a bは若山氏が違うといった？胎児胎盤の写真
c STAP細胞はキメラの胎盤・卵黄のう形成に寄与するとの棒グラフ（キメラ胎児の６割に貢献）
d STAP細胞は胎児形成能を持つOct4,Nalog,Rex1を発現するが、ESとの比較で示す
およびTSマーカー（Cdx2、Eomes, Elf5）の発現についてTSとの比較で示す
e STAP 幹細胞3種は、胎盤形成に寄与しない。 TSとのGFP細胞の割合の比較
f STAP 幹細胞、ES 細胞は Cdx2、Eomes,、Elf5 マーカーを発現しない。TSとの比較
Fig2次は以下だな。
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a STAP細胞塊からFI細胞へ転換していくとの図
b Fgf培地で細胞が平坦化コロニーへ変化していく写真 Octの発現
c d FI細胞におけるインテグリンα７、Eomesの免疫染色
e ES TS FI細胞 STAP細胞 CD45+細胞におけるOct4, Cdx2、Eomesの発現の違い
FI 細胞とSTAP細胞では、Cdx2転写量は十分だが、FI細胞の免疫染色では核内より細胞質内に十分量Cdx2蛋白の存在が確認でき、一方のSTAP細胞は転写量は十分であっても、Cdx2、Eomesの核内蛋白の存在は確認できない。これらの現象より、FI 細胞とSTAP細胞において、転写後の蛋白合成は複雑なダイナミックな調整である。
fg FI細胞(Cag-GFP) は胎児の53%において胎盤に寄与する（n=60） 胎盤胎児写真
h FI細胞３種における細胞レベルでの胎盤寄与率。FI細胞の種類によって、若干寄与率が異なるが平均１０％ FI-SC‐1 では15%、 FI-SC‐2では4%、 FI-SC‐3では10%
（GFP陽性細胞の占める割合で示す）、一方ES3種では胎盤寄与率はゼロ
i デンドログラム
j k JACKインヒビターを入れた時のESとFI細胞のqPCR （Oct4,Nalog,Rex1）の違い
（JACKインヒビターでESは除去され遺伝子のqPCR値が低下するが、FI 幹細胞はJACKインヒビターの影響を受けない）
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a STAP細胞塊からFI細胞へ転換していくとの図
b Fgf培地で細胞が平坦化コロニーへ変化していく写真 Octの発現
Ts.Markerさんが早くから疑義をお出しだよね。ここにOct4-GFPを蛍光している写真が
あるんでしょ。bのリジェンドにはOct4-GFPとある。
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b, Fgf4 treatment promoted the generation of flat cell clusters that expressed Oct4-GFP at moderate levels (right). Top and middle: days 1 and 7 of culture with Fgf4, respectively. Bottom: culture after the first passage. Scale bar, 50 μm.
学さんのここはいいのね。
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c d FI細胞におけるインテグリンα７、Eomesの免疫染色
e ES TS FI細胞 STAP細胞 CD45+細胞におけるOct4, Cdx2、Eomesの発現の違い
FI 細胞とSTAP細胞では、Cdx2転写量は十分だが、FI細胞の免疫染色では核内より細胞質内に十分量Cdx2蛋白の存在が確認でき、一方のSTAP細胞は転写量は十分であっても、Cdx2、Eomesの核内蛋白の存在は確認できない。これらの現象より、FI 細胞とSTAP細胞において、転写後の蛋白合成は複雑なダイナミックな調整である。
CAGのFI-SCのキメラって60個も作られてるんだね。木星リストに残されているのは
一部だね。これはリジェンドではなくて本文中に書かれているね。
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In the blastocyst injection assay, unlike STAP stem cells, the placental contribution of Fgf4-induced stem cells (cag-GFP-labelled) was observed with 53% of embryos (Fig. 2f, g; n = 60). In the chimaeric placentae, Fgf4-induced stem cells typically contributed to ~10% of total placental cells (Fig. 2h and Extended Data Fig. 2a, b).
本文は以下だね。
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To investigate the relationship among STAP cells, STAP stem cells, Fgf4-induced stem cells, ES cells and trophoblast stem cells, we performed genome-wide RNA-sequencing analysis (Fig. 2i for dendrogram; Extended Data Figs 3 and 4 for expression analyses of representative genes ; Supplementary Tables 2 and 3 for analysis conditions). Whereas STAP cells formed a cluster with STAP stem cells, Fgf4-induced stem cells, ES cells and trophoblast stem cells and not with the parental CD45+ cells, STAP cells were an outlier to the rest of the cell types in the cluster. In contrast, STAP stem cells were closely clustered with ES cells. Fgf4-induced stem cells formed a cluster with a sub-cluster of ES cells and STAP stem cells, whereas trophoblast stem cells comprised an outlier to this cluster, indicating a close relationship of Fgf4-induced stem cells with these pluripotent cells.
お気に入りは変化なしよ。
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１２）Letter Fig.2i 、Extended Data Fig.6dについて
Letter Fig.2iは2012年にTruseqによるRNA-seqを行い、そのデータに基づいて作成し た系統樹と考えられるが、論文の図では系統樹の一部が除かれている点
Letter Extended Data Fig.6dは、2012年にSMARTERキットによるRNA-seqを行い、その データをもとに作成した系統樹と考えられるが、このとき解析結果を返された際には Callus1（当時のCDB若山研の命名法ではSTAP細胞1という意味）と名付けられていた試 料が、Letter ではCD45+となっている点
