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ペーパー一枚の報告に向けて、その3

1地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう:2018/08/18(土) 06:26:55
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452シャーロック・ホームズ:2018/08/26(日) 09:37:51
小保方さんは言われた通り以外には書きようがないんだよね。論文もそうだし
データべース登録でもそうだ。それにこの登録はずっと後の時代なんだけど、
C57BL/6x129/Svと書いたのが可能性は小さいが理研側の事務員で小保方さんでない可能性すら
残ってる。更に桂チーム自体はこの登録された背景との違いに注意が向いてない。
単に論文だけの問題でないうえに、むしろ論文とは一致してすらいるからね。

453ドクター・ワトソン:2018/08/26(日) 09:50:17
手記には小保方さんは遺伝子解析に詳しい先輩に手伝ってもらってGRASとのやり取りをしていたと
書いてるんで、累が及ぶのを恐れて桂調査に対してはっきりとは答えていないんだろうね。
ただ、桂調査チームもそんなことは薄々分かっていた筈なので、小保方さんが語らないことをいいことに
報告のレトリック操作をしているよね。結論ありき報告なんだよな。C57BL/6x129/Svと
書かれた経緯を調べるなんて簡単なことだ。わざと曖昧にしているんだよな。

454ペリー・メイスン:2018/08/26(日) 09:56:49
詳しい先輩というのは野老さんだと思われるが、これは8月の分析だけだからね。
翌年の1月6月のTSとFI-SCの再提出は小保方さんだけだ。今そのFI-SCが問題になっているんだね。

455ドクター・ワトソン:2018/08/26(日) 10:01:00
TSはどうせコントロールだからいいんだけど、FI-SCは何時提出されていようと
若山さんの残して行った細胞であることは変わりないからね。
桂報告の書き方だと、RNAシーケンス分はGOFとCD1を小保方さんが混ぜたように書いているね。
つまり、GOFのSTAP細胞に丹羽さんのTSを混ぜたかのように。

456シャーロック・ホームズ:2018/08/26(日) 10:05:10
GOFマウスは笹井研でライブセルイメージングの撮影確認で使われているけど、それは3月までで
6月の解析には少なくとも若山研のGOFマウスは使えないね。GOFESと混ぜたというような誘導かな。

457小野小町:2018/08/26(日) 10:09:58
RNAシーケンス試料は別として和モガさんはそういうように混ぜられてないとはっきりしている
ChIP-seqデータにTS特異的マーカーが出でいるのはどうなんだと問うているわけだわね。

458ドクター・ワトソン:2018/08/26(日) 10:14:01
ChIP-seqデータでは混ぜられてないにも関わらずLetter Figure4-bのデータが取れているのに
どうしてRNAシーケンス分は混ぜる必要があるのだという理屈なんだけどな。実際混ぜたと言われる方の
遺伝子解析は何も論文に使われていない。

459シャーロック・ホームズ:2018/08/26(日) 10:15:24
そこは若山さんが混ぜた、もしくは桂分析チームが嘘をついた可能性があるということだね。

460ドクター・ワトソン:2018/08/26(日) 10:17:01
桂報告では樹状図を作るのに必要だったのではという推理だね。

461シャーロック・ホームズ:2018/08/26(日) 10:19:16
そこも勝手に言ってるだけで何の資料もデータも出してないぞ。

462小野小町:2018/08/26(日) 10:24:08
でも、若山さんはGOFのFI-SCを作ってないと言ってるんだけど、無論レター論文には
Oct4-GFPを発現しながらFI-SCが作られていく写真があって、矛盾証言になっているんだけど、
それにしても丹羽研で作られたTSがたまたまCD1だったからといって、
若山さんがそんなTSを作って混ぜるなんてこともあり得なさそうよね。

463在原業平:2018/08/26(日) 10:26:29
ここはCD1が混じっているという根拠は示されていないからね。ここ推測に過ぎない。
むしろTSを入れたと誘導するためらCD1という言葉を出したのではないかな。それは
若山さんがGOFマウスでもFI-SCを作っていたということをごまかす役割も果たしているよな。

464名無しさん:2018/08/26(日) 10:55:07
理研の規定を知らないんじゃあしょうがないね

楠本 英正
33分前
UPされている資料はすべてではなく、一部に過ぎない。
ーーーー
ここには
>(イ) 京都大学、大田氏から
理研が取り寄せた。
(ロ) 山梨大学、若山氏から
理研が取り寄せた。
(ハ) 京都大学→山梨大学若山経由 →理研

の(イ)(ロ)(ハ)のうち、何を示しているかは書かれていません。
また、(イ)でも(ロ)でも、(ハ)とは矛盾していないと思いますが。

STAPの捏造に使われたES細胞はFES1だけではありません。FES1の受け渡しだけに拘って桂調査報告書を撤回申請するのは結構ですが、報告書は小保方氏にとって非常に甘い判定結果となっています。仮に再調査されたとしてもデータを提出することができなかった小保方氏の不正が増えるだけでは。それを小保方氏が望んでいるというなら気が済むまでやればいいと思いますが。 削除
2018/8/26(日) 午前 7:52 [ チューバ ] 返信する
ーーーーー
この人、白紙撤回する事の意味分かっているのだろうか、白紙撤回するという事は、他の事案についても白紙撤回するという事なのだから。
なんで、小保方さんの不正が増えるのだろうか。
ttps://www.facebook.com/groups/1393691510903463/?ref=direct

465:2018/08/26(日) 15:10:45
あはははははは。また<青洟コピペ間抜け>がへそ踊りしてるわ。みんなで笑ってやって。

466:2018/08/26(日) 16:07:57
それをコアラに言ってやればw

フェイスブックにコピペしまくってるからww

みんなで笑ってやってww

467:2018/08/26(日) 17:34:30
青洟権太だあ。あははははは。

468名無しさん:2018/08/26(日) 20:27:25
>>463
『Failure to replicate the STAP cell phenomenon』
An anomalous allele frequency distribution observed in FI-SCs, and reciprocal analyses of FI-SC heterozygous SNVs in TSCs and TSC homozygous and heterozygous SNVs in FI-SCs, revealed that FI-SCs were derived from a C57BL6 strain origin, with approximately 10% contamination from TSCs (Fig. 1i and Extended Data Fig. 3). These are concordant with the findings from a recent RIKEN report .

469自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2018/08/27(月) 02:43:30
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

470地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう:2018/08/27(月) 05:17:26
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471在原業平:2018/08/27(月) 05:25:28
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

472小野小町:2018/08/27(月) 05:51:42
お気に入りは学さんが、所謂小保方さんの言うところの<幼弱な多能性段階>に
関する丹羽さんの論文を紹介中だわ。
根本さんのところではOoboeさんが初めて<理研の報告書の不備>を指摘して撤回させるのが
目的と、パートナー氏の戦略を開示されたわ。これで誤解は晴れるでしょうね。

473在原業平:2018/08/27(月) 05:59:56
XEN細胞に関してはアルイミオウジ氏がだいぶ論じているね。我々はそちらの方向に行く気はない。
というのもそれこそ専門家の仕事なんでね。小保方さんの見つけているスフィア細胞が何であるのか
という問題は小保方さん自身が述べているようにいずれ解明されていくよ。
我々の仕事は若山さんがスフィア細胞を如何にSTAP細胞に捏造してしまう結果を生んだ実験データを
小保方さんに渡してしまうことになったのかの経緯の解明だからね。

474ヘーゲル:2018/08/27(月) 06:02:09
本題頼むぜ。

475カール・ヤスパース:2018/08/27(月) 06:03:03
本題、何でしたっけ?

476デラ・ストリート:2018/08/27(月) 06:38:43
FI-SCに関する理研の嘘の可能性だわ。証拠が提示されていないということね。
>>
(調査結果) FI 幹細胞の RNA-seq データと NGS 解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により 得られた SNPs データを詳細に解析すると、大多数のアレルは B6 ゲノム配列と一致する のに対して、5-10%程度のアレル頻度を持つ SNPs 箇所が多く認められる。これは大部分 の RNA-seq データが B6 ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持っ た細胞から取得された RNA-seq サンプルが少量混じっている可能性を示す(少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ(CD1 系統)と酷似している)。

477在原業平:2018/08/27(月) 06:40:49
もう一度繰り返そうか。
>>
463: 在原業平 :2018/08/26(日) 10:26:29
ここはCD1が混じっているという根拠は示されていないからね。ここ推測に過ぎない。
むしろTSを入れたと誘導するためらCD1という言葉を出したのではないかな。それは
若山さんがGOFマウスでもFI-SCを作っていたということをごまかす役割も果たしているよな。

478小野小町:2018/08/27(月) 06:42:45
FES1とFES2の違いはちゃんと全解析比較して色分けグラフにしたわよね。そして違っている
部分を提示しているのに、こんな大事なところで、なんの証拠も提示してないのね。

479デラ・ストリート:2018/08/27(月) 06:47:13
彼らの主張を追いましょう。
>>
(調査結果) TS 細胞および FI 幹細胞の RNA-seq 解析に関しては、それぞれ複数サンプルがシークエ ンスされ、その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。それ以外の細 胞に関する RNA-seq では 1 サンプルしか解析されていない。このことに関し、理研に残 っていて論文には用いられていない RNA-seq データおよび複数サンプル解析を行った経 緯について調査を行った。

480ペリー・メイスン:2018/08/27(月) 06:49:27
①その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。

論文のどこに何が対応しているのかが示されてないね。これから示されるんだね。

481デラ・ストリート:2018/08/27(月) 06:50:43
続きよ。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテ ロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が 挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。

482ペリー・メイスン:2018/08/27(月) 06:58:45
②2012年8月に第1回目 TS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1)

例えばSAP細胞は何時提供されたのか?どうして他の細胞に関しては提出時期を伏せて隠しているのか。
特にCD1のTSは若山さんは作っていると言ってないがゆえに、丹羽研で準備されていると推測しているが、
全ての提出日が書かれて居たら簡単に関連の分かることだ。

③強く示唆された。

冗談言ってるのか。示唆ってなんだ。根拠は?

483一言居士:2018/08/27(月) 07:04:25
RNAシーケンシングって発現しているRNA部分だけだから、GFPの無い部分は分からないんだよ。
推測だけどSNPsの部分比較での推定じゃないかな。要するにしかと根拠がないということだ。
あれば部分SNPs比較でも図示して見せるでしょ。見せられないレベルだということ。

484デラ・ストリート:2018/08/27(月) 07:06:55
続きよ。
>>
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由 来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。

485ペリー・メイスン:2018/08/27(月) 07:13:07
二つの<及び>はどう対応しているんだ。
④2013年1月   TS 細胞 1 種類(TS2)
⑤6月      FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3)

なのか

④2013年1月   TS 細胞 1 種類(TS2) FI 幹細胞 1 種類(FI-SC2)
⑤6月      FI 幹細胞 1 種類(FI-SC3)

なのか。

486井伏鱒二:2018/08/27(月) 07:14:08
日本語何とかならんか。

487ヘリー・メイスン:2018/08/27(月) 07:17:02
⑥可能性が高い

その根拠!

⑦となっている。

<強く示唆された。>となっている、という意味か!

488開高健:2018/08/27(月) 07:18:38
日本語何とかならんか。

489ペリー・メイスン:2018/08/27(月) 07:24:45
⑧もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由 来データが混じったもの(FI-SC3)

論文に採用されたというのは樹状図のことか!
10%程度の別細胞由来データの証拠提示!
(CD1 の可能性が高い)の証拠提示!
1月と6月の間に若山さんの移転が有るんでそれぞれの時期の明示が必要だということが分からんのか!

490太安万侶:2018/08/27(月) 07:25:45
何の専門家か知らないが国語力テストは落第。

491三島由紀夫:2018/08/27(月) 07:26:32
達意っていうんだよ。

492谷崎潤一郎:2018/08/27(月) 07:41:02
僕の文章読本でも読んだら。

---第一の條件---「分らせる」やうに書くこと、

僕の非凡なところは

---「分らせる」ことにも限度があること

という目次部分をざっと眺めるだけでも「分かる」はずだ。

493三島由紀夫:2018/08/27(月) 07:44:28
大谷崎先生のは欧文脈の文章読本だからなあ。

494谷崎潤一郎:2018/08/27(月) 07:48:48
僕は、ちゃんと、「この読本は、いろいろの階級の、なるべく多くの人々に読んで
貰ふ目的で、通俗を旨として書いた。」と断ってるでしょ。」君のは文芸の味わい方の
面白さを教える本だね。皆が読んでいい文章が書けるようになるハウツー本でもない。

495小野小町:2018/08/27(月) 07:49:45
あなた方何か人に教えたかったら千年以上生きてからにしてね。

496大谷崎・三島:2018/08/27(月) 07:51:02
はああああい。

497デラ・ストリート:2018/08/27(月) 07:53:30
漫才終わった?続きよ。
>>
これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、 3 種類の FI 幹細胞 RNA-seq データは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2i に示された樹形(発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹)が変わることが確認さ れた。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹 井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そう と考えたとのことであった。

498:2018/08/27(月) 08:00:41
漫才と人の悪口は我々のストレス解消法だからなあ。

499ペリー・メイスン:2018/08/27(月) 08:08:13
<Letter Fig.2i に示された樹形(発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹)>が、
論文に採用されているという部分に対応していたんだね。複数でなく、樹形図だけだ。
達意の文章って、そういうときは最初から樹形図と言うね。
>>
480: ペリー・メイスン :2018/08/27(月) 06:49:27
①その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。

論文のどこに何が対応しているのかが示されてないね。これから示されるんだね。

500デラ・ストリート:2018/08/27(月) 08:13:21
もう一度貼り付けましょうかね。
>>
(調査結果) TS 細胞および FI 幹細胞の RNA-seq 解析に関しては、それぞれ複数サンプルがシークエ ンスされ、その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。それ以外の細 胞に関する RNA-seq では 1 サンプルしか解析されていない。このことに関し、理研に残 っていて論文には用いられていない RNA-seq データおよび複数サンプル解析を行った経 緯について調査を行った。

501ペリー・メイスン:2018/08/27(月) 08:17:22
<論文>を<Letter Fig.2i に示された樹形(発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹)>と
置き換えればいいんだね。
>>
(調査結果) TS 細胞および FI 幹細胞の RNA-seq 解析に関しては、それぞれ複数サンプルがシークエ ンスされ、その中の 1 サンプルずつの解析結果が<Letter Fig.2i に示された樹形(発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹)>に採用されている。それ以外の細 胞に関する RNA-seq では 1 サンプルしか解析されていない。このことに関し、理研に残 っていて論文には用いられていない RNA-seq データおよび複数サンプル解析を行った経 緯について調査を行った。

5026kkbja:2018/08/27(月) 08:18:42
<それ以外の細 胞に関する RNA-seq >ってなんのことだ?

503一言居士:2018/08/27(月) 08:29:57
誤送信。上は僕だ。論理の立て付けは以下だね。
>>
2−3−1−2.ChIP-seq や RNA-seq などの公開データに関する疑義
1)実際に RNA-seq、ChIP-seq に用いた細胞株/マウス系統が論文記載、公共データベー ス登録内容と異なっている
   (調査結果) 略
2)FI 幹細胞の RNA-seq データは二種類の細胞種を含んだサンプルに由来する
   (調査結果) 略
3)STAP 細胞由来 ChIP-seq (input)サンプルは 129B6 F1ES1 から取得された
  (調査結果) 略
4)未登録(論文には用いられていない)RNA-seq データの解析により、未登録 RNA-seq データで用いられていた細胞株/マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いる と Letter Fig.2i は再現できない
  (調査結果)
 TS 細胞および FI 幹細胞の RNA-seq 解析に関しては、それぞれ複数サンプルがシークエ ンスされ、その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。それ

504閲覧者:2018/08/27(月) 08:36:41
メイスンさんの怒りの矛先の対象は半分当たってるけど半分間違ってるかな。
<2-3-1-2.ChIP-seq や RNA-seq などの公開データに関する疑義>の本質である
サンプルの出所に関して何も調べずに最後にFI-SCに思慕の込まれて論文と概括したから
メイスンさんが怒ったんだけど、狭い範囲に絞りこめば、<論文>が<Letter Fig.2i に
示された樹形(発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹)>であることは紛らわしいのは
別として理解可能なはずだ。そういう好意的理解を阻んでいるのは、大本の疑義を放置したまま
細部を断定していることへの怒りでしょ。

505閲覧者:2018/08/27(月) 08:38:18
思慕の込まれて→絞り込まれて

506ペリー・メイスン:2018/08/27(月) 08:43:21
そうだね。この公共データベースと論文や、各種証言との矛盾が我々の最後の難関だよ。
桂報告は全く疑念に答えていないどころか、その疑念に蓋をしようとしていると睨んでいるよ。

507一言居士:2018/08/27(月) 09:29:00
で、僕の「<それ以外の細胞に関する RNA-seq >ってなんのことだ?」はどうなった?

508デラ・ストリート:2018/08/27(月) 09:32:07
何度でも貼り付けるわよ。
>>
(調査結果)
TS 細胞および FI 幹細胞の RNA-seq 解析に関しては、それぞれ複数サンプルがシークエ ンスされ、その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。それ以外の細 胞に関する RNA-seq では 1 サンプルしか解析されていない。

509閲覧者:2018/08/27(月) 09:36:11
樹状図と分かった以上、それ以外というのは<TS 細胞および FI 幹細胞>以外、
つまり①②⑤⑥ということだ。
>>
①CD45
②STAP
③TS
④FI-SC
⑤ES
⑥STAP-SC

510ペリー・メイスン:2018/08/27(月) 09:37:14
①②⑤⑥の提出日は!

511デラ・ストリート:2018/08/27(月) 10:22:16
RNA-seq 解析の公共データベース登録分は以下ね。SSR→SRRよ。
>>
SSR1171556 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1 derived from spleen C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
SSR1171557 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2 derived from spleen C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
SSR1171558 若山  Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1 129/Sv
SSR1171559 若山  Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2 129/Sv
SSR1171560 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1 C57BL/6x129/Sv
SSR1171561 若山  Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2 C57BL/6x129/Sv
SSR1171565 若山  FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv GOF+CD1
SSR1171566 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv GOF+CD1

512デラ・ストリート:2018/08/27(月) 10:30:28
SSR1171570 若山 Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv
SSR1171571 若山 Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv
SSR1171572 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv
SSR1171573 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv
SSR1171574 若山  Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv
SSR1171575 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv
SSR1171576 若山 Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv
SSR1171577 若山 Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv
SSR1171578 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
SSR1171579 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
SSR1171580 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
SSR1171581 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ

513デラ・ストリート:2018/08/27(月) 10:33:15
SSR1171585 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-Acr-CAG
SSR1171586 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-Acr-CAG
SSR1171590 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1
SSR1171591 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1

514一言居士:2018/08/27(月) 10:40:09
番号付けて欲しいんだけどな。

515デラ・ストリート:2018/08/27(月) 10:42:22
①SSR1171556 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1 derived from spleen C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
②SSR1171557 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2 derived from spleen C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
③SSR1171558 若山  Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1 129/Sv
④SSR1171559 若山  Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2 129/Sv
⑤SSR1171560 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1 C57BL/6x129/Sv
⑥SSR1171561 若山  Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2 C57BL/6x129/Sv
⑦SSR1171565 若山  FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv GOF+CD1
⑧SSR1171566 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv GOF+CD1
⑨SSR1171570 若山 Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv
⑩SSR1171571 若山 Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv
⑪SSR1171572 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv
⑫SSR1171573 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv

516デラ・ストリート:2018/08/27(月) 10:44:21
⑬SSR1171574 若山  Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv
⑭SSR1171575 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv
⑮SSR1171576 若山 Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1 C57BL/6x129/Sv
⑯SSR1171577 若山 Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2 C57BL/6x129/Sv
⑰SSR1171578 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
⑱SSR1171579 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
⑲SSR1171580 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
⑳SSR1171581 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
㉑SSR1171585 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-Acr-CAG
㉒SSR1171586 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-Acr-CAG
㉓SSR1171590 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1
㉔SSR1171591 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1

517一言居士:2018/08/27(月) 10:45:59
そうだね。それてどれがどうなっているか、幾分分かるね。
>>
>>
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由 来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。

518閲覧者:2018/08/27(月) 10:52:21
TSに関しては(TS2)というのが丹羽研の㉓㉔で桂報告書の書き手の未達意の文章の所為で
はっきりしないが1月か6月のどちらかに提出されていて、かつ、8月に別の(TS1)の分析依頼提出があって、
それが多分若山さんのこかコントロールTSだと推測されるね。公共データペースには
登録されなかったということだね。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテ ロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が 挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。

519一言居士:2018/08/27(月) 11:01:30
ふむ。TSに関して公共データ登録されたのは丹羽さんの㉓㉔だったということは
樹状図に出ているものは公共データ登録されていると考えていいね。となると、
樹状図のCD45は①②⑪⑫だね。STAP細胞は⑰⑱⑲⑳だ。TSは㉓㉔しかない。FI-SCは
⑦⑧㉑㉒だね。ESは⑤⑥⑬⑭だ。STAP-SCは㉑㉒しかないね。

520小野小町:2018/08/27(月) 11:07:43
FI-SC間違ってるわ。
>>
CD45=①②⑪⑫
STAP細胞=⑰⑱⑲⑳
TS=㉓㉔
FI-SC=⑦⑧
ES=⑤⑥⑬⑭
STAP-SC=㉑㉒

だわよ。

521閲覧者:2018/08/27(月) 11:11:04
FI-SCに関しては(FI-SC2)は公共データベース登録されていない分だね。そして(FI-SC3)が⑦⑧ということになるね。
>>
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由 来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。

522小野小町:2018/08/27(月) 11:33:18
あれ?(FI-SC1)もないわね。

TS1=8月分析若山コントロールTS(129xB6 へテ ロ系統マウス由来:CAG-GFP)
FI-SC1=8月分析(129xB6 へテ ロ系統マウス由来:Acr-GFP/CAG-GFP)
FI-SC2=1or6月分析(129xB6 へテ ロ系統マウス由来:Acr-GFP/CAG-GFP)

TS2=1or6月分析丹羽研TS(CD1)
FI-SC3=1or6月分析(B6ホモマウス由来-90%:Oct4-GFP + CD1?-10%)

523在原業平:2018/08/27(月) 11:37:58
最後の奴が公共データベース登録されているということだね。FI-SC3にCD1の丹羽さんの
TSが混ぜられていると仄めかしているのが桂報告だな。

524一言居士:2018/08/27(月) 11:43:21
ところがTSを混ぜるなら今まで全部アクロシン入りだったFI-SCを止めて
いきなりGOFマウスESにTSを盛ぜるという意味が分からないね。小保方さんは
FI-SCを作れないよ。ということはこれは別に作られたGOF由来FI-SCだよね。

525閲覧者:2018/08/27(月) 11:50:37
いつの分析分かは不明だけどFI-SCのChIPSeq分は公共データベース登録されているんだぜ。
これって、
FI-SC1=8月分析(129xB6 へテ ロ系統マウス由来:Acr-GFP/CAG-GFP)
FI-SC2=1or6月分析(129xB6 へテ ロ系統マウス由来:Acr-GFP/CAG-GFP)

と同じ、アクロシン入りだよ。これを分析してTs.MarkerさんはESとは違う
遺伝子発現を確認している。我々はそれを小保方核使用ntESだと言ってるんだけどな。
和モガさんはこれが本物のFI-SCだと言ってる。ところがこれを使っては樹状図が
できなかったから、小保方さんが
FI-SC3=1or6月分析(B6ホモマウス由来-90%:Oct4-GFP + CD1?-10%)
を使って図を捏造したというんだけど、小保方さんはF1の代わりにGOF由来のFI-SCに
取り替えただけでしょ。CD1って何を分析してそう言ってるのかな。ひょっとして、
TS特異的遺伝子発現がででたからかい?

526谷崎潤一郎:2018/08/27(月) 11:53:30
僕の文章読本読んでもう一度桂報告書書き直してくれないかな。
ちゃんとわかるように説明しておくれな。

527小野小町:2018/08/27(月) 12:02:03
ま、ランチね。

youtube.com/watch?v=6KMGcOYHSs0

528ふむ:2018/08/27(月) 12:02:54
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💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊
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❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 🌃 🔔 🔎
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529名無しさん:2018/08/27(月) 12:58:13
711名無しゲノムのクローンさん2018/08/27(月) 02:40:26.11ID:oo36sZDr0>>712
>>710
そうだね。
小保方が不正認定されたデータの捏造、改ざんにはどれも決定的な証拠があるから、
今からどうやっても絶対にくつがえすことはできない。

擁護は小保方にかけられた混入の嫌疑を晴らしたいみたいだが、
小保方が混入の形跡を消す捏造、改ざんをしていたのは確か。

桂調査では混入者は不明となったのに、深堀りすると藪蛇になるのではと思う。

530名無しさん:2018/08/27(月) 12:59:40
712名無しゲノムのクローンさん2018/08/27(月) 10:09:46.89ID:BjKLzDRbd
>>711
若山氏や若山研のメンバーがES細胞を混入しようと思ったら、わざわざ自分たちが一番疑われるようなAcr-GFPが挿入された細胞を使うわけないよね。彼らは日常的にキメラマウスの実験に使うES細胞を作成しているのだから、混入するならそれ用のES細胞を作ればバレないから

531名無しさん:2018/08/27(月) 13:00:46
714名無しゲノムのクローンさん2018/08/27(月) 10:27:21.90ID:BjKLzDRbd
712のつづき
だから、711が言っているように、ES細胞混入問題を深堀りすると、却ってオボにとっては不都合な真実が暴かれることになると思うよ。
オボが手記や日記でこの点を必死に言い訳したり他者に責任転嫁しているのは、自分にとってすごく痛いところだからだよね。

532:2018/08/27(月) 17:51:53
青洟コピペ間抜けが来たな。がははははは。青洟権太、ハヨシ死ねよ。世のため、人のために。

533名無しさん:2018/08/27(月) 18:18:06
>>532

君なぁ・・・

「死ね」っていう言葉をよく吐いているけど、その言葉は人に滅多に吐いたらいけないよ。

でないと、早死にするよ。

534名無しさん:2018/08/27(月) 18:18:54
>>532

君なぁ・・・

「死ね」っていう言葉をよく吐いているけど、その言葉は人に滅多に吐いたらいけないよ。

でないと、早死にするよ。

535名無しさん:2018/08/27(月) 20:06:40
719 名前:名無しゲノムのクローンさん 2018/08/27(月) 13:51:35.51 ID:oo36sZDr0
>>712
若山さんがES細胞を混入したとしても、混入サンプルを解析してたのは小保方だから、
そこで「混入あり」のデータを出されたら、混入作戦はそこで阻まれる。
STAPじゃないデータで論文を書けるわけがないんだから。

若山研だけで混入があって、笹井研やバカンティ研で本物のSTAP細胞が作られていたら、犯人は若山研の人間だとモロバレになる。
それに混入したら再現できないと、若山さんならよーくわかっていたはず。

若山さんや若山研メンバーにとって、混入作戦は成功の見込みはなくマイナスだらけなのに自分から破滅に向かうわけがない。

そうやって一個一個考えれば、若山さんや若山研メンバーではありえないとわかるのにね。擁護はそろって無能だからな。

536:2018/08/27(月) 21:16:51
早く死ね。お前はこの世に不要。ぐははははははは。あっぽ。

537小学生:2018/08/27(月) 21:18:14
お父さん。また青洟コピペ間抜けだよ。くふふ。

538名無しさん:2018/08/27(月) 21:18:53
親指。

539自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2018/08/28(火) 02:32:30
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

540地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう:2018/08/28(火) 03:32:26
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😡 😱 👿 💀 👹 🐝 🌅 👰 
👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 
👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 
💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 🎶 🎵 🎧 🔊 📞 🔫 🚓 🍸 
☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 
💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊
♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 
🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 
❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 🌃 🔔 🔎
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 ▶ ▶ ↩

541在原業平:2018/08/28(火) 03:33:32
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

542小野小町:2018/08/28(火) 03:35:00
お気に入りは西岡さんのところだわ。どんな資料が発見されたのかしら。

543在原業平:2018/08/28(火) 03:42:33
どんな資料なんだろうね。西岡さんが言うんだから、何か確信があったのかな。
>>
理研の報告書は、STAP細胞がES細胞であったという仮説をもともと証明していません。しかし、それに加えて、小保方さんが「ES細胞を使って有りもしない細胞を捏造した。」とする主張をする側が、小保方さんを陥れようとした可能性を強く示唆する資料が発見されました。

544小野小町:2018/08/28(火) 03:44:13
渋谷さんも確認されたのかしらね。
>>
渋谷一郎 その通りですね。
桂調査委員会報告書は、若山照彦氏が作製したSTAP幹細胞とよく似たES細胞が発見されたと述べているだけで、何の証明にもなっていません。
しかもそのES細胞自体に、その証拠能力に疑義がでています。
さらに言えば、小保方氏が作製したとされる多能性細胞特異的分子マーカーの発現したSTAP様細胞塊については科学的、実証的に否定できていません。
理研が行った「STAP現象の検証結果」でも、小保方チームも、丹羽仁史チームも、数は少ないもののSTAP様細胞塊の作製に成功しています。
今後、桂調査委員会報告書の疑問点、問題点がどんどん明らかになっていくでしょうね。
こうした疑義に対して、理研がどう対応するか、注目です。

545在原業平:2018/08/28(火) 03:47:36
渋谷さんの言ってることはその通りなんだけど西岡さんのおっしゃる新しい情報には
何もに触れられていないよ。今までに分かっていることだけだ。

546在原業平:2018/08/28(火) 03:48:43
<小保方さんを陥れようとした可能性を強く示唆する資料が発見されました。>というのが
ニューズね。そしてその中身はまだ紹介されていないのよね。

547在原業平:2018/08/28(火) 03:52:03
小町ちゃん、僕の名前で書きこまないでね。
その中身が今まで紹介されてきたOoboeさんとパートナー氏資料だけだったら、
まだ何も言えてないよ。ただ、もっとたくさん未公開資料があることが、Ooboeさんに
よって予告されているからね。

548小野小町:2018/08/28(火) 03:54:37
Ooboeさんは自分しか知らない資料によって説明しているから他人の理解は得られないわね。
根本さんが今までのOoboeさんの説明を纏めて、その上で批判されているわね。あれが、
一般的理解でしょうね。

549在原業平:2018/08/28(火) 04:03:51
MTAの問題、試料の大本の出所(京大太田さん)、それが理研にわたる経路
(若山さん経由)に関しては、我々もすでに批判しているように、Ooboeさんの
理解は曖昧だ。でも、すでに彼女がパートナー氏の戦略を開示したように、
向こうが逃げられないようにするために知っている情報を隠している。我々が
知らない情報が有るんだからその時期が来るまで判断留保しておくしかないね。

550小野小町:2018/08/28(火) 04:09:31
根本さんはFES1を含む太田細胞が理研にわたる経路(若山さん経由)の重要性には
お気づきでないわね。太田ESは若山さんのところで入れ替えられているということの
重要性に気づかれていない。Ooboeさんは入れ替えられているのでなければ、犯人は
小保方さんになるということには触れないからね。和モガさんも、入れ替えられて
いるということは主張するんだけど、入れ替えられていなければ小保方さんが
犯人になるんだよということを考え切れていないのね。だからその重大性の指摘を
しないのね。

551在原業平:2018/08/28(火) 04:18:54
入れ替えは必ずあったんだ。それは残されていないはずのFES1よりも、残されていた
学生のntESの方でむしろ先鋭化される問題だ。GLSは学生のntESであったと証明されている。
若山さんは小保方さんが持っていた木星リストの
102 GOF ES1 1 ■■由来→小保方
の中身をGLSに入れ替えてるんだ。


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