STAP問題の全解に向けて、その19 - 1519350616

1：イェイ：2018/02/23(金) 10:50:16: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
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2：ドクター・ワトソン：2018/02/23(金) 10:51:42: >>
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物資源研究部実験動物開発研究室

トランスジェニックマウスの導入遺伝子のgenotyping

トランスジェニックマウスの系統維持を行う上で重要な遺伝子型判定の方法について解説する(Noguchi et al., 2004)。ちなみに本法は、元々は「近傍プライマーPCRによるzygosity check法」のために開発したのだが、本法では挿入遺伝子近傍のゲノム配列を利用するので、その配列情報をもとに近年整備されたゲノムデータベースを活用すると、挿入遺伝子近傍配列が染色体上のどこにあるかを特定できることがあり、その意味で挿入遺伝子のマッピングにも利用できる技術である。さらに挿入遺伝子の挿入パターンも検出できることもあり（Suzuki et al., 2006)、遺伝子導入動物の解析を行う上で便利なシステムである。
この方法についてのご質問・ご意見等については左メニューにある連絡先までご連絡いただきたい。できるだけ対応したい。
3：小野小町：2018/02/23(金) 10:53:58: genotypingって何よ。
4：在原業平：2018/02/23(金) 10:56:10: ウィキでどうだい。
>>
ジェノタイピング（遺伝子型決定・遺伝子型判定）とは、ある個体のDNA配列をDNAシークエンシングなどによって識別し、他の個体のDNA配列や基準となるDNA配列と比較することによって、遺伝子型の違いを検出する方法である[1][2]。ジェノタイピングにより、ある個体が両親から受け継いだ対立遺伝子を明らかにすることができる。

方法
ジェノタイピングの方法としては、DNAシークエンシングの他に、SSCP（Single Strand Conformation Polymorphism、一本鎖高次構造多型）法、RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism、制限酵素断片長多型）法、PCR（Polymerase Chain Reaction, ポリメラーゼ連鎖反応）法、AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) 法、ASO（Allele Specific Oligonucleotide) プローブ法、DNAマイクロアレイやDNAビーズに対する結合を検出する方法などがある。

実用上の意義
ジェノタイピングは遺伝子の研究や遺伝子多型に関連する病気の研究において重要であるが、上記の方法によるジェノタイピングは部分的なもの、すなわち、個人の遺伝子多型のうちで一部が同定されるにとどまっている。しかし、開発が進められている次世代DNAシークエンス技術を用いて、全ゲノム配列を解析すれば、個人の遺伝子多型を全ゲノムにわたって調べることが可能である[3]。
ジェノタイピングは微生物を含む様々な個体、例えば、ウイルスやバクテリアに対しても適用が可能である。病原体に対してジェノタイピングを適用し、感染症が発生した出所を追跡することにより、感染症の拡大を防ぐことに役立つ。このように、ジェノタイピングの利用は、分子疫学や微生物法医学にもおよぶ。
ヒトにおいてもジェノタイピングは利用されている。例えば、ヒトの遺伝子は３億以上の塩基対から構成されるが、わずか１０から２０の遺伝子多型を調べることにより、親子鑑定を行うことができる。
遺伝子操作を行った動物などについては、該当する遺伝子領域に対するPCRによって、ジェノタイピングを簡単に行うことができ、遺伝子組換えマウスなどの識別に用いられている[4]。
5：小野小町：2018/02/23(金) 11:03:50: 要するに全ゲノム配列解析は費用も時間も掛かるからもう少し簡便ないろんな方法があるよということなのね。
6：ドクター・ワトソン：2018/02/23(金) 11:04:56: 導入遺伝子のZygosity（ホモ・ヘミ）の判定法

遺伝子導入動物の導入遺伝子のホモヘミ判定には、いろいろなやり方がある。例えばトランスジェニックマウスを作る上でのバイブル的存在である本「Manipulating the mouse embryo (3rd ed.)」には以下のような判定法があげられている。
遺伝子量を測る
サザンブロット解析
Realtime-PCRによる定量
遺伝子産物の量を測る（酵素活性など)
FISHによる核型の判別
テスト交配
近傍プライマーによるPCR
遺伝子型の判定は、遺伝子導入動物の維持や使用に当たって必ず、かつ頻繁になされるので可能ならば、ルーチンでやれるように簡便で安全で確実なモノが好ましい。全個体について毎回サザンブロットやFISHを行うのはかなり手間がかかるし、 Realtime-PCRで「確実に１倍量と２倍量を見分ける」にはサンプル調整を厳密に行う必要がある。一方、定量的にではなく定性的に判定できれば、DNA濃度調整などがラフに行えるので汎用性が高い。その意味で、定性的な判断が可能な「近傍プライマーによるPCR」が実用的である（詳細は後述）。遺伝子導入動物を使う場合、導入遺伝子のあるなしを必ずPCRか何かで確認する必要があるわけで、その際ついでに「ホモ・ヘミ」までわかってしまえば非常に便利であると言える。ただし、一般に導入遺伝子は、ゲノムのどの位置に挿入されるかを予見することは難しいため、何らかの方法で導入遺伝子近傍の配列を求め、しかる後に近傍プライマーを設計することが必要となる。この手間があるので「簡便ではないではないか」という批判もあるが（実際はそれほどの手間ではないのだが、一度もやったことがない人がいきなり始めるのは大変かもしれない）、一度確定してしまえば例えば毎回サザンブロットをやるよりは遙かに楽になるので一考の価値はあると思う。
7：シャーロック・ホームズ：2018/02/23(金) 11:09:44: ここを読むだけで若山さんが遺伝子導入動物たる自分のマウスの遺伝子型を
調べてないなんてことはないんだよな。同様に岡部さんもそうで、岡部さんから
マウスを譲ってもらって若山さんがその情報を知らないということもないんだな。
>>
遺伝子型の判定は、遺伝子導入動物の維持や使用に当たって必ず、かつ頻繁になされる
8：孤舟：2018/02/23(金) 11:12:44: 阿久悠から電話だ。
9：小野小町：2018/02/23(金) 11:23:53: ちょっと早いけどランチタイム。手踊りね。
youtube.com/watch?v=dFgQ-yHTscQ
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10：イェイ：2018/02/23(金) 15:51:45: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
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11：小野小町：2018/02/23(金) 15:53:43: >>
946 ：Ooboe ：2018/02/23(金) 12:44:26
あれれ

なんでかなぁ？
先生が郵送さてくれるそうなのですが
パートナーは3月中旬頃には届けて
いただきたいと、お願いしてますから
待ちたいと思います。

了解よ。
12：在原業平：2018/02/23(金) 15:59:29: 我々はOoboeさんと先生とのコミュニケーションの行き違いではないかとも
思っていますが、論文が３本送られてくるようでしたら、先生が送られてくる
のですから間違いないと思います。自分たちの知らない方の論文に太田さんの
B6129が有るのではという可能性も考えているものですから、あらかじめ
確認しておきたいと思っただけです。
13：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2018/02/24(土) 00:48:21: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
14：Ooboe：2018/02/24(土) 01:02:20: ジエノタイピングって
どこかの資料で見覚えのある言葉です。
たしか、
若山会見で毎日新聞など
記者に配布した資料にあったと思う
ネットに若山会見配布資料がアップされていたから検索できると思う。
15：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/02/24(土) 06:20:03: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
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16：在原業平：2018/02/24(土) 06:28:38: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
17：小野小町：2018/02/24(土) 06:30:31: お気に入りは進展なしよ。Tsさんが何か継続中ね。
18：ヘーゲル：2018/02/24(土) 06:31:11: 本題、頼むぜ。
19：小野小町：2018/02/24(土) 06:31:50: 早っ。
20：カール・ヤスパース：2018/02/24(土) 06:33:44: 本題、何でしたっけ?
21：デラ・ストリート：2018/02/24(土) 06:38:07: 導入遺伝子のZygosity（ホモ・ヘミ）の判定法だわ。
22：小野小町：2018/02/24(土) 06:39:36: ヘテロとヘミの違いは?
23：ペリー・メイスン：2018/02/24(土) 06:42:04: ヘテロというのは異種のという意味でしょ。ヘミは半分のという意味だ。
24：開高健：2018/02/24(土) 06:53:48: それじゃ何にも言ったことになりそうもないね。Zygosity（ホモ・ヘミ）について
語ろうとしているんだから

homozygosity　　ホモ接合性, 同型接合性
hemizygosity　　ヘミ接合性、ヘミ接合、半接合性
heterozygosity　　異型接合性、ヘテロ接合性

と並べないと意味比較できないね。
25：孤舟：2018/02/24(土) 06:56:21: 話は以下に繋がってるんだろ。
>>
遺伝子導入動物の導入遺伝子のホモヘミ判定には、いろいろなやり方がある。例えばトランスジェニックマウスを作る上でのバイブル的存在である本「Manipulating the mouse embryo (3rd ed.)」には以下のような判定法があげられている。
遺伝子量を測る
サザンブロット解析
Realtime-PCRによる定量
遺伝子産物の量を測る（酵素活性など)
FISHによる核型の判別
テスト交配
近傍プライマーによるPCR
26：井伏鱒二：2018/02/24(土) 07:04:58: 導入遺伝子はヴィルスで感染させるんでどこに入るか分からないし染色体の
片方側だけに入るんだね。その後の近親交配操作でホモにまではできるんだね。
片方にしかない場合は相手が異種ではなくて欠如しているという意味で
<hemizygosity　　ヘミ接合性、ヘミ接合、半接合性>の分類に入るよね。
hemizygousだ。
27：小野小町：2018/02/24(土) 07:08:02: あら、若山さんの記者会見では「僕のマウス」はGFPがホモに入っているけど、
FLSにはヘテロに入っていたと言ったわよね。
28：開高健：2018/02/24(土) 07:22:16: ヘテロというのは違う種類という意味だから、相手が無い場合もヘテロだとは
言えるよね。つまり集合論的に言えばヘミはヘテロに包含されている。通常
常染色体の片方にAという構造遺伝子が乗っていたとして、他方の相同染色体の
同一遺伝子座にAがある場合ホモ接合で、aがある場合がヘテロ接合なんじゃないの。
そうだとすればGFPが片方に打ち込まれればそれはヘミ接合だと言う解釈なら、
若山さんの言い方は曖昧だね。小保方さんが+/-と表示したのはヘミの意味だよね。
彼女の方が正確だ。
29：名無しさん：2018/02/24(土) 07:23:10: いつもの朝鮮人差別は？
30：井伏鱒二：2018/02/24(土) 07:27:44: それは論理だね。意味論的にはそうなのかもしれないが、この業界で言葉が
どう使われているかは我々はど素人なんだから知りえないことだな。そんなに厳密には
使われていないのなら、コミュニケーションに差しさわりが無い限り困らないぜ。
丹羽さんも最初の記者会見でSTAP細胞はヘテロな細胞群なのでとごく日常的な
意味で使ってたよな。
31：デラ・ストリート：2018/02/24(土) 07:29:01: >>29

朝鮮人ハヨ死ねや。なにが差別だ。事実だ。間抜け。
32：ペリー・メイスン：2018/02/24(土) 07:30:58: 糞金は必ず吊るしてやる。
33：迷子の女の子：2018/02/24(土) 07:32:29: ヤーイ、ヤーイ、朝鮮人っ。臭っ。あっち行け。
34：鉄：2018/02/24(土) 07:34:14: 昔、よく朝鮮人学校に殴りこんだもんですよねえ。親分。
35：ふふふ：2018/02/24(土) 07:35:55: お前の極真空手の創始者は在日朝鮮人だけどな。
36：鉄：2018/02/24(土) 07:37:48: 喧嘩はするなと教わりましたけどね。やると決めたら叩き殺す気で行けと教わりましたぜ。
37：ふふふ：2018/02/24(土) 07:39:18: そんなことだから１０年も臭い飯を食うんだよ。
38：鉄：2018/02/24(土) 07:40:05: あれ? だれのためにやったんだっけな?
39：タカハシワケ：2018/02/24(土) 07:43:05: 僕の子孫は言葉の定義をしてから議論すると言ってるな。ひひひ。
40：アダム・スミス：2018/02/24(土) 07:44:25: 虚偽を作るときわざと言葉の意味を曖昧にするということがあるからな。あはははは。
41：タカハシワケ：2018/02/24(土) 07:47:53: 政府の負債は一千兆円を超えている。国民一人頭１千万の借金だ。くひひひひ。
42：アダム・スミス：2018/02/24(土) 07:51:48: 1000兆円の負債の出資者は国民だろ。国民は借金してないよ。借金しているのは政府だ。
我々国民の出資している1000兆円に対応するに資産は我々国民の持ち分なんだぜ。
政府はこのバランスシートを経営している雇われ社長でしょ。