STAP問題の全解に向けて、その19

6：ドクター・ワトソン：2018/02/23(金) 11:04:56: 導入遺伝子のZygosity（ホモ・ヘミ）の判定法

遺伝子導入動物の導入遺伝子のホモヘミ判定には、いろいろなやり方がある。例えばトランスジェニックマウスを作る上でのバイブル的存在である本「Manipulating the mouse embryo (3rd ed.)」には以下のような判定法があげられている。
遺伝子量を測る
サザンブロット解析
Realtime-PCRによる定量
遺伝子産物の量を測る（酵素活性など)
FISHによる核型の判別
テスト交配
近傍プライマーによるPCR
遺伝子型の判定は、遺伝子導入動物の維持や使用に当たって必ず、かつ頻繁になされるので可能ならば、ルーチンでやれるように簡便で安全で確実なモノが好ましい。全個体について毎回サザンブロットやFISHを行うのはかなり手間がかかるし、 Realtime-PCRで「確実に１倍量と２倍量を見分ける」にはサンプル調整を厳密に行う必要がある。一方、定量的にではなく定性的に判定できれば、DNA濃度調整などがラフに行えるので汎用性が高い。その意味で、定性的な判断が可能な「近傍プライマーによるPCR」が実用的である（詳細は後述）。遺伝子導入動物を使う場合、導入遺伝子のあるなしを必ずPCRか何かで確認する必要があるわけで、その際ついでに「ホモ・ヘミ」までわかってしまえば非常に便利であると言える。ただし、一般に導入遺伝子は、ゲノムのどの位置に挿入されるかを予見することは難しいため、何らかの方法で導入遺伝子近傍の配列を求め、しかる後に近傍プライマーを設計することが必要となる。この手間があるので「簡便ではないではないか」という批判もあるが（実際はそれほどの手間ではないのだが、一度もやったことがない人がいきなり始めるのは大変かもしれない）、一度確定してしまえば例えば毎回サザンブロットをやるよりは遙かに楽になるので一考の価値はあると思う。

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