STAP問題の全解に向けて、その7 - 1501982088

1：テアイテトス：2017/08/06(日) 10:14:48: はい、先生。ひろびろしました。せいせいします。
2：小野小町：2017/08/06(日) 10:16:50: わあ、すがすがしいわ。
>>
また、若山先生はご自身で予想されていた通りに、TS細胞用の培地でスフェア細胞を培養するとTS細胞様に増殖することを見出され、後に「FI幹細胞」と名付けられる幹細胞株を樹立した。６月頃には若山先生がFI幹細胞からキメラマウス作製実験を行ったところ、FI幹細胞は胎児も胎盤も形成したと報告を受けていた。こうして、若山先生はSTAP細胞から、ES細胞様の幹細胞株と、キメラマウスを作製した時にSTAP細胞と同様に胎児と胎盤を形成することができる性質を持ったFI幹細胞株の２種類の幹細胞株の樹立に成功された。そのため幹細胞株化の論文にはこのFI幹細胞についてのデータも追加するように若山先生から指示が出され、実験と論文執筆は進められた。
3：小野小町：2017/08/06(日) 10:17:25: >>
私は若山先生が作製したキメラマウスなど論文の主題となる実験結果の補佐となる細胞の遺伝子解析などを任されていたが、解析に用いる幹細胞は培養を担当していた若山先生から受け取り実験を行うようになっていた(後のSTAP細胞の調査で知られされたことによると、若山先生は私を含む若山研の解析担当者らに細胞を渡していたが、培養中の細胞を手渡していたため、複数種の培養されていた細胞の中で、どの細胞を解析者に渡したかについての記録は残されていなかったという)。実験に使用するマウスは若山先生から渡され、私が作製したスフェアは、若山先生が計画した他の研究員が進める実験にほぼすべて使用され、自身で解析などを進めることができない時期も続いた。
4：孤舟：2017/08/06(日) 10:19:24: 若山さんが犯人だということね。
5：小野小町：2017/08/06(日) 10:25:40: 続きよ。102Pの理系のラボのトップダウン組織の説明はり９行飛ばしてその後よ。
>>
研究に対する主体性は若山先生へと移り、研究の方向性は私の思いとはどんどんかけ離れていってしまったが、お世話になっている若山先生の希望に沿いたい気持ちも強くあった。幹細胞株化の論文だけは、当時すでに投稿中だったスフェアの性質を示した論文とは独立した形で若山先生の希望通りに仕上げようと決めた。
6：小野小町：2017/08/06(日) 10:26:53: 説明はり→説明ははしょり
7：閲覧者：2017/08/06(日) 12:32:24: ここで知っておかなければならないのはこの時点では後のアーティクルとレターの
それぞれの論文は前者は既に投稿されていて、後者はこの頃に論文化されようとしていたというところだよ。
手記によればこの幹細胞化の論文は若山さんが小保方さんに書くように指示したものだ。
彼女はＳＴＡＰ幹細胞もＦＩ幹細胞も作れないということだ。彼女はそれらの
元となるス酸浴スフィアを提供しているに過ぎない。ここが微妙なところだ。
彼は小保方さんの細胞を幹細胞化したというストーリーになっているのだけれども自分でそのように
論文を書こうとはしていない。なぜか。
8：大橋巨泉：2017/08/06(日) 12:34:45: みじかびの
　　　　　　きゃぷりきとれば
　　　　　　　　　　　　　　　すぎちょびれ
　　　　　　　　すぎかきすらの　　　　　　　はっぱふみふみ

分かち書き。

ワカルネッ！
9：小野小町：2017/08/06(日) 12:38:19: お昼よ。

youtube.com/watch?v=JPHj-PhnA9s
10：名無しさん：2017/08/06(日) 23:13:05: ひりはらほりはれ
11：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2017/08/06(日) 23:57:21: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
12：在原業平：2017/08/07(月) 05:55:35: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
13：在原業平：2017/08/07(月) 05:56:37: 和モガさん、ブログ更新して、Tsさんのデータの解説してくれたわね。
14：在原業平：2017/08/07(月) 05:57:54: 小町ちゃん、僕の名前で書きこんでるぜ。新芸にしたの?
15：小野小町：2017/08/07(月) 05:59:43: 昨日のコメント欄の和モガさんは本人だったのね。
あなたの疑問はブログに書かれているわ。
>>
「STAP細胞事件」-FI幹細胞の遺伝子発現パターンを調べて分かったこと
小保方氏が公共データベースに登録していたFI幹細胞のデータをTs.Marker氏がネットにアップロードしてくれたので、それをダウンロードしてIntegrative Genomics Viewer (IGV)で遺伝子発現パターンを確認することができた。

遺伝子の発現について、「多能性幹細胞を維持する転写ネットワーク」には次のように書かれている。

Cdx２は初期胚において栄養外胚葉（胎盤を形成する）に発現しており，ICM や ES 細胞では Oct３／４によってその発現が抑制されている．Oct３／４は Cdx２を物理的相互作用を介して機能抑制できることがわかっており，逆に Cdx２は Oct３／４の機能抑制を通じて ES 細胞を栄養外胚葉へと分化誘導できる。

つまり、Oct3/4とCdx2は排他的で、Oct3/４がCdx2の発現を抑えES細胞となり、Cdx2がOct3/4を抑制すればTS細胞になるである。
16：在原業平：2017/08/07(月) 06:11:11: 「多能性幹細胞を維持する転写ネットワーク」は今読んできた。参考文献の筆頭に
丹羽さんの論文があるね。
17：小野小町：2017/08/07(月) 06:29:28: 続きよ。これで全文。
>>
ところが、このFI幹細胞にはOct3/4とCdｘ２が共に発現しており、ES細胞でもTS細胞でもない、今まで知られていない新しい幹細胞の遺伝子発現パターンがみてとれる。この幹細胞を小保方氏らはFI幹細胞と呼んでいたのである。
桂調査委員会は「STAP細胞はES細胞由来」としたが、専門用語を取っ払えば、小保方氏の台所に血の付いた包丁があり、この血液のDNAを調べると被害者のものと一致したので、この包丁が凶器といっているのである。
誰がみてもそれはおかしいと思うだろう。凶器と傷口の形状一致を調べていない。これはSTAP幹細胞がES細胞の遺伝子発現パターンと一致するかどうかを調べることにあたるが、これを示していないのである。おそらく、調べたが、結論が変わってしまうので公に出来なかったというのが本当のところであろう。
今回、FI幹細胞の遺伝子発現パターンが既存のES細胞やTS細胞とは違うことが明らかになったが、STAP幹細胞の遺伝子発現パターンもES細胞とは違うはずである。この違いを明らかにしておいて129/GFP ESの遺伝子発現パターンを調べれば、それがES細胞なのかSTAP幹細胞なのかが分かるだろう。
調べれば129/GFP ESからSTAP幹細胞の遺伝子発現パターンが出てくるはずだ。そのとき初めて「STAP細胞事件」で本当の凶器が認識されることになるだろう。
18：在原業平：2017/08/07(月) 06:42:04: 「多能性幹細胞を維持する転写ネットワーク」は今読んだんで、確かに
>>
Cdx２は初期胚において栄養外胚葉（胎盤を形成する）に発現しており，ICM や ES 細胞では Oct３／４によってその発現が抑制されている．Oct３／４は Cdx２を物理的相互作用を介して機能抑制できることがわかっており，逆に Cdx２は Oct３／４の機能抑制を通じて ES 細胞を栄養外胚葉へと分化誘導できる。

という文章は存在している。