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STAP問題の全解に向けて、その22

357シャーロック・ホームズ:2018/04/17(火) 09:59:39
セル、サイエンスでどうなっていたかがよくわかってないんだよな。ただ石井調査は
小保方さんが6月に12/27Harukoの免疫染色を行ったという証言を書き留めているんだよね。
だから小保方さんは査読者からテラトーマ写真に関して何かコメントされているんじゃないかと
思えるんだけど、サイエンスの査読にはないよね。セルは公開されてないからわからない。

358ペリー・メイスン:2018/04/17(火) 10:04:44
そのあたりがはっきりしないままだが、小保方さんはヴァカンティ研に戻るつもりで
渡米していたのを西川さんに呼び戻されたんだね。そして試験を受ける前の日付である
12/11ヴァージョンをたたき台として笹井さんに渡した。そこにはほぼアーティクル論文の
デラトーマ記述と写真があったはずなんだな。

359デラ・ストリート:2018/04/17(火) 10:09:46
NOD/SCIDを使う理由はネイチャー査読者から質問に答える形で追加されたんだから
もともとBOD/SCIDになってのよね。小保方さんはティシュー論文ベースでこのテラトーマの
商才を記述しているんだけど、そこには12/27HarukoのHE染色画像が採用されていて、
加えて、STAP幹細胞の移植も加えられていて、無論細胞は酸浴でOct4-GFP蛍光している
酸浴細胞なのね。ここはどうしてもアンチでなくても小保方さんに問い正したいところね。

360デラ・ストリート:2018/04/17(火) 10:12:07
BOD/SCID→NOD/SCID
商才→詳細

361孤舟:2018/04/17(火) 10:13:03
ちと、ヴォランティアの所要。

362孤舟:2018/04/17(火) 10:56:57
さて。。。

363小野小町:2018/04/17(火) 11:00:30
逆に、小保方さんは12/27Harukoの怪しさには気づいていなかったのだ、ただ
テラトーマは重要でないと考えていたからサプリに説明無しで添付しただけで、
しかし、その時に博論画像だということには気づいていなかったんだという
説明を信じても最後にはこのNOD/SCIDの矛盾に突き当たってしまうのね。

364在原業平:2018/04/17(火) 11:08:17
そうなんだ。我々はずっとここをペンディングしてきている。その理由は
このNOD/SCIDの説明をどうしても考え付けないからなんだな。
アーティクルのテラトーマの説明はティシュー論文の記述とそれを引き継いだ
博論の記述に理研で行った幹細胞テラトーマの記述を総合した書きざまらなっていて、
そもそも論文は個別の実験のそれぞれを区分して書かねばならないようなものじゃない。
そもそも実験が本物か偽物かが問題になることはないんで、偽物なら再現できずに
消え去っていくだけのものだ。書き方は総合的に書いたこれでいいんだけど、
でも、NOD/SCIDの説明に炎症を避けるためと査読者への質問に答えていて、それは
裸マウスではいけないという意味にもなりうるんだ。すると12/27Harukoは
できていてはいけないテラトーマということになって、彼女はその異様さに
気づいていたということにならざるを得ないんだ。もしそうなら12/27Harukoの
HE染色画像は使ってはいけないことになる。

365小野小町:2018/04/17(火) 11:17:02
そうなのよね。ここはちょっと複雑で、質問者はなぜNOD/SCIDでなければならないのだ。
ただ近交系の兄弟マウスなら免疫拒絶は無いだろうと質問しているのよね。
>>
Why were NOD/Scid rather than syngeneic mice used as recipients?

366在原業平:2018/04/17(火) 11:31:35
ここは質問者の質問の文章構成が悪くてうまく限定できてないから別の意味が
生じてしまっているんだね。
Why were NOD/Scidという言葉の意味は
①なぜ免疫不全マウスなのかという意味と
②なぜ免疫不全マウスの中のNOD/SCIDなのかの
両義に売れ止められ得る。
でも、syngeneic miceではいけないのかと続いていることからは①の意味である
らしいことは明らかだね。ここはバ感想に昔注意されたところだけどな。

367名無しさん:2018/04/17(火) 11:33:05
売れ止め→受け止め

368小野小町:2018/04/17(火) 11:36:50
私たちはまだそのころティシュー論文がカレンさんの好意で無料閲覧できるように
なっていなかったから、確信はなかったんだけど、一方で博論草稿で明確に
NOD/SCIDが使われていることが分かっていて、裸マウスではいけなかったんだと
疑義してたのよね。それでここの意味を②と受け止めて悩んでいたのよね。
というのも②だと小保方さんは12/27Harukoができたことに疑義があったはずだということに
なってしまうのよね。つまり笹井さんにその問題点を言ってないのよね。

369在原業平:2018/04/17(火) 11:45:11
小保方さんは別に捏造なんかしていないのだという前提に立ってこのときの
テラトーマに対する反応を推測すると、まずはキメラができたという驚きと
幹細胞もできたらしいという驚きだね。その状態で、刺激でできている
ということは以前からの選別でもそうだったのだと考えつつも、今回は
GFPを使っているんだよね。強烈に光ってる印象から酸浴だと以前より
強く初期化が起きていると考えても不思議はないんだよな。するといままでとは
違ってよく出来ても不思議はないよな。大きさも大きかった。分化程度も進んでいた
わけでしょ。すると逆に、別に不思議と思わなかったのだと推測することもできるね。

370小野小町:2018/04/17(火) 11:47:28
そうか。ちょっとランチ休憩しよっ。

371アーティクルにはNOD/SCIDと書かれている。:2018/04/17(火) 11:48:53
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372イェイ:2018/04/17(火) 12:45:37
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373小野小町:2018/04/17(火) 12:46:57
驚いたわあ。この人誰なの?
>>
桂調査委は、若山先生の実験ノートを確認しているので、そのような操作が入っていた場合には、報告書に反映されるはずですよね。若山研では、STAP細胞の核を用いた核移植によるプロジェクトが進められていたとの話もありますので、そこでどのような実験が行われ、どの程度までデータがまとめられていたのか、公開されていればもう少し突っ込んだ議論が可能だったとは思いますけどね。これらの情報が桂調査委に提出されていたかどうかも、外からは分からないですからね。
2018/4/16(月) 午後 11:46[ L ]返信する

374デラ・ストリート:2018/04/17(火) 12:50:43
そんな話初めて聞いたわ。Ooboeさん、情報の出所をLさんに確認してくれない?
たぶん、和モガさんも、TSさんも、DORAさんも、もちろん私たちも知らなかったことだわ。
どこにも書かれたことはないと思うんだけど。
>>
若山研では、STAP細胞の核を用いた核移植によるプロジェクトが進められていたとの話もあります

375ふむ:2018/04/17(火) 12:55:04
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376イェイ:2018/04/17(火) 13:49:38
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377在原業平:2018/04/17(火) 13:51:16
どうも、あれなんじゃないの?
>>
・・・4Nキメラの可能性を完全に否定するのは困難かもしれませんが、実際問題として、STAP実験のたびに毎回4Nキメラを作成するのは大変(4Nキメラマウスのbirth rateは極めて低いため)で、あまり現実的ではないですよね。
2018/4/16(月) 午後 11:45[ L ]返信する

378ドクター・ワトソン:2018/04/17(火) 13:59:28
Article Extended Data Figure 8のJに4Nの出生率は出ているよな。見てないのかな。
228のキメラ胚のうち生まれたのは52個で22.8%だ。そのうち生きてたのが43で、成長したのが
26個体だ。228に対しては1割強、生存出産率は228に対しては18.8%で<極めて低>くはない。
クローン出生率は1,2%だからね。こういうのを極めて低いという。

379デラ・ストリート:2018/04/17(火) 14:04:02
Jのリジェンドね。FLSの8ラインの4Nキメラのジャームライントランスミッション実験結果ね。
>>
j, Production of mouse chimaeras from STAP stem-cell lines by the tetraploid complementation method. *These STAP stem-cell lines were generated from independent STAP cell clusters.

380小野小町:2018/04/17(火) 14:05:44
Ooboeさん、ごめんなさい。聞かなくていいわ。時間の無駄ね。

381ヘーゲル:2018/04/17(火) 14:08:29
本題頼むぜ。

382カール・ヤスパース:2018/04/17(火) 14:09:18
本題、何でしたっけ?

383デラ・ストリート:2018/04/17(火) 19:04:36
年度初めは野暮用が多いわね。
NOD/SCIDは理研にはなかったというところからね。

384在原業平:2018/04/17(火) 19:10:43
NOD/SCIDはあったのか、なかったのかという問いは川田龍平議員の問いだけど
我々は12/27Harukoに関してのみはその問いを不要とするね。というのも
12/27に研修されたのは裸マウスだと分かっている。

385ドクター・ワトソン:2018/04/17(火) 19:16:19
そうだね。論文ではテラトーマはSTAP細胞とSTAP幹細胞とFI幹細胞の三種類の細胞から
作られているんだね。そのうち残されているのは12/27Harukoという何かわからないものからの
テラトーマと木星リストにいくつか残されているFI幹細胞からのテラトーマとされているものだけだね。

386シャーロック・ホームズ:2018/04/17(火) 19:50:22
やっと前説が終わったな。本題は12/27Harukoに小保方さん自陣が移植した
STAP細胞のマウスストレーンは何であったのか?
ということだね。
まさかO吉良はマウスに決まってるよ、そう書いてあるなんて言う驢馬はいないだろうな。

387シャーロック・ホームズ:2018/04/17(火) 19:57:00
自陣→自身
O吉良はマウス→GOFマウス

388ドクター・ワトソン:2018/04/17(火) 20:06:52
ホームズ。僕は驢馬ではないつもりではあるが、小保方さんはハーバード以来、
自分の行ったすべてのテラトーマに関して、つまり、PNAS論文、ティシュー論文、
博士号請求論文、12/27Haruko、FI幹細胞テラトーマのすべての実験を包括的に
アーティクルにプロトコル叙述したのだと考えると、論文に書かれているから、
GOFマウスを使ったなんてトンマナ短絡思想をする奴はいないだろうなと警告する
君の気持はわかるが、無論、しかしながら、その中でSTAP細胞しかOct4-GFP蛍光は
しないのである以上、GOFマウスだったのだ。

389シャーロック・ホームズ:2018/04/17(火) 20:09:26
GODFマウス由来テラトーマからアクロシンが出ることはない。

390小野小町:2018/04/17(火) 20:12:31
今、誰かチェッて舌打ちした?

391在原業平:2018/04/17(火) 20:14:48
空耳じゃないの? ここにはTSさんはいないはずだよ。彼はとてもゆっくり
歩く人なんだ。多分我々と同じように、、、。

392全員で。。。:2018/04/17(火) 20:15:29
時はもはやなかるべし。

393デラ・ストリート:2018/04/17(火) 20:17:18
ペーパー1枚に纏まるまで遊ばないように。

394在原業平:2018/04/17(火) 20:21:23
デラさん、関西人じゃないねえ。僕のしゃれを分かってくんないの?

395デラ・ストリート:2018/04/17(火) 20:22:56
チーフ。業平さんに私たちがカリフォルニア在住だということを教えてあげてくださいな。

396ペリー・メイスン:2018/04/17(火) 20:29:54
業平さん、あなたのお住いの京都からは我々は随分関東なんだ。スマンノ。

397在原業平:2018/04/17(火) 20:36:35
安宅の関を超えて、ドンドン、ドンドン、どんどん、どんどん東へ進むと
あなた方はチャンコロ国に到達しましょうぞ。そこは我が聖徳太子が日没する国と
認識されていたところでありマッス!我々も今もって日没する国と認識しておりますぞ。
いつになったら猪八戒の奴、三蔵法師の慈悲が理解できるのやら。トホホホホホ。

398デラ・ストリート:2018/04/17(火) 20:38:40
白河の関じゃないの?

399在原業平:2018/04/17(火) 20:44:06
大概にセエヤ。

400ペリー・メイスン:2018/04/17(火) 20:46:15
一応不破の関かな。箱根の関と言っちまうと歴史を忘れてしまうかな。

401タカハシワケ:2018/04/17(火) 20:52:38
いやいや、関東という言葉は重層的に意味が成熟しているんだ。四道将軍の地理感覚は
無論東北にまで及んでいる。タケヌナカワワケという人のヌナカワというのは糸魚川だよ。ヒスイの産地でねえ。
ヌナというのは古語でヒスイのことだ。俺は自分で機内にいたかすでに埼玉あたりに出張させられていたのか
わからねえんだよっと。ひひひ。

402名無しさん:2018/04/17(火) 20:55:04
>374
あの日にかいてあるよ。

403小野小町:2018/04/17(火) 20:55:48
どうしようかな。

404孤舟:2018/04/17(火) 20:59:30
どうするって?

405小野小町:2018/04/17(火) 21:00:48
そろそろ虎の門見るか、もう少し先にすすめるかっての。

406:2018/04/17(火) 21:02:23
>>402

バーロー、虎の門だいっ。

407明日は終日ヴォランティア:2018/04/17(火) 21:03:21
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408自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2018/04/17(火) 23:19:57
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

409 地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう:2018/04/18(水) 05:20:06
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410在原業平:2018/04/18(水) 05:21:38
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

411小野小町:2018/04/18(水) 05:23:07
昨日の人の書き込みって学生がFLSからクローンを作るという課題を与えられたと
いう下りのことじゃないの?

412在原業平:2018/04/18(水) 05:31:07
ああ、書き込み者はそういうつもりだったかな。でもLさんは手記を読んでない人だ。
それと事件に関して基礎知識が不足している。

413小野小町:2018/04/18(水) 06:17:04
事件の科学的側面に関しては専門が近いんだけど、事件の背景と他の人々が
収集している情報に関して不足があり過ぎね。論理が支離滅裂になっているんだけど
あちこちで事実関係の情報が抜けてるから矛盾に気づけないのね。個別の科学的知識に
参考になることがあれば取捨選択して採用すればいいわね。結論は聞かなくていいみたい。
そもそも犯人を捜しているんで、犯人は分からなくていいという程度だと
この人の結論を聞くのは私たちにとっては無意味ね。

414在原業平:2018/04/18(水) 06:18:05
京極さんの論文は手記を読めば取り下げられていることがわかるのにね。

415小野小町:2018/04/18(水) 06:22:49
お気に入りは変わらず学さんがお元気よ。TSさんがLさんに4Nマウスの発生率を
知らせてあげてるわ。その返事も変ね。

416在原業平:2018/04/18(水) 06:28:03
動物実験申請書を確認してないんだよ。マウスがどのくらい準備されているか
知らない。手記を読んでないし、若山さんの記者会見も見てないようだから、誰が
マウス管理してたかもわかってない。要所要所で分かっている事実がたくさんあるから
整合させるのがむつかしい反面、他の可能性がどんどん少なくなっていくんだ。
彼の場合情報が少ないから可能性が多くて、中身はすべて<だろう>になってる。

417小野小町:2018/04/18(水) 06:29:07
論理がスカスカなのね。

418在原業平:2018/04/18(水) 06:30:44
簡単に言うと興味がないのさ。興味が無い人は参加しなければいいんだけど
彼は参加している。つまりあれなんだよ。

419ヘーゲル:2018/04/18(水) 06:36:39
本題頼むぜ。

420カール・ヤスパース:2018/04/18(水) 06:38:11
本題、何でしたっけ?

421デラ・ストリート:2018/04/18(水) 06:42:06
ESコンタミ捏造なら
小保方さんが犯人か。
若山さんが犯人か。
第三者が犯人。
誰も犯人はいないなんて結論はないのね。
ESコンタミで無かった場合でもキメラを作った人が論文を取り下げよう
としたからには何か犯行があったことにならざるを得ないのよね。

422カール・ヤスパース:2018/04/18(水) 06:43:58
本題、何でしたっけ?

423デラ・ストリート:2018/04/18(水) 06:45:27
12/27テラトーマを作った時に移植された細胞の由来。

424ペリー・メイスン:2018/04/18(水) 06:48:10
テラトーマ実験に必要なものは?

425小野小町:2018/04/18(水) 06:49:36
①STAP細胞
②免疫不全マウス

426ペリー・メイスン:2018/04/18(水) 06:50:50
②の免疫不全マウスは12/27に入 荷しているが、誰が手配したの?

427小野小町:2018/04/18(水) 06:53:06
ラボの一研究者でしかも客員の小保方さんには購入手配はできない。若山さん、
もしくは夫人が手配した。

428ペリー・メイスン:2018/04/18(水) 06:54:15
①のSTAP細胞はいつ作成開始されたのかね?

429デラ・ストリート:2018/04/18(水) 06:55:15
一週間前の12/20の近辺ですわ。

430ベリー・メイスン:2018/04/18(水) 06:56:01
小保方さんは渡米してなかったかね?

431小野小町:2018/04/18(水) 06:58:53
一度帰国してるわ。
>>
①12/10(土曜日)から12/18(日曜日)の9日間 〇無し
②12/24(土曜日)から1/22(日曜日)の30日間 〇無し
③2012年1月度23日月曜から平日全て「まる」
④2月度、23日以外、平日全「まる」

432ペリー・メイスン:2018/04/18(水) 07:17:57
12/19から12/27までは日本にいたんだね。その後また渡米した。
では①のSTAP細胞を作るためには1週齢程度の赤ちゃんマウスが必要だが、それは
誰が手交したのかね?

433デラ・ストリート:2018/04/18(水) 07:21:43
①若山さん
②テクニカルスタッフ
③小保方さん

基本は若山さん、忙しいときはテクニカルスタッフに頼む。小保方さんは生まれた
マウスを取りに行く程度のことはする。小保方さんの実験はGOFマウスで行われているので
これに関してはテクニカルスタッフに任せられていて、小保方さんが取りに行く程度の
ことはあったということよ。F1は注意を要するから若山さんが手交するわね。

434ペリー・メイスン:2018/04/18(水) 07:23:20
ではこの時のマウスはいつ手交されたのかね。

435小野小町:2018/04/18(水) 07:24:47
小保方さんが1週齢マウスを受け取ってSTAP作成を開始した12/20の更に
一週間前だから、12/13あたりかな。

436ペリー・メイスン:2018/04/18(水) 07:25:57
小保方さんは渡米していて日本には居ないよな。

437デラ・ストリート:2018/04/18(水) 07:27:36
チーフ。それは出発前に頼んでおくこともできるし、電話やメールでも依頼は
可能ですわ。

438ペリー・メイスン:2018/04/18(水) 07:30:25
デラ、僕が確認しているのはこのマウスは小保方さんが交配手交していないことは
間違いないよねということよ。誰かが手交したんだから、このマウスが何であったかなんて
若山さんか、テクニカルスタッフに聞けばわかることだ。桂報告は確認しているかね。

439在原業平:2018/04/18(水) 07:34:50
桂報告はこのことを確認してませんな。なぜなら彼らは論文によるとと書いている。
論文は様々なテラトーマ実験を包括的に記載しているので、12/27Harukoだけを
言ってるのではない。無論使われている写真からして12/27Harukoが含まれていることは
間違いないことだけど、このことは証言を確保できたはずなのに怠慢で確認して
いないんですな。ホント、ぼろほろ。

440ペリー・メイスン:2018/04/18(水) 07:36:32
では、この時のマウスは何だったのかね。

441ドクター・ワトソン:2018/04/18(水) 07:39:53
再掲しようかな。
>>
388: ドクター・ワトソン :2018/04/17(火) 20:06:52
ホームズ。僕は驢馬ではないつもりではあるが、小保方さんはハーバード以来、
自分の行ったすべてのテラトーマに関して、つまり、PNAS論文、ティシュー論文、
博士号請求論文、12/27Haruko、FI幹細胞テラトーマのすべての実験を包括的に
アーティクルにプロトコル叙述したのだと考えると、論文に書かれているから、
GOFマウスを使ったなんてトンマな短絡思想をする奴はいないだろうなと警告する
君の気持はわかるが、無論、しかしながら、その中でSTAP細胞しかOct4-GFP蛍光は
しないのである以上、GOFマウスだったのだ。

442ペリー・メイスン:2018/04/18(水) 07:44:41
ワトソンさん。一応FI-SCも蛍光してますんでね。まだTSさんのあの件まで
検討が及んでいませんけどね。コホン。

443シャーロック・ホームズ:2018/04/18(水) 07:47:58
基本はArticle Fifure2のeのテラトーマ写真だね。リジェンドにOct4-GFPと書かれている。
>>
e, Teratoma formation assay of day 7 clusters of Oct4-GFP+ cells. Haematoxylin and eosin staining showed keratinized epidermis (ectoderm), skeletal muscle (mesoderm) and intestinal villi (endoderm), whereas immunostaining showed expression of Tuj1 (neurons), smooth muscle actin and α-fetoprotein. Scale bar, 100 μm.

444小野小町:2018/04/18(水) 07:52:26
これがややこしいのね。上三枚のHE染色画像が12/27Harukoなのよね。そして
下3枚の免疫染色画像が博論ベースの画像だったんで、まず下は普通のB6の
テラトーマライクなのね。そして上は彼女の認識ではGOFマウスのテラトーマ
なのね。というのも彼女は下が博論のままだということに気づいてなかった
ことになってるのね。

445ペリー・メイスン:2018/04/18(水) 07:57:59
だから僕が言ってるでしょ。論文に書かれたことだけでGOFだと決めつけてはいけないって。
これは確認できるじゃないか。若山さんか、テクニカルスタッフに聞けばいい。
そして小保方さんはGOFの毛色は知ってるからね。B6以外ではないんだ。なぜなら
小保方さんはどんな勘違いか嘘かがあったにせよ、12/27Harukoに関してはGOFであったと
確認しているから論文にそう書いたんだ。下はそうでなかったけどね。下は博論のだから
ただのB6だよ。

446デラ・ストリート:2018/04/18(水) 08:02:32
もし若山さんがF1を渡したよと言ったら、小保方さんはあら毛色は漆黒でしたよと
反論するわね。もし若山さんがGOFではなくてただのB6を渡したよと言ったら、
小保方さんはGFP確認してますけどと言えるのね。逆の意味でもそうね。
互いの証言が矛盾するとどちらかが嘘つきということになるんで、互いに
迂闊な嘘はつけないのよね。

447ドクター・ワトソン:2018/04/18(水) 08:04:35
では、僕の意見は承認されたね。この時に渡されたマウスはGOFマウスであると。
誰か反論があるかい?

448:2018/04/18(水) 08:10:39
反論ではないが、このテラトーマはNOD/SCIDが使われたことになってることの
解釈として、様々なテラトーマ実験を包括的に記述したのだという認識で、12/27
HarukoがGOFマウスだという記述は包括記述を構成しているたくさんの断片的
記述の中でのひとつの断片的事実であると解していいという意味だな。

449ふふふ:2018/04/18(水) 08:14:00
中学でIQテストクラスビリだった男の言うこととは思えんな。
<認識で→認識下で>のあたりにわずかに青洟垂らしてた頃の片鱗が見えるぞ。

450ペリー・メイスン:2018/04/18(水) 08:16:17
ところが、この12/27HarukoからはAcr-CAG-GFPが発見された。

451小野小町:2018/04/18(水) 08:26:10
いよいよだわね。

452シャーロック・ホームズ:2018/04/18(水) 08:28:57
小保方さんFES1を持っていない。にもかかわらず、どうしてここにアクロシンが
入り得るのだろうか。

453小野小町:2018/04/18(水) 08:30:48
桂チームは
①小保方さんか
②若山さんか
③第三者が
FES1を入れたと主張しているんだわ。

454在原業平:2018/04/18(水) 08:31:42
FES1がどこにあったんだって?

455小野小町:2018/04/18(水) 08:34:13
太田さんは移籍した時に全部持ち出したので、あったんなら置忘れが
あったのであろうと言ってるわ。桂報告はFES1がどこから入ったのかは
謎として残ったと書いてるわ。

456在原業平:2018/04/18(水) 08:36:05
謎として残ったのに入っているのがFES1だとどうしてわかったの?
調べたFES1はどこから来たものなの?


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