STAP問題の全解に向けて、その25 - 1527227827

1：イェイ：2018/05/25(金) 14:57:07: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　👩　
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2：ペリー・メイスン：2018/05/25(金) 14:59:02: ウリャッ。
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⑭SAMN02393439　SSR1171553　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3 　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF)
⑰SAMN02393442　SSR1171567　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG)
⑳SAMN02393445　SSR1171562　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv
㉓SAMN02393448　SSR1171582　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAGヘテロ)
㉖SAMN02393451　SSR1171587　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAGヘテロ)
㉙SAMN02393454　SSR1171592　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1
3：翻訳機：2018/05/25(金) 15:02:35: 欽定訳アーティクル学ヴァージョン
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STAP細胞は、マウスES細胞とは異なり、LIF含有培地中での自己再生能が低下し、ROCK阻害剤Y-27632（解離誘発アポトーシスを抑制する28,29（図2h））の存在下の解離培養で、コロニー形成を欠いた（図2f、g）。STAP細胞数は2継代後に実質的に減少し始めた。さらに、ES細胞マーカータンパク質Esrrβの発現は、STAP細胞では低かった（拡張データ図5d、e）。一般に、雌のES細胞は、雌CD45 +細胞およびEpiSCとは異なり、H3K27me3-dense部分（不活性化X染色体を示す）を示さない。対照的に、H3K27me3-dense部分は、Oct4-GFPの強いSTAP細胞の約40％に見出された（拡張データ図5f、g）。
4：在原業平：2018/05/25(金) 15:08:28: すべてChIPSeq.でH3K27me3を調べた試料だね。
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⑭CD45陽性白血球　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF)
⑰FFI幹細胞　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG)
⑳ES細胞　C57BL/6x129/Sv
㉓STAP細胞　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAGヘテロ)
㉖STAP幹細胞　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAGヘテロ)
㉙TS細胞　CD1
5：在原業平：2018/05/25(金) 15:09:39: ⑰FFI幹細胞→⑰FI幹細胞
6：小野小町：2018/05/25(金) 15:21:06: 本文中の書き様ではEpiSCもH3K27me3を調べているのでないといけないのに
データにはないのね。
7：前回の822：2018/05/25(金) 15:45:05: NCBIに登録された次世代シーケンサのデータのうち、TruSeqによるRNA-Seqデータに関して、遠藤氏らの解析によると「TruSeqで調べたSTAP細胞は、多能性の指標遺伝子がまったく発現していなかった（日経サイエンス号外）」とされています。
ところでこのデータはLetter論文のExtend Fig.3で使われており、解析結果は以下のURLで見ることが出来ます。中央の図bに注目しますとCD45、STAP、ESの3種の細胞の遺伝子発現パターンをヒートマップで確認することが可能です。
8：デラ・ストリート：2018/05/25(金) 15:51:33: 前記送信ミス。私よ。
前回の822さんの情報に以下のようにある。
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NCBIに登録された次世代シーケンサのデータのうち、TruSeqによるRNA-Seqデータに関して、遠藤氏らの解析によると「TruSeqで調べたSTAP細胞は、多能性の指標遺伝子がまったく発現していなかった（日経サイエンス号外）」とされています。
ところでこのデータはLetter論文のExtend Fig.3で使われており、解析結果は以下のURLで見ることが出来ます。中央の図bに注目しますとCD45、STAP、ESの3種の細胞の遺伝子発現パターンをヒートマップで確認することが可能です。

TruSeq分がヒートマップ分だわ。でもEpiSCはヒートマップには使われていない。

②SAMN02393427　SSR1171558　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1　129/Sv Epi stem cells
②SAMN02393427　SSR1171559　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2　129/Sv Epi stem cells
9：在原業平：2018/05/25(金) 16:01:38: あのねえ、小保方さんは少なくとも
⑭CD45陽性白血球　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF)
⑰FFI幹細胞　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG)
⑳ES細胞　C57BL/6x129/Sv
㉓STAP細胞　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAGヘテロ)
㉖STAP幹細胞　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAGヘテロ)
㉙TS細胞　CD1
に関してChIPSeq.でH3K27me3を調べた。本人の仕事か援助者の仕事かはともかくとしてね。
でも本文には<一般に、雌のES細胞は、雌CD45 +細胞およびEpiSCとは異なり、H3K27me3-dense部分
（不活性化X染色体を示す）を示さない。対照的に、H3K27me3-dense部分は、Oct4-GFPの
強いSTAP細胞の約40％に見出された（拡張データ図5f、g）。>と書かれている。
10：小野小町：2018/05/25(金) 16:04:34: <一般に、雌のES細胞は、雌CD45 +細胞およびEpiSCとは異なり、H3K27me3-dense部分
（不活性化X染色体を示す）を示さない。 >というのは調べなくてもすでに分かっている
という意味よね。対して、<H3K27me3-dense部分は、Oct4-GFPの強いSTAP細胞の約40％に
見出された。>というのは無論今回調べたから分かったので、STAP細胞は新発見だから。
今まで誰も調べていないんで、一般的なことは何も言えないのね。
11：ドクター・ワトソン：2018/05/25(金) 16:05:51: <Oct4-GFPの強いSTAP細胞>って、どこにあるの?