Do you know who he is?
の骨格はDo you know? do you?なのでyes/no questionです。
知ってるかどうかの対象がwho he is
Answer:I don't know.
Who do you think your daddy loves best?
の骨格はWho?聞いてる人が誰なのか名前なんかを答えを求めているわけです。
do you thinkは主節ですが備え付けのようなものです
Who (do you think) your daddy loves best?
Answer:Me!
Who do you know she is referring to ? (彼女が誰のことを言ってるか、わかってますか?)
Who do you know I am talking about ? (私が誰の話をしてるか、わかってんの?)
Who do you know I am ? (私が誰かわかってんの?)
Who do you know you are ?(あなたは自分が何者か、わかってますか?)
ニャンコヴィッチさん、わざわざ実際の例文を探していただき有難うございました。Aの場合は Do you know him? I don`t know. 彼のこと知っている?知らないよ。ぐらいの軽いシチュエーションであり、Whoが文頭にきたBの場合は質問者が相手に、はい、いいえ以上のものを求めているということですね。例えば、口論している相手に言いそうな言葉です。