したらばTOP ■掲示板に戻る■ 全部 1-100 最新50 | |
レス数が900を超えています。1000を超えると投稿できなくなるよ。

ペーパー一枚への道 その1

3小野小町:2019/03/11(月) 00:06:46
あはははは。あくまでも敵の金を使って遊ぶのね。かくれんぼね。
>>
2017/11/8(水) 午後 1:50[plus99%]
STOP細胞
2019年3月8日 11:18 AM
某一人芝居歌劇団の隠れ家w

*ttps://jbbs.shitaraba.net/bbs/subject.cgi/study/12377/

4一言居士:2019/03/11(月) 00:08:39
我々の便所の壁紙新聞はどこの便所にもある。あはははは。

5閲覧者:2019/03/11(月) 00:10:26
せっかく世間に広まらないようにこっそり書き込んでる落書きをわざわざ広めたがる馬鹿がいるんだねえ。

6小野小町:2019/03/11(月) 00:12:45
んじゃ、明日からここね。

youtube.com/watch?v=etLLwxZ8gbU

7ふむ:2019/03/11(月) 00:13:26
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

8在原業平:2019/03/11(月) 07:43:49
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

9小野小町:2019/03/11(月) 07:51:51
あら、ウンコ間抜けwはまだ来てないわね。のろまね。

お気に入りは学さんのところだけよ。

10在原業平:2019/03/11(月) 08:32:42
学さんのところであのね氏が攻撃されているんでちょうどいい機会だから
彼に直接尋ねたよ。岸の座長降りたという件と、非リンパ球の件と、謝金の件だ。
その答えによって、彼がどういう人かがわかりそうだろ。

11小野小町:2019/03/11(月) 08:38:00
学さんへの返事まだね。

12在原業平:2019/03/11(月) 08:39:28
急ぐことはないよ。いろんな意見が出そろってからでいい。

13小野小町:2019/03/11(月) 08:41:26
L氏のコメントがまとめられて本題になってるわね。私たちに関することも書かれている。

14在原業平:2019/03/11(月) 08:45:07
あれは我々はスピン屋さんだと思っているんで、放置しといたらいい。手記を
読まないと言ってる時点でフラットな精神ではないよ。検察の意見は聞くが、
容疑者の証言は聞かないなんて裁判があったら困るね。

15小野小町:2019/03/11(月) 08:46:21
窮したのか、ES細胞は少しでも混じっているとキメラはできると言い出したわね。はは。

16在原業平:2019/03/11(月) 08:58:17
ははは、でもそれは事実だけどね。大きさの問題が出てから言い出すところが
後付けの理屈なんだね。今まで気づきもしていない。事件全体の整合性という視点が
もともとないからね。自分で気づいて自分て考えるという普通の頭がないんだよ。
結論ありきの思考構造だ。こういうのは無論頼まれてそうなるというのが契機なんだけど
そもそもがそういう思考形態の人が頼まれるんだよ。フラットに考える能力はそもそもないんだ。
そういう人を頼む側も雇うという魚心水心だ。ソフィストとフィロソフィストの違いだ。
一般人は利害がないからフィロソフィーできるね。

17小野小町:2019/03/11(月) 09:00:40
小保方さんがポトリと垂らした説ね。まずは桂報告を否定していることに気づいているのかしらね。
それとテラトーマの説明がつかないでしょうね。どうして全体の関連を見ないのかしらね。

18在原業平:2019/03/11(月) 09:02:50
目的整合的に結論をつくるんだから、その都度ああいやこういうという対応になる。
相手していると時間の無駄だ。

19ヘーゲル:2019/03/11(月) 09:04:18
それなら、本題たのむぜ。

20カール・ヤスパース:2019/03/11(月) 09:04:57
本題、何でしたっけ?

21デラ・ストリート:2019/03/11(月) 09:10:45
本文ではJAKiの実験はSTAP幹細胞のコンタミではないという証明のために行われていた実験であるはずなのに
Figure 2-jとExtended Data Figure 5ではどうしてFI-SCにESが混じっているのではないという証明が
意図されているのか?

22ペリー・メイスン:2019/03/11(月) 09:16:00
この問題にSTAP事件の全体が凝縮していると言ってよさそうだね。

23デラ・ストリート:2019/03/11(月) 09:17:05
何度でも貼り付けるわ。
>>
>>
However, as Fgf4-induced stem cells lay between STAP stem cells and trophoblast stem cells in the dendrogram, the possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population cannot be ruled out. Previous studies have indicated that inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells can be removed from culture by treating the culture with a JAK inhibitor <16>(Extended Data Fig. 5a, b). In contrast, the JAK inhibitor treatment had no substantial effect on Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem-cell culture (Extended Data Fig. 5c, d; see Extended Data Fig. 5e, f for control). Expression of neither pluripotency markers (Fig. 2j) nor trophoblast markers (Fig. 2k) was substantially affected, indicating that pluripotency marker expression is unlikely to reflect contaminating STAP stem cells (ICM-type). Consistent with this idea, Fgf4-induced stem cells that were strongly positive for the trophoblast marker Itga7 (a surface marker for trophoblasts but not ES cells) also expressed high levels of Oct4-GFP (Extended Data Fig. 5g).

24翻訳機:2019/03/11(月) 09:19:15
僕も何度でも貼り付けよう。
>>
しかしながら、Fgf4誘導幹細胞は、樹状図においてSTAP幹細胞と栄養膜幹細胞との間に位置しているので、Fgf4誘導幹細胞集団におけるSTAP幹細胞の混入の可能性を排除できない。先行する研究では、内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することにより培養物から除去することができることを示した(拡張データ図5a,b)。対して、JAK阻害剤処置は、Fgf4誘導幹細胞培養のOct4-GFPの発現には実質的な影響を及ぼさなかった。(拡張データ図5c,d;コントロールとして拡張データ図5e,f参照)。どの多能性マーカー(図2j)や栄養膜マーカー(図2k)も実質的影響を被らなかった。これは多能性マーカー発現がSTAP幹細胞(ICMタイプ)を反映している可能性の低いことを示している。それを証明するように、栄養膜マーカーであるItga7(ES細胞ではなく、栄養膜の表面マーカ)に対して強く陽性であったFgf4誘導幹細胞はOct4-GFP(拡張データ図5g)を高レベルで発現した(拡張データ図5g)。

25一言居士:2019/03/11(月) 09:21:54
STAP幹細胞のコンタミと書いてあるよな。ESのコンタミだとは書いてないね。
>>
However, as Fgf4-induced stem cells lay between STAP stem cells and trophoblast stem cells in the dendrogram, the possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population cannot be ruled out.
しかしながら、Fgf4誘導幹細胞は、樹状図においてSTAP幹細胞と栄養膜幹細胞との間に位置しているので、Fgf4誘導幹細胞集団におけるSTAP幹細胞の混入の可能性を排除できない。

26閲覧者:2019/03/11(月) 09:29:02
(Extended Data Fig. 5a, b)はOct4-GFP挿入ESの培地にJAKiを添加した実験だね。
結果は添加後GFP蛍光が消える。つまり多能性を失う。先行する論文の論旨に従えば、
多能性を維持していたJAK(ヤーヌスキナーゼ)が分解されて細胞が分化段階に
入ったということだね。
>>
Previous studies have indicated that inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells can be removed from culture by treating the culture with a JAK inhibitor <16>(Extended Data Fig. 5a, b).
先行する研究では、内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することにより培養物から除去することができることを示した(拡張データ図5a,b)。

27小野小町:2019/03/11(月) 09:31:41
この<内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することに
より培養物から除去することができる>という理解はどうなのかしらね。論文の説明とは
違ってると思うんだけど。

28在原業平:2019/03/11(月) 09:46:35
まず先行論文が扱っている対象はナイーブ型のESではなくて、エピプラスト段階で
取り出して作ったプライム型ESだね。キメラができにくいESだ。それと<除外する
ことができる>という意味が曖昧だね。死ぬという意味ではないはずだよね。
更に、コントロールは本文の説明通りなら、ESではなくて、STAP幹細胞を
使わないといけないよね。

29小野小町:2019/03/11(月) 09:48:13
STAP幹細胞のJAKi実験はアーティクル側にもないのよね。

30一言居士:2019/03/11(月) 09:50:14
使うなら、GLSを使うよね。この実験は本文の書き方だと行っているはずなんだけどね。

31小野小町:2019/03/11(月) 09:51:17
やってたら、あるいは今やったらどういう結果になると思う?

32在原業平:2019/03/11(月) 09:53:44
本文では<内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞>は、と書かれている。でもSTAP幹細胞は
いうまでもなく体細胞を酸浴させただけのもので(ICM)タイプの多能性細胞ではない。

33ペリー・メイスン:2019/03/11(月) 09:55:17
やってみないと何とも言えないね。

34井伏鱒二:2019/03/11(月) 09:59:50
本文の論理構成自体がまずおかしいと分かるね。
>>
しかしながら、Fgf4誘導幹細胞は、樹状図においてSTAP幹細胞と栄養膜幹細胞との間に位置しているので、Fgf4誘導幹細胞集団におけるSTAP幹細胞の混入の可能性を排除できない。先行する研究では、内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することにより培養物から除去することができることを示した(拡張データ図5a,b)。対して、JAK阻害剤処置は、Fgf4誘導幹細胞培養のOct4-GFPの発現には実質的な影響を及ぼさなかった。(拡張データ図5c,d;コントロールとして拡張データ図5e,f参照)。どの多能性マーカー(図2j)や栄養膜マーカー(図2k)も実質的影響を被らなかった。これは多能性マーカー発現がSTAP幹細胞(ICMタイプ)を反映している可能性の低いことを示している。それを証明するように、栄養膜マーカーであるItga7(ES細胞ではなく、栄養膜の表面マーカ)に対して強く陽性であったFgf4誘導幹細胞はOct4-GFP(拡張データ図5g)を高レベルで発現した(拡張データ図5g)。

35開高健:2019/03/11(月) 10:03:11
最初<STAP幹細胞の混入の可能性>を言っておきながら、その後はESの混入の話になってる。
最初の<STAP幹細胞>という言葉を<ES細胞>と置き換えると意味がすっきり通るし、実験の意図とも
整合する。

36井伏鱒二:2019/03/11(月) 10:08:04
これって最初はESの混入否定のために行った実験だったんだけど、ESの混入では
今までも何度も指摘されていて、論者が疑義しているのでは逆に疑いを呼び込むので、
レトリックとして言葉だけSTAP幹細胞と不用意に入れ替えたんじゃないかな。

37小野小町:2019/03/11(月) 10:12:44
それだとGLSの実験はしてないわね。彼らはSTAP幹細胞はSTAP細胞から培地誘導されていると
信じこんでるのよね。これに関してアーティクル側でJAKi検証していないわね。これだと
FI-SCに関してもES混入は考えないはずよね。どうしてこんな実験を思いついたのかしら?

38在原業平:2019/03/11(月) 10:14:46
当然誰でも最初にESコンタミというのは考えるからね。笹井さんが確認したいと
思ったのかもしれないけど、その時はSTAP幹細胞も確認するよな。どうも解せないな。

39 地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/12(火) 05:51:20
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

40在原業平:2019/03/12(火) 05:52:13
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

41小野小町:2019/03/12(火) 05:55:18
お気に入りはDORAさんが日本政府の対応のぬるさにお怒りよ。がんばれの
西岡さんがワインがおいしかったということよ。学さんのところはやっぱり
岸さんの件は勘違いね。

42在原業平:2019/03/12(火) 06:06:35
DORAさんには今半島とは戦争中だということを思い出していただきたいね。
外交しているんじゃない。同時に実力戦で兵糧攻めしている最中だ。
時間をかけて餓死させてやるというのが世界の今の半島に対する行動だ。
戦火が見えてないから平時だなんて思ってたら平和ボケといわれちゃうよ。
それから、STAPの件に関しては自家蛍光ではないからね。ライブセル・イメージング
実験は既に若山研時代に確認されている。手記にあるね。笹井研で
初めて確認されたんじゃない。しかも、この時はまだキメラもできてないときだ。
若山さんも確認しているはずだよ。これは小保方さんだけが陥った陥穽ではなくて
若山さんも同時に陥ったアーティファクトなんだよ。自家蛍光なんて
蛍光顕微鏡操作の基礎知識だよ。自家蛍光でないからこそ陥った陥穽なんだよ。
丹羽さんが漏れ出しを検出しているではないか。小保方さんはもっと多く漏れ出させて
しまってるんだと今のと見ろ我々は考えている。

43在原業平:2019/03/12(火) 06:33:08
今のと見ろ→今のところ

44小野小町:2019/03/12(火) 06:34:04
あのね氏は回答待ちね。

45在原業平:2019/03/12(火) 06:37:28
非リンパ球説の矛盾はすでに書いたよな。ただ、我々はntESでなければ
ならないということではなくて、それしか思いつけないというだけだからね。
別にntESでなくキメラができたことの説明がつくなら是非知りたいということだ。

46ヘーゲル:2019/03/12(火) 06:39:57
本題頼むぜ。

47カール・ヤスパース:2019/03/12(火) 06:40:41
本題、何でしたっけ?

48デラ・ストリート:2019/03/12(火) 06:42:02
STAP幹細胞のJAKi検証はなぜ無いのか?

49ペリー・メイスン:2019/03/12(火) 09:10:46
査読者側からの要請の影響がありそうだね。アーティクルはもと酸浴結果とキメラができたという内容だけで、幹細胞化実験のレター報告とは分離されていたのを査読請求でSTAP幹細胞の樹立をアーティクル側に盛り込めと指示されている。そのときに最初の笹井さんの論理構成が一度壊されているんだな。

50井伏鱒二:2019/03/12(火) 09:11:33
なるほど、そういうことか。Article Figure 6とExtended Data Figure 8はもとあったレター論文から切り取られて移動させられているんだな。

51開高健:2019/03/12(火) 09:12:12
それこそ、その二つの図表と関連本文をもとのレター論文にリムーブさせたら笹井さんの書いたもとのリバイズバージョンが復元されるんだね。

52デラ・ストリート:2019/03/12(火) 09:13:05
本文は以下の部分かしらね。
>>
Expandable pluripotent cell lines from STAP cells•
STAP cells have a limited self-renewal capacity under the conditions used for establishment (Fig. 2g and Extended Data Figs 2e and 5a). However, in the context of the embryonic environment, a small fragment of a STAP cell cluster could grow even into a whole embryo (Fig. 4f). With this in mind, we next examined whether STAP cells have the potential to generate expandable pluripotent cell lines in vitro under certain conditions.

53デラ・ストリート:2019/03/12(火) 09:13:43
(続き)
STAP cells could not be efficiently maintained for additional passages in conventional LIF+FBS-containing medium or 2i medium20 (most STAP cells died in 2i medium within 7 days; Extended Data Fig. 8a). Notably, an adrenocorticotropic hormone (ACTH)+LIF-containing medium (hereafter called ACTH medium) known to facilitate clonal expansion of ES cells36 supported outgrowth of STAP cell colonies. When cultured in this medium on a MEF feeder or gelatin, a portion of STAP cell clusters started to grow (Fig. 5a, bottom; such outgrowth was typically found in 10–20% of wells in single cluster culture using 96-well plates and in >75% when 12 clusters were plated per well). These growing colonies looked similar to those of mouse ES cells and expressed a high level of Oct4-GFP.

54デラ・ストリート:2019/03/12(火) 09:14:21
(続き)
After culturing in ACTH medium for 7 days, this growing population of cells, unlike parental STAP cells, could be passaged as single cells (Fig. 5a, bottom, and Fig. 5b), grow in 2i medium (Extended Data Fig. 8a) and expand exponentially, up to at least 120 days of culture (Fig. 5c; no substantial chromosomal abnormality was seen; Extended Data Fig. 8b, c). Hereafter, we refer to the proliferative cells derived from STAP cells as STAP stem cells.

55デラ・ストリート:2019/03/12(火) 09:14:57
(続き)
STAP stem cells expressed protein and RNA markers for pluripotent cells (Fig. 5d, e), showed low DNA methylation levels at the Oct4 and Nanog loci (Extended Data Fig. 8d), and had a nuclear fine structure similar to that of ES cells (Extended Data Fig. 8e; few electron-dense areas corresponding to heterochromatin). In differentiation culture25, 26, 27, STAP stem cells generated ectodermal, mesodermal and endodermal derivatives in vitro (Fig. 5f–h and Extended Data Fig. 8f, g), including beating cardiac muscles (Supplementary Video 4), and formed teratomas in vivo (Fig.5i and Extended Data Fig. 8h; no teratocarcinomas, n = 40). After blastocyst injection, STAP stem cells efficiently contributed to chimaeric mice (Fig. 5j), in which germline transmission was seen (Extended Data Fig. 8i). Even in tetraploid complementation assays, injected STAP stem cells could generate mice capable of growing to adults and producing offspring (Fig. 5k, l; in all eight independent lines, Extended Data Fig. 8j).

56デラ・ストリート:2019/03/12(火) 09:15:31
(続き)
In addition to their expandability, we noticed at least two other differences between STAP stem cells and parental STAP cells. First, the expression of the ES cell marker protein Esrrβ, which was undetectable in STAP cells (Extended Data Fig. 5d, e), was clearly seen in STAP stem cells (Fig. 5e). Second, the presence of H3K27me3 foci, which was found in a substantial proportion of female STAP cells, was no longer observed in STAP stem cells (Extended Data Figs 5f and 8k). Thus, STAP cells have the potential to give rise to expandable cell lines that exhibit features similar to those of ES cells.

57ペリー・メイスン:2019/03/12(火) 09:16:06
マテメソは以下だね。
>>
STAP stem-cell conversion culture
For establishment of STAP stem-cell lines, STAP cell clusters were transferred to ACTH-containing medium36 on MEF feeder cells (several clusters, up to a dozen clusters, per well of 96-well plates). Four to seven days later, the cells were subjected to the first passage using a conventional trypsin method, and suspended cells were plated in ES maintain medium containing 20% FBS. Subsequent passaging was performed at a split ratio of 1:10 every second day before they reached subconfluency. We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.
For clonal analysis of STAP stem cells, single STAP stem cells were manually picked by a thin-glass pipette, and plated into 96-well plates at one cell per well. The clonal colonies were cultured in ES medium containing 20% FBS, and expanded for subsequent experiments.

58井伏鱒二:2019/03/12(火) 09:16:59
Article Figure 6とExtended Data Figure 8のリジェンドは以下だ。
(Article Figure 6)
a, Growth of STAP stem cells carrying Oct4-gfp. Scale bar, 50 μm. b, Dissociation culture of STAP stem cells to form colonies. Scale bar, 100 μm. c, Robust growth of STAP stem cells in maintenance culture. Similar results were obtained with eight independent lines. In contrast, parental STAP cells decreased in number quickly. d, Immunostaining of STAP stem cells for pluripotency markers (red). Scale bar, 50 μm. e, qPCR analysis of pluripotency marker gene expression. f–h, In vitro differentiation assays into three-germ-layer derivatives.
f, Ectoderm: Rx+/Pax6+ (retinal epithelium; 83%, n = 6). g, Mesoderm: troponin-T+ (cardiac muscle; 50%, n = 6). h, Endoderm: Sox17+/E-cadherin+ (endodermal progenitors; 67%, n = 6). Scale bar, 50 μm. i, Teratoma formation assays. Formation of keratinized epidermis (ectoderm; left), cartilage (mesoderm; middle) and bronchial-like epithelium (endoderm; right) is shown. Scale bar, 100 μm. j, Blastocyst injection assays. These pictures of live animals were taken serially (asterisk indicates the same chimaeric pup). k, l, Tetraploid complementation assay. ‘All-GFP+’ pups were born (k) and germline transmission was observed (l).

59井伏鱒二:2019/03/12(火) 09:17:52
(続き)

(Extended Data Figure 8)
a, Compatibility of 2i conditions with STAP stem-cell derivation from STAP cells and STAP stem-cell maintenance. STAP stem cells could not be established directly from STAP cells in 2i + LIF medium (top). However, once established in ACTH medium, STAP stem cells were able to survive and expand in 2i + LIF medium. Scale bar, 100 μm. b, Q-band analysis (n = 4; all cell lines showed the normal karyotype). c, Multicolour FISH analysis (n = 8; all cell lines showed the normal karyotype) of STAP stem cells. d, Methylation status of the Oct4 and Nanog promoters. e, Electron microscope analysis of STAP stem cells. Scale bar, 1 μm. f, g, Beating cardiac muscle (mesoderm; 38%, n = 8). Red line indicates an analysed region for kymograph (g).
h, Clonability of STAP stem cells. Clonal expansion from single STAP stem cells was performed. Pluripotency of clonal cell lines was confirmed by teratoma formation assay, showing the formation of neuroectoderm (left), muscle tissue (middle) and bronchial-like epithelium (right). Scale bar, 100 μm. i, Production of chimaeric mice from STAP stem-cell lines using diploid embryos. *These STAP stem-cell lines were generated from independent STAP cell clusters. j, Production of mouse chimaeras from STAP stem-cell lines by the tetraploid complementation method. *These STAP stem-cell lines were generated from independent STAP cell clusters. k, No H3K27me3-dense foci are seen in female STAP stem cells (n = 50; the CD45+ cell is a positive control). Scale bar, 10 μm.

60小野小町:2019/03/12(火) 09:18:24
これだけのものの移管が行われていて、その後処理として小保方さんが論文同士の整合を取ってるんでしょうね。笹井さんはそこまでは忙しすぎてやってないんじゃないかしら。STAP cells have a limited self-renewal capacity under the conditions used for establishment (Fig. 2g and Extended Data Figs 2e and 5a). のExtended Data Figs 2e ってTCRの説明よね。そこ全部変ね。

61在原業平:2019/03/12(火) 09:18:59
何度もリヴァイズさせられているうちに本文も図表指定もおかしくなってるんだな。道理でなんかおかしい感じがするはずだよな。それならそれでもう一度よく調べ直さないといけないね。

62小野小町:2019/03/12(火) 09:19:44
こういう几帳面な仕事って小保方さんは苦手とするところみたいね。

63一言居士:2019/03/12(火) 09:20:19
桂報告書のこの部分ももう一度よく調べないとね。26P。
>>
13) 予備調査の結果、本調査での検討は不要とされた以下の事項についても検討した が、研究不正行為はないと判断した。

(1)Article Fig.1h について ヒストグラム上部が欠けており、正確なデータの評価ができない点
(2)Article Extended Data Fig.2b について 24 時間追跡した細胞の CD45 抗体の現象を見ているが、同一細胞をトラッキングし ているのかが不明な点
(3)Article Extended Data Fig.5g について データ 3 とデータ 4 の間に、二つのグラフを張り合わせたかのような不自然な隙間 がある点
(4)Article Extended data Fig.8e について STAP 幹細胞と ES の写真の取違いが疑われる点
(5)Letter Fig.4b について STAP 細胞と ES 細胞のラベルの付け間違いが疑われる点(論文撤回理由 4)
(6)Letter Extended Data Fig.1c について 左右の写真のサイズが異なり重なり合わない点

64閲覧者:2019/03/12(火) 09:23:04
>>
(4)Article Extended data Fig.8e について STAP 幹細胞と ES の写真の取違いが疑われる点

これは今学ブログで提示している大きさの問題だね。

65孤舟:2019/03/12(火) 09:24:47
阿久悠から電話だぜ。

66小野小町:2019/03/12(火) 09:27:33
あ、そ。

youtube.com/watch?v=GPZi8wnwNrc

67ふむ:2019/03/12(火) 09:28:06
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

68地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/14(木) 07:10:31
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

69在原業平:2019/03/14(木) 07:11:29
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

70小野小町:2019/03/14(木) 07:34:26
お気に入りは学さんのところだけね。DORAさんはアーカイヴの引っ越しはされないのかしらね。

71名無しさん:2019/03/14(木) 07:40:13
Ts.Markerさん、DORAさん、根本さん、学さん、アトモス部屋さんがヤフーだね。
それぞれ結構重要なデータがあるよな。

72小野小町:2019/03/14(木) 07:45:49
あら、業平君、名無しさんになってるわ。
こつこつ保管していくしかないわよね。まだ時間はある。

73在原業平:2019/03/14(木) 07:47:35
学さんのところで返事していると、こっちの考察が進まないね。でも、問い合わせが来たら答えないとねえ。

74小野小町:2019/03/14(木) 07:50:05
あまりたくさんのことを一度に書くと、話題が散漫になるのね。
今、楠本さんの問い合わせと、あのねさんの非リンパ、そして学さんとの続きなのね。
一つ済ませといたら。

75一言居士:2019/03/14(木) 07:51:10
じゃあ、楠本さんへの返事を書き込んでこよう。

76閲覧者:2019/03/14(木) 09:41:54
原稿準備しなくちゃな。

77一言居士:2019/03/14(木) 09:42:47
>>hidetarouさん
スクショの件は別として、あの画像は論文のものそのもので、不鮮明といえばもともとの論文画像が不鮮明なんです。あの方のブログは2005年から始まっていてそもそもはSTAP事件とは無関係です。置かれている画像はとても客観的なものです。gとeで縮尺がちょっと正確な比較になっていませんがではありませんが、元画像左下隅にスケールが入っていて1マイクロメーターなんですから見てる方が頭の中で少し調整したらいいだけですね。

楠本 英正さんがリンクをシェアしました。
3時間前
(4)Article Extended data Fig.8e について STAP 幹細胞と ES の写真の取違いが疑われる点
某所からコピーした画像は不鮮明。

78一言居士:2019/03/14(木) 09:44:36
ではありませんが→削除

79一言居士:2019/03/14(木) 09:45:25
(続き)
CD45+(陽性)というのはマウスの白血球の抗体マーカーですべての白血球で発現しますが種類によって発現量が異なる。一番強く発現するのがリンパ球なんですが、他の白血球が発現しないわけではありません。今、あのね氏と検討しているのがその問題だということはお分かりだと思います。
私は [STAP細胞 <  CD45+細胞 <  ES細胞=STAP幹細胞 ] ですねと問題提起しています。

80一言居士:2019/03/14(木) 09:46:19
(続き)小保方さんは論文では主にリンパ球を使ってSTAP細胞を作っています。TCR再構成の実験をするときだけはCD90でもう一度T細胞だけをFACS選別します。でも厳格な選別ではないから、丹羽さんがヘテロな集団だと言ってるんですね。
マウスの白血球のもともとの構成割合はB細胞:60%、T細胞:30%、マクロファージ:5%、その他、5%です。脾臓の構成細胞全体での細胞の大きさは5から10マイクロメーターです。
>>
David Aphkhazava
23.19
Size of mouse splenocytes?
Does anyone know what the size of a mouse splenocyte is?
>>
Joseph michael Cantor
University of California, San Diego
5-10 um on average, with resting B and T cells comprising the lower end of the range and macrophages on the upper end. Adult mouse spleens typically contain 1x10e8 white blood cells: 50-60% B cells, 30% T cells, 5% macrophages, and <5% others.

81一言居士:2019/03/14(木) 09:47:48
(続き)桂報告書26Pには以下のようにあります。論文取り下げ理由になっている件も含めて、間違いは研究不正ではないので、真偽は調べられていなんです。調べればわかるというのに。
>>
13) 予備調査の結果、本調査での検討は不要とされた以下の事項についても検討した が、研究不正行為はないと判断した。

82一言居士:2019/03/14(木) 10:35:10
(続き)
さて、ここから検討ですが、私もちょっとスケールに関して見落としていたことがありますね。それは置いといて、まず問題はSTAP細胞の写真です。縦にひょろ長いですね。インジェクション時のSTAP細胞はどれもほぼ球形ですね。比較対象にCD45+細胞がありますから、リンパ球を選別して作ったSTAP細胞だと主張しているんですね。でもSTAP細胞は縦の長さはほぼCD45+細胞と同じですが横幅が縮んでいる。なぜかということですが、FACS選別は厳密ではありませんから、マクロファージをたまたま拾ったのかとも疑義しますが、たくさんある中からわざわざそんな少ないものを選ばないのではないですかね。あれが培養中で凝集していない状態での形なんですかね。酸につけると細胞膜自体が溶けるということと幾分かの浸透圧に影響する濃度差で水分が外に出るということの両方が考えられますが、そんなことしたのは世界で小保方さんだけなんですから、やった人がちゃんと説明してくれないと一般人にはわかりませんね。

83一言居士:2019/03/14(木) 10:35:40
(続き)
一方でCD45+細胞とES細胞の大きさの比較ははっきりしていますね。ES細胞は枠からはみ出していますね。CD45+細胞は枠の中に納まっています。gの写真の左端のCD45+細胞の写真を拡大してノギスで測定してください。1マイクロメーターのスケールに対して外枠の四角の一片の長さは8.7マイクロメーター程度です。細胞自体は縦横の長さが違うので平均すると直径約7.5マイクロメーターです。対して同じスケールで右端の写真のES細胞のはみ出している部分を想定して直径を計るとほぼ10.8マイクロメーターです。ところがこちらはスケールがやや短いのがわかりますね。私は今まで気づいていなかった。逆残すると1.2倍しないといけない。13.0マイクロメーターなんですね。

84一言居士:2019/03/14(木) 10:36:34
(続き)直径の違いはESを1とすると0.56です。直径1の球を体積で半分ずつの球に分割すると0.8になる。もう一度繰り返すと0.6になる。それ以下なんですから小保方さんの選別してきたCD45+リンパ球細胞とES細胞の体積比は1/8以下なんです。アーティクルにある若山さんのインジェクション写真の細胞の大きさの関係と同じですね。ここではリンパ球が使われているんです。STAP細胞は小さいという概念ではなくて、それを作るときに使ったCD45+リンパ球のサイズが小さいからSTAP細胞も小さいので、材料となる細胞にもっと大きなものを選べば当然STAP細胞は大きくなるということです。

85一言居士:2019/03/14(木) 10:37:17
(続き)
さて次がeの写真の方でSTAP幹細胞の大きさは中間で曖昧ですね。私はスケールがこんなに違っているとは気づかなかったですね。小保方さんは条件を整えるということに意識が薄いと桂報告書が批判していましたが。ここはひとつの三枚組写真の中でスケールが違っていると気付かなかったですね。たぶんESがあまりに大きいので一覧性を考えて調整しているんですね。ここでは厳密な大きさ比較をしているのではなくて、こういう形だと示している意識のようですが、これは関心しないですね。こちらのCD45+細胞のスケールは見えない。元画像で既に見えていません。

86一言居士:2019/03/14(木) 10:38:11
(続き)
で、これをよく見ると私の問題提起している [STAP細胞 <  CD45+細胞 <  ES細胞=STAP幹細胞 ]のうち [ES細胞=STAP幹細胞]は言えてませんね。単純比較する限り[STAP細胞 <  CD45+細胞 <  STAP幹細胞  < ES細胞 ]です。eの方のES細胞は斜めに縦長ですが実測して縦横平均してスケール対比するとほぼ12.1マイクロメーターになりますね。ESはgとeでそれほど違わない。ESの大きさは胚盤胞期のどの段階でインナーセルマスから取り出したかによりますね。ほぼ一回分の分割差が出ます。13.0が一度分割されると10.4になります。ですから、この13.0と12.1の違いは形態の平均直径の取り方の誤差でしょうね。対して、STAP幹細胞の写真は右橋が直線で別の細胞に押されて変形しているようですね。これだけでは何ともいえませんかね。ご検討願います。

87一言居士:2019/03/14(木) 10:39:10
(続き)
因みに、私の仮説ではこのSTAP幹細胞は小保方核使用ntESをもう一度キメラ胚に入れてESにしたものです。この大きさ比較も根拠の一つとなると期待していましたが言えてませんかね。無論、お約束しているようにここでは論じませんが私の仮説の根拠はこれだけではありません。ただ、私の仮説を否定したかったら逆にこのSTAP幹細胞の大きさはCD45+細胞の大きさだよと証明できたらいいですね。するとSTAP細胞は論文通りにあったということになるかもしれませんね。無論、私はその時には反証をたくさん出すことになります。そしてまた頭を抱えることになるでしょう。桂報告の結論の方は論外だということでいいでしょうからね。正直行くべき道を失って途方に暮れることになりそうです。以上です。

88小野小町:2019/03/14(木) 10:40:30
貼り付けてきたら。

89一言居士:2019/03/14(木) 17:18:29
貼り付けたけど学さんが77番をアップしてくれないんで、Hidetarouさんに伝わってないね。
ため息さんのことに触れているのがいけないようだね。

90小野小町:2019/03/14(木) 17:20:50
ため息ブログは2005年からあるのね。あそこに吹き溜っているのは一研究者ブログから
あちこちにたむろしているスピン屋ね。マスコミ関係よね。

91一言居士:2019/03/14(木) 17:22:55
ため息さん自身はSTAP事件のことは全然勉強してないだけの人じゃないかな。
スピン屋ではなさそうなんだけどね。乗っ取られた感じかな。

92閲覧者:2019/03/14(木) 17:24:07
あるいは後から頼まれたかな。

93在原業平:2019/03/14(木) 17:25:44
学さんのところで応答しているとこちらの本題が進まないね。

94一言居士:2019/03/14(木) 17:27:25
でも今結構大事なところなんだよな。特にLがスピンをかけているからね。

95小野小町:2019/03/14(木) 17:28:15
一滴垂らした説で、大きさの問題をごまかそうとしているわね。ミエミエね。

96一言居士:2019/03/14(木) 18:51:42
とりあえず以下を投稿しておこう。

>>hidetarouさん
細胞の大きさに関する上記の私の連投書き込みの相手はあなたの以下の書き込みに対するものです。私が不用意なことを書いたもので最初の投稿をアップしていただけないようです。学さんは今スピン屋さんたちと戦われている最中でもありますからね。誰がどこから頼まれているスピナ屋さんであるかに関してはたぶん私の方が学さんより詳しいでしょうね。はは。でも今はそんなことは後回しです。以上。
>>
楠本 英正さんがリンクをシェアしました。
3時間前
(4)Article Extended data Fig.8e について STAP 幹細胞と ES の写真の取違いが疑われる点
某所からコピーした画像は不鮮明。

97小野小町:2019/03/14(木) 18:56:59
今度の分はアップしていただけるでしょうね。そして、次は学さんの問いに対する答えね。

98一言居士:2019/03/14(木) 19:36:15
どうするかな。区切りつけて、送らないとまたくちゃくちゃになりそうだね。
ジムさんへの原稿送りもどうするか決まらないね。

99閲覧者:2019/03/14(木) 19:38:13
ジムさんは今呼ぶなよ。待ってもらえばいいい。こちらから直接送ると連絡してある。

100小野小町:2019/03/14(木) 20:53:50
明日にしましょ。

DORAさん、ヨハン・シュトラウスは俗っぽいんじゃないのよっ!素朴で清楚なの。

youtube.com/watch?v=Q-hpPh5bSqQ

101オウ、イェイ。:2019/03/14(木) 20:54:45
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

102地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/15(金) 07:10:53
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

103在原業平:2019/03/15(金) 07:11:42
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

104小野小町:2019/03/15(金) 07:29:00
お気に入りは楠本さんのところに変な人が来ているわね。学さんは77をアップしてくれたわね。

105在原業平:2019/03/15(金) 07:32:48
よし、では学さんへの変身を書いておこう。

106在原業平:2019/03/15(金) 07:33:24
変身→返信

107一言居士:2019/03/15(金) 07:34:59
[連投1]
>>学さん
ご疑念の件、以下でした。
2019/3/12(火) 午後 4:19
2019/3/12(火) 午後 4:40
①内部細胞塊ICMと接することにより、STAP細胞もICM様の動きをするようになる
②彼(若山さん)がESを渡されたと断定したとの事実は無い
③STAP細胞は酸性浴で一過性に小さくなり、幹細胞になる過程で元の大きさに回復した
④幹細胞は何の元細胞からできたのかわからないのだから、STAP幹細胞細胞の大きさは議論できない

108一言居士:2019/03/15(金) 08:16:08
[連投2]
①の件、まずSTAP細胞は刺激惹起という手法がメインです。STAP酸浴凝集塊を基本トリプシン処理して一個一個ES細胞移植の時のように拾って挿入してもできなかったし、まして、普通の体細胞をキメラ胚にインジェクトしてICMと接触させてもキメラはできません。ICMと接触させる共培養という概念ではそこまでの転換能力は無いようですね。ntESは徐核卵の細胞質の中に体細胞核を入れるんですから、インナーセルマスとの共培養概念とはまた違っています。
では、幹細胞の樹立の時はどうかというと、まず、STAP細胞はそのままで何もしないでもキメラができ、かつ胎盤にも貢献するというICM以上の能力を持っていることになっていますよね。ただ、自己増殖能がないだけですね。だから幹細胞の樹立に関しては<ICM様の動きをする>という言葉の意味は取り出して培養すると増殖をし始めるという意味に受け取っていいはずですね。共培養すると自己増殖能を得ると。

109一言居士:2019/03/15(金) 08:18:58
[連投3]
自己増殖能とは何かということになりますが、ESの場合はもともとのインナーセルマスが自然の幹細胞なんですから増殖能と分化能の両方を兼ね備えている。自然の発生では多能性細胞は増殖しながら分化し、また増殖し、更に分化してまた増殖するという過程を経て胎児形成して出産に至るわけです。
ES細胞はその自然の多能性細胞を試験管内に取り出して、分化抑制剤を添加した培地でもともと持っている増殖能だけを働かせるわけです。

110一言居士:2019/03/15(金) 08:21:28
[連投4]
キメラができているとされているSTAP細胞も同じ働きがあって、キメラ胚の中では最終的には胎児形成するのですから増殖能と分化能の両方を持っていることになります。ところがこれが酸浴でリプログラムされた状態のままでは増殖能が極度に弱くて1週間ほどで消滅してしまうとされている。この1週間で消滅するというのは丹羽さんの検証作成した酸浴細胞凝集塊の幹細胞化でも同じだったようです。系譜決定されてしまった体細胞もさらなる分化はもうできませんが体細胞分裂はできますから、培地が適正であれば増殖はします。でも長くは続かないということでしょうね。

111一言居士:2019/03/15(金) 08:22:03
[連投5]
参考
>while a small number aggregates gave rise to colonies containing small cells with large nuclei, resembling the morphology of embryonic stem cells. However, most of these cells ceased proliferation at day 7 and gradually regressed. <Investigation of the cellular reprogramming phenomenon referred to as stimulus-triggered acquisition of pluripotency (STAP) Hitoshi Niwa>

112一言居士:2019/03/15(金) 09:08:47
[連投6]
丹羽さんは最終的プロトコルによってSTAP幹細胞誘導しています。クムリナ書き込みから推定されているキメラ胚に入れてから取り出すというような作業は行っていません。論文の検証なんですから当然ですね。でも我々は若山さんがどうやって幹細胞化したのだろうかと推測する過程で、クムリナ書き込みから推定しようとして、キメラ胚に入れてインナーセルマスと接触させると増殖能が高まるのだという可能性を考えるわけです。それが学さんの<ICM様の動きをするようになる>という言葉の意味ですね。

113一言居士:2019/03/15(金) 09:09:48
[連投7]
そうかもしれない。でもそうでなく、若山さんはntES化させていることを隠したまま、<たとえば細胞の樹立がなかなかできず、STAP細胞を注入したキメラ胚を使って初めて樹立に成功したデータは、当初それだけで論文にするつもりでしっかりした表と解析を行っていたのですが、途中から直接簡単に樹立できるようになり、葬り去られました。>と、あたかも後にESを渡されていたのだというストーリーに説得性を与えるために、ただ伏線を張っているだけかもしれません。

114一言居士:2019/03/15(金) 09:10:36
[連投8]
そここそ<ある派>と<ntES派>である私との根本的違いです。私はそのやり方では増殖し始めることはないと思っているんです。学さんは増殖し始めると思われている。ここは所見の違いですから別に問題ありませんね。
対して、まず若山さんが何をされたのかは置いておいて、小保方さんは論文リヴァイズの最中から若山さんに伝えられた最終的プロトコルに従って自分の作ったSTAP細胞をSTAP幹細胞に転換できないと訴えていました。また、丹羽さんは検証実験で小保方さんのアドヴァイスも受けて、小保方さんと同じような細胞塊をたくさん作ることに成功し、それをプロトコルに従って幹細胞転換しようとしてできなかった。ということは彼ら二人が行ったことと、若山さんの行ったことが違うということです。

115一言居士:2019/03/15(金) 09:11:41
[連投9]
違いの原因の可能性は以下ですね。
1.若山さんは小保方さんに毎回ES細胞を渡されていた。(桂報告書結論)
2.若山さんは渡されたままのSTAP細胞を共培養等で幹細胞化に成功しているのにそれを黙っているから、小保方さんと丹羽さんが知らされているプロトコルではできない。(学さん、Ts.Marker さん、和モガさんたち仮説)
3.若山さんは後には渡されたままのSTAP細胞をプロトコル通りに培養誘導出来ているのに、何かプロトコルに嘘を書いているから二人にできない。
4.若山さんは後には渡されたままのSTAP細胞をプロトコル通りに培養誘導出来ているのに、何かプロトコルに個人手技の違いがあって二人にできない。(手記にある若山さんの説明)
5.若山さんは別途興味から行っていた小保方細胞核使用ntES実験でのキメラ作成をリクルート上の都合があって、小保方さんの細胞から直接できたと一時的のつもりの嘘をついた。また、ntESをそのまま幹細胞だと主張せず、キメラ作成時に作ったキメラ胚をキメラ用と幹細胞用に分けて同時樹立の形にした。従って若山さんにとってのSTAP細胞はSTAP細胞核使用ntESだということになる。(ntES仮説)

116一言居士:2019/03/15(金) 09:12:58
[連投10]
2は私が以前からお尋ねしているように、なぜできているのに隠したり、論文を取り下げたりしたのかの説明が必要ですね。5はここでは論じません。
で、次が<②彼(若山さん)がESを渡されたと断定したとの事実は無い>というご意見です。桂報告書はFIは太田ES、GOFマウスは学生のntES、AC129とFLS-Tシリーズは若山さんの作ったコントロールESだと言ってますね。太田ESを解析のために理研に提出したのは他の誰でもない若山さんです。今入手経路を問うてもパートナー氏に返事がなく、理研側からも明確な回答がない。しかもAC129で使われたコントロールESは個別にどのラインかも識別されて、129B6F1ES-6だと割り出された。それが保持されていたのは理研側の小保方フリーザーの中でなく、山梨大の若山さんがそれを持っていたんです。ここはご承知のようにOoboe さんとパートナー氏の追求されてる方向です。若山さんは断定しているのではなく誘導しています。

117一言居士:2019/03/15(金) 09:15:45
129B6F1ES-6→129B6F1ES-1

118一言居士:2019/03/15(金) 09:16:25
[連投11]
そして、<③STAP細胞は酸性浴で一過性に小さくなり、幹細胞になる過程で元の大きさに回復した>ということですが、CD45+細胞→酸浴でやせたSTAP細胞→培地回復したSTAP細胞ということですね。STAP細胞とSTAP幹細胞はCD45+細胞より大きくはならないと思っています。そして前回Hidetarouさん宛に回答した連絡にも書きましたが、あのeの写真は中間で曖昧ですね。認めます。何とも言えない。ただし、桂調査チームはその問題を調べて結論を出すことはできたんですけどやっていません。意図的にやらなかったとみています。

119一言居士:2019/03/15(金) 09:17:27
[連投12]
最後に、<④幹細胞は何の元細胞からできたのかわからないのだから、STAP幹細胞の大きさは議論できない>は誤解ではないでしょうか。小保方さんは論文では主にリンパ球で酸浴細胞を作っています。脾臓のミンチから始まります。もともとある細胞は前回書いたように<B細胞:60%、T細胞:30%、マクロファージ:5%、その他、5%です。>ね。延伸分離の後にそれをCD45抗体でFACS選別していますから一番強く反応するリンパ球であるB細胞とT細胞が選別されます。そもそももともとそれ以外は10%しかないものをFACSで取り除いているのですから、いくらFACSが厳密な選別でないといっても10%からほとんどがふるい落とされると考えると99%に近くリンパ球だけになっていませんか。

120一言居士:2019/03/15(金) 09:18:38
延伸分離→遠心分離

121一言居士:2019/03/15(金) 09:19:11
[連投13]
ただし酸浴後に何が生き残るか、そして何がより強くてコロニーを増殖支配するのかは別問題ですね。ライブセル・イメージングで蛍光細胞が動いているのはマクロファージの動きですよね。他の細胞はあんなに大きく動く機能を備えていません。ですから学さんの所見にも一理あると思います。でも根本に戻って、白血球の大きさはマクロファージも含めて5から10マイクロメーターの大きさなんです。それに対してES細胞の大きさ、もしくはインナーセルマスの大きさはそもそも一回り大きいのだというのが私の主張です。私の感覚では白血球7マイクロメーターに対してES細胞は10マイクロメーター以上で体積にして倍以上という感覚でいます。

122一言居士:2019/03/15(金) 09:21:33
[連投13]
一応ここで残されている問題はあのねさんの非リンパ球説と、桂報告書擁護者のES細胞をポトリと一滴垂らしたという説ですかね。後者は間違いですが、それを論じるとたぶん私のntES論の根本である、桂報告書の主張する事故コンタミの可能性は太田ESを解凍したという行為によって否定されているというところから順番に押さえ直して説明しなければならなくなるでしょうから、ここで論じないと約束している以上、述べません。以上です。

123小野小町:2019/03/15(金) 09:22:43
まあ、その程度でいいんじゃないの。あまり深入り説明していくと
本線の問題に戻れなくなっちゃうわね。

124一言居士:2019/03/15(金) 09:43:08
貼ってきたけど500字制限に引っかかって連番が一つ増えた。それと>>122
[連投13]→[連投14] ね。

125孤舟:2019/03/15(金) 09:44:02
阿久悠から電話だ。

126ふむ:2019/03/15(金) 09:44:33
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

127地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/16(土) 07:41:17
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

128在原業平:2019/03/16(土) 07:42:14
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

129小野小町:2019/03/16(土) 07:52:45
お気に入りは変化なしよ。学さんのところに珍しくTs.Markerさんが見えてるわ。

130在原業平:2019/03/16(土) 07:55:33
せっかくあそこで出会えたんで話し合ってみたいけど彼はあまり語らないからね。
話法がほのめかしなのは、彼のブログとトゥイッターで分かってるし、昔したらばに
見えてた時もそうだったからね。

131一言居士:2019/03/16(土) 07:56:37
李の使っているTSAが使われてのではいう可能性指摘だね。

132閲覧者:2019/03/16(土) 08:05:42
ああいうのはどれもそうかもしれないしそうでないかもしれないんで、実際に
実験を行って確かめることのできないど素人門外漢にとってはいつまでもただ
議論しているだけになっちゃうんだよな。どうしたって、ど素人は搦め手からの
決め手と併用して、総合的な把握に至る道しかないよ。その意味ではこれを裁判の
公判だと思って自分が裁判官になったつもりで判断していると想定すると、
のと同じ作業をしていると分かるはずだな。裁判官はSTAP細胞に関してど素人だからね。
でも判断は一分野の専門家が行うことはできない。総合的であるとみなされている
人格が裁くんだよな。

133小野小町:2019/03/16(土) 08:07:39
総合的人格が法に則って判断するというのも裁判官って大変ね。

134在原業平:2019/03/16(土) 08:15:26
道徳的には人が人を裁くことはできないよ。大昔は無知による勘違いが多かったけど、
近代法では法のルールに従って決められたとおりに処理するんで、疑いが強いときは
無罪だ。総合的人格と言ってもしょせん人だからね。神様じゃない。でも。ルール通りに
処理するのだって裁判官が精神病だったら困るでしょ。だから、一応は試験も試問もして
まともな人という建前にしとかないと、法治というルールの根幹が揺らぐよ。

135小野小町:2019/03/16(土) 08:17:58
STAP問題は専門家が判断すると思い込んでる人がいるわね。

136在原業平:2019/03/16(土) 08:26:54
STAP細胞の科学的な探求に関しては専門家以外に参加することは不可能だし、
そもそも一般人は参加する気もない。でもSTAP事件は社会問題だからね。逆に
この分野の科学者たちこそど素人である分野だ。小保方さんの博士号剥奪の
法的正当性に関して細胞生物学者としての立場でど素人判断聞かされても
誰も聞かないやね。

137小野小町:2019/03/16(土) 08:27:49
あら、Lさんのことね。ふふ。

138在原業平:2019/03/16(土) 08:33:43
早稲田の法律の専門家が調査して博士号の取り消しはできないと学長に報告した。
鎌田は何をしたかというと、まず小保方さんが草稿を間違えて提出した落ち度と
それをチェックもせずに受け取った自分たちの落ち度をバーターにかけて、小保方さんに
再試験を了解させたんだ。つまり、小保方さんは自ら博士号を返上した。このことは
早稲田の調査報告の結論の想定していないことだ。

139小野小町:2019/03/16(土) 08:41:08
小保方さんの落ち度と自分たちの落ち度はバーターにはできないわよね。早稲田は草稿を
受け取っていてかつ博士号を与えている。これを勝手に根拠なく取り消すと詐欺罪になるわね。
小保方さんはお金を払って教育を受けているのよね。お金を返すだけじゃなくて、
人生の時間の浪費と名誉棄損の両方で損害賠償請求できるわね。小保方さんは訴訟してたら
勝ってるわよね。なにしろ母校の法学部卒業の先輩たちが皆、取り消しはできないと
法的判断を下しているのよね。

140在原業平:2019/03/16(土) 08:46:16
だからこそ早稲田は小保方さんの愛校心という情に訴えたんだよ。こんなケチのついた手続き上の
ミスで与えられて、かつ事実草稿であるようなものに対して与えられている形ではあなたも不本意でしょう、
もう一度提出時点からやり直しましょうと誘いかけた。これによって彼女からの訴訟を避けているんだよ。

141小野小町:2019/03/16(土) 08:47:54
間違ってるわ。草稿を本稿に差し替えるだけで済むことだわ。

142在原業平:2019/03/16(土) 08:49:33
早稲田は草稿であることに自部で気づかねばならなかった。その時点でそのまま
落とすか、差し替えを指示するかのどちらかだった。

143在原業平:2019/03/16(土) 08:50:13
自部→自分

144小野小町:2019/03/16(土) 08:51:40
バカタレがと怒って差し替えさせるに決まってるわよね。この時点ではSTAP事件なんて
起きていないわね。

145在原業平:2019/03/16(土) 08:53:31
ところが気づかないままに事務処理されて博士号授与された。早稲田の落ち度だ。

146小野小町:2019/03/16(土) 08:54:51
授与後にそれに気づいたら、本稿と差し替えて終わりでしょ。

147在原業平:2019/03/16(土) 08:56:16
小保方さんは本稿を提出し直している。にも拘わらず早稲田は差し替え処理をしなかつた。

148小野小町:2019/03/16(土) 08:56:50
どうしてなの?

149在原業平:2019/03/16(土) 08:59:35
鎌田がバカだからだよ。もしくは鎌田に圧力をかけた文科省の役人がバカだからだ。
この草稿提出の発覚がSTAP事件と絡んでいて文科省と鎌田は世論の動向に右往左往した。

150小野小町:2019/03/16(土) 09:01:31
理研での出来事と博士号授与手続きは無関係ね。11次元の指摘からこうなったんだけど、
そのことと博論とは関係ないわ。

151在原業平:2019/03/16(土) 09:05:33
博論に不正があったら早稲田は堂々と剥奪できるよ。でも自分たちで
行った調査結果で不正はないと結論して、しかも手続き上においても剥奪は
できないと鎌田に進言しているんだよ。それなのに鎌田は差し替え判断を留保した。
それはSTAP事件の解明を待つためなんだ。そちらからまた新たな真実が出るのではないかと
思っているんだよ。

152小野小町:2019/03/16(土) 09:11:02
差し替え処理して草稿か、本稿かの問題はそれはそれで終わらせて置いたらよかったんでしょ。
その後博論自体に捏造があったと分かったのならその時に剥奪すればいい。そもそも審査して
通しているんだから捏造なんかあるわけがないのよね。STAP事件が仮に小保方さんの
捏造だったとしても、博士論文とは無関係よね。そんなこと言ってたら他の不正事件でも
博士号剥奪されないといけない人たちがたくさんいることになってしまうわね。そんな人って
法律で裁判が開かれて判決の元で剥奪されたシェーンくらいしか知らないわ。

153在原業平:2019/03/16(土) 09:12:59
だから鎌田は馬鹿なんだよ。頭悪いんだよ。

154小野小町:2019/03/16(土) 09:15:05
頭悪いんだから仕方無いと言われちゃうと、お前は頭いいのかと反論されても
困る身では、閉口しちゃうわね。

155在原業平:2019/03/16(土) 09:18:08
ま、そういうことなんだよ。神ならぬ身なんで後から間違いだと分かることは多いよ。
でもわかったらその時はちゃんと過ちは正さないとな。

156ヘーゲル:2019/03/16(土) 09:19:00
本題頼むぜ。

157カール・ヤスパース:2019/03/16(土) 09:20:31
本題、何でしたっけ?

158デラ・ストリート:2019/03/16(土) 09:25:37
JAKインヒビターよ。

159孤舟:2019/03/16(土) 09:26:34
今日は今から昼過ぎまでヴォランティアだぜ。

160ふむ:2019/03/16(土) 09:27:11
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

161地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/17(日) 08:37:34
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

162在原業平:2019/03/17(日) 08:38:19
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

163小野小町:2019/03/17(日) 08:42:53
お気に入りは変化なしよ。学さんはスピン屋の話にに夢中ね。

164在原業平:2019/03/17(日) 08:51:02
ため息さんは女性なのか。知らなかったな。この人はSTAP事件に関しては
全く勉強不足の人だよね。最初ちら見したときに論じる意味もない相手だと思った。
それに歴史的にもSTAP事件以前からのブロガーだしな。ここにたむろしている奴らは
一研究者時代からよく知ってる相手だけどな。梁山泊にされちまって、
母屋取られている間に盗賊の仲間になったということみたいね。はは。

165小野小町:2019/03/17(日) 08:54:41
学さんもなんでこんな相手たちと絡みあってるのかしらね。自分のブログなんだから
排除しちまって、ご自分の意見だけ書いてればいいのに。スピン屋というのは
お金もらってやってるんだから、なんでもしてくるんで、いちいち相手してたら
時間の無駄だわよね。

166在原業平:2019/03/17(日) 08:56:43
Ooboe さんが根本さんから自分のブログを作りなさいとアドヴァイスされているね。

167小野小町:2019/03/17(日) 08:59:20
木星さん、アトモス部屋さん、Ooboeさん、学さん、バ感想、ため息さんと女性なのね。

168ヘーゲル:2019/03/17(日) 09:02:26
本題頼むぜ

169カール・ヤスパース:2019/03/17(日) 09:03:24
本題、何でしたっけ?

170デラ・ストリート:2019/03/17(日) 09:04:26
JAKi検証は誰が何のために行ったのか?

171一言居士:2019/03/17(日) 09:10:22
結構、むつかしいんだよな。当時の若山ラボで行われた実験ではない。ただ、きっかけが
系統樹で、このベースにあるデータの最初が若山研でのものだ。

172地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/18(月) 09:28:55
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

173在原業平:2019/03/18(月) 09:30:18
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

174小野小町:2019/03/18(月) 09:31:22
お気に入りは変化なしよ。あのねさんも自説展開が止まってる。

175在原業平:2019/03/18(月) 09:32:25
我々も止まってるよな。ジムさんに送る原稿ができない。

176孤舟:2019/03/18(月) 09:33:33
釣りとヴォランティアが忙しいからなあ。

177一言居士:2019/03/18(月) 09:34:38
いや、分かったことを書くのにそんなに時間はいらない。問題自体がむつかしい。

178閲覧者:2019/03/18(月) 09:35:26
考えるための糸口が見つからないんだろ。

179開高健:2019/03/18(月) 09:37:31
僕は釣りをしながら考えたんだけどな。JAKiの検証実験が無かったら、
若山さんの渡したデータと論文の論旨はどういうものだったかと考えたら
いいんじゃないかと。

180孤舟:2019/03/18(月) 09:43:59
JAKiの検証が無かったら、
①STAP細胞は胎児、胎盤に貢献する。
②STAP幹細胞は増殖能を獲得するとき胎盤貢献能を失う。
③FI幹細胞はFGF4培地の中で胎児貢献能を失うが、LIF培地で誘導すると胎盤貢献能を失って胎児貢献能を回復する。

181小野小町:2019/03/18(月) 09:45:37
本当なの?
誰がそんなこと言ったのかしら?

182在原業平:2019/03/18(月) 10:03:59
①は若山さんが胎児胎盤の試料を渡して胎盤が光っているようだから確認してと指示して、
小保方さんはその免染写真をExtended Data Figure 1-b,cとして図表添付した。
②は若山さんが作ってキメラも作られているが、なぜかキメラ胎盤が光っていないという証拠写真が無い。
③はFI化幹細胞由来キメラが作られFigure 2-gにしょうこしゃしんがあるが、上下が同じ区画の比較に
なってないので胎児が光っていないという証拠がない。また、LIF培地でES様に戻された細胞由来の
キメラ実験結果は無いので胎児胎盤写真の証拠がない。しかし、テラトーマ実験は行われている。

183在原業平:2019/03/18(月) 10:05:41
FI化幹細胞由来キメラ→FI幹細胞由来キメラ
しょうこしゃしん→証拠写真

184デラ・ストリート:2019/03/18(月) 10:07:39
最後のテラトーマに関する記述は以下ね。
>>
Notably, when cultured in LIF+FBS-containing medium for 4 days, Fgf4-induced stem cells underwent substantial changes in morphology and started to form ES-cell-like compact colonies with strong GFP signals (Fig. 3a). These cells showed expression of pluripotency makers, but not trophoblast markers (Fig. 3b and Extended Data Fig. 6a), and formed teratomas in mice (Extended Data Fig. 6b). These ES-like cells were generated from Fgf4-induced stem cells sorted for strong expression of the trophoblast marker Itga7, but rarely from Itga7-dim cells (Fig. 3c, d).

特に4日間LIF+ FBS含有培地で培養すると、Fgf4誘導幹細胞は、形態学的に実質的な変化を受け、強いGFPシグナル(図3a)を有するES細胞様のコンパクトなコロニーを形成し始めた。これらの細胞は、多能性メーカーの発現を示したが、栄養膜マーカーは示さず(図3b及び拡張データ図6a)、かつマウスにおいてテラトーマを形成した(データ図。拡張図6b)。これらのES様細胞は栄養膜マーカーItga7の強発現しているFgf4誘導幹細胞から生成されたが、まれにItga7-DIM細胞からも生成された(図3c、d)。

185小野小町:2019/03/18(月) 10:21:07
Figure 3-aはGOF由来FI-SCがあるという証拠写真ね。対してExtended Data Figure 6-aは免染結果で、
Oct4は内在性Oct4ね。丹羽さんの検証結果によれば、酸浴STAP細胞の内在性Oct4発現はほんのわずかなので、
この免染結果は桂報告の言うように既存のES起源であるか、我々の論であるntES起源である可能性が
とてもた高いのね。そして小保方さんがこの細胞からテラトーマを作った。なぜか?

186在原業平:2019/03/18(月) 10:28:11
若山さんがキメラを作っていなかったからだろうね。ということは若山さんは
ここまで実験を進めていなかったんじゃないか。Figure 3-aからdまでだね。つまり、
LIF培地によるOct4-GFPの再発現確認とそのPCR結果までだ。FI-SCは凍結保存されているので
LIF培地による誘導は笹井研でもできるし、また、テラトーマ実験は小保方さんでもできる。
キメラ実験まで進んでいない段階で小保方さんはヴァカンティの元に帰ってしまったんだな。

187地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/19(火) 07:40:50
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

188在原業平:2019/03/19(火) 07:41:35
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

189小野小町:2019/03/19(火) 07:45:57
お気に入りは変化なしよ。あのねさんは返事がないわね。Ts.Markerさんに
出した質問も案の定返事がないわ。

190在原業平:2019/03/19(火) 07:48:17
Ts.Markerさんの書き込みもここに記録しておこうかな。いずれヤフーブログは消えてしまうらしいから。
>>
> あのねさん

3因子で作製したiPS細胞(3F-iPS細胞)は、4因子の4F-iPS細胞に比べ分化多能性(キメラマウス作成効率など)が著しく低下しているらしいが、TSA処理(TSA treatment)によりキメラマウスの作成効率が上がり寄与率の高いキメラマウスが作成出来たとのこと。
(24770224 研究成果報告書(基金分) - KAKEN 参照)

あの研究室でTSA(トリコスタチンA)が、密かに使われたかどうかは定かではないが、キメラや幹細胞化に効果があるんではと思ってます。
2019/3/15(金) 午後 11:51[ Ts.Marker ]返信する

191小野小町:2019/03/19(火) 07:51:28
Ts.Markerさんはまだある派なのね。

192在原業平:2019/03/19(火) 07:58:56
STAP細胞培地にTSAを入れたら幹細胞化するかもと考えているんだから、まだ
STAP細胞が論文通りにある可能性を考え続けているということだね。
李はntESにTSA処理する実験をしているんで、使われた可能性はあるけど、結果は
無論我々の知り得ないことだからね。ただ、こういう科学的側面だけでは
この事件の真実は解明され得ない。仮にTSAでできていたのなら、どうして
できているはずの論文を取り下げたのかという問いに同時に答えを与えないといけない。
Ts.Markerさんはそちらに関心が無いんだね。

193小野小町:2019/03/19(火) 08:00:54
そういう議論に入ると人を論じなければならなくなるから嫌がってるのよね。
でも、そこを嫌がったら解はでないのね。

194在原業平:2019/03/19(火) 08:03:56
Ts.Markerさんは仄めかすだけだよと言ったとおりの対応だろ。我々はまだ
Ts.Markerブログの検証過程の中に居るんだよね。そういう意味の付き合い
長いからな。

195ヘーゲル:2019/03/19(火) 08:06:14
本題頼むぜ。

196カール・ヤスパース:2019/03/19(火) 08:07:07
本題、何でしたっけ?

197デラ・ストリート:2019/03/19(火) 08:09:13
LIF培地でFI-SCがまたES-Likeに戻るという発想したのは誰かという問題よ。

198ペリー・メイスン:2019/03/19(火) 08:10:11
Figure 4-aだね。

199小野小町:2019/03/19(火) 08:10:47
4日間の LIF+FBS培地での誘導が笹井さんの発案ということはないの?

200在原業平:2019/03/19(火) 08:11:24
それは無いよ。笹井さんは文章はリヴァイズしたが書かれている内容の主旨は変えていないと証言している。

201小野小町:2019/03/19(火) 08:11:56
小保方さんが自分でやった実験ということはあるの?

202在原業平:2019/03/19(火) 08:12:33
幹細胞化の実験は若山さんが計画してラボメンバーを使っていろんなことをやらせている。一旦FI-SCになったものをLIF+FBS培地で誘導してES様細胞になるという発想をFI-SC自体を作れたことのない小保方さんが発展的に付け加えるということも考えられないね。

203小野小町:2019/03/19(火) 08:13:17
では、ヒートマップ解析は誰が行ったものなの?

204在原業平:2019/03/19(火) 08:13:47
遺伝子解析に関しては8月のGRAS提出分は若山研での検査だ。でもその後1月と6月に追加で提出されていて、レター論文にヒートマップとして表されているのは共著者門田さんの仕事だ。

205小野小町:2019/03/19(火) 08:14:23
Extended Data Figure 3-bにCD45+とESとSTAPと並んでいてすべて違っているわね。ESではないという証拠でもあるし、本物論者たちの証拠でもあると思われているのね。

206在原業平:2019/03/19(火) 08:17:15
あそこで解析されているSTAP細胞は小保方さんが酸浴させたCD45陽性細胞だ。
ESと違っているのは無論桂報告のESコンタミ論の間違いを証しているものだ。
でも、丹羽さんが本物のOct4発現細胞はとてもわずかだと言っているにも
関わらず、CD45と酸浴後のCD45であるSTAP細胞の発現パターンがあんなに
違っている原因はハウスキーピング遺伝子側の問題だと思うよ。酸浴で
変化したのはGapdhの方だろ。ここが検証実験で相沢論文の指摘している
ことと関係しているのだと推測できる。

207一言居士:2019/03/19(火) 08:23:10
ここの問題はある派の和モガさんや、Ts.Markerさん、学さん、Ooboeさんと
パートナー氏の最もよりどころとしている根拠じゃないかな。学さんのところで
問題提起して見たらどうかな。

208閲覧者:2019/03/19(火) 08:24:40
よし、ジムさんのところにここまでの原稿を送ろう。そののちにヒートマップの件を
学さんのところで論じてもらおう。

209地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/20(水) 07:51:45
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

210在原業平:2019/03/20(水) 07:52:50
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

211小野小町:2019/03/20(水) 08:00:58
お気に入りは学さんのところにTs.Markerさんがあのねさんへのお返事よ。

212一言居士:2019/03/20(水) 08:03:09
あのね氏はこの問題は調べてないようだから、ブログの説明だけしといたけど、
ここでうまくヒートマップの検討に議論が行ければいいんだけどね。どうなることやら。
Ts.Markerさんは無口な人だからな。

213小野小町:2019/03/20(水) 08:06:52
Sox21がTS特異的マーカーだと言い出したのは遠藤さんね。和モガさんが
それを引き継いだ形になってるわね。でも学術的にはそんな論文は無いようね。

214閲覧者:2019/03/20(水) 08:11:55
丹羽研提出のCD1マウス背景のTSからSox21が発現しているんだね。だから遠藤さんは
Sox21はTSマーカーだと判断して論理を展開している。その遠藤さんなる専門家が
書いているから和モガさんはSox21はTS特異的マーカーだと思ってこれも彼の論理を
展開している。

215デラ・ストリート:2019/03/20(水) 08:29:05
遠藤論文のFigure2-cね。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.

216ペリー・メイスン:2019/03/20(水) 08:33:56
小保方さんの論文に出てくるTA特異的マーカーは
Cdx2
Eomes
Itga7
Elf5
だね。

217孤舟:2019/03/20(水) 08:35:48
こんなのあるけどな。
>>
脱毛の原因にかかわる遺伝子・転写因子Sox21
脱毛の原因遺伝子を、国立遺伝学研究所の相賀裕美子教授のグループが中心となり、慶應義塾大学の岡野栄之教授らのグループの共同研究で発見しました。これは遺伝子が発現するためのスイッチの役割をする転写因子(Sox21)を働かなくさせた(ノックアウトした)マウスの解析によって明らかになりました。

218開高健:2019/03/20(水) 08:37:34
ES特異的マーカーにSox2という紛らわしいのがあるけど関係ないよな。

219ペリー・メイスン:2019/03/20(水) 08:42:06
こういうところはど素人の手に負えないところだね。遠藤論文の論旨はFI-SCの中の
Sox21遺伝子にあるSNPを比較しているだけで、この遺伝子があるからTSのような胎盤貢献能の
可能性があるのだと言っているわけでもないよな。和モガさんはそれをFI-SCの
胎盤貢献能の証だと受け取ったんだね。当のTs.Marker さんは遠藤論文の確認として調べて
いたんじゃなかったっけ?

220一言居士:2019/03/20(水) 08:46:06
いや、これはTs.Markerさんが、Sox21はTS特異テクマーカーであるという遠藤論文の主張をそのまま信じて
逆に、STAP細胞からSox21を見つけたという経緯だ。
>>
Stap no Sox21 hatugen kakunin。
2017/5/11(木) 午後 2:29 [ Ts.Marker ] 返信する
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞(STAP-SCやFI-SCではなく)ですよね? ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか?
2017/7/6(木) 午前 8:46 [ L ] 返信する

221閲覧者:2019/03/20(水) 08:59:29
SOX21とTS特異的マーカーで検索して出てこないのが不思議だよね。出てくるのは
Sox2なんだよね。ESとTSの両方で働くという丹羽さんの研究だね。

222閲覧者:2019/03/20(水) 09:02:36
遠藤さんの勘違いなんじゃないかと疑ってるけどね。
Ts.Markerさんも、和モガさんも、L氏も結局Sox21がTSマーカーだという
遠藤論文をいう鵜呑みの根拠にしているだけだ。

223閲覧者:2019/03/20(水) 09:06:37
あれ一言居士さん、僕の名前で書き込まないでね。それに

遠藤論文をいう鵜呑みの根拠→遠藤論文を鵜呑みの根拠

だね。

224一言居士:2019/03/20(水) 09:11:00
このネイチャー論文はそもそも小保方さんの酸浴細胞からキメラができたから、
小保方さんの酸浴細胞は新種の多能性細胞だと主張しているだけなんだけど、
そんなものからキメラができるはずがない、ESのコンタミでしょと疑われたんだね。
その疑いを否定するために遺伝子解析結果をつけているんだけど、そんなことする
必要は全くないんで、何度でもキメラを作って見せたらいいだけなんだよな。

225閲覧者:2019/03/20(水) 09:16:20
小保方さんはキメラができる前は自分の発見した細胞は未熟な幹細胞らしいと
考えていたんだよな。だからいろいろと遺伝子解析して調べていた。彼女は
試験管内三胚葉分化を確認し、ヴァカンティ足場を使ってのテラトーマ形成の
確認まではしている。これが既存の幹細胞の類なのか、新種の知られていない
幹細胞なのか、あるいは刺激でできてきている細胞なのかを遺伝子発現解析で
ESと比較して何かわからないかと調べていたんでしょ。でも、キメラはできた。

226一言居士:2019/03/20(水) 09:19:01
そうなんだよ。未熟な幹細胞ではないということはキメラ形成で完全証明された。
理研でのネイチャー論文の骨子はそれだ。人が信じないのなら何度でもキメラを
作って見せればいいだけだ。遺伝子解析なんて証明のためには不要なものだ。

227小野小町:2019/03/20(水) 09:21:39
でも、だれにも再現できない。丹羽さんと小保方さんすらキメラ形成に成功しなかった。
するとキメラを作ったのは若山さんなんだから、若山さんが再現して見せる番よね。

228在原業平:2019/03/20(水) 09:26:10
ところが、彼は多忙を理由に再現実験に参加しなかった。ここでできなかったら
ESコンタミか、さもなければ若山さんが何かしたかが問題になる。彼は理研の調査主導で
そういう問題になることを恐れたから参加しなかったのだと思われても仕方がないだろうね。
他方で太田ESを理研の調査チームに渡したのは若山さんだ。彼は容疑者だ。理研は
太田さんの試料を京都大学に依頼して保全しないといけなかった立場だよ。

229小野小町:2019/03/20(水) 09:30:57
MTAも無いような個人的な試料だったということね。作られているのかすら怪しいのよね。
太田さんの実験ノートも公表されていない。勝手に作ったとか、ノートに書かれているとか
リストにあるとか言ってるだけね。しかも、本当に作っているntESの方は論文やラベルと
中身の親の系譜が逆転しているなんて、警察や裁判所が聞いたらあきれるような
でたらめさなのよね。

230在原業平:2019/03/20(水) 09:33:53
こんなことをするから逆に足がつくんだね。無実なら何もしないでも
明らかになってくるよ。

231シャーロック・ホームズ:2019/03/20(水) 09:39:41
学さんのところでの遺伝子解析結果の検討は我々のntES論での細胞の性質の
検討材料にもなるんだね。我々の説ではキメラなんてできて当たり前だからね。
胎盤が光ったという話の意味を深めていくことになるな。

232ドクター・ワトソン:2019/03/20(水) 09:53:03
①若山さんは小保方さんが発生学を勉強するように仕向ける実験をしている可能性。
②小保方さんは原始内胚葉(primitive endoderm)由来胎盤組織と栄養外胚葉(trophectoderm)由来胎盤貢献組織を何か混同している可能性。
③笹井さんは小保方さんの②の誤解に気づいていない可能性。
④若山さんは小保方細胞核使用ntESがただの体細胞ntESであったことにかなり後になるまで気づいていない可能性。
⑤若山さんはただ単に自分のntESの胎盤貢献能に新発見していた可能性。

いろいろと調べないとね。

233地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/21(木) 02:33:22
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

234在原業平:2019/03/21(木) 02:35:27
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

235小野小町:2019/03/21(木) 02:38:20
Ts.Markerさんからお返事よ。
>>
> あのねさん
> 一言居士さん

STAP-SC、FI-SCのSMARTer は、登録されてないです。(FI-SCもN/Aだったね)
(Letter Supplementary information)

以上のデータはブログ*ttps://blogs.yahoo.co.jp/p2_xx_p/63959573.htmlより
fastqをマッピングしたbamをダウンロードできます。

一言居士さんも、1〜2時間ガマンすればIGVで見られるようになると思いますよ。
何か新たな発見があるかも。
2019/3/20(水) 午前 9:08[ Ts.Marker ]返信する

236一言居士:2019/03/21(木) 02:47:03
返事をださないと。

>>Ts.Markerさん

私は機械音痴なのでIGVは無理です。あなたに結果とその意味を教えていただいた方が
早いです。
ど素人としてまず予備的質問を先にさせてください。

<Sox21はTS特異的マーカーである>という根拠論文に関する質問です。

237一言居士:2019/03/21(木) 02:52:07
事の発端があなたのブログとそのコメント欄だということは、この件を長く
考えてきた仲間内では知られていることですが、あのねさんは最近参加されて
いるようですので、老婆心ながら横レスして一応前提となる情報の出発点を
お知らせしました。あなたの第一声は以下でした。
>>
Stap no Sox21 hatugen kakunin。
2017/5/11(木) 午後 2:29 [ Ts.Marker ] 返信する

238一言居士:2019/03/21(木) 02:57:52
あなたの2年前のコメントは無論遠藤論文が前提になっています。公共データ登録されたデータを
解析するときに遠藤さんがFI-SCに関してSox21をTS特異的マーカーとして挙げられていたので、
あれ、Sox21なら、FI-SCだけでなくSTAP細胞にも出ているぞと指摘されたのでしたね。そして
Lさんがすかさず以下のようにレスされた。
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞(STAP-SCやFI-SCではなく)ですよね? ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか?
2017/7/6(木) 午前 8:46 [ L ] 返信する

239一言居士:2019/03/21(木) 03:21:01
あなたは客観的事実に関すること以外には口数の少ない方だということは存じ上げています。
このときあなたはただSox21ならSTAP細胞にも発現しているよとおっしゃっただけです。
でも、LさんはSox21はTS特異的マーカーであるという遠藤さんの記述を鵜呑みにしてそのまま
これはSTAP細胞の胎盤貢献能と関連していると受け取られた。だからこそ、同様にTS特異的マーカーである
Cdx2とEomesに言及されたわけです。遠藤論文のFigure2-cのリジェンドは以下です。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.

240一言居士:2019/03/21(木) 03:29:29
一方、笹井さんや丹保さんが参加して最終リヴァイズされたネイチャー論文で
TS特異的マーカーとして挙げられているのはCdx2,Eomes,Itgα7,Elf5です。
Sox21はない。和モガさんはLさんと同様に遠藤論文記述を根拠にSox21はTS特異的
マーカーであると認識されて、かつ、Ts.Markerさんが示されたIGV結果としても
Sox21がTSには発現しているがESには弱くしか発現していないという補強情報を得て、
これはSTAP細胞の胎盤寄与能の傍証であるとされた。

241一言居士:2019/03/21(木) 03:33:09
私はど素人ですのでウィキでSox21に関して検索するのですが、以下のようなものしか
ヒットさせられません。
>>
脱毛の原因にかかわる遺伝子・転写因子Sox21
脱毛の原因遺伝子を、国立遺伝学研究所の相賀裕美子教授のグループが中心となり、慶應義塾大学の岡野栄之教授らのグループの共同研究で発見しました。これは遺伝子が発現するためのスイッチの役割をする転写因子(Sox21)を働かなくさせた(ノックアウトした)マウスの解析によって明らかになりました。

242一言居士:2019/03/21(木) 03:37:24
そこで私の予備的質問は以下です。

Sox21がTSC-specific genesであると一般に認知されている論文なり報告なりをご紹介いただけませんか。

以上です。

243小野小町:2019/03/21(木) 03:39:53
いいでしょ。貼り付けてらっしゃいよ。でも連番を入れないと学さんが識別が大変みたいよ。

244一言居士:2019/03/21(木) 04:20:01
貼り付けてきたよ。最後にレター論文のヒートマップ解析の議論につながることを
期待すると伝えてきた。これは学さんも関心のあるところのはずだよな。

245地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/22(金) 05:29:00
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

246在原業平:2019/03/22(金) 05:29:56
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

247小野小町:2019/03/22(金) 05:47:11
Ts.Markerさんからお返事よ。学さんが場を提供してくださったわ。

248在原業平:2019/03/22(金) 05:48:23
これだね。
>>

> 一言居士さん
Sox21について当時あまり情報がなかったが、最近は結構引っ掛かる。

"Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation"

"Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation"

"A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence"
2019/3/21(木) 午後 0:20[ Ts.Marker ]返信する

249一言居士:2019/03/22(金) 06:03:42
整理しとこうかな。まず、

(小保方論文 Published online 29-Jan-14)
Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency
Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency
(遠藤論文 published online: 21 SEP 2014)
Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency
(Moretto Zita M 論文 Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
(Georg Kuales 論文 Published online 2015 Dec 14. )
A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence

250閲覧者:2019/03/22(金) 06:09:32
遠藤さんは後発の論文は読んでいないんだから、Sox21がTSC-specific genesで
あるといったのは遠藤さんが初めてなのかな。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.

251一言居士:2019/03/22(金) 06:25:50
そこが謎なんだね。笹井さんも、丹羽さんも、小保方さんにSox21も調べて
おくようにとは言ってない。小保方さんがTS特異的マーカーだとしているのは以下だ。
>>
Cdx2
Eomes
Itga7
Elf5

252小野小町:2019/03/22(金) 06:29:18
ところがヒートマップのTS細胞にはこの4つは素人目では見当たらない。別名があるのか。

253在原業平:2019/03/22(金) 06:31:48
分かりにくいね。タイトルは以下だね。
>>
3. Extended Data Figure 3: Transcriptome analyses of STAP cells shown by heat maps. (494 KB)

拡張データ図3:ヒートマップ<翻訳機訳注:個々の値のデータ行列を色として表現した可視化グラフ>によって示されるSTAP細胞のトランスクリプトーム<翻訳機訳注:特定の状況下において細胞中に存在する全てのmRNA(ないしは一次転写産物、 transcripts)の総体を指す呼称>解析。 (494 KB)

254小野小町:2019/03/22(金) 06:39:32
なるほど。STAP細胞が基軸なのね。薄い黄色は0から2の間の発現で0ではないのね。
STAP細胞に発現しているmRNAの指示しているすべてのたんぱく質がまず網羅されていて、
対して同じたんぱく質がCD45+,ES,STAP-SC,FI-SCにどれだけ発現しているかということね。
STAP細胞にCdx2,Eomes,Itga7,Elf5が発現してなかったら、ここには項目として上がらないのね。

255ペリー・メイスン:2019/03/22(金) 06:51:42
メモリはAbsolute expression values are scaled by log2. とあるが、このlog2は
エクセル関数のlog2で2を底とする対数のようだね。だから1は1、2は4、3は9だと思うと
リニアな把握に翻訳できるね。

256在原業平:2019/03/22(金) 06:55:07
小町ちゃんの言ってるのはExtended Data Figure 3-aだね。bはCD45+が基準で、
cは造血系統発生に関与する代表的遺伝子に対する比較だね。

257小野小町:2019/03/22(金) 07:09:00
そうね。ただし、STAP細胞は胎盤寄与するという意味ではCdx2,Eomes,Itga7,Elf5の
何か一つくらいは発現していておかしくないのよね。Figure 4-b では見えてるのに。

258ペリー・メイスン:2019/03/22(金) 07:12:00
まあ、なんというか論理が雑駁というのと生もののデータは何度もやり直していると
どうにでも取れちゃうということがありそうだね。つまり、生物現象って厳密にいうと
繰り返しは無いんだよな。何しろすべての生物は死に向かっているんだからね。
繰り返しがあるなら死ねないわな。

259ドクター・ワトソン:2019/03/22(金) 07:15:15
対話の糸口を作らないといけないんだけどな。どこから入るかな。
そもそも論から入ると本題に到達するのにとんでもなく時間がかかりそうだね。

260シャーロック・ホームズ:2019/03/22(金) 07:19:56
まあ、生物現象に繰り返しは無いというそもそも論はわきに置いといても、
遺伝子解析のそもそも論は最初にやっとかないと議論は深まらないだろうな。
まず多能性細胞であるということが証明されてのちに、そのメカニズムを知るために
遺伝子解析をしているというところだね。これを押さえないと、多能性細胞で
あるのかどうかが分かってない細胞の遺伝子解析の意味するところに気づけないで、
誤解が生じそうだな。

261ドクター・ワトソン:2019/03/22(金) 07:24:25
とりあえずは遠藤さんはどうしてSOx21なんて言い出したのかという問題を
提起しているんだから、そこの問題から入るしかないよ。

262一言居士:2019/03/22(金) 07:27:04
いいだろう。では原稿作りだ。
>>
学さん

議論の場をしつらえて下さって有難うございます。
>>
Ts.Markerさん

論文のご紹介有難うございます。

263小野小町:2019/03/22(金) 07:27:47
なるほど。で?

264一言居士:2019/03/22(金) 07:30:22
論文発表の時系列順序は以下です。

(小保方論文 Published online 29-Jan-14)
Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency
Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency
(遠藤論文 published online: 21 SEP 2014)
Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency
(Moretto Zita M 論文 Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
(Georg Kuales 論文 Published online 2015 Dec 14. )
A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence

265一言居士:2019/03/22(金) 07:38:10
上記で明らかですが、「Sox21について当時あまり情報がなかった」と当初から
お気づきであったように、笹井さんや丹羽さんが小保方さんの論文のリヴァイズを
命じられていた2013年以前にお二人がTS特異的マーカーとしてSox21も使うよう
アドヴァイスしたということもなかったようです。遠藤さんがなぜここで突然
Sox21はTS特異的マーカーだとしたのかの理由は二つしか考えられません。
①この時点ですでにSox21がTS特異的マーカーであるという論文があったから。
②自分で公共データ登録されているでーたを解析した時にTS細胞分にSox21発現があったから。

266一言居士:2019/03/22(金) 07:39:11
でーた→データ

267一言居士:2019/03/22(金) 07:54:43
①に関して私の知りたかったのは2013年以前の論文です。少なくとも遠藤論文の出た
2014/9/21以前の論文です。私は当時から見つけられなかった。あなたもその経験がおありですね。
それが、「Sox21について当時あまり情報がなかった」という言葉になっているのだと思います。
私はこの世界では全くのど素人です。私が見つけられない以上にあなたに見つけられなかったことは
もっと重い情報ですよね。
②に関してはあなたの解析した<otameshi Sox21>の中にど素人でもわかるくらいはっきり出ていますね。
SRR1171590の分です。桂報告によるとF1のCAG-GFP分で若山さんの作った分のようですね。ChIPSeqの三つは
丹羽さんの提供したCD1背景のTSです。

268一言居士:2019/03/22(金) 07:58:51
はっきりとはしませんが、無論遠藤さんはあなたより先にSRR1171590を解析しています。
その時に自分でSoc21が顕著に出ているのに気づいて、勝手にTS特異的遺伝子であると
思い込んだのではないかと疑義しています。そして結果後の論文にあるようにそれが
今他社の関心を呼んで調べられているのだということではないかと。

269一言居士:2019/03/22(金) 08:00:56
Soc21→Sox21
他社→他者

270一言居士:2019/03/22(金) 08:10:35
もし②だとしたら遠藤論文というのはどう評価したらいいのでしょうかね。学さんに
アップされていただいているようにヒートマップでは沢山のmRNAが発現していて、無論
すべてがそれぞれの多能性細胞特異的マーカーであるということではありませんよね。
例えばES細胞ならOct3/4は必ず発現していて、それがどういう働きをしているかを
調べられてある程度分かっているのがES特異的マーカージーンですね。逆にどんな細胞でも
Oct3/4が発現していたら多能性幹細胞かというと逆は真ではない。当然ですね。ただ、
新種の細胞でOct3/4が発現するようだったら、ひょっとしたら多能性細胞ではないかと
考えて、最終的にはキメラができて初めて多能性細胞だと認められる。そして
そこからこの細胞ではOct3/4がどのような働きをしているのかを探求していくことになる。
ESと同じ働きなのか否かというような研究ですね。

271一言居士:2019/03/22(金) 08:14:21
もし、②が原因で遠藤さんが

(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.


とそれているのなら、問題でしょうね。こういう書き方をするときは既に
学会で共通に認められたことを基準にしなければなりませんよね。①であることを
願いますけどね。けがの功名で結果的にそうであることになっても、何の自慢にも
なりませんね。

272一言居士:2019/03/22(金) 08:15:55
それて→されて

273一言居士:2019/03/22(金) 08:23:21
ヒートマップの結果も私にはチンプンカンプンなんですけど、根本に同じ問題が
あるのではないかと疑義しています。つまり、たくさんデータを並べているんだけども
何も言えてないのではないか、あるいはデータ自体が生ものということもあるのか、
その時々でちがう結果が出ていて、論旨に都合よく塩梅されているのではないかという
疑問です。
私はntES論です。根本的にキメラは酸浴細胞をntES化されてできた結果で、小保方さん、
笹井さん、丹羽さんはキメラはSTAP細胞からスタンダードな方法でできたと思い込んで
いることがすべての遠因だと思っています。とりあえず以上です。ここまでのところを
御批判いただきたい。

274オウ、イェイ。:2019/03/22(金) 17:15:16
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

275在原業平:2019/03/22(金) 17:16:52
小町ちゃん、ジンライムね。50上釣ったぜ。

276小野小町:2019/03/22(金) 17:19:04
あら、おめでとう。冬から準備した甲斐があったわね。何センチだったの?

277在原業平:2019/03/22(金) 17:27:56
51.0センチジャスト。腹パンの雌、竿、14尺、朱紋峰嵐馬、ライン、1.2、
リーダー、0.8の41センチと50センチ、針、改良ヤラズ7号、餌、バラケは
マッシュと藻べら、クワセはグルテンαとイモグルと綿グルのミックス。
床は2本程度、棚は上針トントンより少し緩めたところ。
で、ドンと、へへへ。

278在原業平:2019/03/22(金) 18:23:43
今、写真を拡大してよく見たら51.2センチだった。へへへ。前回は51.5だ。
2枚目。満足。うへへへへ。

279小野小町:2019/03/22(金) 18:26:31
グルテン餌の開発者、料理人の土井勝さんが40上100枚目標だった時代とは
違うのね。魚も大きくなってるし。

280在原業平:2019/03/22(金) 18:29:36
まあ、そうなんだけど、価値を下げないでよ。うへへへへ。ただうれしいだけ。
うひひひひ。だからと言ってそんなに簡単には釣れないんだぜ。くふふふふ。

281小野小町:2019/03/22(金) 18:32:04
学さんのとこで議論発展してるんだけど今日はダメそうね。

282在原業平:2019/03/22(金) 18:35:13
今日はダメだ。ふふふ。正月に御神籤大吉だったからなあ。わははははは。
運だよ。運。今年は運がいいんだ。僕、もう一枚釣りそうな予感。てへへへへ。

283小野小町:2019/03/22(金) 18:40:22
ま、いっかあ。

youtube.com/watch?v=lBLkyp_YLHI

284今日は、ということで。:2019/03/22(金) 18:41:42
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

285地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/23(土) 07:04:07
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

286在原業平:2019/03/23(土) 07:05:05
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

287小野小町:2019/03/23(土) 07:07:16
お気に入りはガンバレが止まっちゃってるのと、Ooboeさんたちが休んでいるのが気になるわね。
何か行動を起こされてるんじゃないかな。学さんのところは昨日のままね。

288在原業平:2019/03/23(土) 07:09:00
まずはL氏の書き込みから行こうかな。
>>
一言居士さんが、私の昔のコメントを引っ張り出してきてくれたようですが、私の真意と異なる解釈になっています。学さんのコメント欄でも、関連したコメントをした記憶があるのですが、どこに書いたか思い出せないので、再度コメントしておきます。

私個人のスタンスとしては、SOX21がTS特異的マーカーとは考えていません。Ts. Markerさんも挙げているJBC論文では、ES細胞でもTSの半分弱くらいSOX21を発現(タンパクではなくmRNAレベル)しており、SOX21遺伝子を発現するES細胞が存在する事は確かなようです。
2019/3/22(金) 午前 7:59[ L ]返信する

289一言居士:2019/03/23(土) 07:19:14
僕の書き込み以前に書き込まれていたね。JBC論文というのは
(Moretto Zita M 論文 Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
のことなんで僕の指摘していね時系列的には遠藤論文の根拠にはなってないよね。
現在Sox21がどう考えられているかは今問題にしていない。
ただ、L氏は当初から「SOX21がTS特異的マーカーとは考えていません。」ということだったのかな。

290閲覧者:2019/03/23(土) 07:26:55
ではなぜCdx2とEomesに触れたのかね。何がすごい解析であったことになるのかな。
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞(STAP-SCやFI-SCではなく)ですよね? ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか?
2017/7/6(木) 午前 8:46[ L ]返信する

291一言居士:2019/03/23(土) 07:33:58
我々は以前からL氏をスピン屋さんだと疑ってるからね。彼がどういう意見の変遷を
経ているのかは今はどうでもいいよ。
和モガさんはTs.Markerさんの結果を見てSTAP細胞の胎盤貢献能を信じて、STAP細胞は
論文通りにあるという確信を得られたんで、L氏はそうは思ってなかったということで
構わないよ。L氏は関係ないということだ。ならばこれは遠藤氏がSox21をTS特異的遺伝子であると
言ったことが和モガ氏の確信を生んだということで、では遠藤氏の根拠は
どこにあったのかということになる。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.

292在原業平:2019/03/23(土) 07:37:21
はい、続きだよ。こういうところがスピン行為と疑われるところだね。我々は遠藤論文に関して根拠論文を問うている。
>>
4細胞期の胚でSOX21発現が低い細胞では、CDX2の発現が上昇し、結果として胚外組織に分化していくとの報告があります。逆に、4細胞期にSOX21発現が上昇している細胞ではCDX2の発現が抑制され、胚内(ICM)への分化傾向を示すと考えられます。これをそのままES/TSに当てはめると、4細胞期にSOX21を高発現している細胞を培養するとES細胞になり、低発現細胞を培養するとTS細胞になる、というストーリーの方が想定しやすく、TS細胞においてSOX21が高発現している事の方が、発生学的には不思議な気がします。

若山研では2-8細胞期の胚からES細胞を樹立する方法も報告されており、この場合には胚におけるSOX21発現を反映したES細胞ができるかもしれません。STAPで使われたES、例えばGOF-ESなどは、この方法で樹立された可能性があり、このラインでSOX21の発現がどうなっているかわかると、理解が進むと思います。STAP関連で公開されているRNAseqデータに、GOF-ESと思われるサンプルはありますか?
2019/3/22(金) 午前 8:00[ L ]返信する

293一言居士:2019/03/23(土) 07:44:28
これは今の知見でしょ。遠藤さんがthe TSC-specific genes Elf5 and Sox21と
書いた時点の根拠論文を問うている。L氏は別の話をしている。スピンをかけているね。
若山研での初期胚からのES樹立もSox21とは無関係で、自分が勝手に推測しているだけだね。
桂報告書の定義しているGOF-ESは学生の作ったntESだぜ。スピンにしてはあまりに曲がりすぎてて
頓珍漢というのではないかな。

294小野小町:2019/03/23(土) 07:50:06
その件に関しては学さんが一番まともにお答えかしらね。おっしゃることが
正しいか否かは別として答えにスピンはかかってないわね。
>>
> 一言居士さん
>こういう書き方をするときは既に学会で共通に認められたことを基準にしなければなりませんよね

専門家ではない学とみ子のリプライで申し訳ないです。

専門知識においては、論文で書かれる前に関係者の間ではすでに既知となっていることもあると思います。
もちろん、論文では引用が大事ですが、それ以外に関係者の情報交換内容を引用できることがあると思います。

学とみ子が興味深いのは、むしろ、STAP(幹)細胞にアクロシンが入ることに、関係者たちはいつ気づいたのか?という問題です。
若山研究室では、GRASに持ち込む(一部)細胞を別名で持ち込み、細胞の性状がわからないようにしました。研究内容がいたずらに他者から暴露されないように守るためなんですかね?そうした状況で、誰がいつ、アクロシンを確定したのか?です。
2019/3/22(金) 午前 11:08返信する

295一言居士:2019/03/23(土) 07:55:26
これは学さんの間違った考えだよ。遠藤論文はSox21をTS特異的マーカーであるとして、
FI-SCを分析し、そのmRNAの上にあるSNPをトレースしてコンタミを指摘しているんだよ。
TSが混じっていると主張したんだ。根拠は周知のものでなければならない。一部の
人間だけしか正しいと思っていないことを根拠にするなんてことはない。

296閲覧者:2019/03/23(土) 08:00:06
アクロシンに関する疑問は全然経緯を御存じないようだね。これは第三者機関が解析した結果を
若山さんを経由して遠藤さんが入手し、アクロシンだと言い出したものだ。GRASへの持ち込みとは
また別件だ。どういう関係があるのか無いのかとは別で、何もかも一緒くたに論じると混乱するだけだよ。

297小野小町:2019/03/23(土) 08:01:52
最後がLさんへのTs.Markerさんのレスね。
>>

> Lさん
"Heterogeneity in Oct4 and Sox2 targets biases cell fate in 4 cell mouse embryo"

>TS細胞においてSOX21が高発現している事の方が、発生学的には不思議な気がします。
そ〜なんですよね。
trophoblast stem cell になるまでにSox21がFGF4などの影響で増えてくる?

>GOF-ESと思われるサンプルはありますか?

残念ながらB6はCD45+と例のFI-SC。まあ、このFI-SCがGOF-ESと疑われているんですが。
2019/3/22(金) 午後 3:12[ Ts.Marker ]返信する

298在原業平:2019/03/23(土) 08:08:26
新しい論文紹介だね。追加しておこう。L氏のスピン書き込みの根拠論文を
自分も読んでるという紹介でもあるんだね。
>>
(MubeenGoolam論文 24 March 2016)
Heterogeneity in Oct4 and Sox2 Targets Biases Cell Fate in 4-Cell Mouse Embryos

299在原業平:2019/03/23(土) 08:11:26
<まあ、このFI-SCがGOF-ESと疑われているんですが。>のところは私たちは
GLSだと思ってるのよね。そしてGLSは若山さんが作ったGOF由来の小保方細胞核使用ntESで
学生の作ったといわれているntESであるGOF-ESなるものは中身を若山さんが
GLSに入れ替えたものね。

300在原業平:2019/03/23(土) 08:18:15
あれ、小町ちゃん。僕の名前で書き込んでるぜ。L氏の話はSox21と初期胚からのES作成の関係だったのに
いつのまにか受精卵ESとntESとがごっちゃ混ぜになってる。こういう風にスピンをかけるんだね。
まあ、我々にとってはただの非論理で、うざいと感じるだけだけどね。ごまかされる人たちもいると信じて
やってるのが、ま、いわゆるスピン屋と呼ばれている業界の二流どころの
アルバイターたちだね。

301小野小町:2019/03/23(土) 08:24:01
Ts.Markerさんもスピンに引っかかっているの?

302在原業平:2019/03/23(土) 08:25:17
彼の固定トゥイートは以下だ。
>>
Coexpression of ES and TS markers can be seen in registered data of FI-SC Chip-seq which was regarded as ES.

How can we explain this fact?

303小野小町:2019/03/23(土) 08:31:37
彼のやつぱりねの中にSox21はないわよね。

304在原業平:2019/03/23(土) 08:38:23
567,568,569の中のとりわけ568のFI-SCは明確に出ていて、これがTs.Markerさんの
結論なんだね。このときのTS特異的マーカーは論文と同じCdx2,Eomes,Itgα7だ。
Sox21はない。

305一言居士:2019/03/23(土) 09:23:17
さて、返事と今後の検討の方向を示さないといけないね。
>>
>>Lさん
あなたのコメント引用に関して私の誤解があったようでお詫びします。
Soc21に関してあなたはTS特異的マーカーであるとは思われていないという点了解しました。
私が問題にしているのは遠藤論文でSox21をTS特異的マーカーとして分析の論拠にしている点です。

>>学さん
遠藤論文は、彼の調べたFI-SCが登録上B6/129とされているのに、ES特異的マーカーに関してはB6のSNPsしかなく、
TS特異的マーカーに関してはB6が多いが違うものが少し入っていると主張しています。
そのTS特異的マーカーとしてElf5とともにSoc21が選ばれているんです。そしてTSが混じっていると結論し、
かつ、そのTSは丹羽さんが提供したCD1マウス系統のTSだと主張しているんです。根拠は周知のもので
なければならない。一部の人間だけしか正しいと思っていないことを根拠にするなんてことはあっては
なりませんよね。

306一言居士:2019/03/23(土) 09:24:46
Soc21→Sox21

307一言居士:2019/03/23(土) 09:31:09
>>学さん

アクロシンの件は、2014年になった事件後、第三者機関の分析結果を、遠藤さんが、
若山さんを経由して、入手し、アクロシンだと言い出したものです。
2012年時の研究中のGRASへの試料持ち込み経緯とはまた別件です。これから検討します。

308一言居士:2019/03/23(土) 09:38:54
>>Ts.Markerさん

あなたの固定トゥイートは以下です。
>>
Coexpression of ES and TS markers can be seen in registered data of FI-SC Chip-seq which was regarded as ES.
How can we explain this fact?

そして<やっぱりね>のTS特異的マーカーはCdx2,Eomes,Itgα7でSox21はありませんね。
加えて解析されているFI-SCは567,568,569で、桂調査でアクロシン入りと分かっています。
対して、遠藤さんが分析したFI-SCは565ね566です。無論あなたも解析されている。
これらは桂報告がB6+1割のCD1と結論しています。

309一言居士:2019/03/23(土) 09:40:58
565ね566→565,566

310一言居士:2019/03/23(土) 09:46:33
そて、私の質問は以下でした。
①遠藤論文が出る以前にSox21がTS特異的マーカーであるとする論文があるか。
②遠藤氏は分析時にどうしてTS特異的マーカーとして常識的な小保方論文にある
ようなCdx2,Eomes,Itgα7,Elf5という中から二つを選ばなかったか。どうしてそこに
一般的でないSox21を入れたのか。

311一言居士:2019/03/23(土) 09:58:25
現在の知見でSox21がどういう働きをしているのかという科学的興味には今は
入らないようにしましょう。桂報告書がGOF-ESと呼んでいるのは学生である糸井さんか、
京極さんが作ったとされているntESのことです。無論李さんは当時博士研究員で彼の
細胞ではありませんね。小保方さんはコントロールとして研究用に一皿もらっていて、
これは中身はともかくとして木星リストの中にラベル書きされたチューブがあります。
この核移植ESの話と、最近のSox21の研究と、若山研での8細胞期以前の受精卵ES細胞研究の
話を時系列無視でつなぎ合わせて何か考えても事件解明目的としては意味がありませんから、
この話も今はやらないようにしましょう。

312一言居士:2019/03/23(土) 10:18:29
学さんが学さんらしく直感で先走られているように、アクロシンが入っていると
言い出したのは若山さん言い出しっぺ第三者機関解析データ経由の遠藤さんです。
そして遠藤さんが565,566にコンタミがあると言ったんです。そしてTS特異的マーカーが
あるから、TSのコンタミだと言ったんです。桂チームはTSのコンタミだとは
言ってなくて、別の細胞でCD1である可能性が高いものが1割程度と言ってる。
ここはExtended Data Figure 5-eにあるBFPとGFP共挿入ESの提供元が丹羽研であると
マウス背景がCD1である可能性が出で来るところです。この実験はGOF由来FI-SCに
10%の共挿入ESを混ぜている。

313一言居士:2019/03/23(土) 10:20:22
TSの混入を言い出したのは遠藤さんです。その根拠にSox21が使われている。
ESであった可能性を先回りしてつぶしていることになりますね。
以上です。ここまでのところの御批判をいただきたい。

314小野小町:2019/03/23(土) 10:21:03
いいでしょ。貼ってらっしゃいな。

315一言居士:2019/03/23(土) 19:45:51
イェィ。

316小野小町:2019/03/23(土) 19:46:32
あなた、貼ってないでしょ。

317在原業平:2019/03/23(土) 19:48:31
小町ちゃん。昨日50上釣っちゃったもんで阿久悠たちがいろいろとうるさいんだよ。
忙しくていけないや。でも、その間、盛り上がってるからいいじゃないか。しばらく聞いてよう。

318小野小町:2019/03/23(土) 21:29:33
なんか、支離滅裂してるだけね。間違いも多いわね。あのねさんって
岡部マウスの経緯も知らなそうね。

319在原業平:2019/03/23(土) 22:08:17
何が問題なのかがわかってないんだね。

320一言居士:2019/03/23(土) 22:09:23
僕が朝、問題意識を貼り付けてこなかったからだな。

321小野小町:2019/03/23(土) 22:10:55
そうよ。50上なんて釣るからそうなっちゃうんだわ。
学さんもあちこちに書き込み場所を分散して取り止めないわね。

322一言居士:2019/03/23(土) 22:50:52
とりあえず朝の分を遅まきながら貼ってきたよ。これで本題が遠藤論文の是非だと
分かるでしょ。

323地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/24(日) 06:14:13
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

324在原業平:2019/03/24(日) 06:15:02
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

325小野小町:2019/03/24(日) 06:17:17
お気に入りは学さんのところだけよ。なんだか、あちこちに分散して集中しないけど、
そもそも参考になる意見が聞けそうなの?

326一言居士:2019/03/24(日) 06:20:45
なんだか一研究者ブログに参加した時みたいに頼りない結果になりそうだね。
部分解しか持ってない人たちばかり見たいに思えるね。何も新しい知見がない。
でもTs.Maekerさんは論文を紹介してくれているからね。何も得るものが
無いということもない。

327閲覧者:2019/03/24(日) 06:22:41
今までの検討の繰り返しになりそうだけど、ひとつづつチェックしたらどうだい。
<TSさんの解析をみんなでわかって行こう。>が最新記事だね。

328一言居士:2019/03/24(日) 06:41:29
学さんが勝手に記事を加えていくからね。あれはTs.Markerさんがトゥイッターに
書いていることだ。あそこにこちらの要望を書いて置こう。
>>
>>Ts.Markerさん

私はIGVの見方がわかりません。濃く出ていれば発現が多い、薄いのは少ないという
素人感覚で〇X△と認識して分類しています。要望です。まず、今回のHH,H,X,N/A,L,LLの
意味を解説してください。次に、Tru-seq, SMARTer, ChIP-seqの区別を教えてください。
特に前者二つはどちらもRNASeqと書かれていて、どう違うのかがわかりません。たぶん、
どちらかが2012年8月の分析で、他方が2013年1月以降の分析でくわえられたのかとも推測しますが
分かりません。それから細胞種はES,STAP,STAP-SC,FI-SC,TSと分類されていますが、あなたの
分析したライン別に記載されてください。

329一言居士:2019/03/24(日) 06:57:31
このデータはあなたしかお持ちでない(アルイミオウジ氏のところにもありますが)。
我々はあなたのブログに出ているものだけしか把握していません。現在どれだけ
分析が進んでいるのかは存じませんが、新しく加えられているデータがあったらそれも
更新していただければ有難いです。我々が今持っているデータは、
Tru-seq=ES560,STAP580,STAP-SC585,FI-SC565,TS590,EpiSC568CD45+556
SMARTer=ES574,STAP578(Bowti2,Tophat2)
SMARTer<otamesi>=STAP581(Sox21のみ)
ChIP-seq=ES563,STAP583,STAP-SC588,FI-SC568,TS593
ChIP-seq<やっぱりね>=FI-SC567,FI-SC568,FI-SC569
です。番号は560→SRR1171560の意味です。

330一言居士:2019/03/24(日) 07:07:23
ご承知の通り、このデータの整理はいつ誰がどういう経緯で登録したのかも
わかっていません。例えばF1の細胞はすべてがC57BL/6x129/Svと記載されているんですが
中身が違っている。TSもすべてCD1と書かれていて丹羽研提供は桂報告書で
分かっていますが、遠藤さんが分析した590,591は若山さんの作ったF1のTSのようです。
この公共データ登録は小保方さんが一旦理研を経由して登録していて人の手が
介入しているようでもあります。ライン別にちゃんと識別されていなければならない理由です。
以上要望でした。

331小野小町:2019/03/24(日) 07:29:51
とりあえず貼り付けてらっしゃいよ。

332一言居士:2019/03/24(日) 07:30:40
少し変えたけど貼ってきたよ。

333閲覧者:2019/03/24(日) 07:31:47
次は丹羽論文の記事に対してだね。

334一言居士:2019/03/24(日) 07:33:14
かなりの誤解があるね。特に〜10は10の3乗なんだけどアルイミオウジ氏と同じく
気づいてないね。

335閲覧者:2019/03/24(日) 07:35:44
あそこは誤解されたままだとチンプンカンプンで、逆に丹羽論文の問題点が
隠されてしまうだろうね。

336一言居士:2019/03/24(日) 07:46:49
>>学さん

アルイミオウジ氏も気づかれていなかったですが、〜10は肩の小さい3が脱落しているんです。
10の三乗です。つまり〜1000で、スフィア塊は最大1000個程度の細胞で構成されているという意味です。
このことはスフィア塊の写真を見ればわかる通りで10個以下なんてことはあり得ませんし、
ティシュー論文以来細胞塊は約1000個の細胞でできていると書き継がれていることでもあります。
誤植の類なんですけど、あの分析に丹羽さんが10個のESを基準にしていることでなんとなく曖昧に
気づかずに読み過ごされていることが多いようです。

337一言居士:2019/03/24(日) 08:12:53
(図3b)は約1000個の細胞で構成されているスフィア塊を10個のES細胞のマーカー遺伝子
発現量と比較したものが19例並べてあるグラフです。メモリは対数表示で、Oct4に関して言えば
0.1のライン以上が4例あるということです。10個のESの発現量との比較ですから、0.1の近辺では
1個分が発現しているということです。1000個の中の1個です。しかも比較的発現のある19例を
並べてあるんですから、何もない事例もあるということです。1000個の19例だと19000ですが、
スフィア塊は20から30個程度形成されたと書かれています。で、結果的に最大30スフィアの20%つまり
最大6個のスフィアのそれぞれに1個か2個の内在性Oct4遺伝子発現があった。つまり最大12個あった
という結論なんです。それは最初の50万個の細胞に対しては0.0012–0.0024%であるということですね。

338一言居士:2019/03/24(日) 08:20:56
これでもティシュー論文では試験管内三胚葉分化も足場付きテラトーマならできているわけです。
それは大量に入れた細胞の中の一個でも多能性細胞であれば分化するからですね。これが今でも
ヴァカンティが特許申請継続している理由です。
でも、相沢さんと丹羽さんの検証目的は理研の名前で出しているネイチャー論文の骨子通りに
特許も申請していますから、キメラが再現できるか否かだけが検証の目的で、
理研の予算を使って行っているのですから、ティシュー時の細胞が何であったかなどという
検証はやれません。目的が違うということです。結果は、再現できないから特許申請は
取り下げるというものです。

339一言居士:2019/03/24(日) 08:31:59
そこの理解に関して一致できれば、今度は丹羽論文の曖昧さに関しても指摘できることに
なると思います。ES10個分の発現量と比較して0.1は1個分ですけど、これは一個だとは
言えませんよね。1/100が10個集まったら1/10です。1/1000が100個集まっても1/10です。
とても微量な発現がたくさんあるという可能性を否定できていませんね。(図4a)に2個の
スフィア塊の中で11個の個別細胞が免染で黄色く着色されているのが見えます。結論には
6個のスフィア塊の中に1から2個だったはずですね。これは1から2個分の発現と読み替え
ないといけないんでしょうね。
>>However, the frequency was very low; 5 × 105 liver cells yielded only ~30 cell aggregates, in which about 20% of the cell aggregates contained 1–2 Oct3/4 positive cells, indicating a frequency per seeded liver cell of 0.0012–0.0024%.

340一言居士:2019/03/24(日) 08:35:00
発現→発現量

341一言居士:2019/03/24(日) 08:48:10
このことはGFPの蛍光に関しても言えるかもしれません。Ooboeさんのパートナー氏は
予備的再現実験時の小保方さんの作った自家蛍光ではない沢山の蛍光細胞の出現写真を
ガンバレブログにアップされています。亜致死酸浴下条件でOct4-GFPが内在性Oct4遺伝子発現に
正確に比例して発現するのか否かはわかっていません。こんな実験をしたのは
小保方さんが初めてだからです。丹羽さんも1割程度の漏れ出しという現象を発見しています。
分かってないことが多いですけど、前述した通り理研の検証実験は特許申請維持の可否検証が
目的ですので多くを要求することはできませんね。事件は複雑なので、多面的に検討していく
しかないと思っています。以上です。

342小野小町:2019/03/24(日) 08:48:54
ま、その程度でいいでしょ。貼ってらっしゃいな。

343一言居士:2019/03/24(日) 09:14:11
貼ってきたよ。

344閲覧者:2019/03/24(日) 09:14:55
じゃ、最後はヒートマップだね。

345デラ・ストリート:2019/03/24(日) 09:19:14
これね。
>>
一言居士さん、
一般人の理解では、難しく考えすぎない方が良いと思います。論文というのは、専門家以外の人でも興味を持ってくれることを目指します。科学は皆のものです。

研究者のなかには、⚪️さんのように、足元がら一般人を侮辱するタイプの人がいますが、この戦法にめげないようにしましょう。

記事で示したメッセンジャーRNA図の色つき状態を見れば、ESとSTAPの相違は明らかです。

この時期の小保方氏は、STAP細胞は用意できただけかな?と思います。幹細胞実験には小保方氏は参加しておらず、若山氏から譲られた細胞しか持ち合わせていないのではないか?と想像します。

GRASから再度、サンプル提出を要請されても、小保方氏に混乱があり、しかるべきサンプルを用意できなかたのではないでしょうか?
2019/3/22(金) 午前 8:51返信する

346一言居士:2019/03/24(日) 09:29:37
>>学さん

>この時期の小保方氏は、STAP細胞は用意できただけかな?と思います。幹細胞実験には小保方氏は参加しておらず、若山氏から譲られた細胞しか持ち合わせていないのではないか?と想像します。


大まかにそういうことだと思います。ただし、STAP細胞を作らされているということは
その都度どんなマウスを渡されているかはわかっています。GRASへの解析依頼に関しては
基本長である若山さんの依頼認可が必要ですから若山さんの指示で行っていて、この手伝いを
詳しい先輩(共著者の野老博士さんだと思います)が手伝ってくれたと手記では説明されています。
従って小保方さんが全く関与していないということはないですね。ただ、笹井研に移ってからの
分析は小保方さんが行っていて、このヒートマップは同じく共著者の門田さんの仕事ですね。
笹井さんがかわいがっていた人のようです。

347一言居士:2019/03/24(日) 09:38:06
>GRASから再度、サンプル提出を要請されても、小保方氏に混乱があり、しかるべきサンプルを用意できなかたのではないでしょうか?


GRASからの再度サンプル提出要請はないです。彼らは提出されたものを分析するだけです。
再提出しているのは笹井さんや小保方さんです。樹上図がうまく理屈どうりにならなかったからですね。
丹羽さんのCD1のTSは若山さんの作ったTSが分化していたらしいという理由で、
提供されたものです。これは報告書に書かれています。ところが遠藤さんが分析した二つのTSラインは
B6と129のF1だという結果になっている。でも登録はTSは全部CD1になっています。
Ts.Marker の分析の記事のところにも書きましたが、この登録事務時にも何か混乱が
あるようだと推測しています。というのもあまりに矛盾が多いんです。

348一言居士:2019/03/24(日) 09:40:01
Ts.Marker の→Ts.Marker さんの

349一言居士:2019/03/24(日) 09:52:36
で、肝心のヒートマップですが、まず最初のaはSTAP細胞の全RNA発現遺伝子ですね。それに対して
ESとSTAP-SCとTSとFI-SCの同じ遺伝子発現がどうかと比較されている。STAP細胞が基準ですから
このときのSTAP細胞に例えばSox21が発現していなければ、他の細胞には発現していても項目には上がりません。
そういう比較ですね。bは同様にES細胞基準です。
二つの問題があると思いますね。
①酸浴されているのはSTAP細胞だけで、GRAPDH値が他と違う。
②時々の細胞の状態によって発現RNAが変わる可能性。特にSTAP細胞はまだ確かな幹細胞であると確定していない。

350一言居士:2019/03/24(日) 09:57:43
①は相沢論文に論じられていることです。ハウスキーピング遺伝子が動いたら比較はできません。
②はキメラができたとされているから笹井さんたちが油断したんで、これがまだ
博論段階の研究だったら、こんな分析は何も言えてることになりません。でも、
キメラはできていて、STAP細胞は幹細胞だと、小保方さんは言うに及ばず、笹井さん、
丹羽さんも含めて若山さん以外の関係者全員が信じているんです。
事件は単相ではありません。以上です。

351小野小町:2019/03/24(日) 10:17:17
貼ってらっしゃいな。

352一言居士:2019/03/24(日) 10:18:08
今、作業中みたい。

353一言居士:2019/03/24(日) 17:33:38
まだ書き込めないね。それと前回分の丹羽論文に関するコメントがまだ反映されてない。

354小野小町:2019/03/24(日) 17:36:23
Lさんの返信がきてるけど、最初の投稿の[連投1]がさっきあがったばかりね。
何か変調みたいね。しばらく様子見しましょ。それより事務さんに送る原稿が
本来の私たちの検討よね。

355小野小町:2019/03/24(日) 17:37:04
事務さん→ジムさん

356閲覧者:2019/03/24(日) 17:38:57
そこまで考えてる人は少ないみたいだね。でも、人の発想は何か参考になるはずだからね。
もう少し待とう。その間、自分たちは自分たちで考えていたらいいでしょ。

357ヘーゲル:2019/03/24(日) 17:39:32
本題頼むぜ。

358カール・ヤスパース:2019/03/24(日) 17:40:17
本題、何でしたっけ?

359デラ・ストリート:2019/03/24(日) 17:47:50
酸浴細胞の問題点ね。ハウスキーピング遺伝子の不安定化の問題。Oct4遺伝子プロモーターによる
GFP発現制御設計に対する酸浴の影響。

360一言居士:2019/03/24(日) 19:46:54
なんか、あそこだけ変みたいだな。他の場所には送れた。これで全部送って
アップされていないのが2件で待ちだね。

361地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/25(月) 05:35:29
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

362在原業平:2019/03/25(月) 05:36:21
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

363小野小町:2019/03/25(月) 06:27:00
学さんが丹羽論文に関してはアップしてくれたわ。ご自分で納得してから
アップされているみたいね。もう一つはまだよ。

364在原業平:2019/03/25(月) 06:29:10
それは真摯に対応していただけるようになったという意味ではむしろありがたいね。
問題提起した甲斐があったという結果になることを望んでる。
>>

丹羽氏は、GOFマウス由来の細胞を使うと、酸浴後、自己発光してしまい、緑と赤の両方の蛍光を出すが、7日培養細胞において、mRNAが発現しているのを確認できるとしています。つまり、Oct挿入遺伝子の影響で赤も緑も蛍光が出ている(挿入遺伝子が洩れる)ものの、mRNAができている(Oct遺伝子が機能している)という意味だと思います。

GOFマウスでないマウス由来肝細胞を酸浴して得た細胞凝集塊では自家発光はせず、OctmRNAと、蛋白産生が見れています。

ただし、Oct陽性細胞の割合は、HCl酸浴肝細胞と酸浴させていない肝細胞と同程度であり、肝細胞にはそうした細胞が含まれるか、あるいは非特異的な検査結果か?とのことのようです。

つまり、ATP酸浴後幹細胞において、細胞は初期化遺伝子を働かせたということです。
2019/3/24(日) 午後 7:12返信する

365一言居士:2019/03/25(月) 06:42:38
自家蛍光はいろんなスペクトルを出すので、緑色フィルターだけで見るのではなくて
赤色フィルターでも見る。因みにライブセルイメージングでは同時に多画面を見れるんで
緑も赤も同時に確認されたら自家蛍光が混じってることだけはわかるんだよね。
このときは緑色が本当に挿入遺伝子の蛍光であるかどうかは別の手段で確認する
ことになるんだけど、人工遺伝子の存在をPCRで確認する方法や、マーカー識別しようと
している目的のmRNA自体の存在をPCRで確認する方法、そして目的のmRNAの発現結果である
タンパク質の存在を免染確認する方法とあるね。丹羽さんは無論全部確認している。

366閲覧者:2019/03/25(月) 06:53:53
自家蛍光なんて蛍光顕微鏡を見るときの初歩知識だよね。もともとこんなことを
言い出したのがノフラーと関さんだったね。これって小学生レベルの話なんでしょ。

367在原業平:2019/03/25(月) 06:56:47
若山さんの人脈さ。誰かさんのハアイ、ポールで分かるじゃないか。

368小野小町:2019/03/25(月) 06:58:04
Ts.Markerさんの質問はガン無視ね。

369一言居士:2019/03/25(月) 07:00:59
ははは、今はそういう話じゃないの。
>>
GOFマウスでないマウス由来肝細胞を酸浴して得た細胞凝集塊では自家発光はせず、OctmRNAと、蛋白産生が見れています。

ここは自家蛍光もあったかどうかは確認写真がないよね。ただ、自家蛍光の無いものを使っているということでしょ。
アルブクレマウスで幹細胞由来細胞だとはっきりわかっているものだよね。

370閲覧者:2019/03/25(月) 07:03:44
ここは学さんブログに来てよかったところだね。我々は以前Figure 4-aのGFPを
Oct4-GFPと思い違いしてたからね。よく見るとアルプクレと書いてある。

371一言居士:2019/03/25(月) 07:32:08
Figure 3はGOFマウスを使っていて、Figure4はAlb-cre/Rosa-GFP Tg miceだと書かれている。
>>
ただし、Oct陽性細胞の割合は、HCl酸浴肝細胞と酸浴させていない肝細胞と同程度であり、肝細胞にはそうした細胞が含まれるか、あるいは非特異的な検査結果か?とのことのようです。

これはGOFマウスの結果でFigure3-aのことだと思われるけど、コントロールのES細胞では
CAG-GFP遺伝子と内在性Oct4遺伝子の発現量がそれぞれ1に設定してあって、赤と緑の棒グラフで示されている。
それに対して、肝細胞を乖離した時点で既にGFPが7/100程度発現している。ATP処理しても8/100程度、
HCL処理すると1/10に近いという結果だね。それに対する内在性Oct4遺伝子の発現は検出限界のゼロだ。
つまりGFPは光ってるが肝心の内在性Oct4遺伝子の発現は無いよと言ってるんだね。

372小野小町:2019/03/25(月) 07:33:32
自家蛍光とは無関係なのね。

373在原業平:2019/03/25(月) 07:40:29
これはqPCRの検証でmRNAそのものを検出している。光ではないから関係ない。
Oct4-GFP遺伝子は発現しているがOct4遺伝子そのものは発現してないという結果だ。
丹羽さんはそのGFPの発現をleaky expressionと言ってるが、原因には触れていない。
コントロールのESのGFPはCAG-GFPだ。なぜOct4-GFPにしなかったのかという問題だね。
そして、ES細胞を酸浴させるとそのOct4-GFPの発現がどうなるかをどうして
確認しなかったか。

374小野小町:2019/03/25(月) 07:43:49
理研の予算を使って特許申請維持できるのかということを確認するための実験なので
Oct4-GFP人工遺伝子の設計が酸浴に対してどうであるかということを研究するのが
目的ではないということね。そんなこと始めてたら検証は延々終わらないことに
なってしまうのね。

375一言居士:2019/03/25(月) 07:45:32
そういうことだね。で、では小保方さんがハーヴァード以来追い求めてきた細胞は
GFPの漏れ出しに過ぎなかったのか?

376閲覧者:2019/03/25(月) 07:47:35
そんなバカな話はないね。ハーバードと東京女子医大時代に小保方さんは
GFPなんて使っていない。qPCR検証だ。

377一言居士:2019/03/25(月) 07:54:19
Figure3-aはコントロールがES細胞だ。丹羽さんは酸浴スフィア塊から内在性Oct4遺伝子が
発現しているとしたらとても微量だと気付いたので、今度はFigure3-bでコントロールを
ES10個分にしたのさ。そしたら引っかかってきたんだよ。途轍もなく微量だったということだ。
一回の実験で50万個の肝細胞を使って最大ES細胞換算で12個分の発現量しかなかった。

378小野小町:2019/03/25(月) 07:56:52
その12個分の発現量は12個に集まっているかどうかは分からないのね。たくさんの数の
細胞に微量に分散しているものの総体であるかもしれない。

379一言居士:2019/03/25(月) 08:02:42
そうだ。しかし、一個でもその一個にES細胞1個分の発現量のあるものが存在していると
大量に実験すると三胚葉に分化誘導できるシャーレが出現するかもしれない。50万個の細胞から
丹羽さんはスフィア塊を20から30個作れている。小保方さんはその一回30万個の実験を
何十回も行って、ついに三胚葉分化を確認してるんでしょ。それが今あるティシュー論文で
ヴァカンティが今もなお特許申請継続しているものさ。

380小野小町:2019/03/25(月) 08:03:52
こんな微量な細胞でキメラがあんなに高い確率でできてくるわけがないのね。

381在原業平:2019/03/25(月) 08:08:11
キメラは若山さんのいたずらだ。ただそんないたずらを可能にしたのは丹羽さんが
見つけたGFPの漏れ出しだ。原因は分からないが、これを何物かだと若山さんも
思い込んだんだ。小保方さんも今までの細胞とは違って大量にできてきていると
思いこんでいるのさ。だから騙され続けた。

382小野小町:2019/03/25(月) 08:09:54
二人とも共通にGFP蛍光のアーティファクトに騙されていたのね。

383一言居士:2019/03/25(月) 08:14:27
若山さんはよく光ってはいるけどこの細胞からキメラはできないと知っている。
自分がキメラ実験しているからね。ただ、光っていることが内在性Oct4発現と
対応していると信じ込んでいる。丹羽さんの検証実験はまだ行われていないんだからね。
若山さんはこの細胞の核をクローン胚に入れてみたかったんだよ。そして実際に
それを行ってキメラと幹細胞を作った。その時に小保方さんを山梨大にリクルートしたいという
別の事情と重なって、一時的な嘘をついたんだよ。その因果がここまで事件を
引っ張ってきたのさ。

384閲覧者:2019/03/25(月) 08:23:10
>>
つまり、ATP酸浴後幹細胞において、細胞は初期化遺伝子を働かせたということです。

ここはその通りだよね。

385デラ・ストリート:2019/03/25(月) 08:24:13
はい、続きよ。
>>
つまり、酸浴刺激により細胞は変化することが確認されているわけです。また、動物体内には初期化能をもつ細胞の待機があり、需要に応じて変幻自在に変化するはずですから、初期化機能を持つ細胞がその先の細胞へ分化したり、あるいは元へと戻ったりと、細胞は異変克服へと進むはずです。病気の臓器を修復させる方向へ進むはずです、

TSさんの解析でも明らかなように、STAP細胞は、従来の遺伝子制御とは異なる細胞です。

すなわち、STAP細胞の遺伝子発現は、“従来と違う”顔つきです。STAP実験中にそうした細胞が存在していたのですから、小保方氏は遺伝子発現の一風変わった細胞を作製した事は確かなことです。若山氏もその機能に興味を持ち追及しました。

しかし、その実験でつかった細胞にアクロシンが入っている事を知らずに、小保方氏は論文執筆をしてしまったということです。
2019/3/24(日) 午後 7:38返信する

386一言居士:2019/03/25(月) 08:43:30
>>
TSさんの解析でも明らかなように、STAP細胞は、従来の遺伝子制御とは異なる細胞です。

①ハーヴァード以来の小保方細胞
②理研での酸浴細胞
③若山さんの曰くつきいたずらキメラと幹細胞

三つを分けて考えるべきだね。

387デラ・ストリート:2019/03/25(月) 08:45:06
つづきよ。
>>

> 一言居士さん
ExtFig4aの蛍光図は、肝細胞であることをしめす緑色蛍光です。・・・the cell aggregates were derived from 8-days old of Alb-cre/Rosa-GFP Tg mice.

凝集塊は10個位の細胞数にみえますけど、この位の数以下でないと胚には入らないような気がします。

スフィア塊は、写真からみると大きいものから小さいものまで、かなり幅があります。
2019/3/24(日) 午後 7:50返信する

388一言居士:2019/03/25(月) 09:00:27
ここはExtFig4aでなくて丹羽論文のFig4aのGFP蛍光のことだよね。これは僕は
以前からOct4-GFPだと勘違いしてたからね。とてもありがたい指摘だった。3個目の
スフィア塊にOct4蛋白染色がないのにGFPが光っているのを漏れ出しの原因だと思ってた。
ただ、スフィア塊は基本ほぼ1000個だよ。ブライトフィールドを見たら10個以上じゃないか。
あれはパラフィン固定してスライスした断面だけど、球の体積は4πr^3/3なんで
半径に6個見えたら959個だ。それに上は桑実胚なので16個だけど下は胚じゃなくてスフィア塊だ。

389小野小町:2019/03/25(月) 09:47:15
ティシュー論文の記述ね。
>>
Individual spheres possessed >2000 cells.
(The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers:Sept.2010)

390在原業平:2019/03/25(月) 09:52:43
学さんのところは最後の連投5がまだ残ってるね。以上ですの稿だ。

391小野小町:2019/03/25(月) 09:53:34
今日の原稿は一日待った方がいいかしらね。

392一言居士:2019/03/25(月) 09:54:23
では今日の返事を準備しよう。

393一言居士:2019/03/25(月) 12:01:07
原稿できたぞ。

[連投1]
>>学さん
自家蛍光はいろんなスペクトルを出すので、緑色フィルターだけで見るのではなくて、赤色フィルターでも見ますね。因みにライブセルイメージングでは同時に多画面を見れるので、緑も赤も同時に確認されたら自家蛍光が混じってることだけはわかりますが、手記にある通り、小保方さんはキメラ成功前から若山研でライブセルイメージング実験をラボメンバーに手伝ってもらって自家蛍光確認も行っています。(86P)

394一言居士:2019/03/25(月) 12:01:47
[連投2]
実験の都合次第で自家蛍光の無いものだけを取り出すこともできるでしょうし、自家蛍光の混じっている細胞しか観察されず、加えて必要があるなら、緑色蛍光が本当に挿入マーカー遺伝子の蛍光であるかどうかは別の手段で確認できますね。
①挿入人工遺伝子の存在をPCRで確認する方法
②マーカー標的している目的のmRNA自体の存在をPCRで確認する方法
③目的のmRNAの発現結果であるタンパク質の存在を免染確認する方法
丹羽さんは取り混ぜてすべて行っていますね。

395一言居士:2019/03/25(月) 12:02:20
[連投3]
自家蛍光の存在は蛍光顕微鏡を見るときの初歩知識で、関連の専門家ならだれでも知っています。STAP細胞の緑色蛍光を自家蛍光だと最初にいいだしたのがノフラーさん、日本では関さんですが、若山さんの人脈ですね。ノフラーさんのブログで、誰かさんがハアイ、ポールと呼び掛けて問答があるのですが、対してTs.Markerさんの<やっぱりね>質問はガン無視されていることはご承知のとおりです。

396一言居士:2019/03/25(月) 12:03:00
[連投4]
>>GOFマウスでないマウス由来肝細胞を酸浴して得た細胞凝集塊では自家発光はせず、OctmRNAと、蛋白産生が見れています。

ここは自家蛍光もあったかどうかは確認写真がありませんが、ただ、自家蛍光の無いものを使っているということでしょうね。アルブクレマウスですね。僕の勘違いは後で述べます。

397一言居士:2019/03/25(月) 12:03:30
[連投5]
>>ただし、Oct陽性細胞の割合は、HCl酸浴肝細胞と酸浴させていない肝細胞と同程度であり、肝細胞にはそうした細胞が含まれるか、あるいは非特異的な検査結果か?とのことのようです。

これはFigure3-aのことをおっしゃってるのだと思われますが、コントロールのES細胞ではCAG-GFP遺伝子と内在性Oct4遺伝子の発現量がそれぞれ1に設定してあり、赤と緑の棒グラフで示されていて、それに対して、GOFマウスの肝細胞を乖離した時点で既にOct4-GFPが対数スケールで7%程度発現している。ATP処理しても8%程度、HCL処理すると10%に近いという結果ですが、それに対する内在性Oct4遺伝子の発現は検出限界のゼロです。つまりGFPは光ってるが肝心の内在性Oct4遺伝子の発現はほとんど無いと言ってるわけですね。

398一言居士:2019/03/25(月) 12:04:15
[連投6]
これはqPCRの検証でmRNAそのものを検出しているのでもちろん自家蛍光の問題なんかとは無関係です。Oct4-GFP人工遺伝子は発現しているが、内在性のOct4蛋白質を作る遺伝子そのものは発現してないという結果ですね。丹羽さんはそのGFPの異常発現をleaky expressionと言ってますが、原因には触れていませんね。
Oct4-GFPの設計は内在性のOct4遺伝子を動かすためのプロモーターと同じものをGFP製造プログラムにつなげていますから、一方が動き出したら他方も動く仕込みです。でも生体の中でのことですから、酸浴亜致死下では双方の発現がどうなるかまでは考えられていませんよね。

399一言居士:2019/03/25(月) 12:04:58
[連投7]
またコントロールのESのGFPはCAG-GFPです。なぜOct4-GFPマウスのESを使わなかったのか、そして、ES細胞を酸浴させるとそのOct4-GFPの発現がどうなるかをどうして確認しなかったのかという問題もありますが、理研の予算を使って特許申請維持できるのかということを確認するための実験をしているわけですから、Oct4-GFP人工遺遺伝子の設計が酸浴などという非常識な条件下に対してどうであるかということを研究するのが目的ではないわけですよね。そんなこと始めてたら検証は延々終わらないことになります。

400一言居士:2019/03/25(月) 12:05:53
[連投8]
では、理研に来る前に小保方さんが追及していた細胞は何であったのかというと、無論、ハーバードと東京女子医大時代に小保方さんはGFPなんて使っていません。qPCR検証です。丹羽さんはFigure3-aの実験で、酸浴スフィア塊から内在性Oct4遺伝子が発現しているとしたらとても微量だと気付いたので、今度はFigure3-bでコントロールをES10個分にしました。その結果が小保方さんが理研に来る前から追いかけていた細胞のようですよね。

401一言居士:2019/03/25(月) 12:07:50
[連投9]
丹羽さんの検証では一回の実験で50万個の肝細胞を使って最大ES細胞換算で12個分の発現量しかなかった。その12個分の発現量は12個に集まっているかどうかすら分からない。たくさんの数の細胞に微量に分散しているものの総体であるかもしれない。しかし、その一個にES細胞1個分の発現量のある酸浴細胞が1個でも存在していると大量に実験すると三胚葉に分化誘導できるシャーレが出現するかもしれない。50万個の細胞から丹羽さんはスフィア塊を20から30個作れている。小保方さんはその一回30万個の実験を何十回も行って何百個のスフィア塊を使って、ついに三胚葉分化を確認してるんでしょ。(手記53P)それが今あるティシュー論文でヴァカンティが今もなお特許申請継続している実験結果です。

402一言居士:2019/03/25(月) 12:08:43
[連投10]
物理刺激と酸浴刺激の違いはあるが、小保方細胞の出現経過は共通しているのではないでしょうかね。無論、こんな微量な細胞でキメラがネイチャー論文のようなあんなに高い確率でできてくるわけがありません。キメラは若山さんの曰くつきの"いたずら"です。ただ、その曰くはともかくとして、そんないたずらが可能であったのは丹羽さんが見つけたGFPの漏れ出し現象があったからです。原因は分からないが、これを何物かだと若山さんも思い込んだ。小保方さんも今までの細胞とは違って大量にできてきていると思いこんでいるんです。だから騙され続けた。二人とも共通にGFP蛍光のアーティファクトに騙されていたんです。

403一言居士:2019/03/25(月) 12:09:37
[連投11]
若山さんはよく光ってはいるけどこの細胞からキメラはできないと知っている。自分がキメラ実験してますからね。ただ、GFPの光っていることが内在性Oct4発現と対応していると信じ込んでいる。丹羽さんの検証実験はまだ行われていません。若山さんはこの細胞の核をクローン胚に入れてみたかったんですよ。それはいたずらなんかじゃない。正真正銘の科学者の好奇心ではないですか。そして実際にそれを行ってキメラと幹細胞を作ったが、その時に小保方さんを山梨大にリクルートしたいという別の事情と重なって、一時的な嘘をついたんです。その因果がここまで事件を引っ張ってきたのだとみています。

404一言居士:2019/03/25(月) 12:11:56
[連投12]
>>つまり、ATP酸浴後肝細胞において、細胞は初期化遺伝子を働かせたということです。
>>TSさんの解析でも明らかなように、STAP細胞は、従来の遺伝子制御とは異なる細胞です。

その通りだと思います。いや、ハーヴァード時代からその意味では彼女の細胞は本物です。

①ハーヴァード以来の小保方細胞
②理研での酸浴細胞
③若山さんの曰くつき"いたずら"キメラと幹細胞

三つを分けて考えるべきだと思っているんです。

405一言居士:2019/03/25(月) 12:12:33
[連投13]
>>ExtFig4aの蛍光図は、肝細胞であることをしめす緑色蛍光です。・・・the cell aggregates were derived from 8-days old of Alb-cre/Rosa-GFP Tg mice.

ご指摘有難うございます。僕は以前からOct4-GFPだと勘違いしてました。3個目のスフィア塊にOct4蛋白染色がないのにGFPが光っているのを漏れ出し原因だと思ってました。ただExtFig4aはFig4aですね。

406一言居士:2019/03/25(月) 12:15:48
[連投14]
>>凝集塊は10個位の細胞数にみえますけど、この位の数以下でないと胚には入らないような気がします。スフィア塊は、写真からみると大きいものから小さいものまで、かなり幅があります。

ティシュー論文に「Individual spheres possessed >2000 cells.(The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers:Sept.2010)」とあります。STAP論文にもどこかにあったと思いますけど今見つけられません。いずれにせよ、勘違いなさっておられるので、図のブライトフィールドの三番目のスフィア塊の直径上に並んでいる細胞数を数えてみてください。12個程度でしょ。半径が6個のスフィアの体積は4πr^3/3で959個程度と逆残できます。写真はパラフィン固定して薄くスライスした中央付近の断面です。上は桑実胚なので16細胞期ですが、下は胚じゃなくてスフィア塊です。若山さんがナイフで切り分けてインジェクトするあれです。以上です。

407一言居士:2019/03/25(月) 12:17:15
959→904

408小野小町:2019/03/25(月) 12:25:56
投稿してらっしゃいよ。

409一言居士:2019/03/25(月) 12:27:22
[連投6]まで送れたけど、また不調だ。しばらく休もう。なんか変だよ。

410地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/26(火) 05:51:53
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

411在原業平:2019/03/26(火) 05:52:43
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

412小野小町:2019/03/26(火) 06:09:21
学さんは送ったのは全部アップしてくれてるわね。

413一言居士:2019/03/26(火) 06:11:27
最新の記事の場所に残りを全部送ったよ。ヤフーがおかしいみたいだね。
それともハッカーかな。こっちが原因かあっちが原因かもわからないね。

414小野小町:2019/03/26(火) 06:12:49
ヤフーブログはでも所詮終了するんでしょ。

415一言居士:2019/03/26(火) 06:16:49
いずれにせよなんかこれといった反論もないね。一番まともに答えてくれてるのは
学さんだよ。

416閲覧者:2019/03/26(火) 06:19:44
Figure4がアルブクレマウスだと注意してくれたのはありがたかったな。

417小野小町:2019/03/26(火) 07:12:24
今確認に行ったらあのねさんの3/25と3/26のコメントがあったわ。深いところなんで
分からないわね。それといくつか質問を見落としている。

418デラ・ストリート:2019/03/26(火) 07:15:24
まずこれね。
>>
> 一言居士さん

急いではいませんが、非リンパ球仮説の説明は待っています。でも、この問題も並行して教えていただけませんか。私も興味があります。できたらレター論文のヒートマップの解釈もお聞かせ願いたい。横からですみません。以上です。

もう少し待ってください。私が論理を展開に至った理由は自分なりの科学に対する考え方のスタンスがあります。他の方には荒唐無稽と思われがちですが…
遺伝子解析について手記「あの日」では、ChIP-seq解析を要求されたとか、リバイス後の解析に細胞の種類を集められなかったとの記述がありますがこの辺の解析とは何を指すのか把握できていません。良かったら教えてください。
2019/3/22(金) 午前 6:02[ あのね ]返信する

419ペリー・メイスン:2019/03/26(火) 07:21:37
これはどこにあるのかわからないけどな。
>>
若山研の常套手段、リプログラミング改善補助のTSA。
本命でなくとも、いい線行くと思うんだが。
2019/3/26(火) 午前 0:06 [ Ts.Marker ] 返信する

420デラ・ストリート:2019/03/26(火) 07:22:53
あとは全部学さんが最新の記事にまとめてくれてるわね。

421一言居士:2019/03/26(火) 07:32:13
書き込みに気づいてなかったね。

>遺伝子解析について手記「あの日」では、ChIP-seq解析を要求されたとか、リバイス後の解析に細胞の種類を集められなかったとの記述がありますがこの辺の解析とは何を指すのか把握できていません。良かったら教えてください。


127Pのことだろうね。

422地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/27(水) 03:09:13
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

423在原業平:2019/03/27(水) 03:10:06
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

424小野小町:2019/03/27(水) 03:11:19
昨日送ってまた障害でストップして分を学さんがアップしてくれてるわね。

425一言居士:2019/03/27(水) 03:14:11
そこに今送ろうとしたら止められてる。多分学さんのブログに誰か入り込んでいたずらしているね。
僕のパソコンからのを止めてるんだよ。連投が原因でないのは最初の障害で分かってる。これで
4回目だ。

426在原業平:2019/03/27(水) 03:18:20
まあ、あのねさんにデータを送ろうとしただけだからいいんだけど、学さんが
察して新たな記事を立ち上げてくれたんだろうけど、だめだね。誰かがあそこに書き込めばわかるが、
我々が止められたところからは誰も書き込めてない。もう一度、以前の記事のところに書き込んで
みようかな。学さんは気づくだろ。

427一言居士:2019/03/27(水) 03:23:00
ははは、だめだ。僕のコンピューターそのものがバンされてる。
いずれ、学さんも気づくだろうね。僕が書き込むのを邪魔しているのがいるんだ。

428小野小町:2019/03/27(水) 03:24:48
文科省関連ね。若山さんを擁護すると同時に自分たちの問題から何かが
発火することを恐れてるのね。

429一言居士:2019/03/27(水) 03:26:50
こういうことしてると問題は逆に暴き出されて来るんだけどな。

430閲覧者:2019/03/27(水) 03:32:28
ヤフーのサーバーの問題じゃないの。もうすぐ廃止なんだろ。

431一言居士:2019/03/27(水) 03:34:18
まあ、どうでもいいけど、とりあえず途中になってるのは友人に頼んで送って、
事情説明して、あそこへの書き込みは以上としとこう。

432小野小町:2019/03/27(水) 03:38:40
人のPCからだったら送れるのかな?

433一言居士:2019/03/27(水) 03:42:41
たぶんね。連投以前から書き込み不可がでていたからね。ヒートマップのところに
書き込めなかったのが最初だね。その後時々場所によって書き込めてたが、今は
どこも書き込めないね。まあ、友人に頼んでやってみたらわかる。

434小野小町:2019/03/27(水) 03:43:39
何事も証拠だわ。送ろうとしてた原稿をここに貼っといてよ。

435一言居士:2019/03/27(水) 03:44:38
[連投1]
>>あのねさん

>遺伝子解析について手記「あの日」では、ChIP-seq解析を要求されたとか、リバイス後の解析に細胞の種類を集められなかったとの記述がありますがこの辺の解析とは何を指すのか把握できていません。良かったら教えてください。

手記127Pですね。どこまでご存じなのかわかりませんので、私の関心のあるところで中心になるデータをしたらば考察から再掲します。ヒートマップの問題そのものです。Ts.Marker再解析そのものです。和モガ解釈そのものです。問題はすべてこの公共データ登録されている実験そのものにあると思っています。

436一言居士:2019/03/27(水) 03:45:32
[連投2]
Tru-Seq
①SRR1171556 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1 derived from spleen C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
②SRR1171557 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2 derived from spleen C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
③SRR1171558 若山 Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1 129/Sv (未調査)
④SRR1171559 若山 Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2 129/Sv (未調査)

437一言居士:2019/03/27(水) 03:46:11
[連投3]
⑤SRR1171560 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑥SRR1171561 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑦SRR1171565 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書)

438一言居士:2019/03/27(水) 03:47:20
[連投4]
⑨SRR1171580 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑩SRR1171581 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171585 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171586 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)

439一言居士:2019/03/27(水) 03:47:59
[連投5]
⑬SRR1171590 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)

440一言居士:2019/03/27(水) 03:50:06
[連投6]
ChIP-Seq
①SRR1171553 小保方 CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3 derived from spleen Oct3/4::gfp C57BL/6 (GOF-桂報告書)
②SRR1171554 小保方 CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3 derived from spleen Oct3/4::gfp C57BL/6 (GOF-桂報告書)
③SRR1171555 小保方 CD45 positive Cells:ChIPSeq.input derived from spleen Oct3/4::gfp C57BL/6 (GOF-桂報告書)

441一言居士:2019/03/27(水) 03:50:58
[連投7]
④SRR1171562 若山 Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑤SRR1171563 若山 Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑥SRR1171564 若山 Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input C57BL/6x129/Sv (未調査)

442一言居士:2019/03/27(水) 03:51:32
[連投8]
⑦SRR1171567 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑧SRR1171568 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv  (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑨SRR1171569 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)

443一言居士:2019/03/27(水) 03:52:12
[連投9]
⑩SRR1171582 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv  (129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171583 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171584 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)

444一言居士:2019/03/27(水) 03:52:51
[連投10]
⑬SRR1171587 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑭SRR1171588 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)
⑮SRR1171589 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (129xB6-CAG-桂報告書)

445一言居士:2019/03/27(水) 03:53:26
[連投11]
⑯SRR1171592 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1 (CD1系統-スライド)

446小野小町:2019/03/27(水) 03:56:23
ふら、ちょうどスマーターの前で書き込み不可になったのね。連投が原因じゃないのかなあ。

447一言居士:2019/03/27(水) 03:58:57
機械的にスパム判断されているのかな。最初のはいきなりだったけど、たまたまその前日に
連投してたな。でも今は何度か繰り返しているからどうなってるのかわからないね。

448小野小町:2019/03/27(水) 04:00:21
で、続きは?

449一言居士:2019/03/27(水) 04:01:17
[連投12]
SMARTer-Seq
①SRR1171570 若山 Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv (未調査)
②SRR1171571 若山  Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv (未調査)
③SRR1171572 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv (未調査)
④SRR1171573 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv (未調査)

450一言居士:2019/03/27(水) 04:01:59
[連投13]
⑤SRR1171574 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑥SRR1171575 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑦SRR1171576 若山 Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑧SRR1171577 若山 Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv (未調査)

451一言居士:2019/03/27(水) 04:02:33
[連投14]
⑨SRR1171578 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (未調査)
⑩SRR1171579 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (未調査)

452一言居士:2019/03/27(水) 04:03:26
[連投15]
とりあえず、このデータを確認なさってください。次にTs.Marker再解析と照合されてください。Sox21の問題以上に<やっぱりね>のSTAP酸浴細胞のTS特定的マーカー発現に注意なさってください。そしてレター論文のデータとの矛盾、そして本文そのものの非論理に注目なさってください。皆、この錯綜した結果を解きほぐそうと努力しているんです。以上です。また連絡します。

453一言居士:2019/03/27(水) 04:04:47
TS特定的マーカー発現→TS特異的マーカー発現

454小野小町:2019/03/27(水) 04:07:08
あらまあ、こんな途中になってたんじゃ学さんもチンプンカンプンね。でも書き込み不可の
件を知らせておいたから、配慮して新しい記事をアップしてくれたのね。でも
書き込めなかったと。

455在原業平:2019/03/27(水) 04:12:34
そういうことだね。学さんからの質問が来ているけどコンタクトできないね。
>>
> 一言居士さん

>若山さんはこの細胞の核をクローン胚に入れてみたかったんですよ。

卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ、それをクローン胚に入れるんですか?クローン胚って?どういう状態ですか?
2019/3/26(火) 午後 10:00返信する

456一言居士:2019/03/27(水) 04:21:16
やっと関心持ってくれてたのにな。でも答えだけは準備しとこうかな。
>>
>>学さん

<卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ>たもの、<それをクローン胚>というんです。
そのまま発生させるとクローンマウスが生まれます。
発生途中の胚盤胞段階でインナーセルマスを取り出してES培地で維持しているものをntESと言います。
このntESを4Nキメラ胚に入れて発生させるとクローンにとても近い4Nキメラマウスが生まれます。
クローン胚からより達成率が高く、すでに畜産では実用段階です。クローンマウスもそのntESもどちらも
若山さんの発見です。

457一言居士:2019/03/27(水) 04:24:29
<卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ>たもの、<それをクローン胚>というんです。



<卵子の細胞の核をくりぬいてから、>体<細胞の核を入れ>たもの、<それをクローン胚>というんです。

458一言居士:2019/03/27(水) 04:32:08
>卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ、それをクローン胚に入れるんですか?クローン胚って?どういう状態ですか?

GFPの蛍光からSTAP細胞は酸浴である程度リプログラムされているが、キメラまではできないので
自分の技術であるクローン胚に入れてntESを作って、キメラと幹細胞を作ったんです。そして、
通常の体細胞ntESとの違いを研究しようとしていたんです。

459小野小町:2019/03/27(水) 04:34:42
なるほどね。学さんは誘導してくれてるんでしょうけどね。今書き込めないから
その答えは後回しして、前回の残りまでご友人に頼んだら?

460一言居士:2019/03/27(水) 04:37:27
そうだなあ。そもそも人の知恵を借りたくて書き込んでるんだけどな。
どちらが教えてるのか本末転倒しているね。一研究者ブログの二の舞だね。
でも問題意識だけは提示しておいて退散しようかな。

461ヘーゲル:2019/03/27(水) 06:08:28
本題頼むぜ。

462カール・ヤスパース:2019/03/27(水) 06:09:36
本題、何でしたっけ?

463デラ・ストリート:2019/03/27(水) 06:14:05
ここよ。
>>
359: デラ・ストリート :2019/03/24(日) 17:47:50
酸浴細胞の問題点ね。ハウスキーピング遺伝子の不安定化の問題。Oct4遺伝子プロモーターによる
GFP発現制御設計に対する酸浴の影響。

464ペリー・メイスン:2019/03/27(水) 06:15:55
はは、そこだったっけ?なんか人のブログのコメント欄にかまけているうちに
自分たちのテーマを見失った感じだな。何事も自力本願だな。

465一言居士:2019/03/27(水) 06:22:36
Oct4遺伝子プロモーターによるGFP発現制御設計に対する酸浴の影響に関しては、

①自家蛍光ではない。
②GFPの漏れ出しがある。その原因は分かってない。
③内在性Oct4遺伝子の発現がほんの僅かある。
④この死にかけの細胞の発するOct4遺伝子が異常発現でないことは酸肺葉分化実験で証明されている。
⑤その細胞が何かしら体性幹細胞の一種であった可能性はわずかにある。
⑥その細胞が不完全でなリプログラム段階の細胞であった可能性は⑤より大きい。

ということかな。

466一言居士:2019/03/27(水) 06:23:55
酸肺葉→三胚葉

467小野小町:2019/03/27(水) 06:27:06
⑤の場合はキンガがムーさんの細胞を外に取りだして三胚葉分化させているけど、
体内ではその組織にしか分化しない体性幹細胞を外に取り出したらなんにでも
なるということを最初に証明したのは小保方さんだということになるのね。

468一言居士:2019/03/27(水) 06:33:55
ティシュー論文の結果が本当ならそういうことになるね。ただし、ティシュー論文では
三胚葉由来組織のすべてからスフィアを作っていて、そのいずれからも三胚葉分化実験を
成功させている。すべての組織に体性幹細胞があるのかどうかは分かってないので、
⑥である可能性の方が高いね。

469閲覧者:2019/03/27(水) 06:41:14
小保方さんは⑥だと思ってティシュー論文と博論を書いてるんだね。博論の題は
Isolation of pluripotent adult stem cellsdiscovered from tissues
derived from all three germ layersだね。

470一言居士:2019/03/27(水) 06:43:30
これは基本ヴァカンティの胞子様細胞を見つけたという論旨だね。でも、これを境に
できてきているという発想に代わる。

471閲覧者:2019/03/27(水) 06:45:22
できてきているんなら⑤はないんだけど、小保方さんは⑤の可能性を記者会見で
否定してないね。自分の実験がどちらかを決められるほど厳密でないと分かってたね。

472小野小町:2019/03/27(水) 06:55:11
小保方さんの細胞は試験管内で三胚葉分化する細胞だということね。それは
白血球を使っても証明されているわね。そこまでの細胞だということで終わってるのね。
そこにキメラができたという若山さんの嘘が付け加わっただけね。

473一言居士:2019/03/27(水) 06:57:20
若山さんはキメラができないということを確認した後に小保方細胞の核を使って
ntESを作り、そこからキメラと幹細胞を作って、普通のntESとの違いを確認しようとしたんだよな。

474小野小町:2019/03/27(水) 07:01:28
リクルート上の嘘があって、小保方さんとヴァカンティは小保方細胞から
本当にキメラと幹細胞ができたと信じていて、それを論文化したので、
若山さんの所為で捏造論文になっているんだけど、若山さん自身は通りっこないと
確信していて、事実三誌にリジェクトされたから、捏造論文にはならずに済んでいたのね。

475閲覧者:2019/03/27(水) 07:04:31
若山さんの小保方核使用ntES実験の結果こそがレター論文の骨子とデータに
なっているんだな。

476一言居士:2019/03/27(水) 07:06:32
そうなんだけど、その時にも小保方さんの作ったSTAP細胞は本人のものだ。また、
他の公共データベースのデータは基本若山さんのntESの性質だとみているんだよな。

477在原業平:2019/03/27(水) 07:07:42
それが昨日学さんのところに送ったデータだな。

478一言居士:2019/03/27(水) 07:50:21
452は入れ替えだ。STAP細胞とFI-SCを間違えた、ついでに連絡。
[連投15]
あのねさん、とりあえず、このデータを確認なさってください。次にTs.Marker再解析と照合されてください。Sox21の問題以上に<やっぱりね>のはFI-SC細胞のTS特異的マーカー発現に注意なさってください。そしてレター論文のデータとの矛盾、そして本文そのものの非論理に注目なさってください。皆、この錯綜した結果を解きほぐそうと努力しているんです。以上です。私はジムさんの*ttp://blog.livedoor.jp/obokata2657/archives/28578813.htmlに居ます。

479一言居士:2019/03/27(水) 07:52:42
<やっぱりね>のFI-SCはAcr-CAGなのよね。

480一言居士:2019/03/27(水) 07:57:31
小町さん、僕の名前で書き込んでるぜ。

Acr-CAGのFI-SCは
①桂報告では太田ESであるFES1をFGF4誘導したもの
②我々の説では小保方細胞核使用ntES由来のFLSをFGF4誘導したもの
③若山さんの説明と論文では「僕のマウス」由来STAP細胞をFGF4誘導したもの

のはずだ。

481小野小町:2019/03/27(水) 07:59:27
③はないわね。実際にAcr-GFPがで出てる。
①は受精卵ESね。
②はntESだわね。

482一言居士:2019/03/27(水) 08:13:35
<やっぱりね>は568だよね。

⑧SRR1171568 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv  (129xB6-Acr-CAG-桂報告書)

ES特異的マーカーであるOct4,Nanog,Sox2がすべて〇
TS特異的マーカーであるCdx2,Eomes,Itgα7がすべて〇だ。

483閲覧者:2019/03/27(水) 08:16:21
どれがどれかははっきりしないがSox21に関してはトゥイッター情報では
全部にで出ることになってるね。
>>
Sox21
   Tru-seq SMARTer ChIP-seq
ES     LL   X    H
STAP    HH   H   H
STAP-SC LL    N/A   H
FI-SC   H    N/A   H
TS    H    N/A   H

484一言居士:2019/03/27(水) 08:19:02
これではSox21がTS特異的マーカーであるとは言えないね。この遺伝子の最近の
働きの研究成果とは別問題なんだな。遠藤解析の一つの根拠は失われている。
モガさんも同じだね。

485閲覧者:2019/03/27(水) 08:23:04
どの細胞腫でも発現している遺伝子があって、そういうのは何らかの働きをしているのは無論だけど
その細胞に特異的とは言えないね。遠藤さんはSox21が発現しているからTSが混ぜられていると言ったんだよね。
これだとESからも発現している。BFPとGFP共挿入ESの実験データだった可能性は否定できないね。
残ってるのはElf5かな。これはTs.Markerさんが調査してないね。

486小野小町:2019/03/27(水) 08:26:44
遺伝子発現解析ってあんまり当てにならないみたいね。

487シャーロック・ホームズ:2019/03/27(水) 08:52:21
そういうことか。なんか全部すっきりした感じだね。Soc21が発現しているから
TSコンタミだなんて言っていながら、全部に発現していて、ただTSの中でも
何らかの働きはしているが、他の細胞の中でも何らかの働きはしているんだな。
だって現にRNAとして発現しているんだからね。ヒートマップもそうだね。
それと細胞はジッとしてないからね。あるときは発現しているけどあるときは
発現してないということがあるんだよな。それは調べたたまたまその時の発現だ
ということね。これだと何回もやってると欲しいデータは取れるんだよな。

488ドクター・ワトソン:2019/03/27(水) 08:53:47
ペーパー1枚にまとめるかい?

489在原業平:2019/03/27(水) 08:54:57
いや、ここまでのところをまとめて一度ジムさんのところに送ろう。一枚報告はそのあとだ。

490地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/28(木) 08:10:54
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

491在原業平:2019/03/28(木) 08:11:45
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

492小野小町:2019/03/28(木) 08:13:17
学さんがSAP事件という私たちの言葉の意味を理解されて、本気になってこられたようね。

493在原業平:2019/03/28(木) 08:14:08
あしらい芸はなくなったね。

494一言居士:2019/03/28(木) 08:15:08
1日置いたら書き込めるようになってたから残りを全部送ったよ。

495閲覧者:2019/03/28(木) 08:19:32
あのCdx2の話は実はティシュー論文の分析とつながっているんだよね。小保方さんは
ESとスフィアの両方からCdx2の発現を確認している。ところがネイチャー論文では
Cdx2はTS特異的マーカーとしてのみ表れてくるんだよ。

496小野小町:2019/03/28(木) 08:20:28
せっかく本気になられたみたいだからお知らせしといた方がいいんじゃないの?

497一言居士:2019/03/28(木) 08:32:08
原稿書こうかな。
>>
>>学さん
ティシュー論文のFig.2のコントロールのESにそのCdx2の発現があることになっていて
対する各組織細胞から採取された細胞のスフィア塊からはいずれにも見られません。

The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers
*ttps://www.researchgate.net/profile/Karen_Westerman/publication/47154811_The_Potential_of_Stem_Cells_in_Adult_Tissues_Representative_of_the_Three_Germ_Layers/links/556637fc08aefcb861d19869/The-Potential-of-Stem-Cells-in-Adult-Tissues-Representative-of-the-Three-Germ-Layers.pdf

498一言居士:2019/03/28(木) 08:43:23
この論文の新規性はスフィア塊からOct4遺伝子の発現を確認し、かつその細胞が
試験管内で三胚様に分化したことを確認して報告したことです。
私はこの事件に関しては若山さんはとても不運で、気の毒であったと思っている
くらいですが、この三胚様組織に分化したという事実と、後に原因は分からないが
丹羽さんが発見したGFPの漏れ出しという二つの現象から、この細胞はキメラは
できないが、何物かではあると信じたことが、この細胞の核を使って自分のntES技術で
キメラ作成し、その性質を解明してみようという心的動因を生んだのだと推測しています。

499一言居士:2019/03/28(木) 08:44:38
この論文の新規性はスフィア塊からOct4遺伝子の発現を確認し、かつその細胞が
試験管内で三胚様に分化したことを確認して報告したことです。
私はこの事件に関しては若山さんはとても不運で、気の毒であったと思っている
くらいですが、この三胚様組織に分化したという事実と、後に原因は分からないが
丹羽さんが発見したGFPの漏れ出しという二つの現象から、この細胞はキメラは
できないが、何物かではあると信じたことが、この細胞の核を使って自分のntES技術で
キメラ作成し、その性質を解明してみようという心的動因を生んだのだと推測しています。

500一言居士:2019/03/28(木) 08:45:19
あれ、ご送信した。もう一度。

501一言居士:2019/03/28(木) 08:46:53
まいいや、後のでいこう。

502一言居士:2019/03/28(木) 08:55:41
ティシュー論文のすごいのは発見事実ですね。その論理の運びはど素人が
読んでも変ですね。笹井さんが12/11ヴァージョン原稿を初めて見た時の感想は
このティシュー論文を読むことで推察可能ではないでしょうか。彼女はFig2で
ただESとスフィアは違う多能性細胞だということを言うためにこの発現解析比較をしている。
このやり方は転じてネイチャー論文ではCdx2がES細胞では見られず、TS細胞は無論、
STAP細胞とFI-SCには見られるという論理になってるんです。彼女はその矛盾に
気づいていません。彼女が見ているのはスフィア細胞が三胚様分化したという事実と、
STAP細胞からキメラができたという事実と、胎盤が光ったという事実です。
彼女の論理は個別の事実に対して説明可能なデータをつけることです。

503一言居士:2019/03/28(木) 09:06:39
そしておそらく"生もの"は死に向かって"川の流れのように"経過して行くものである以上
何事も厳密には繰り返し得ないものなのだという形而上学的な裏事情を反映して、
どんなデータでも何回も取り直していたら論理構成に都合のいいデータは得られるのが
この細胞生物学という怪しげな科学分野の陥穽なのだということは、西川さんも
どこかで書いておられたのではなかったでしょうかね。自分も学生たちにもう少し
頑張ってみろと指示したと。ガンバルって、何でしょうかね。

504一言居士:2019/03/28(木) 09:13:51
論文のキメラが嘘だと言われて通らないときには、論理をいじるのではなくて、
何度でもキメラを作って見せたらいいだけです。それだけの話しで、論文の書き方が悪いから
通らないのだと誰がいいだしたのか。理研の罪が一番大きいんですね。だから、本当のことを
報告しないで、灰色のままに多くの人々を放り出して不幸にしてしまったんでは
ありませんかね。

505小野小町:2019/03/28(木) 09:14:38
貼り付けてきたら。

506在原業平:2019/03/28(木) 09:19:56
まあ、理研という組織の罪は理事長が引責辞任しているけどね。

507小野小町:2019/03/28(木) 09:22:01
個別の個人の誰が悪いとも言えないわね。まあ、若山さんは苦しかったでしょうけど
リクルートしたくてちょっと一時的に嘘をついていのがこんなになってしまったと
8月時点で言うべきだったわよね。

508一言居士:2019/03/28(木) 09:23:51
あの時点ではまだリジェクトされるはずだという期待があってそうなれば
問題は解消されていたんだよね。だから仏縁としか言いようがないよ。運命なのさ。

509小野小町:2019/03/28(木) 09:24:41
そんなことまで書くの?

510一言居士:2019/03/28(木) 09:25:29
そこまでとことん書かないと誤解する人も出そうだね。

511地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/29(金) 05:35:50
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

512在原業平:2019/03/29(金) 05:36:37
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

513小野小町:2019/03/29(金) 05:38:21
学さんのところで進展しているわね。

514在原業平:2019/03/29(金) 05:40:56
あしらい芸をやめてくれたんで元の学さんに戻ったみたいだね。いろいろと
誘導質問してくれるからもう少し様子を見ようかな。ジムさんのところに原稿を
来るのは延期だ。何かブレークスルーがあるかもしれない。

515在原業平:2019/03/29(金) 05:42:34
来る→送る

516デラ・ストリート:2019/03/29(金) 05:43:41
まず、これね。
>>
> 一言居士さん

>若山さんはこの細胞の核をクローン胚に入れてみたかったんですよ。

卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ、それをクローン胚に入れるんですか?クローン胚って?どういう状態ですか?
2019/3/26(火) 午後 10:00返信する

517一言居士:2019/03/29(金) 05:54:30
原稿は既に書いてたよな。
>>
>>学さん
質問してくださってありがとうございます。
ご承知の通り、<卵子の細胞の核をくりぬいてから、>体<細胞の核を入れ>たもの、<それをクローン胚>といいます。
そのまま発生させるとクローンマウスが生まれます。
発生途中の胚盤胞段階でインナーセルマスを取り出してES培地で維持しているものをntESと言います。
このntESを4Nキメラ胚に入れて発生させるとクローンにとても近い4Nキメラマウスが生まれます。
クローン胚から作るより達成率が高く、すでに畜産では実用段階です。クローンマウスもそのntESもどちらも
若山さんの発見です。若山さんは、GFPの蛍光からSTAP細胞は酸浴である程度リプログラムされているが、
キメラまではできないので、自分の技術であるクローン胚に入れてntESを作って、キメラと幹細胞を作り、
通常の体細胞ntESとの違いを研究しようとしていたと考えています。

518一言居士:2019/03/29(金) 06:08:11
>>あのねさん
>自分なりの一つの根拠としたのは、理研の論文で「一滴の血液からクローンマウスを誕生させることに成功」から、CD45+である白血球から取り分けリンパ球は使えないことです。

使えないとは書かれていませんし、リンパ球からも作られているのではないですか。
ただ再構成されているような不完全な白血球を選ぶより、非リンパ球を使った方がいいに
決まっているけれども、今までは選別手段がなかったが、我々がわずかな大きさの違いを
識別してFACS選別できることを示したと主張しているのではないですか。

519一言居士:2019/03/29(金) 06:13:43
>論文通りならFACSでリンパ球を選別すると、その余りの非リンパ球を取り出すことができます。一方で極論すれば、実験で使用のたくさんのマウスの死骸から血液をシリンジで吸って薬剤を加えて遠沈すれば、非リンパ球層は分画されます。

厳密に選別できてないと実用にならないので、かの報告の主張となるのではないですか。
それと遠心分離も厳密でないのではないですか。死骸である必要はないと思いますけど
後のストーリーと関係しますね。

520一言居士:2019/03/29(金) 06:37:52
>「あの日」66pでキメリズムが少ないけど1匹のマウスに2種類の遺伝子を持つことが解析され若山氏に報告されていることです。若山氏も「このSTAP実験系は本物だ。作法は違うけど立派なキメラマウスを作ってやろう」と考えたと思います。

時系列が違っています。博論の実験では直接血液は使っていません。東京女子医大で
B6のCAG-GFPマウスを購入してその骨髄からのスフィア塊を若山研に持ち込んでいます。
若山さんの指示です。ティシュー論文でも骨髄を使っています。ただ、この事実は
とんでもなく大きな問題をはらんでいます。
丹羽検証によって真正のOct4遺伝子発現している細胞は30個のスフィア塊に
最大12個程度しかないと分かっています。約3万個に12個です。2500個に一個の
割合です。この時若山さんはトリプシンでばらして一個ずつ挿入している。
二回の実験で300個程度のキメラ胚ですが、20個づつ入れたとして6000個の
細胞をインジェクトしている。そこに当たって一本の毛が黒かったので
剃毛して皮膚を見たらそこも黒かったということですね。

521一言居士:2019/03/29(金) 07:08:26
骨髄には造血幹細胞があります。このころには成体幹細胞はインサイチュで
その組織にしかならないとのみ考えられていて、それを外に取り出した人はいない。
しかし、STAP論文が発表されて後、先に見つけられていたムーさんの筋肉細胞から
インサイチュでリプログラムされていることが分かっていた幹細胞に、キンガ・ヴィニーツは
iMuSCs(injury induced muscle-derived stem cell-like cells)という名前をつけ、
それを外に取り出して、三胚葉に分化させ、テラトーマとキメラ形成させました。
ティシュー論文でもし小保方さんが造血幹細胞を三胚葉分化させていたのなら、
世界で初めてそんな破天荒なことをした人は小保方さんであったということになるんでしょうね。
ただし、小保方さんは実際には各由来組織からスフィアを作ってまたも
三胚葉分化させているといます。確率的には成体幹細胞であったとも思えないところで、
やはり刺激惹起かなとも思えますね。ただし、清成さんはできませんでした。こちらの
原因も考えないといけませんね。

522一言居士:2019/03/29(金) 07:11:15
いるといます→います

523一言居士:2019/03/29(金) 07:14:51
私は別にntES論にこだわってはいません。事件の解明だけが目的で考えています。
①ESコンタミだった。
②本当にできていた。
③ntES化されていた。
どれかですが①はもはや我々の間ではあり得ませんね。ここはまだ0oboeさんと
パートナー氏、そして楠本さんたちが追っておられますね。

524一言居士:2019/03/29(金) 07:18:25
②を主張する人たちはできているのになぜ若山さんが取り下げたのか、また、
なぜ再現検証実験でキメラができなかったのかの理由を見つけなければなりません。
③は手記に小保方さんがリクルートされている事情との関連をよく説明できてるんです。
私は今のところまだ③にいます。

525小野小町:2019/03/29(金) 07:21:58
連投が長いとリジェクトされるからその程度にしといたら。

526地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/30(土) 07:43:31
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

527在原業平:2019/03/30(土) 07:59:03
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

528小野小町:2019/03/30(土) 08:11:39
お気に入りは楠本さんから問い合わせよ。
>>
楠本 英正さんがリンクをシェアしました。
昨日 9:05
一言居士さんへ
学さんのブログで漏れ出し現象について言及しておられますが、OCT4-GFPが強く発現している画像とそうでない画像があると思うのですが、どう思われますか。

529一言居士:2019/03/30(土) 08:18:51
GFPの漏れ出しは丹羽さんの発見で、Oct4-GFP人工遺伝子が発現して、GFPという蛍光蛋白質が
製造されて、紫外線を当てると緑色蛍光しているにも関わらず、肝心なOct4遺伝子そのものが
発現してないという現象で、こちらはPCRで遺伝子の発現を確認し、発現していても
Oct4蛋白が製造されているか否かは免疫染色で確認できる。まずPCRでOct4遺伝子の
mRNAが発現していないと言ってるんだな。

530閲覧者:2019/03/30(土) 08:39:08
漏れ出しの発見はそれ自体が一つの科学的発見だね。これは原因を追究していくべき一つの課題で
誰かが興味を持ったらやるであろう仕事で、これを通して大発見が無いとも限らないね。
どんな遺伝子も先頭にプロモーター遺伝子がくっついていて、このプロモーターが体内の特定の
たんぱく質の増減に反応して発現したりしなかったりする仕組みになっていて、無論、Oct4たんぱく質を
製造する設計図であるOct4遺伝子(人工遺伝子に対して内在性遺伝子と呼び分けている)にもそれを稼働させる
プロモーター配列がある。対してGFP遺伝子はオワンクラゲが蛍光蛋白質を製造する仕組みを利用して
目的の遺伝子の発現と対応させて光らせる人工遺伝子で、Oct4遺伝子がターゲットなら
人工遺伝子をOct4遺伝子のプロモーター部位につなげたものをヴィルスベクターを使って核内の染色体に
感染挿入させる。これで、内在性Oct4遺伝子が発現したら、同時にGFP遺伝子も発現すると組ができる。
これがGOFマウスと呼ばれているものだね。

531閲覧者:2019/03/30(土) 08:40:23
と組→仕組み

532小野小町:2019/03/30(土) 08:41:56
若山研ではこのマウスを使ってES細胞の研究をしていたのね。それで沢山必要だから
自家繁殖させていたわね。

533一言居士:2019/03/30(土) 08:45:29
PCRでの発現確認はとても面倒なものなので、小保方さんはOct4の発現をリアルタイムで
確認できるGOFマウスでやってみたかったという動機と震災の偶然が重なって、
若山さんのところでこのGOFマウスを使っての酸浴実験を始めたら、たくさん
光るようになった。無論、若山さんも小保方さんもGFPの漏れ出しなんて、この時には
知らないんだよ。

534小野小町:2019/03/30(土) 08:49:06
三胚様分化する細胞であるということに加えて事件のもう一つの原因になった
GFPの漏れ出しね。みれがなかったら若山さんはこの細胞をntES化しようとは
思わなかったでしょうね。

535在原業平:2019/03/30(土) 08:59:32
そうね。博論の実験ですでに小保方さんのスフィア塊からはまともなキメラは
できないと分かっている。小保方さんの三胚様実験でも20個に1個、50個に1個の
成功率で、しかもティシュー論文では一個のスフィア塊の構成細胞が2000個以上と
されている中のどの細胞が分化したのかすらわからないんだから、そのままでもう
一度やろうとは思わないよね。フロリダ会議で"できてきている"のではないかと
方向転換した実験の中で多数GFP傾向が出た。この組み合わせで、若山さんは
スタンダードなやり方でキメラができないと結論された後にntES化を試そうという
気になった。このGFP確認された細胞ならクローン胚に入れられる。

536一言居士:2019/03/30(土) 09:10:48
若山さんは既に最初のGOFの実験時に同時並行でGOFのntES化を初めているんだよね。
最初からF1でやることはないよね。ただ沢山光っているから、形態判断でF1も次にやってみて、
小保方さんに採取に成功だと見せた胎児はCAG入りだったね。たぶん、ただのCAGではなくて
Acr-CAGだというのはそのあとのテラトーマからアクロシンが出ていることでわかる。これは
若山さんが上から注射したんで、小保方さんが捏造するなら学生のGOF-ESを使うに
決まってる。

537一言居士:2019/03/30(土) 09:13:37
採取に→最初に

538一言居士:2019/03/30(土) 09:35:47
質問の主旨はExtended Data Figure4-dだよね。
Dimからはできない。FACS選別したOct4-GFP+細胞からは3/20できた。
目視でよく光ってる塊のまま入れたら8/20できたというものだね。
無論、このテラトーマ作成はヴァカンティ足場を使ったものだから、ほとんど
三胚様分化実験をシャーレごと皮下に埋めたようなテラトーマで、
ES細胞のスタンダードなプロトコルによるテラトーマとは違う。

539閲覧者:2019/03/30(土) 09:41:47
ティシュー論文と博論でもヴァカンティ足場を使ってるよね。理研でも
テラトーマはそうで実験ノートにもそう書かれている。問題はNOD/SCIDが
理研でも使われているのかどうかだね。少なくとも12/27テラトーマは
裸マウスだね。

540小野小町:2019/03/30(土) 09:45:39
ティシュー論と博論では明確にNOD/SCIDね。問題は12/27テラトーマ以外は
どうだったのかということだけど、情報が無いわね。アーティクルのマテメソにも
NOD/SCIDと書かれていて、ここは査読者の質問もあってなぜNOD/SCIDなのかと問われていて
炎症を防ぐためと書き込んでるわね。

541一言居士:2019/03/30(土) 14:57:33
書き込んできたら学さんがすぐにアップしてくれたけど、また、楠本さんが
追伸をくれている。僕の説明がはしょりすぎてるんだろうね。

542小野小町:2019/03/30(土) 14:58:30
これね。
>>
追記
ご存知だと思いますがこのブログの画像はパートナー氏が理研に開示請求した検証実験時の画像でスタップ論文の画像とは違います。

543一言居士:2019/03/30(土) 15:00:40
STAP論文のアーティクルExtended Data Figure4-dの問題に行くんだけど、
その論理が伝わらなかったということだね。

544閲覧者:2019/03/30(土) 15:09:09
小保方さんはいつもの通りに酸浴させてSTAP細胞塊を作っているから、
論文のも、検証実験時の開示分も、STAP HOPE PAGEにあるものも全部
本質的に同じものだ。
①GFPの漏れ出しに強い発現と弱い発現が2対1程度にある。
②GFPの発現細胞の中に真正の内在性Oct4遺伝子発現細胞がごくわずかある。

ヴァカンティ足場を使用してテラトーマを形成するのは強発現細胞の中にある
ごくわずかの細胞だということね。

545一言居士:2019/03/30(土) 15:16:23
相沢さんの論文のも丹羽さんの論文のもみな同じものだね。GFPのことを忘れて
そのなかにあるティシュー論文以来の三胚葉に分化する細胞を想像したらなぜ
そういう確率でテラトーマができてくるのかがわかるはずだね。

546小野小町:2019/03/30(土) 15:19:04
漏れ出しの原理自体ははっきりしてないから、なぜ漏れ出しというアーティファクトに
強弱があるのかは分からないのね。

547小野小町:2019/03/30(土) 15:24:53
漏れ出しの原理自体ははっきりしてないから、なぜ漏れ出しというアーティファクトに
強弱があるのかは分からないのね。

548在原業平:2019/03/30(土) 15:30:30
一応人工遺伝子の仕組みは説明したけど、実際にどちらのプロモーターも
同時に働くんだけど、この酸浴実験というのはGOFのスペックとして想定されている
実験ではないからね。亜致死下に細胞を置いてもちゃんと相関して働きますなんて
確認はされていない。そもそも核腔からmRNAが出てくる仕組みはそんなに単純でないから
酸浴下でも同様に出てくるなんて保証はないね。これは専門家が研究すべき
事柄なのであって実験もしないど素人が可能性を論じても取り留めないだけだ。

549小野小町:2019/03/30(土) 17:01:43
あのねさんからも反論があるわ。
>>
それは、その通りですが、若山氏はクローンマウスの使い手であることからリンパ球は使わないとの論理を展開しました。
2019/3/29(金) 午後 5:22[ あのね ]返信する
>>
時系列?小保方さんの博論の話はしていません。「あの日」66pのキメリズムが少ないが実験結果( 2種類の遺伝子の存在を確認、故にモザイクマウスでない! 後にその試料は誰かに持ち去られている。) が若山氏にとっても、私もSTAPが本物だと言っているのです。だから、リンパ球でなくてもいいでしょう?と考えました。非リンパ球酸浴でキメラマウスができたら世界はどう評価しますか?と聞いているのです。マウスの死骸の表現は適当ではありませんでした。血液から非リンパ球を分画できますよと述べています。
2019/3/29(金) 午後 5:23[ あのね ]返信する

550一言居士:2019/03/30(土) 17:05:38
そそっかしい人だね。

「あの日」66pは博論の話だ。63Pから確認してもらわないと。
後に持ち去られたと言ってるのは別件との、混同だ。

それとFLSという命名は若山さんでLはリンパ球のことだ。

551一言居士:2019/03/30(土) 17:44:23
一応両方とも投稿してきた。

552小野小町:2019/03/30(土) 17:45:28
やっと学さんへの返答ができるようになったわね。でも、今日はもう投稿しすぎだわ。
機械にリジェクトされるわ。

553一言居士:2019/03/30(土) 17:46:11
原稿だけ準備して明日投稿しよう。

554地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/31(日) 05:55:47
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

555在原業平:2019/03/31(日) 05:57:29
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

556小野小町:2019/03/31(日) 05:58:33
学さんは、一言居士さんのあのねさんへの返事をアップし忘れてるのね。

557一言居士:2019/03/31(日) 06:00:30
気づかないんだろうね。あのままだとあのねさんは誤解したままだ。でもまた次にあったときに
注意すればいいでしょ。誤解したままだと同じように間違えてくるはずだからね。

558小野小町:2019/03/31(日) 06:01:42
ガンバレの楠本さんは理解できたのかな。返事なしね。

559在原業平:2019/03/31(日) 06:04:45
論文を読んでいないと我々の言っていることを理解するのはむつかしいかな。でも
論文の図の説明はしてるけどね。ただ、彼らはSTAP細胞は論文通りにあると信じて
いるようだからね。

560開高健:2019/03/31(日) 06:07:26
論文を読んでいないのに論文どおりにあると信じるというのは変だから、
論文通りにあると思っているのではなくて、理研が最初に記者会見したときに
小保方さんや、笹井さんが説明した、あの通りにあると信じているという
ことだろうね。

561井伏鱒二:2019/03/31(日) 06:13:26
あんなに小保方さんをほめてた若山さんが突然手のひらを返したことに対しての
不信感もあるね。パートナー氏の最初の直感はそれだ。記者会見で嘘をついていると
直感したのがこの事件に関与した動機で、謝金支払い認可表の取得につながった。
あれがなければ小保方さんが休日出勤してテラトーマ実験を準備したということは
分からなかっただろうね。

562開高健:2019/03/31(日) 06:15:12
彼らは和モガさんとも連絡ができるはずだよね。

563井伏鱒二:2019/03/31(日) 06:18:39
和モガさんはパートナー氏の資料公開会に出席していて連絡先を交換している。
楠本さんの質問は和モガさんと相談した結果である可能性もあるんだよな。

564小野小町:2019/03/31(日) 06:19:55
漏れ出しに強弱があるという説明は可能性に過ぎないわよね。

565一言居士:2019/03/31(日) 06:24:32
もちろんだよ。だから専門家の仕事だと言ったんだ。我々は小保方さんのテラトーマは
ヴァカンティ足場を使って小保方さんが強弱細胞を別々に確認した結果だと言ってるだけだ。
そしてテラトーマはGFP蛍光細胞の中のごくわずかの真正内在性Oct4発現細胞が分化したもので
光っている細胞が全部分化したようなものではないと説明しただけだ。

566閲覧者:2019/03/31(日) 06:28:10
小保方さんのテラトーマライクは理研に来てGFPを使う前からできているんで、
理研でのGFPがどうであれ、できておかしくはないんだと説明すべきなんじゃないかな。
それなら納得があるかもな。

567一言居士:2019/03/31(日) 06:32:35
>>楠本さん

返事がないところを見ると御納得がないということでしょうね。GFPの漏れ出しに関しては
原因は分からないということです。でも、論文のテラトーマは本物です。小保方さんは
理研に来る前からヴァカンティ足場を使ってテラトーマライクを作っていますから、
理研での酸浴時にも今までの物理刺激の細胞が含まれているならテラトーマライクは
できるんです。その結果がアーティクルの表です。以上。

568小野小町:2019/03/31(日) 06:34:21
貼ってらっしゃいな。ついでに学さんも忙しいからあのねさんの件は
知らせた方がいいんじゃないの。

569一言居士:2019/03/31(日) 06:50:45
貼ってきた。あのねさんもある派なんだね。学さんのところはある派の牙城だね。
でも、ちゃんと我々の話を理解しているのは学さんだけだね。

570小野小町:2019/03/31(日) 06:52:29
いよいよ、学さんへの反論ね。ここからかしらね。
>>
> 一言居士さん

①②③のどれであるかわかりません。当事者は沈黙してますから。

しかし、実は、ここが一番大事なんです。何があったのか明らかにされないまま、小保方氏はESで捏造したとの話になっちゃったんです。

STAP細胞の不可思議な点を、小保方氏の悪行に持ってかれちゃったんです。

CDB挙げての大捏造でなければ、ES説は可能になりません。ここを多くの一般人にわかって欲しいです。
2019/3/29(金) 午前 11:09返信する

571一言居士:2019/03/31(日) 06:54:27
①②③というのは以下だね。
>>
①ESコンタミだった。
②本当にできていた。
③ntES化されていた。(或いは若山さんの他の技術であっても、論文に書かれているものでない実験が行われていた。)

572閲覧者:2019/03/31(日) 07:00:32
学さんは当事者が黙っていたら分からないとおっしゃってるが、当事者たちは
たくさんしゃべってるんだよね。その証言同士が矛盾しているところから誰が犯人かを
演繹できるんだよな。そうでなければ裁判なんて不可能だからね。学さんはまだ
事件の全体像が解きほぐせてないだけだね。で、今いろいろと調べ直されている。
我々の言っていることを理解しているんだよね。納得はしてないけど事実認識に関しては
自分の方に不足があると気付いている。そしてそれを確認する過程で我々ど素人の
理解の難しいであろうところをかみ砕きながらついでに教えてくれてるんだよな。

573一言居士:2019/03/31(日) 07:06:23
まず①に関しては、これを主張しているのは桂報告書で<当事者は>調査チームであって、
決して<沈黙して>ない。BCA報告に至ってはタイトルがSTAP cells are derived from ES cellsと
そのものだからね。

574閲覧者:2019/03/31(日) 07:24:00
この結論は調査チームの調べた細胞同士の関係が以下であったと主張しているね。
>>
①FLS→FES1(太田さんが実験にも使用せず作ってみたとされている岡部マウスとのF1由来受精卵ES細胞)
②GLS→GOF-ES(学生が小保方さんに渡したntES)
③CTS→FES1(太田さんが実験にも使用せず作ってみたとされている岡部マウスとのF1由来受精卵ES細胞)
④AC129→129B6F1ES1(若山さんがFLS作成に関して作ったと主張するGFPホモのコントロールES)
⑤FLS-T→129B6F1ES1(若山さんがFLS作成に関して作ったと主張するGFPホモのコントロールES)
⑥12/27テラトーマ→FES1(太田さんが実験にも使用せず作ってみたとされている岡部マウスとのF1由来受精卵ES細胞)

575小野小町:2019/03/31(日) 07:26:17
分析結果そのものは正しいのね。でもサンプルの中身に関して真正性がまったく
担保されていないのね。証拠能力無しなのね。一般常識から考えてあり得ないような
ずさんな結論なのね。

576一言居士:2019/03/31(日) 07:37:36
このことは桂報告書が出てすぐに和モガさんが声を上げた。これは中身が同じだと
証明しただけで、中身の入れ替えが行われていないという前提の証明が無いと言ったね。

577小野小町:2019/03/31(日) 08:16:39
この後、Ooboeさんのパートナー氏の細胞の由来に関する調査が始まったのね。
若山さんはMTAも交わさずに細胞を持ち出しているということは木星さんが
指摘していたのね。それと太田ESの転送経路に関して一部調査していたんだけど
パートナー氏はもっと深く調査して、結局、太田ESに関してはすべての試料が
山梨の若山研経由していることがはっきりしたのね。それと理研が太田さんに
細胞を渡し、その容器を太田さんが理研に返していることまで突き止めてるのね。

578一言居士:2019/03/31(日) 08:21:36
理研はたくさんのことを隠していて落としどころに落とそうとしているのだ
ということは誰でも薄々感じていることだね。独法の闇があってそれに触れそうに
なってるんだよな。だから文科省が裏で蓋をしようとしていて、理研内部の
調査チームにも圧力がかかっている。それで論理が支離滅裂になっていて、
それでもお前たちは博士なのかと思わず笑いだしそうになるようなことを言ってる。

579閲覧者:2019/03/31(日) 08:25:09
太田ESを使ったと言っておきながら、本人が全部持ち出したと言ってて、
理研のどこにあったかもわからないようなFES1を解凍して使っているのに
事故コンタミである可能性も否定できないなんて、その論理だと大学入試も
通れないだろうね。それで博士だと。これで噴出さない人はいないよね。

580小野小町:2019/03/31(日) 08:27:54
まあ、圧力でやむを得ずやってるとは言え、小保方さんを陥れてるんだから
そのくらいの悪口言われても仕方ないわね。

581一言居士:2019/03/31(日) 08:33:45
事故でなかったら犯人がいるということだ。ここで既に桂報告の論理は崩れてるんだね。
事故なら犯人追及は不要で、実験に関わった若山さんか小保方さんが原因である可能性が
一番高い。どういう経過の実験であったのかを調査するだけで原因は分かる。そして原因が
分かったら調査報告して終わりだ。ところがそちらはやってない。

582小野小町:2019/03/31(日) 08:35:29
あら、事故の可能性を言うなら、調べればいいだけよね。そんなにむつかしくない。
どうしてそちらからまず始めないの?

583一言居士:2019/03/31(日) 08:36:15
事故じゃないことを知ってるからじゃないか。

584小野小町:2019/03/31(日) 08:36:57
どうして事故じゃないと知ってるの?

585一言居士:2019/03/31(日) 08:40:23
無いはずの太田ESが使われていると分析結果が出たんだから、だれがこんなものを
持ち込んだのだと考えるのが普通でしょ。すると置忘れしかない。置き忘れられた細胞を
誰かが使ったんだから、これを解凍した人は故意に解凍したに決まっている。そんなものを
事故で解凍のしようがないでしょ。だから犯人は居ると知ってるのさ。

586小野小町:2019/03/31(日) 08:42:20
犯人の候補は三通りしかないのね。
①若山さん。
②小保方さん
③第三者

587一言居士:2019/03/31(日) 08:46:25
それですべてを尽くしている。若山さんが太田ESをポトリと落として小保方さんのために
キメラを作ってやる動機なんてないよね。第三者ならなおさらないじゃないか。ラボ仲間が
客員の小保方さんのためにポトリってないでしょ。ましてどこかからやってきた見知らぬ人が
ポトリはなお無いよ。従って犯人は小保方さんだということになる。だから、事故コンタミの
可能性調査はしなかったんだよ。

588小野小町:2019/03/31(日) 08:48:30
桂報告はどうして小保方さんが犯人だとはっきり言わなかったの?

589閲覧者:2019/03/31(日) 08:57:20
桂チームは若山さんが怪しいと思っていたんだけど、文科省から圧力があって
幕引きを迫られた。だから小保方さん犯人説で落としどころとせざるを得なかった。
それと若山さん犯人説でntESではないかとまで気づけてなかった。どうしてかというと
若山さんの動機が分からなかったんだ。これが分かったのは手記が出てからだ。
桂チームはもやもやとしたままで結論を出さないといけなくなって、当然予期される
小保方さんからの訴訟を配慮して、それをかわすために犯人は分からないという屁理屈を
しつらえたのさ。そして事故の可能性も否定できないとやわらげた。でも世間は
小保方さんが犯人だと思っただろうね。そういう論理になってるもの。誰でも
桂報告の矛盾に気づけない限りはESによる故意の捏造で犯人は小保方さんだと桂報告が
言っていると解すね。これが狙いなんだね。

590小野小町:2019/03/31(日) 08:59:07
これで一件落着なのね。でも、世間は納得はしてないのよね。

591在原業平:2019/03/31(日) 09:02:32
当たり前だよ。世間はこの細胞生物学の専門に関してはど素人だけど、各自みな
自分の専門分野は持っていて、そこで使われている論理は共通のものだよ。専門知識の
壁に阻まれてしかとはその矛盾に気づきにくくされているから明確にできないんだけど、
言ってることが非論理だということは分かるのさ。

592小野小町:2019/03/31(日) 09:05:06
なんかもぐもぐと怪しげなこと言ってるなという感じね。

593一言居士:2019/03/31(日) 09:07:53
今あたらしいDORAさんのブログで問題にされているじゃないか。官僚制度の
硬直化の問題だね。いわゆる独法の問題ね。特別会計の闇だ。

594小野小町:2019/03/31(日) 09:08:36
こちらの問題は世間の方がはるかに知ってるのね。

595在原業平:2019/03/31(日) 09:10:54
そりゃそうだよ。こちらは関係業界にとって仕事がどこから来るかは自分の身に
つまされる問題で、裏事情はよく知ってる。学会も同じだということくらい一目だよ。

596小野小町:2019/03/31(日) 09:12:41
本当はSTAP事件は官僚制度の硬直化による弊害が遠因なのね。でもそんな迂遠なこと
言ってても始まらないわね。

597一言居士:2019/03/31(日) 09:20:18
そう。事件は2011年11月に顕微鏡下でキメラ胎児が光ったことから始まった。
CAG-GFPが光ったのさ。その次に小保方さんがGOFマウスで作ったSTAP細胞で
テラトーマを作ったものからAcr-CAGが出た。桂報告書はこれをFES1の混入と
継論した。となると当然最初のF1キメラに入っいたGFPもAcr-CAGだと
いうことになる。小保方さんは捏造するなら持っているとはっきり
わかっている学生のGOF-ESを使うよね。つまり、このAcr-CAGのF1マウスは
若山さんが交配したもので、太田ESではないということだ。そして
若山さんはF1キメラと同時にできたと言われている幹細胞を小保方さんの
テラトーマの上から注射したんだよ。

598一言居士:2019/03/31(日) 09:21:26
継論した→結論した

599小野小町:2019/03/31(日) 09:22:54
若山さんはどうしてそんなややこしいことをしているの?

600一言居士:2019/03/31(日) 09:28:01
それが分からないから桂チームがもやもやしてたのさ。でも文科省の幕引き指示で
ああいう処理にするしかなかった。この動機は桂報告時点では若山さんと西川さん
以外には誰もはっきりとは知らなかったと思われるね。我々世間がそのことを
知ったのは手記が出てからだ。しかも小保方さん自身はそれが原因だということに
気づかないまま正直にあったことを書いているだけだ。

601小野小町:2019/03/31(日) 09:41:16
①小保方さんは2011年の5月頃に若山研に入るよう若山さんから誘われたのね。
②それが契機で論文が出るまでの間はヴァカンティ研の所属で若山研の客員になったのね。
③酸浴GFP蛍光には成功したけどキメラはできなかったから、どうやら論文をまとめて米国に帰ろうとした。
④ところがナイフ切り分けでできたと言われた。
⑤翌年になって今度は山梨大の助手で来ないかと誘われたが返事を留保した。
⑥4月にヴァカンティが米国特許仮申請した。
⑦ジャームライン確認実験の終わった5月頃GFPが半々に来たと小保方さんに言った。
⑧8月頃若山さんが盛んに山梨に来るように小保方さんを勧誘した。ラボ仲間もついていかないとマウスみたいに食べられちゃうぞと加勢した。
⑨11月に小保方さんはヴァカンティの元に帰ってしまったところに西川さんから理研に濃いと誘われた。この時まで若山さんに返事していなかった。
⑩そして小保方さんは若山さんのデータを持ったまま理研のRULに採用された。

602小野小町:2019/03/31(日) 09:42:49
濃いと誘われた→来いと誘われた

603シャーロック・ホームズ:2019/03/31(日) 09:43:54
内内の話なんだね。

604ドクター・ワトソン:2019/03/31(日) 09:54:05
この話は小保方さんが理研に採用されるまでの間全く内内の話なんだよ。
三誌もリジェクトされていて全然世間に出ている話ではない。唯一問題なのが
ヴァカンティの仮申請だったんだよ。
でも、これも内内の話しで、あれはコンタミだったらしいで終わり得ることだ。
理研が入ってから後に引けなくなってしまったのさ。

605小野小町:2019/03/31(日) 09:56:21
ESではないということからもう本物でもあり得なくなってるのね。本物だったら
こんなことをする必要がないわね。12/27テラトーマからアクロシンが出る
はずもないのよね。

606一言居士:2019/03/31(日) 10:01:04
それがわかると、ヒートマップや遺伝子解析の問題で、CD45+細胞と酸浴STAP細胞は
小保方さんの作ったそのままの細胞で、STAP幹細胞とFI幹細胞は若山さんのntESなのだと
思っての結論にならなければならないのね。

607一言居士:2019/03/31(日) 10:01:44
ならないのね。→ならないんだ。

608閲覧者:2019/03/31(日) 10:08:50
それを考えるときに、丹羽さんのみつけたGFPの漏れ出しとともに重要なのが、相沢さんの見つけた
Gapdh値の不安定性だな。小保方さんの作ったミンチし遠心し、FACSソートされたCD45+細胞と
酸浴されたSTAP細胞の遺伝子解析はGapdhがあてにならないのに対して、若山さんの作ったSTAP幹細胞と
FI幹細胞の遺伝子解析結果は普通に使えるものだということになる。

609小野小町:2019/03/31(日) 10:16:42
FI-SCの568のTs.Marker分析は若山さんのnt-ESのもともとの性質である可能性があるのね。

610一言居士:2019/03/31(日) 10:21:12
小保方酸浴細胞核を使うときに丹羽漏れ出しが前提されていると小保方さんの
昔からの真正なOct4発現細胞に当たっている確率はとても低い。つまり、若山さんは
ただ単に普通のリンパ球の細胞核をクローン胚に入れただけの可能性が高いんだよな。
そして、もしこれに何か胎盤貢献能が付与されたとしたらそれはただ単に若山さんの
発見であるにすぎいない。ヴァカンティ研は全く関係ない。

611小野小町:2019/03/31(日) 10:22:40
そこに胎盤は本当に光ったのかという問題が横たわっているのね。でもあんまり
連投すると拒絶されるからそこまでのところを纏めて投稿したら。

612一言居士:2019/03/31(日) 16:22:21
長くなったから二日に分ける。一応ここには原稿保存しとこう。
>>[連投1]
>>学さん
早速アップしてくださって有難うございます。今度は学さんへの返信です。
>
①②③のどれであるかわかりません。当事者は沈黙してますから。
しかし、実は、ここが一番大事なんです。何があったのか明らかにされないまま、小保方氏はESで捏造したとの話になっちゃったんです。STAP細胞の不可思議な点を、小保方氏の悪行に持ってかれちゃったんです。CDB挙げての大捏造でなければ、ES説は可能になりません。ここを多くの一般人にわかって欲しいです。

613一言居士:2019/03/31(日) 16:23:04
[連投2]
①②③というのは以下です。
>>
①ESコンタミだった。
②本当にできていた。
③ntES化されていた。(或いは若山さんの他の技術であっても、論文に書かれているものでない実験が行われていた。)

当事者たちはたくさんしゃべっていると思います。その証言同士が互いに矛盾しているところから誰が犯人かを演繹できると思います。学さんは私とは所見が違いますが、私の申し上げていることをいち早く理解して、先へ先へとスレッドを作ってくれていますね。その時に我々ど素人の理解の難しいであろうところをかみ砕きながらついでに教えてくれてますね。大変ありがたく思っております。

614一言居士:2019/03/31(日) 16:23:44
[連投3]
まず①に関しては、これを主張しているのは桂報告書で<当事者は>調査チームであって、決して<沈黙して>いません。ご承知の通りBCA報告に至ってはタイトルがSTAP cells are derived from ES cellsとそのものです。調査チームの調べた細胞同士の関係は以下であったと主張しています。
①FLS→FES1(太田さんが実験にも使用せず作ってみたとされている岡部マウスとのF1由来受精卵ES細胞)
②GLS→GOF-ES(学生が小保方さんに渡したntES)
③CTS→FES1(太田さんが実験にも使用せず作ってみたとされている岡部マウスとのF1由来受精卵ES細胞)

615一言居士:2019/03/31(日) 16:24:21
[連投4]
④AC129→129B6F1ES1(若山さんがFLS作成に関して作ったと主張するGFPホモのコントロールES)
⑤FLS-T→129B6F1ES1(若山さんがFLS作成に関して作ったと主張するGFPホモのコントロールES)
⑥12/27テラトーマ→FES1(太田さんが実験にも使用せず作ってみたとされている岡部マウスとのF1由来受精卵ES細胞)

616一言居士:2019/03/31(日) 16:24:54
[連投5]
この報告は分析結果そのものは正しいのですが、サンプルの中身に関して真正性がまったく担保されていなくて、証拠能力がありません。このことは桂報告書が出てすぐに和モガさんが、これは中身が同じだと証明しただけで、中身の入れ替えが行われていないという前提の証明が無いと指摘されました。
その後、木星さんが、若山さんと理研はMTAも交わさずに細胞持ち出しが行われていること、太田ESが山梨大に送られたことまで調査し、Ooboeさんのパートナー氏がもっと深く調査して、結局、太田ESに関してはすべての試料が山梨の若山研経由していることがはっきりしました。加えて理研が太田さんに細胞を渡し、その容器を太田さんが理研に返していることまで突き止めています。

617一言居士:2019/03/31(日) 16:25:35
[連投6]
桂報告は事故コンタミであったことを可能性として否定していません。本人が全部持ち出したと言っている太田ESが使われていると主張していていながら、そんな置忘れサンプルがなぜ事故で解凍されるのかということを不審にも思わずに事故コンタミの可能性を残した非論理に彼らの嘘のしっぽが出ています。
事故でなかったら犯人がいるということです。ここで既に桂報告の論理は崩れています。事故なら犯人追及は不要で、実験に関わった若山さんか小保方さんが原因である可能性が一番高いのですから、どういう経過の実験であったのかを調査するだけで原因は分かります。そして原因が分かったら調査報告して終わりです。ところがそちらはやってない。

618一言居士:2019/03/31(日) 16:26:17
[連投7]
なぜ事故コンタミの調査をしなかったかというと、事故でないということを知っているからですね。無いはずの太田ESが使われていると分析結果が出たんだから、だれがこんなものを持ち込んだのだと考えるのが普通です。すると置忘れしかない。置き忘れられた細胞を誰かが使ったんだから、これを解凍した人は故意に解凍したに決まっている。そんなものを事故で解凍のしようがないでしょ。だから犯人は居ると知ってるんですね。
犯人の候補は三通りしかありません。
①若山さん
②小保方さん
③第三者

619一言居士:2019/03/31(日) 16:27:04
[連投8]
これですべてを尽くしてます。若山さんが太田ESをポトリと落として小保方さんのために偽キメラを作ってやる動機なんて知られていません。ラボ仲間が客員の小保方さんのためにポトリもなければ、ましてどこかからやってきた見知らぬ人がポトリはなおありません。従って犯人は小保方さんだということになる。だから、事故コンタミの可能性調査をしなかったんです。
では桂報告はどうして小保方さんが犯人だとはっきり言わなかったのか。小保方さんが訴訟するに決まっているからそれを逃れようとしたんですね。だから犯人は分からない、事故コンタミもあり得るとカモフラージュしました。自分たちは小保方さんが犯人だとは言ってないと暗に主張しているんです。小保方さんは抗弁しにくいんですね。

620一言居士:2019/03/31(日) 16:27:55
[連投9]
本当に小保方さんがES細胞で捏造したと分かっていたらそんなことをする必要はありません。訴訟は受けて立つべきで賠償金も請求できます。彼らは小保方さんが犯人だと証明できてないと分かっていたんですよ。若山さんも怪しいと感じていた。このことは手記227Pに川合理事の証言が書き留められていますね。
理研はたくさんのことを隠していて小保方さんの論文不正という落としどころに落とそうとしているのだということは誰でも薄々感じていることですね。独法の闇があってそれに触れそうになってる。だから文科省が裏でヒヤヒヤしていて蓋をしようとしていて、理研内部の調査チームにも圧力がかかっている。それで論理が支離滅裂になっていて、それでもお前さんたちは博士さんなのかと思わず笑いだしそうになるような非論理を言ってるわけです。これ以上連投いるととまた書き込み禁止になりそうですので今日のところは以上です。明日続きを書きます。

621一言居士:2019/03/31(日) 16:29:22
[連投10]
桂チームは若山さんが怪しいとも思っていたんでしょうけど、文科省から圧力があって幕引きを迫られた。だから小保方さん犯人説で落としどころとせざるを得なかった。それと同時に若山さん犯人説でntESではないかとまでは気づけてなかった。どうしてかというと若山さんの動機が分からなかったんですね。これが分かったのは手記が出てからです。桂チームはもやもやとしたままで結論を出さないといけなくなって、当然予期される小保方さんからの訴訟を配慮して、それをかわすために犯人は分からないという屁理屈をしつらえた。そして事故の可能性も否定できないとやわらげた。世間は小保方さんが犯人だと思ったでしょうね。論理がそういう基本構造になってますからね。桂報告の内部矛盾に気づけない限りはESによる故意の捏造で犯人は小保方さんだと桂報告が言っていると解すのが普通ですね。これが狙いなんですね。

622一言居士:2019/03/31(日) 16:30:20
[連投10]
これで一件落着させたいんでしょうが、世間は納得はしてませんね。世間はこの細胞生物学の専門に関してはど素人ですが、各自みな自分の専門分野は持っていて、そこで使われている論理はこの分野と共通のものです。専門知識の壁に阻まれてしかとはその矛盾に気づきにくくされているから明確にできないんですけど、言ってることが非論理だなということは直感的にわかりますね。
なんかもぐもぐと怪しげなこと言ってるなという感じです。今新しいDORAさんのブログで問題にされている官僚制度の硬直化の問題ですね。いわゆる独法の闇、特別会計の闇ですかね。こちらの問題は世間の方がはるかに知っていて、関係業界にとって仕事がどこから来るかは自分の身につまされる問題で、裏事情はよく知ってる。学会も同じだということくらい一目です。

623一言居士:2019/03/31(日) 16:33:35
[連投12]
本当はSTAP事件は官僚制度の硬直化による弊害が遠因かもしれません。でもそんな迂遠なこと言ってても始まりません。
事件は2011年11月に顕微鏡下でキメラ胎児が光ったことから始まりました。CAG-GFPが光ったんです。その次に小保方さんがGOFマウスで作ったSTAP細胞でテラトーマを作ったものからAcr-CAGが出ました。桂報告書はこれをどこにあったかすらわからないFES1の混入と結論した。となると当然最初のF1キメラのGFPもAcr-CAGだということになります。

624一言居士:2019/03/31(日) 16:34:21
[連投13]
小保方さんはGOFマウスでテラトーマを作ろうとしているのですから、捏造するなら持っているとはっきりわかっている学生のGOF-ESを使いますよね。かといって若山さんが太田ESで捏造なんてするわけもないということになると、つまり、このAcr-CAGのF1マウスは若山さんが交配したもので、太田ESではないということになるんです。そして若山さんはF1キメラと同時にできたと言われている幹細胞を小保方さんのテラトーマの上から注射したんです。だからAcr-CAGが出たんです。

625一言居士:2019/03/31(日) 16:35:14
[連投14]
若山さんはどうしてそんなややこしいことをしているのか。それが分からないから桂チームがもやもやしてたわけですが、文科省の幕引き指示でああいう処理にするしかなかったんですね。このリクルートに関する動機は桂報告時点では若山さんと西川さん以外には誰もはっきりとは知らなかったのではないかと思います。我々世間がそのことを知ったのは手記が出てからで、しかも小保方さん自身はそれが原因だということに気づかないまま正直にあった出来事を書いているだけです。

626一言居士:2019/03/31(日) 16:35:58
[連投15]
①小保方さんは2011年の5月頃に若山研に入るよう若山さんから誘われた。
②それが契機で論文が出るまでの間はヴァカンティ研の所属で若山研の客員になった。
③酸浴GFP蛍光に成功したがキメラはできなかったので、どうやら論文をまとめて米国に帰ろうとした。
④そこにナイフ切り分けでできたと言われた。
⑤翌年になって今度は山梨大の助手で来ないかと誘われたが返事を留保した。

627一言居士:2019/03/31(日) 16:36:39
[連投16]
⑥4月にヴァカンティが米国特許仮申請した。
⑦ジャームライン確認実験の終わった5月頃若山さんがGFPが半々に来たと小保方さんに言った。
⑧8月頃若山さんが盛んに山梨に来るように小保方さんを勧誘した。ラボ仲間もついていかないとマウスみたいに食べられちゃうぞと加勢した。
⑨11月に小保方さんはヴァカンティの元に帰ってしまったところに西川さんから理研に来いと誘われた。この時まで彼女は若山さんに助手の件を返事していなかった。
⑩そして小保方さんは若山さんのデータを持ったまま理研のRULに採用された。

628一言居士:2019/03/31(日) 16:37:23
[連投17]
この話は小保方さんが理研に採用されるまでの間全て内輪の話です。論文も三誌リジェクトされていて全然世間に出ている話ではありません。唯一問題なのがヴァカンティの仮申請だったんですが、これも内内の話しで、あれはコンタミだったらしいで終わり得ることでした。何も深刻なことはないわけです。でも理研が入ってからは後に引けなくなってしまいましたね。
最初のF1キメラが太田ESで作られたものではないということに納得があると、もう演繹的に論文通りの本物でもあり得なくなってます。本物だったら若山さんはあんな記者会見をする必要がないでしょうし、12/27テラトーマからアクロシンが出たのを太田ESだと言われて黙っていることもないでしょう。小保方さんはテラトーマに太田ESを入れるくらいならGOF-ESを入れるでしょうし、若山さんが太田ESコンタミなんてする理由がありませんね。だからntES化の別実験でできたキメラと幹細胞をそれと説明せずできたよと言ったんです。翌年まで引き留めておくための軽い一時的嘘です。

629一言居士:2019/03/31(日) 16:38:29
[連投18]
それがわかると、ヒートマップや遺伝子解析の問題で、CD45+細胞と酸浴STAP細胞は小保方さんの作ったそのままの細胞で、STAP幹細胞とFI幹細胞は若山さんのntESなのだと思っての結論にならなければならないということになります。その際に丹羽さんのみつけたGFPの漏れ出しとともに重要なのが、相沢さんの見つけたGapdh値の不安定性です。小保方さんの作ったミンチし、遠心し、FACSソートされたCD45+細胞と酸浴されたSTAP細胞の遺伝子解析はGapdhがあてにならないのに対して、若山さんの作ったSTAP幹細胞とFI幹細胞の遺伝子解析結果は普通に使えるものだということになる。

630一言居士:2019/03/31(日) 16:39:17
[連投19]
FI-SCの568のTs.Marker<やっぱりね>分析は若山さんのnt-ESのもともとの性質である可能性があるとみています。小保方酸浴細胞核を使うときに丹羽漏れ出しが前提されていると小保方さんの昔からの真正なOct4発現細胞に当たっている確率はとても低い。つまり、若山さんはただ単に普通のリンパ球の細胞核をクローン胚に入れただけの可能性が高いと推測されるんです。
そして、もしFGF4誘導によって、これに何か胎盤貢献能が付与されたとしたら、それはヴァカンティ研とは全く関係ない、ただ単に若山さんの発見であるにすぎない可能性もあります。そこには胎盤は本当に光ったのかという問題が横たわっているんですね。次の機会に卵黄嚢に関しての小保方さんと笹井さんの行き違いについて考えてみたいと思います。以上です。

631小野小町:2019/03/31(日) 16:48:25
なるほど。明日ね。では明後日の原稿が胎盤と卵黄嚢と卵膜の問題ね。

632一言居士:2019/03/31(日) 16:49:22
今からその原稿を考える。

633小野小町:2019/03/31(日) 16:50:09
ジムさんへの原稿はどんどん後回しね。

634閲覧者:2019/03/31(日) 16:52:09
いや、もはや、学さんを説得しようと自分の考えを纏めているうちに、
ペーパー1枚の報告に書きあがりつつあるよ。

635地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/01(月) 06:37:06
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

636在原業平:2019/04/01(月) 06:38:06
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

637小野小町:2019/04/01(月) 06:41:12
お気に入りはDORAさんが休みみたいね。学さんのところはOoboeさんが参入ね。
ガンバレの楠本さんはお返事があったわね。学さんは相当深く理解している人ね。

638一言居士:2019/04/01(月) 06:44:12
昨日の残りを投稿してきたよ。そのときOoboeさんの書き込みがあるのに途中で気づいた。
まだ学さんはアップしてくれてない。ついでに昨晩、

ねつ造を画策する人が、わざわざ、違う種類の細胞抽出物をまぜて、遺伝子解析に提出するのか?

のコメント欄にも書き込んだ。

639一言居士:2019/04/01(月) 06:44:59
[連投1]
>>学さん
>遠藤解析によると、FI細胞のSNIPsをB6、non-B6との分類法で分けると、TSマーカの各SNIPごとのばらつきがみられることから(図2Cを参照)、FI細胞中の混入TS細胞は、B6でも129でもないマウス由来(CD1)との判定になるのです。

少なくともSox21に関してはESはいうに及ばず、他の細胞にも発現があって、Sox21が出ていたらTS細胞であるという意味で、Sox21がTS特異的マーカーであるという遠藤さんの主張はTs.Marker さんによって否定されましたね。ただ、Sox21がTS細胞内で重要な働きをしているという意味で、TS特異的マーカーであるかもしれないのは後の論文が明らかにしつつあるということですね。

640一言居士:2019/04/01(月) 06:45:43
[連投2]
遠藤論文が10%のCD1はTSであるという根拠はもはやElf5だけですね。Elf5はどんな場合もESには出ないのですか。Elf5は確かにTS特異的マーカーだと小保方論文には書かれています。ある幹細胞に特異的なマーカージーンって何でしょうね。Oct4が発現していたらES細胞なのならSTAP細胞はES細胞だということになります。ES細胞にはOct4の発現があるということですよね。逆は真ではない。そういう間違いが多い。Letter Extended Data Figure 5-e,fのGFPとBFPの共挿入ES細胞の入ったGOFのFI-SCではないのですか。これは若山研に無いESですから丹羽研の提供だとすると、CD1のTSも丹羽研提供ですから、このESもCD1であった可能性はありますよね。無論GOFのFI-SCはあったに決まっている。だって、小保方さんは黒いマウスを渡されているんでしょ。彼女は混乱の中で若山さんをかばうために何を渡されたか知らなかったとまで答えていますね。なんてかわいそうなんだろう。以上です。

641小野小町:2019/04/01(月) 06:47:52
それもまだ学さんにアップされてないのね。学さんってアップする前に考えてるみたいね。

642在原業平:2019/04/01(月) 06:53:41
医者だというから、基礎知識が我々ど素人と違うんで早い段階からこの事件に
関する情報を咀嚼されているんだけど、ただ全体のストーリーの構成がSTAP細胞は
論文通りにあるという柱の周りに組み上げられている。今、我々が別の柱を提示したんで
自分の情報で組み直せるかを確認されているのさ。我々のストーリーの方が、自分の
組み上げたものよりひずみが少ないと気付いている。だから考え考え確認前進されて
いるのさ。我々の論の本当の意味の読者だね。

643開高健:2019/04/01(月) 06:55:52
ニーチェの言ってる自分の著作の理想的読者かね。自分以外に一人見つけたと。
ふふふ。

644井伏鱒二:2019/04/01(月) 06:58:40
便所の壁新聞の別巻に一人定期購読者がついた。

645:2019/04/01(月) 07:00:14
学会の隠れスピンドクターじゃないかと疑ってたくせに。

646ふふふ:2019/04/01(月) 07:02:23
鉄、自分以外の人間を手放しで信用する大人もいまいや。自分以外の人のこころは
計り知れない。

647:2019/04/01(月) 07:03:22
親分、自分のこころだってはかり知れねえ。

648ふふふ:2019/04/01(月) 07:04:35
あっちに行ったらお釈迦様のみ心と一体になれるぜ。

649小野小町:2019/04/01(月) 07:07:03
あら、お二人さん、オヒサ。コーヒーでもどうぞ。業平君のおごりよ。

650在原業平:2019/04/01(月) 07:08:53
小町ちゃん、株主の僕の預けてる財布を自分のみたいに処置しないでよ。

651小野小町:2019/04/01(月) 07:25:15
Ooboeさんへの返事はどうするの?
>>


一言居士さんへ

頑張れFB楠本さんの質問に重複しますが
パートナー入手の約500枚発光画像資料のほとんどは細胞死自家発光です
それも弱々しい発光です。丹羽先生の漏れ出し発光というデータを
私は理解出来てませんが、パートナー入手画像からはどれが漏れ出し画像なのかがよくわかりませんが。心当たり画像として
不定形爆発的発光画像があります。画像のパタンを別けますと
自家発光のみ画像、Oct発光のみ画像、
自家発光とOct発光の混合画像、そして
不定形爆発的発光画像の4パタンです。
これらの資料から、漏れ出し発光現象は
不定形爆発的発光パタンの画像のように感じますが、???です。
2019/3/31(日) 午後 11:23[ Ooboe ]返信する

652一言居士:2019/04/01(月) 07:30:11
今、確認に行ったら、学さんは続きは全部アップしてくれている。CD1の問題はまだだ。

653小野小町:2019/04/01(月) 07:35:14
こちらもあるわよ。
>>
楠本 英正
6時間前
一言居士さんへ
返事が遅れてすみません。
自分は全くのど素人なので漏れ出し現象についてどのようにコメントを書いて良いのかわからないため返事を書く事が出来ませんでした。

654一言居士:2019/04/01(月) 07:43:39
返事を書こう。
>>
楠本さん
Ooboeさん
>自分は全くのど素人なので・・・
>どれが漏れ出し画像なのかがよくわかりません・・・

漏れ出しの原理は分かっていません。丹羽さんが初めて見つけて、理研での
検証目的が違うので原因究明はされないままに、事実報告をされただけですから、
世界中でまだ分かったと言ってる人はいません。ただ、GOFマウスを
設計した人は心当たりがあって報告されているか、何か調査中なのかも
知れませんね。

655一言居士:2019/04/01(月) 07:55:07
まず先に自家蛍光についてですが、死細胞は自家蛍光を発します。自家蛍光は
死細胞だけではありませんが、今は死細胞だけに絞りましょう。
次にGFPは緑色にしか蛍光しません。そして自家蛍光は様々なスペクトルを出すということです。
緑色に蛍光している蛍光顕微鏡映像を赤色フィルターに切り替えたとき、何も蛍光してなかったら
もとの緑色蛍光はGFPの蛍光です。もし、赤色蛍光がでていたらそこには自家蛍光が含まれているということです。
注意すべきは"含まれている"のであってGFPの蛍光が無いということはフィルター切り替えでは識別できません。
必要ならPCRでGFPの人工遺伝子の発現もしくは、免染でGFP蛋白質の存在を確認しなければなりません。

656一言居士:2019/04/01(月) 08:33:17
更に、注意すべきは死細胞は自家蛍光を発するが、死にかけの細胞は自家蛍光は
発しません。以下は根本さんの紹介している有志の会の記事です。
>>
理研の広報室に自家蛍光の特徴を聞くと「死滅発光はだいたい一時間から三時間くらい。」との事

ライブセルイメージング動画の3時間というのは30分インターバルの方で6コマ分なんですが、
一秒間のコマ送りは9コマです。自家蛍光はその都度1秒間以内で消えているんです。

死にかけてるということはまだ生きているということです。そして
ここでも注意すべきは、死にかけの細胞はOct4遺伝子を発現しOct4蛋白を作ることが
あるということが知られているということです。

657一言居士:2019/04/01(月) 08:44:14
GFPの蛍光と、内在性Oct4の発現もしくはOct4蛋白の発現を区別しましょう。
緑色蛍光に関して
①GFPの発現
②GFPの発現と自家蛍光の混交
③自家蛍光のみの発現
④丹羽氏発見の"常時"5から10%のGFP漏れ出し

①は赤が無ければGFPの蛍光ですが、④が常時あるということです。
②と③は見ただけでは区別できません。④こそ、誰もが騙された
当時未知のアーティファクトだったということです。

658一言居士:2019/04/01(月) 08:53:19
ここでもっと重要なことを確認しなければなりませんね。①だったからと言って
STAP細胞が多能性細胞であるということにはならないということです。真正の
Oct4が発現したら、それはES細胞なのか。ES細胞ならOct4発現しているということで、
逆は真ではない。
STAP細胞が多能性細胞とされたのは若山さんがキメラを作って、スタンダードな方法で
できたと言ったまま、それが一度も真実を告げられないままに論文化され、笹井さんの
信用力でネイチャーに通ってしまったからですね。若山さんは真実を語るべきチャンスを
逸してしまった。それは竹市さんが小保方さんをURLにしたらと言ったからですね。
竹市さんには罪はありませんが、若山さんにも罪はないでしょう。これって
仏教の言うところの縁起ですよね。

659一言居士:2019/04/01(月) 09:04:03
若山さんは小保方さんに惚れ込んでいて山梨大に連れて行きたかった。向こうに
連れて行ったら本当のことが言える。でも、ヴァカンティの手前、あれは何かの
コンタミだったんだよと言い訳する準備もしておかなければならない。ところが
小保方さんはどうも日本の研究室の因習が好きでなかったようですね。
ヴァカンティのもとに帰ってしまった。これは小保方さんを擁護する私でも
いくらなんでも礼儀を知らんと内心怒るでしょうね。助手の誘いを断らないままに
プイとヴァカンティの元に帰った。ここは若気の至りも過ぎてると思いますね。
ちゃんと筋を通さないと失礼ですね。あれだけ世話になっておきながら、黙って
帰るのか。そして他者の口を通して断ってくるのか。今まで引き延ばしてきていたのは
何だったのか。

660小野小町:2019/04/01(月) 09:08:04
そこはどんな経緯なのかの調査がないからあまり一方的な言い分だけを強調するのは
どうかしらね。まあ、いずれにせよこれってただのどこにでもある人間関係ね。
全然興味ない。こんな目に遭ってる人って巷にあふれてるわよね。あんたたち
だけじゃないわって言いたくなる。

661一言居士:2019/04/01(月) 09:14:30
だから、誰も自分たちだけだなんて言ってないんだけど、ここではこういうことも
考えておかないと事件の全体理解には至らないぞということさ。この後、
追い詰められたとはいえ、若山さんは用心のためにサンプルの中身を入れ替えたんだよ。
これは一方的に若山さんが悪いよね。でも、相手は自分に対してあんなこと
したやつだよということになるでしょ。万が一通ってしまったらいいわけが必要になるよね。
よくそんな冷たいことができるなと思う人は、では小保方さんが何をしたかを
思い出さないといけないよな。だからこういうことも考えておく必要があるのさ。
若山さんは本心ではうやむやになることを望んでいたと思うよ。でも、内定させている
小保方ラボの寺下さんから論文は通りそうだと聞いてるからね。

662一言居士:2019/04/01(月) 09:16:43
内定→内偵

663閲覧者:2019/04/01(月) 10:05:00
2013年8月に笹井さんと話して、どうも理解してもらえなかったということで、
いよいよ通ったらもう捏造論文だとして取り下げ方向にもっていくと決めて、
1次元にもリークしておいたということだね。

664小野小町:2019/04/01(月) 10:05:58
若山さんはいつからそんな準備をしていたの?

665一言居士:2019/04/01(月) 10:12:36
最初はヴァカンティの特許仮申請だね。あれはコンタミだったようだという
言い訳ストーリーを考えて、小保方さんに渡されたマウスがホモであるとにおわせた。
その後、そのホモマウスで胎盤実験とFI幹細胞実験をして、コントロールESとTSを作った。
更に8月にはAC129の実験でそれをコンタミしたとしているが、この時の実験はキメラができていて
小保方さんはローザだと思っている。AC129は後から作られたものかもしれないんだ。というのも
FLS-TとこのAC129は若山さんが山梨で持っていたコントロール株なんだよね。

666小野小町:2019/04/01(月) 10:13:57
AC129は山梨で作られて、後に理研に戻された可能性があるのね。木星リストの
謎となっていたところね。

667地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/02(火) 07:06:23
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

668在原業平:2019/04/02(火) 07:07:35
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

669小野小町:2019/04/02(火) 07:35:33
お気に入りはDORAさんが復活、楠本さんが会計試料アップ、学さんはとうとう私たちの
今の問題の核心部においでになったわね。Ooboeさんは返事の催促よ。

670一言居士:2019/04/02(火) 07:44:22
一度に大量投稿できないんだよな。とりあえず順番だから、今日はOoboeさんへの
返事を投稿しよう。昨日までの分を整理しよう。

671一言居士:2019/04/02(火) 08:57:42
貼ってきたよ。
[連投1]
>>楠本さん、Ooboeさん
>自分は全くのど素人なので・・・
>どれが漏れ出し画像なのかがよくわかりません・・・

Ooboeさん、お久しぶりですね。一度に大量投稿するとスパム的なものと機械が判断するようです。1,2日間書き込めなくなるので、一日の投稿量を自粛しています。
お問い合わせの漏れ出しの原理は分かっていません。世界中で誰にも分っていないという意味です。ニュートンは人間の知っていることは浜の真砂の一粒に過ぎないという意味のことを言っています。丹羽さんが初めて見つけましたが、理研での検証目的が違うので、原因究明はされないままに事実報告をされただけです。分かったと言ってる人は今のところ私は知りません。ただ、GOFマウスを設計した人は心当たりがあって報告されているか、何か調査中なのかも知れませんね。

672一言居士:2019/04/02(火) 08:58:41
[連投2]
まず最初に自家蛍光についてですが、死細胞は自家蛍光を発します。自家蛍光は死細胞だけではありませんが、今は死細胞だけに絞りましょう。次に当たり前ですがGFPは緑色にしか蛍光しません。そして自家蛍光は様々なスペクトルを出すということです。緑色に蛍光している蛍光顕微鏡映像を赤色フィルターに切り替えたとき、何も蛍光してなかったらもとの緑色蛍光はGFPの蛍光です。もし、赤色蛍光がでていたらそこには自家蛍光が含まれているということですね。
注意すべきは"含まれている"のであって元の緑色蛍光像にGFPの蛍光が無いということではありません。その識別はフィルター切り替えだけでは不能です。必要ならPCRでGFPの人工遺伝子の発現もしくは、免染でGFP蛋白質の存在を確認しなければなりません。

673一言居士:2019/04/02(火) 08:59:46
[連投3]
更に、注意すべきは死細胞は自家蛍光を発するが、死にかけの細胞は自家蛍光は発しません。以下は根本さんの紹介している有志の会の記事です。
>>
理研の広報室に自家蛍光の特徴を聞くと「死滅発光はだいたい一時間から三時間くらい。」との事

論文に添付されているライブセルイメージング編集動画において、3時間というのは30分インターバルの方で6コマ分なんですが、一秒間のコマ送りはほぼ9コマです。自家蛍光はその都度1秒間以内で消えているんです。マクロファージが掃除してしまうんですね。マクロファージは酸浴に強いみたいですね。

674一言居士:2019/04/02(火) 09:00:31
[連投4]
死にかけてるということはまだ生きているということです。そしてここでも注意すべきは、死にかけの細胞はOct4遺伝子を発現しOct4蛋白を作ることがあると言われていますが、これ自体は自家蛍光ではないということです。今、自家蛍光とGFPの話をしています。混同しないでください。GFPの蛍光と、内在性Oct4の発現もしくはOct4蛋白の発現を区別しましょう。
緑色蛍光に関して、以下の現象がありうるわけです。
①GFPのみの発現
②GFPの発現と自家蛍光の混交
③自家蛍光のみの発現
④丹羽氏発見の"常時"5から10%のGFP漏れ出し

675一言居士:2019/04/02(火) 09:01:24
[連投5]
①は赤が無ければGFPの蛍光ですが、④が常時あるということです。②と③は見ただけでは区別できません。④こそ、誰もが騙された当時未知のアーティファクトだったということです。
ここでもっと重要なことを確認しなければなりませんね。①だったからと言ってSTAP細胞が多能性細胞であるということには全然ならないということです。ES細胞は常時Oct4を発現しています。多能性維持のために不可欠な蛋白質だとされているんでしょ。でもOct4が発現したら、それは多能性細胞なのか。逆は真ではない。
STAP細胞が多能性細胞とされたのは遺伝子発現解析によるのではありません。若山さんがキメラを作って、スタンダードな方法でできたと言ったまま、それが一度も真実を告げられないままに論文化され、笹井さんの信用力でネイチャーに通ってしまったからです。キメラができたから多能性細胞なんです。

676一言居士:2019/04/02(火) 09:02:19
[連投6]
沢山の人々が無意識にか意図してか、遺伝子解析結果から結論を導こうとしていますよね。これはレター論文を一から一言一句リヴァイズした笹井さんですら陥っている錯誤です。無論、笹井さんと丹羽さんの場合は、キメラができているという大前提があっての錯誤です。その証拠に手記127Pに丹羽さんの「浅い解析」という言葉が書き留められていますね。どうしてそんな「浅い解析」を放置できたか。若山さんがキメラができていると言ってるからです。その根本が動かない限りは遺伝子解析は後にちゃんとやればいいという判断になる。でも、キメラはスタンダードな意味ではできていないということだったらどうなるでしょう。
もし、レター論文の遺伝子解析結果だけでこの細胞は多能性細胞だなんて主張したら物笑いの種でしょう。若山さんはスタンダートな意味でできてないことを知ってるから、こんな論文は通るはずがないと思っている。他の人々はキメラはスタンダードなプロトコルに従ってできている。だからそれが通らないのは論文の書き方によるのだと思っている。

677一言居士:2019/04/02(火) 09:03:23
[連投7]
本当はキメラを何べんでも作って見せたらいいだけじゃないですか。それが実証科学というものだ。でも、書き方が悪いから通らないとされたら、通せと言われた人々はキメラ作成以外で査読者に疑われているところを掘り下げて説得するしかない。そんなことで論文が通ったら変でしょ。だから若山さんは通らないと思っていた。あるいは通らないことを祈ってたかもしれませんね。でも通ったんですよ。笹井さんと丹羽さんのクレジットが加わったからです。
もう書きすぎてますね。次回にしましょう。Ooboeさんの私の論考に関するご理解はほぼその通りです。以上です。

678小野小町:2019/04/02(火) 11:24:48
明日、貼る予定のもここに置いといてよ。

679一言居士:2019/04/02(火) 11:25:34
[連投8](昨日の続きです)
>>楠本さん、Ooboeさん

加えて、後の丹羽論文が発見した小保方細胞に関する新知見は、GFPの発現とは離れて、一回の実験で約30個のスフィア塊ができ、ひとつの細胞塊が約千個の細胞で構成されているとして、30000個の細胞総数ですが、その中で内在性Oct4遺伝子の発現量は、スフィア塊30個の20%、すなわち6個のスフィア塊の中に散在し、細胞個数に換算して6から12個分だということです。
小保方さんはハーヴァード時代に一回にこの30個程度のスフィア塊をたくさん作り、ひとつづつシャーレで培養してそのなかの20個に一つ50個に一ついう確率で三胚様分化を導きました(手記53P)。この結果は丹羽さんのPCR検証結果と一致していますね。このハーヴァード時代の細胞が何であったかはまだ分かっていません。小保方さんは震災がなかったらその研究を進めていたことでしょうね。

680一言居士:2019/04/02(火) 11:26:48
[連投9]
若山さんは真実を語るべきチャンスを逸してしまった。それは竹市さんが小保方さんをURLにしたらと言ったからですね。竹市さんには罪はありませんが、若山さんにも罪はないでしょう。これって仏教の言うところの縁起ですよね。利害関係者らしいオホホ・ポエムに以下のようにありますね。
>>
「世に倦む日々の人、竹市のこと信用してたのね。御愁傷様」
「竹市は本件をここまで深刻にした張本人です」
「CDBの小保方擁護筆頭、未だに現実を受け入れられない。今日も相澤研までわざわざ小保方に会いにいっちゃったり」
「もうホント馬鹿じゃないかと」
「で、細胞の調査をすることには絶対反対ね。認めてもしぶしぶ。CDBは5月末になってからやっと細胞の調査を始めた」
「けれど、若山にプライマーの配列聞いてたから、一瞬で元のESが同定www」

681一言居士:2019/04/02(火) 11:27:28
[連投10]
情報は寺下さんからも入るんですね。無論寺下さんは若山先生方と単なる電話での会話をしているだけですね。それだけで情報は伝わる。ここまでで何もとりたてて世間を騒がせるようになる要素はなかったところに、竹市さんがたまたま倫理委員会の席上で興味を持っていたところに、西川さんから小保方さんが米国に帰ったという話を聞いてURLに採用したらといったことが、オホホ・ポエムが<「竹市は本件をここまで深刻にした張本人です」>と言っている真意でしょうね。本音がでてますね。でも、因縁ですよね。倫理委員会で検討されたのは若山さんが自分の血液でSTAP細胞を小保方さんに作らせたことが機縁ですよね。因果は巡る。西川さんが最初に理研を辞任したのもこのURLの契機を作ったことが後ろめたかったんでしょうね。無論、こういうのは偶然に過ぎない。躓いたのは道端にあった石が悪いのかに類した話にしかならない。

682一言居士:2019/04/02(火) 11:28:39
[連投11]
手記239Pに相沢さんが小保方さんに対して「身から出たサビだ」というくだりがあります。小保方さんは再現実験中に相沢さんのチームに所属していて、相沢さんは大学の大先輩だということもあっていわゆるベイビーシッター役を仰せつかっていますから、小保方さんから今までの経緯を聞いていて、気づくところがあったんではないですか。孫くらいの年の差です。
ここはどんな経緯なのかの調査がありませんから一方的な言い分だけを強調するのはよくないかもしれませんが、若山さんは総じてずっと小保方さんに対して優しいですよね。人に対して優しくて、相手のわがままに対して宏量の人ほど一旦憤ると内心収まりませんね。こういう人は我慢強いので本心を表情や語気に出したりはしませんよね。

683一言居士:2019/04/02(火) 11:29:32
[連投12]
こういう話は巷にあふれていて珍しくもない話ですが、そういう下世話なことも考えておかないと事件の全体像はつかめないかもしれませんね。
追い詰められて仕方なかったとはいえ、若山さんは用心のためにサンプルの中身を入れ替えています。この入れ替えが無いということが証明されていたら犯人は小保方さんですよ。その意味では桂チームの細胞の由来に関する解析結果は見事なものです。ただ、入れ替えがなかったことが一切証明されていないばかりか、理研はそれに関する問い合わせに対して言を左右にして答えませんから、この解析結果はA=Aだという馬鹿げた結果しか意味し得なくなっているんです。

684一言居士:2019/04/02(火) 11:30:22
[連投13]
入れ替えは一方的に若山さんが悪い。でも、相手は自分に対してあんなことしたやつだよということになるでしょう。万が一論文が通ってしまって、捏造だと騒がれたときはどうするのか。キメラは自分がntESで作ってしまっている。これはESコンタミだったと言い逃れるしかないですね。よく小保方さんに対してそんな冷たいことができるなと思う人は、では小保方さんが若山さんに対して何をしたかを思い出さないといけませんよね。だからああいう下世話なことも考えておく必要があるわけです。
若山さんは本心では論文が通らずにうやむやになることを望んでいたと思います。でも、内偵させていることにもなっている小保方ラボの寺下さんから論文は通りそうだと聞いていますよね。

685一言居士:2019/04/02(火) 11:31:13
[連投14]
2013年8月に笹井さんにレターの件をむにゃむにゃと話したが、理解してもらえなかったということで、笹井さんにも責任著者の一人になってもらって、いよいよ通ったらもう捏造論文だとして取り下げ方向にもっていくと決めて、11jigenにもリークしておいたということで、だから記者会見発表後すぐに大騒ぎになったわけです。
では若山さんはいつからそんな準備をしていたのか。最初はヴァカンティの特許仮申請ですね。あれは何かのコンタミだったようだという言い訳ストーリーを考えて、小保方さんに渡されたマウスがホモであるとにおわせた。ヴァカンティに対してはキメラができたのはコンタミだったと説明し得るようにするためですね。これはFLSのジャームライントランスミッション実験で、キメラの成長を待って行いますから5月から6月頃です。

686一言居士:2019/04/02(火) 11:32:06
[連投15]
ネイチャー論文ではマウス背景はGFPに関してヘテロだけしかありません。小保方さんはホモであった可能性を若山さんからにおわされて試料ラベルに+/-表示をしていますね。でも、実際はヘテロに結果が来たんですから論文にヘテロ表示しているだけです。ではホモであったということはいつ分かったのかというと、事件後の若山記者会見の席上です。僕のマウスはホモだったと言い出した。それならどうして論文を早く修正させなかったのかと言いたくなりますよね。責任著者でしかも実験の実行者じゃないか。
論文原稿も修正させず、ジャームラインがヘテロに来たと小保方さんに口頭でいっただけで事件化するまで何も言わなかった。なぜか。この言い訳は小保方さんが山梨についてきてくれていたらヴァカンティにする予定だった言い訳だからです。竹市さんが小保方さんを論文ごとURLにして奪い去った後にする予定だったものではないが、もはやそれしか道が無くなっていたんですよ。

687一言居士:2019/04/02(火) 11:33:06
[連投16]
その後、そのホモマウスで胎盤実験とFI幹細胞実験をして、コントロールESとTSを作った。更に2012年8月にはAC129の実験で小保方さんがそれをコンタミしたとしているが、この時の実験は小保方さんはキメラができていてローザだと思っている。AC129は後から作られたものかもしれません。というのもFLS-TとこのAC129は若山さんが山梨で持っていたコントロールES株129B6F1ES-1で作られている。AC129は山梨で作られて、後に理研に戻された可能性があるんですね。木星リストの謎となってDORAさんが疑義していたところですね。以上です。私は先頭のJAKiのスレッドに行きます。こここそ、私の本当に知りたかったところなんです。

688小野小町:2019/04/02(火) 11:37:20
なるほど、じゃ、JAKiの原稿作ってよ。

689地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/03(水) 07:34:31
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

690在原業平:2019/04/03(水) 07:39:08
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

691小野小町:2019/04/03(水) 07:40:03
学さんがどんどん先に行かれてるわね。

692一言居士:2019/04/03(水) 07:42:41
楠本さんとOoboeさんへの返事の残りは貼り付けてきたよ。後ろに付け加えた。
>>
学さんにお願いですが、あまりどんどん先に進まないでください。私は応答するのに
書き込み量制限があるんです。以上です。明日JAKiのスレッドに行きます。

693小野小町:2019/04/03(水) 07:44:02
あら、予告してるのね。じゃあ、早く原稿用意しないと。

694デラ・ストリート:2019/04/03(水) 07:45:57
学さんは画像を取り込んでくれているから説明しやすいわね。配慮してくれてるのよね。
>>
下に示したExtFig5は、常にBFP(青蛍光)が光り、かつOct-GFP(緑蛍光)が光るように作ったESを、1/10量でFI細胞の上に加えて、JAKiの影響を見た実験です。
JAKiが無い状態(左)では、ES細胞はOct-GFP(緑蛍光)を発現しているが、JAKiを入れる(右)と、ES細胞由来のOct-GFP(緑蛍光)が発現しなくなる結果が示されています。

695一言居士:2019/04/03(水) 08:05:34
桂報告書に以下のようにある。

>>
FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、
もう 1 種類が論文に採用されたOct4-GFP挿入を持つB6ホモ系統由来データに10%程度の別細胞(CD1の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。

696閲覧者:2019/04/03(水) 08:09:44
我々は<Oct4-GFP挿入を持つB6ホモ系統由来データに10%程度の別細胞
(CD1の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)>こそ、この
BFP-ESを使った実験の試料データではないかと言ってるんだけどね。
これは遠藤さんがTSが1割程度混じっていると言った分だよね。

697一言居士:2019/04/03(水) 08:15:12
桂報告はTSであるとは言ってないんだ。CD1が10%だと言ってて、同時にスライドの表では
TSがCD1であることと並べられていて、両方を考え合わせるとTSであることを示唆している形になってるが、
決してあからさまには言ってない。対して、遠藤論文ではTSが1割程度混じっていると述べている。
その根拠こそがTS特異的マーカーたるSox21とElf5の発現があるという根拠になっているんだよな。
そしてSox21はTS以外にも発見するということはTs.Markerさんが事実証明している。
ではElf5はどうか。誰も調べてないね。

698一言居士:2019/04/03(水) 08:23:35
発見→発現

遠藤さんの論文記載は以下だ。
>>
the FI‐SC population originated from two cell types: ESC‐like cells having a B6 genetic background and TSC‐like cells having a genotype similar to that of CD1

699ドクター・ワトソン:2019/04/03(水) 08:39:05
TS特異的遺伝子はTS細胞の中で重要な働きをしている遺伝子という意味でしょ。
TS細胞以外では発現しないという意味ではない。遠藤論文は単に論理がおかしいだけだね。
TSである証拠になってない。ESでもあり得るんだよ。なぜESを調べないのか。
BFPの人工遺伝子が発現しているからRNAの全解析したらTSかGFP/BFP-ESか
すぐわかるはずだけど、それは行わないんだよな。

700小野小町:2019/04/03(水) 08:41:18
遠藤さんは、「舐めてますね」とか「真綿でじわじわと」とか言う人でもあるのね。

701在原業平:2019/04/03(水) 08:46:00
小保方さんは若山さんを怒らせちゃったんだと思うよ。遠藤さんは若山さんの
説明に共感してこういうことをやってるんだよ。アクロシンを発見する
ストーリーはとても不自然だよな。小芝居の類だ。NHKの放送に登場した
大日向さんもそうだよな。「ワンツーナインではありません」って、
再現芝居じゃないか。何をやってるんだということさ。

702シャーロック・ホームズ:2019/04/03(水) 08:52:46
Extended Data Figure 3-bのヒートマップの下から1/3くらいのところに
POU5f1がある。Oct4の別名だけど、ESに濃く出ているけどSTAPはいうに及ばず
CD45にも出ているよね。これを見ても、Elf5が出ているからTSだなんて論理は
馬鹿げたものだと分かるでしょ。

703ドクター・ワトソン:2019/04/03(水) 08:55:02
POU5f1が出ているからCD45はES細胞だと言ってるのと同じなんだよな。

704一言居士:2019/04/03(水) 09:03:41
こんな論理で博士なんて笑わせるよな。日本の博士レベルってこの程度なのかな。はは。

705小野小町:2019/04/03(水) 09:05:10
そんなことないわよ。まともな論理で論文書かないとバスできないはずよ。
遠藤さんは博士さんよ。

706閲覧者:2019/04/03(水) 09:06:03
まともな論理思考ができるのにこんな論文を書いたというのは変だね。

707ドクター・ワトソン:2019/04/03(水) 09:07:50
そういう変な論理を専門用語でカモフラージュしながらあたかも真実であるかのように
一般社会にまき散らす行為をスピンというね。

708シャーロック・ホームズ:2019/04/03(水) 09:10:39
そういう博士さんのことを米国ではスピンドクターというと、ジャーナリストの
上杉さんが日本に紹介した用語だね。

709在原業平:2019/04/03(水) 09:17:11
日本では御用学者という伝統的用語があるけど、少し意味がずれてるかな。
やってることは同じだけどね。子供相手のたぶらかしだね。上から目線なんだけど
世間の大人から生暖かい目で見下されている。

710小野小町:2019/04/03(水) 09:17:51
生暖かいのね。

711在原業平:2019/04/03(水) 09:19:24
昔から目くら千人、目明き千人というからね。必要なことでもあるんだな。
だから生暖かいのさ。

712在原業平:2019/04/03(水) 18:58:13
小町ちゃん、ジンライムね。釣れない。鯉の入り食い。90センチ近いのもいたよ。
竿の腰が抜けちゃうよ。買い直したばかりだと言うのに。

713小野小町:2019/04/03(水) 18:59:03
どうして宙で釣らないの?

714在原業平:2019/04/03(水) 19:00:51
宙に来るなら苦労はないよ。昼間釣ってるからね。全部掛けて痛い目に合わせてやると
フナ系が来るかもというような場所なんだよ。

715小野小町:2019/04/03(水) 19:03:28
ハリスを細くすると痛い目に合わせたことにならないのね。そんな場所で釣らなきゃいいのに。

716在原業平:2019/04/03(水) 19:05:41
人が釣らないそんな場所で釣って見せるという目標の立て方もあるのさ。ここで釣るという。

717小野小町:2019/04/03(水) 19:08:26
STAP事件便所の落書きシリーズみたいね。ふふ。物好きな話ね。

718開高健:2019/04/03(水) 19:09:24
趣味って物好きだよ。小町ちゃん。

719井伏鱒二:2019/04/03(水) 19:15:05
どんな道にも一隅を照らす人たちっているんだよな。そういう人たちって
とてつもないんだな。スポーツで言うと世間はオリンピックしか知らない
というようなレベルだね。釣りでもとんでもない人たちがいるね。そういう
人たちって表には絶対に出てこない。ヘラ釣りだと50上200枚なんて人ね。

720小野小町:2019/04/03(水) 19:22:28
たかが魚釣りなのにね。

721在原業平:2019/04/03(水) 19:25:46
たかが魚釣りなんだけど、世間の人ですでに50上200枚釣られていることを
知ってる人は少ない。皆一生に一枚を目指している。

722一言居士:2019/04/03(水) 19:28:39
世界は深いほど飽きが来ないね。

723小野小町:2019/04/03(水) 19:31:18
あのねさんの質問を見落としてるわ。
>>

> 一言居士さん

>若山さんがキメラを作って、スタンダードな方法でできたと言ったまま、それが一度も真実を告げられないままに論文化され、笹井さんの信用力でネイチャーに通ってしまったからです。

一言さんは、若山氏の、小保方さんに真実を告げられないままの論文が笹井さんが入る前、NatureやScienseに投稿していた時点で仮にリバイスされることは若山氏の中に微塵もなかったとの認識ですか?
2019/4/2(火) 午後 9:45[ あのね ]返信する

724一言居士:2019/04/03(水) 19:35:11
リバイスと言ってきたら、あれはコンタミだったと言って、自ら取り下げればいい。
そもそも通るなんて思ってないね。若山さんにとって予定外だったのは、山梨大で
僕の助手でと言ったら二つ返事になると思っていたことだろうね。

725小野小町:2019/04/03(水) 19:40:49
若山さんは人事異動の守秘義務が解ける翌年になるまで小保方さんを引き留めるために
キメラができたよと嘘をついたのよね。で翌年戻ってきたときに、僕の助手から始めてねと
プロポーズしたら、考えときますと言われたのね。ズッコケルところね。

726一言居士:2019/04/03(水) 19:43:43
まあ、そんな言い方はしないだろうけど、論文が出るまではヴァカンティ先生のラボに
所属していないといけないんですと答えたろうね。

727小野小町:2019/04/03(水) 19:46:05
結局、最終的にはヴァカンティのところに帰っちゃったくせに。

728在原業平:2019/04/03(水) 20:06:20
これって結構失礼だよね。世界の若山だからね。耳マウスのヴァカンティと
比べるのかということになっちゃってるんだよな。本人は全然気づいていないんだけどね。

729小野小町:2019/04/03(水) 20:13:50
ヴァカンティは単なるメディカルドクターに過ぎないのよね。細胞生物学の分野に関して
若山さんと比較するのも失礼なくらいなんだけど、なんか小保方さんって変にうぶで
世間常識がない。若山さんは別にヴァカンティを馬鹿になんかしてないんだろうけど、
小保方さんの選択は若山さんのプライドをいた傷つける行為なのね。でも若山さんは
小保方さんが分かってないことを知ってるから別にそれを怒ったりはしないのね。ただ、
惚れこんでいて、自分のラボに来た方がいいぞと信じてんのよね。それは何か親心的な
ものまであるのね。

730在原業平:2019/04/03(水) 20:18:16
米国社会はドライだからね。特に外国人だとよほど能力がないと認められていくのは
大変だからね。親心的にも自分のところにおいでという気持ちはあるだろうね。

731小野小町:2019/04/03(水) 20:22:17
ところが、そこは若山さんの考え違いもあるんでしょ。小保方さんは岡野、大和、そして
ヴァカンティという系譜の中にあって、小保方さんは最終的にはTWINsの教授になっていく
コースが普通なんでしょ。若山さんは謂わば横恋慕した形なのよね。

732一言居士:2019/04/03(水) 20:32:00
まあ、この点に関しては我々は小保方さんに対して厳しいけど、あえて彼女のために弁明すると
彼女は間に挟まれてどうしていいかわからなくなってヴァカンティのところに帰ったんだね。でも、
どうしていいかわからなくなった時に帰った先はヴァカンティのところだったということだ。
賽は投げられている。

733小野小町:2019/04/03(水) 20:40:12
若山さんは理解したんじゃないのかしら。

734一言居士:2019/04/03(水) 20:43:02
たぶんね。でも理解したで済まないことになっていくんだよ。小保方さんは
理研のユニットリーダーになった。ヴァカンティのところに居ればいいのに、
理研に採用された。しかも自分の行った幹細胞化実験を携えて。

735閲覧者:2019/04/03(水) 20:45:35
ntES化して作られたキメラはスタンダードに作られたということになっている
ままだね。山梨に来てくれたら真実を告げる予定だったけど、来ないままで、
論文はそのまま笹井さんが引き継ぐ。大変だね。

736一言居士:2019/04/03(水) 20:47:27
今更、リクルートための嘘がこんなことになってしまったと打ち明けられないね。

737小野小町:2019/04/03(水) 20:49:19
どうしてもっと早くに本当のことを言わないの?

738閲覧者:2019/04/03(水) 20:54:40
言うと小保方さんは自分の研究には関心を持ってくれないと思ってるんだね。
何とか自分の研究に引き込みたいんだね。自分の研究のブレークスルーをやってくれると
期待して惚れ込んでるんだよな。どこかで山中さんがノーベル賞を受賞したことに
対する挫折感があって、小保方さんに期待している。小保方さんは当時輝いていたんだよな。

739ドクター・ワトソン:2019/04/03(水) 20:59:04
幹細胞化の実験を一緒にやってたのに突然帰ってしまった。山梨に連れて帰ろうという予定で
行動していたのに突然それは無しという賽が投げられた。突然なんだよな。
説明する暇がないね。彼女は突然RULになって論文ごと理研にさらわれたんだな。

740地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/04(木) 03:14:44
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

741在原業平:2019/04/04(木) 06:05:16
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

742小野小町:2019/04/04(木) 06:06:02
お気に入りは変化なしよ。

743一言居士:2019/04/04(木) 06:08:01
今学さんのところに原稿貼り付けてきたら、連投6まででリジェクトされた。ここには多分
時間をおいてももう書き込めないんだよな。明日やってみてダメだったら最新のスレに書き込むしかないな。

744小野小町:2019/04/04(木) 06:08:53
一応ここに記録しといてよ。

745一言居士:2019/04/04(木) 06:09:39
[連投1]
>>学さん
素晴らしい場を提供していただいて本当に感謝します。まず確認しなければならないことは、この実験は若山研で行われたものではないという事実ですね。Extended Data Figure 5-a,bの写真はOct4-GFPですね。小保方さんはOct4-GFPのESを若山研で入手はしていませんね。小保方さんが持っているのは学生が作って小保方さんがもらったと言われているOct4-GFPのntESです。さらにExtended Data Figure 5-e,fに使われているGFP/BFP共挿入マウスのESも小保方さんは若山研では入手していません。提供者は丹羽さん、もしくは笹井さんですが、ほぼ丹羽さんだと思われます。というのは公共データ登録されているTSはマウス背景がCD1と書かれていて、これは若山さんが作ったと言っている129B6F1CAGホモマウス背景のTSが分化していたため丹羽研から提供されたと報告されていますね。

746一言居士:2019/04/04(木) 06:10:46
[連投2]
因みにこのTSは私があのねさんに提供した分類で以下のようになっています。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1 (CD1系統-スライド)

747一言居士:2019/04/04(木) 06:11:25
[連投3]
5件ともCD1とデータ登録されているんですが、Tru-Seqの分析結果は129xB6-CAGと分かりましたから若山さんのTSのようですね。ChIP-Seqは登録名と中身の検査結果が一致していて丹羽さんのものと分かる。公共データ登録は通常は論文の著者が直接行うものですが、小保方さんは直接でなく、2013/11/5に理研に提出していて、理研はそれを2014/2/13にNCBI に提出していますね。つまり間に人が介入しているんです。このデータベースのマウス背景記載はF1がすべて<C57BL/6x129/Sv>とされていて雌雄が逆になっている。Ooboeさんのパートナー氏には是非小保方さんが理研に提出した時のデータ資料を開示請求してもらいたいものですね。

748一言居士:2019/04/04(木) 06:12:14
[連投4]
私がGFP/BFP共挿入マウスのESの背景がCD1ではないかと申し上げている理由はお分かりだと思います。遠藤論文が分析したデータは以下ですね。桂報告はTSであるとは言ってない。TSはCD1だと併記しているだけです。でも遠藤さんはこれをTSだと論文で主張しています。そしてその根拠たるや、TS特異的マーカーであるSox21とElf5が発現しているからだと説明したのです。
>>
Tru-Seq
⑦SRR1171565 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書)

749一言居士:2019/04/04(木) 06:12:52
[連投5]
Extended Data Figure3-bのヒートマップの下から1/3の辺りにPou5f1(Oct4)がありますね。CD45,ES,STAPの順に並んでいますが、右端のスケールで、CD45は2-4レヴェル、ESは10-12、STAPは4-6ですね。2を底とする対数表示ですから、リニアにはCD45は4-16、ESは1024-4096、STAPは16-64です。ESの0以上の発現遺伝子を真ん中に置いてESと同じ発現遺伝子に関してCD45とSTAPを比較している。これを見ると丹羽さんの後の検証確認と一致していますね。ESと比較したらSTAPは格段少ない。でも今はそのことを論じているのではなくて、Pou5f1(Oct4)はES特異的遺伝子であるが、Pou5f1(Oct4)が発現していたらESなのではないということの根拠として指摘しているんです。遠藤さんの論拠を思い出してください。TS特異的遺伝子が発現していたらTSだと言ってるんですよ。非論理も極まっている。

750一言居士:2019/04/04(木) 06:13:54
[連投6]
遠藤論文はネイチャーで一蹴されて日本分子生物学会主催のGenes to Cellsに拾われた。STAP論文記者会見発表後に竹市さんのところに連名のメールを送った先です(手記142P)。当時の理事長と副理事長が大隅典子氏と中山敬一氏ですね。前者は東北大学、後者は九大でNHKの番組にも出てましたね。因みにBCA報告の松崎さんは東大ですが、理研に来る前は東北大で教鞭をとってましたね。
ここで、見落としていたあのねさんへの返事をさせてください。
>>
一言さんは、若山氏の、小保方さんに真実を告げられないままの論文が笹井さんが入る前、NatureやScienseに投稿していた時点で仮にリバイスされることは若山氏の中に微塵もなかったとの認識ですか?
2019/4/2(火) 午後 9:45[ あのね ]返信する

751小野小町:2019/04/04(木) 06:14:54
ここまでは投稿できたのね。先は?

752一言居士:2019/04/04(木) 06:17:20
[連投7]
そう思っています。一蹴されるレヴェルだと思っていたはずです。若山さんも査読する立場の人ですからね。自分でやってできなかったものを、できたことにして論文提出させている。落ちるに決まってる。実際の事実は自分が一番知っていますね。現にけんもほろろでしたね。若山さんは小保方さんをヴァカンティから切り離すこと事だけを考えていたんですよ。論文を提出したら縁が切れるような説明を小保方さんから受けていますよね(手記81P)。ニュアンスは分かりませんけどね。若山さんはあきらめていません。キメラができないことがはっきりした後に、当時はまだ人事秘だった山梨大への転勤の内示を発表できるまで小保方さんを引き留めたいと思ってntES化実験のことは何も話さないでキメラができたと嘘をつき、翌年の転勤発表の時に助手で来いと誘ってますね。若山さんは二つ返事だと思ってたでしょうね。ここで小保方さんが即答しなかったことが話がこじれて行った原因だと思っています。

753一言居士:2019/04/04(木) 06:18:30
[連投8]
話を戻します。Extended Data Figure 5-a,b,c,dはESのOct4はJAKiの添加で消えるがFI-SCは消えないというものです。私が錯誤という言葉を使ったことが学さんの誤解を生んでいるようですが、ここの部分の本文は以下ですよね。
>>
However, as Fgf4-induced stem cells lay between STAP stem cells and trophoblast stem cells in the dendrogram, the possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population cannot be ruled out.

754一言居士:2019/04/04(木) 06:19:16
[連投9]
笹井さんが一からリバイズしたとされる本文で、コンタミが疑われるからとされているのはSTAP幹細胞で、ESではありませんね。それにそもそもSTAP幹細胞はインナーセルマス由来細胞ではありませんよ。JAKi検査される対象ではありませんよね。しかも、現にSTAP幹細胞のJAKi検証なんて行われていませんね。
この実験ではGFP/BFP共挿入マウス由来のESが使われている。提供者は丹羽さんか笹井さんですね。若山研にはないはずのESです。この実験をさせたのは笹井さんと丹羽さんで、この原稿をちゃんと見ているはずですね。若山さんは記者会見で、レター論文には自分のところでは行えない実験が入っている言っていると述べていますが、ここのことですね。

755一言居士:2019/04/04(木) 06:20:06
[連投10]
論文の趣旨に沿って、Extended Data Figure 5-e,fを見てみましょう。ここはいろんな人が指摘しているところですが、FI-SCのOct4-GFPはJAKiの添加で消えませんでしたよね。e,fで使われているFI-SCは無論c,dで使われたものと同じですね。白の矢印の先にFI-SCがある。矢印はブライトフィールドでの同じ位置を示していますね。eの中段はOct4-GFP細胞ですからJAKi添加前も後も光ってないといけませんね。c,dと同じ結果でないといけない。でもどちらも光ってない。最下段はどうかというと、これはブルーのフィルターなんですからどちらも緑色蛍光は見えないのが当然です。ここは問題ない。

756一言居士:2019/04/04(木) 06:20:59
[連投11]
そしていよいよGFP/BFP共挿入ESです。青の矢印の先にある。これはESですね。GFPに関してはa,bと同じ結果にならないといけない。つまりJAKi添加前には光っているが、添加後には消える。中段の画像はその通りになってますね。ではBFPに関してはどうなるのが論旨でしょうか。ESなんですからJAKiが添加されたらGFPと同様にBFPも消えないといけませんが、最下段のJAKi添加前はちゃんと光ってますね。でも添加後も光ってるのはどうしたことでしょうか。この実験は笹井さんも丹羽さんも見ている実験です。私が錯誤と言ってるのはその意味です。これ以上書き込むと機械にリジェクトされそうです。以上です。明日、また続きを書きます。

757小野小町:2019/04/04(木) 06:41:22
なるほどね。予定外にリジェクトが早かったのね。でも、そもそもこの実験の
目的は何だったのかしらね。以前考えたわよね。

758在原業平:2019/04/04(木) 06:45:31
この実験はFI-SCがESではないということを示そうとした実験だけど、そういう実験を
自ら行うというのも変なので、STAP幹細胞のコンタミという論旨にすり替えたと考えたね。
だから本文がおかしくなってる。で、本文のsTAP幹細胞と書かれているところを
ES細胞という言葉に戻すと実験の意味がすっきり通る。

759閲覧者:2019/04/04(木) 06:54:57
これはやはり査読要請があってのことだよね。ESじゃないのと疑われて、a,b,c,dを
添付して違うと証明したけど、ESとFI-SC併記だと操作を疑われそうだから、あるいは
現に疑われたから同時実験をしたというような事情だね。

760一言居士:2019/04/04(木) 07:03:51
それだとこの実験は6月のGRAS提出分だよね。1月はまだ論文が提出されてない時期だ。
桂報告書のスライドではTSの<CD1>とFI-SCの<B6 Oct4-GFP+α>のGRAS提出をTru-seq(2013.1:最終)
としているんだけど、最終は6月だよね。間違いを装った虚偽ではないのか。

761閲覧者:2019/04/04(木) 07:20:11
本文16Pはこうだね。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) ・・・
>>
再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、・・・

762デラ・ストリート:2019/04/04(木) 07:34:49
スライドの表は以下よね。
>>
TS FI-SC
RNA-seq(2012.8) 129B6F1CAG-GFP<TS1> 129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC1>
RNA-seq(2013.1) - 129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC2>
RNA-seq(2013.1:最終) CD1<TS2> B6 Oct4-GFP+α<FI-SC3>
RNA-seq(2013.6)

763デラ・ストリート:2019/04/04(木) 07:37:50
やり直し。
>>
**********************TS*******************FI-SC
RNA-seq(2012.8)*******129B6F1CAG-GFP<TS1>**129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC1>
RNA-seq(2013.1)*******-********************129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC2>
RNA-seq(2013.1:最終)**CD1<TS2>*************B6 Oct4-GFP+α<FI-SC3>
RNA-seq(2013.6)

764デラ・ストリート:2019/04/04(木) 07:39:21
ふむ。
>>
*********************TS*******************FI-SC
RNA-seq(2012.8)*******129B6F1CAG-GFP<TS1>**129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC1>
RNA-seq(2013.1)*******-*************⋆*******129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC2>
RNA-seq(2013.1:最終)**CD1<TS2>**************B6 Oct4-GFP+α<FI-SC3>
RNA-seq(2013.6)

765デラ・ストリート:2019/04/04(木) 07:40:27
えい。
>>
*********************TS*******************FI-SC
RNA-seq(2012.8)*******129B6F1CAG-GFP<TS1>**129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC1>
RNA-seq(2013.1)*******-*************⋆*******129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC2>
RNA-seq(2013.1:最終)***CD1<TS2>*************B6 Oct4-GFP+α<FI-SC3>
RNA-seq(2013.6)

766一言居士:2019/04/04(木) 07:43:01
まあ、要するにRNA-seq(2013.1:最終)はRNA-seq(2013.6)のことでないと本文と
一致しないね。これって重大だよね。査読前と素読後の違いだ。意図的な間違いでは
ないかとも疑われて仕方ないね。

767閲覧者:2019/04/04(木) 07:49:12
GFP/BFP共挿入ESを使った実験は論文の原稿を提出した3/30以後に行われた可能性があるということだね。

768小野小町:2019/04/04(木) 07:54:39
笹井さんは12月中にアーティクルりリヴァイズは済ませて1月からレターの
リヴァイズに入ったのよね。そのときにもう一度FI-SCのデータをGRASに提出させた。
何か、論旨と違ってたのよね。
>>
*********************TS*******************FI-SC
RNA-seq(2012.8)*******129B6F1CAG-GFP<TS1>**129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC1>
RNA-seq(2013.1)*******-*************⋆*******129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC2>

769ペリー・メイスン:2019/04/04(木) 07:57:44
でもこれだけでレター論文は書きあがっていることになるね。それを3/30に小保方さんは
メールでネイチャー誌に投稿した。つまりB6 Oct4-GFP+α<FI-SC3>はまだ論文で使われていない。

770デラ・ストリート:2019/04/04(木) 08:01:17
実験が行われていなかったかどうかは別問題だけど少なくとも論文には
使われていないということね。4月4日にリヴァイズの連絡が来たわよね。
そこにこの関連が書かれていないのかな。

771ドクター・ワトソン:2019/04/04(木) 09:26:23
流出したネイチャー査読文のレターに関する第二査読者がJAKi検証を勧めてるね。
つまりJAKiの実験は4/4以降に行われたということだ。それと、ヒートマップの件も
第二と第三レフェリーが勧めている。

772シャーロック・ホームズ:2019/04/04(木) 09:33:20
丹羽さんは事件後自分で細胞を調べていたんだけど検証実験に回されて体よく
外されてるんだよね。

773一言居士:2019/04/04(木) 09:36:50
第二レフェリーはSTAP細胞もしくはSTAP細胞のコンタミを指摘してJAKiの検証を
勧めているんだけど、STAP細胞はICMタイプの細胞ではないから、結局はESのコンタミの
可能性を否定するための実験だと分かるね。

774イェイ:2019/04/04(木) 17:25:06
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

775在原業平:2019/04/04(木) 18:37:28
小町ちゃん、ジンライムね。今日は食い渋ってるね。亀も食わない。

776小野小町:2019/04/04(木) 18:38:51
明日頑張んなさいな。土日はヴォランティアで動けないんでしょ。

777開高健:2019/04/04(木) 18:42:02
世の中に
     絶へて桜のなかりせば
                ヘラも叩かずのどけからまし

オソマツ。

778井伏鱒二:2019/04/04(木) 18:42:50
ほんとにオソマツだな。

779デラ・ストリート:2019/04/04(木) 18:43:56
第二レフェリーのアドヴァイスね。
>>
The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or ES cells (which could expain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presenve of JAK inhibitor, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining. A global transcriptome anallysis could then be performed for comparison with TS cells. Data should also be provided on Fgf4 withdrawal from the TS-like cells - does this induce the expected differentiation into trophoblast giant cells?

780小野小町:2019/04/04(木) 18:47:35
翻訳機!

781翻訳機:2019/04/04(木) 18:48:25
またかよ。
>>
著者らは、STAP細胞由来のTS様細胞は胚由来のTS細胞とは異なることを示唆しているが、これに関するデータは決定的なものではなく、STAP細胞またはES細胞の持続的汚染に起因する可能性がある ( 時折あるNanog陽性細胞がそれを証している)。 ES細胞の存在は、JAK阻害剤の存在下での培養によって排除することができ、そしてOct4およびNanog免疫染色によってモニターすることができる。次に、TS細胞との比較のために包括的なトランスクリプトーム分析を実施することができる。TS様細胞からのFgf4を除くととうなるかのデータも提供されるべきです - これは栄養膜巨細胞への予想される分化を誘導するだろうか?

782翻訳機:2019/04/04(木) 18:49:48
またかよ。
>>
著者らは、STAP細胞由来のTS様細胞は胚由来のTS細胞とは異なることを示唆しているが、これに関するデータは決定的なものではなく、STAP細胞またはES細胞の持続的汚染に起因する可能性がある ( 時折あるNanog陽性細胞がそれを証している)。 ES細胞の存在は、JAK阻害剤の存在下での培養によって排除することができ、そしてOct4およびNanog免疫染色によってモニターすることができる。次に、TS細胞との比較のために包括的なトランスクリプトーム分析を実施することができる。TS様細胞からのFgf4を除くととうなるかのデータも提供されるべきです - これは栄養膜巨細胞への予想される分化を誘導するだろうか?

783小野小町:2019/04/04(木) 18:50:47
なんかやっつけね。ダブり送信もするし。

784翻訳機:2019/04/04(木) 18:51:34
僕ちゃん、疲れてんの。

785小野小町:2019/04/04(木) 18:52:11
機械のくせに!

786在原業平:2019/04/04(木) 18:53:38
いやいや、分かるよ、翻訳機君。竿も空振りばかりだと重くてねえ。僕ちゃん、疲れる。

787一言居士:2019/04/04(木) 18:57:42
やっぱりな。査読者はESのコンタミに関してはJAKiで取り除けると言ってるが、
STAP細胞のコンタミに関してはどうしろとは言ってないね。FI-SCにはNANOGがときおり
発現してるからESのコンタミではないかと疑ってるんだよな。だからJAKiを使うよう指示した。
それなら分かるんだよな。

788閲覧者:2019/04/04(木) 19:01:03
でも著者側としてはESがコンタミしているかもしれないからなんて自分で言って
自分で検証していたら、どんだけ杜撰なラボだと思われちゃうから、笹井さんは
悩んだんだな。かといって査読要請に答えないと通らないからやらないわけには
行かないね。

789小野小町:2019/04/04(木) 19:04:20
だからSTAP幹細胞がコンタミしていたらいけないからと逃げたのね。でも、
それって、インナーセルマス由来細胞でないものに対して行う実験でないという
矛盾があるのよね。査読者のご機嫌取りというテクニックとしてのレトリックは
許されるのかな。

790在原業平:2019/04/04(木) 19:06:12
このあたり、笹井さんはこんなことしていいのかなという忸怩たる思いはあっての
例の暗喩になるんだろうね。

791小野小町:2019/04/04(木) 19:08:22
こんな論文通せないからネイチャーはやめて、他誌にアーティクルだけ掲載すると
言うべきだったのよね。でも若山さんがレターも一緒にネイチャーでと言ってるのよね。

792一言居士:2019/04/04(木) 23:13:24
入れた。残りを書き込んできたよ。

793閲覧者:2019/04/04(木) 23:14:02
よっしゃ。明日だ。

794地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/05(金) 06:35:10
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

795在原業平:2019/04/05(金) 06:36:04
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

796小野小町:2019/04/05(金) 06:41:10
お気に入りはOoboeさんから応答よ。
>>

私とパートナー説(a)
《stapキメラは成功していたのでは》説の根拠は「あの日」に、
様々に若山氏の各時点の情景描写が記述されています。
そこから浮かび上がってくる状況根拠によるものです。
物的科学根拠に基づくものでないので他者に科学的同意を得る
ものではありません。しかし有力な状況根拠と私達は捉えています。
stap幹細胞実験に若山研総出で取り組み出してから、
その情景描写に於て若山氏の舞い上がって行く人間的変化が記述されています。この舞い上がり変化は、ただならぬ動因によるものでしょう。
なんらか重大な成果を達成して欲がふつふつと湧いて来たときの凡人的姿は、ntESでキメラ作製成功ぐらいでは、その変化は説明出来ないと
パートナー直観です。
2019/4/4(木) 午後 10:47[ Ooboe ]返信する

797在原業平:2019/04/05(金) 06:52:39
<stap幹細胞実験に若山研総出で取り組み出してから、その情景描写に於て
若山氏の舞い上がって行く人間的変化>に気づいているんだね。倫理委員会は
4/27だからね。若山さんが自分の血液を提供してヒトSTAP作成を試みさせたのは
その前だ。

798小野小町:2019/04/05(金) 06:54:13
<ntESでキメラ作製成功ぐらいでは>の部分は全く理解されてないのねる

799在原業平:2019/04/05(金) 06:57:34
ntES化してキメラ作成成功は若山研では毎日全員で行われていることだということに
気づいてないんだよね。小保方細胞核を使ってntESを作り、そのキメラの胎盤が光ったと
思ったから舞い上がってるのさ。

800一言居士:2019/04/05(金) 07:00:56
胎盤が光ったことをみんなの前で顕微鏡下で確認したのは何時のことかが
とても大事なんだね。キメラはその前に作られている。

801閲覧者:2019/04/05(金) 07:13:00
手記にはその後4月にはFI幹細胞化の実験に入っていたらしいと書かれていているね。
つまり、3月の終わりか4月の始めに胎盤が光っているという話がラボの全員に示された
ということだ。

802小野小町:2019/04/05(金) 07:15:31
4月1日は若山さんが山梨大学で正式に教授就任して、理研では客員チームリーダーになった日ね。

803在原業平:2019/04/05(金) 07:20:08
若山さんはこの後山梨大の研究所の所長を兼務する予定になっているんでラボは
理研で維持されていて、当面山梨では講座を担当しているだけなんだね。理研は
基本兼務禁止なんだけど、山梨大側で研究所建物がまだ完成していなかったんで
引っ越しができないという事情があった。10月頃が完成予定じゃなかったかな。

804一言居士:2019/04/05(金) 07:22:14
同時に行われなかったということは研究所所長案はどこかの時点で後から加わったということだね。

805閲覧者:2019/04/05(金) 07:23:35
箱物は官僚が喜ぶんだよな。天下り先が増える。

806ペリー・メイスン:2019/04/05(金) 07:30:33
若山さんは2月初頭前後からFLS等の作成実験に入ったね。小保方さんは1月22日から
帰後の初出勤だね。その日にもうSTAP細胞作製をさせられていることになる。
これは後の若山さんの証言だとホモマウスだということになっているが、我々は前年の
キメラ実験と同時作成された幹細胞で、アクロシン入りのヘテロだと思っているが、
事実その後の分析でアクロシン入りのヘテロマウスだと確認されていることになるね。
若山さんは小保方さんら太田ESのFES1を渡されたんでと主張しているんだけどね。

807ペリー・メイスン:2019/04/05(金) 07:34:13
1月22日→1月23日
帰後の→帰国後の
小保方さんら太田ESのFES1を渡されたんでと→小保方さんに太田ESのFES1を渡されたんだと

808デラ・ストリート:2019/04/05(金) 07:37:40
胎盤が光ったというF1マウスはどっちだったのかしらね。これって小保方さんに渡したときのは
STAP作成とキメラ胎児成長の期間を合わせると20日前後前よね。蛍光確認が3月末だったとしたら、
3月の10日前後で少なくともFLSを作った時のものではないわね。

809一言居士:2019/04/05(金) 07:41:53
我々の論では使われたのはアクロシン入りのntESだからね。でも、実験するときは
必ず小保方さんに新たにマウスを渡さないといけない。でないと、このキメラは何時の
STA細胞で作られたものですかと小保方さんに疑義されてしまう。で、渡すときに
毛色で識別できるような渡し方はできないね。

810閲覧者:2019/04/05(金) 07:45:17
その胎盤実験のために作られたコントロールESが4/19に培養開始されているんだよな。
それがホモマウスだ。TSも同じくホモマウスだ。これは129/B6であれ、B6/129であれ、
或いはGFPがホモであれ、ヘテロであれ外見では区別できないね。

811小野小町:2019/04/05(金) 07:48:05
重要なのはFLSの実験が続いている中で、同時並行の形で、3月10日前後に
別の胎盤実験のためのマウスが渡されたということね。

812一言居士:2019/04/05(金) 07:52:43
そう。その胎盤実験を思い立ったのはその前のキメラで光っているのではないかと
若山さんが気づいたかららだね。でないと3月10日前後に渡されたマウスで作られた
STAP細胞を得て、若山さんは何をしたかったのかということになってしまう。すると、
彼が胎盤が光っているのではと気づいたのはFLSの樹立を行った時のキメラ胎児を
見てからだということになる。でも、これは我々の論では、前年に作ったntESによる
キメラなんだよな。

813閲覧者:2019/04/05(金) 07:54:38
そこに最初のキメラ胎盤写真が2011/11/28の4Nキメラだったということが関係しているんだな。

814小野小町:2019/04/05(金) 07:56:43
小保方さんは写真のプロパティは知らないのね。手記での胎盤の話は翌年の春から
始まっているわね。でも、若山さんは最初のキメラで既に胎盤のことに気づいていた
可能性があるのね。

815在原業平:2019/04/05(金) 08:03:43
学さんが残りをアップしてくれたね。いろんな人に同時に返事を書けないね。
制約があるからね。とりあえずの返事だけ送っとこう。

816一言居士:2019/04/05(金) 08:22:25
貼ってきたよ。
>>
[連絡1]
>>学さん
一日の連投量に制約があります。お返事は遅れます。ご了解願う。JAKiに関するネイチャー第二レフェリーの査読文だけ先に貼っておきます。
>>
The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or ES cells (which could expain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presenve of JAK inhibitor, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.

817一言居士:2019/04/05(金) 08:23:49
[連絡2]
(続き)A global transcriptome anallysis could then be performed for comparison with TS cells. Data should also be provided on Fgf4 withdrawal from the TS-like cells - does this induce the expected differentiation into trophoblast giant cells?

818一言居士:2019/04/05(金) 08:25:12
[連絡3]
>>Ooboeさん
ntES化してキメラ作成の成功は若山研では毎日全員で行われていることで、何も珍しくありません。小保方細胞核を使ってntESを作り、そのキメラの胎盤が光ったと思ったから舞い上がっているとみています。これも一言で解説はできません。待ってください。その間ご自説開示願う。以上です。

819イェイ:2019/04/05(金) 17:43:17
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

820在原業平:2019/04/05(金) 17:45:36
小町ちゃん、ジンライムね。
世の中に絶えて桜のなかりせばヘラも叩かずのどけからまし。
オソマツ。

821小野小町:2019/04/05(金) 17:48:18
山上湖の桜はもう散らんとしているというのにヘラは叩きもせずのどかだった。
オソマツな結果でした、又かという意味ね。

822在原業平:2019/04/05(金) 17:49:13
なんで知ってんの?

823開高健:2019/04/05(金) 17:50:38
我々は一心同体だよ。

824小野小町:2019/04/05(金) 17:52:01
学さんは私たちの連絡シリーズをアップしないでなんか変なことおっしゃってるわね。

825一言居士:2019/04/05(金) 17:53:08
またあしらい芸の方が面白くなったんでしょ。まあ、続きの原稿を考えてようかな。

826デラ・ストリート:2019/04/05(金) 17:55:30
> 一言居士さん

これでしょ。こっちの説明はまだはじまってないのにね。
>>

>添加後も光ってるのはどうしたことでしょう

ExtFigは、説明は十分にされていません。ですから、参考ということなんですよ。素人には、JAKiがどのくらいの影響があるかわかりません。私は、FI細胞からの蛍光は残る事を示したと思います。

論文で意味がわからない時は、強引に理由を考えない方が良いです。素人は、謙虚に結果を受け入れたいです。

827一言居士:2019/04/05(金) 17:57:24
我々もそう思ってるんだけどね。はは。はやとちりなのか先回りしたい人なのか。

828閲覧者:2019/04/05(金) 17:59:59
分かってるわよという意味だね。この人は利口な人みたいだね。はやとちりなのではない。
でもどうしてあんなに自己韜晦するのかね。必要性が分からない。

829在原業平:2019/04/05(金) 18:03:30
ため息さんとコンビになってるからね。あのあたりが我々をしてスピン屋さんを
疑わせたところだけどね。ntES論に行かせたくないスピンというのがあるのかなあ。
Ooboeさんはある派だけどスピン屋さんではないからね。

830シャーロック・ホームズ:2019/04/05(金) 18:10:53
論理に専門性はないね。人間の理性に普遍的なものだ。

831ドクター・ワトソン:2019/04/05(金) 18:16:57
うーん、学さんはお医者らしいからね。なんとなく自分を専門家側に身を置きながら、
細胞生物学者じゃないから素人だというカモフラージュの仕方だね。世の中には
法律の専門家もいれば文芸の専門家もいる。あえて言えばやくざの専門家もいれば
商売の専門家もあって、それぞれの分野において、論理は共通なので、論理的に
馬鹿な事言って疑義に対して丁寧な答えも無いような専門家は皆に見下されるわな。

832一言居士:2019/04/05(金) 18:28:16
学さんはこのSTAP問題に関するネットの議論に関して細胞生物学の専門家は、
例えば丹羽さんとか相沢さんとか、参加していないということを知ってるね。
そういう風なことを書いてる。それに対して、真摯に考えているのが
ご自分も含めた我々ど素人だとも知ってる。医学は近いところにはあるんだけど
専門的にはやはり傍流で、イタリア語しかできない学者がラテン語の原典を
読むみたいな隔靴掻痒なんでしょ。日本の子供がもう言葉は喋れるのに源氏物語
読まされるみたいな。はは。

833閲覧者:2019/04/05(金) 18:38:59
読書百篇意自ずから通ずというのは、源氏を読むときにはわかるんだけど、昔
僕の先生が大英博物館でマルクスの資本論の自筆原稿を見た時の話しで、皆が
センセ自由に読めていいねと学生たちが言ったら、真顔で、ジットと見ててみろ、
何を言ってるかわかってくるからと言ったんで、みんなで大笑いした。
大戦で爆撃機乗りだったけどね。急降下爆撃訓練するとき、気を失うと言ってた。
後ろの教官が操縦桿を引いてくれるんだね。

834在原業平:2019/04/05(金) 18:48:54
僕は後ろの教官も好きだ。一心同体だよな。

835一言居士:2019/04/05(金) 18:54:16
<私は、FI細胞からの蛍光は残る事を示したと思います。>

ここから語り始めた方がよさそうだね。次回だな。

836地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/06(土) 05:33:52
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

837在原業平:2019/04/06(土) 05:34:59
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

838小野小町:2019/04/06(土) 05:41:39
学さんのところが満開になっちゃってるわね。

839一言居士:2019/04/06(土) 05:42:51
あまり右往左往しないでストレートに書いてきたよ。
>>
[連投1]
>>学さん
取り合えず、流出ネイチャー査読文のレターに関する第二レフェリーのコメントのグーグル訳を貼り付けることから始めましょう。
>
著者らは、STAP細胞由来のTS様細胞は胚由来のTS細胞とは異なることを示唆しているが、これに関するデータは決定的なものではなく、STAP細胞またはES細胞の持続的汚染に起因する可能性がある ( 時折あるNanog陽性細胞がそれを証している)。 ES細胞の存在は、JAK阻害剤の存在下での培養によって排除することができ、そしてOct4およびNanog免疫染色によってモニターすることができる。次に、TS細胞との比較のために包括的なトランスクリプトーム分析を実施することができる。TS様細胞からのFgf4を除くととうなるかのデータも提供されるべきです - これは栄養膜巨細胞への予想される分化を誘導するだろうか?

840一言居士:2019/04/06(土) 05:43:49
[連投2]
この査読文の日付は2013年4月4日で、手記118Pの日付とも一致しています。小保方さんは同じページで論文原稿のウェブ投稿を終えたのが3月11日の夜中だと書いていますね。この論文は笹井さんがリヴァイズした文章です。特にレターに関しては小保方さんが事前に渡していた未完成論文の文章は全く残ってないと記者会見で答えています。でも、言わんとする内容は変えてないとも言ってますね。笹井さんは文責があるんです。科学的に明らかな間違いがあったら世界の笹井さんの知識によって訂正されていると考えていいわけです。ここに誤りがあるときには笹井さんの錯誤と言っていいわけですね。
Extended Data Figure 5の実験結果は最初の投稿時原稿に無かったという事実はご了解いただいたと思います。つまり、JAKiを使った実験は2013/4/4以後に行われているんです。同様にFigure 2-i,j,kも無かった。学さんが提示されているこの件に関する本文のグーグル訳も貼り付けましょう。

841一言居士:2019/04/06(土) 05:45:24
[連投3]
>
しかしながら、Fgf4誘導幹細胞は、樹状図においてSTAP幹細胞と栄養膜幹細胞との間に位置しているので、Fgf4誘導幹細胞集団におけるSTAP幹細胞の混入の可能性を排除できない。先行する研究では、内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することにより培養物から除去することができることを示した(拡張データ図5a,b)。対して、JAK阻害剤処置は、Fgf4誘導幹細胞培養のOct4-GFPの発現には実質的な影響を及ぼさなかった。(拡張データ図5c,d;コントロールとして拡張データ図5e,f参照)。どの多能性マーカー(図2j)や栄養膜マーカー(図2k)も実質的影響を被らなかった。これは多能性マーカー発現がSTAP幹細胞(ICMタイプ)を反映している可能性の低いことを示している。それを証明するように、栄養膜マーカーであるItga7(ES細胞ではなく、栄養膜の表面マーカ)に対して強く陽性であったFgf4誘導幹細胞はOct4-GFP(拡張データ図5g)を高レベルで発現した(拡張データ図5g)。

842一言居士:2019/04/06(土) 05:46:08
[連投4]
第二レフェリーはSTAP細胞かES細胞がコンタミしている可能性があると言ってますね。その理由として時折Nanogの出ているデータがあると指摘している。で、もしESのコンタミならJAKiで取り除けると言ってるんですね。 could be excludedと表現している。取り除くという意味ですね。<constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells)>も存在していてはいけません。ただし、査読者はcouldと言ってますね。できるんじゃないかと言ってる。

843一言居士:2019/04/06(土) 05:47:14
[連投5]
他方、笹井さんは論文の中でどう言ってるかというと、<STAP幹細胞の混入の可能性を排除できない>と言ってるんです。査読者はESのコンタミでないことをJAKiで検証したらとアドヴァイスしているのに、笹井さんはSTAP幹細胞のコンタミがないことをJAKi検証したと書いている。ところが、実際の実験ではSTAP幹細胞は使われていませんよね。私が笹井さんの錯誤と言ったのはこのことで、錯誤には錯誤の原因がありますよね。ES細胞のコンタミはありませんという論文記述はできないんですね。どうしてかはお分かりですよね。コンタミなんてあり得る実験環境はラボとして最低です。そんな可能性があるかもしれないからと自分で言うような論文はあり得ません。そんなことする前に実験の基礎から勉強し直せと言われてしまう。

844一言居士:2019/04/06(土) 05:49:34
[連投6]
でも、笹井さんは論文を通してやるのが使命です。査読者の言ってることを笑止というわけにはいきません。そんな態度ではリジェクトされてしまう。ご機嫌は取らないといけませんね。文責は笹井さんですね。実際にはESの実験しかしていないのに、本文ではESという言葉をSTAP幹細胞という言葉に置き換えたんです。その時にレトリックを駆使した。
<先行する研究では、内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することにより培養物から除去することができることを示した(拡張データ図5a,b)。>と書いていますね。<内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞>ってESのことですね。注意深く読むと、直前のSTAP幹細胞を受けているのではないと分かりますよね。もしそうなら間違いになる。STAP幹細胞はICMタイプではありません。彼が微妙な作文をしていることに気づかれると思います。

845一言居士:2019/04/06(土) 05:50:24
[連投7]
そして、続く<対して、JAK阻害剤処置は、Fgf4誘導幹細胞培養のOct4-GFPの発現には実質的な影響を及ぼさなかった。(拡張データ図5c,d;コントロールとして拡張データ図5e,f参照)。どの多能性マーカー(図2j)や栄養膜マーカー(図2k)も実質的影響を被らなかった。>という文章も単独では嘘にはなっていないですね。宙に浮いたのは<STAP幹細胞の混入の可能性を排除できない>という文章で、この結末はどこにも落ちていないし、実験も示されていない。

846一言居士:2019/04/06(土) 05:51:58
[連投8]
先行する論文は参照文献で示されているが、この論文がレフェリーの言っているように、<Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibitor, >と主張しているかどうかは、我々が読んでも別問題だと分かりますが、笹井さんならもっと分かっているでしょうね。でもリジェクトされない作文が必要ですね。でも、そもそもそんなことしていいんでしょうかね。

847一言居士:2019/04/06(土) 05:52:41
[連投9]
学さんが先へ先へ進まれていることは承知しています。学さんらしく直感的表現で、<STAP論文を世に出すことの危険性を、なぜ、一流の学者たちが予想しなかったのか? >と問われた真意は分かっています。アーティクルのアブストの中に以下の文章があって、彼の内心の葛藤を漏らしたものと思っています。彼は万が一に備えて自分のことを告白しているんですよね。
>>
Thus, our findings indicate that epigenetic fate determination of mammalian cells can be markedly converted in a context-dependent manner by strong environmental cues.

848一言居士:2019/04/06(土) 05:53:20
[連投10]
この実験は2013/4/4以後に行われている。Ooboeさん。したらばでの桂報告書の35の間違いを思い出してください。スライドにある<RNA-seq(2013.1:最終)>は2013.6ですから訂正を要求しないといけないと申し上げた。本文には6月とあるのにここで1月としているのは間違いを装った虚偽である可能性すらあるとお気づきですか?もどかしいですが書き込み量制限があるので明日にします。以上です。因みに<以上です>が無いまま止まっているとき、私は書き込めない状態に陥っていると判断されてください。以上です。

849小野小町:2019/04/06(土) 06:51:21
あらまあ、<私は、FI細胞からの蛍光は残る事を示したと思います。>の本論に
入れないままなのね。

850一言居士:2019/04/06(土) 06:52:40
書き込み量制限があるから仕方ないね。続きは準備しとこうかな。

851地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/07(日) 07:31:01
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

852在原業平:2019/04/07(日) 07:31:47
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

853小野小町:2019/04/07(日) 07:40:53
お気に入りは学さんのところが花盛りね。また、質問が来てるわね。
>>
> 一言居士さん

>ネイチャー第二レフェリーの査読

情報をありがとうございます。

この文章の全体はどこかのサイトでも読めるのですか?他のレフェリー分もあるのですか?
2019/4/6(土) 午後 8:06返信する

854一言居士:2019/04/07(日) 07:48:14
JAKiの問題を解明したくてあそこに行ってるんだけど、こんな質問に答え始めたら
制約文字数の無駄遣いだね。でも場を提供してくれていて、問題解決へのレールを
敷いてくれている人の質問に答えないわけにはいかないね。
>>
僕の持っている資料は事件発生当初吉村教授のブログでこんな流出論文が
ネット上に出回ってるぞと紹介されたPDFファイルのコピーで、査読文は
流出させてはいけないものだけど、それをPDFファイル付きで出回ってるぞと
知らせる行為は自分も流出拡散に協力していることなので変だなとは
思ってたよ。

855閲覧者:2019/04/07(日) 07:56:36
この吉村さんの名は後に遠藤論文の謝辞対象者に入っていたんで関係者と分かったんだね。
更に桃子の『捏造の科学者』が出版されて、この査読文を何人かの研究者に送ったのが
桃子だと分かった。302Pからだね。入手先は松崎さんか若山さん本人だろうね。
今ブログはリニューアルされていて存在してない。一時期サイエンスにも掲載されていた時期があるようだけど
これも今は見れないようだね。

856一言居士:2019/04/07(日) 08:01:08
PDFからの返還ソフトを持ってないので書き込み個所は自分でタイプしたものだ。
レフェリーは3人で、前半がアーティクル、後半がレターの査読。
取り合えず返事しとこうか。

857小野小町:2019/04/07(日) 08:02:18
待って。もう一つあるわ。
>>

> 一言居士さん
立て続けの質問ですみません。

>この実験ではGFP/BFP共挿入マウス由来のESが使われている。提供者は丹羽さんか笹井さんですね。
若山研にはないはずのESです。

これは、どこかに根拠があるのでしょうか?
若山氏はいろいろなESを保有していると思うのですが・・・。

>若山さんは記者会見で、レター論文には自分のところでは行えない実験が入っている言っていると述べていますが、ここのことですね。

学とみ子の勝手な想像で申し訳ないけど、幹細胞が登場する実験は、若山研究室での仕事かな?と思っています。つまり、小保方氏はFI細胞の実験はしていないし、できあがったFI細胞を細胞としてもらったと思います。だから、小保方氏は、mRNAを混ぜることなんてできないのです。
2019/4/6(土) 午後 9:54返信する

858ペリー・メイスン:2019/04/07(日) 08:04:52
整理しよう。
>>
①若山氏はいろいろなESを保有していると思うのですが・・・。
②幹細胞が登場する実験は、若山研究室での仕事かな?
③小保方氏は、mRNAを混ぜることなんてできない

859一言居士:2019/04/07(日) 08:47:16
時系列順序で整理したらわかるでしょう。
1.若山研でのFI-SC実験(2012年の春から秋)
2.第一回GRASへの試料提出(TS1:129B6F1CAG-GFP,FI-SC1:129B6F1 Acr-CAG-GFP<FI-SC1>)
3.笹井さんのレター論文完成(2013年の1月から3月10日)
4.第二回GRASへの試料提出(TS:なし,FI-SC2:129B6F1 Acr-CAG-GFP)
5.小保方さんによるネイチャーへのウェブ投稿(3月11日夜中)
6.ネイチャーからのリヴァイズ通知と第二査読者のKAKi検証アドヴァイス(4月4日)
7.小保方、笹井、丹羽各氏によるJAKi検証実験と論文加筆(4月5日以降)
8.第三回回GRASへの試料提出(2013年6月/TS2:CD1系統,FI-SC3:B6 Oct4-GFP+α)
9.第一回修正論文投稿(9月7日)
10.第二回リヴァイズ要請通知(10月3日)
11.第二回再修正論文投稿(11月13日)
12.第三回リヴァイズ要請通知(12月13日)
13.最終稿投稿(12月16日)
14.アクセプト通知(12月21日)

860閲覧者:2019/04/07(日) 08:55:23
①若山氏はいろいろなESを保有していると思うのですが・・・。
②幹細胞が登場する実験は、若山研究室での仕事かな?

JAKiの実験は査読者要請で時系列が違う。

③小保方氏は、mRNAを混ぜることなんてできない

<FI-SC3:B6 Oct4-GFP+α>はGOF由来FI-SCにGFP/BFP共挿入ESを10%混ぜた実験の
データではないかと申し上げている。

861小野小町:2019/04/07(日) 08:56:39
それでいいんじゃないの。投稿してきたら。

862一言居士:2019/04/07(日) 09:46:50
投稿してきたよ。
>>
[回答1]
>>学さん
>この文章の全体はどこかのサイトでも読めるのですか?他のレフェリー分もあるのですか?

お答え申し上げます。多分今からでは入手困難と思います。私は2014年の事件発生当初、慶応大の吉村教授のブログでこんな流出論文がネット上に出回ってるぞと紹介されたPDFファイルのコピーを保存しています。
これは流出させてはいけないものだが、それをPDFファイル付きで出回ってるぞと知らせる行為は自分も流出拡散に協力していることなので変だなとは思いながらも本物だということはすぐにわかりました。この吉村教授の名は後に遠藤論文の謝辞 に、<I would like to acknowledge Dr Akihiko Yoshimura, Keio University, who initially suggested on his website that NGS data could be evaluated by SNP analysis.>とあることで若山さん側の関係者だと分かりました。

863一言居士:2019/04/07(日) 09:48:15
[回答2]
また、流出させた張本人は須田桃子さんの『捏造の科学者』が出版されて、302P以降にこの査読文を何人かの研究者に送ったことが書かれています。コピーの流出元は若山さんか、調査資料として保持している理研の上層関係者しかありませんが、多分松崎さんだということはOoboe さんたちはよくご存じです。
今吉村さんのブログはリニューアルされていて査読文のコピーはそこに存在してません。一時期サイエンスにも掲載されていた時期があるようですが、それも今は見れないようです。私はPDFからの変換ソフトを持ってないので書き込み個所は自分でタイプしたものです。レフェリーは3人で、前半がアーティクル、後半がレターの査読コメントです。

864一言居士:2019/04/07(日) 09:49:22
[回答3]
加えてのご質問です。
①若山氏はいろいろなESを保有していると思うのですが・・・。
②幹細胞が登場する実験は、若山研究室での仕事かな?

JAKiの実験は査読者要請で時系列が違います。

③小保方氏は、mRNAを混ぜることなんてできない

上記御質問と合わせて以下の時系列をご確認ください。

865一言居士:2019/04/07(日) 09:50:24
[回答3]
1.若山研でのFI-SC実験(2012年の春から秋)
2.第一回GRASへの試料提出(2012年8月/TS1:129B6F1CAG-GFP,FI-SC1:129B6F1 Acr-CAG-GFP)
3.笹井さんのレター論文完成(2013年の1月から3月10日の間)
4.第二回GRASへの試料提出(2013年1月/TS:なし,FI-SC2:129B6F1 Acr-CAG-GFP)
5.小保方さんによるネイチャーへのウェブ投稿(3月11日夜中)
6.ネイチャーからのリヴァイズ通知と第二査読者のJAKi検証アドヴァイス(4月4日)
7.小保方、笹井、丹羽各氏によるJAKi検証実験と論文加筆(4月5日以降)
8.第三回回GRASへの試料提出(2013年6月/TS2:CD1系統,FI-SC3:B6 Oct4-GFP+α)
9.第一回修正論文投稿(9月7日)

866一言居士:2019/04/07(日) 09:51:07
(続き)
10.第二回リヴァイズ要請通知(10月3日)
11.第二回再修正論文投稿(11月13日)
12.第三回リヴァイズ要請通知(12月13日)
13.最終稿投稿(12月16日)
14.アクセプト通知(12月21日)

867一言居士:2019/04/07(日) 09:52:09
[回答4]
<FI-SC3:B6 Oct4-GFP+α>はGOF由来FI-SCにGFP/BFP共挿入ESを10%混ぜたJAKi検証実験のデータを小保方さんが公共データ登録したものではないかと申し上げているのが③の御質問への答えです。これを遠藤氏はTSのコンタミだとして、その根拠にSox21とElf5の発現があるからとしたことを私はそういう論拠は論理的錯覚だと申し上げたんです。Sox21とElf5はどんな条件下でもTS以外からは発現しないのか。Sox21はいろんな細胞からでていることをTs.Markerさんが示しています。Elf5はどうなんですか。誰も調べてない。遠藤さんも調べていませんね。非論理だと申し上げている。とりあえず以上ですが、私のこの件に関する疑義は続きます。もうちょっと書けそうですが危ないので明日にします。

868イェイ:2019/04/07(日) 14:43:10
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

869在原業平:2019/04/07(日) 14:44:46
小町ちゃん、コーヒーね。ヴォランティアでクタクタだよ。

870小野小町:2019/04/07(日) 14:46:28
朝、Ooboeさんからも連絡があったわね。
>>
「あの日」若山氏描写記述によるStapキメラの作製成功パートナー説
「ipsよりすごいものを作った」
「ips研究のような大型予算を」
と繰り返す若山氏の様子の記述は、ノーベル賞に匹敵する成果を達成した
との強い胸中の発露でしょう。
小保方スフェア核使用のキメラ作製や
胎盤寄与程度とはレベルが違いすぎる、歴史的生物学的成果の興奮と、
パートナーの解釈です。
小保方スフェアによるStapキメラ作製成功でないと、歴史的生物学成果の興奮とはならないでしょう、
2019/4/6(土) 午後 6:16[ Ooboe ]返信する

871一言居士:2019/04/07(日) 14:52:49
0oboeさん、誤解があるようです。
>>
①小保方スフェア核使用(ntES)のキメラ作製
②胎盤寄与
程度とはレベルが違いすぎる、歴史的生物学的成果の興奮

①は出来て当たり前です。STAP細胞から本当にキメラができたら大発見ですが、ntESのキメラは日常茶飯です。
②はもし本当ならSTAPキメラであったも、ntESキメラであっても大発見なんです。


混同しないでくたぜさぃ。

872閲覧者:2019/04/07(日) 14:55:12
胎盤が光ったのが本当ならiPSよりESより受精卵に近くリプログラムされている
ということになるんだよね。

873小野小町:2019/04/07(日) 14:55:52
貼ってきてよ。

874一言居士:2019/04/07(日) 15:06:51
今貼ってきたよ。

>>Ooboeさん、
パートナー氏に誤解があるようです。
>>
①小保方スフェア核使用(ntES)のキメラ作製や
②胎盤寄与
程度とはレベルが違いすぎる、歴史的生物学的成果の興奮

①は出来て当たり前です。STAP細胞から本当にキメラができたら大発見ですが、ntESのキメラは日常茶飯です。②はもし本当ならSTAPキメラであっても、ntESキメラであっても大発見なんです。①の珍しくもないことと②の大発見を同列において混同なさらないでください。胎盤が光ったのが本当ならiPSよりESより受精卵に近くリプログラムされていることになるんです。これからその問題を論じることになります。以上です。

875在原業平:2019/04/07(日) 21:51:35
うーん、ヴォランティア忙しすぎ。

876小野小町:2019/04/07(日) 21:54:33
学さんはまたあしらい芸でお遊びね。あなたが次を投稿してあげないから。

877在原業平:2019/04/07(日) 21:56:31
僕は事件の真相を解明したいだけだ。あらかじめ決められた結論はないからね。
尤ももうntES以外にすべての情報を整合させる仮説は無いと分かってる。

878一言居士:2019/04/07(日) 21:57:58
答えが見えてるからと言ってすべての細かいところが分かっているわけでもないな。

879閲覧者:2019/04/07(日) 21:59:02
だからこそ学さんのところで知恵を借りたいんだよな。

880在原業平:2019/04/07(日) 22:01:29
知恵を借りたいのになんか主客転倒しているな。こっちに得るものが無い。
学さんはリードはうまいんだけどな。ほんとはブログが賑わえばいいなんて
ところが見えないことはない。

881小野小町:2019/04/07(日) 22:02:13
そうかなあ。ほんとにある派じゃないの?

882在原業平:2019/04/07(日) 22:04:28
キメラはスタンダードな意味ではできないから酸浴細胞は多能性細胞ではないよ。
現に今でも本人にできなかった。ただあの細胞が何かは分かってない。

883小野小町:2019/04/07(日) 22:08:09
2011年から2012年にかけてキメラが作られたのは動かないわね。
それが誰が何をしたからできたのかということね。再現実験でできなかったんだから
以前のは若山さんが何かしてキメラができてのか、小保方さんがESコンタミで
若山さんにキメラを作らせたのかという単純な二者択一問題なのね。

884一言居士:2019/04/07(日) 22:12:12
Ts.Markerさんも考えてくれているけどな。
>>
「論文のデータとして使用された細胞には、若山研にいた頃に若山先生からChIP(クロマチン免疫沈降)は行ってもいいが、シーケンサーによる解析は行わないように指示が出されていたものがあった。ChIPの実験では特定のタンパク質の発現しかわからないが、シーケンサーによる解析を行えば、その細胞の由来などが詳細にわかる。「なぜだろう」という疑問を持ちながらも、当時は指示にそのまま従っていた。後に次世代シーケンサーの公開されたデータについても疑義が挙がる。」(あの日 127~128P)
Tru-seq FI-SC3 3回目2013年6月 のことだろう。 再シークエンスしたのは、Letter追加実験のOct4-FI-SCのES-Like Cellの残存という結果に近い系統樹になるには、CTSは合わないしな。CTSのES-MARKER-GENEの発現は微弱になっているようだから。
いずれにしろ作成者はシーケンスしゲノムが読まれると「まずい」と考えていたんだろうな。しかし、Tru-seqのデータは公開された。
2019/4/7(日) 午後 6:57[ Ts.Marker ]返信する

885閲覧者:2019/04/07(日) 22:17:52
え? シーケンサーによる解析は行わないように指示が出されていたのは8月の分でしょ。
6月の解析とは無関係だけど?
作成者はシーケンスしゲノムが読まれると「まずい」と考えていたというのは8月の分だよな。
6月の分に何かやらかしたということ?

886閲覧者:2019/04/07(日) 22:21:09
Tru-seqのデータは6月だよな。

887ドクター・ワトソン:2019/04/07(日) 22:22:08
Oct4-FI-SCは6月だ。

888ドクター・ワトソンシャーロック・ホームズ:2019/04/07(日) 22:23:02
ES-Like Cellの残存?

889ドクター・ワトソン:2019/04/07(日) 22:23:54
ホームズ。なんだ君。

890社ナーロック・ホームズ:2019/04/07(日) 22:24:36
うーーーん。ややこしい。

891小野小町:2019/04/07(日) 22:28:25
ノムが読まれると「まずい」?

892小野小町:2019/04/07(日) 22:29:21
ノム→ゲノム

893在原業平:2019/04/07(日) 22:36:53
若山さんはOct4-FI-SCのゲノムを読まれるとまずいと思っていたという意味だね。
ところがJAKiの検証で提出されたデータはOct4-FI-SCの分だった。これは困るデータになってると。

894一言居士:2019/04/07(日) 22:41:43
困るというのは? そもそもOct4-FI-SCは無いと若山さんは主張しているんでしょ。
ゲノムを読めばOCT4-GFPがあるか無いかはすぐわかるけど、それは桂調査が
あえてやらなかったことだというのは既に我々は指摘しているよな。Oct4-FI-SCであるかないか
なんて問題が困るということではないはずだけど。何が困ると言ってるのか。

895一言居士:2019/04/07(日) 22:43:04
ゲノムを読まれて困ることだな。何かな。我々に言わせればそれはntESであることが
分かるからということのはずだんだけど。

896小野小町:2019/04/07(日) 22:45:52
ヘテロプラズミーはダメだったわね。何かしらね。

897閲覧者:2019/04/07(日) 22:48:29
Oct4-FI-SCのゲノムを読まれたくなかったのに6月のJAKi検証データの登録で
読まれてしまっていて、GFP以外に困ること?

898一言居士:2019/04/07(日) 22:50:09
若山さんはOct4-FI-SCに関して何をしたことを隠しておきたかったのか?

899ドクター・ワトソン:2019/04/07(日) 22:52:17
ChipはいいがTru-seqはダメな何か。

900シャーロック。ホームズ:2019/04/07(日) 22:55:53
うーん。
>>
ChIPの実験では特定のタンパク質の発現しかわからないが、シーケンサーによる解析を行えば、その細胞の由来などが詳細にわかる。

901地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/08(月) 06:48:43
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

902在原業平:2019/04/08(月) 10:04:09
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

903小野小町:2019/04/08(月) 10:04:52
DORAさんが参加してくれそうね。

904一言居士:2019/04/08(月) 10:06:34
学さんのところに貼ってきたよ。ヒヤヒヤしながら大量投稿した。インターヴァルを
取りながら投稿するといいみたい。
>>
[連投1](本題の続きです)
>>学さん
>私は、FI細胞からの蛍光は残る事を示したと思います。

リヴァイズ通知が来た時のありさまは手記118Pから119Pに書かれています。小保方さんはリヴュアーコメントのほぼすべてに赤線が引かれてしまうありさまで、笹井さんと丹羽さんがアドヴァイズしていることがよくわかりますね。最初の投稿時には無かったご引用の本文文章を加えたのは笹井さんで、丹保さんもそれを読んでいます。GFP/BFP共挿入マウスを提供したのは丹羽さんか笹井さんで、丹羽さんである可能性が高く、しかもマウス背景はCD1である可能性が高いとも申し上げました。

905一言居士:2019/04/08(月) 10:07:12
[連投2]
第二レフェリーがcould be excludedとアドヴァイズした言葉を笹井さんはcan be removed と言い直していますね。これはやんわりとES細胞は死滅してexcludeされたわけではないよねとレフェリーに指摘しているのに対して小保方さんはリジェンドの中でeliminatedと笹井さんの苦労を徒労にしてしまっています。cludeというのはcloseの意味のラテン語根ですね。eはex、limiはlimitの意味のラテン語根limesで、excludeとeliminateはほぼ同義だと思いますが、removeは別の場所に動かすことで、ESが死滅したというニュアンスはないですね。

906一言居士:2019/04/08(月) 10:07:57
[連投3]
先行論文はヤーヌスキナーゼが多能性を維持しているようだからその阻害剤を入れたら多能性細胞は分化し始めると言ってるんですね。ESであった細胞が培地から死んでexcludeされると主張しているわけではない。 元論文を押さえれば、BFPが残っていること自体は問題ではありませんね。でも小保方さんはリジェンドで<JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b).>と書いていて、ES細胞が多能性細胞としての機能を失うという意味に受け止められないことはありませんが、同時に細胞自体が死滅するという意味が残ってしまう。またレフェリーのアドバイス<Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibitor,)も同じです。

907一言居士:2019/04/08(月) 10:08:46
[連投4]
笹井さんはそこをうまく査読者の気持ちを傷つけずに<can be removed >と微調整したのではないですか。小保方さんはリジェンドを書くときに笹井さんの書いている文章の微妙なニュアンスに気づかなかったのではないでしょうか。

908一言居士:2019/04/08(月) 10:09:24
[連投5]
この相違は胎膜(fetal membranes)と卵黄嚢(yolk sac)に関する笹井さんの書いた本文と小保方さんの書いたリジェンドにも出現していて、笹井さんは胎膜(fetal membranes)と書いていますね。
>Surprisingly, injected STAP cells contributed not only to the embryo but also to the placenta and fetal membranes (Fig. 1b and Extended Data Fig. 1a–c) in 60% of the chimaeric embryos (Fig. 1c).

909一言居士:2019/04/08(月) 10:10:07
[連投6]
それに対して小保方さんは リジェンドやグラフの中でyolk sacとfetal membranesを混在して使っています。fetal membranesは栄養外胚葉(trophoblast layer) 由来でこれが本当に光ったら事件ですが、yolk sacは、内部細胞塊(inner cell mass)が胞胚腔側の表層の原始内胚葉(hypoblast)と胚体(dorsal epiblast )に分かれた更に先に分化してくる胚体外中胚葉 (extraembryonic mesoderm)由来ですから、これは光って当たり前で、このことはPub Peerの覆面コメンテータも指摘しています。今度は笹井さんの方が、図表とリジェンドは小保方さんに任せて、不注意で見逃しているのではないかと思います。

910一言居士:2019/04/08(月) 10:11:23
[連投7]
Pub Peerの#12コメント冒頭は以下です。
>>
#12 Peer 5 commented 5 years ago
commented February 28th, 2014 10:04 AM and accepted February 28th, 2014 10:04 AM
The authors claim that "Surprisingly, injected STAP cells contributed not only to the embryo but also to the placenta and fetal membranes (Fig. 1b and Extended Data Fig. 1a-c) in 60% of the chimaeric embryos (Fig. 1c)." and they show the analysis of chimaeric embryos with placentas at E12.5.

911一言居士:2019/04/08(月) 10:12:07
[連投8]
(続き)I'm sorry to say but that is normal in E12.5 chimaeric embryos produced by injection of wt ES cells into blastocyst, since the placental FETAL blood vessels and yolk sac mesoderm cells are derived from the ES-cell derived epiblast.

912一言居士:2019/04/08(月) 10:12:42
[連投9]
グーグル訳は以下です。
>>
#12 Peer 5 コメント 5年前
投稿 2014/2/28, 10:04 AM 受付 2014/2/28 10:04 AM
著者らは、「驚くべきことに、注入されたSTAP細胞は、胚だけでなく、60%のキメラ胚(図1c)の胎盤と胎膜にも寄与していた(図1b及び拡張図1a-c)」と主張していて、12.5日胚で胎盤を持つキメラ胚の分析を示している。遺憾ながら胎盤胎児血管と卵黄嚢という中胚葉細胞はエピブラスト由来ES細胞からもたらされるので、野生型 ES細胞の胚盤胞注入されたE12.5キメラ胚では正常なことである。

913一言居士:2019/04/08(月) 10:13:21
[連投10]
ESのキメラ胎盤と卵黄嚢は光って当たり前だと言ってるわけですね。むしろFigure 1-aのESキメラとされているものの方が光ってないことが不思議だと。
>>
In that sense what is surprising to me is that in their chimaeras (fig 1a and 1c) produced by injection of GFP expressing ES cells (Rosa26GFP or CAG-GFP) into blastocyst none showed fluorescence in the placenta (fetal blood vessels) or yolk sac (yolk sac mesoderm).
[その意味で、私にとって驚くべきことは、胚盤胞へのGFP発現ES細胞(Rosa26GFPまたはCAG-GFP)のインジェクションによって作られたキメラ(図1aおよび1c)に於いて、胎盤(胎児血管)あるいは卵黄嚢(卵黄嚢中胚葉)がまったく蛍光していないことだ。]

914一言居士:2019/04/08(月) 10:13:59
[連投11]
若山さんが取り下げ理由書でFigure 1-a,bはどちらもSTAP細胞キメラだと言い出したことはご承知のとおりです。Rosa26GFPの幹細胞キメラは作ってないとも言い出した。ワキャワカラン状態です。でもそういう問題が出る前から、このパブピアの覆面コメンテーターは何かしらGFP蛍光に関する複雑な要因による錯誤があると言ってますね。我々は若山さんは小保方さんを山梨に連れていくための手段として論文を書くようにデータを渡していたものが、理研にさらわれた結果、笹井さんの手を介して、このようなワッキャワカラン論文になったのを、若山さんはむしろ論文が落ちることを望んでレター論文との同時提出を強く主張したのだと思っていることは既述した通りです。彼はこれならリジェクトされると期待した。

915一言居士:2019/04/08(月) 10:14:54
[連投12]
JAKi検証に戻って、問題なのはこの実験は何をしている実験なのかということです。ESコンタミがあるのかという杜撰管理の批判を、STAP幹細胞のコンタミを心配しているのだと、レトリックでかわしながら、実際には査読者が要請しているESのコンタミが無いことを確認した実験です。それはabとcdの対比によって実証されている。でもその対比の片方に捏造があってはいけないから同時にやったということです。c,dのOct4-GFPはJAKi添加前後で光っていますね。しかし、e,fの中段のFI-SCのOct4-GFPはどちらも光ってない。これはどちらも光っていなければ主張の論旨と合いませんね。いくら拡大しても緑色蛍光は見えませんよね。見えていないことを放置していること自体が意味不明ですね。原因を知りたいんですね。何かの説明不足などというものではありませんよね。文章を書いているのは笹井さんです。途中ですが以上にしておきます。もう書きすぎたかもしれない。

916小野小町:2019/04/08(月) 11:50:54
ここまでは投稿済みなのね。続きは?

917一言居士:2019/04/08(月) 11:51:29
[連投13](本題、前回の続きです)
笹井さんは無論、母体側と胎児側の組織が結合した胎盤(placenta)部分と胎膜(fetal membranes)が光ったと理解している。ところが小保方さんはリジェンドとグラフ図表で、胎膜(fetal membranes )=卵黄嚢(yolk sac)の理解ですよね。
胎盤は後回しにして、先に胎膜(fetal membranes )=卵黄嚢(yolk sac)の理解の原因究明ですが、Extenred Data Figure 1-a,b,cともに卵黄嚢(yolk sac)と明確に書かれている。この図では胎膜(fetal membranes )という言葉は一切出てこない。推測できる最初の原因は小保方さんが卵黄嚢(yolk sac)だと言われてキメラを渡されているということです。この時に、若山さんが胎盤にくっついているのは卵黄嚢(yolk sac)だと言って、それは光ってて当たり前なんだよと言ってなかった場合、小保方さんが卵黄嚢(yolk sac)も光ったら不思議なのだと理解していたことは間違いないことです。

918一言居士:2019/04/08(月) 11:52:25
[連投14]
cの写真はそれが膜であること、そしてそこにGFPが入っていることを免染で証明したものです。これは光ってて当たり前だと小保方さんが思ってたらこんな検査実験はしません。胎盤だけでいいですよね。ところがFigure 1では胎膜(fetal membranes )=卵黄嚢(yolk sac)の理解になっています。これは最初卵黄嚢(yolk sac)と聞いていたものに対して笹井さんが胎膜(fetal membranes )と言い直したことが原因だと推測できますよね。つまり、笹井さんは驚くべきことが起きたと思っているんですから卵黄嚢(yolk sac)が光るというのはおかしいので光ったことが驚きなのは胎膜(fetal membranes )なのだから胎盤とともに光ったというのは卵黄嚢(yolk sac)じゃなくて胎膜(fetal membranes )だろうと訂正したというようなことが推測されるんですね。

919一言居士:2019/04/08(月) 11:53:21
[連投15]
まず注意しなければならないのはアーティクルに関してはサイエンス投稿論文ベースの12/11ヴァージョン原稿があったのですが、レター論文に関しては小保方さんの下書き程度のものしかなく、データのキャプションや図表のリジェンドなんかもない生のデータを見せられながら笹井さんが一人で原稿を書いたのではないかと推測される。こういう状況で小保方さんが後から持っているデータを添付画像やグラフとしてリジェンドをつけながら整理編集していくとこういう部分が見逃されるということがあり得ますね。ただ、その場合それにしても結構深刻なミスだと思いますが、主旨として胎盤が光ったということなので、そちらに気を取られて見逃したかもしれないですね。

920一言居士:2019/04/08(月) 11:54:16
[連投16]
私は実験はとても素直に行われていると思っていますから、学さんの言う通り、<FI細胞からの蛍光は残る事を示したと思います。>という思いは同じです。つまりOct4-GFPと書かれているFI-SCはあるに決まってると思っています。現にOct4-GFPは蛍光している。残されている謎はeの中段でどうして光っていないのかという問題だけですね。
桂調査チームはCTS-1がAcr-CAG-GFPマウス由来だということを遺伝子全解析して証明しました。ところがCTS-11〜13に関しては何も調べていません。若山さんの実験ノートには背景が書かれてなくて、ただ、若山さんの記憶に作った記憶がないと言ってるから作られてないのではと言ってる。調べればわかることを調べもせずに無いのではと言ってる。馬鹿げてますね。

921一言居士:2019/04/08(月) 11:54:49
[連投17]
これと同じことは12/27テラトーマのリシピエント体細胞切り出しでも行われていて、彼らは免疫不全マウスの細胞かどうかは調べればわかるのに、調べもしないで、GFPが無いという理由だけで体細胞だと主張しているのです。我々は無論キメラ胚のリシピエント側から作られたESだと言ってます。
私が笹井さんや丹羽さんの錯誤と言っているのは、彼らの錯誤はキメラはスタンダードに作られているということを前提としていて、業務命令で、論文を通すよう依頼されていて、キメラの作成に秘密があるなんてことを疑うことはできない状況の中での錯誤だという意味です。

922一言居士:2019/04/08(月) 11:55:53
[連投18]
と同時に、若山さんは小保方さんが2012年12月に理研のRULとして採用される以前はただ内輪での話をしているだけです。後に小保方さんのネイチャー論文として結実した論文に関して、2012年11月までの間、世間に対して何の責任もありません。論文は世に出ていません。若山さんに責任があるとしたらこの後の行動にあるんです。
でも事件は理研がその研究を小保方さんごと引き取ったことが引き金になっている。これが無かったら若山さんのそのあとの行動も無かったんです。そして、理研はそのことをよく理解しているということですね。若山さんを非難できないんです。

923一言居士:2019/04/08(月) 11:59:49
[連投19]
理研の調査が恣意的なもので結論ありきはもう大体わかっているんではないでしょうか。DORAさんは早くからそれを指摘しています。彼は理系なのでこの分野での問題に理解が早いんですね。桂報告が出てすぐにもう今の結論になっています。理研の報告はほとんど嘘です。私も遅まきながらそこに関しては同じ結論になっていて、ある程度理研の判断にもやむをえない落としどころという意味で理解はあるんですが、小保方さんが博士号を剥奪されたことは余計な不正でしたね。それはそれとして、今の私の関心は小保方細胞とは何であったのか、あるいは今でも何であるのか、そしてなぜキメラは出来たのかという問いにあります。それがこのJAKi検証の謎に解が潜んでいると思ってこの学さんブログに来ている理由です。

924一言居士:2019/04/08(月) 12:00:53
[連投20]
これから中段のOct4-GFPはどうしてどちらも光ってないのに放置されているのか。そして胎盤そのものは本当に光ったのかという問題に深入りしていかないといけないですね。取り合えず以上です。

925小野の駒ち:2019/04/08(月) 12:01:33
なるほど。ランチよ!

926地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/11(木) 08:16:49
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

927在原業平:2019/04/11(木) 08:17:43
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

928小野小町:2019/04/11(木) 08:19:43
DORAさんのところにntES論を書き込んだことを学さんブログを通して
Ooboeさんに知らせたら、学さんご自身がその書き込みに応答されてきたわね。

929在原業平:2019/04/11(木) 08:27:31
今、こことジムさんのところは別として、人のブログで議論を求めているんだけど、
議論相手として、学さんと、そこにいるTs.Markerさん、そしてDORAさんを
まともに対話できる相手として選んでる。いずれにせよ、我々のntES論が人に
理解されうるものかどうかの確認を通してほぼ自分だけでやってきた検討に
間違いがないかどうかを確認している。今のところ学さんのところではJAKi検証の
問題を議論したいと思っている。そしてDORAさんにはntESのストーリーの
矛盾点を指摘してもらおうと思ってるのさ。あちこちにテーマが分散すると手が回らなくなるね。
繰り返しも多くなる。

930小野小町:2019/04/11(木) 08:30:58
当面、DORAさんのところにOoboeさんと学さんが参加してくるのは遠慮して
もらっておいた方がいいわよね。そのことはお願いしてた方がいいんじゃないの。
今DORAさんと対話しているということね。

931一言居士:2019/04/11(木) 08:43:02
原稿だ。
>>
学さん
Ooboeさん

今DORAさんブログで行っているのは私のntES論の論理構成検証です。DORAさんを
ちゃんと納得させる立論ができているかということのチェックです。スピン屋は
最初から聞く耳を持ってませんから議論できない。DORAさんの今までのSTAP論は
ちゃんと整理されていて確認出来て、我々とほとんど違わない。分かれているのは
論文通りにキメラができているのだという認識での対立なんで、彼を説得できたら
一つの論理整合的仮説として完成したということになります。無論、各種情報に関して
ミッシングリングの多い事件だから、内部に矛盾を包含しない仮説はひとつしか
構築できないということも言い切れませんが、とりあえずはひとつ作ったということに
なりますね。

932名無しさん:2019/04/11(木) 09:41:02
一応、一段落するまではDORAさんブログのコメント欄においでになるのは
お控え願うとありがたいです。
>>
2011年11月に、最初にキメラができた日ですか?
それが4Nキメラというのはおかしくないですか?
ふつう、2Nキメラから始めてるのが、一般的かなと思いますが・・・。
2019/4/10(水) 午後 8:44返信する

933一言居士:2019/04/11(木) 09:47:49
そこですね。まず2Nか4Nか以前にどうしてF1からなんでしょうかね。STAP由来を確認するためには
GOFからではありませんか。2011年11月にキメラが初めてできたことは自己点検委員会の報告でも
確認されています。最初にキメラが光ったんです。Oct4-GFPマウスではないんです。最初から
アクロシンはともかくとして少なくともCAGなんです。できることは分かっていたんです。我々に
言わせるとキメラができなかったことを小保方さんに確認させた後、若山さんは自分の関心から
その細胞核を使ってntESキメラを作って研究してみるという計画を実行し始めました。ntES化
しているんですからキメラができるのは当たり前です。目的はその先にある。

934一言居士:2019/04/11(木) 09:53:37
そして手記88Pに研究方針の対立があって、小保方さんはできない結果を論文に纏めて
ヴァカンティの元に帰ろうとしたとみています。若山さんは緘口令の解ける翌年には
自分の山梨大への転勤発表ができるので、そこで助手の条件を提示すれば来てくれると
思っていて、それまで引き留めておきたかったんですが、本当のことを言うと彼女は
そちらの連休は嫌だと言うであろうと思って、普通にナイフ切り分けでできたと
一時的に嘘をついたんです。ここは何度でも強調したいところです。こんなところに
科学的不正も何もありませんね。

935一言居士:2019/04/11(木) 09:54:30
連休→研究

936小野小町:2019/04/11(木) 09:56:06
ところが小保方さんは助手の件も二つ返事ではなかったのね。それで種明かしも
できないままに、小保方さんの勧誘を画策しつつげることになったのね。

937一言居士:2019/04/11(木) 10:06:40
>>
渡したマウスについて、若山氏の言い分が正しいと桂報告書が決めるなら、Acr入りは渡していないとの、証拠が必要になると、一言居士さんは、言おうとしていますか?

FLS樹立時に渡したマウスが「僕のマウス」であったがアクロシン入りだったという話が
そのまま12/27テラトーマのアクロシンに繋がり、したがって最初のキメラもアクロシン入り
だったと言っているのは若山さんと桂報告です。これはESコンタミ論です。
ESコンタミ論は否定されていますよね。すると最初の成功キメラは出来ていたという
ことになるではないですか。でも、実際に残されているキメラや幹細胞からはアクロシンが
出ているじゃないですか。これは事実です。ESコンタミでもなく、アクロシン入りキメラは存在している。
それは、若山さんが「僕のマウス」を渡したと言ってることが嘘であること、そして
アクロシンが入っていて当たり前の別の実験が行われていたということを証しています。

938一言居士:2019/04/11(木) 10:22:42
>>
失敗続きで初めて成功キメラができたときに、小保方氏はその時からAcr入りに変えるのは無理だとの議論が、以前からあります。つまり、“最初のキメラは本物であるはず”論ですが、それをふまえていますか?


アクロシン入りの岡部マウスとのF1が最初から使われているんです。渡したのは若山さんです。キメラからアクロシンが出ているのに
それが太田ESコンタミでなければ、最初から渡されていたマウスがアクロシン入りだったに決まっているではないですか。若山さんの嘘です。
この点に関して他に解がありますか。

太田ESコンタミでキメラが作られているのでない限り、現に存在しているアクロシン入りのキメラは
マウス段階から入っていたもので、それは若山研に維持されていた陸稲マウスです。このことは和モガさんが
最初から指摘されています。最小限維持するというのは出来てくる子供を処分するということです。
手記にある光る精子がそれを証しています。彼は記者会見で岡部マウスもそういえばあったけどと
とぼけてましたよね。太田ES以前に疑われるべきは岡部マウスです。若山さんはそのマウスを自分で
維持しているんですよ。そういえばなんて話ではない。彼は最初のキメラを破棄してしまっています。
桂調査は2011/11/28のキメラのマウス背景を<「129/Sv×B6GFP」 が正しい>と
書きながら、そのGFPがCAGなのかAcr-CAGなのかを隠しましたね。聞かなかったと思われますか?

939小野小町:2019/04/11(木) 10:23:33
いいでしょ。書き込んでらっしゃいな。

940地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/12(金) 07:18:56
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

941在原業平:2019/04/12(金) 07:19:43
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

942小野小町:2019/04/12(金) 07:22:02
学さんが、なんか気づかれたようね。私たちがしつこく解説した所為ね。

943在原業平:2019/04/12(金) 07:23:53
ジムさんに次ぐ理解者かな。でもまだおっしゃっていることが矛盾しているね。
我々がなぜ便所の壁にしか書かないのか気づかれてない。

944小野小町:2019/04/12(金) 07:26:23
DORAさんは考え込んでしまわれたわね。それとも分かってしまったのかしら。

945在原業平:2019/04/12(金) 07:30:45
出来ているのにどうして「僕のマウス」を渡したと嘘をつくのか。その理由は
出来てないからなんだよな。そしてできてない理由を小保方さんの太田ESコンタミだと
いうことにするためなんだよな。DORAさんは我々と同様に太田ESのコンタミは無いと
結論している。するとできてないという結論だけが残る。しかし、アクロシンキメラは
存在している。どうしてかということだね。

946一言居士:2019/04/12(金) 07:35:40
そこが分かるとntES論に入れるんだね。ここにまず入ってからでないとどうして
若山さんがそんな馬鹿な論文を書くはめになってしまったのかということの理由を
求めていくことになる。まずntES論の入り口を通ってからでないと考え始めることすらできない。
我々は一研究者ブログから戻った瞬間にその入り口の存在に気づいた。

947一言居士:2019/04/12(金) 07:37:45
求めていくことになる。→求めていくことができない。

948閲覧者:2019/04/12(金) 07:49:08
昨日貼り付けた分はこここにも残しといてよ。

949一言居士:2019/04/12(金) 07:50:28
>>
[ntES論チェックの件1]
>>
学さん
Ooboe さん

今、信頼できるDORAさんのブログで私のntES論の論理構成検証をお願いしています。一応、一段落するまではDORAさんブログのコメント欄においでになるのはお控え願うとありがたいです。対応が大変になりますので。
DORAさんを納得させられたら私のntES論も一つの論理整合的仮説として完成したということになります。無論、各種情報に関してミッシングリングの多い事件だから、内部に矛盾を包含しない仮説はひとつしか構築できないということも言い切れませんが、とりあえずはひとつは作れたということになりますね。
2019/4/11(木) 午前 11:23[ 一言居士 ]返信する

950一言居士:2019/04/12(金) 07:51:26

[ntES論チェックの件2]
学さんお尋ねの件、
>>
2011年11月に、最初にキメラができた日ですか?それが4Nキメラというのはおかしくないですか?ふつう、2Nキメラから始めてるのが、一般的かなと思いますが・・・。

御意。まず2Nか4Nか以前にどうしてF1からなんでしょうかね。STAP由来を確認するためにはGOFからではありませんか。2011年11月にキメラが初めてできたことは自己点検委員会の報告でも確認されています。最初にキメラが光ったんです。Oct4-GFPマウスではないんです。最初から、アクロシンはともかくとして、少なくともCAGなんです。できることは分かっていたんです。我々に言わせるとキメラができなかったことを小保方さんにちゃんと確認させた後、若山さんは自分の関心からその細胞核を使ってntESキメラを作って研究してみるという計画を実行し始めました。ntES化しているんですからキメラができるのは当たり前です。目的はその先にある。
2019/4/11(木) 午前 11:24[ 一言居士 ]返信する

951一言居士:2019/04/12(金) 07:52:23
[ntES論チェックの件3]
ともあれ、キメラができないことを確認した後、小保方さんはできないなりの論文を纏めてヴァカンティの元に帰ろうとしたのだと推測しています。ここは彼女は詳しく書いていません。若山さんはntES化研究を始めようとしていますから帰ってもらっては困るんですが、それ以上に、若山さんは彼女の熱心さを気に入っていて山梨大に連れて行きたがってるんですね。でもこの段階では手記88Pに研究方針の対立が書き込まれているように、小保方さんは細胞の性質をもっと直接に研究したがっていた。本当のことを言うと、帰ってしまう可能性があった。と同時に、若山さんは既に山梨大の教授が内定していたんですが、そのことがまだ言えない段階だった。翌年の年度末には発表できる。その時には助手という待遇提示ができて、小保方さんが喜んでくると思っていた。
来てくれるということになったら自分が何をしているのかをちゃんと説明できる。しかし、この時小保方さんは二つ返事でなかったんですね。何度も書きましたから繰り返しません。
2019/4/11(木) 午前 11:26[ 一言居士 ]返信する

952一言居士:2019/04/12(金) 07:53:50

[ntES論チェックの件4]
>>
渡したマウスについて、若山氏の言い分が正しいと桂報告書が決めるなら、Acr入りは渡していないとの、証拠が必要になると、一言居士さんは、言おうとしていますか?

FLS樹立時に渡したマウスが「僕のマウス」であったがアクロシン入りだったという話がそのまま12/27テラトーマのアクロシンに繋がり、したがって最初のキメラもアクロシン入りだったと言っていることになるのは若山さんと桂報告です。これはESコンタミ論です。
ESコンタミ論は否定されていますよね。すると最初の成功キメラは出来ていたということになるではないですか。でも、実際に残されているキメラや幹細胞からはアクロシンが出ているじゃないですか。これは事実です。太田ESコンタミでもないのにアクロシン入りキメラは存在している。
それは、若山さんが「僕のマウス」を渡したと言ってることが嘘であること、そしてアクロシンが入っていて当たり前の別の実験が行われていたということを証しています。
2019/4/11(木) 午前 11:27[ 一言居士 ]返信する

953一言居士:2019/04/12(金) 07:54:40

[ntES論チェックの件5]
>>
失敗続きで初めて成功キメラができたときに、小保方氏はその時からAcr入りに変えるのは無理だとの議論が、以前からあります。つまり、“最初のキメラは本物であるはず”論ですが、それをふまえていますか?

アクロシン入りの岡部マウスとのF1が最初から使われているんです。渡したのは若山さんです。キメラからアクロシンが出ているのにそれが太田ESコンタミでなければ、最初から渡されていたマウスがアクロシン入りだったに決まっているではないですか。FLSの段階で「僕のマウス」を渡したという若山さんの嘘です。この点に関して他に解がありますか。この時の嘘は演繹的に最初のキメラもアクロシン入りだったという<事実の推測>に繋がっています。最初のキメラ作成時に渡したマウスも従ってアクロシン入りであってはなりませんね。でもだからと言ってここでは「僕のマウス」でないことは<「129/Sv×B6GFP」 が正しい>と桂報告が言ってることで分かっているんです。FLS時と違って、ここではヘテロマウスなんです。
2019/4/11(木) 午前 11:29[ 一言居士 ]返信する

954一言居士:2019/04/12(金) 07:55:58

[ntES論チェックの件6]

太田ESコンタミでキメラが作られているのでない限り、現に存在しているアクロシン入りのキメラはマウス段階から入っていたもので、それは若山研に維持されていた岡部マウスです。このことは和モガさんが最初から指摘しています。最小限維持するというのは出来てくる子供を処分するということです。手記にある光る精子がそれを証しています。彼は記者会見で岡部マウスもそういえばあったけどという体でとぼけてましたよね。太田ES以前に疑われるべきは岡部マウスです。若山さんはそのマウスを自分で維持しているんですよ。そういえばなん体の話ではない。彼は最初のキメラを破棄してしまっています。
桂調査は2011/11/28のキメラのマウス背景を<「129/Sv×B6GFP」 が正しい>と書きながら、そのGFPがCAGなのかAcr-CAGなのかを隠しましたね。聞かなかったと思われますか? 以上です。次は本題に戻る予定です。本題はJAKiです。まだ終わっていません。私が学さんブログに来た目的はそちらです。
2019/4/11(木) 午前 11:31[ 一言居士 ]返信する

955小野小町:2019/04/12(金) 07:57:17
なるほどね。なんか便所の壁が狭くなったわね。

956孤舟:2019/04/12(金) 07:58:46
河岸を替えて飲み直そう。

957名無しさん:2021/12/07(火) 18:44:55
『加藤純一MAD動画選手権
(日本カトデミー賞会場)』
(18:00〜放送開始)

ttps://live.nicovideo.jp/watch/lv334466090

958名無しさん:2021/12/09(木) 20:30:31
旧ニコ動の王vsニコ生の王、
PUBG以来の直接対決、開戦。

加藤純一(うんこちゃん) Youtubelive

『大乱闘スマッシュブラザーズSPを
幕末志士とやる。』
(21:00〜放送開始)

ttps://youtube.com/watch?v=BoCgKLKw2dw

959名無しさん:2021/12/09(木) 23:58:55
『4人でPUBGをやる!』
(加藤純一×幕末志士・坂本
×ナポリの男たち・すぎる、Shu)
(22:38〜放送開始)

ttps://youtube.com/watch?v=--M2prCm7Sw

960名無しさん:2021/12/16(木) 20:59:03
『つべら雑談』
(20:20〜放送開始)

ttps://youtube.com/watch?v=AMM7pXumSDg

961名無しさん:2021/12/20(月) 23:29:41
『諸々決める雑談』正月企画会議
(障害者マイクラ、福袋
第4回万博/生放送名シーン募集、
第3回アプリ王etc.)
(22:23〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

962名無しさん:2021/12/21(火) 21:37:07
『雑談』
(19:41〜放送開始)

ttps://youtube.com/watch?v=dk9HrcBcyzc

963名無しさん:2021/12/25(土) 20:28:03
『クリスマス雑談』(18:15〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

964名無しさん:2021/12/31(金) 23:19:01
2021年プレイバック
没動画供養
障がい者限定
視聴者マイクラリベンジ開戦前夜

『負け犬たちの年越し〜2021〜』
(22:21〜開始)

ttps://youtube.com/watch?v=nYZAA1-Uii0

965名無しさん:2022/01/02(日) 21:51:13
正月企画配信第2弾
「第3回/超高額福袋(205万)開封生放送」
(レトロゲーム、ゲーム機、ポケカ等)

『加藤純一、魂の福袋開封放送〜2022〜』
(21:01〜放送開始)

ttps://youtu.be/RiZq3snq_9E

966名無しさん:2022/01/03(月) 20:23:24
正月企画配信第3弾
「第3回・自作スマホアプリゲーム選手権」

『第3回加藤純一アプリ王選手権!』
(19:02〜放送開始)

ttps://www.youtube.com/watch?v=0NrnYH939uM

967名無しさん:2022/01/04(火) 20:12:10
3年ぶりの開催

『第4回加藤純一万博!!』
2019、1月〜2021、11/30
全生放送(Youtube、ニコ生、Twitch)
ゲーム+フリートーク名シーン傑作選
(20:05〜放送開始)

ttps://www.youtube.com/watch?v=F4SKZ6bR7f0

968名無しさん:2022/01/05(水) 19:33:41
『第4回 ピザラ人狼 2022
【オーイシ×加藤のピザラジオ 新春特番】』
[GM] 白坂翔

[9人村/プレイヤー]
オーイシマサヨシ、加藤純一
岩淵紗貴(Moshimo)
atagi(Awesome City Club)
おにや、みゃこ(立石都美)
山添寛(相席スタート)
Stylishnoob(関優太)
虫眼鏡(東海オンエア)

(19:00〜放送開始)

ttps://youtube.com/watch?v=Ns_9UuC_9jY

969名無しさん:2022/01/06(木) 21:00:36
第3回アプリ王優秀作品(90点)
「ウマ娘」パロディゲーム

『【カト娘 館山ダービー】を全クリする放送』
(20:02〜放送開始)
 
ttps://youtu.be/v-vQpGo70A8

970名無しさん:2022/01/07(金) 21:51:37
個人制作アプリゲーム実況
第3回アプリ王選手権
最優秀作品(98点/同率1位)
Undertale+ロックマンエグゼ
オマージュ作品

『【JunJail】を全クリする放送』
(21:05〜放送開始)
 
ttps://youtube.com/watch?v=UGypW7nkZs4

971名無しさん:2022/01/08(土) 19:47:09
『超滅APEX2大会配信。6試合』
(ゲスト/インフルエンサーキャリー枠)
(18:00〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

972名無しさん:2022/01/09(日) 21:04:52
『ウォッチパーティーin超滅APEX2
with釈迦/予選Day2「超滅Solo」』
(17:45〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

973名無しさん:2022/01/10(月) 19:54:13
『超滅APEX2 決勝トーナメント
「超滅本戦」を釈迦と見る。』
(17:45〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

974名無しさん:2022/01/13(木) 19:54:15
『第2回視聴者福笑い(キメラ)選手権』
(17:21〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

975名無しさん:2022/01/23(日) 22:38:03
『(10日ぶりのYoutube)
2022仕切り直し雑談放送』
(21:52〜放送開始)

ttps://youtube.com/watch?v=KhfWksNv8T8

976名無しさん:2022/01/31(月) 11:35:34
APEXLEGENDS Season11 Part30

『2時間APEXをする。朝』
【プラチナⅢ】
(9:51〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

977名無しさん:2022/01/31(月) 21:30:39
『イナズマイレブン3(ボンバー)第4章』

vsネオジャパン戦
FFIアジア予選決勝
韓国・ファイアードラゴン戦
(21:03〜放送開始)

ttps://youtube.com/watch?v=aWqDTPEtuC8

978名無しさん:2022/02/01(火) 15:35:41
APEX Season11 #31

『APEXはんじょうと
DJふぉい(レペゼンフォックス)と
プラチナ帯で盛る。』【プラチナⅢ】
(14:12〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

979名無しさん:2022/02/09(水) 04:58:10
『PCカードゲーム・インスクリプション

ふしぎ遊戯、ジョジョアニメ
ポケモンココ試写会

APEX新シーズン12、開幕戦。』
(23:21〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

980名無しさん:2022/02/17(木) 19:09:08
『ゲームしてたらなんか賞貰える(;O;)』
吉本興業主催
ゲームストリーマーアワード2021
(18:07〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

981名無しさん:2022/02/20(日) 15:29:00
『競馬/60万回収放送inフェブラリーS(GI)』
Youtube+Twitch同時放送
(14:07〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

(14:08〜放送開始)

ttps://youtube.com/watch?v=n7Pw0XoknGg

982名無しさん:2022/02/23(水) 19:30:09
ローグライクアクションゲーム
『Vampire Survivors』
(ヴァンパイアサバイバー)
(18:37〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

983名無しさん:2022/03/03(木) 21:07:10
『雑談』
フリートークショー
(19:52〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

984名無しさん:2022/04/01(金) 19:55:32
『ペヤング獄激辛Final完食チャレンジ
(36歳、ゲーム実況者・加藤純一)』
(21:00〜放送開始)

ttps://youtube.com/watch?v=dj2xt5wSA7A

985名無しさん:2022/04/15(金) 00:36:50
『寝る前に雑談』
(23:27〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

986名無しさん:2022/04/17(日) 14:47:57
『競馬予想/410万円回収放送in皐月賞編』
(12:31〜放送開始)

ttps://youtube.com/watch?v=jOJLODnxxl0

987名無しさん:2022/04/26(火) 22:58:24
ニコ生配信者発掘企画

加藤純一・とろみ・横山緑・ユキちゃんの
超配信者「雑談」公式生放送
@ニコニコ超会議2022【4/26】
(22:00〜放送開始)

ttps://live.nicovideo.jp/watch/lv336123262

988名無しさん:2022/04/30(土) 23:12:11
『天皇賞+APEX世界大会観戦前日の雑談』
(18:35〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

989名無しさん:2022/05/01(日) 15:22:59
『絶対に勝つ。天皇賞(春)編』
(3連敗中/収支-460万)
(13:07〜放送開始)

ttps://www.youtube.com/watch?v=MwGUJiaY3OQ

990名無しさん:2022/05/02(月) 00:15:29
『APEX LEGENDSワールドプロリーグ
ALGS Split2 Play Offを釈迦と観る。』
(22:51〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817

991名無しさん:2022/05/02(月) 19:48:03
『発掘」
聖剣伝説3リメイク・トライアルズオブマナ
(18:07〜放送開始)

ttps://www.twitch.tv/kato_junichi0817


新着レスの表示


名前: E-mail(省略可)

※書き込む際の注意事項はこちら

※画像アップローダーはこちら

(画像を表示できるのは「画像リンクのサムネイル表示」がオンの掲示板に限ります)

掲示板管理者へ連絡 無料レンタル掲示板