小保方さん　応援パートⅢ

1：まっちゃん：2014/06/05(木) 13:00:55: 　ttp://jbbs.shitaraba.net/study/12333/
という掲示板がありましたが、スパムが寄せるので、休止しました。
　（ ※　個人への中傷というスパムが寄せてきて、削除依頼が来たが、
　　　　私はいちいちスパムを管理する手間は掛けられないので・・・と管理人さんからの伝言です。
このコーナーは、まじめな討論の場です。個人中傷は禁止です。何故閉鎖されたのか解らないのですが常識的な言動でお願いします。
まっちゃんの意見
　擁護派でして、石井委員長の調査が杜撰であり本人が納得するまで調査するべきだったと考えています。しかも小保方一人が不正、捏造したと　
　発表したものですから刑事犯の犯罪者と思ったのです。論文の一部に強引なミスがあっても主要部分がよければいいのではないか。
　またまた、おかしな報道がでています。ESと STAP細胞は混ざらないと言うのに遺伝子が二種類出てきた。
　それよりか応援したいのにかなり不利です。記者会見で見た小保方さんは真面目そうな、嘘を言ってる感じがしなかった。
　まっちゃんの「見る目がなかったのかなぁ」と。
526：375：2014/06/11(水) 10:12:05: >>518
小保方氏が検証実験に立ち会い
ttp://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20140611-00000012-mai-sctch
試料に手をふれない約束で、立ち会いをしているそうだ。
527：名無しさん：2014/06/11(水) 10:16:43: 画像を改ざんしたことは事実だが、結果を変えてないから問題なさそう。
528：名無しさん：2014/06/11(水) 10:23:44: な、キリがないだろ。下らない揚げ足取ったり。
まあ個々に委ねられる事項だが。私の結論としてはやはりまともに相手にすべきでないと思う。議論の質を下げる。
向こうでの議論を思い出して頂きたい。事実誤認や論理破綻が酷すぎる方一人のために周りが合わせる必要はないはずだ(こんなこと書くと人文系氏にお叱りを受けるな)。参照リンクも>>519からしてやはり読んでいないようだし。
529：名無しさん：2014/06/11(水) 10:33:53: スルーしたい人はしたらいいし好きなように議論するのが掲示板でしょ。
530：Yasu：2014/06/11(水) 10:36:12: >>528
エライ人の意見を、部分的にコピペして、
自分は高級な意見を言っている、と思っているのか？
さらに、自分は皆お見通しだから、自分の意見に同意しろと、再三に
渡って述べる事の恥ずかしさを、指摘されてもなお、理解出来ない。

自己責任で持論を述べた経験が無いらしい。
531：名無しさん：2014/06/11(水) 10:40:12: >>519で義務だと述べているのに>>525で仁義だと述べたり。
自分もハンネでしかないのに捏造派を批判したり(自身で仁義と述べているのに)。
ここだけですら突っ込みが追い付きませんぜ。
532：名無しさん：2014/06/11(水) 10:40:20: そのくせ武田先生のものは読むなとか言ったりしてるでしょ。参考になるし
為になることも書いてる。
ご自信が推薦するのは自由だけど他のものをけなしちゃだめじゃないかな。
533：名無しさん：2014/06/11(水) 10:53:32: >>532
武田先生の本件の言論を全ておかしいとは言ってないが。
確かに正論書いている部分はある。ただ、トンデモをかなり含んではいるから優先順位としては下にすべきだ。
534：名無しさん：2014/06/11(水) 11:00:03: まるでロンパールーム
535：名無しさん：2014/06/11(水) 11:10:04: Yasuさん、あまり熱くならないで。
僕もstap細胞はあると思っています。
「stap細胞はありそうだ」
「stap幹細胞も可能性あるぞ」
で、いいと思っています。
ここに居る多くの方は中立で正論を装ってはいますが、
どうもそうは思えません。
536：Yasu：2014/06/11(水) 11:11:09: >>534
業界用語を並べたり、省略言葉を並べたりした、
エセ科学論の方が、ロンパールームに近いと、ボクは思うがな。
537：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 12:01:36: >>530
そういうなら、君は当然STAPが実在することを証明した論文書いてて
論文誌に投稿する準備中なんだよね？

いつ頃載るのかな？読むから教えてほしいんだが
538：Yasu：2014/06/11(水) 12:03:22: >>537
ヨーチエンジ
539：名無しさん：2014/06/11(水) 12:07:43: とても疑問なんですが、笹井氏にしても丹羽氏にしても素人ではないわけで、これだけ自家蛍光が疑われている中でも、Oct4陽性細胞はあると言っているのに、まずそれを疑う人々は何を根拠にしているの？
540：名無しさん：2014/06/11(水) 12:13:30: >>535
あると主張するのは構わないが、何か具体的な根拠があるのかね? それがなければ意味はない。論理的飛躍、事実誤認なしに説明して下さい。
541：名無しさん：2014/06/11(水) 12:13:36: >>539

癌化してもそうなるから
542：名無しさん：2014/06/11(水) 12:20:24: >>539
Oct発現と万能細胞の間にハードルが相当あること理解している?
Oct発現しても死かそれに瀕した細胞の可能性があるわけで。例のライブセルイメージも、死細胞の誤認が有力。
543：名無しさん：2014/06/11(水) 12:23:47: >>542
僕？日本語読めないの？
544：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 12:32:17: >>519 Yasuさん、

論文撤回と名誉回復については>>524Baggioさんが述べられているとおりだろうと思います。
ただし、現在の状況では小保方氏の論文撤回は彼女に著しく不利になるというような主張は可能かも知れません。説得的に語って頂けるなら賛同される方があるでしょうか。

あと、
> ましてや、匿名を使ったり、自分は専門家では無いと自称したり、これから勉強します、などと
> 言ってみたり、大御所の意見を「読もうね」などと言って、自分の意見に箔をつける程度の理屈に、

今回のSTAP疑惑のように、すでに社会問題化している事柄について、私たちが一般の立場で議論することは何ら問題ないと思います。もちろん個人攻撃や誹謗中傷は論外ですが、基本的にこういった公の場での意見表明は自由ですから、もしおかしな点があれば相手を尊重した上で論理的な反論をすべきだと思います。

あと余計なことですが、>>528さんのご指摘にあるとおり、反論される場合は一応は相手の提示した情報なりに目を通すのが礼儀だと思います。そうでなければ一方的に自説をごり押しするだけと受け取られてしまいますので。それはYasuさんにとっても心外であろうと思われます。
545：名無しさん：2014/06/11(水) 12:33:46: >>543
ライブセルイメージが誤認というのが有力な以上、少なくとも素人でないからと言って鵜呑みにできないということ。気づいたなら公開前に取り換えるはずだろう。
まあ何だかんだそこまではできるとは思うけど。そこから先が棘の道ということ。
546：名無しさん：2014/06/11(水) 12:37:17: >>542
539は、Oct4陽性細胞の有無しか書いていないから、万能性の話は飛躍しすぎ。
Oct4陽性細胞=万能細胞ではないと主張しながら、自らOct4陽性細胞=万能細胞と述べているのは、小学生レベルの日本語としても変だよ
547：名無しさん：2014/06/11(水) 12:39:53: >>545
笹井さんは結構ドライだから、間違えに気づいたら素直に認めるよ。
公開されている情報が怪しいからと決めつけは良くないんじゃない？
ついでに割りとネットも見てるから、さまざまな疑惑に対して自分で確認して、それでも存在すると考えたから記者会見したんだよ。
548：名無しさん：2014/06/11(水) 12:41:40: >>541
あんなマイルドな条件でガンになるか？
しかもT細胞www
549：Yasu：2014/06/11(水) 12:46:00: >>544
社会問題になっていませんよ。
ボクの知る限り、香港・中文・大学の李教・授が、STAP細胞の存在を否定する論文を、
Nature誌に投稿し、リジェクトされたと訊いています。その後の動向は判りません。
（どなたか、ご存じですか？）
いわゆるマスコミ用語のリケジョの活躍やら、服やアクセ・サリーのブラ・ンドが
とりざたされたに過ぎません。

公の場での意見表明は自由です。
しかし、論文に書かれている「学問的内容」に関して、批判を加えるのは、
表現の自由に担保される意見表明とは違います。
ボクは、その点はわきまえて書き込みしているつもりです。
（NGワード回避の為に、読みにくくなっています）
550：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 12:47:00: >>526
すでに実験やってるようなもんだね。

>>538
自らの提言に責任を持たないなら、相手にするだけ無駄だな。
以降は放置するか。
551：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 12:52:15: >>539

Oct4陽性細胞はあっても良いかなと思っていますので、疑っている人々には該当しませんが、コメント。

笹井氏も丹羽氏もNature投稿時は、自分で実験してないから、小保方氏から聞いた話を鵜呑みにしただけだと思う。
二人は、ラボ外（当時は若山ラボ）の人間なので、小保方氏からリアルタイムでは実験結果の報告は受けているはずがない（これは事実らしい）。
と言うか、論文の画像と論文にある実験項以外の部分は知らなかったと思う。
そもそも、二人とも論文作成の後半の方で関わったと言っているしね。

バカンティ氏からの強い要請で、若山ラボの関係者でも特定の人間（ほぼ若山氏一人）にしか結果を見せていなかったらしいし、若山ラボの報告会では小保方氏は1回も報告をしていないと言うのは事実。
さらに、成果をプレゼンする面接でも笹井氏や若山氏など特定の人物だけで非公開で行った事が明らかとなっている。
笹井氏が論文作成時に、実験事実をキチンと生データで確認し、実験ノートを見ていたら、Natureを出す前に実験ノートの杜撰さとかデータの取り違えなどは把握出来ていたはずなので、記者会見での話からしても、笹井氏が生データで確認していないのは明らか。

つまり、笹井氏と丹羽氏のOct4陽性細胞があると言うコメントは参考にならない。
552：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 12:52:33: >>528

いえ、私は人を叱るような立場にはありません。ここはお互いに同等の資格で議論をする場だと考えます。
また、もしある人の議論が無価値だと思われるなら、>>529さんのご提言通り基本スルーでよいと思われます。下手に構うとスレが荒れる原因にもなりますので。

ところで>>409で
> 自分含めこっちの議論投げた旨の書き込みがあったはず

というのは「パートⅠ」スレで2013年以降の論文不正の話をされた986番さんのことでしょうか。986番さんには次スレ（「パートⅡ」スレ）で筑波大の不正の例をご教授頂きましたが、大変有意義なコメントだったと思います（>>323）。
553：名無しさん：2014/06/11(水) 12:53:25: 私も528の意見に基本的には賛成です。Yasuさんのコメントは主題があっちに行ったりこっちに行ったりで、確固たる論拠をもってコメントしているとは思えません。結局この方の原点は243であって、科学的な議論よりもむしろ信仰のレベルに近いような気がします。しかも、520-523や537-538を読むと、議論の主題とは無縁の、相手への罵倒もお得意らしい。こういう掲示板では当然のことながら、書かれたことがすべてであって、仮に工学修士さんが「ボクちゃん」や「ヨーチエンジ」であったとしても（私は毛頭、そうは思っていませんが）、まともな議論にはなんら影響しません。むしろ、こういう、男女の痴話げんかのような悪罵の類は、せっかくの議論の質に大きく影響すると思いますね。
554：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 12:56:13: >>549 Yasuさん、

> しかし、論文に書かれている「学問的内容」に関して、批判を加えるのは、
> 表現の自由に担保される意見表明とは違います。

いえ、そんなことはないと思いますよ。
学問的内容であっても、批判は自由だと思います。
もちろん、掲示板やブログでの批判と、論文発表による批判は自ずと重きが異なるでしょうが、それはそれ相応の評価がされるということだろうと思います。
555：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 12:59:56: >>549
>>ボクの知る限り、香港・中文・大学の李教・授が、STAP細胞の存在を否定する論文を、Nature誌に投稿し、リジェクトされたと訊いています。その後の動向は判りません。

事実は知りません。
しかし、STAP細胞の真偽を理研が検証している中で、STAP細胞の存在を否定する論文を投稿しても、当然、リジェクトされるでしょう。
再検証実験の存在をNatureも知っている状況下では、当たり前。
556：名無しさん：2014/06/11(水) 13:00:58: >>547
残念ながらあの会見は生物板で論破ないし説明できるとされた事項以上のことを説明していない。そして会見自体に矛盾があり、鵜呑みにできない。いくつかあるが、過去にあまり出さなかった方の見解を。
nosumi.exblog.jp/20586616/
557：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 13:02:15: >>549
>>しかし、論文に書かれている「学問的内容」に関して、批判を加えるのは、表現の自由に担保される意見表明とは違います。

論文として公の場に出したのですから、それが批評されるのは当然のこと。
良くても悪くても。
558：名無しさん：2014/06/11(水) 13:04:17: >>548

あれも癌化して白血病になるよ

ほとんどの細胞がくたばる条件はマイルドではないな
559：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 13:05:14: >>551 Baggioさん

> バカンティ氏からの強い要請で、若山ラボの関係者でも特定の人間（ほぼ若山氏一人）にしか結果を見せていなかったらしいし、若山ラボの報告会では小保方氏は1回も報告をしていないと言うのは事実。
> さらに、成果をプレゼンする面接でも笹井氏や若山氏など特定の人物だけで非公開で行った事が明らかとなっている。

そうなると、前スレ201番、213番あたりで議論に挙がったピアレビューの話は、やはり無かったか不充分にしか行われなかったことの傍証になるでしょうか。
560：名無しさん：2014/06/11(水) 13:15:37: >>552
そこじゃないと思う。そんな有意義なコメは書いた記憶はない。
記憶が定かなら500後半(70付近?)かと思うのだが、間違ってても許してね。このスレか確証がない。ちょっとログ見てみます。
561：名無しさん：2014/06/11(水) 13:17:17: 意見が正反対だからと言って排除したがるのは感心しないな。本人が
そう思っているのだからそれは一つの意見として受け止めたらいいじゃない。
武田先生のような人がここに現れたら議論にならないということになるね。
562：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 13:27:16: >>560
もしかするとこれでしょうか。
パートⅠスレの378番からの議論がありました（>>323）。

378 ：名無しさん：2014/05/04(日) 19:20:22
>>371
もう一つの掲示板とか酷いよね。陰謀とか権威主義とか下らない書き込み多すぎて投げた。

このあと382番、385番、387番、390番とレスがつづくようです。
563：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 13:28:01: >>510への追記です。

もしSTAP幹細胞株が多数の細胞が集積したものであって、その中で1-4%の割合でTCR再構成を持つT細胞起源の幹細胞が確認できるというのであれば、幹細胞株でTCR再構成が確認できるものは当然存在する、ということになるのでしょうか。
「1-4%の割合で必ず存在する」のか「存在する確率が1-4%しかない」のか、読み方によっても変わってしまいますが（あるいは私は誤読しているでしょうか）。
564：名無しさん：2014/06/11(水) 13:28:31: ２月に三回成功した場には笹井さんも立ち会ったはずだけどなー
565：名無しさん：2014/06/11(水) 13:30:02: >>563
株として確立する際にセレクション入るけどな。
566：名無しさん：2014/06/11(水) 13:34:25: >>562
それだ。全然違って失礼(70番というのはかろうじてあってたが)
567：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 13:35:54: >>565
コメントありがとうございます。

すみませんセレクションってどんな感じでしょうか。
成功したものと失敗したものを選り分けるとかでしょうか。
568：名無しさん：2014/06/11(水) 13:37:57: >>561
武田先生でも正論なら歓迎しまっせ。
569：名無しさん：2014/06/11(水) 13:40:49: 新たな情報が入って参りました。これは致命的じゃないか。
www3.nhk.or.jp/news/html/20140611/k10015134871000.html
570：名無しさん：2014/06/11(水) 13:47:46: >>567
幹細胞は作ったことないけれど、通常、目的の細胞を誘導した場合、TCR再構成のある幹細胞を欲しいと意識しなければ、増殖力旺盛な細胞郡を選ぶから、仮説になるが、TCR再構成幹細胞が、それ以外より増殖力低いなら、その時点で人為的に排除されます。
全てのT細胞にTCR再構成があると思って樹立したのなら、わざわざヒョードルな細胞群を拾わないという話。
わずかでも、TCR再構成のある幹細胞が欲しいと思います樹立していたのなら、増殖力旺盛なのからヒョードルなのまで、根こそぎ拾うけど、若山先生がT細胞にTCR再構成が全てあると思って実験していたのなら、拾えないよね？
増殖力がTCR再構成していない細胞由来の幹細胞と同じなら、同じ確率で拾うかもしれないけれど。
571：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 13:53:24: >>569

これも小保方氏はデータを取り違えたと言うのだろうか・・・
572：名無しさん：2014/06/11(水) 13:55:37: >>570
TCR-Rあれば増殖能が上下するって根拠がないんだよな。
逆にあれば増殖能が上がってより高い確率で拾う、というのも可能だ。
573：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 13:56:49: >>569
日経サイエンスも号外来た。無料でダウンロード可能だ。

www.nikkei-science.com/wp-content/uploads/2014/06/20140611STAP.pdf
574：名無しさん：2014/06/11(水) 14:04:30: >>572
仮説としては、高率で拾う可能性もあるが、実際に拾ってないのだから、低率で拾う状態になったのでしょう。
575：名無しさん：2014/06/11(水) 14:07:43: この前のSCの異常に関しては、キメラとか解析されてないから完全確定とは言えなかったと思う。しかし今回は大本のSTAP自体の疑惑。しかも通常産まれないマウスでの実験。
自分は致命的だと思うのですが、皆様の見解を聞きたい。
576： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 14:26:27: >>573
これ、すごいですね。ｍＲＮＡのＳＮＰ解析か・・・。
凹グループが証拠隠滅し損ねた、唯一の現存するＳＴＡＰのデータだからな。
ただ、ＮＧＳ解析に出した細胞株を間違えたとか、そういう言い逃れは可能だが、
それはそれで認知症レベル。科学者をやめるべきですね。
577：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 14:35:58: STAP細胞5つをデータ登録して、その5つすべてがトリソミーって・・・
終了ですね。

論文では細胞分裂しないからセレクションではないと結論したのに、細胞分裂しないと出てこないトリソミーがすべてに見られるとは・・・
さらにSTAP細胞だと言って出しているmRNA配列のデータの1つは、多能性を持たない単なる体細胞だったとは・・・

ここまで杜撰だと救いようがない・・・
578： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 15:04:16: >>563
>もしSTAP幹細胞株が多数の細胞が集積したものであって、その中で1-4%の割合でTCR再構成を持つT細胞起源の幹細胞が確認できるというのであれば、幹細胞株でTCR再構成が確認できるものは当然存在する、ということになるのでしょうか。
>「1-4%の割合で必ず存在する」のか「存在する確率が1-4%しかない」のか、読み方によっても変わってしまいますが（あるいは私は誤読しているでしょうか）。

私の発言、なんでいつも、スルーするのかな？もし良かったら、読み返してみて？

ＩＮＰＵＴ：ＣＤ４５＋細胞塊中に、ＴＣＲ再構成のある細胞の割合は、１～４％でしょ。
ＯＵＴ１：ＳＴＡＰ細胞塊中に、ＴＣＲ再構成のある細胞の割合は、？です。でも、１～４％と仮定しましょう。
ＯＵＴ２：ＳＴＡＰ幹細胞塊中に、ＴＣＲ再構成のある細胞の割合は、これも、？です。でも、１～４％と仮定しましょう。

で、ＴＣＲ再構成があるかどうかを検出するには、ＰＣＲで目的の塩基配列だけを切り出し、その量を増やした後、
電気泳動でバンドを見るわけでしょ。
そのＰＣＲにかける検体が、ＣＤ４５＋細胞塊であろうと、ＳＴＡＰ細胞塊であろうと、ＳＴＡＰ幹細胞塊であろうと、
目的の塩基配列の量を増やした後に、電気泳動かけるんだから、結果は同じでしょうが？

ＳＴＡＰ幹細胞塊で１～４％の確率で検出されるって、
それって、１００個の細胞から1個の細胞を取り出した時に、その細胞にＴＣＲ再構成がある確率でしょ。

何度も言うように、何かメカニズムが働かない限り、
ＳＴＡＰ細胞とＳＴＡＰ幹細胞では、ＴＣＲ再構成の検出確率は、同程度でないとおかしい。
つまり、丹羽の資料Ｐ１２？は、間違っているということです。
579：名無しさん：2014/06/11(水) 15:06:41: >>573 破壊力凄まじいですね

もう検証実験が意味あるか不明です
580：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 15:27:38: >>578

丹羽氏のプレゼン資料は、新プロトコルを踏まえて説明されたものなんで、STAP細胞からSTAP幹細胞に培養する際にTCR再構成が見られない理由として、何からのネガティブなバイアスがかかっている可能性があると丹羽氏は説明しています。
そう言う資料です。

新プロトコルの該当部分「・・・・none contained the rearranged TCR allele, suggesting the possibility of negative cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin) for STAP cells to give rise to STAP stem cells in the conversion process.」

ですので、丹羽氏はTCR再構成以外でも初期化の根拠を示す方法を検討すると述べていたはずです。
ネガティブなバイアスについては、具体的には明言されていなかったはずですので、言い訳の様な感じですけどね。
581：名無しさん：2014/06/11(水) 15:39:48: トリソミーは致死的というか生まれてこないのがほとんどだからね。
ヒトでは知っていたけど、やっぱりマウスでも致死的なんだ。
582：名無しさん：2014/06/11(水) 15:48:21: 研究不正を疑う、暴く側もいい気はしないだろうな。とりあえず遠藤氏には惜しみ無い賞賛を送りたい。真に科学者たる存在と。
583： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 15:57:31: >>563
要するにあなたは、
・ＴＣＲ再構成のある細胞の存在確率と、
・ＰＣＲ＋電気泳動によって、バンドとしてＴＣＲ再構成を、目で見て確認できる確率を、
混同しているわけだ。

確かにキメラの場合は、胚盤胞に注入できる細胞数、ならびにキメラ個体まで成長できる細胞数に限りがあるため、
「ＴＣＲ再構成のある細胞の存在確率」が、もろに影響してくる。
しかし、ＳＴＡＰ幹細胞の場合は、「ＴＣＲ再構成のある細胞の存在確率」は、無関係。
細胞塊の中に、一個でもＴＣＲ再構成のある細胞が含まれていれば、
ＰＣＲにかけた段階で、ＴＣＲにかかわる塩基配列は量産されていてるのだから、
電気泳動をかけた際に、１００％、バンドとして、目で見て確認できます。（ＴＣＲ再構成が検出される）
584：名無しさん：2014/06/11(水) 16:08:09: >>583は基礎的な知識がないね。
585：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 16:16:38: >>573
の
実は一番重要なのは最後の一文だと思うんだ。

＞結果は近く論文として発表される。

論文発表ですよ。その衝撃たるや・・・
586：名無しさん：2014/06/11(水) 16:24:56: 批判するなら匿名ではなくて実名を出して論文として発表しろ、って言っている人が複数いた気がするので、
ちょうどいいんじゃない？
587： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 16:33:29: >>584
はい、私は専門家ではありません。
しかし、論理的に考察する能力は、あるはずです。
間違っている箇所がありましたら、そこをピンポイントで、ご教授頂ければ、
知識も増えますし、ありがたいです。よろしくお願いします。
588： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 16:37:38: 正直言って、「ＥＳとＴＳは、接着しない（分離する）」とする２羽と些細の説も、疑わしい。
確かに、酸処理してなければ、そうなるだろうことは、なんとなく想像はつく。
しかし、酸処理して「死に体」となったＥＳ・ＴＳなら、「凝集しない」とは言えないのではないか？

これは、例えば、ＣＤ４５＋細胞に含まれる、
Ｔ細胞、Ｂ細胞、造血幹細胞、マクロファージ、その他、の細胞で考えてみると、わかりやすい。
酸処理していなければ、これらの細胞種は、凝集しないだろう。（同じ細胞種でコロニーをつくるだけ）
種類が異なる訳だし、多細胞化による共生関係にもないのだから、これは当たり前だ。
ところがＳＴＡＰ実験下で、酸処理した後の「死に体」の細胞は、細胞種が違っても、凝集するのでしょ。

その理由を考えてみると、推測になるが、
１．マクロファージによる寄せ集め。
２．瀕死状態なので、（細胞種を問わず）他の細胞に接着して、栄養やエネルギーを奪い取ろうとしている。
まあ、凝集の理由は、こんなところ？

でも、これって、どう考えても、酸処理して「死に体となったＥＳやＴＳ」でも、同じ状況になるでしょ。
誰も実験してないみたいだけど、僕は「死に体」となった細胞は、細胞種を問わず、凝集すると思う。
二羽と些細は、酸処理していない「ＥＳとＴＳは、接着しない（分離する）」と言っているだけであり、
酸処理した後に「ＥＳとＴＳが凝集するか」については、何も語っていない。
ある意味、巧妙な、言葉のトリックである。なので、それを真に受けて、議論をミスリードしないで欲しい。
２羽と些細は、捏造の容疑者であり、彼らには、真相を隠そうとする動機があるのだ。
589：Yasu：2014/06/11(水) 16:47:34: >>586
批判するなら匿名ではなくて実名を出して論文として発表しろ、
って言っている人が複数いた気がするので、ちょうどいいんじゃない？

御意です。
これで決着が付くと思います。
可能性は、小保方さんの撃沈かな？
残念ですが、言い逃れは出来ませんね。

ただし、（あくまで可能性の話ですが）遠藤さんらの批判に間違いが有った場合も、
結構な結果になります。
590：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 16:51:01: >>575
STAPの捏造ほぼ確定。生まれてないのはダメでしょ。
もう検証実験は実況見分程度の意味合いしかなくなったと思うな。

ほぼトリソミーが見られたというから、トリソミーの発生してた
ES細胞を使いまわしたということになるかな？
591：名無しさん：2014/06/11(水) 16:58:33: 不可解なのは、こんなすぐにわかる捏造をやるかな？
誰かにはめられた？
592：Yasu：2014/06/11(水) 17:16:52: >>591
捏造というより、あどけないミスと言うべきでしょうね。
（指摘が正しければ）

いずれにしても、学問研究として体を成していません。
593：名無しさん：2014/06/11(水) 17:19:51: 博論やらコピペやらから考えても彼女がやったとしか考えられないんだよなあ。
キメラとテラトーマはどう思います? 今更ながら解析必要か不要か。
594：名無しさん：2014/06/11(水) 17:34:18: 辞任要求。まあ妥当やろな。
www.sponichi.co.jp/society/news/2014/06/10/kiji/K20140610008342650.html

関係ないけど、どの辺で懐疑的になった? 自分は2月半ばにノフラー氏の5つの疑問見たとき。進化は些細な刺激による初期化を排除してきたはず(で合ってたか?)というので懐疑的になった。でコピペやらTCR再構成なしやらで確信に変わった。
595：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 17:35:29: >>583
>>しかし、ＳＴＡＰ幹細胞の場合は、「ＴＣＲ再構成のある細胞の存在確率」は、無関係。
>>細胞塊の中に、一個でもＴＣＲ再構成のある細胞が含まれていれば、ＰＣＲにかけた段階で、ＴＣＲにかかわる塩基配列は量産されていてるのだから、電気泳動をかけた際に、１００％、バンドとして、目で見て確認できます。（ＴＣＲ再構成が検出される）

PCRの検出限界を考えてちょうだい。
1個でも細胞が存在しさえすれば、100%必ず見えるって方法じゃないよ。
596：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 18:16:47: >>594
野依氏も辞任したほうがいいと思うけどね。
部下の責任はトップの責任だし。

俺はkahoの日記を読んでから懐疑的になった。
論文の稚拙なミス、改ざんを知って確信になった。
597：名無しさん：2014/06/11(水) 18:34:34: こんな稚拙な嘘、普通つくかしら？
ちょっと怖いものがありますが、実は小保方氏は本当と信じていたのかも知れない。いずれにせよ、こんなレベルだと、それ以外の人は騙されたということにならざるを得ないですね。
598： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 18:50:04: >>578
＞で、ＴＣＲ再構成があるかどうかを検出するには、ＰＣＲで目的の塩基配列だけを切り出し、その量を増やした後、
＞電気泳動でバンドを見るわけでしょ。

自分で書いた文章ですが、この記述が、間違ってましたね。
ＰＣＲは、目的とする領域（今回の場合はＴＣＲ遺伝子群）の塩基配列を量産する技術。（百万倍とか、そういうスケールで量産できる）
で、量産した後に、制限酵素を使って、遺伝子（塩基配列）を切断し、様々な長さの塩基配列に断片化する。
で、そのあとで、電気泳動にかける。断片化された塩基配列の長さ毎に、さまざまな位置に、バンドが出現する。
それによって、ＴＣＲ再構成があるかないかを、確認できる。

少しは、説明として、良くなったでしょうか？

ＰＣＲは、目的の塩基配列を、百万倍スケールで増産できる技術なので、原理的には、
１個でもＴＣＲ再構成のある細胞が含まれていれば、ＴＣＲ再構成が検出されても、不思議でないはず。
ただ、ＰＣＲでは、１本鎖ＤＮＡにする際、９５℃近い熱処理などを１分間近くしますので、
ひょっとすると、ここで、いくつかのＤＮＡは破壊されるのかもしれません。
「１個でもＴＣＲ再構成のある細胞が含まれていれば、１００％、ＴＣＲ再構成が検出される」
と述べたのは、確かにさすがに、言い過ぎだったと思います。
しかし、ＰＣＲという技術は、かなり「感度の高い検出」を可能にする技術であることは、
間違いないと思いますよ。
599：Yasu：2014/06/11(水) 20:04:06: >>592
ミスしました。
生きたマウスを使えた筈が無い、
という事は、（シャーレの上で？）培養した細胞を使った
事になりますね。
いくらなんでも、ミスで片付く話しじゃありません。

これは擁護という意味ではなく、
どうしても信じがたい。
恐らくES細胞の培養体をどこかから失敬して、実験を行い、
自分はSTAP細胞を見た、と言って涙を流す？
検証実験に（電話を通して？）アドバイスを送る？
そんな人間、居ますかね？
600：名無しさん：2014/06/11(水) 20:26:16: へたれたので廃棄予定のESをちょろまかしたか。
601： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 21:03:34: 人文さんから、応答がないね。またスルーされそうなので、もっと詳しく書くか。

ＰＣＲは、目的とする領域（今回は、ＴＣＲ遺伝子群）の塩基配列だけを、約百万倍に増幅する技術。
なので、仮に、１００個の細胞のうち、ＴＣＲ再構成のある細胞が１個だけだったとしても、
その１００個の細胞を、検体（サンプル）として、ＰＣＲにかけると、

目的とする領域（今回は、ＴＣＲ遺伝子群）の塩基配列は、１個×１００万倍＝１００万個になり、
その他の領域の塩基配列は、１００個×１倍＝１００個のまま。

なんとその差は、１万倍。完全に立場が、逆転するわけです。
もしここで、無作為に一つ塩基配列を抽出すると、その塩基配列が、
目的とする領域（今回は、ＴＣＲ遺伝子群）の塩基配列である確率は、９９．９９％ですね。

次に、その塩基配列（集合体）を、制限酵素を使って、さまざまな長さの塩基配列に断片化します。
そうすることで、電気泳動にかけた際、断片化された塩基配列の長さ毎に、バンドを検出できます。
ただし、ここでのポイントは、断片化された塩基配列の「量」です。
量が少なければ、バンドは薄く見えます。極端に量が少なければ、バンドは見えません。
ＴＣＲ再構成のある細胞が１個でも含まれていれば、ＰＣＲを通すことで、ＴＣＲ遺伝子群の塩基配列の量は
約１００万倍に増えていますので、量としては十分でしょう。
なので、くっきりと、バンドを確認することができるのです。

ポスドクさんは、素人なめてるのかな？たぶん、小学生でも理解できるよ。
改めて言います。
ＣＤ４５＋細胞塊に１～４％しかＴＣＲ再構成のある細胞が含まれないことを理由にして、
ＳＴＡＰ幹細胞では、ＴＣＲ再構成がほとんど検出されなくなると結論付けた「丹羽氏の論理構成」は、
２００％、間違っています。
602：Yasu：2014/06/11(水) 21:24:03: >>601
指摘されている様に、ES細胞とTS細胞の混合物をSTAP細胞と偽っていたのなら、
TCR再配列はバリバリ検出されても良かったのではないでしょうかね？
603：名無しさん：2014/06/11(水) 21:31:36: >>601
献血血液のエイズ検査は昔は50検体を混ぜてPCRやってたんだけど、すり抜けが多発するから今は10検体になったんだよね。
604：名無しさん：2014/06/11(水) 21:47:47: >>601
もはやこういう議論も意味をなさない段階かとは思うが、
人文氏の疑問は、既存の20株に再構成が見られないのは確率的におかしくはないのでないかというものだと思う。
株である以上細胞としては20通りしかない。そこでT由来だけでない(全CD45から)として1-4%を当てはめ計算すると、20株中に一つも確認されない確率xは
0.99^20≧x≧0.96^20となる。
最小でも40%程度となり、無視できる値ではない。
全てT由来とした場合は0.9^20≧x≧0.8^20となる。この場合は最大が10%であるから、無視できる値とまで言えないが可能性としては小さい。
605： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 21:52:48: >>602
そうだと思います。

>>603
現場の生の声、ありがとうございます。
私は専門家ではなく、私の全コメントは、完全に、エア思考実験です。
つまり、理論だけでやってます。
なので、「すり抜け」の意味が、私にはよく理解できないのですが、、、
やはり実際の現場では、理論通りに行かないことが、たくさん起こるのでしょうね。
生命現象は、そもそもが、複雑系ですからね、、、
606：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 21:54:33: 皆様こんばんは。出先からですが掲示板見ておりました。どうやら最悪の結果になりつつあるでしょうか。大変衝撃的な内容です。kahoさんの確信が公になったということでしょうか。ひとまず皆様お疲れ様でした。
607：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 21:56:22: >>601

>>580があるので、そもそもPCRにかけても意味がない可能性があるってこと。
丹羽氏のP12のスライドはそう言う意味です。
608：名無しさん：2014/06/11(水) 22:04:02: あらーそうですかー。
残念です。
stap細胞あると思ってたんですが。
皆さん、ある、ある、言ってごめんね。
理研の皆さんもごめんね。
609： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 22:21:10: >>604
はっきり言って、詭弁ですね。
まず、前半部分。
０．９９と０．９６というのは、各株から、細胞を一個だけ選択したときに、
その細胞が、「ＴＣＲ再構成のない細胞」である確率。
だけど、各株から、なんで一個しか細胞を取らないの？
詭弁でしょ？
各株の、選んでこなかった細胞の中に、ＴＣＲ再構成がある細胞があった場合はどうするの？
それに、ＴＣＲ再構成の検出は、ＰＣＲ＋電気泳動でやるんだよ。
ＳＴＡＰ細胞でのＴＣＲ再構成の確認も、ＰＣＲ＋電気泳動で、やったんだよ。
なんでＳＴＡＰ幹細胞だけ、細胞塊からたった一個の細胞を取り出して、それを検査しようとするの？
同じ条件で、比較して欲しいよね。そうじゃなければ、フェアーじゃない。
あなたの方法なら、ＳＴＡＰ細胞でも、滅多にＴＣＲ再構成は、検出されないよ。

後半部分は、０．９と０．８という数字が、どこから出てきたのか、さっぱりですね。
610： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 22:28:40: >>607
やっぱり丹羽氏も、ＳＴＡＰ→ＳＴＡＰ幹細胞へのコンバージョン過程において、
ＴＣＲ再構成を消失させる何らかのメカニズムが働いている可能性がある、
そういう意味で、この文章、書いたのですかね。それなら納得です。
none contained the rearranged TCR allele, suggesting the possibility of negative cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin) for STAP cells to give rise to STAP stem cells in the conversion process.

もう、きりがないので、この議論は、やめときますね。
情報ありがとう。
611：名無しさん：2014/06/11(水) 22:38:40: >>609氏は株の意味を理解していない模様
612： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 22:54:23: >>611
ああ、なるほど。
最初はいろいろな種類の細胞が混ざったＳＴＡＰ細胞塊でも、
継代培養を重ねるうちに、細胞を選別してるということね。。。。。
それで、いつの間にか、現存する２０株すべてが、ＴＣＲ再構成のない細胞塊に、変わってしまうと。。。
いや、これは失礼した。>>609 は、間違えとさせてください。

★そうか、継代培養を重ねるうちに、ＴＣＲ再構成のある細胞の存在確率が、効いてくる訳か。
いや、ありがとう。確かに、そうだ。

しかし、３月５日の、あれはおかしい。
まだ、継代培養する前の段階であり、出来立てのＳＴＡＰ幹細胞だからだ。
しかし、それについては、新生児のマウスを使わなかったから、８株全部、再構成がなかったと、
そういう事に、丹羽氏は、したんだよな。。。
613：名無しさん：2014/06/11(水) 22:56:54: >>612氏は、幹細胞の意味を理解できていない模様。
614：Yasu：2014/06/11(水) 23:05:12: だからね、
ES、TS細胞を使って、STAP細胞を作成した振り（捏造）をしていたら、
もっとクリヤーな結果が出ていて然るべきですよ。
データ、写真も文句無しの物が撮れるはずだから、
博士論文なんて足の付きやすい物からの流用なんてする必要も無い。

遠藤さんらの指摘が事実なら、小保方氏は完全にアウトだが、
それでも謎だらけの行動をとっている。
615： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 23:07:51: >>613
あのさ、下書きなしで書いてるから、書き間違いもあるんだよね。
そんな意地悪しないで、もっと具体的に、指摘してくださいよ。

６１２の
＞最初はいろいろな種類の細胞が混ざったＳＴＡＰ細胞塊でも、
＞継代培養を重ねるうちに、細胞を選別してるということね。。。。。
ＳＴＡＰ細胞塊を、ＳＡＴＰ幹細胞塊に修正すれば、いいのですか？
ただの書き間違いなのですが・・・
616：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 23:20:36: >>614

小保方氏がなんちゃって博士号のど素人研究者だからでしょ。
自分が何をやっているのかすら理解できていなかったってことだよ。
自分の扱っていた細胞がES細胞であった事すら理解できていなかったかもしれんね。
もはや科学者ではないね。
617：名無しさん：2014/06/11(水) 23:49:55: ２月にあわてて登録したから間違えたのかな？
618：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 23:52:33: >>615

それも解らずに喧嘩売ったのか・・・

幹細胞は、全く同じ細胞に分裂する自己複製するか、別の細胞に分化するかのどちらか。
分化したら幹細胞では無くなるので、T細胞由来の幹細胞があれば、T細胞の系譜を維持したまま自己複製しているはず。
原則的には、TCR再構成のない幹細胞からは、TCR再構成のない幹細胞しか複製されない（分化過程で排除したDNA断片の復活が証明されれば別だが）。
だからSTAP幹細胞にTCR再構成があれば、それは分化した細胞であるT細胞から初期化して多能性を得た証拠となり得ると考えているって事。

で、新プロトコルでは、STAP細胞がACTH培地で増殖能を得る際に、負の選択が起こったとすれば、T細胞由来のSTAP細胞は死滅してしまっていた可能性があるって事を言っている。
つまり、論文や新プロトコルで示しているSTAP幹細胞の作製方法では、STAP細胞にTCR再構成があったとしても、負の選択でSTAP幹細胞にTCR再構成が引き継がれていない可能性があると言う指摘。
だから、TCR再構成が無くてもSTAP幹細胞は初期化で得られている可能性が残っていると言う主張だよ。

今となっては、解説するのもむなしいが・・・・。
619：名無しさん：2014/06/12(木) 02:29:52: >>388
＞＞少なくとも追試して失敗と報告した全ての研究所がグルということになる。
追試なんてそんなに早く成功するわけがないので、仲間にする必要はありません。
追試が成功する前に捏造のレッテルを貼ってしまえばいいのです。

＞＞偽の細胞を理研ですり替え、あまつさえ登録データの改竄すら行わなくてはいけない。
偽の細胞すり替えるからこそ、つじつまあわせのため登録データを改竄する必要があったわけです。

＞＞ネガキャンとか既得権益がどうのであれば、ES細胞に対してiPSはどうなりましたか? これだけで十分。
誰が謀略を図ったかは憶測としても、NGSデーターが何者かによって「捏造」（コピペ）されたという
告発が事実であれば、小保方氏の疑惑は冤罪の可能性が出てきます。その一点が重要と考えます。
620：名無しさん：2014/06/12(木) 02:56:13: >>609
虚しいというのは重々承知しているが、後半の0.9と0.8について。
丹羽氏によればT細胞(他は含まない)が再構成を起こしている確率は10-20%。つまるところ純粋なT由来としたとき、再構成が株に一つも見られない確率についての話。
(1-0.1)^20≧x≧(1-0.2)^20
これなら納得かな?
621：名無しさん：2014/06/12(木) 03:45:10: ttp://diamond.jp/articles/-/52870

この記事の内容に同意することが多い。問題点がよくまとまっている。
622：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/12(木) 06:20:38: >>570 >>572 >>574 >>578 >>580 >>583 >>584 >>595 >>598 >>601 >>603-605 >>607 >>609-613 >>615 >>618 >>620

皆様私の素朴な疑問（>>506 >>510 >>563）について詳しく検証下さいまして、誠にありがとうございます。
私自身「細胞株」の作成方法についてよく分かっていない部分がありましたが、以下のサイトの解説が大変わかりやすかったです。
ttp://cellbank.nibio.go.jp/legacy/visitercenter/whatsculture/cellculture01.html

丹羽氏の検証計画についての説明が一応は正しいと仮定して、幹細胞にTCR再構成が認められる確率はどの程度だろうか、というのが疑問でしたが、この疑問についてはずいぶんクリアーに理解できるようになりました。ありがとうございます。

しかし、>>569さん、>>573工学修士さんご報告の内容が事実なら、今までの私たちの検証も虚しかったと言うことになるでしょうか。
日本の先端研究として極めて深刻な問題であり、とても残念です・・・。
623：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/12(木) 06:29:43: >>622
これは『文藝春秋』6月号で、中山先生が示された見解に加筆された内容ですね。

私も文春の記事を読んで「科学界の持つ構造的問題」との指摘に衝撃を受けた一人です。そして、今回の事件は小保方氏一人だけの問題ではなく、科学コミュニティー全体の問題として、研究倫理の観点から現状を大きく見直さなければならないと、思っているところです。
624：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/12(木) 06:38:31: すみません>>623のリンクは
×>>622
○>>621
です。最近リンクミスが多いです、すみません・・・。
625： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/12(木) 08:52:12: >>620
納得しました。ご親切に、ありがとうございます。

>>622
昨日一日、いろいろ勉強させて頂いた結果、今現時点での自分の結論としては、以下のようになりました。
ＳＴＡＰ幹細胞の凝集塊は、継代を重ねることで、最終的に、変な表現になりますが、純血化していきます。

継代という操作は、シャーレなどの容器内で、凝集した細胞塊の一部を取り出して「まぶす作業」です。
そして、そのまぶされた細胞は、それぞれ独自に増殖して、容器内のいたるところで、再び、凝集塊（コロニー）を作ります。
そして、そのコロニー（凝集塊）内の細胞は、どれを選んでも、たった一つの細胞が増殖してできたものだから、「純血」なんですね。
つまり、一つのコロニー（凝集塊）内の細胞は、１００％ＴＣＲ再構成があるか、１００％ＴＣＲ再構成がないか、
その、どちらかになってしまう。
そして、次の継代では、容器内にたくさんある凝集塊のうちの、どれか一つだけを選んで、再び、別の容器内でまぶす訳です。
つまり、継代を重ねる毎に、確実に、（変な表現になりますが）純血化していく、という事だと思います。

一部、貴殿に対し、無礼な発言をしたことを、お詫びいたします。

小保方さん 応援パートⅢ