小保方さん　応援パートⅢ

1：まっちゃん：2014/06/05(木) 13:00:55: 　ttp://jbbs.shitaraba.net/study/12333/
という掲示板がありましたが、スパムが寄せるので、休止しました。
　（ ※　個人への中傷というスパムが寄せてきて、削除依頼が来たが、
　　　　私はいちいちスパムを管理する手間は掛けられないので・・・と管理人さんからの伝言です。
このコーナーは、まじめな討論の場です。個人中傷は禁止です。何故閉鎖されたのか解らないのですが常識的な言動でお願いします。
まっちゃんの意見
　擁護派でして、石井委員長の調査が杜撰であり本人が納得するまで調査するべきだったと考えています。しかも小保方一人が不正、捏造したと　
　発表したものですから刑事犯の犯罪者と思ったのです。論文の一部に強引なミスがあっても主要部分がよければいいのではないか。
　またまた、おかしな報道がでています。ESと STAP細胞は混ざらないと言うのに遺伝子が二種類出てきた。
　それよりか応援したいのにかなり不利です。記者会見で見た小保方さんは真面目そうな、嘘を言ってる感じがしなかった。
　まっちゃんの「見る目がなかったのかなぁ」と。
237：226：2014/06/07(土) 18:19:33: >>233

少々婉曲的に書き過ぎたかもしれません。
攻撃的にならないよう、あえて省略した文脈があって、

擁護派の方の書き込みには願望のバイアスがかかったものが多いけれど、226の引用部分に関しては、人文系ポスドクさんは擁護派であったにもかかわらず、きわめて合理的な結論を導いておられるといいたかったということです。

バイアスがかかっていれば無理筋の「若山犯人説」にもっていきたくなるのが普通ですから。
238：名無しさん：2014/06/07(土) 19:07:33: >>234
トリプルアクセルできるのが浅田真央だけでも問題ないように、研究捏造かどうかだけならOct4陽性細胞を作れるのが、小保方だけでも問題ないだよね。
応用面で、問題出てくるけれど。
239： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/07(土) 19:09:25: >>7 >>87
ESとTSを混ぜた後、酸に３０分間つけたのですか？
それとも、酸に３０分間つけたあとに、ESとTSを混ぜたの？

なんで答えてくれないのだろう？隠して困るような事なんですかね？
240： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/07(土) 19:10:43: >>7 >>87
ESとTSを混ぜた後、酸に３０分間つけたのですか？
それとも、酸に３０分間つけたあとに、ESとTSを混ぜたの？

なんで答えてくれないのだろう？隠さないと困るような事なんですかね？
241：名無しさん：2014/06/07(土) 20:24:30: Oct-4陽性細胞も、なんらかの指標で酸から引き揚げるタイミングがわかれば良いんだけどな。
242：名無しさん：2014/06/07(土) 20:27:54: 現状では、ほとんど天麩羅職人の技でしかない。
あるいは刀鍛冶。
確かに生きたOct-4陽性細胞が得られるのであれば、小保方氏にしかやれない仕事でも問題ない。
彼女を人間国宝に指定してスタップ伝導師にすればいい。
243：Yasu：2014/06/07(土) 20:38:09: >>242
いや。
誰もやっていない方法を、試行錯誤して見つけた、
真の科学者だ。

○○大学の方が上だの、教科書に書いてある程度の理屈を、
諳んじて調子に乗っている、エセ秀才とは器が違う。
244：名無しさん：2014/06/07(土) 21:57:47: テラトーマまで再現できて、キメラと幹細胞に失敗した場合が問題ですな。
その場合、細胞の摩り替え疑惑が現実味を帯びるわけだが、テラトーマまでできたのに細胞を摩り替える動機は小保方にもない。
もちろん若山にも。
真相は？
245：Yasu：2014/06/07(土) 22:26:24: >>244
不正、捏造は無かった。
論文を書くリテラシーと、注意力が欠けていた。

証拠は無いが、こう考える事が、最もスッキリする。
だから、暖かく見守れば良いのだと思う。
246：名無しさん：2014/06/07(土) 22:26:48: 再現よりも現存のキメラテラトーマの解析をすべき。これだけで全て明らかになる。
SCに関しては捏造が確定的。まあ中立or擁護的に言えばまだ生データが開示されていないと言えなくもないが。
他人が同じ手法で再現できないならば価値はない。これを軽視し過ぎだろうな。
247：名無しさん：2014/06/07(土) 22:37:12: 果たして論理破綻、事実誤認が酷すぎる方を相手にすべきなのだろうか。擬似科学か宗教の類の言論にまともに答えて意味はあるのだろうか。
皆様も再度考えた方が宜しいかもしれぬ。
248：名無しさん：2014/06/07(土) 22:40:02: >>246
現物を捏造の余地なく再現できるなら問題ないのでは？
249：名無しさん：2014/06/07(土) 22:45:19: キメラは若山特有の技術かもしれないが、幹細胞は一般的な技術だから、Oct4陽性細胞までできたなら、丹羽が作れるか作れないかで、細胞を摩り替えたか否かがわかりそう。>>244
キメラは職人的だから、若山にしかできない、と言われても正直違和感ないが、幹細胞が作れないなら細胞摩り替えは確実だね。
細胞を摩り替えているなら、誰が？
なんですが、現状では若山が濃厚だよね。
250：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/07(土) 22:57:30: >>249

動機が解らんのだけどね。
251：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/07(土) 23:18:54: 以前から、言われていることだけど。
すり替え説よりも酸処理が単に未分化の幹細胞のセレクションになっていただけだったと言うのが最も無難でしょう。
STAP幹細胞にはTCR再構成が無かったわけだし、成人のマウスよりも若いマウスが良いと言う事とも辻褄があう。

SCについては、STAP細胞作製のための細胞数が足りずに、色んなマウスのを寄せ集めちゃったと言うことではないかな。
小保方氏はSTAP幹細胞からキメラさえ出来れば良いと考えていて、細胞を寄せ集めしちゃいけないと思わなかったと言うオチ。
252：名無しさん：2014/06/07(土) 23:43:00: >>251
幹細胞にTCR再構成がなんで必要なの？
253： ◆tnbpWnvo5w：2014/06/07(土) 23:46:50: >>252
必要ないはずだけどな？
254：名無しさん：2014/06/08(日) 01:13:56: >>248
まあ仮にできたとしても、過去に少なくともSCに関して捏造やったことは揺るがないので問題ないわけはない。

細胞が足りなかっただけなら株の解析を依頼した以上、全ておかしいではなく正しい例外が出てくる。ほとんどとか大半という表現になる。そうでない以上それは成り立たない。
255：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/08(日) 02:31:59: >>251
>>252

どういう意味で必要無いという話？
純粋に研究としてと言うことなら、TCR再構成は必要としないだろう。
それだとストレスが異なるだけで、原理はMuse細胞と変わらなくなるので、新しくない。
ザックリ言えば、ヒト細胞がマウス細胞になっただけに近くなり、話題性は低くなるね。

論文の主旨は、分化した後の細胞から未分化細胞の様な多能性を得たのがSTAP細胞で、そのSTAP細胞から多能性を維持したまま増殖能があるSTAP幹細胞を作製したと言う主張だったはず。
TCR再構成がないなら、STAP細胞からSTAP幹細胞は出来ていない可能性もあり得るし、初期化されたのではなく、選別されただけと言う可能性があるので、本来はTCR再構成は必須だった。
未分化細胞がストレスで選別されただけなら、Muse細胞と同じレベルの話。

再生医療に用いる場合は、分化した細胞から多能性を得た事が重要視されたので、TCR再構成がある事は必須だった。
もし、STAP幹細胞がTCR再構成していなくて、未分化細胞のセレクションだとしたら、成人の体に残っているかどうかすら解らない未分化幹細胞を酸処理でセレクションするなんて事を簡単に行う事は不可能だと言うことになる。
STAP幹細胞が分化した細胞から多能性を獲得したと言う触れ込みだったから、ES細胞の様に卵子を使ったり、iPS細胞の様に遺伝子導入しなくても、成人の分化した細胞から初期化した細胞が作製できて、成人でも自分の細胞からSTAP幹細胞を作製すれば、拒絶反応なしに様々な臓器を再生できると言う事で世紀の大発見と言われたはず。
まあ、論文は撤回されたからこれはどうでもいい話かもしれないが・・・。

但し、単なるセレクションなら、現在のマウスと同様に、実質、赤ん坊の細胞からしかSTAP幹細胞がセレクション出来ないだろう。
研究が進んだとしても、細胞を提供する事に対して、自分の意思を示す事ができない胎児や赤ん坊からしかSTAP幹細胞を作製する事が出来ないなら、そこに抵抗を感じる人も出てくるだろう。
ES細胞以上にヒトでの研究は倫理問題が出てきて難航する可能性も否定出来ない。
実際、Muse細胞はヒト細胞なので、倫理的な観点からキメラの作製はしないと東北大のグループは述べていたと思う。

TCR再構成が無くても、成人の細胞を酸処理してSTAP幹細胞ができるなら、それはそれで価値がある。
そもそものバカンティーが15年前から主張してきたのは、当初は、成人にも休眠した未分化細胞が存在していて、それが何らかの刺激で休眠から目覚めると言う主張だったと思ったが（記憶が確かなら）。
でもこれはMuse細胞で先に達成されてしまったので、同じ話になってしまうから、バカンティーは趣旨を変えたかったではないかと推測している（あくまで推測）。
256：名無しさん：2014/06/08(日) 04:56:56: >>255
？
TCR再構成がないといけないの？
257：名無しさん：2014/06/08(日) 05:21:48: >>254
系統が違うという意味？
258：名無しさん：2014/06/08(日) 05:51:02: >>257
いや株が違う（雑種）から、SCは少なくとも購入したESでもTSでもなく、若山氏が小保方氏に渡したマウスが異なる系統のマウス同士の交配でできたものか、あるいは渡されたマウスから１週齢の仔マウスを得るために交配させた際に違う系統のマウスを使ったか。
前者ならば若山研究室のマウス管理の問題。後者ならば交配を誰が行ったのか？それが問題。
株の段階で違うとなると若山研究室のマウスが純系でなく、何度か継代させた際に違う系統のマウスが入り込んだのでは？
若山氏なのか若山氏の指示でマウスを管理していた人が杜撰なのか？少なくとも純系同士の１世代目ではないから、小保方氏も何かやった可能性はあるけれど、渡されたマウスがすでに純系でなかったことは確実だね。
若山研究室のミスが若山氏の解析で判明したことになりますね。
たぶん若山氏自身は、自分の管理していたマウスは純系だと信じていた（いる）のですが、実際は雑種だったので飼育担当を問い詰めたら何かわかりそう。
259：名無しさん：2014/06/08(日) 05:53:21: 全てのSCで異常だったということは、若山研究室のマウスの管理が杜撰だったことを示唆しますね。
260：名無しさん：2014/06/08(日) 08:14:11: やっぱり若山か、、、。
261：名無しさん：2014/06/08(日) 09:01:39: 何で若山に持っていきたがるのかなあ。
若山研の問題なら若山研の他の論文もアウトということになる。そういう報告あんの？
渡されたのが何であれおぼさんがすり替えたら、一世代目でないからどうだとかいう議論は意味をなさない。
262：Yasu：2014/06/08(日) 09:58:29: 実験結果を待っている段階では、
全ての議論は意味をなさない。

博士学位を有する者が、論文の書き方のイロハを知らなかった、
という点は、大学教育システム全体の問題として、論じる必要は
あるかな？
ボクはどうでも良いと、思っているが。
263：名無しさん：2014/06/08(日) 10:06:51: >何で若山に持っていきたがるのかなあ。

もはや信仰（小保方教）のレベル。
こういう段階にきてしまったのに、まだ無理にでも小保方氏を擁護したいわけだから、合理的に物事を考えることなど出来るわけがない。不自然でも何でも複雑にものを考えようとすると、若山氏にもっていくほか仕方がない。
264：名無しさん：2014/06/08(日) 10:08:31: >>261
試料を調べてみたら同じ結果がでるんじゃないかな？
幹細胞に限らず、各種標本が残っていればだけど。
通常は疑惑が生じない限り、標本を調べるようなことはしないから、若山氏も青天の辟易だったのではないかな。
その意味では若山氏もステムセルについてはシロだと思います。
自身の研究室で使っているマウスの飼育実態を知っていれば、STAP幹細胞のシーケンスなんてしないでしょうからね。
飼育担当者や飼育記録を精査する必要もあるのではないか？
これに関して参議院議員が質問趣意書を出しているから、毎日新聞の誤報かスクープか近いうちにわかるけれど。
265：名無しさん：2014/06/08(日) 10:10:23: 犯行を行える位置にいたからでは？この場合、動機は関係ないというのは刑事捜査の常識だと思いまっせ？
266： ◆tnbpWnvo5w：2014/06/08(日) 10:43:20: >>263
キメラやテラトーマから複数の系統のマウスが検出されたというのなら、小保方が混ぜた可能性が濃厚だけど、ステムセルの株
単一細胞群から複数の系統のマウスが検出されたということは、交配時に間違えたのではなく、交配させたマウスがすでに純系でないことを示しているから、そうなると小保方が自宅や自室で理研に無断でマウスを交配していたか、あるいは若山研のマウスが純系でなかった可能性が大。
小保方がESやTSを摩り替える動機はあるので、それならステムセルからはESやTSのもとになるマウスの系統のみが検出されるはず。
複数検出されたということは完全に若山研のマウス管理の問題だと思いますけれどどう？
しかも全て純系でないとなればなおさら。
細胞摩り替えたのなら、論文記載のマウスでないにしても、単一系統にならないとおかしい話。
267： ◆tnbpWnvo5w：2014/06/08(日) 10:49:49: 小保方が自宅でマウスを交配させていたとしたら何のために？という疑問がでるね。
研究費足りなくて、脾臓用のマウスが大量に必要だったとしても、200回分となると、1000匹くらい必要だよね？
どんだけ広いマンションに住んでいるかわからんが、常時100匹くらい飼っていないと無理なんでは？
脾臓が足りなくて、手近なマウスを流用していたのなら、Oct4陽性細胞群は、異なるマウス由来の細胞の集まりだから、それから作ったテラトーマやキメラマウスから複数の系統が検出されてもおかしくはないが、幹細胞となると、単一細胞群だから、元になったマウスがそもそも純系でないはずだよね？
268： ◆tnbpWnvo5w：2014/06/08(日) 10:53:15: 自分で樹立したESやTSならともかく、買ってきたESやTSなら系統は既知だから、それとピッタリ一致するなら摩り替え説が正しい可能性が高くなるけれど、さまざまな系統が混じりあっている個体から調製されたことを示唆しているのなら、マウス本体の管理者の責任だと思います。
269：Yasu：2014/06/08(日) 11:00:02: >>268
マウス本体の管理者、
とはどういった仕事をしている人なのですか？

ボクは生物学の実験室の事情を知りません。
（同レベルの人は多いと思います）
270：名無しさん：2014/06/08(日) 12:14:06: 雑種のESも確立されているようですが。以下は3/26付近で既に出た話。
blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/93b8d64af911a3c49dfbefb89d630bac
2chでは↓の意見があった。
>>そもそもB6の雑種由来のマウスES細胞はかなりマイナーなのですが、理研は複数のB6雑種由来のES細胞株を樹立または保持しています。
（www2.brc.riken.jp/lab/cell/s5_list.cgi ?key=e）(投稿者による注:リンク切れか行くことはできなかった)
>>ところが、B6と129の雑種は特に数が少なく、血球細胞から核移植で樹立した非常に特殊な細胞株があるのみです。

とりあえずすり替えた細胞が純系である必要はない。故に雑種だから何だというのは意味をなさない。
271： ◆tnbpWnvo5w：2014/06/08(日) 12:35:49: そうなると、摩り替え説を考えるなら、理研にあるES細胞と幹細胞の遺伝子データを比較すれば、確定しますね。
あるいは飼育実態が明らかになれな、雑種ESを摩り替えたのか、それとも元々交雑されていたマウス由来なのか。
272：名無しさん：2014/06/08(日) 12:37:00: >>255
TCR再構成がなくても、T細胞由来の可能性は高いのでは？
273： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/08(日) 13:14:17: >>255
STAP細胞（Oct4やNanogなどの多能性マーカーが、ES細胞レベルで発現した細胞）
では、TCR再構成があった（T細胞由来が明らかだった）のに、
それをSTAP幹細胞にすると、TCR再構成がなくなるということは、
以下の事を意味する。

１．ES細胞などの、もともと多能性があった細胞が、混入してしまった。（細胞塊に含まれていた）
２．幹細胞化する際に、未知のメカニズムが発動し、TCR再構成が消失した。

１か２のどちらかなんですが、どちらが正解かはわかりません。
だとすると、ネイチャー論文は、いったい何だったのか、何を主張するものだったのか？
ということになります。T細胞が多能性を獲得した、証明にはなっていないのです。

２であることが証明できれば、もちろん論文は正当化されます。
しかし、ネイチャー論文は、そのTCR再構成が消失するメカニズムを解明したものではないですし、
TCR再構成がSTAP幹細胞に見られないことは、3月５日になって、
後だしジャンケンで、丹羽氏のプロトコルと同時に、こっそりと明らかになったのです。
それまでは、STAP細胞にTCR再構成があるということは、
STAP幹細胞にも、キメラにも、当然あるだろう。。。そういう前提で、みな動いていたのです。
（そういう前提で、論文の構成も仕上がっていた訳です）
だから、あえて、論文内では、STAP幹細胞やキメラやテラトーマに、
TCR再構成があることは、調べられていなかったのです。あって当然だから、調べないという訳です。
274： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/08(日) 13:28:28: ２７３は、

>>252 >>256　へのレスでした。

リンク間違えました。
275：名無しさん：2014/06/08(日) 13:32:02: >>273
T細胞の全てがTCR再構成をしているわけではないよ？
276：名無しさん：2014/06/08(日) 13:38:04: ttp://www3.riken.jp/stap/j/b9document1.pdf
がわかりやすい？
九頁以降
277： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/08(日) 13:40:02: >>273　のつづき

２の、TCR再構成が消失する未知のメカニズムを解明し、証明できれば、
１の可能性を排除してもよいこととなり、論文は正当化されるでしょう。

しかし、そのメカニズムの解明は、一筋縄ではいかないことは、明らかです。
それよりむしろ、現時点では、１の可能性を疑わせる証拠が、いろいろと出てきているのです。
しかも、一つや二つの疑念ではなく、数多くの疑念が生じているため、
単なるミスによる混入ではなく、意図的な混入ではないかと、
疑わざるを得ないような状況にある訳です。

人は、そんなにたくさん、連続してミスをするのか？ということです。
凹さんは、認知症なんでしょうか？
278： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/08(日) 14:00:29: >>276
いや、こんな資料があったんですね。勉強になります。ありがとうございます。

ということは、２７３を修正すると、次のようになるのかな？
２番を修正。

２．STAP細胞→STAP幹細胞への変換時に、TCR再構成が消失することもあれば、
TCR再構成が消失しないこともある。
TCR再構成の消失は、特殊なメカニズムが働くことによるものではなく、
もともとT細胞にTCR再構成がある確率が、１０－２０％しかないために起こる。

なるほど、勉強になりました。
279：名無しさん：2014/06/08(日) 14:14:05: 擁護するものではないが、STAPはT細胞由来でなくともよいのでは(論文的には問題だが)という意見があったのは明記しておく。但し、少なくともCD45+由来でなくてはいけない。その点についてCD45+由来ではないとしたkaho氏の解析結果がある。
280：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/08(日) 14:30:30: 相変わらずスレの進行が迅いですね。

>>216 Baggioさん

これまで3スレに渡って議論の摺り合わせを行って参りましたが、今回の事件の「落としどころ」が多少は見えてきたというか、個々の細かな論点はともかく、大枠としてはある程度統一的な結論が導き出せるのではないかと思い始めています。

今回の論点を雑ぱくに整理すると、（1）研究者個人（小保方氏）の論文不正そのものをどう評価するか（2）理研をはじめ、論文不正にまつわる周囲の対応をどう評価するか、の二点であり、これについては最終的にはどちらも必要であることは明らかで、その点では論者の立場を待たないだろうと思われます。
（1）についてはなぜこのようなずさんな研究体制がまかり通ってしまったのか、真相解明をすることによって、今後の研究倫理における指針作成に役立てる必要があると思います。（2）については研究者が不正を行わず適切な研究ができるような、環境作りが必要に思います。このような自助努力が研究者コミュニティー自身の中でどれだけ行えるかが、今後の日本における科学研究の将来を占うというべきでしょうか。

理研の対応については改革委員会が幾つか是正措置を提案しているようなので、今後の推移を見守っていきたいと思います。

MSN産経ニュース
理研の全理事に交代要求へ　改革委「自浄作用が不十分」　野依氏は除く
2014.6.6 10:00
ttp://sankei.jp.msn.com/science/news/140606/scn14060610000003-n1.htm

テレ朝ニュース
STAP検証チームに小保方氏を　理研改革委員会(06/03 07:58)
ttp://news.tv-asahi.co.jp/news_society/articles/000028100.html
281： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/08(日) 14:35:26: まあでも、ＳＴＡＰ幹細胞に、１個でもＴＣＲ再構成のある細胞が含まれていたら、
ＰＣＲで検出されるはずなんだよな。

まあだから、ＴＣＲ再構成が検出される可能性が高いと思うのだ。
というか、ＳＴＡＰ幹細胞でも、ＳＴＡＰ細胞と同程度の確率で、
ＴＣＲ再構成が検出されないとおかしいことになる。

もし、何度やってもＴＣＲ再構成が検出されないのであれば、
一つ考えられるのは、
ＴＣＲ再構成のあるＯｃｔ４陽性細胞の増殖能が、
ＴＣＲ再構成のないＯｃｔ４陽性細胞（Ｔ細胞を含む）の増殖能よりも、
劣っているということだ。

だから、増殖を繰り返すうちに、
ＴＣＲ再構成のあるＯｃｔ４陽性細胞が、淘汰されてしまう。そういうことだよな。
やはり、特殊なメカニズムが介在しなければ、
ＳＴＡＰ幹細胞にＴＣＲ再構成が見られないことを、説明することは不可能だ。
282：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/08(日) 14:57:57: >>226 >>237
コメントありがとうございます。

私が擁護派に分類されるべきか否かは置いておきますが、少なくともここのスレでは「事実がどうなのか」を見極めるために多くの討論がなされてきました。
その点で「願望のバイアス」は避けるべきでしょうが、ただどのような人も自身の先入観から免れ得ない部分がありますので、その点では常に自己の論説を再点検する必要はあると思います。

ちなみに、小保方氏を擁護せんが為に「若山氏犯人説」を主張するような論調があったとすれば、それは論外です。
283：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/08(日) 14:58:43: 現在、第三者機関が解析したSTAP幹細胞の遺伝的由来について活発な議論がなされていますが、ソースの出所は下の毎日新聞とNHKの記事になるのでしょうか。
どちらも記事の書き方が何か曖昧な感じで、記者が事柄を正確に把握しているのかちょっと疑問に思える部分もありましたので（F1というのはマウスの種類ではないと思うのですが）。
他にもソースがありましたらご教授頂ければ幸いです。

ＳＴＡＰ論文:幹細胞に不自然な遺伝子　第三者機関が解析
毎日新聞　2014年06月03日　15時20分（最終更新　06月03日　16時04分）
ttp://mainichi.jp/select/news/20140603k0000e040226000c.html

ＳＴＡＰ存在に新たな疑念
6月3日 19時23分（NHK NEWSWEB）
ttp://www3.nhk.or.jp/news/html/20140603/k10014947431000.html
284：名無しさん：2014/06/08(日) 15:07:22: TCR再構成することで、リプログラミングした際に巧く初期化せず、生存しない可能性は高いのでは？
285：Yasu：2014/06/08(日) 15:25:50: これは、「話の筋」と言う意味で書いておきます。

若山先生が、小保方さんから受け取ったSTAP細胞を使って
作成したSTAP幹細胞の遺伝子系列が、
若山先生が（実験に使用する為に）渡したマウスの遺伝子系列
と異なっていた、と報道されています。

この話に説得力を持たせる為には、
若山先生が小保方さんに渡したマウスの細胞も、同様に
保管されていて、且つ、上記の遺伝子解析と同等の解析結果
を示す必要がある、と思うが、いかがだろうか？
286： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/08(日) 17:20:15: >>284
ＳＴＡＰ幹細胞化すると、ＴＣＲ再構成が検出されずらくなる原因は、
いろいろな仮説が立てられると思います。

>>281 で私が述べた、増殖能（生存能力）の違いによって、
ＴＣＲ再構成のない細胞だけが生き残るというのも、単なる一つの仮説です。
284さんのおっしゃることも、十分に、可能性としてはあるでしょう。

結局、ＳＴＡＰ幹細胞化するとＴＣＲ再構成が消失してしまうという現象は、
裏で特殊な未知のメカニズムが働かない限り、説明がつかない現象なのです。
もし、何もメカニズムが働いていないのであれば、
ＳＴＡＰ細胞と同確率で、ＳＴＡＰ幹細胞でも、ＴＣＲ再構成が検出されないと、おかしい訳です。

で、凹の論文では、その裏で働くメカニズムについては何も解明していない訳ですから、
「体細胞が多能性を獲得したこと」の証明としては、不十分だということです。
287： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/08(日) 17:28:50: ちなみにキメラにすると、ＴＣＲ再構成が検出されずらくなることは、以下のように説明がつきます。

キメラ作成時に、胚盤胞にＳＴＡＰ細胞塊を注入しますが、
まず、そのＳＴＡＰ細胞塊は、１００個の細胞で構成されていたと仮定しましょう。
その１００個のうち、ＴＣＲ再構成のある細胞は１～４個です。（>>276 さんの資料のページ９参照）
で、その１００個の細胞のうち、キメラ個体になれるのは、５個だったしましょう。
その５個の細胞の中に、ＴＣＲ再構成がある細胞が１個でも含まれる確率は、
少し複雑な確率計算になるので省略しますが、約５％～１７．１２％となります。

ところが、ＳＴＡＰ幹細胞では、話が違ってきます。
ＰＣＲにかける場合は、細胞塊に一個でもＴＣＲ再構成のある細胞が含まれていたら、
ＴＣＲ再構成が検出されるはずだからです。
なので、１００個の細胞のうち、ＴＣＲ再構成のある細胞は１～４個であるとしても、
１個でも含まれている限り、１００％の確率で、ＴＣＲ再構成は検出されます。
それが検出されないということは、
ＴＣＲ再構成を消失させる何らかのメカニズムが、裏で機能していることを示唆しています。
288： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/08(日) 18:10:06: この丹羽氏の検証実験資料は素晴らしいな。。。
ttp://www3.riken.jp/stap/j/b9document1.pdf
１０ページを見ると、まず一番左に、ＦＡＣＳで選別したＣＤ４５＋細胞に、
どんな種類の細胞が含まれているかが示されています。
Ｂ細胞、Ｔ細胞、マクロファージ、その他（造血幹細胞など）が、含まれています。
そして、一番右をみると、成果物であるＳＴＡＰ細胞塊に、どんな種類の細胞が
含まれているか、わかるようになっています。
その構成は、ＩＮＰＵＴである、ＣＤ４５＋細胞と、まったく同じです。
Ｂ細胞、Ｔ細胞、マクロファージ、その他（造血幹細胞など）が、含まれています。

要するに、増殖能がないため、ランダムに、ただ寄せ集まってるだけと考えられます。
マクロファージが手を伸ばして、寄せ集めただけかもしれません。

ここで問題なのは、ＥＳやＴＳが混じっていた場合、どうなるかということです。
ＥＳやＴＳが増殖能を失っていたら、他の細胞と同様、やはり、ごちゃ混ぜに、
ランダムに寄せ集まる、、、推測で申し訳ないが、私にはそういうイメージしか描けない。
あるいは、他の細胞から栄養を奪い取ろうと、見境なく、他の細胞にくっついている、
そうなるんじゃないかな～？

１１ページ、１２ページになると、今度は、ＩＮＰＵＴがＳＴＡＰ細胞塊になってます。
その構成は、１０ページのＣＤ４５＋細胞と、まったく同じですよね。
もしＥＳやＴＳが混ざってたら、その細胞塊に、同じように含まれるんじゃないのかな？
増殖能を回復して、自立してコロニーを形成できるようになるまでは、
ＳＴＡＰ細胞塊の中に、身を隠して、潜んでいるのではないかと、
推測で申し訳ないけど、私はそう思います。（長文、失礼しました）
289：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/08(日) 18:36:31: >>285
>>若山先生が小保方さんに渡したマウスの細胞も、同様に保管されていて、且つ、上記の遺伝子解析と同等の解析結果を示す必要がある、と思うが、いかがだろうか？

若山氏が小保方氏に渡したのはマウス。
小保方氏の実験ノートの杜撰さからいって、仮に元の細胞が保管されていたとしてもデータにたどり着けないと思う。

ttp://sankei.jp.msn.com/science/news/140325/scn14032521180003-n1.htm
290：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/08(日) 18:41:15: >>256
>>272

TCR再構成がSTAP細胞STAP幹細胞に見られれば、分化したT細胞から初期化されて多能性を得た証拠になるから。
TCR再構成が無くてもT細胞由来と言う可能性はあるが、それでは、セレクションなのか初期化なのかが解らない。
セレクションと初期化では大きく論旨が異なる。
だから、論文ではTCR再構成の電気泳動を出したのでしょ。
291：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/08(日) 18:58:27: >>280

そうですね。
議論は議論として、結論については我々は見守るしかありませんね。
292：Yasu：2014/06/08(日) 19:12:45: >>289
だれに責任があるのか？は置いておいて、

処理前と処理後のデータが揃っていない状況で、
矛盾がある／無しの議論は出来ないと言う意見です。
社会の常識ではないか？
293：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/08(日) 19:13:18: >>287
すみません、人文系として素朴な疑問なのですが、STAP幹細胞についてTCR再構成が認められないことについて、3/5に発表された実験プロトコルでは「STAP細胞からSTAP幹細胞に変換するプロセスにおいて（理由ははっきり分からないが）TCR再構成を持つものを選択排除するような負のバイアスがあること」と予想したということになりそうですが、これを素直に読むと、CDBチームも本当のところはよく分からなかった、ということになるでしょうか。
ttp://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140305_1/

いわゆる「疑惑」を取り外して素直に読めば、よく分からないがTCR再構成が認められなかった、というストーリーもありだと思いましたが、どうなのでしょうか。

STAP疑惑にまつわるTCR再構成問題については、STAP幹細胞やキメラにもTCR再構成が見られないなら、STAP細胞が分化された細胞からのinductionによって多能性を獲得したことの（完全な）証明にならないのではないかという疑義（広大の難波先生、慶大の吉村先生など）が示されてきましたが、CDBチームは上のような理由からSTAP幹細胞やキメラについてはTCR再構成を再確認はせず（あるいは出来ず）、とりあえずOct4出現でTCR再構成を確認しただけで良しとした、というようなことはあるでしょうか。
294：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/08(日) 19:46:13: >>290 Baggioさん
コメントありがとうございます。

理研を巡る今後の動きについては確かに見守るしかないのですが、私自身、今回の事件全体、またここの議論で学ぶべきことも多かったので、その成果を元に、いつか応用哲学の分野で研究倫理に関する報告や提言を行っていくことが出来ればと思っています。
研究倫理については今回の事件が示唆するように、適切な基準作りという点では端緒についたばかりで、議論すべきことが山積みという印象です。その意味で、今後の動きについても引き続き議論の場があればと思っております。
295：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/08(日) 19:48:10: >>294
すみませんアンカー間違えました。
×>>290 ○>>291です。
296：Yasu：2014/06/08(日) 20:04:01: ボクの意見ですが。
自然科学の研究に限れば、あまりウルサイ決め事は作らなくて良いと思います。

なぜなら、「実験による検証」が絶対条件だからです。
相対性理論が、アインシュタインの生前、実験検証されなかった為に、
ノーベル賞が与えられなかった事は有名です。（他の仕事にかこつけて授与
されてはいるが）

今回、（表明されている）検証チームが理研内部の組織、と言う特殊なケース
ではありますが、やはり「実験」に立脚した検証と言う浄化システムは機能
しています。
勿論、世間常識で言うところの「悪意のある捏造」は許されませんんが、
後は結構、緩くやれば良いと思います。
297：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/08(日) 20:06:29: >>292 Yasuさん

> 処理前と処理後のデータが揃っていない状況で、
> 矛盾がある／無しの議論は出来ないと言う意見です。

確かに報道などでは「先に疑惑ありき」的な論調が目立ちますが、とにかく疑わしいと思えるネタを探っているというのが実態でしょうか。
>>283でも揚げましたが、報道自体が不正確であったりミスリードを含むものである場合も散見されるので、その点は批判的に見ていく必要はあると私も思います。
298：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/08(日) 20:22:14: >>292

通常、実験に用いるマウスは遺伝子系統が保証されているマウスを正規の手続きで購入したものしか使えないので、若山氏が渡した実験で用いるマウスは遺伝子系列が分かっているものだけになります。
何系統のマウスを用いたかが解ればデータはデータベース化されているので、元細胞の解析は通常手順では必要ないです。
また、ラボのマウスの購入記録などと照合すれば、使用した可能性のあるマウスも判明します。
299：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/08(日) 20:46:42: >>296 Yasuさん

> 自然科学の研究に限れば、あまりウルサイ決め事は作らなくて良いと思います。

これはどちらかというと武田先生の見解に近いというべきでしょうか。
武田先生の見解は、個々の点ではかなり乱暴な調子があるものの、言わんとしていること全体としては一理あるとも思っています。
しかし、昨今では研究不正に関する話題が目白押しで、かつてのような性善説で十分だとは言っていられない現状もあるかと思います。
医学生物学の分野でも、ノバルティス事件、東大森口氏のiPS臨床研究不正事件、加藤元教授論文不正事件など、最近だけでも複数の不正疑惑があり、そこには「科学界の持つ構造的な問題」がある（九大中山先生）とまで言われます。その意味で研究不正を巡る現今の深刻な状況があると思います。
今回の小保方事件も、こういった流れの中で、特に分子生物学の分野で危機感を募らせている部分があるとすれば、研究不正に対して厳しい目を向けるべきという意見もまた、一理あると思います。

また前スレでのバイオ系さんのコメント（523番、576番）のコメントにあるとおり、分子生物学では多能性細胞の成果発表について、その評価に慎重にならざるを得ない事情があるようで、この点も外野からは分かりづらい側面だったと思います。

前スレ523番（>>168）
> 幹細胞研究の当事者であればこそ、過去に多くの再現不能な幹細胞作成報告があったことを踏まえて、新規の報告には慎重にならざるを得ない

バイオ系さんによれば、すでに成果として認められているMuse細胞ですら、再現実験が困難であったり発表論文に誇張があったりするそうです（同576番コメント）。
このあたりも今回の小保方論文の適否について、　分生コミュニティーとその外部で評価を分けていることの一因になっていると、私は理解しています。
300：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/08(日) 21:01:47: >>298 Baggioさん
なるほどマウスについては購入記録などを照合すれば出自が分かるわけですね。

ところで全く関係ない質問で誠に恐縮なのですが、>>289でお示しになった産経記事で、「F1」のマウスというのは、B6/129のF1の意味ではないかという話がかつて「STAP細胞掲示板」の別スレで議論されたことがありましたが、これで正しいでしょうか。

F1というのは一代目の子どもという意味らしいので、何と何を交配したF1なのかが分からなければ議論にならないと思うのですが、>>283での6月3日NHK報道も相変わらず「F1」とやっていて、このあたりがよく分かりません。
もしご存じでしたらご教授頂ければ幸いです。
301：Yasu：2014/06/08(日) 21:07:34: >>299
ボクは物理学の出ですが、
いわゆる生物関係の研究は、数物系で言うところの「現象論」だと認識しています。
つまり、各現象の裏側にある、基本的原理・・・例えばニュートンの法則のような・・・
を整理するところまで理解が到達していません。
特に、数式表現が出来ないので、実験結果も数値を使った評価が出来ないところが、
理論（原理）と実験の乖離を論じる時の、曖昧さを許す結果になっています。
厳しい言い方をすれば、学問としてはかなり原始的なレベルと言えます。

一方で、病気を治す、と言うプラクティカルな側面では、金、あるいは名誉が動きますから、
ご案内の様な不健全な事件も頻発しているのだと思います。

卑近な例で言えば、子供のスポーツ（サッカーなど）では、大人よりゆるやかなルールで行う
事が通常です。でなければ、より混乱が増大します。ハードルは上げれば良い、と言うもの
では無いと思います。
302：Yasu：2014/06/08(日) 21:10:30: >>298
それは
１．誰もミスは犯していない。
２．誰かが恣意的な不正を犯したに違いない。

という前提の意見ですね？
それは、いかがなモノかと思います。
303：名無しさん：2014/06/08(日) 21:13:33: 幹細胞のシーケンス出たのにESとの照合をしていないはずはないから、幹細胞の遺伝子は理研のESとは違うのでしょうね。
304：270：2014/06/08(日) 21:45:35: >>300
難波先生の見解ではそうだが、2chでは129を含んですらいないのでないかというのがあった。82番参照。初出はもっとさかのぼるようだ。
read2ch.net/newsplus/1395874441/
どちらが正しいか判断つきかねるが、いずれにしてもおかしいのは間違いない。

>>303
どこ情報かね?　出典を示されたし。
305：名無しさん：2014/06/08(日) 21:52:58: Articleからstap細胞をどの系統のマウスから作成したかを記述した部分を取り出してみた。
どう読んでもB6と129のF1としか読めないんだけど？
（素人だから間違ってたらすみません。誰か教えてください。）
STAP cells (B6GFP CD45+ cells carrying cag-gfp
STAP-cell (B6GFP × 129/Sv; agouti) injection into blastocysts (ICR strain; albino).
STAP cells (B6GFP × 129/Sv).
STAP cells derived from Oct4-gfp C57BL/6 mice (left) and 129/Sv × C57BL/6 F1 mice (right).
129/Sv × B6GFP STAP cells
STAP cells derived from F1 GFP mice (B6GFP and DBA/2 or 129/Sv).
306：名無しさん：2014/06/08(日) 22:00:41: １．誰もミスは犯していない。
２．誰かが恣意的な不正を犯したに違いない。

いいねー！
でも、２は、

２．誰か一人が恣意的な不正を犯したに違いない。

の間違いでは？
Yasuさん、がんばってください！
307：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/08(日) 22:01:48: >>300
>>305

B6と129のF1で合っていると思います。
308：270：2014/06/08(日) 22:13:58: >>305
その記述が果たして正しいのかという問題もあります。
そもそも3/26時点での話は一応論文外の話でなかったか。
309：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/08(日) 22:35:43: >>302

そんな事は前提にしていません。
処理前のデータは、購入元によって真にその系統である事が保証され、元データも担保されると述べているだけです。
1kgの分銅が、真に1kgであると言う事について、作製した会社が規格に基づいた保証書を出す事と同じでしょうかね。

ttp://www.riken.jp/~/media/riken/about/reports/animals/animaltest-regulations.pdf
第25条責任者は、実施した動物実験について、紙及び電子記録媒体、ラボノートブック等一般的な有体物に記録するものとする。

となっているので、実験記録にマウスの系統や購入元を記載して保管していることが原則です。
310：Yasu：2014/06/08(日) 22:39:20: >>309
業者から届いたマウスが、
小保方さんの手に届くまでに、一切のミスが無かった事は、
保証されていませんよね？

人間の赤ん坊の取り違えでさえ、不幸な事に起きています。
311：305：2014/06/08(日) 22:45:01: >>307
ありがとうございます。少しすっきりしました。
ということは>>289産経の報道
「若山教授はこの細胞塊を凍結保存していたが、論文の画像不正疑惑などの問題を受け、改めて遺伝子を調べたところ、１２９系統ではなく、実験には使わなかったはずのＢ６とＦ１という別種のマウスの細胞だったことが判明。」
という記事は１２９とＢ６とのＦ１だった？つまり若山先生は「１２９だけで作ってみてね」と言ったのに「はい、できました」と渡された細胞は、無断でＢ６を掛け合わせたマウスから作られた細胞だったということ？
312：名無しさん：2014/06/08(日) 22:51:23: >>281
理論計算の話ですが、TCR再構成したT細胞がSTAP幹細胞に変化する際の増殖速度が5%少ないと仮定すると、幹細胞での比率は１万分の一になるはずだから、この実験系でTCR再構成した幹細胞を検出できる可能性は絶望的かな。
10%少ないと仮定すると百万分の一以下になるし。
313：源氏蛍 ◆VnRg4xmClA：2014/06/08(日) 23:21:46: >>284
参考のために申し上げておきますと、TCR再構成を起こしたT細胞からiPS細胞を作ることは既に成功しています。

ttp://news.mynavi.jp/news/2013/01/10/170/
314：305：2014/06/08(日) 23:22:56: >>308
確かに論文の記述は何が真実のデータか疑わしい。
確かに論文外の話でした。
でも>>283NHKの報道の「「Ｂ６」と「ＣＤ１」という２種類のマウスの細胞だった疑いが強い」という記述も簡単には信じられません。Ｆ１という種類のマウス？
315：源氏蛍 ◆VnRg4xmClA：2014/06/08(日) 23:31:07: それから、若山さんに対してSTAP幹細胞にTCR再構成が8株中3で起きていると伝えたのは小保方さんのようですね。
日経サイエンス6月号を読み直していたら若山さんの発言として載っていました。

今出先から書いているので手元に日経サイエンスが無いのですが、載っていた場所は56ページあたりの下のほうだったかなと思います。

それから私事で申し訳ありませんが、私生活がのっぴきならない状態になってきましたので、今後は書き込みの数が減ると思います。
STAP問題にのめり込みすぎて私生活がおろそかになっていたツケが回ってきました（笑）。
非常に名残惜しいのですがよろしくお願いします。
316：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/08(日) 23:35:58: >>310

もし、そう言ったミスならSTAP幹細胞の解析結果も1系統のマウスだけにならないとダメですけどね。
実験動物も飼育状況（交配させた場合の数の増加、安楽死も含む）の登録義務があり、毎年、記録の提出があるはずなので、購入記録と使用記録を照合すれば、ミスがあったかどうかはすぐに判明します。
317：305：2014/06/09(月) 00:10:20: よく考えたら、>>283ＮＨＫ報道のKahoさんのデータベースの遺伝子解析は意味ないのでは？
データベースのデータそのものが真正のものかどうか分からないから。
318：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/09(月) 00:32:13: >>317

遠藤高帆さんは、論文に疑義がある事を明らかにしようとしただけで、STAP細胞の真偽についてまでは言及をしていないと思います。
319：名無しさん：2014/06/09(月) 00:32:42: >>316
その記録が杜撰だったから隠しているんだろ？理研はさ。
320：305：2014/06/09(月) 00:34:30: >>318
なるほど了解です。ありがとうございました。
321：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/09(月) 00:34:51: >>301 Yasuさん
コメントありがとうございます。

> いわゆる生物関係の研究は、数物系で言うところの「現象論」だと認識しています。

> 特に、数式表現が出来ないので、実験結果も数値を使った評価が出来ないところが、
> 理論（原理）と実験の乖離を論じる時の、曖昧さを許す結果になっています。
> 厳しい言い方をすれば、学問としてはかなり原始的なレベルと言えます。

私も数学・論理学などの理論系の人たちと多少議論する機会もありますので、そのようなご意見は確かに理解できるところがあります。理論系の方の「数式化」への信頼は、絶大なものがありますね。
ただ、数式表現が出来ない分野を「原始的」と言っていいかどうかという点では、もはやそういう時代ではないのでは？と思います。それだけ科学の分野も裾野が広がっていますし、特に医学生物系のように成果次第では多額の資金が動くようなところでは、また独自の「基準作り」が必要だと思います。

他方、同じ応用系でも工学系では医学生物学系と違って検証が比較的容易に行われることから、研究不正についてさほどうるさく言わなくてもよいという事情は、前スレの工学系中年さんらのコメントでも明らかになりました。
その点で、同じ科学系といってもそれぞれで基準が異なっているわけで、例えば実験ノートや画像の真正さなどが問題となる分子生物学の分野は、固有な科学分野として独自の基準作りを必要としているということだろうと思います。>>299でバイオ系さんのコメントを引用したのも、そういった「分野固有の事情」を斟酌しなければ、正しい意味で「適切な基準作り」が出来ないだろうということを申し上げたかったからです。
322：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/09(月) 01:00:36: >>304 270さん
コメントありがとうございます。

実は、お示しになった2chスレ82番氏が引用している15番コメントは、閉鎖になった「STAP細胞掲示板」で行われた議論そのものです。
（2chの人たちも結構ここ（ないし以前の「STAP細胞掲示板」）を見ているようです）

この15番さんが提起した問題はつづきがあるのですが（私もちょっと参加しています）、結局ここでの暫定的な結論としては

（1）Nature論文で使われたキメラマウスはB6/129のF1
（2）それとは別に、若山氏は129のマウスを小保方氏に渡して、別なマウスでも同様の結果が出るのか試そうとした
（3）小保方氏は129でも成功したと言って細胞2株を渡したが、この細胞を検証すると実はB6とB6/129のF1由来だった（3/25の朝日、NHK、産経の報道）

というストーリーです。

上の議論は閉鎖になった掲示板の「STOP（再）宣言から・・・まだ続けるの？」スレ（まっちゃんさんスレの前スレに当たる）で行われたもので、こちらも不完全ながら過去ログが残っていました。こちらもアップロードしましたので、次のコメントでリンクを示します。
323：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/09(月) 01:04:08: >>168ここのスレの過去ログ一覧改訂版になります。
>>322で話題となっているスレの過去ログもアップロードしました。
ご活用下さい。

小保方さん、応援パートⅡ
ttp://fast-uploader.com/file/6957598202412/

小保方さん、応援
ttp://fast-uploader.com/file/6957598122116/

STOP（再）宣言から・・・まだ続けるの？
ttp://fast-uploader.com/file/6957795597675/

以前の「STAP細胞掲示板」では議論の盛り上がったスレが事実上の本スレという状態で、まっちゃんさんの「小保方さん、応援」スレの事実上の前スレに当たるのが新たに追加した過去ログです。元ポスドクさん（私とは別人）ご提案の「小保方氏による再実験」の可否で議論が盛り上がりました。
このスレは428番くらいまでコメントがあったはずですが、残念ながら404番までしか保存できていません。もし完全な過去ログをお持ちの方がおられたらご一報頂ければ幸いです。
324：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/09(月) 01:43:23: >>307 Baggioさん

> B6と129のF1で合っていると思います。

ご教授ありがとうございます。
ここの過去スレを当たってみましたが、ここでも同様の結論となっていました。
（>>322-323）

そうすると、>>283のNHK記事は、こちらはNature論文で作成したキメラのことであるとすると、

ttp://www3.nhk.or.jp/news/html/20140603/k10014947431000.html
------------------------------------------------------------------------
その結果、この細胞は「（※B6と129の）Ｆ１」という種類のマウスから作ったとされていたのに、実際には、この実験には使われていないはずの「Ｂ６」と「ＣＤ１」という２種類のマウスの細胞だった疑いが強いことが分かったということです。
------------------------------------------------------------------------
※は私が補足しました

ということになるのでしょうか。
（これで>>305さんの疑問解消になるでしょうか？）
325： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/09(月) 02:09:17: >>322
>（2）それとは別に、若山氏は129のマウスを小保方氏に渡して、別なマウスでも同様の結果が出るのか試そうとした

そうか、そういう事だったのですね。
今まで、マウスの系統の事まで、深く考えたことがなかったので、
「あれ～、若山氏は、１２９Ｓｖのオスのマウスを凹に渡してるのに、なんで論文では、Ｆ１キメラ作ったことになってるんだろ？」
とか、真剣に悩んじゃいましたｗｗ
私も素人なんで、あんまり深入りはしたくないのですが、やはり不正が蔓延する社会にはしたくないのです。
だから、この問題に関しては、ついつい熱くなってしまって、貴重な時間を浪費しております。
はやく、すべてが明らかになり、不正対策も強化して欲しいです。
次の、若山氏の会見で、いろいろと解決されることを期待してます。
326：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/09(月) 02:17:53: すみません、>>323でアップした過去ログは余計な広告バナーが残っていました。
再アップしましたのでこちらのリンクをご活用下さい。

STOP（再）宣言から・・・まだ続けるの？
ttp://fast-uploader.com/file/6957802892507/
327： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/09(月) 03:16:47: 今回、ＮＧＳ解析で出てきたＣＤ１という系統のマウス、、、
これ、ぐぐって調べてみても、何だかよくわからない。
かなり特殊な系統のマウス、なのではないでしょうか？

ということは、これの出所を辿っていけば、何かしら、解決の糸口を見い出せるかもしれない。
当然、理研は調査してるだろうけど、もし、ＣＤ１系統のマウスの購入履歴がないのであれば、
それは、既に樹立され、継代培養されている、ＣＤ１系統由来のＥＳやＴＳを混入させたことの、確たる証拠となるだろう。
なぜなら、購入履歴のないＣＤ１系統のマウスの脾臓細胞を、ＳＴＡＰを作るための試料として利用することはできないからだ。
つまり、ＳＴＡＰ細胞は、脾臓細胞から作られたのではなく、
継代培養されている、ＣＤ１系統由来の細胞（おそらくＥＳかＴＳ）を、意図的に混入させてできたことを意味するのだ。
ＣＤ１系統が特殊な系統である以上、コンタミはあり得ない。混入は、１００％、意図的なのだ。

まずやるべきは、ＥＳやＴＳを保管しているのは、誰かを調べることだ。
次に、そのＥＳやＴＳが、ＣＤ１系統由来かどうかを、調べること。
かなり特殊な系統である、ＣＤ１系統由来のＥＳやＴＳを保持している人がいれば、
その人が混入の犯人である。または、それをこっそり拝借できる人が、犯人である。

しかし、もう誰も持っていないかな？　既に、処分されてしまったかな？　さて、寝るか・・・
328：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/09(月) 03:37:37: >>325
コメントありがとうございます。、
若山氏がNature論文の実験とは別に渡したマウス（129系）については、そういうことのようです。

ちなみに、Nature論文では、articleの645ページで「B6GFP×129/Sv」が言及されている以外に、644ページでは「CD45+ cel-derived STAP cells (from F1 mice of B6GFP×129/Sv or DBA/2）」という表現もあり、そうするとB6と129のF1ばかりでなくB6とDBA/2のF1も使われていたということになるでしょうか。
さらにletter論文では「shown with Rosa26-GFP」というような表現もありますが（677ページ）、これに関連して上の過去ログ（>>326）では、B6の雑種由来のES細胞は極めて少なく、また129マウスも129SvRosa26-GFPであれば希少種で、これがES細胞による捏造説とどう関連するかについても議論されていました（結論は出ていませんが）。
B6と129のF1も129SvRosa26-GFPも希少種だとすると、結果的にはこれを使ったES細胞捏造説という可能性は低くなるでしょうか。ただし、6月3日のNHK報道ではCD1というさらに別なマウスも登場しているので、ややこしいです。

私のような人文系の部外者はどう評価していいかさっぱり分かりませんが、分子生物学に詳しい皆さんのコメントを期待したいと思います。

>>327
CD1（ICR）マウスについては研究用によく使われているマウスらしいです。
たとえば
ttp://www.crj.co.jp/product/domestic/detail/37
ttp://endocrine.seitai.saitama-u.ac.jp/research02.html

理研のサイトによれば、ICR由来のES細胞は2種類ほどあるようです。
ttp://www2.brc.riken.jp/lab/cell/s5_list.cgi?key=e

ところでB6（C57BL/6）は黒色のマウスで、CD1（ICR）は白色のマウスのようですね。こういった知識もあると、分かる人はマウスを見ただけで分かるということになるのでしょうか。
329：名無しさん：2014/06/09(月) 09:31:53: 幹細胞のシーケンスデータと理研保有のESは一致したのかな？
一致していれば、話は早いんだけどー。
330：Yasu：2014/06/09(月) 10:11:55: >>329
シーケンスデータが簡単に取れるのなら、それでES細胞混入の疑惑には決着が
付きますね。
Nature論文不正に関する再調査を、理研は「行わない」としていますから、
データを持っていたとしても、言及はしないのかも知れません。
331：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/09(月) 10:56:57: >>319

内部規定（文科省からの通達）で決まっている動物実験の管理記録の杜撰さについては、我々で判断出来る所ではないので。
山中先生が、マウスが飼育室外に出てしまって謝罪したのも、これらの動物実験の管理についての責任です。
これに違反していれば、若山氏と小保方氏に処分が追加されるだけの事。
332：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/09(月) 11:02:18: >>324

第三者機関での解析については、どの幹細胞を解析したのかは、不明ですね。
最初の8株であれば、論文とは関係なく、129系統でやりたいと言って渡したものだと思われます。

最初の2株で129系統ではない129/B6/F1とB6であると出た事を受けて、保有している20株すべてを解析すると言っていたので、そちらの解析結果の中から抜粋している可能性もあります。
明らかにされていませんので、若山氏の記者会見を待つしか無いと思います。

幹細胞は全部オスだと言うコメントにも、疑惑がかけられているので、そちらも併せて記者会見で公表されるでしょう。
ただし、小保方氏は自身の保有株を調べた所、メスもあったと言う事についてこの分析結果はどこにも提示されていないようです。
333：Yasu：2014/06/09(月) 11:38:04: 状況を整理しませんか？

若山先生は、Nature論文を撤回しましょう、という呼びかけをされていた。
関係者にメールするなりで、済む事ですが、小保方さんと連絡が取れないので、
会見を開いたと言った内容の発言がありました。
結果的にNature論文は撤回される（予定）ので、若山先生から「世間一般」に
対しての声明は出ない、と推察されます。（するべきでも無い）

若山先生が独自に調査、試験した結果は、理研上層部には届いている模様ですが、
若山先生が公式にコメントしたわけではなく、いわゆるリーク情報に基づいた
マスコミ報道が出ているだけです。
334：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/09(月) 12:21:59: >>333
>結果的にNature論文は撤回される（予定）ので、若山先生から「世間一般」に
>対しての声明は出ない、と推察されます。（するべきでも無い）

それは分からないが
自分は若山氏は記者会見すべきだと思う。

今のところ、論文不正（電気泳動の合成とか酷い・・・）に加え、
STAPができた証拠は一つもなく、小保方氏は実験不正もしたのではないかとの疑いが濃くなっていく中で
論文撤回したから不問としていいのか？と非常に疑問に思う。

また同じようなことが起こったときに、論文撤回すればいいという
悪しき前例となるし。
335：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/09(月) 12:33:30: >>296

一応、突っ込んどくけど・・・
アインシュタインの功績だけど
相対性理論は生前から評価されてたよ。

>1919年にアーサー・エディントンが皆既日食を利用して、一般相対性理論により予測された太陽近傍での光の曲がりを確認したことにより、理論の正しさが認められ、世間への認知が一気に広まった。

アインシュタインは1919年前から亡くなってたの？

ノーベル賞は他の論文でもらってたから、二つ目は貰えなかっただけ。
キュリー夫人は2つ貰ったが、アインシュタイン当時はノーベル賞は2つ貰えないようになってたようだ。
336：Yasu：2014/06/09(月) 12:58:12: >>335
>1919年にアーサー・エディントンが皆既日食を利用して、一般相対性理論により
予測された太陽近傍での光の曲がりを確認したことにより、
理論の正しさが認められ、世間への認知が一気に広まった。

この実験の正しさには、疑問が唱えられています。
ノーベル賞が見送られた理由は、正確には解りませんが、
当時、誰もが納得できるレベルには認知されていなかったと思われます。

小保方さん 応援パートⅢ