解析関係 - 1172827656 - したらば掲示板

解析関係

5： DNS：2007/03/08(木) 18:17:04: Diag_imgs
UHTさんへ

Matlabの新規mファイルで、下記のスクリプトをコピペして
"diag_imgs.m"として保存してください

使用する際には、SPM99かSPM2のフォルダに入れて実行してください
(SPM5を使用しているなら、パスの切り替えもしてください)

Matlab起動後、diag_imgsと入力し実行。
あとはウィンドウの指示に従って下さい。
Analyze formatの画像の1 volumeの信号の平均値をプロットしてくれます

MRI装置の不調等で、信号が安定してない場合は
これを実行するとある程度分かります

Figureには出ないですが、Matlabの方に計算が終われば、
MeanとSDが出ますので、それも参考になります

なお、このスクリプトは、ミスター河内山の作品ですので
スクリプトを実行するするたびに、感謝の言葉を口ずさんでください
(このスクリプトのクレームは、ミスターの方にお願いします)

また使用方法で分からなければ、お知らせ下さい

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
function [gl] = diag_imgs
% Usage
% >>diag_imgs;
% or
% >>[global_value] = diag_imgs;
% This program checks estimated globals calculated by spm_global.m
%-------------------------------------------------------
% Takanori Kochiyama

mx = -Inf;
mn = Inf;

V = spm_vol(spm_get(Inf,'*.img','Select images...'));
n = length(V);
gl = zeros(n,1);

for i=1:n
gl(i) = spm_global(V(i));
end

mean_gl = mean(gl);
sd_gl = std(gl);
min2max_gl = max(gl) -min(gl);
pmmin2max_gl = min2max_gl/mean_gl;

fprintf(['Grand Mean = ' num2str(mean_gl) ';\n'])
fprintf(['SD of GM = ' num2str(sd_gl) ';\n'])
fprintf(['CV of GM = ' num2str(sd_gl/mean_gl) ';\n'])
fprintf(['Max to min/GM = ' num2str(pmmin2max_gl) ';\n'])

figure(1);hold off
plot([1:n],gl,'b');hold on
plot([1:n],(mean_gl)*ones(n,1),'m.')
plot([1:n],(mean_gl-2*sd_gl)*ones(n,1),'r.')
plot([1:n],(mean_gl+2*sd_gl)*ones(n,1),'r.')
set(gca,'xlim',[1 n])
title('Estimated globals')
legend('Globals','G. Mean','GM+/-2*SD')
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

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