STAP問題の全解に向けて、その19 - 1519350616

1：イェイ：2018/02/23(金) 10:50:16: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
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2：ドクター・ワトソン：2018/02/23(金) 10:51:42: >>
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物資源研究部実験動物開発研究室

トランスジェニックマウスの導入遺伝子のgenotyping

トランスジェニックマウスの系統維持を行う上で重要な遺伝子型判定の方法について解説する(Noguchi et al., 2004)。ちなみに本法は、元々は「近傍プライマーPCRによるzygosity check法」のために開発したのだが、本法では挿入遺伝子近傍のゲノム配列を利用するので、その配列情報をもとに近年整備されたゲノムデータベースを活用すると、挿入遺伝子近傍配列が染色体上のどこにあるかを特定できることがあり、その意味で挿入遺伝子のマッピングにも利用できる技術である。さらに挿入遺伝子の挿入パターンも検出できることもあり（Suzuki et al., 2006)、遺伝子導入動物の解析を行う上で便利なシステムである。
この方法についてのご質問・ご意見等については左メニューにある連絡先までご連絡いただきたい。できるだけ対応したい。
3：小野小町：2018/02/23(金) 10:53:58: genotypingって何よ。
4：在原業平：2018/02/23(金) 10:56:10: ウィキでどうだい。
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ジェノタイピング（遺伝子型決定・遺伝子型判定）とは、ある個体のDNA配列をDNAシークエンシングなどによって識別し、他の個体のDNA配列や基準となるDNA配列と比較することによって、遺伝子型の違いを検出する方法である[1][2]。ジェノタイピングにより、ある個体が両親から受け継いだ対立遺伝子を明らかにすることができる。

方法
ジェノタイピングの方法としては、DNAシークエンシングの他に、SSCP（Single Strand Conformation Polymorphism、一本鎖高次構造多型）法、RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism、制限酵素断片長多型）法、PCR（Polymerase Chain Reaction, ポリメラーゼ連鎖反応）法、AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) 法、ASO（Allele Specific Oligonucleotide) プローブ法、DNAマイクロアレイやDNAビーズに対する結合を検出する方法などがある。

実用上の意義
ジェノタイピングは遺伝子の研究や遺伝子多型に関連する病気の研究において重要であるが、上記の方法によるジェノタイピングは部分的なもの、すなわち、個人の遺伝子多型のうちで一部が同定されるにとどまっている。しかし、開発が進められている次世代DNAシークエンス技術を用いて、全ゲノム配列を解析すれば、個人の遺伝子多型を全ゲノムにわたって調べることが可能である[3]。
ジェノタイピングは微生物を含む様々な個体、例えば、ウイルスやバクテリアに対しても適用が可能である。病原体に対してジェノタイピングを適用し、感染症が発生した出所を追跡することにより、感染症の拡大を防ぐことに役立つ。このように、ジェノタイピングの利用は、分子疫学や微生物法医学にもおよぶ。
ヒトにおいてもジェノタイピングは利用されている。例えば、ヒトの遺伝子は３億以上の塩基対から構成されるが、わずか１０から２０の遺伝子多型を調べることにより、親子鑑定を行うことができる。
遺伝子操作を行った動物などについては、該当する遺伝子領域に対するPCRによって、ジェノタイピングを簡単に行うことができ、遺伝子組換えマウスなどの識別に用いられている[4]。
5：小野小町：2018/02/23(金) 11:03:50: 要するに全ゲノム配列解析は費用も時間も掛かるからもう少し簡便ないろんな方法があるよということなのね。
6：ドクター・ワトソン：2018/02/23(金) 11:04:56: 導入遺伝子のZygosity（ホモ・ヘミ）の判定法

遺伝子導入動物の導入遺伝子のホモヘミ判定には、いろいろなやり方がある。例えばトランスジェニックマウスを作る上でのバイブル的存在である本「Manipulating the mouse embryo (3rd ed.)」には以下のような判定法があげられている。
遺伝子量を測る
サザンブロット解析
Realtime-PCRによる定量
遺伝子産物の量を測る（酵素活性など)
FISHによる核型の判別
テスト交配
近傍プライマーによるPCR
遺伝子型の判定は、遺伝子導入動物の維持や使用に当たって必ず、かつ頻繁になされるので可能ならば、ルーチンでやれるように簡便で安全で確実なモノが好ましい。全個体について毎回サザンブロットやFISHを行うのはかなり手間がかかるし、 Realtime-PCRで「確実に１倍量と２倍量を見分ける」にはサンプル調整を厳密に行う必要がある。一方、定量的にではなく定性的に判定できれば、DNA濃度調整などがラフに行えるので汎用性が高い。その意味で、定性的な判断が可能な「近傍プライマーによるPCR」が実用的である（詳細は後述）。遺伝子導入動物を使う場合、導入遺伝子のあるなしを必ずPCRか何かで確認する必要があるわけで、その際ついでに「ホモ・ヘミ」までわかってしまえば非常に便利であると言える。ただし、一般に導入遺伝子は、ゲノムのどの位置に挿入されるかを予見することは難しいため、何らかの方法で導入遺伝子近傍の配列を求め、しかる後に近傍プライマーを設計することが必要となる。この手間があるので「簡便ではないではないか」という批判もあるが（実際はそれほどの手間ではないのだが、一度もやったことがない人がいきなり始めるのは大変かもしれない）、一度確定してしまえば例えば毎回サザンブロットをやるよりは遙かに楽になるので一考の価値はあると思う。
7：シャーロック・ホームズ：2018/02/23(金) 11:09:44: ここを読むだけで若山さんが遺伝子導入動物たる自分のマウスの遺伝子型を
調べてないなんてことはないんだよな。同様に岡部さんもそうで、岡部さんから
マウスを譲ってもらって若山さんがその情報を知らないということもないんだな。
>>
遺伝子型の判定は、遺伝子導入動物の維持や使用に当たって必ず、かつ頻繁になされる
8：孤舟：2018/02/23(金) 11:12:44: 阿久悠から電話だ。
9：小野小町：2018/02/23(金) 11:23:53: ちょっと早いけどランチタイム。手踊りね。
youtube.com/watch?v=dFgQ-yHTscQ
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10：イェイ：2018/02/23(金) 15:51:45: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
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11：小野小町：2018/02/23(金) 15:53:43: >>
946 ：Ooboe ：2018/02/23(金) 12:44:26
あれれ

なんでかなぁ？
先生が郵送さてくれるそうなのですが
パートナーは3月中旬頃には届けて
いただきたいと、お願いしてますから
待ちたいと思います。

了解よ。