他の方法では、Matlabでスクリプトを書くというのがあるとおもいます
EPI画像をひたすらFlipするだけのがどこかにあると思いますので
それを改変してみてはいかがでしょうか？
ありました、"spm_flip.m"です
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function spm_flip
% FORMAT spm_flip
% flips images from right to left
%___________________________________________________________________________
% get images
%---------------------------------------------------------------------------
P = spm_get(Inf,'*.img',{'select images for flipping'});
% flip
%---------------------------------------------------------------------------
spm_progress_bar('Init',length(P),'flipping','');
for i = 1:length(P)
[p,f,e,v] = fileparts(P{i});
Vi = spm_vol(P{i});
Vo = Vi;
Vo.fname = fullfile(p,['f' f e]);
Vo.descrip = [Vo.descrip ' - flipped'];
Vo = spm_imcalc(Vi,Vo,'flipud(i1)');
% progress
%-------------------------------------------------------------------
spm_progress_bar('Set',i);
end
spm_progress_bar('Clear')
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