Do you know who he is?
の骨格はDo you know? do you？なのでyes/no questionです。
知ってるかどうかの対象がwho he is
Answer:I don't know.
Who do you think your daddy loves best?
の骨格はWho?聞いてる人が誰なのか名前なんかを答えを求めているわけです。
do you thinkは主節ですが備え付けのようなものです
Who (do you think) your daddy loves best?
Answer:Me!
