Rosetta@home - 1179916990 - したらば掲示板

1：yamashin ◆kAYTetLjxk：2007/05/23(水) 19:43:10: Rosetta@homeに関する話題です。

公式サイト
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

David BakerのRosetta@home日誌（日本語訳）
http://wiki.livedoor.jp/refler/d/David%20Baker%b6%b5%bc%f8%a4%ceRosetta%a1%f7home%c6%fc%bb%ef
David Baker's Rosetta@home Journal(原文)
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1177
2：yamashin ◆kAYTetLjxk：2007/05/23(水) 20:01:05: 公式サイトの日本語化ファイルを表示テスト用βサイトにアップロードしてもらいました。
以下で確認できますので、チェックをお願いします。

最初に、こちらのURLを開き、Japaneseをクリックしてください。
http://ralph.bakerlab.org/rosetta_site_dev/language_select.php
これでトップページの内容を確認できます。
表示確認用ですので、公式サイトとは若干内容が異なりますが、
チェックは可能です。

日本語化の対象となっているのは、以下のページです。
トップページ http://ralph.bakerlab.org/rosetta_site_dev/
Rosetta@homeについて rah_about.php
David Baker からの歓迎のご挨拶 rah_welcome.php
Rosetta@home 科学的内容に関するFAQ（よくある質問と答え） rah_science_faq.php
研究に関連する病気 rah_medical_relevance.php
Rosetta@home とグラフィックのクイックガイド rah_graphics.php

誤字脱字のほか、分かりにくいところなど気づいたところがあれば
指摘お願いします。

なお、rah_research.phpも翻訳対象ページなのですが、内容が専門的で研究者向けのため
難しく、途中で断念しました。
3：yamashin ◆kAYTetLjxk：2007/05/23(水) 20:08:33: 今あがっているバージョン(5/23付け)のものを見ていて、私が気づいたのは…

rah_graphics.php
・トップページのリンクと、開いたページの上部タイトルが違っているので統一すべきでは？
・文中タイプミス ×Rossetta→○Rosetta

rah_welcome.php
・下から3つ目のリンクに、Rosetta@homeの文字が2回出てきている。
→このページの上部のリンクにある[Rosetta@homeについて]を表示するために[About]を
翻訳しているが、ここのリンクの原文が"About Rosetta@home"のために
置換結果がこのようになっている模様。修正は無理かも。
4：tyia_kitu：2007/05/24(木) 09:26:15: >>3
> ここのリンクの原文が"About Rosetta@home"のために
> 置換結果がこのようになっている模様。
これはバグとしてプロジェクト側に報告するのも手ですね。
5：yamashin ◆kAYTetLjxk：2007/05/24(木) 22:22:08: >>4
それが正論ではあるのですが…
仕組み上、バグとして報告して修正された場合には、日本語以外の全部のpoファイルに
修正の必要が出てくるので、ちょっと面倒なことになるんですよね。
とりあえずはそのままにしておこうかと思います。
別のページも翻訳対象になるなど、全体に変更が加わるタイミングで一緒に申告できれば
いいかな、と。
6：yamashin ◆kAYTetLjxk：2007/05/24(木) 23:39:43: 一応、チェック期間として5/27(日)までの指摘内容を反映させて、
5/28以降にRosetta@homeに正式反映させてもらおうと思います。
お時間のある方は、どうかよろしくお願いします。
7：tyia_kitu：2007/05/25(金) 06:17:38: 質問ですが、意訳は含んではいけないんですよね？
8：yamashin ◆kAYTetLjxk：2007/05/25(金) 08:08:23: 意訳を含め、表現の改善提案も歓迎です。
専門的な部分については、なるべく原文に忠実なほうがいいかとも思っています。
9：yamashin ◆kAYTetLjxk：2007/06/02(土) 07:51:22: Rosetta本サイトに反映してもらいました。
今後も指摘などありましたら、このスレッドに報告お願いします。
10：yamashin ◆kAYTetLjxk：2007/06/02(土) 07:56:10: 書き忘れましたが、日本語に切り替えるには、トップページから"Languages"へ進み
Japaneseをクリックしてください。
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/language_select.php
11：toma01 ◆BOINCggRew：2007/06/04(月) 23:03:03: お疲れ様です。ブックマークを日本語ページに変更しました。
PS3GRIDが一段落したので、少しずつ読んでいきたいと思います。
12：yamashin ◆kAYTetLjxk：2007/08/28(火) 00:15:02: Rosetta@homeについて学べるゲームが公開されています。
サイトはこちら: Rotamer Game
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_misc/king_rotamer_game/
概要の日本語訳
http://wiki.livedoor.jp/refler/d/David%20Baker%b6%b5%bc%f8%a4%ceRosetta%40home%c6%fc%bb%ef/2007%c7%af7%b7%ee%a1%c19%b7%ee#20070816

当初バグがあってJava6で動作しなかったのですが、修正されて動くようになりました。
私もやってみたのですが、何がなんやらさっぱり分かりません。
どうやって遊ぶんだろうか？
13：yamashin ◆kAYTetLjxk：2007/08/28(火) 00:32:23: 少し触ってみて、なんとなく分かりました。
右下にあるAnimateと書いてあるボタンを押してみると、側鎖が回転するので、
この側鎖が一番収まりのいい向きを見つけろ、ということのようです。
収まりがいいかどうかは、メイン画面上でマウスをドラッグすることで
さまざまな方向から見てチェックします。
ホイール操作で、ズームも可能です。

これは、がんを引き起こすAndrogen receptorの働きを抑止するInhibitorの
設計を模式化したものであり、側鎖をはめこむ作業については、一般に
「鍵と錠（鍵穴）の関係」と言われているものです。
Rosettaが行っているシミュレーション計算は、この側鎖をあれこれ動かしてみて
ターゲットにはめこんで評価する（＝エネルギー計算値が小さいほどよい）という、
このゲームと同じことをしているのです。

このゲームの発展形として、Rosettaによるシミュレーション結果に、ゲームのプレーヤーが
手動で出したハイスコアを組み合わせて、より優れた結果を短時間で得る、というような
構想があるようです。
似たようなことは、cell computingでも一時期やってたような記憶がありますが
どうなるのか楽しみです。
14：yamashin ◆kAYTetLjxk：2007/09/25(火) 23:50:46: Rosetta@homeによる研究成果を報告する論文が、最近PNAS誌に掲載されたようです。
Open Articleとして公開されていて、Abstractだけでなく本文まで読めます。
PNAS 104号目次（真ん中あたりのBiophysicsのところ）
http://www.pnas.org/content/vol104/issue37/
本文
http://www.pnas.org/cgi/content/full/104/37/14664
そして、Rosetta@homeで優秀な計算結果を提出したユーザーと所属チームの名前が謝辞のところで
別表として掲載されています。
http://www.pnas.org/cgi/data/0703836104/DC1/7
こうやって論文に名前が載るのを夢見ていますが、自分のPCにどんなWUが来るのかはランダムなので
運次第です。
15：＜スパムなどの事由から削除しました＞：＜スパムなどの事由から削除しました＞: ＜スパムなどの事由から削除しました＞
16：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/02/09(土) 23:48:21: Rosettaの新しいアプリケーションである、Rosetta Miniの配布が始まっています。
これまでのアプリケーションは、FortranベースのものをC++で書き直したものの、
コードの多くはFortranに近いままのもので、新機能の追加やデバッグが困難に
なっていたという背景から、Rosetta Miniを新規に書き起こしたとのことです。

ところが、ウイルス対策ソフトの1つである、NOD32およびEset Smart Securityで
minirosetta_1.07_windows_intelx86.exeがウイルスとして検出されてしまうとの
報告が公式掲示板にあがっています。
私の手元にNOD32を入れているPCが2台あり、初回ダウンロード時にウイルス検出の
ダイアログが表示されるのを確認しました。
おそらく誤検出と思われますが、まだ公式回答はないようですので、経過を見守りたいと思います。

Problems with minirosetta version 1.+
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=3934
17：レフレール ◆EWc25F6jU6：2008/02/10(日) 19:32:40: >>16
yamashinさん、情報ありがとうございます！
先月RALPH@homeで私が困っていた"Rosetta Mini"が早くもRosetta@homeに登場ですね。
しばらくRosetta@homeお休みさせていただいていたので少しばかり復帰させてみます。そしてXeon機が戻ってくればバトンタッチさせてみます。('-'*)
18：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/03/26(水) 23:55:20: 私の怠慢により更新が1ヶ月以上できていませんでしたが、
David Baker's Rosetta@home journal の翻訳を再開しました。
今回の更新以降、Wikiに書いたものと同じ内容をこのスレッドにも書き込むことにしようと思います。
せっかくRosetta単独スレッドを立ててしまったので。
19：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/03/26(水) 23:56:50: David Baker's Rosetta@home journal
2008/02/15

エキサイティングな最近の出来事について書きます！

1つ目は、ちょっと長くなりますがどうかお付き合いください。完全に新しく美しく完全にオブジェクト指向のC++で書き直されたバージョンの Rosettaが現在みなさんのPCで動作しています。古参の参加者の方なら、プロジェクトの初期のころ、不備の全てが解決するまでに時間がかかったり、グラフィックスが私たち全員が慣れ親しんだ非常によい状態になるまでにかなりの時間がかかったり、といったことがあったのを思い出すでしょう。 Rosettaの新しいバージョンはとても強力ですが、非常に新しいがためにいくつかのまれな問題が表面化しており、またスクリーンセーバーのようないくつかの付加機能においてはまだ適切ではありません。似たような問題が、私たちの研究と計算プロジェクトを少々減速させていました。しかしご安心ください、これらの問題はまもなく解決されるでしょう。そして、新しいバージョンは不便ではあるものの、多くの折り畳みができるようずっと強力になっています。

2つ目は、ゲームは進歩し続けていて、私が思うにプレイするのがますます楽しみになっています。解決すべきことがいくつか残っており、まだ公開する準備が整っていませんが、試してみたいという人たちを私は励まします。（下のスレッドを見てください）

3つ目は、私が前回の投稿で触れたように、私たちは2本の非常にエキサイティングな論文を持っています。新種の化学反応に触媒作用を及ぼす新しい酵素のコンピュータによる設計、という大きなブレイクスルーが記されているその論文はまもなく発表され、現在オンラインのNature誌ではプレビューを見ることができます。
20：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/03/26(水) 23:58:15: David Baker's Rosetta@home journal
2008/03/07

Rosetta＠homeでのみなさん全員による成果から生まれた多くの科学論文のうち、最も新しいものが、Science誌の本日号に出ています。
http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/319/5868/1387
この論文では、化学反応の新しい触媒のコンピュータによる設計について記載されています。多くの応用の中には、環境中の有毒化合物の除去（バイオレメディエーション）や、薬分子の合成における難しいステップを非常に容易なものにすること、新しい生物燃料の生成、などがあります。
21：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/03/27(木) 00:00:17: David Baker's Rosetta@home journal
2008/03/20

2本目のRosetta＠homeによる酵素設計の論文は、現在Nature誌のオンライン版に出ています。
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/index.html
22：レフレール ◆EWc25F6jU6：2008/03/27(木) 22:51:02: >>18-21
yamashinさん、情報ありがとうございます！
私たちのクランチングも結実しつつあり、こうして中途でも論文公開されると"参加している！"というクランチャー冥利に尽きます。

いつも莫大な演算能力と共に情報提供くださり頭が上がりません。
私もwikiでPOEM@HOME以降何もできていません。身引き締めて可及的速やかに作成いたしますので少々お時間頂戴します。

Happy crunching!('-'*)
23：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/04/14(月) 19:53:34: David Baker's Rosetta@home journal
2008/04/04

私たちは現在、あと1ヶ月ほどで始まるCASP8に間に合うよう、Rosettaの新バージョンに全力で取り組んでいます。私たちはいつもより速く新バージョンをテストする必要があり、Rosetta＠homeを維持したままそれを可能にするために、テストサーバーであるRALPHを活用したいと考えています。そういうわけで、もしテストレベルにあるコード（クラッシュする頻度がわずかに高くなっています）を許容する気がある方は、どうかRALPHにサインアップしてください。（1週間で数回変更があり実行ファイルが更新されると思われるので、おそらく高速なネットワーク接続環境があったほうがよいでしょう。）すでにRosettaとRALPHに割り当てをしている方は、RALPHの割り当て時間を増やしていただくと助かります。これらの調整は来月までの限定です。これが終わった後には、CASP8のターゲットに使用されるRosetta＠homeのためのすばらしい新しい改良版Rosettaができているはずです。ありがとう！
24：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/04/14(月) 20:14:21: >>23 の補足
CASP8とは、Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction という
タンパク質の立体構造予測コンテストで、1994年から2年に1回開催されており、
今回が第8回となっています。
5月から7月にかけて、予測対象となるタンパク質が順次発表されることになっています。

CASPの公式サイト
http://predictioncenter.org/

前回(2006年)のCASP7での、Rosetta@homeで参加したBaker研究室のプレゼン資料(PDF)
http://predictioncenter.org/casp7/meeting/presentations/Presentations_predictors/Baker_CASP7.pdf
25：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/04/23(水) 22:30:01: David Baker's Rosetta@home journal
2008/04/19

Rosettaゲームが公開されようとしています！他の参加者を負かして世界ランキングを苦労して上げてみてください。それが同時に、CASPや世界中の人々を救う新しいタンパク質の設計に用いられる技術を磨くことにつながっています。
ここでダウンロードしてください。
http://fold.it/boinc
それではお楽しみください！