさしかないので、ＴＣＲの再構成がなくても、体細胞が、「リプログラミングされた可能性があるのでは？」と言う、幹細胞の専門家もいらしたように思います。
393：名無しさん：2014/06/10(火) 15:52:17: ＞Oct4陽性細胞までの追試には成功している
これが本当なら、ただの小保方外しだったということで終了なのでは？
これがマスコミに流れたらかなりの人々が理研に不信感を持つのは
免れないような気がします。
394：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 16:33:47: >>393

STAP細胞が真実だったとしても小保方氏と共著者が論文不正を行った事に変わりは無いです。
小保方氏の処分はSTAPの存在とは別物です。
理研自体はSTAP細胞が存在しないと言うコメントは一度も出していません。
395：名無しさん：2014/06/10(火) 16:35:14: 丹羽さんがどこまで追試に成功しているのか興味深いですね。
一部報道にあるようにOct4陽性細胞すら造れていないのであれば、中間報告でその旨述べるはずだけど、直後（？）にOct4陽性細胞の追試成功発表がなされたら、面目丸潰れというより、恥さらしの極地。
それはそれで理研に徹底的に恥をかいてもらう意味では良いのだけど、丹羽さん可哀想。
396：名無しさん：2014/06/10(火) 16:47:32: >>394
393です。
そう思います。
ただ世間の皆さんはどう思うかな、と思ったのです。
理研のまっとうな理屈よりも、
そっちの方が重要だということもあるのではないですか？
スポーツ新聞かなんかで、
「小保方大逆転！」なんていう見出しが出てしまう可能性だってあるし。
397：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 16:59:15: >>396

確かにマスコミの餌食になるのは見えていますね。
各社、雑誌、新聞が売れることしか考えてませんから。

粛々と対応するしか無いと思います。
やったことはやった事として処分を行うべきですし、世論の意見で処分の重さが変わるのは今後のためにもなりません。
理研は、何故、その処分になったかを、キチンと説明する義務は当然あると思いますが。
398：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 16:59:23: >>368
私はこういった議論をする際に、いつも必ずJ.S.ミルの言った「どんな少数意見でも公開され議論されるのが望ましい」という格言を思い出します。
それがたとえ誤った意見だとしても、今回の一連の議論が示すように、問題点をはっきりさせることに貢献しているというのが、私の意見です。
「向こうのスレへの避難」という話は初めて聞きました。まあ、私たちは最初から向こうが本拠地でしたが、Yasuさんという一人の論客に対して避難するという対応は、結果的には議論の負けを認めたことになってしまいませんか？
399：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 17:00:31: >>369 Baggioさん

前スレ以来、今回の一連の討論を振り返ってみると、やはり
（1）論文の不正問題
（2）STAP研究そのものの是非（STAPの実在性）
はやはり別個に考えていくしかなかったのかも知れませんね。

ただ、前々から主張していることですが、手続的公正を含めた不正疑惑への対応の問題が、今回の騒動を面倒にしてしまった嫌いはあると思います。その点で研究者コミュニティーは大きな課題を背負ったと言えると思います。
400：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 17:01:44: >>370 Yasuさん

確かにSTAP研究自体の是非は、論文で戦うべき、というご指摘は一理あると思います。
ただ、今回の場合は小保方氏の画像加工の問題、実験ノートに代表されるデータの不備など、Nature論文が正しいことの証拠を殆ど提示できていない、というのが大きな問題だと思います。
（小保方氏は4/9会見で実験的証拠は出すと答弁していましたが、まだその証拠がひとつも出てきていません）

ただ、不正認定の過程で、理研ないし科学コミュニティー全般にいろいろ不備があったことは確かです。これについては改革委員会が提起しているように、調査のやり直し、小保方氏を含む再実験の実現、理事の更迭など是正手段が執られるべきだと思います。

上のことが適切に対処されたという前提の上で、私はNature論文は一旦撤回の上再実験し再投稿、という結論を支持します。
401：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 17:04:36: >>377 工学修士さん
私の>>355は読んで頂けましたでしょうか？

>>386さん、>>391さんのご指摘にもありますが、Oct4陽性レベルではTCR再構成は確認できていますし、これは前スレの320さん、343さん、本スレの>>7栗田覚さんも追試に成功されています。
問題は、STAP幹細胞やキメラでもそれが確認できるかですね。
402： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 17:15:01: >>345
＞これについては>>7栗田覚さんが「ESとTSを混ぜて培養しても、STAP細胞のようなものにはならない」と否定的な見解を述べられています。

人文さんは、一見、中立なようで、判断が、擁護に偏りすぎてます。
この人が、エア実験でないという、証拠があるのですか？　まずは、それを提示してください。
Ｏｃｔ４の発現量も調べずに、誰かが実験しました、とここで記述したら、全部それを、鵜呑みにするわけですか？
そもそもここは、「小保方さん、応援パート」ですよ。そういう工作員がいても、なんら不思議ではないでしょう。

Ｏｃｔ４の発現だけなら、既に何人もの人が確認しているのではないですか？
香港の李教授だって、そうでしょ。でも、発現量が少なすぎるということで、撤退しました。
もともと、我々の身体を構成する細胞すべてに、Ｏｃｔ４遺伝子は含まれているのですよ。
でも、分化していく過程で、それが抑え込まれて、発現しないようになっているだけ。
でも、細胞が死んだり、ＤＮＡがばらけたりしたら、その休眠していたＯｃｔ４が、
偶然、いくらか発現することは、簡単に想像がつきませんか？

もし、本当に中立に議論がしたいなら、証拠も何も示さない、>>7 のような人の発言を、
あたかも既成事実であるかのような発言は、しないで欲しいね。
403： ◆tpyev2PYpI：2014/06/10(火) 17:17:39: 画像捏造にしても改ざんにしても、石井氏は差し替えが認められたのに小保方は撤回なのをどう説明するかかな？
理研が小保方氏を処分するならば。
それが科学コミュニティに普遍的に受け入れられる内容かどうかで、再現実験成功後のマスコミ報道と世論の向きが変わりそう。
私の認識では、そもそも画像の誤りについては、差し替えで対応すべき、改ざんとされた画像も白線入れればいいなら、入れた画像を差し替えれば良い話かな？
letterのESマウスの画像も同じ。
「間違い」箇所がやたらあるのは難点だけど、研究成果そのものに誤りがないのなら、差し替えで済むもの差し替えれば良いという認識。
一部報道に拠れば、野依氏は川合理事に対して「弁護士を雇うような人間は解雇しろ」と発言した模様。
事実ならば、驚くべき人権感覚の欠如と言わざるを得ず、そのような発言を理事に対して行う人物が独立行政法人の理事長として適格かどうかの審査が必要だと思います。
404：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 17:19:33: >>391
>>392
>>395

Openブログでもその話は出ましたが、ヒトT細胞はサイトカイン刺激でOct4を発現すると言う報告がなされています。
ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23207483

CD45陽性細胞を酸刺激した場合にOct4発現が起こらないと言う保証がありません。
Oct4が発現したからと言って、すぐに多能性を得た事にはならないですよ。
またCD45陽性細胞でも未分化細胞が混在している可能性があるので、キチンと純化して使う必要があります。
最低限、この辺りはクリアにしないとダメだと思います。
405：名無しさん：2014/06/10(火) 17:22:04: ＞人文さんは、一見、中立なようで、判断が、擁護に偏りすぎてます。
それはあなたも同じでしょう？
406：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/10(火) 17:26:24: >>402
コメントありがとうございます。

私の議論が「一見、中立なようで、判断が、擁護に偏りすぎて」いるかどうかはご判断にお任せします。
>>7栗田覚さんの追試成功のご報告については、前スレ320番さん、343番さんが提起した追試成功の報告と以降の一連の議論が元になっていて、また本スレでは>>7、>>87以降のOct4陽性に関する一連の議論、そして>>386さん、>>391さんのご報告などがあり、ひとつの見解として無視できないものになっていると、私は認識します。
407：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 17:28:03: >>399

その辺りは難しい判断でもありますが、論文の疑義があり得ない間違えなので、別で考えた方が良いと思います。
仮に、論文不正の疑義がすべて適正な物であり、不正はなかった結論されたとしても、論文は正しい物となりますが、第三者に再現ができない限り、STAP細胞があるかどうかの議論は続くでしょう。
日本では、あるとして認知され、小保方氏を取り巻く環境はかなり違ったものにはなったでしょうし、理研も新法人の認定がなされたでしょう。
でも、諸外国では、他者が再現できるまで、真偽の議論は続くと思います。
408：名無しさん：2014/06/10(火) 17:28:31: >>404
結局は再現実験待ちだね。
自家蛍光なのか、酸でヒストン外れたのか。サイトカイン同様の刺激で発現したのか。
キメラまでいけば、CD45陽性の未分化細胞でかつ酸刺激で陰性になる細胞がセレクションされた可能性は残るにしても、小保方晴子が見たことは事実ということになります。
仮説が正しくない可能性は引続き残るけれど。
409：名無しさん：2014/06/10(火) 17:29:17: >>398
1人だけでなかったというのがこっちの問題です。せめて彼らには参照リンク読む位の努力はして欲しかったのですが。
事実誤認が多い方が何人もいて参照リンクも読まない(少なくとも1人はそう明言)、更に批判派はこちら側では半数かむしろ少数となると骨折り損というもの。
向こうのどのスレかは覚えていないけど自分含めこっちの議論投げた旨の書き込みがあったはず。
あなたもポスドクならあの論文を撤回しなくていいなんて結論には至らないでしょう。この方は論文書いたと主張しているにも関わらずそう言っている以上少なくともこの主張は手に負えない。違いますか?　しかも別スレに見られたように飛躍したりしている人はこの方だけじゃない。それなら真剣に議論したい方々は向こう行きますよ。
410：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 17:32:10: >>408

そうですね。

でも論文では、リプログラミングが起こったとしているので、未分化細胞ではダメでしょう。
分化した細胞から初期化で多能性を得たと言う事がアブストラクトに明記されていて、それをSTAP細胞としているので。
また、未分化細胞ならMuse細胞のようなものと言うことになります。
411：名無しさん：2014/06/10(火) 17:39:44: 擁護派も真実に向かって真剣に議論したいと思っていますよ。
412： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 17:42:28: >>355
>そこで、プロトコルではどうして「幹細胞」ではTCR再構成を確認できなかったかをいろいろ類推しているということです（Protocol Excange: p.8）。
人文さんに質問、いいでしょうか？

具体的に、どの文章を指しているのでしょうか？できれば、その文章、引用してもらえませんか？

ちなみに私は、ＳＴＡＰ→ＳＴＡＰ幹細胞になるにあたって、何らかのメカニズムが働かない限り、
ＴＣＲ再構成の検出確率は、ＳＴＡＰとＳＴＡＰ幹細胞で、同程度であるべきと考えています。
ただし、キメラになると、個体になれる細胞数が限られるので、ＴＣＲ再構成の検出確率は下がると予想します。
413： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 18:01:32: ＮＣＢＩのデータ、上げときます。

重要そうなのは、７と１６、、、
クリックした先のページで、Ｓａｍｐｌｅのとこの「more」をクリックすると、
どの系統のマウス由来か、など、いろいろわかるようになってます。
414： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 18:02:59: ＮＣＢＩのデータ、上げときます。

ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?Db=sra&DbFrom=bioproject&Cmd=Link&LinkName=bioproject_sra&LinkReadableName=SRA&ordinalpos=1&IdsFromResult=238286

重要そうなのは、７と１６、、、
クリックした先のページで、Ｓａｍｐｌｅのとこの「more」をクリックすると、
どの系統のマウス由来か、など、いろいろわかるようになってます。
415：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 18:04:02: >>412

>>288を参照下さい。
また、ttp://www3.riken.jp/stap/j/b9document1.pdf
このPDFのP10とP11に記載されています。
416： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/10(火) 18:13:55: >>412
－－－－－－Protocol Excange: p.8から、引用します。－－－－－－－－
none contained the rearranged TCR allele, suggesting the possibility of negative
cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin) for STAP
cells to give rise to STAP stem cells in the conversion process. This may be
relevant to the fact that STAP cell conversion was less efficient when
non-neonatal cells were used as somatic cells of origin in the current protocol.
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
たぶん、この文章だと思うけど、
suggesting the possibility of negative
cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin)
この部分を、どう訳していいのか、悩ましい。
たぶん、Ｔ細胞にはＴＣＲ再構成があるものは、１０％～２０％しかないので、
ＴＣＲ再構成のないＴ細胞だったのではないか？とそういうことかな？
ここは、どう訳してよいのかわからない。
後半は、分かり易い。要するに、この再現実験は、新生児マウスを使わなかったんだ。
で、それを理由にしてる。

だけど、この２つの理由は、いずれも、
「なぜ、ＳＴＡＰとＳＴＡＰ幹細胞で、ＴＣＲ再構成の検出確率は等しくならないのか？」
この疑問には、何も答えていない。何も説明していない。
417：名無しさん：2014/06/10(火) 18:18:15: 幹細胞拾うときに元気の良いコロニーを拾うせい？
418：名無しさん：2014/06/10(火) 18:20:01: >>416
私訳だが持ってきた
blog.goo.ne.jp/yamanekohotaru/e/28a5b7f98697cd60d5258b362aea330c

小保方さん 応援パートⅢ