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小保方さん 応援パートⅢ
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ttp://jbbs.shitaraba.net/study/12333/
という掲示板がありましたが、スパムが寄せるので、休止しました。
（ ※ 個人への中傷というスパムが寄せてきて、削除依頼が来たが、
私はいちいちスパムを管理する手間は掛けられないので・・・と管理人さんからの伝言です。
このコーナーは、まじめな討論の場です。個人中傷は禁止です。何故閉鎖されたのか解らないのですが常識的な言動でお願いします。
まっちゃんの意見
擁護派でして、石井委員長の調査が杜撰であり本人が納得するまで調査するべきだったと考えています。しかも小保方一人が不正、捏造したと
発表したものですから刑事犯の犯罪者と思ったのです。論文の一部に強引なミスがあっても主要部分がよければいいのではないか。
またまた、おかしな報道がでています。ESと STAP細胞は混ざらないと言うのに遺伝子が二種類出てきた。
それよりか応援したいのにかなり不利です。記者会見で見た小保方さんは真面目そうな、嘘を言ってる感じがしなかった。
まっちゃんの「見る目がなかったのかなぁ」と。
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問題は、STAP細胞のどの段階まで再現できるのか？
いくつか段階はあって順に
・oct4陽性細胞
・テラトーマ
・幹細胞
・キメラマウス
前二者は小保方さんの仕事で、ここまで再現できなかった場合、何らかの不正があったことになりますが、後二者をどう評価するのか？
成功すれば、手続き上の誤りはあったにせよ研究そのもの行われていたことになりますが、失敗した場合、何らかの不正があったことになりますが、不正の犯人は誰か？
小保方さんが、ESとTSをSTAP細胞様の細胞塊にする新しい接着技術を開発して若山さんを騙した可能性。
若山さんが、小保方さんから受け取ったoct4陽性細胞をすり替えてES細胞とTS細胞をインジェクトした可能性。
余談ですが、ES細胞とTS細胞の混合物を幹細胞に誘導する条件に置いて培養するとTS細胞は死滅します。
このことから、STAP幹細胞は混合物だと考えたのですが、一方でF1細胞に誘導する条件に置いてもES細胞は残るのでちょっと違う気はしています。
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幹細胞の遺伝子がおかしいの内容が判然としませんが、違う系統、特にCD1が混ざっていたからTS細胞を混ぜたとするのは誤り。
ES細胞とTS細胞の混合物を幹細胞に誘導する条件に置くと、ES細胞しか生き残らないので、そのSTAP細胞（ES細胞？）の由来がCD1だということは言えますが、TS細胞を混ぜたわけではないと思います。
ただ、その場合、犯人は何故単一のES細胞が入手可能なのにわざわざ複数の系統のES細胞を混ぜたのだろうか？
その謎か生まれます。
それよりは、18匹の仔マウスを処理した際、T細胞が予定の個数得られなくて、手近な仔マウスにも犠牲になってもらったと考えるのが自然ですね。
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>>216
小保方さんの処分はあくまでも捏造と改ざんに対するもので、再現性の有無は関係ないですよ。
下村さんは、それを確認しただけだと思います。
再現実験に成功しても失敗しても調査委員会の認定した不正に対して処分する。
ただそれだけですよ。
再現に失敗して、やっぱり研究捏造でした、となっても、論文を撤回したし、調査は終了しているので、無関係という整理。
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再現に成功したとすると、
「悪意のある捏造」は否定されます。
ここで言う「悪意」とは、承知の上で行った捏造の意味です。
そのうえで、理研の就業規定に則って処分を再検討する必要があります。
また、検証実験の結果に依って処分内容が覆った場合、
処分の手続き、及び、報道のあり方について、大きな問題が残る事になります。
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異なる画像を未必の故意で使ったことを悪意であると調査委員会は認定しているので、再現実験に関係なく、処分は処分なのですが、規定通りの処分をすると労働契約法違反になると泉衆議院議員は質問趣意書で疑問視しています。
理研の規定が違法だと承知で解雇処分にして裁判で無効判決が出て復職を認め、さらに損害賠償を払うか、あるいは柔軟に対応して減給くらいにして再現実験に失敗したら来年の契約更新を行わないことにするか。
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>>219
株を解析依頼したとあるので混合云々は関係ないのでは。
足りなかっただけなら全ておかしいでなく正しい例外が出てくる。それがなかった以上その説明は成り立たない。
www.asahi.com/sp/articles/photo/AS20140415000384.html
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具体的にどんな異常なんだろうね。
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いずれにしても、再現結果待ちですな
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>>208
>私も前は組織的捏造説（あるいは複数関与説）を疑ったこともあったのですが、最近は少なくとも周囲には意図的な作為はなく、小保方氏のトンデモ論文（こちらすら通常の意味での「作為」ではないかも知れない）に周囲が振り回されたというのが実情ではないかと思っています。
>も ちろん意図的な不正の可能性もまだ完全には払拭できていませんが、若山さんの対応の変化（3/10以前と以降）は、むしろ作為がなかったことを前提する方 が分かりやすいです。ただ、若山さんが山梨大へ転職した時期とNature論文提出時期が運悪く重なっていて、論文適否に関するチェックがおろそかになっ た可能性は高いと思っています。
「あってほしい」（もしくは「信じる」）と「ある」は違いますが、こういう場では、どうしても願望のバイアスがかかった議論を展開しがちになります。そういう意味では、どちらかと言えば「擁護派」の人文系ポスドクさんのこのコメントは客観的だと思います（まだ確定したわけではないので客観的というのが言い過ぎなら、「オッカムの剃刀」の原則に則したものだと言ってもよい）。
また、理研の対応の拙さは、これはこれで多いに糾弾されるべきであると思いますが、捏造ミステリーの解明とは分けて考える必要があると思います。
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>>221
>>222
小保方氏の処分は論文だけでなく、実験記録の不適切な管理（私物パソコンの使用）、動物実験の実施期間以外での取り扱い（承認日以前にマウスの実験をする）など論文不正以外の様々な内規違反も含めて処分が下さるはずです。
論文不正は処分を決定する判断材料の1つにしか過ぎません。
これは共著者全員に対して該当する部分があれば、処分の対象になる所だと思います。
長いので、関連のある所だけ抜粋します。
小保方氏は抜粋した部分のいくつかに該当してます。
論文不正の部分は情状酌量をしたとしても、該当する違反についての処分は免れません。
ttp://www.riken.jp/~/media/riken/about/info/kkitei_ninki_140418.pdf
(試用期間中の解雇)
第7条 次の各号により試用期間中に任期制職員として不適格と認められるとき は、解雇することができる。
(2) 研究所への提出書類の記載事項又は面接時の内容が、事実と著しく相違することが判明したとき。
(4) 必要な業務を習得する能力がなく、又は協調性がないとき。
(5) 第40条第1項各号に規定する事由に該当するとき。
(6) 第50条各号に規定する事由に該当するとき。
(解雇)
第40条 任期制職員が次の各号の一に該当するときは、解雇することができる。
(4) 職務につき著しく能力を欠くと認められるとき。
(8) 懲戒解雇をうける事由があるとき。
(9) その他前各号に準ずる行為があったとき。
第50条 懲戒は、次表の5種とする。
(譴責、減給及び出勤停止)
第51条 任期制職員が次の各号の一に該当するときは、譴責、減給又は出勤停止に処する。
(4) 故意又は過失により研究所の設備、備品、器具、コンピュータシステム、データ、研究試料又は帳簿、図面その他の書類等を破壊、紛失、改ざんしたとき。
(5) 事実をねつ造して虚偽の報告又は届出をおこなったとき。
(6) 許可なく研究所の機密にかかる帳票類、データ等の資料を持ち出し、又は持ち出そうとしたとき。
(8) 研究所の秩序規律を乱す行為をしたとき。
(9) 研究所の名誉を損ない、又は職員としての体面を汚す行為のあったとき。
(13) この規程その他研究所の定める規程に定める諸手続き若しくは届出を故意に怠り、又は虚偽の届出をしたとき。
(諭旨退職及び懲戒解雇)
第52条 任期制職員が次の各号の一に該当するときは、諭旨退職又は懲戒解雇に処する。ただし、情状により前条の懲戒にとどめることがある。
(3) 重要な経歴を偽り、その他不正な方法を用いて採用されたことが判明したとき。
(5) 研究の提案、実行、見直し及び研究結果を報告する場合における不正行為(捏造、改ざん及び盗用)が認定されたとき。
(6) 故意又は重大な過失により、研究所の設備、備品、器具、コンピュータシステム、データ、研究試料又は帳簿、図面その他の書類等を破壊、紛失、改ざんし、研究所に損害を与えたとき。
(9) 許可なく研究所の機密にかかる帳票類、データ等の資料を持ち出し、又は重大な秘密情報等を所外に漏らし研究所に損害を与えたとき。
(13) 不正行為を犯すなどによって職員としての体面を汚し、研究所の名誉又は信用を傷つけたとき。
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>>227
どう作文するかにつきますね。
ねつ造と改ざん認定されたので、そのまま解雇で問題ないと思うけれど。
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>>226
>>「あってほしい」（もしくは「信じる」）と「ある」は違いますが、こういう場では、どうしても願望のバイアスがかかった議論を展開しがちになります。
「ある」と「ない」の可能性について、どちらが一般的な道理としてあり得る事かを議論しているだけでしょう。
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>>228
そうですね。
作文次第では、また小保方弁護士に揚げ足を取られて突かれます。
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ことここに至っては、すなわちKaho氏の今回の検証が出てきてしまったからには、小保方氏を擁護しようとしてもトンデモ説明しかないと思いますが、今興味があるのは、もしかしたら小保方氏には悪意、あるいは間違ったことをしたという意識がなかったのではないかという点ですね。「あの人はそんな悪い人ではない」との信念のもとに擁護論を展開した人があまりにも多かったのにはそれなりの理由があると考えた方が納得がいきます。
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>>229
>「ある」と「ない」の可能性について、どちらが一般的な道理としてあり得る事かを議論しているだけでしょう。
それは筋だけど、書き込みの文脈は理解して読んでくださいね。
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>>232
>>それは筋だけど、書き込みの文脈は理解して読んでくださいね。
理解していますよ。
攻撃しているのではないので、勘違いさせてしまったらすみません。
捏造のミステリーに対して、それぞれの方がその可能性を議論する事は否定されるものでは無いと言いたいだけです。
それぞれの考えを述べた上で、どれがもっともらしい事なのかを議論すれば良いだけでは？と言う意見です。
本人が書き込みしていない限り、私も含めて真実が解っている人は、居ないわけですから。
聞く耳を持たない一方的な意見を言う人は別にしてね。
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小保方さんが参加して、サクッとSTAP細胞が作れたら、
就職先は幾らでも見つかるでしょうね。
今の所、彼女以外にスムーズに実験のできる人は居ないのですから。
生物関係の実験では、STAPに限らず、○○さんで無いと出来ない実験
は珍しく無いそうです。ケシカランことですが、現実です。
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>>233
『私も含めて真実が解っている人は、居ないわけですから。』
だとすると、刑事裁判で言うところの「被告人の利益」を優先することが、
人道的な行為ではないでしょうか？
ましてや、再現実験が一度でも成功したら、処分もへったくれも無い筈です。
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>>235
勘違いしないように。
ここの掲示板での若山氏犯人説んどの議論についての事です。
処分についての話はしていない。
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>>233
少々婉曲的に書き過ぎたかもしれません。
攻撃的にならないよう、あえて省略した文脈があって、
擁護派の方の書き込みには願望のバイアスがかかったものが多いけれど、226の引用部分に関しては、人文系ポスドクさんは擁護派であったにもかかわらず、きわめて合理的な結論を導いておられるといいたかったということです。
バイアスがかかっていれば無理筋の「若山犯人説」にもっていきたくなるのが普通ですから。
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>>234
トリプルアクセルできるのが浅田真央だけでも問題ないように、研究捏造かどうかだけならOct4陽性細胞を作れるのが、小保方だけでも問題ないだよね。
応用面で、問題出てくるけれど。
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>>7 >>87
ESとTSを混ぜた後、酸に３０分間つけたのですか？
それとも、酸に３０分間つけたあとに、ESとTSを混ぜたの？
なんで答えてくれないのだろう？ 隠して困るような事なんですかね？
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>>7 >>87
ESとTSを混ぜた後、酸に３０分間つけたのですか？
それとも、酸に３０分間つけたあとに、ESとTSを混ぜたの？
なんで答えてくれないのだろう？ 隠さないと困るような事なんですかね？
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Oct-4陽性細胞も、なんらかの指標で酸から引き揚げるタイミングがわかれば良いんだけどな。
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現状では、ほとんど天麩羅職人の技でしかない。
あるいは刀鍛冶。
確かに生きたOct-4陽性細胞が得られるのであれば、小保方氏にしかやれない仕事でも問題ない。
彼女を人間国宝に指定してスタップ伝導師にすればいい。
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>>242
いや。
誰もやっていない方法を、試行錯誤して見つけた、
真の科学者だ。
○○大学の方が上だの、教科書に書いてある程度の理屈を、
諳んじて調子に乗っている、エセ秀才とは器が違う。
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テラトーマまで再現できて、キメラと幹細胞に失敗した場合が問題ですな。
その場合、細胞の摩り替え疑惑が現実味を帯びるわけだが、テラトーマまでできたのに細胞を摩り替える動機は小保方にもない。
もちろん若山にも。
真相は？
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>>244
不正、捏造は無かった。
論文を書くリテラシーと、注意力が欠けていた。
証拠は無いが、こう考える事が、最もスッキリする。
だから、暖かく見守れば良いのだと思う。
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再現よりも現存のキメラテラトーマの解析をすべき。これだけで全て明らかになる。
SCに関しては捏造が確定的。まあ中立or擁護的に言えばまだ生データが開示されていないと言えなくもないが。
他人が同じ手法で再現できないならば価値はない。これを軽視し過ぎだろうな。
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果たして論理破綻、事実誤認が酷すぎる方を相手にすべきなのだろうか。擬似科学か宗教の類の言論にまともに答えて意味はあるのだろうか。
皆様も再度考えた方が宜しいかもしれぬ。
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>>246
現物を捏造の余地なく再現できるなら問題ないのでは？
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キメラは若山特有の技術かもしれないが、幹細胞は一般的な技術だから、Oct4陽性細胞までできたなら、丹羽が作れるか作れないかで、細胞を摩り替えたか否かがわかりそう。>>244
キメラは職人的だから、若山にしかできない、と言われても正直違和感ないが、幹細胞が作れないなら細胞摩り替えは確実だね。
細胞を摩り替えているなら、誰が？
なんですが、現状では若山が濃厚だよね。
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>>249
動機が解らんのだけどね。
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以前から、言われていることだけど。
すり替え説よりも酸処理が単に未分化の幹細胞のセレクションになっていただけだったと言うのが最も無難でしょう。
STAP幹細胞にはTCR再構成が無かったわけだし、成人のマウスよりも若いマウスが良いと言う事とも辻褄があう。
SCについては、STAP細胞作製のための細胞数が足りずに、色んなマウスのを寄せ集めちゃったと言うことではないかな。
小保方氏はSTAP幹細胞からキメラさえ出来れば良いと考えていて、細胞を寄せ集めしちゃいけないと思わなかったと言うオチ。
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>>251
幹細胞にTCR再構成がなんで必要なの？
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>>252
必要ないはずだけどな？
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>>248
まあ仮にできたとしても、過去に少なくともSCに関して捏造やったことは揺るがないので問題ないわけはない。
細胞が足りなかっただけなら株の解析を依頼した以上、全ておかしいではなく正しい例外が出てくる。ほとんどとか大半という表現になる。そうでない以上それは成り立たない。
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>>251
>>252
どういう意味で必要無いという話？
純粋に研究としてと言うことなら、TCR再構成は必要としないだろう。
それだとストレスが異なるだけで、原理はMuse細胞と変わらなくなるので、新しくない。
ザックリ言えば、ヒト細胞がマウス細胞になっただけに近くなり、話題性は低くなるね。
論文の主旨は、分化した後の細胞から未分化細胞の様な多能性を得たのがSTAP細胞で、そのSTAP細胞から多能性を維持したまま増殖能があるSTAP幹細胞を作製したと言う主張だったはず。
TCR再構成がないなら、STAP細胞からSTAP幹細胞は出来ていない可能性もあり得るし、初期化されたのではなく、選別されただけと言う可能性があるので、本来はTCR再構成は必須だった。
未分化細胞がストレスで選別されただけなら、Muse細胞と同じレベルの話。
再生医療に用いる場合は、分化した細胞から多能性を得た事が重要視されたので、TCR再構成がある事は必須だった。
もし、STAP幹細胞がTCR再構成していなくて、未分化細胞のセレクションだとしたら、成人の体に残っているかどうかすら解らない未分化幹細胞を酸処理でセレクションするなんて事を簡単に行う事は不可能だと言うことになる。
STAP幹細胞が分化した細胞から多能性を獲得したと言う触れ込みだったから、ES細胞の様に卵子を使ったり、iPS細胞の様に遺伝子導入しなくても、成人の分化した細胞から初期化した細胞が作製できて、成人でも自分の細胞からSTAP幹細胞を作製すれば、拒絶反応なしに様々な臓器を再生できると言う事で世紀の大発見と言われたはず。
まあ、論文は撤回されたからこれはどうでもいい話かもしれないが・・・。
但し、単なるセレクションなら、現在のマウスと同様に、実質、赤ん坊の細胞からしかSTAP幹細胞がセレクション出来ないだろう。
研究が進んだとしても、細胞を提供する事に対して、自分の意思を示す事ができない胎児や赤ん坊からしかSTAP幹細胞を作製する事が出来ないなら、そこに抵抗を感じる人も出てくるだろう。
ES細胞以上にヒトでの研究は倫理問題が出てきて難航する可能性も否定出来ない。
実際、Muse細胞はヒト細胞なので、倫理的な観点からキメラの作製はしないと東北大のグループは述べていたと思う。
TCR再構成が無くても、成人の細胞を酸処理してSTAP幹細胞ができるなら、それはそれで価値がある。
そもそものバカンティーが15年前から主張してきたのは、当初は、成人にも休眠した未分化細胞が存在していて、それが何らかの刺激で休眠から目覚めると言う主張だったと思ったが（記憶が確かなら）。
でもこれはMuse細胞で先に達成されてしまったので、同じ話になってしまうから、バカンティーは趣旨を変えたかったではないかと推測している（あくまで推測）。
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>>255
？
TCR再構成がないといけないの？
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>>254
系統が違うという意味？
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>>257
いや株が違う（雑種）から、SCは少なくとも購入したESでもTSでもなく、若山氏が小保方氏に渡したマウスが異なる系統のマウス同士の交配でできたものか、あるいは渡されたマウスから１週齢の仔マウスを得るために交配させた際に違う系統のマウスを使ったか。
前者ならば若山研究室のマウス管理の問題。後者ならば交配を誰が行ったのか？それが問題。
株の段階で違うとなると若山研究室のマウスが純系でなく、何度か継代させた際に違う系統のマウスが入り込んだのでは？
若山氏なのか若山氏の指示でマウスを管理していた人が杜撰なのか？少なくとも純系同士の１世代目ではないから、小保方氏も何かやった可能性はあるけれど、渡されたマウスがすでに純系でなかったことは確実だね。
若山研究室のミスが若山氏の解析で判明したことになりますね。
たぶん若山氏自身は、自分の管理していたマウスは純系だと信じていた（いる）のですが、実際は雑種だったので飼育担当を問い詰めたら何かわかりそう。
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全てのSCで異常だったということは、若山研究室のマウスの管理が杜撰だったことを示唆しますね。
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やっぱり若山か、、、。
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何で若山に持っていきたがるのかなあ。
若山研の問題なら若山研の他の論文もアウトということになる。そういう報告あんの？
渡されたのが何であれおぼさんがすり替えたら、一世代目でないからどうだとかいう議論は意味をなさない。
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実験結果を待っている段階では、
全ての議論は意味をなさない。
博士学位を有する者が、論文の書き方のイロハを知らなかった、
という点は、大学教育システム全体の問題として、論じる必要は
あるかな？
ボクはどうでも良いと、思っているが。
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>何で若山に持っていきたがるのかなあ。
もはや信仰（小保方教）のレベル。
こういう段階にきてしまったのに、まだ無理にでも小保方氏を擁護したいわけだから、合理的に物事を考えることなど出来るわけがない。不自然でも何でも複雑にものを考えようとすると、若山氏にもっていくほか仕方がない。
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>>261
試料を調べてみたら同じ結果がでるんじゃないかな？
幹細胞に限らず、各種標本が残っていればだけど。
通常は疑惑が生じない限り、標本を調べるようなことはしないから、若山氏も青天の辟易だったのではないかな。
その意味では若山氏もステムセルについてはシロだと思います。
自身の研究室で使っているマウスの飼育実態を知っていれば、STAP幹細胞のシーケンスなんてしないでしょうからね。
飼育担当者や飼育記録を精査する必要もあるのではないか？
これに関して参議院議員が質問趣意書を出しているから、毎日新聞の誤報かスクープか近いうちにわかるけれど。
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犯行を行える位置にいたからでは？この場合、動機は関係ないというのは刑事捜査の常識だと思いまっせ？
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>>263
キメラやテラトーマから複数の系統のマウスが検出されたというのなら、小保方が混ぜた可能性が濃厚だけど、ステムセルの株
単一細胞群から複数の系統のマウスが検出されたということは、交配時に間違えたのではなく、交配させたマウスがすでに純系でないことを示しているから、そうなると小保方が自宅や自室で理研に無断でマウスを交配していたか、あるいは若山研のマウスが純系でなかった可能性が大。
小保方がESやTSを摩り替える動機はあるので、それならステムセルからはESやTSのもとになるマウスの系統のみが検出されるはず。
複数検出されたということは完全に若山研のマウス管理の問題だと思いますけれどどう？
しかも全て純系でないとなればなおさら。
細胞摩り替えたのなら、論文記載のマウスでないにしても、単一系統にならないとおかしい話。
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小保方が自宅でマウスを交配させていたとしたら何のために？という疑問がでるね。
研究費足りなくて、脾臓用のマウスが大量に必要だったとしても、200回分となると、1000匹くらい必要だよね？
どんだけ広いマンションに住んでいるかわからんが、常時100匹くらい飼っていないと無理なんでは？
脾臓が足りなくて、手近なマウスを流用していたのなら、Oct4陽性細胞群は、異なるマウス由来の細胞の集まりだから、それから作ったテラトーマやキメラマウスから複数の系統が検出されてもおかしくはないが、幹細胞となると、単一細胞群だから、元になったマウスがそもそも純系でないはずだよね？
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自分で樹立したESやTSならともかく、買ってきたESやTSなら系統は既知だから、それとピッタリ一致するなら摩り替え説が正しい可能性が高くなるけれど、さまざまな系統が混じりあっている個体から調製されたことを示唆しているのなら、マウス本体の管理者の責任だと思います。
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>>268
マウス本体の管理者、
とはどういった仕事をしている人なのですか？
ボクは生物学の実験室の事情を知りません。
（同レベルの人は多いと思います）
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雑種のESも確立されているようですが。以下は3/26付近で既に出た話。
blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/93b8d64af911a3c49dfbefb89d630bac
2chでは↓の意見があった。
>>そもそもB6の雑種由来のマウスES細胞はかなりマイナーなのですが、理研は複数のB6雑種由来のES細胞株を樹立または保持しています。
（www2.brc.riken.jp/lab/cell/s5_list.cgi ?key=e）(投稿者による注:リンク切れか行くことはできなかった)
>>ところが、B6と129の雑種は特に数が少なく、血球細胞から核移植で樹立した非常に特殊な細胞株があるのみです。
とりあえずすり替えた細胞が純系である必要はない。故に雑種だから何だというのは意味をなさない。
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そうなると、摩り替え説を考えるなら、理研にあるES細胞と幹細胞の遺伝子データを比較すれば、確定しますね。
あるいは飼育実態が明らかになれな、雑種ESを摩り替えたのか、それとも元々交雑されていたマウス由来なのか。
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>>255
TCR再構成がなくても、T細胞由来の可能性は高いのでは？
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>>255
STAP細胞（Oct4やNanogなどの多能性マーカーが、ES細胞レベルで発現した細胞）
では、TCR再構成があった（T細胞由来が明らかだった）のに、
それをSTAP幹細胞にすると、TCR再構成がなくなるということは、
以下の事を意味する。
１．ES細胞などの、もともと多能性があった細胞が、混入してしまった。（細胞塊に含まれていた）
２．幹細胞化する際に、未知のメカニズムが発動し、TCR再構成が消失した。
１か２のどちらかなんですが、どちらが正解かはわかりません。
だとすると、ネイチャー論文は、いったい何だったのか、何を主張するものだったのか？
ということになります。T細胞が多能性を獲得した、証明にはなっていないのです。
２であることが証明できれば、もちろん論文は正当化されます。
しかし、ネイチャー論文は、そのTCR再構成が消失するメカニズムを解明したものではないですし、
TCR再構成がSTAP幹細胞に見られないことは、3月５日になって、
後だしジャンケンで、丹羽氏のプロトコルと同時に、こっそりと明らかになったのです。
それまでは、STAP細胞にTCR再構成があるということは、
STAP幹細胞にも、キメラにも、当然あるだろう。。。そういう前提で、みな動いていたのです。
（そういう前提で、論文の構成も仕上がっていた訳です）
だから、あえて、論文内では、STAP幹細胞やキメラやテラトーマに、
TCR再構成があることは、調べられていなかったのです。あって当然だから、調べないという訳です。
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２７３は、
>>252 >>256 へのレスでした。
リンク間違えました。
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>>273
T細胞の全てがTCR再構成をしているわけではないよ？
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ttp://www3.riken.jp/stap/j/b9document1.pdf
がわかりやすい？
九頁以降
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>>273 のつづき
２の、TCR再構成が消失する未知のメカニズムを解明し、証明できれば、
１の可能性を排除してもよいこととなり、論文は正当化されるでしょう。
しかし、そのメカニズムの解明は、一筋縄ではいかないことは、明らかです。
それよりむしろ、現時点では、１の可能性を疑わせる証拠が、いろいろと出てきているのです。
しかも、一つや二つの疑念ではなく、数多くの疑念が生じているため、
単なるミスによる混入ではなく、意図的な混入ではないかと、
疑わざるを得ないような状況にある訳です。
人は、そんなにたくさん、連続してミスをするのか？ということです。
凹さんは、認知症なんでしょうか？
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>>276
いや、こんな資料があったんですね。勉強になります。ありがとうございます。
ということは、２７３を修正すると、次のようになるのかな？
２番を修正。
２．STAP細胞→STAP幹細胞への変換時に、TCR再構成が消失することもあれば、
TCR再構成が消失しないこともある。
TCR再構成の消失は、特殊なメカニズムが働くことによるものではなく、
もともとT細胞にTCR再構成がある確率が、１０−２０％しかないために起こる。
なるほど、勉強になりました。
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擁護するものではないが、STAPはT細胞由来でなくともよいのでは(論文的には問題だが)という意見があったのは明記しておく。但し、少なくともCD45+由来でなくてはいけない。その点についてCD45+由来ではないとしたkaho氏の解析結果がある。
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相変わらずスレの進行が迅いですね。
>>216 Baggioさん
これまで3スレに渡って議論の摺り合わせを行って参りましたが、今回の事件の「落としどころ」が多少は見えてきたというか、個々の細かな論点はともかく、大枠としてはある程度統一的な結論が導き出せるのではないかと思い始めています。
今回の論点を雑ぱくに整理すると、（1）研究者個人（小保方氏）の論文不正そのものをどう評価するか（2）理研をはじめ、論文不正にまつわる周囲の対応をどう評価するか、の二点であり、これについては最終的にはどちらも必要であることは明らかで、その点では論者の立場を待たないだろうと思われます。
（1）についてはなぜこのようなずさんな研究体制がまかり通ってしまったのか、真相解明をすることによって、今後の研究倫理における指針作成に役立てる必要があると思います。（2）については研究者が不正を行わず適切な研究ができるような、環境作りが必要に思います。このような自助努力が研究者コミュニティー自身の中でどれだけ行えるかが、今後の日本における科学研究の将来を占うというべきでしょうか。
理研の対応については改革委員会が幾つか是正措置を提案しているようなので、今後の推移を見守っていきたいと思います。
MSN産経ニュース
理研の全理事に交代要求へ 改革委「自浄作用が不十分」 野依氏は除く
2014.6.6 10:00
ttp://sankei.jp.msn.com/science/news/140606/scn14060610000003-n1.htm
テレ朝ニュース
STAP検証チームに小保方氏を 理研改革委員会(06/03 07:58)
ttp://news.tv-asahi.co.jp/news_society/articles/000028100.html
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まあでも、ＳＴＡＰ幹細胞に、１個でもＴＣＲ再構成のある細胞が含まれていたら、
ＰＣＲで検出されるはずなんだよな。
まあだから、ＴＣＲ再構成が検出される可能性が高いと思うのだ。
というか、ＳＴＡＰ幹細胞でも、ＳＴＡＰ細胞と同程度の確率で、
ＴＣＲ再構成が検出されないとおかしいことになる。
もし、何度やってもＴＣＲ再構成が検出されないのであれば、
一つ考えられるのは、
ＴＣＲ再構成のあるＯｃｔ４陽性細胞の増殖能が、
ＴＣＲ再構成のないＯｃｔ４陽性細胞（Ｔ細胞を含む）の増殖能よりも、
劣っているということだ。
だから、増殖を繰り返すうちに、
ＴＣＲ再構成のあるＯｃｔ４陽性細胞が、淘汰されてしまう。そういうことだよな。
やはり、特殊なメカニズムが介在しなければ、
ＳＴＡＰ幹細胞にＴＣＲ再構成が見られないことを、説明することは不可能だ。
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>>226 >>237
コメントありがとうございます。
私が擁護派に分類されるべきか否かは置いておきますが、少なくともここのスレでは「事実がどうなのか」を見極めるために多くの討論がなされてきました。
その点で「願望のバイアス」は避けるべきでしょうが、ただどのような人も自身の先入観から免れ得ない部分がありますので、その点では常に自己の論説を再点検する必要はあると思います。
ちなみに、小保方氏を擁護せんが為に「若山氏犯人説」を主張するような論調があったとすれば、それは論外です。
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現在、第三者機関が解析したSTAP幹細胞の遺伝的由来について活発な議論がなされていますが、ソースの出所は下の毎日新聞とNHKの記事になるのでしょうか。
どちらも記事の書き方が何か曖昧な感じで、記者が事柄を正確に把握しているのかちょっと疑問に思える部分もありましたので（F1というのはマウスの種類ではないと思うのですが）。
他にもソースがありましたらご教授頂ければ幸いです。
ＳＴＡＰ論文:幹細胞に不自然な遺伝子 第三者機関が解析
毎日新聞 2014年06月03日 15時20分（最終更新 06月03日 16時04分）
ttp://mainichi.jp/select/news/20140603k0000e040226000c.html
ＳＴＡＰ 存在に新たな疑念
6月3日 19時23分（NHK NEWSWEB）
ttp://www3.nhk.or.jp/news/html/20140603/k10014947431000.html
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TCR再構成することで、リプログラミングした際に巧く初期化せず、生存しない可能性は高いのでは？
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これは、「話の筋」と言う意味で書いておきます。
若山先生が、小保方さんから受け取ったSTAP細胞を使って
作成したSTAP幹細胞の遺伝子系列が、
若山先生が（実験に使用する為に）渡したマウスの遺伝子系列
と異なっていた、と報道されています。
この話に説得力を持たせる為には、
若山先生が小保方さんに渡したマウスの細胞も、同様に
保管されていて、且つ、上記の遺伝子解析と同等の解析結果
を示す必要がある、と思うが、いかがだろうか？
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>>284
ＳＴＡＰ幹細胞化すると、ＴＣＲ再構成が検出されずらくなる原因は、
いろいろな仮説が立てられると思います。
>>281 で私が述べた、増殖能（生存能力）の違いによって、
ＴＣＲ再構成のない細胞だけが生き残るというのも、単なる一つの仮説です。
284さんのおっしゃることも、十分に、可能性としてはあるでしょう。
結局、ＳＴＡＰ幹細胞化するとＴＣＲ再構成が消失してしまうという現象は、
裏で特殊な未知のメカニズムが働かない限り、説明がつかない現象なのです。
もし、何もメカニズムが働いていないのであれば、
ＳＴＡＰ細胞と同確率で、ＳＴＡＰ幹細胞でも、ＴＣＲ再構成が検出されないと、おかしい訳です。
で、凹の論文では、その裏で働くメカニズムについては何も解明していない訳ですから、
「体細胞が多能性を獲得したこと」の証明としては、不十分だということです。
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ちなみにキメラにすると、ＴＣＲ再構成が検出されずらくなることは、以下のように説明がつきます。
キメラ作成時に、胚盤胞にＳＴＡＰ細胞塊を注入しますが、
まず、そのＳＴＡＰ細胞塊は、１００個の細胞で構成されていたと仮定しましょう。
その１００個のうち、ＴＣＲ再構成のある細胞は１〜４個です。（>>276 さんの資料のページ９参照）
で、その１００個の細胞のうち、キメラ個体になれるのは、５個だったしましょう。
その５個の細胞の中に、ＴＣＲ再構成がある細胞が１個でも含まれる確率は、
少し複雑な確率計算になるので省略しますが、約５％〜１７．１２％となります。
ところが、ＳＴＡＰ幹細胞では、話が違ってきます。
ＰＣＲにかける場合は、細胞塊に一個でもＴＣＲ再構成のある細胞が含まれていたら、
ＴＣＲ再構成が検出されるはずだからです。
なので、１００個の細胞のうち、ＴＣＲ再構成のある細胞は１〜４個であるとしても、
１個でも含まれている限り、１００％の確率で、ＴＣＲ再構成は検出されます。
それが検出されないということは、
ＴＣＲ再構成を消失させる何らかのメカニズムが、裏で機能していることを示唆しています。
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この丹羽氏の検証実験資料は素晴らしいな。。。
ttp://www3.riken.jp/stap/j/b9document1.pdf
１０ページを見ると、まず一番左に、ＦＡＣＳで選別したＣＤ４５＋細胞に、
どんな種類の細胞が含まれているかが示されています。
Ｂ細胞、Ｔ細胞、マクロファージ、その他（造血幹細胞など）が、含まれています。
そして、一番右をみると、成果物であるＳＴＡＰ細胞塊に、どんな種類の細胞が
含まれているか、わかるようになっています。
その構成は、ＩＮＰＵＴである、ＣＤ４５＋細胞と、まったく同じです。
Ｂ細胞、Ｔ細胞、マクロファージ、その他（造血幹細胞など）が、含まれています。
要するに、増殖能がないため、ランダムに、ただ寄せ集まってるだけと考えられます。
マクロファージが手を伸ばして、寄せ集めただけかもしれません。
ここで問題なのは、ＥＳやＴＳが混じっていた場合、どうなるかということです。
ＥＳやＴＳが増殖能を失っていたら、他の細胞と同様、やはり、ごちゃ混ぜに、
ランダムに寄せ集まる、、、推測で申し訳ないが、私にはそういうイメージしか描けない。
あるいは、他の細胞から栄養を奪い取ろうと、見境なく、他の細胞にくっついている、
そうなるんじゃないかな〜？
１１ページ、１２ページになると、今度は、ＩＮＰＵＴがＳＴＡＰ細胞塊になってます。
その構成は、１０ページのＣＤ４５＋細胞と、まったく同じですよね。
もしＥＳやＴＳが混ざってたら、その細胞塊に、同じように含まれるんじゃないのかな？
増殖能を回復して、自立してコロニーを形成できるようになるまでは、
ＳＴＡＰ細胞塊の中に、身を隠して、潜んでいるのではないかと、
推測で申し訳ないけど、私はそう思います。（長文、失礼しました）
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>>285
>>若山先生が小保方さんに渡したマウスの細胞も、同様に保管されていて、且つ、上記の遺伝子解析と同等の解析結果を示す必要がある、と思うが、いかがだろうか？
若山氏が小保方氏に渡したのはマウス。
小保方氏の実験ノートの杜撰さからいって、仮に元の細胞が保管されていたとしてもデータにたどり着けないと思う。
ttp://sankei.jp.msn.com/science/news/140325/scn14032521180003-n1.htm
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>>256
>>272
TCR再構成がSTAP細胞STAP幹細胞に見られれば、分化したT細胞から初期化されて多能性を得た証拠になるから。
TCR再構成が無くてもT細胞由来と言う可能性はあるが、それでは、セレクションなのか初期化なのかが解らない。
セレクションと初期化では大きく論旨が異なる。
だから、論文ではTCR再構成の電気泳動を出したのでしょ。
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>>280
そうですね。
議論は議論として、結論については我々は見守るしかありませんね。
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>>289
だれに責任があるのか？は置いておいて、
処理前と処理後のデータが揃っていない状況で、
矛盾がある／無しの議論は出来ないと言う意見です。
社会の常識ではないか？
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>>287
すみません、人文系として素朴な疑問なのですが、STAP幹細胞についてTCR再構成が認められないことについて、3/5に発表された実験プロトコルでは「STAP細胞からSTAP幹細胞に変換するプロセスにおいて（理由ははっきり分からないが）TCR再構成を持つものを選択排除するような負のバイアスがあること」と予想したということになりそうですが、これを素直に読むと、CDBチームも本当のところはよく分からなかった、ということになるでしょうか。
ttp://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140305_1/
いわゆる「疑惑」を取り外して素直に読めば、よく分からないがTCR再構成が認められなかった、というストーリーもありだと思いましたが、どうなのでしょうか。
STAP疑惑にまつわるTCR再構成問題については、STAP幹細胞やキメラにもTCR再構成が見られないなら、STAP細胞が分化された細胞からのinductionによって多能性を獲得したことの（完全な）証明にならないのではないかという疑義（広大の難波先生、慶大の吉村先生など）が示されてきましたが、CDBチームは上のような理由からSTAP幹細胞やキメラについてはTCR再構成を再確認はせず（あるいは出来ず）、とりあえずOct4出現でTCR再構成を確認しただけで良しとした、というようなことはあるでしょうか。
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>>290 Baggioさん
コメントありがとうございます。
理研を巡る今後の動きについては確かに見守るしかないのですが、私自身、今回の事件全体、またここの議論で学ぶべきことも多かったので、その成果を元に、いつか応用哲学の分野で研究倫理に関する報告や提言を行っていくことが出来ればと思っています。
研究倫理については今回の事件が示唆するように、適切な基準作りという点では端緒についたばかりで、議論すべきことが山積みという印象です。その意味で、今後の動きについても引き続き議論の場があればと思っております。
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>>294
すみませんアンカー間違えました。
×>>290 ○>>291です。
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ボクの意見ですが。
自然科学の研究に限れば、あまりウルサイ決め事は作らなくて良いと思います。
なぜなら、「実験による検証」が絶対条件だからです。
相対性理論が、アインシュタインの生前、実験検証されなかった為に、
ノーベル賞が与えられなかった事は有名です。（他の仕事にかこつけて授与
されてはいるが）
今回、（表明されている）検証チームが理研内部の組織、と言う特殊なケース
ではありますが、やはり「実験」に立脚した検証と言う浄化システムは機能
しています。
勿論、世間常識で言うところの「悪意のある捏造」は許されませんんが、
後は結構、緩くやれば良いと思います。
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>>292 Yasuさん
> 処理前と処理後のデータが揃っていない状況で、
> 矛盾がある／無しの議論は出来ないと言う意見です。
確かに報道などでは「先に疑惑ありき」的な論調が目立ちますが、とにかく疑わしいと思えるネタを探っているというのが実態でしょうか。
>>283でも揚げましたが、報道自体が不正確であったりミスリードを含むものである場合も散見されるので、その点は批判的に見ていく必要はあると私も思います。
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>>292
通常、実験に用いるマウスは遺伝子系統が保証されているマウスを正規の手続きで購入したものしか使えないので、若山氏が渡した実験で用いるマウスは遺伝子系列が分かっているものだけになります。
何系統のマウスを用いたかが解ればデータはデータベース化されているので、元細胞の解析は通常手順では必要ないです。
また、ラボのマウスの購入記録などと照合すれば、使用した可能性のあるマウスも判明します。
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>>296 Yasuさん
> 自然科学の研究に限れば、あまりウルサイ決め事は作らなくて良いと思います。
これはどちらかというと武田先生の見解に近いというべきでしょうか。
武田先生の見解は、個々の点ではかなり乱暴な調子があるものの、言わんとしていること全体としては一理あるとも思っています。
しかし、昨今では研究不正に関する話題が目白押しで、かつてのような性善説で十分だとは言っていられない現状もあるかと思います。
医学生物学の分野でも、ノバルティス事件、東大森口氏のiPS臨床研究不正事件、加藤元教授論文不正事件など、最近だけでも複数の不正疑惑があり、そこには「科学界の持つ構造的な問題」がある（九大中山先生）とまで言われます。その意味で研究不正を巡る現今の深刻な状況があると思います。
今回の小保方事件も、こういった流れの中で、特に分子生物学の分野で危機感を募らせている部分があるとすれば、研究不正に対して厳しい目を向けるべきという意見もまた、一理あると思います。
また前スレでのバイオ系さんのコメント（523番、576番）のコメントにあるとおり、分子生物学では多能性細胞の成果発表について、その評価に慎重にならざるを得ない事情があるようで、この点も外野からは分かりづらい側面だったと思います。
前スレ523番（>>168）
> 幹細胞研究の当事者であればこそ、過去に多くの再現不能な幹細胞作成報告があったことを踏まえて、新規の報告には慎重にならざるを得ない
バイオ系さんによれば、すでに成果として認められているMuse細胞ですら、再現実験が困難であったり発表論文に誇張があったりするそうです（同576番コメント）。
このあたりも今回の小保方論文の適否について、 分生コミュニティーとその外部で評価を分けていることの一因になっていると、私は理解しています。
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>>298 Baggioさん
なるほどマウスについては購入記録などを照合すれば出自が分かるわけですね。
ところで全く関係ない質問で誠に恐縮なのですが、>>289でお示しになった産経記事で、「F1」のマウスというのは、B6/129のF1の意味ではないかという話がかつて「STAP細胞掲示板」の別スレで議論されたことがありましたが、これで正しいでしょうか。
F1というのは一代目の子どもという意味らしいので、何と何を交配したF1なのかが分からなければ議論にならないと思うのですが、>>283での6月3日NHK報道も相変わらず「F1」とやっていて、このあたりがよく分かりません。
もしご存じでしたらご教授頂ければ幸いです。
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>>299
ボクは物理学の出ですが、
いわゆる生物関係の研究は、数物系で言うところの「現象論」だと認識しています。
つまり、各現象の裏側にある、基本的原理・・・例えばニュートンの法則のような・・・
を整理するところまで理解が到達していません。
特に、数式表現が出来ないので、実験結果も数値を使った評価が出来ないところが、
理論（原理）と実験の乖離を論じる時の、曖昧さを許す結果になっています。
厳しい言い方をすれば、学問としてはかなり原始的なレベルと言えます。
一方で、病気を治す、と言うプラクティカルな側面では、金、あるいは名誉が動きますから、
ご案内の様な不健全な事件も頻発しているのだと思います。
卑近な例で言えば、子供のスポーツ（サッカーなど）では、大人よりゆるやかなルールで行う
事が通常です。でなければ、より混乱が増大します。ハードルは上げれば良い、と言うもの
では無いと思います。
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>>298
それは
１．誰もミスは犯していない。
２．誰かが恣意的な不正を犯したに違いない。
という前提の意見ですね？
それは、いかがなモノかと思います。
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幹細胞のシーケンス出たのにESとの照合をしていないはずはないから、幹細胞の遺伝子は理研のESとは違うのでしょうね。
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>>300
難波先生の見解ではそうだが、2chでは129を含んですらいないのでないかというのがあった。82番参照。初出はもっとさかのぼるようだ。
read2ch.net/newsplus/1395874441/
どちらが正しいか判断つきかねるが、いずれにしてもおかしいのは間違いない。
>>303
どこ情報かね? 出典を示されたし。
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Articleからstap細胞をどの系統のマウスから作成したかを記述した部分を取り出してみた。
どう読んでもB6と129のF1としか読めないんだけど？
（素人だから間違ってたらすみません。誰か教えてください。）
STAP cells (B6GFP CD45+ cells carrying cag-gfp
STAP-cell (B6GFP × 129/Sv; agouti) injection into blastocysts (ICR strain; albino).
STAP cells (B6GFP × 129/Sv).
STAP cells derived from Oct4-gfp C57BL/6 mice (left) and 129/Sv × C57BL/6 F1 mice (right).
129/Sv × B6GFP STAP cells
STAP cells derived from F1 GFP mice (B6GFP and DBA/2 or 129/Sv).
-
１．誰もミスは犯していない。
２．誰かが恣意的な不正を犯したに違いない。
いいねー！
でも、２は、
２．誰か一人が恣意的な不正を犯したに違いない。
の間違いでは？
Yasuさん、がんばってください！
-
>>300
>>305
B6と129のF1で合っていると思います。
-
>>305
その記述が果たして正しいのかという問題もあります。
そもそも3/26時点での話は一応論文外の話でなかったか。
-
>>302
そんな事は前提にしていません。
処理前のデータは、購入元によって真にその系統である事が保証され、元データも担保されると述べているだけです。
1kgの分銅が、真に1kgであると言う事について、作製した会社が規格に基づいた保証書を出す事と同じでしょうかね。
ttp://www.riken.jp/~/media/riken/about/reports/animals/animaltest-regulations.pdf
第25条 責任者は、実施した動物実験について、紙及び電子記録媒体、ラボノート ブック等一般的な有体物に記録するものとする。
となっているので、実験記録にマウスの系統や購入元を記載して保管していることが原則です。
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>>309
業者から届いたマウスが、
小保方さんの手に届くまでに、一切のミスが無かった事は、
保証されていませんよね？
人間の赤ん坊の取り違えでさえ、不幸な事に起きています。
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>>307
ありがとうございます。少しすっきりしました。
ということは>>289産経の報道
「若山教授はこの細胞塊を凍結保存していたが、論文の画像不正疑惑などの問題を受け、改めて遺伝子を調べたところ、１２９系統ではなく、実験には使わなかったはずのＢ６とＦ１という別種のマウスの細胞だったことが判明。」
という記事は１２９とＢ６とのＦ１だった？つまり若山先生は「１２９だけで作ってみてね」と言ったのに「はい、できました」と渡された細胞は、無断でＢ６を掛け合わせたマウスから作られた細胞だったということ？
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>>281
理論計算の話ですが、TCR再構成したT細胞がSTAP幹細胞に変化する際の増殖速度が5%少ないと仮定すると、幹細胞での比率は１万分の一になるはずだから、この実験系でTCR再構成した幹細胞を検出できる可能性は絶望的かな。
10%少ないと仮定すると百万分の一以下になるし。
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>>284
参考のために申し上げておきますと、TCR再構成を起こしたT細胞からiPS細胞を作ることは既に成功しています。
ttp://news.mynavi.jp/news/2013/01/10/170/
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>>308
確かに論文の記述は何が真実のデータか疑わしい。
確かに論文外の話でした。
でも>>283NHKの報道の「「Ｂ６」と「ＣＤ１」という２種類のマウスの細胞だった疑いが強い」という記述も簡単には信じられません。Ｆ１という種類のマウス？
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それから、若山さんに対してSTAP幹細胞にTCR再構成が8株中3で起きていると伝えたのは小保方さんのようですね。
日経サイエンス6月号を読み直していたら若山さんの発言として載っていました。
今出先から書いているので手元に日経サイエンスが無いのですが、載っていた場所は56ページあたりの下のほうだったかなと思います。
それから私事で申し訳ありませんが、私生活がのっぴきならない状態になってきましたので、今後は書き込みの数が減ると思います。
STAP問題にのめり込みすぎて私生活がおろそかになっていたツケが回ってきました（笑）。
非常に名残惜しいのですがよろしくお願いします。
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>>310
もし、そう言ったミスならSTAP幹細胞の解析結果も1系統のマウスだけにならないとダメですけどね。
実験動物も飼育状況（交配させた場合の数の増加、安楽死も含む）の登録義務があり、毎年、記録の提出があるはずなので、購入記録と使用記録を照合すれば、ミスがあったかどうかはすぐに判明します。
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よく考えたら、>>283ＮＨＫ報道のKahoさんのデータベースの遺伝子解析は意味ないのでは？
データベースのデータそのものが真正のものかどうか分からないから。
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