SATA ExpressとM.2はどちらも内部的な接続でPCI Expressを利用しているため、マザーボードによってはM.2スロットを使用するとSATA ExpressコネクタとSATA3ポート2つが使用不可能になり、SATA Expressコネクタを使用するとM.2スロットとSATA3ポート2つが使用不可能になるという排他的な仕様になっています。
参考表
このコネクタを使うと 使えなくなるコネクタ・ポート(内部で同じ帯域を共有しているため)
SATA Express: SATA3ポート M.2スロット
M.2: SATA Express SATA3ポート PCI Expressスロット