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STAP紀行4

254一言居士:2018/11/29(木) 07:02:00
われわれのntES論はすべての矛盾を若山さんの嘘として一貫したストーリーが
描けているんだね。それに対して小保方さんによるESコンタミ説は一貫した
ストーリーが描き切れないんだ。例えば、テラトーマの体細胞切り出しと
アクロシンが出たことの説明だね。小保方さんはESで捏造するなら学生の
GOF-ESを使うでしょう。それにESで捏造するとちゃんとテラトーマができるので
体細胞なんて切り出す必要がない。そもそも太田ESをどこから入手したのだと
言う問いに解が描けてない。

255小野小町:2018/11/29(木) 07:20:26
私たちのntES論だとそこんところは最初の成功キメラと幹細胞の由来マウスは
岡部マウスとのF1だったということよね。そのntESでキメラと幹細胞を作った。
それで小保方さんを引き留めるためにできたよと言った。小保方さんが自分の
予期せぬ休日出勤してテラトーマ実験を始めてしまったから、このままだと
テラトーマはできないんで慌ててソートしてなかった幹細胞を注射したから
アクロシンが出たのね。小保方さんはGOFマウス以外からSTAP細胞は作れないわね。
F1でやるときには若山さんに交配してもらわないといけない。だから小保方さんは
実験ノートにある通りにGOFで博論時と同じヴァカンティ足場を使って皮下埋納していて、
ただキメラができたと言うのでひょっとしたらということで精巣に注射した。その量は
ESの10の5乗より一桁オーダーの高い10の6乗なのね。できないことを心配しているのね。

256デラ・ストリート:2018/11/29(木) 07:28:13
小保方さんは日本に戻ってからテラトーマを切り出しHE染色したらなにか
出来すぎていて変に思ったから免染せずにおいたのよね。そのことは後に
事件化して問われたときに本心は言えなかったのよね。まさか疑ったのでとは
言えないし、第一そもそも疑ってない。ただ変に思ったから使わなかったんだわね。
後の調査で免疫不全マウスとのDNA比較もせずにGFPがないからホストの体細胞だと
決めつけた桂報告に対しても、これはソート前の幹細胞なのでリシピエントマウスの
ES細胞由来のテラトーマだと説明可能なのね。

257小野小町:2018/11/29(木) 07:38:13
胎盤が光ると言い出したのは桃子本では何時の事かは分からないとされているわね。
桃子は若山研で取材しているから聞いてるのは若山夫妻だわよね。いつのことか
分からないと言ってのはだから若山夫妻よね。記者会見では誰が言い出したかも忘れたと答えた。
手記には2012年3月以降の話の中で胎盤が光っているから調べてくれと若山さんが
言ったと書かれている。ここにも矛盾があるわね。

258ペリー・メイスン:2018/11/29(木) 07:44:16
何時の事かを言わないでおくのはなぜかということだな。

259デラ・ストリート:2018/11/29(木) 07:52:46
Letter Figure 1のa,bの写真に関してそれを2012/7/17のものと若山さんは桂調査に
メモ提出してるわね。そしてどちらもSTAPキメラだと。この写真はSTAPキメラの
胎盤が光ってるという写真だわね。若山さんはそれを取り下げ理由の中で、増感だと
言ったわね。つまり小保方さんの捏造だと。桂報告は増感されていないといってて、
ネットのアトモス部屋さんも増感でないといってる。
若山さんは光っているから調べろと命じたんでしょ。その結果をどうしてみてないの?
記者会見では報告を受けたと言った。では見もしないでどうして増感だと否定しているの。
どうして胎盤貢献していないとわかったの?

260小野小町:2018/11/29(木) 08:00:48
2012/7/17だと桂調査に答えているのにどうして桃子にはいつのことか忘れたと
言ったのかしらね。どう考えても2011年のことではないんでしょ。
Letter Extended Data Figure 1-aの写真は2011/11/28の写真だと若山さんは
桂調査に答えている。小保方さんはその胎児写真にb,cの胎盤貢献免染写真を
つけている。胎盤が光っているという話が2012/7/17の近辺の話なら、そもそも
このキメラは2011年の最初の成功キメラなんだから胎盤貢献なんて話は出てないよと
否定しなければならないのに、桂報告は矢印が胎盤か卵黄嚢かわからないなんて
ことを問題にしている。いつのことかを明確にしたくない理由がそこにあるのよね。

261デラ・ストリート:2018/11/29(木) 08:33:24
その写真は小保方さんはB6/129と書いている。でも桂報告は若山さんとともに
129/B6の間違いだという。そして、その写真はArticle Extended Data Figure dの
下の写真と同じキメラだという。ところがこの胎児は写真はLetter Extended Data Figure 1-aの
129/B6の4Nキメラとは似ても似つかぬ写真で、その上の写真と似ていると疑義されていたものであるが
こちらは例のB6GFPxDBA/2の写真で、李の関与の疑われているものだわね。
しかも、このキメラ子は2012年の1月から2月にかけてのキメラとされていて
要するにFLSの樹立時に同時に作成されたSTAPキメラなのよね。この2Nキメラに対してdの4Nキメラが
対応していて、これが2月頃に取られた写真だということは明らかよね。胎盤が光ったはずの時期より前ね。
それと2011/11/28の写真が同じなら、小保方さんが付けている胎盤の免染写真は一体どのキメラに
対応しているのよね。

262小野小町:2018/11/29(木) 08:43:10
私たちのntES論では若山さんがレター論文をやっきになって取り下げた理由も説明可能なのね。
若山さんは小保方細胞核を使用してntESを作ったと思い込んでいて、胎盤貢献もそれが原因の
筈だと考えていたのね。その最大の理由はGFPがたくさん光っていることで、キメラはできなくても
この細胞は何物かではあると思い込んでたのよね。このGFPの漏れ出しは丹羽さんが検証で発見するまで
誰も気づかなかった。若山さんはどこかの時点でPCRにかけて確認したんだわよね。GFPが蛍光しているのに
Oct4-遺伝子がほとんど発現してないことに気づいたのよ。これは小保方さんだって調べたらすぐに
分かったはずのことなんだけど、皆そのときはキメラができたという確定事実に惑わされていたのね。
キメラができていたのならOctf4遺伝子は発現しているに決まっていると。そこにGFPの発現構造に関する疑義を
挟める人はいないでしょうね。それはキメラは本当にはできていないということを知ってる若山さんだけに
できることなのね。そしてそのことに気づいた彼はなぜ胎盤が光っているのかに関しても気づいた。

263在原業平:2018/11/29(木) 08:51:23
そもそも自分の最新のntESの作り方で胎盤は光っていたんだと。小保方細胞核が
原因ではない。それは自分で普通のntESを作ってみたら確認できることだ。
それはSTAP研究とは何の関係もない怪我の功名の発見だね。だからレター論文の
取り下げにやっきになった。当然キメラができているということの書いてあるアーティクルも
取り下げなければならない。彼はヴァカンティに小保方細胞核使用ntESの面白い
発見を何とか隠して、小保方さんを山梨に引っ張ってきてそこでの功績にしようと
画策してきたんだけど、何のことはない。それはそもそもの自分の研究成果だった。
STAPは関係ない。そうなるといろんな事情で嘘をついていたんだという後の言い訳も
きかなくなる。自分自身の嘘の正当化も自分自身に対して通らなくなった。だから
とにかく何も無かったことにしようということだね。

264デラ・ストリート:2018/11/29(木) 08:54:10
ま、そういうことなのよね。で、私たちが足踏みしているのは笹井さんと丹羽さんの
アドヴァイスでFI-SCがES細胞でないという証明実験が、私たちのntES論を一見否定している
ように見えることの解釈がど素人で可能かと考えあぐねているのよね。

265ペリー・メイスン:2018/11/29(木) 08:56:20
どこからアプローチするのかな。
>>
tt
‏@ts_marker
11月17日
胎盤からアクロシンが検出されたら、笑える。

266デラ・ストリート:2018/11/29(木) 09:04:24
胎盤は
①STAPキメラ胎盤(4N)
②FI-SCキメラ胎盤(4N)
の二つがあるのね。
コントロールとしては
③ESキメラ胎盤(4N)
④TSキメラ胎盤(2N)
があるのね。

267小野小町:2018/11/29(木) 09:07:45
TSキメラは4Nだと生まれてこないから2Nにして胎児をリシピエント胚で作るのね。
他はGFPが胎盤に来たかどうかは2Nの場合は偶然に左右されるから4Nにするのね。

268ペリー・メイスン:2018/11/29(木) 09:16:22
①と②は論文では光るとされている。STAP幹細胞はESと同じで光らないね。TSはそもそも
胚盤胞期の卵の外側の膜を培養したもので、この卵が子宮内壁に張り付いて少し陥没した後に、
子宮側からとこのトロフォブラストと呼ばれる栄養膜側からの両方から胎盤が形成されていくのが
自然発生だね。

269ドクター・ワトソン:2018/11/29(木) 09:29:08
ESは胚盤胞期の栄養膜内の卵割腔の一部に集まっているインナーセルマスと呼ばれる
分化増殖している最中の細胞を取り出して分化抑制剤を入れた培地で増殖だけさせる。
既に受精卵はトロフォブラストとインナーセルマスに分化してしまっていて、
トロフォブラストが胎盤の形成に一部寄与するんだから、残りの細胞は胎児に
なる予定で、従ってそこで分化を止められているES細胞は胎盤に貢献しないんだよな。
因みに4NのES細胞でキメラを作るとリシピエントのトロフォブラストが胎盤貢献する。
トロフォブラストのできる前の段階でキメラ胚を作った時にリシピエントの細胞が
トロフォブラストになっていくのか、まるで死んでしまって胎盤が母体側からだけで
できるのかは知らない。

270小野小町:2018/11/29(木) 09:33:16
私たちにとっての問題は
①ESキメラは原則胎盤貢献しない。
②クローン胚は胎盤貢献する。
③クローン胚から作られたntESは上記原則からは胎盤貢献しない
ということね。

271孤舟:2018/11/29(木) 09:35:17
阿久悠から電話だぜ。

丹羽2005年論文で操作を加えるとESキメラの胎盤貢献がある。
クローン胚のntES化手法に何か秘密があるのかというあたりだね。

272小野小町:2018/11/29(木) 09:41:18
若山さん自身が文庫桃子本83Pで言ってることの意味ね。

youtube.com/watch?v=QnHbZAB_U-Q&list=RDDIGfO2Dgc9Y&index=4
大人になったらGTRに乗るのかしらね。ふふふ。

273ふむ:2018/11/29(木) 09:41:54
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274自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2018/11/29(木) 23:21:11
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

275地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう:2018/11/30(金) 06:59:38
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276在原業平:2018/11/30(金) 07:01:44
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

277小野小町:2018/11/30(金) 07:04:26
お気に入りは変化なし。ガンバレの楠本さんから業務連絡よ。
>>
楠本 英正
22時間前
したらばさん達、wamogaブログの検証再開してね。
お願いします。

278在原業平:2018/11/30(金) 07:10:01
我々はロゴスの命じるがままに自由に考えているからね、筋道が追いにくいだろうね。
今、
①Ts.Markerさんブログの検証中
②その途中で和モガブログに入って検証中
③その途中で学ブログのレター論文纏めを利用して論文の図表を検討中
ということですから、再開というのはありません。今も考察中です。

279一言居士:2018/11/30(金) 07:20:59
Ts.Markerブログは6番までしかありませんから、ざっとそこにある問題を全部
チェックなさってください。我々は新しい側の遺伝子解析結果の分析に関する
検討を主に残したまま、和モガブログに移動しましたね。和モガさんがそれを
一番わかりやすく解説されているからです。でもやるなら最初からということで、
整理のいい和モガツイッターの記載に添って検討していって、我々は彼の
第三者説を根拠を挙げて否定しました。でも、彼は我々の説に乗り換えてはいません。

280閲覧者:2018/11/30(金) 07:30:45
我々のntES論が全てを説明しつくしていたら和モガさんはこちら側に与するでしょう。
でも、彼は与していません。ということは与せない根拠が彼にはあるんです。それが
Ts.Markerさんの遺伝子解析結果です。我々はいわば搦め手側からの考察から入っていって
若山さんの嘘ですべての情報が整理されうるということを示しました。逆に
小保方さんの嘘という立ち場では解けない謎が残るという意味でもある。ここは
少なくとも桂報告の示唆する小保方さんのESコンタミでないということでは
和モガさんの立場と共通しているんです。我々は二人の証言の諸矛盾の原因を追究することによって
嘘が若山さん側にあるということを示した。Ts.Markerさんと和モガさんたちは、
遺伝子解析結果が若山さんの証言と矛盾するという根拠で若山さんの側に嘘があると
指摘しているんです。

281在原業平:2018/11/30(金) 07:42:13
今、我々の問題意識が遺伝子解析結果の検討の周りを廻っているというのは、
実は、Ts.Markerブログと和モガブログに主に残してきた問題意識の周りに
居るということです。問題は煮詰まってきているんです。そして、その問題を
主に生じさせている実験こそがレター論文なんですから、レター論文を今
検討しているんですけど、これも学さんがとても上手に纏めてくれているのと、
自分一人の解釈では読み落とすところがありうるから、わざと学さんの纏めに
従って、チェックしながら検討している途中ですね。そして、現在、ntESはESなのに
胎盤が光るということがあるだろうかという問題を考えるための準備をしているんです。
レター論文はFI-SCがインナーセルマス由来の細胞ではないと証明していることになってるんです。
我々のntES論でも、ntESはインナーセルマス由来だという解釈でいるんです。
今ntES論は危機に立たされている。

282小野小町:2018/11/30(金) 07:54:24
危機なんだけど全然平気な理由はお分かりね。私たちが若山さんの嘘だという結論に
導かれたのはこの遺伝子解析結果との矛盾が根拠ではないからよ。和モガ説の論文通りに
STAP細胞があったのなら、まず一番にそうであるのになぜ若山さんは論文を取り下げたのかの
説明が必要だわ。そして後には丹羽さんの検証結果論文の解釈も示してもらわないといけないわ。
私たちはそこは簡単に説明できてるわよね。第三者説は日程的に否定されていたわよね。こちらの
問題は和モガさんは整理できてないのよ。そして私たちはそこの整理は私たちの整理以外には
思いつけないの。つまり、私たちが間違っていたとして、では逆になぜ若山さんは論文を取り下げたのか
述べよと言われても困るのよ。そこはさんざん考えてるのよ。私たちは最初方法論的に
桂報告が正しいならすべての諸矛盾の説明は可能のはずだと小保方犯人説でこの問題を追い始めたのよ。
私たちはもはやどこにもいけなくなっちゃうのよ。

283一言居士:2018/11/30(金) 08:06:32
で、思考というのは最初に直感がありますね。答えが先にあって、論証が後からついてくる。
逆は無いですよね。で、我々も直感しているんです。遺伝子解析結果は何を意味するか。
ES細胞は常にOct4蛋白質を発現している。ではOct4蛋白質を発現していたらES細胞なのか。
個々には検証時にということか、検証すればいつでもかが書かれてない。で、仮に検証すれば
いつでもだとしたらES細胞なのかというと、STAP細胞はそうだったんでしょ。しかし、STAP細胞が
Oct4蛋白質を発現してたか否かは常に確認されてはいませんよね。更に論文では主にGFPの発現ですよね。
Oct4蛋白質---Oct4構造遺伝子---Oct4GFP人工遺伝子の発現はそれぞれ別の現象です。ただ、
通常の生きている細胞内ではほぼイクオールだと思われているだけですね。そういうことがまず
直感としてあるわけです。つまり論証が雑駁だなあと。多分論理がざるなんだと。我々の直感です。

284閲覧者:2018/11/30(金) 08:20:32
論理がざるになってるのは研究者たちの頭がざるだと言ってるのではないんです。
キメラができて居るという結論が先にあってそれが動かせないものであったとき、
他の側面からの実験の論証はザルになってあたりまえだなあと、気づきませんか。
レター論文の実験はそういう視点から解釈され直されなければならないとみてるんです。
だからなかなか本題に入らないんです。その周りの条件をよく踏み固めてからでないと
不用心に踏み込んでいくとずぶずぶと底なし沼に足を取られていきそうではありませんか。
自分自身の体重も測っておくべきでしょ。ド素人が専門領域に入ろうとしている。しかも
単なる専門領域ではありませんよ。専門家と称する馬鹿がいままでテレビでどれだけ騒いだことか。
お前たちは一度もこの研究したことないじゃないか、ど素人とちょぼちょぼじゃないかと。
学校で子供相手にわかってることだけ教えてりゃいいんだ、馬鹿が、と思ったことありません?

285小野小町:2018/11/30(金) 08:22:21
うふふ。無いわ。

286在原業平:2018/11/30(金) 08:34:40
今、まだ和モガさんの遺伝子解析の話には入れません。Ts.Markerさんの遺伝子解析結果は
分類だけは済ませていますよね。
今、学さんの整理に従ってレター論文の図表の検討途中です。そして、胎盤の話になっている。
和モガさんや、Ts.Markerさんの遺伝子解析はこの胎盤貢献している細胞のマーカーの話です。
我々がいる場所は胎盤そのものです。まだまだ、そこには行けないんです。

287小野小町:2018/11/30(金) 08:42:30
本庶さんの本の147Pに

すべての論文を信じることは真にばかげている。

とあるわね。

288デラ・ストリート:2018/11/30(金) 08:56:32
ここね。
>>
抗体遺伝子の多様化に関わる活性化誘導性シチジンデアミナーゼ(AID)というのがある。私が2000年に発見した酵素で、ヒトの免疫システムの多様化において重要な働きをする(第31項参照)。2009年末、このAIDがDNA脱メチル化反応に関与するという論文が立て続けに3報発表された。これは多くの研究者の注目を集め、AIDの発見者の私のところには、その材料を求める手紙が殺到した。しかし、私にはこの論文が初めから誤りであるとしか考えられなかった。なぜなら、AIDを欠失したネズミが何十代にわたってもまったく発生分化に影響なく継代されているからである。有名誌に載った論文でも、少し専門領域の違う人が見れば一目で間違いだとわかる例は枚挙にいとまがない。べての論文を信じることは真にばかげている。案の定、2011年になりDNA脱メチル化に関与する新しい酵素(tet1-3)が発見された。

289在原業平:2018/11/30(金) 09:02:10
小保方さんは脱メチル化の確認実験で不正をしました。これは間違いなさそうですね。
ここで、自分の願望を押さえて科学者として正しく判断して脱メチル化していませんでしたと
言うべきであったというのは科学を志すものとして当然の好意だと思う。

290小野小町:2018/11/30(金) 09:05:02
好意→行為ね。

womenというわね。潔さのない人々ね。

291ペリー・メイスン:2018/11/30(金) 09:09:18
それは道徳的意味だね。武田邦彦教授のおっしゃってるように科学的には
そういうのはスルーされて消えていくだけなんだよな。だからこうしなければ
ならないなんてお作法ではないよ。ただ価値が無いだけだ。お作法としての不正なんて
つまらん話だ。

292デラ・ストリート:2018/11/30(金) 09:13:10
①人間としての道徳規範
②科学的真偽
③お作法。

大事な順番ね。③はつまらない話と武田さんは言う。自称専門家が言ってたのは③ね。
①があれは゛すべてある。2があったら③はある。③だけでどうなるものかということね。

293臨済:2018/11/30(金) 09:38:15
山僧今日見處、與祖佛不別。若第一句中得、與祖佛為師、若第二句中得、與人天為師、若第三句中得、自救不了。

294:2018/11/30(金) 09:40:02
はは、自救不了だってやんの。③だな。

295ふふふ:2018/11/30(金) 09:47:58
でも①と②は臨済録の中では一見キリスト教の倫理観とは逆になってるな。現代科学は
第一句中得だからね。でも社会科学の客観性を保証している根本の倫理観の元は
ヴェーバーの突き詰めるところキリスト教的信仰なんだよな。まあ、人間が無いところに
物質界なんてないぞという根本に戻ると臨済の中でも①②は逆転していない。

296:2018/11/30(金) 09:49:01
では臨済の第一句中得とは何を意味してるんですかいな。

297ふふふ:2018/11/30(金) 09:52:13
まあ、山僧が今日見る處だなあ、すべての人々は祖佛と違わないと見て取った
自分の言葉は第一句で祖佛の言わなかった言葉だという自負だな。

298:2018/11/30(金) 09:52:53
ひえーっ。

299一言居士:2018/11/30(金) 09:56:29
南無阿弥陀仏。南無阿弥陀仏。南無阿弥陀仏。
僕んとこ親鸞さんの信徒なんで。

300孤舟:2018/11/30(金) 09:57:53
阿久悠から電話だぜ。

301小野小町:2018/11/30(金) 10:04:27
歴史のコンデンスミルクばかり飲んでると喉が渇くでしょ。
無味無臭の水が日本人は好きね。

youtube.com/watch?v=Ac3FPYaaEOY

302ひひひ:2018/11/30(金) 10:12:24
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303自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2018/11/30(金) 22:06:14
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

304地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう:2018/12/01(土) 07:36:05
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305在原業平:2018/12/01(土) 07:37:05
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

306小野小町:2018/12/01(土) 07:38:38
お気に入りは学さんが特許図表の見れる方法へ導いてくれてるわ。

307在原業平:2018/12/01(土) 07:42:54
そうだね。後で確認しよう。2Nキメラというのはドナー細胞が組織のどこに入ったかというのは
全く分からないからね。尻尾の細胞がリシピエントとドナーの混合になってるからTCR再構成の
確認には使えないんだ。リシピエントの細胞にはTCR再構成があるからね。4Nでやらないといけない。

308小野小町:2018/12/01(土) 08:04:53
特許のSACsというのが論文のSTAP細胞のことかSTAP幹細胞のことかが明確でないわね。
STAP細胞=ACCs
STAP幹細胞=SACs,SASCs
ということでいいのなら、これはSTAP幹細胞の2Nキメラ尾部の話で、アーティクルの
マテメソの話とは違うわね。

309デラ・ストリート:2018/12/01(土) 08:11:07
アーティクル論文のキメラ尾部はSTAP由来キメラと書かれていて、でも、その結果記載が抜けてるのよね。
>>
Genomic DNA was extracted from STAP cells and tail tips from chimaeric mice generated with STAP cells derived from CD45+ cells.

310ペリー・メイスン:2018/12/01(土) 08:15:07
全体を見渡して各部品がどういう関係になっているかというチェックが先だね。
頓珍漢な話をしている人たちが多い。まあ、井戸端会議ならいいが、推測には
最終的には証拠が必要だからね。空想のままではどうにもならない。

311在原業平:2018/12/01(土) 08:23:35
STAPからのトレース可能性としてだけでもたくさんあるね。
>>
①STAP細胞のTCR再構成確認
②STAP細胞由来2NキメラのTCR再構成確認
③STAP細胞由来4NキメラのTCR再構成確認
④STAP幹細胞のTCR再構成確認
⑤STAP幹細胞由来2NキメラのTCR再構成確認
⑥STAP幹細胞由来4NキメラのTCR再構成確認

312小野小町:2018/12/01(土) 08:33:47
その前にSTAP細胞になった白血球のリンパ球(lymphocyte)に種類があるわね。
a.B細胞
b.T細胞
c.NK細胞

313ペリー・メイスン:2018/12/01(土) 08:46:59
そこは若山さんの持ち出しリストに以下のようにあるね。
GLS=GOF Limphocyte Blastocyst
FLS=F1 Limphocyte Blastocyst
若山さんはlymphocyteだという認識なのさ。でも論文に書かれているのは
CD45陽性細胞をFACS選別した細胞群だよね。CD45というのは白血球全般の
共通抗原なので、リンパ球以外の白血球を含むよね。だから丹羽会見の時に
ヘテロな細胞群だと説明されたよな。

314デラ・ストリート:2018/12/01(土) 08:51:52
白血球はこんなのなのね。丹羽さんの説明にもあつたわね。

①好中球
②好酸球
③好塩基球
④リンパ球
⑤単球
⑥マクロファージ
⑦樹状細胞

315小野小町:2018/12/01(土) 08:54:21
リンパ球の中が更に細かく分かれているのね。
④リンパ球
a.B細胞
b.T細胞
c.NK細胞

316在原業平:2018/12/01(土) 08:57:03
リンパ球の中の8割がT細胞だ。

317在原業平:2018/12/01(土) 09:00:17
リンパ球は白血球全体の中の2割から4割らしいね。中間をとって3割とすると
T細胞は白血球全体の中の24%だ。つまり1/4程度だということね。当たる確率と
いうものを考えなくてはならない時のために頭の隅に置いているといいよね。

318小野小町:2018/12/01(土) 09:02:22
論文ではT細胞をFACS選別している実験もあるのね。これだと確率はかなり高まるわね。

319在原業平:2018/12/01(土) 09:14:25
そこのところは今度は研究の発展経過というのを考えないといけない。酸浴が小保方さんによって
選ばれたのは、トリチュレーション等の手段では大きさによる選別か刺激かを識別できないので、
大きさによる選別でないということを調べるために選ばれた手段で、その対象としては今までの論文では
なんでもよかったが、酸浴によって新たに作られることを識別するためには取り出すまでにすでに
刺激を与えることの比較的少ない血球を使ったということなんだね。でも、後の丹羽さんの検証で
酸浴以前にすでにGFPの漏れ出しがあって、常識的にはこれはストレスがかかっているがための
アーティファクトだと考えられるから、丹羽さんはミューズ細胞なんかで酸性耐性が示されている
ことも合わせて、この実験系の識別手段は有効でないと批判してるね。

320小野小町:2018/12/01(土) 09:18:45
でも、最初にやってる人々はまずは何でもやってみるのよね。丹羽さんの検証はその土台の上に乗ってるだけね。
どんな研究もそうだわよね。テーゼ--アンティテーゼ--シンテーゼ、そしてシンテーゼに対して、更に
アンティテーゼが提出されて真理に近づいて行くというのがヘーゲルの弁証法ね。

321ヘーゲル:2018/12/01(土) 09:20:26
あれ、私を呼んだかね?

322カール・ヤスパース:2018/12/01(土) 09:21:26
師匠、まだみたいでっせ。

323在原業平:2018/12/01(土) 09:27:03
CD45で選別するというのは小保方さんの発想だろうけど、T細胞をFACS選別したのは
言うまでもないが西川さんの助言以降だよね。FLSとかGLSという名前が何時つけられたかは
よく調べないと分からないよ。小保方さんはLeukocyteをFACS選別しているよね。

324小野小町:2018/12/01(土) 09:28:13
でも、彼女は手記86Pにリンパ球を使うことを思いついたと書いてるわね。

325在原業平:2018/12/01(土) 09:32:53
そうだね。この論文は足掛け3年の研究で多数の人が引き継いできていて、小保方さんも
時系列区別をしっかりしているとは限らないんだ。FLSのサンブルは40Pというのがあるけど
120日後だからね。1月末に幹細胞を作ってから5月末に完了した増殖確認実験だ。すでに
西川さんのアドヴァイスは入っているよね。だから最初からFLSだっか、途中で名前が決まったか、
その辺の実態の解明には慎重に確認が必要なんだぜ。

326小野小町:2018/12/01(土) 09:37:07
スタップ細胞はありまぁぁぁすとリンパ球を使うことを思いついたという記述は
後の知識で塗り替えられている可能性があるという意味では似ているぞということね。
三胚様に分化する細胞→カルス→アニマルカルス→STAP細胞と変遷しているけど
結局STAP細胞はありまぁぁぁぁすなのね。

327在原業平:2018/12/01(土) 09:40:31
まあ、TCR再構成の整理は学さんに任せて、昨日の続きだよ。小保方さんは女だと
我々は批判したところからだ。

328小野小町:2018/12/01(土) 09:42:14
そうね。男に対してお前は女だと言われる屈辱と女に対して女だと批判される
屈辱は違うかしらね。はは。

329在原業平:2018/12/01(土) 09:47:32
男に対して君は女性的で優しいねという誉め言葉はないからね。女性に対しては
優しさは誉め言葉だ。
女々しいという罵倒は通常は男に対して発せられるものだけど、英国では両方に
投げつけられる罵詈雑言だね。でも、もともとはやはり男に向かっていた言葉だけど、
英国ではいさぎよさは両性に求められる。従って女々しさは女性に対しても罵詈として使われる。

330小野小町:2018/12/01(土) 09:51:14
この議会に男は私以外に居ないのかと罵詈雑言したのはフォークランドを死守せよと
アジ演説したときの鉄の女サッチャー女史の言葉だわね。ふふ。あの男は誉め言葉なのね。

331一言居士:2018/12/01(土) 09:54:51
小保方さんは脱メチル化確認実験をいつ行ったのかね。

332デラ・ストリート:2018/12/01(土) 10:01:46
19Pね。
>>
(1)図として提示されている結果は、以下のような経緯をたどっていた。PR 資料では、 2011 年 9 月 22 日に最初のデータ(非処理細胞、スフェア Oct4 発現細胞、および ES 細胞のOct4遺伝子およびNanog遺伝子のプロモーター領域のメチル化)が提示され、 その後、2011 年 11 月頃にも提示された。この 2 回の資料は同じ実験結果を示してい ると判断されたが、これらデータの真贋性を裏付ける実験データやノート記録を確認 することはできなかった。なお、これら PR 資料で ES 細胞とスフェアの結果が入れ替 わるなど、小保方氏のデータ取扱いの杜撰さがうかがえた。 その後、2012 年4月 12 日付けの PR 資料に全く別の実験結果が図として提示され、 この図は2012年4月のNature投稿原稿、Cell投稿原稿でも使われ、最終的にArticle Fig.2c として発表された。この図では、メチル化を示す黒丸の配置に一部乱れがあ り、手動で作図したと考えられた。また、CD45 陽性細胞(CD45+および Cultured CD45+) のデータについては、両者のパターンが酷似していた。 また、STAP 幹細胞についてもメチル化解析が行われ、この結果は 2013 年 3 月に投 稿された Letter 原稿 Fig.3 として初めて提示され、最終的には Article Extended Data Fig.8d として発表されている。この図でも CD45 陽性細胞におけるメチル化が 示されているが、Oct4 遺伝子、Nanog 遺伝子いずれのプロモーターも Article Fig.2c と比較して、メチル化程度が低いことが特徴的である。

333一言居士:2018/12/01(土) 10:04:45
2011/9/22にはまだキメラはできてないね。
>>
(1)図として提示されている結果は、以下のような経緯をたどっていた。PR 資料では、 2011 年 9 月 22 日に最初のデータ(非処理細胞、スフェア Oct4 発現細胞、および ES 細胞のOct4遺伝子およびNanog遺伝子のプロモーター領域のメチル化)が提示され、 その後、2011 年 11 月頃にも提示された。この 2 回の資料は同じ実験結果を示してい ると判断されたが、これらデータの真贋性を裏付ける実験データやノート記録を確認 することはできなかった。なお、これら PR 資料で ES 細胞とスフェアの結果が入れ替 わるなど、小保方氏のデータ取扱いの杜撰さがうかがえた。

334デラ・ストリート:2018/12/01(土) 10:07:25
そのキメラ成功前のデータに関する詳細は続きにあるわ。
>>
(3)Article Fig.2c は、2012 年 4 月に投稿論文原稿図として現れているが、それ以前 に小保方氏は計 3 セット(2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット)、 GRAS に DNA 配列解析を依頼していることが判明した。そのサンプル名には bisulfiteとあること、また 11 月 17 日の 2 セット分についてはそれぞれ「oct4」 、 「nanog」と の記述もあることから、これはメチル化 DNA 解析であったと判断した。「oct4」につ いては 96 クローンのシークエンスが行われ、作図に利用可能な高精度配列情報は 74 クローン分であった。しかし、この 74 クローン分のデータを用いて Fig.2c の Oct4 プロモーターの図を作図することは不可能であった。例えば Fig.2c では 11 か所中メ チル化部位が 1 か所以下のクローンが 18 クローンあったことを示すが、シークエン ス結果でこのようなパターンを有したクローンは 3 クローンのみであった。アライメ ントできなかった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であっ たと考えられた。 また、「nanog」については 96 クローン中 40 クローンが作図に使用可能と考えら れたが、これらを用いても Fig,2c に示された Nanog プロモーターの結果は得られな い。Fig.2c には 100%メチル化クローンが 15 クローン存在するが、シークエンス結果 でこのようなクローンは最大で 7 クローンしか存在しなかった。アライメントできな かった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であった。

335一言居士:2018/12/01(土) 10:16:48
そこは半年後の最初のネイチャー論文の話だね。無論、キメラはできたと知らされて後の図だね。
分析は2011/10/27と2011/11/17のまだキメラ成功を聞かされる前のものだね。この時のデータを
小保方さんはArticle Fig.2c にそのまま添付した。キメラできてるんだから当然脱メチル化していて
当たり前だね。そして<このようなパターンを有したクローンは 3 クローンのみ>
あったとき、研究者がwomanであってはならないと、我々は昨日批判した。

336小野小町:2018/12/01(土) 10:27:17
そうね。桂報告もそう言ってるのね。そして関係ない<これら PR 資料で
ES 細胞とスフェアの結果が入れ替 わるなど、小保方氏のデータ取扱いの
杜撰さがうかがえた。>なんてスピンをかけながら、小保方さんがES細胞を
捏造コンタミしたのだという結論に導こうとしているんだけど、完全に
脱落している認識があって、論文化したときキメラはできていたということね。
桂チームは自分の細胞でキメラができていてもなお、脱メチル化実験での
チャンピオンデータを使う誘惑に勝てると自分がポスドクの時代の
経験で自信持ってるんでしょうね。

337一言居士:2018/12/01(土) 10:28:43
加藤研のポスドクたちは男女ともにみんな女々しかったぜ。

338デラ・ストリート:2018/12/01(土) 10:29:46
続きよ。
>>
(4)小保方氏の聞き取り調査から、メチル化のデータを取りまとめる際に、仮説を支 持するデータとするために意図的な DNA 配列の選択や大腸菌クローンの操作を行っ たことが確認された。この点について、小保方氏から誇れるデータではなく、責任を 感じているとの説明を受けた。

339一言居士:2018/12/01(土) 10:34:06
おお、なんてvirileな物言いなんだ。

340孤舟:2018/12/01(土) 10:36:02
阿久悠から電話だぜ。

341小野小町:2018/12/01(土) 10:40:04
あ、そ。

youtube.com/watch?v=SH4QKICO3iI

342いひひひひ:2018/12/01(土) 10:41:13
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343名無しさん:2018/12/01(土) 10:42:46
マウスの尻尾なら線維芽細胞を培養して単離できるのでは?

344名無しさん:2018/12/01(土) 10:52:49
>>308
【0149】
例えば、CD45陽性リンパ球を強い化学的ストレスを提供するために低pH溶液に曝露した。曝露の3日間以内に、GFP発現細胞が観察され、そして5日間以内に、GFP発現細胞から構成される球状コロニーが観察された。このようにして生成された細胞を本実施例においてストレス変化幹細胞(Stress Altered Stem Cell)(SASCまたはSAC)という。SACを若返り幹細胞(Rejuvenated Stem Cell)(RSC)または動物カルス細胞(animal callus cell)(ACC)ということもできる。

345自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2018/12/01(土) 23:28:08
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

346地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう:2018/12/02(日) 08:50:51
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347在原業平:2018/12/02(日) 08:53:13
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

348小野小町:2018/12/02(日) 08:59:22
お気に入りはドラさんが糞チョンの話題よ。ガンバレでは楠本さんから業務連絡ね。学さんのところでは
Ooboeさんが何か書き込んでおられるわね。特許というのはいろんな可能性を全部押さえて範囲を決めるんで
論文とは違うのよね。縦のものを横にしたらそれは別の技術ということになるんで、横にしても私の特許だと
ちゃんと書きこんでいないとすり抜けられてしまうわね。で、いろんなことが書いてあるんで、
この特許の文章はよく調べた方がよさそうね。

349在原業平:2018/12/02(日) 09:04:14
我々は今忙しくてそちらの検討はできないんでどこかで議論しておいていただけると
助かるね。<0057>なんかクローンのことが触れられているよね。これは若山さんが
知財部署と打ち合わせていたときの名残が感じられるところだよね。我々は今まで
特許に関してはざっとしか調べていない。途中から図表が見れなくなったもんでね。
今回、学さんがちゃんとした見方を紹介してくれたんでいずれそちらにも行く予定だ。

350小野小町:2018/12/02(日) 09:05:54
業務連絡は以下よ。
>>
楠本 英正
15時間前
理研より回答。
電話で液体窒素保管室より持ち出した記録の開示請求を行った結果、
特定研究者が京大に転出する際に持ち出した記録はありませんでした。

351デラ・ストリート:2018/12/02(日) 09:08:56
2週間かかるのね。
>>
楠本 英正
11月18日 23:37
液体窒素保管室のFes1出し入れ記録の開示請求しました。

352在原業平:2018/12/02(日) 09:14:53
問答の双方の具体的な文章がないので確定的なことは言えないけど、まず
①理研には液体窒素管理部署があって記録がある
という、我々の推測は当たってたということだね。これは一つの新しいファクトだ。
次に
②太田さんの理研から京都大学への転出時に液体窒素管理室から何かを持ち出したことはない
ということが分かった。これはこの書きかだたとFES1に限らずということだと読めるね。

353小野小町:2018/12/02(日) 09:17:19
問題は若山研究室の方よね。若山さんが山梨大学に転出するときに液体窒素管理室から
何を持ち出したかのリストがあるかと問うているはずよね。


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