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解析関係

2MRT:2007/03/02(金) 20:48:39
<SPMの改造について>

SPMのフォルダにあるspm_defaults.mを書き換えると
Estimationが高速化されます.

書き換える場所は34行目です.
前:defaults.stats.maxmem = 2^20;
後:defaults.stats.maxmem = 2^24;

書き換えはEstimation時に読み込むデータの量を
2^20bから2^24bに増やすという意味です.
これにより1回に処理するデータ量が
倍増するので処理全体が速くなります.

実際のところ読み込み量は8倍になっていますが,
処理速度は2〜4倍程度です.
例:30分 >> 10分
データの読み書きの時間がボトルネックになっているためかもしれません.

今のところ私のPCでは安定して動いていますが,
改造は各自の責任でお願いします.
(処理速度の問題だけで結果には全く影響しません.)

ちなみに「MAXMEM」問題はSPMのMailListでも議論されています.
ttp://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/wa.exe?S1=SPM


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