ペーパー一枚の報告に向けて、その3 - 1534541215

1：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/08/18(土) 06:26:55: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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382：デラ・ストリート：2018/08/25(土) 16:52:48: そうね。そのことに和モガさんも触れている。
>>
和モガ
‏@wamoga
2016年4月3日
検証実験チームの相澤チームリーダーは、「この実験ではGap（ギャップ）、この酵素遺伝子は一般的に生きている細胞を判定するために使われるマーカーとして使われるんですけれども、この酵素の再現値が低くてPCR条件の設定にいくつかの、サンプル処理にいくつかの問題がある。」
>>
2016年4月3日
「言い変えますと、247のサンプルを示しましたけど、その中でこれが有意に認められるようなサンプルは53個しか得られなかったという問題点を解析に一部残しています。」と述べていたけど、小保方氏にとって有意なサンプルが除外されている可能性があると思う。
383：ペリー・メイスン：2018/08/25(土) 17:02:14: 二つ問題があって、相澤さんは特許申請維持ができるか否かという観点から検証実験を行っている。
簡単に言うと論文通りのSTAP細胞が再現できるかという観点だ。
①彼はGAPの解釈に間違いがあって、あの論文になってると指摘している。
②小保方さんは間違いをしているからあの論文データを出している。
小保方さんの間違った考え通りにデータを出したら論文の再現になって、
彼女が嘘をついているか否かの確認ができたのに、それをしなかった。
彼は論文が間違っているから特許は取り下げるべきだという検証をしたんだ。
論文の再現実験になってない。それは既に指摘済みで、彼の仕事は
そういう意味の再現実験だったということで、我々は誰が嘘をついてているかを
今検証し直している。
384：デラ・ストリート：2018/08/25(土) 17:05:20: そのあたりはいいわね。サクサク行くわよ。
>>
和モガ
‏@wamoga
2016年4月3日
有意に認められるようなサンプルは53個しか得られなかったと言ってますけど、図に掲載されてるのはATP1～23、Hcl1～26の合計49個しかないんですけど。掲載するデータをどれにするか、いじってて数が合わなくなったんじゃないですか。
385：ペリー・メイスン：2018/08/25(土) 17:07:44: はは、おっしゃる通りだと思いますね。4個抜けちゃってる。
386：デラ・ストリート：2018/08/25(土) 17:09:27: はい、次よ。
>>
和モガ
‏@wamoga
2016年4月3日
下段のSTAP様細胞塊と多能性マーカーの「ATP-No.1」は対応しています。その多能性マーカー発現量はES細胞に匹敵します。それが検証結果の画像では緑と赤に光り、まるで自家蛍光のようです。こんなことあり得るのでしょうか？
387：ペリー・メイスン：2018/08/25(土) 17:19:51: 一部自家蛍光と共存していても変じゃないよね。ライブセルイメージングだと
いずれ消えるけど、一時的には共存している。何も不思議はない。結局最も不思議なのは
対数表示だからね。GFPもOct4蛋白も出過ぎているんだよね。それは相対的にGAPの発現が
小さすぎると判断されているんだね。ただ、この実験でこの件に関して何か結論めいたことを
言えるほど詳しく調べられてはいないということだね。これについて何か本格的に
言いたかったら本職が自分で調べないと。
388：デラ・ストリート：2018/08/25(土) 17:25:24: 次よ。
>>
和モガ
‏@wamoga
2016年4月3日
この画像のSTAP様細胞塊の明視野と緑色と赤色の画像はよくみると対応してないんじゃないかと思う。緑と赤の画像は同じだけど、それが明視野の画像に対応していないんじゃないかと。
389：ペリー・メイスン：2018/08/25(土) 17:35:31: それはないよ。和モガさんがそう思うのは
①赤の全くない細胞塊が小保方さんのHPにある。
②再現実験データの53を49に間違えてる。
③自家蛍光は6時間程度で消えることから駒落としのライブセルイメージングに自家蛍光がほとんど映り込まないという事実を確認されてない。
④この時点では日記の公開はないが、相澤さんは小保方さんの見方だと知ってない。
⑤相澤さんはntES-G1の太田論文を確認してくれた先生であるようにOoboeさんが書いてる時点でない。
の理由で疑義したんでしょうね。
390：デラ・ストリート：2018/08/25(土) 17:59:11: はい、駆け足ね。
>>
和モガ
‏@wamoga
2016年4月3日
データをみた人は、理研が行った「STAP現象の検証実験」の報告結果に疑問を持つだろうね。「ES細胞の混入」なんて言葉はもう、出なくなるんじゃないかな。
391：ペリー・メイスン：2018/08/25(土) 18:00:30: 南青山さんへのリツイートだね。まんざら知らない人でもないかな。
392：デラ・ストリート：2018/08/25(土) 18:04:08: 今日はここまでね。
>>
和モガ
@wamoga
2016年4月11日
STAP細胞　Typical Result 輪郭拡大版：加工の痕跡なし確定！
393：デラ・ストリート：2018/08/25(土) 18:05:06: 今日はここまでね。
>>
和モガ
@wamoga
2016年4月11日
STAP細胞　Typical Result 輪郭拡大版：加工の痕跡なし確定！
394：ペリー・メイスン：2018/08/25(土) 18:11:34: 白鳥ブログさんだね。写真は本物だよね。Ooboeさんのパートナー氏のでも
分かる。赤ナシであんなに沢山緑色蛍光している。僕はあれを見て、
ライブセルイメージングの結果も勘案すると、再現実験は本当に7日待ったかという疑義を
抱いている。というのも自家蛍光は6時間で消える。そしてだんだん少なくなってくる。
最後には緑だけになる。それを中日頃の緑の蛍光細胞をすぐに赤フィルターで同時
確認してないか。すると両方出る。待てば赤が消えてくるんだよ。
ただし、この細胞は本物でもキメラは出来ない。確認済だよね。若山さんが何もしないで
キメラが出来るわけはないんだ。
395：小野小町：2018/08/25(土) 18:20:49: また、明日ね。あったら。

youtube.com/watch?v=bDCpgO3Xxi4
396：ふむ：2018/08/25(土) 18:21:43: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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397：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2018/08/26(日) 01:28:47: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
398：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/08/26(日) 04:32:37: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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399：在原業平：2018/08/26(日) 04:34:01: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
400：小野小町：2018/08/26(日) 04:35:24: あら何とか今日が現象してくれたのね。
401：在原業平：2018/08/26(日) 04:47:07: アルイミオウジ氏は最近音沙汰無いね。僕と同じ病気の既往者らしいけど大丈夫かな。
夏は不整脈が出やすいからね。特に今年はこれだけの暑さだものな。
402：小野小町：2018/08/26(日) 04:50:52: お気に入りは学さんがXEN細胞の解説よ。Ooboeさんが根本さんのところで四苦八苦されてるわね。
ガンバレでも話題になってる。
403：在原業平：2018/08/26(日) 05:08:39: 14Pの記述から理研で解析されたFES1が太田さんからもたらされたなんてことは導けないよ。
これは彼女が資料館に入れてくれと頼んだ文章に関して、我々が既に注意してたことだよね。
>>
64：司書：2018/03/03(土) 19:50:44
(続き)
この4ペ－ジで曖昧にされた上段山梨若山研保存の取り寄せサンプルについて理研に確認しました。
上から、5段目、7段目サンプルが山梨若山研から予備調査時にMTAせず取り寄せています。

さて下段4種類の取り寄せは、この4ペ－ジでは判明しませんが、14ペ－ジ記述によって、京都大学、太田浩研究員であることが調べれば判明できる記述を調査報告書は回りくどくしています。
そして、ご本人も日経サイエンス記事で記者の取材に証言しています。(ところが取材を受けた当人は日経S記事を読んでいないとのことです。)
2017/12/17(日) 午後 3:46[ Ooboe ]返信する
404：在原業平：2018/08/26(日) 05:09:36: >>
65：司書：2018/03/03(土) 19:51:31
(続き)
調査報告書4ペ－ジ()は私の補足

(b)Stap幹細胞FLS及びFI幹細胞CTSはES細胞FES1由来である。

この解析結果を導いた「ES細胞FES1」というコントロール細胞は
そして14ペ－ジにおいて、
2005年にCDB山梨若研に在籍していた現在京都大学に在籍している太田浩が作製し、、2010年にCDB若山研から全て持ち出し、京都大学にて保存していたAcrCag共挿入候補のESサンプルの中から、解析特定された調査試料サンプルであることが判る形の報告書記述になっています。

調査委員会報告書14ペ－ジによってAcrCag共挿入Stap関連サンプルの結論を導いた、AcrCag共挿入のES細胞は太田氏作製FES1と特定していることがわかります。
この14ペ－ジになって、取り寄せたのが京都大学太田氏からと、やっと判明できるのです。
2017/12/17(日) 午後 4:26[ Ooboe ]返信する
405：在原業平：2018/08/26(日) 05:10:46: 66：司書：2018/03/03(土) 19:52:12
(続き)
14ペ－ジの重要箇所を引用します。

下から9行目

ES細胞混入のもう１つの謎は、ES細胞FES1がどのようにしてStap細胞研究時のCDB若山研に存在したかである。

ES細胞FES1は、2005年に当時のCDB若山研メンバ－によって樹立されたが、その後研究に使わず、
2010年3月(CDB若山研Stap研究が始まる前)に転出した時に、ES細胞FES1の凍結保存試料を全部持ち出して、CDB若山研には残されてなかったとされている。
略
しかしCDB若山研が終了した後に小保方研のフリ－ザに残っていた「129GFPES」と書かれた試料が(2014年6月16日発見NHkニュ－ス)見つかった。
この試料は
略、
ES細胞FES1とほぼ同一であることが判明したが
略
(だれも知らないと回答)
2017/12/17(日) 午後 4:51[ Ooboe ]返信する
406：在原業平：2018/08/26(日) 05:11:40: >>
67：司書：2018/03/03(土) 19:52:49
ダブってしまうかもしれませんが

簡単に

この14P記述によりSTAP幹細胞FLSなどはES細胞FES1に由来する、の最重要結論を導いたES細胞FES1という調査サンプルは、京都大学保存太田氏から取り寄せた、ということになります。
2017/12/17(日) 午後 9:55[ Ooboe ]返信する
407：小野小町：2018/08/26(日) 05:19:16: Ooboeさんは解析に使われたFES1が太田氏の作製だということが14Pで初めて書かれていて、
4Pのリストには無いと言ってるだけね。ただ、そんなことは皆分かっているんで、
皆が知りたがっていることは、京都大学にしか無いはずのその太田さんのFES1は
太田さんから直接理研の解析担当にもたらされたのか、それとも太田さんから若山さんを
経由してもたらされたのか、更に或いは若山さんが他の研究所に送ったものが、その
その研究所経由で理研の解析担当にもたらされたのかということを知りたがっているのね。
その答えとして<ES細胞FES1という調査サンプルは、京都大学保存太田氏から取り寄せた、
ということになります。>と言ってしまうと、ではその証拠は、ということになる。まだ
その証拠は提示されていませんわね。
408：在原業平：2018/08/26(日) 05:33:05: 我々が今までOoboeさんから知らされた事実は、
①太田さんはなにがしかの細胞を7/1着指定で、山梨大にクロネコヤマトで送っている。
②理研はパートナー氏の質問に対して、CDBの研究者が電話で依頼し、山梨大からFES1とntES-G1を受けとったと応えている。
③FES2とntES-G2に関しては山梨以外の別のところから受け取ったと理研の複数の部署の確認を取っている。
の三つだ。根本ブログでのやり取りはそういう経緯を知らない周回遅れの人と、Ooboeさんの不要な説明によって混乱しているものだ。
14Pの説明なんか必要ないし、14Pに書かれているのは分析された試料は太田さんのだということだけで、それが如何なるルートで
取り寄せられたかなんて書かれていない。質問者の質問とOoboeさんの意図が食い違っているだけだ。質問者は
分析された試料が太田さんのESだということは分かってる。Ooboeさんが分かって無かったことを人も分かってないと
誤解して余計な説明をしているだけだ。
409：小野小町：2018/08/26(日) 05:38:27: ③もOoboeさんは誤解を招く説明をしそうね。山梨以外は
①太田さんから直接
②若山さんが送った他の研究所から入手
の二通りあるのに、Ooboeさんは①であろうと短絡しているわね。そうかもしれないし
②かもしれない。どちらかに断定するときは証拠を示さないといけないわね。
これからの説明で気をつけて欲しいわね。今は言えないことがあるならそういう事情を説明して
こう思っているのだと書くべきよ。そうしないと人々が混乱する。
410：在原業平：2018/08/26(日) 05:47:17: 周回遅れ者との対応の話を離れて、資料館には重要な証言があるんでね。
東北大には若山さんはFES1、FES2、ntESを送っている。問い合わせはサイエンスをの記事を
参考に東北大に問い合わせた結果、<3種の細胞は>という答えを得ている。
くなくともFES2を若山さんは東北大に送っている。それに対してntES-G1とG2に
ンしては詳細は分からない。というのもパートナー氏がサイエンス記事を根拠に
二つを区別せずに、<ntES>と問い合わせたから、<三種>と返された。
411：在原業平：2018/08/26(日) 05:50:31: くなくとも→少なくとも

ンしては→関しては
412：小野小町：2018/08/26(日) 06:03:53: FESに関しては太田さんは1も2も若山さんに送っているのでなければならないわね。
ところが理研の解析担当(松崎だわね)は1しか取り寄せなかった。そして後に、
山梨以外から、つまり太田さん直か、例えば東北大(東大と放医研に何を
送っていたかは不明)から取り寄せたのね。
413：在原業平：2018/08/26(日) 06:13:35: 若山さんのところでFES1の中身がFLSに入れ替えられたことは和モガさんと
我々の検討で意見一致している。ではFES2はどうか。そもそも中身の入れ替えを
前提してしまうと、これら若山研から出たサンプルが太田さんの送ったもの
そのままであるかということすら保証されていない。若山研に保管されていた
ものかもしれない。ましてや、並行して取り扱われているntES-G1に関しては
親の雌雄が違っている。桂報告はこんな重大なことさえスルーしてしまっている。
間抜けとしか言いようがないよね。相澤さんは少なくともそれを見て、重大事だと
受け取って、よく調べた結果パートナー氏の資料公開に協力してくれている。
警察ならここを調べるだけで若山さんが犯人だということを突き止めてしまうだろうね。
警察の調査は桂調査みたいないい加減なことでは済まされないよ。人を処罰ししてしまう
結果を伴うんだからね。厳しいよ。ただし、この件は刑法犯罪を構成してないんだよな。
だから警察が入るということはないよね。
414：ペリー・メイスン：2018/08/26(日) 06:20:10: まあ、せいぜいパワハラの類かな。民事だから本人が訴えてないから、若山さんを
起訴するのは難しいだろうね。市民団体が告発するなら別だけど、罪状は何にするかな。
それよりも桂報告は間違ってるんだからそれを理研に是認させて訂正させるのが一番いいね。
間違いの報告書を世界に発信したままなんて恥ずかしくてたまらんだろうよ。
理研が間違いを修正したら今度は早稲田はどうしたと質問すればいいんだ。なんか、もう
私学助成金もやめようという結構な流れだから、文科省の天下りを全員追い出して、小保方さんの
博士号の取り消しの取り消しをさせるべきでしょ。
415：デラ・ストリート：2018/08/26(日) 06:22:24: 文科省自体の取りつぶしも近そうね。
416：在原業平：2018/08/26(日) 06:23:20: ふんどし緩み切ってるんだよな。
417：鉄：2018/08/26(日) 06:27:53: スパイ防止法の成立が喫緊の課題だね。糞金はもうすぐ殺されるだろうけど、
特亜の悪事が収まるまでは日本は拳骨を鍛えてないといけないね。一般人でも
瓦5枚は割れないと。ひひひひひ。年寄りは倉庫の中で眠ってるゴルフクラブで
一人一殺だ。どうせ近々死んじまうんだ。スパイの頭を勝ち割ってから死のうぜ。
418：ふふふ：2018/08/26(日) 06:29:01: 鉄、朝から威勢がいいなあ。張り切ってるとまた不整脈が出るぞ。
419：ヘーゲル：2018/08/26(日) 06:32:14: 朝夕めっきり涼しくなってきましたね。
本題頼むぜ。
420：カール・ヤスパース：2018/08/26(日) 06:34:30: 明日もまた精神が現象しますように。
本題、何でしたっけ?
421：デラ・ストリート：2018/08/26(日) 06:41:11: 美貌が保たれますように。
>>
和モガ
‏@wamoga
2017年7月6日
STAP細胞がES細胞の混入ではなかったことをTs.Markerさんが見つけたらしい。
422：在原業平：2018/08/26(日) 06:42:34: えぇぇぇっ!デラさん、すっ飛ばした?
423：デラ・ストリート：2018/08/26(日) 06:43:52: そうよ、明日精神が現象しなかったらいけないから、一気に本題突入よ。
424：一言居士：2018/08/26(日) 06:46:53: いいでしょ。我々は我々なりに飛ばしたところは考察済のことだからね。和モガさんとの
違いをチェックしていきたい気持ちは山々だけど、最大の問題がここなんだから、こっちを
先にやろうというのには賛成だ。
425：閲覧者：2018/08/26(日) 07:01:54: Ts.Markerブログの2017/5/10分だね。otameshiだね。
>>
SSR1171590　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1
SSR1171581　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
SSR1171560　若山　　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv
426：一言居士：2018/08/26(日) 07:07:19: TSは丹羽研で作られたCD1(ICR)マウス由来のものだね。丹羽研で提供されたのは
樹上図を作る時に若山さんのコントロールTSのデータでは良いデータにならなかったが、
若山さんは理研に居ないから丹羽さんのところで作って検査し直したものだろうと
推測されている。ESはコントロールESだね。
この上二つからSox21が検出されていて、ESには無い。
427：デラ・ストリート：2018/08/26(日) 07:11:31: 次ね。
>>
和モガ
‏@wamoga
2017年7月6日
FI幹細胞の遺伝子発現量を調べるとES特異遺伝子とTS特異遺伝子が両方発現してました。
428：閲覧者：2018/08/26(日) 07:25:25: Ts.Markerブログの2017/7/5分だね。やっぱりね、だね。
>>
SSR1171567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
SSR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
SSR1171569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
429：一言居士：2018/08/26(日) 07:33:12: ES特異遺伝子(Oct4)とTS特異遺伝子(Cdx2)がSSR1171568にみられるといってるんだね。
ついでにこのSSR1171568のTs.Markerさん解析はLetter Figure 4-bのFI-SCとぴったり
一致していると言ってる。
430：デラ・ストリート：2018/08/26(日) 07:35:28: 次よ。
>>
和モガ
‏@wamoga
2017年7月8日
「STAP細胞事件」-桂調査委員会の結論が一発で吹き飛んだ解析データ
431：閲覧者：2018/08/26(日) 07:42:41: まず最初にotameshi の方の和モガさん解説だね。2017/7/8ブログになるね。もう何度もやったところだけど、何度でもお浚いだ。
これはSOX21はTS特異的遺伝子発現だということが根拠になっていて、その根拠が崩れると結論も崩れてしまうことだね。
そして我々は検討の結果、これは遠藤論文でそう判断されているから和モガさんもそうだと思っているに過ぎないことをつきとめたね。
むろん、そこに事実としてTSにSOX21が発現しているということもあるからね。
432：一言居士：2018/08/26(日) 07:58:07: 遠藤さんもTSにあるからTS特異遺伝子だと思い込んでるだけみたいだね。
ここはそうかもしれないけどそうでないかもしれないんで、調べたことも無いような
人の断言できるところでないね。丹羽さんみたいな専門家の判断、もしくは検証結果
報告の必要なところだけど、そういう論文の提示と学会内での承認状況の確認もないよね。
これは小保方さんのティシュー論文にもあって、そこではCdx2はES特異的で、スフィア特異的で
無いと結論されていたのに、STAP細胞では酸浴だということもあってか、むしろSTAP特異的と
判断されている。丹羽さんがこの解析は浅い解析で今後深めていくべき課題と言ったことが
手記に書き留められているね。そういう事情は和モガさんの判断にも適用されるべきだろうね。
433：シャーロック・ホームズ：2018/08/26(日) 08:01:53: そういう前提を置いた上で、仮に和モガさんの推定が正したかったとしたら、我々の
ntES論は成立しないのかな。つまり小保方さんの作ったSTAP細胞からTS特異的マーカーが
出たということはそれがntESでないことを証明しているのかな?
434：ドクター・ワトソン：2018/08/26(日) 08:10:43: まず常識的な判断から考えるとして、ntESもESだ。インナーセルマスから作られている。
だから、Sox21がTS特異的遺伝子発現だという前提なら、STAP細胞にそれが発現している以上
ES細胞ではありえないのと同様にntESでもあり得ないということになるね。
次にサンプルの信頼性だけど、この細胞は小保方さんはB6/129だと届け出ている。
でも、中身は129/B6-CAGであった。つまり小保方さんは嘘をつかれているんだよね。
435：シャーロック・ホームズ：2018/08/26(日) 08:14:25: サンプルは小保方さんが一人で調整してきたと桂報告は書いているけど、手記によれば
それは嘘で詳しい先輩(野老さんだな)に手伝ってもらっている。この雌雄の違いは論文にも
現れていて、若山さんの実験中の嘘が疑われているところなんで、何ら確定的なことは
言えないんだな。
436：ドクター・ワトソン：2018/08/26(日) 08:19:14: そういうことだ。STAP細胞は確かに小保方さんが作るんだけど、一旦若山さんに
渡すからね。野老さんを通して、その一部が戻ってくる可能性もあるんで、何とも
言えないところだ。若山さんの指示で皆で手分け作業する形になってる。確定的なことは
何も言えないよ。ただ矛盾だらけだということだな。
次に、今度はESとntESとどう違うのかは最も知ってるのは若山さんだということね。Sox21が
ESには出ないがntESには出るということがあるのかないのかも全く検討されていない。
437：小野小町：2018/08/26(日) 08:21:48: そうね。そこはそもそも和モガさんはntES論者じゃないしその可能性にも気づいていなかったんだから
考えてないのは当然ね。
438：在原業平：2018/08/26(日) 08:27:38: 結局、
①Sox21がTS特異的遺伝子であるという学会内での承認は提示されていない。
②Sox21がTS特異的遺伝子であると仮定すると、SSR1171581はESではない。
③Sox21がTS特異的遺伝子であると仮定すると、SSR1171581は常識的にはntESでもない。
④Sox21がTS特異的遺伝子であると仮定すると、SSR1171581は常識の通用しないntESであり得る。
⑤SSR1171581がSTAP細胞ではない可能性すらある。
こういうことでいいのかな。
439：一言居士：2018/08/26(日) 08:30:20: いいよ。その上で我々小保方さん無実論者にとっては、STAP細胞由来と称する
キメラ胎児、胎盤と卵黄嚢は実際に光っているということを付け加えておくべきだな。
440：閲覧者：2018/08/26(日) 08:35:58: それはむしろ若山さんの捏造を示唆しているんだね。論文捏造ではないけれど
小保方さんを引き留めるための自己顕示エイプリルフールだね。或いは何かまだ
知られていないプロモーションがらみだったか。そのあたりはまだまだ先の解明になるね。
441：デラ・ストリート：2018/08/26(日) 08:38:55: じゃ、FI-SCの方ね。
>>
和モガ
‏@wamoga
2017年7月10日
「STAP細胞事件」-FI幹細胞の存在を証明する解析データ
442：一言居士：2018/08/26(日) 08:50:30: 2017/7/11のブログだね。
>>
「STAP細胞事件」-FI幹細胞の存在を証明する解析データ
Ts.Markerブログの5月10日の記事は「STAP細胞はES細胞由来」を否定するものだったが、7月5日の記事はFI幹細胞の存在を証明するものである。
443：閲覧者：2018/08/26(日) 08:53:19: この解説はど素人の我々にはとても勉強になるね。
>>
小保方氏が登録した公共データベースにはFI幹細胞に関するデータが2種類あり、ひとつはRNA-seqデータで、もうひとつはChIP-seqデータである。
RNA-seqデータはFI幹細胞の遺伝子の発現が分かるデータであるが、桂調査委員会はそのことには触れていない。代わりにゲノムの配列を調べ、Oct4-GFPが挿入されたB6ホモ系統にCD1（TS細胞が作られた）と思われる2種類の細胞腫を含んだサンプルだと解析している。
このため、FI幹細胞でES細胞とTS細胞の特異遺伝子が発現したのは、ES細胞とTS細胞が混ざっていたからだとみんなは理解したのである。
444：小野小町：2018/08/26(日) 09:01:13: 二種類って以下ね。
>>
SSR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
SSR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　GOF+CD1
SSR1171567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
SSR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
SSR1171569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
445：閲覧者：2018/08/26(日) 09:04:20: そうだね。
>>
一方、もうひとつのCｈIP-seqデータも遺伝子の転写制御因子（H3K4me3は転写活性化因子、H3K27me3は転写抑制因子）でどの遺伝子座が発現しているかが分かるが、そのことには触れず、ゲノムの配列により129B6F1　Acr-GFP/CAG-GFPの細胞種だと解析しES細胞129B6F1　ES1とほぼ同一であるとしていた。
そこで、Ts.Marker氏は他の細胞が混ざっていないこのCｈIP-seqデータに目を付け、ダウンロードし解析ソフトにかけたのである。
その結果、小保方氏が2013年11月5日に公共データベースに登録したFI幹細胞のCｈIP-seqデータからES細胞特異遺伝子とTS細胞特異遺伝子の両方の発現を確認し、FI幹細胞の存在を証明したのである。
446：閲覧者：2018/08/26(日) 09:07:08: <ES細胞129B6F1　ES1とほぼ同一であるとし>の部分は削除訂正されている。ここでは
訂正線が表示できない。
447：一言居士：2018/08/26(日) 09:19:30: 小町ちゃんが上げてるデータって、和モガさんの遺伝子発現解析以前にすごい
矛盾だね。
①登録背景はC57BL/6x129/Svなのに実際にはGOF+CD1と129xB6-Acr-CAGの二種である。
②GOFマウスからのFI-SCは無いと桂報告に書かれているのにGOFマウスの使われているものがある。
③129xB6-Acr-CAGというのは岡部マウスのF1であるが、大田ESであっても、我々が推定しているFLSであっても遺伝子発現解析でTS特異的遺伝子発現がある。
448：在原業平：2018/08/26(日) 09:20:56: 複雑に矛盾しているね。
449：小野小町：2018/08/26(日) 09:25:22: まず、最初に疑われなければならないのは桂調査チームだわね。中身と登録された
マウス背景が違うのになぜ小保方さんに確認しないのか。
450：デラ・ストリート：2018/08/26(日) 09:28:39: 職務怠慢ね。
>>
このように、RNA-seq における FI 幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なっており、また ChIP-seq における FI 幹細胞、STAP 幹細胞では論文には記載のない Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞が用いられている。これらの実験は全て小保方氏によりサンプル調製がされているため、どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られず、ノート等の記載も見当たらないため詳細は不明であった。(15P)
451：ペリー・メイスン：2018/08/26(日) 09:30:00: 誰がC57BL/6x129/Svだと言ったのかを確認しないといけなかったね。明らかに聞いてないよね。
452：シャーロック・ホームズ：2018/08/26(日) 09:37:51: 小保方さんは言われた通り以外には書きようがないんだよね。論文もそうだし
データべース登録でもそうだ。それにこの登録はずっと後の時代なんだけど、
C57BL/6x129/Svと書いたのが可能性は小さいが理研側の事務員で小保方さんでない可能性すら
残ってる。更に桂チーム自体はこの登録された背景との違いに注意が向いてない。
単に論文だけの問題でないうえに、むしろ論文とは一致してすらいるからね。
453：ドクター・ワトソン：2018/08/26(日) 09:50:17: 手記には小保方さんは遺伝子解析に詳しい先輩に手伝ってもらってGRASとのやり取りをしていたと
書いてるんで、累が及ぶのを恐れて桂調査に対してはっきりとは答えていないんだろうね。
ただ、桂調査チームもそんなことは薄々分かっていた筈なので、小保方さんが語らないことをいいことに
報告のレトリック操作をしているよね。結論ありき報告なんだよな。C57BL/6x129/Svと
書かれた経緯を調べるなんて簡単なことだ。わざと曖昧にしているんだよな。
454：ペリー・メイスン：2018/08/26(日) 09:56:49: 詳しい先輩というのは野老さんだと思われるが、これは8月の分析だけだからね。
翌年の1月6月のTSとFI-SCの再提出は小保方さんだけだ。今そのFI-SCが問題になっているんだね。
455：ドクター・ワトソン：2018/08/26(日) 10:01:00: TSはどうせコントロールだからいいんだけど、FI-SCは何時提出されていようと
若山さんの残して行った細胞であることは変わりないからね。
桂報告の書き方だと、RNAシーケンス分はGOFとCD1を小保方さんが混ぜたように書いているね。
つまり、GOFのSTAP細胞に丹羽さんのTSを混ぜたかのように。
456：シャーロック・ホームズ：2018/08/26(日) 10:05:10: GOFマウスは笹井研でライブセルイメージングの撮影確認で使われているけど、それは3月までで
6月の解析には少なくとも若山研のGOFマウスは使えないね。GOFESと混ぜたというような誘導かな。
457：小野小町：2018/08/26(日) 10:09:58: RNAシーケンス試料は別として和モガさんはそういうように混ぜられてないとはっきりしている
CｈIP-seqデータにTS特異的マーカーが出でいるのはどうなんだと問うているわけだわね。
458：ドクター・ワトソン：2018/08/26(日) 10:14:01: CｈIP-seqデータでは混ぜられてないにも関わらずLetter Figure4-bのデータが取れているのに
どうしてRNAシーケンス分は混ぜる必要があるのだという理屈なんだけどな。実際混ぜたと言われる方の
遺伝子解析は何も論文に使われていない。
459：シャーロック・ホームズ：2018/08/26(日) 10:15:24: そこは若山さんが混ぜた、もしくは桂分析チームが嘘をついた可能性があるということだね。
460：ドクター・ワトソン：2018/08/26(日) 10:17:01: 桂報告では樹状図を作るのに必要だったのではという推理だね。
461：シャーロック・ホームズ：2018/08/26(日) 10:19:16: そこも勝手に言ってるだけで何の資料もデータも出してないぞ。
462：小野小町：2018/08/26(日) 10:24:08: でも、若山さんはGOFのFI-SCを作ってないと言ってるんだけど、無論レター論文には
Oct4-GFPを発現しながらFI-SCが作られていく写真があって、矛盾証言になっているんだけど、
それにしても丹羽研で作られたTSがたまたまCD1だったからといって、
若山さんがそんなTSを作って混ぜるなんてこともあり得なさそうよね。
463：在原業平：2018/08/26(日) 10:26:29: ここはCD1が混じっているという根拠は示されていないからね。ここ推測に過ぎない。
むしろTSを入れたと誘導するためらCD1という言葉を出したのではないかな。それは
若山さんがGOFマウスでもFI-SCを作っていたということをごまかす役割も果たしているよな。
464：名無しさん：2018/08/26(日) 10:55:07: 理研の規定を知らないんじゃあしょうがないね

楠本英正
33分前
UPされている資料はすべてではなく、一部に過ぎない。
ーーーー
ここには
>(イ) 京都大学、大田氏から
理研が取り寄せた。
(ロ) 山梨大学、若山氏から
理研が取り寄せた。
(ハ) 京都大学→山梨大学若山経由 →理研

の(イ)(ロ)(ハ)のうち、何を示しているかは書かれていません。
また、(イ)でも(ロ)でも、(ハ)とは矛盾していないと思いますが。

STAPの捏造に使われたES細胞はFES1だけではありません。FES1の受け渡しだけに拘って桂調査報告書を撤回申請するのは結構ですが、報告書は小保方氏にとって非常に甘い判定結果となっています。仮に再調査されたとしてもデータを提出することができなかった小保方氏の不正が増えるだけでは。それを小保方氏が望んでいるというなら気が済むまでやればいいと思いますが。削除
2018/8/26(日) 午前 7:52 [ チューバ ] 返信する
ーーーーー
この人、白紙撤回する事の意味分かっているのだろうか、白紙撤回するという事は、他の事案についても白紙撤回するという事なのだから。
なんで、小保方さんの不正が増えるのだろうか。
ttps://www.facebook.com/groups/1393691510903463/?ref=direct
465：↑：2018/08/26(日) 15:10:45: あはははははは。また<青洟コピペ間抜け>がへそ踊りしてるわ。みんなで笑ってやって。
466：↑：2018/08/26(日) 16:07:57: それをコアラに言ってやればｗ

フェイスブックにコピペしまくってるからｗｗ

みんなで笑ってやってｗｗ
467：↑：2018/08/26(日) 17:34:30: 青洟権太だあ。あははははは。
468：名無しさん：2018/08/26(日) 20:27:25: >>463
『Failure to replicate the STAP cell phenomenon』
An anomalous allele frequency distribution observed in FI-SCs, and reciprocal analyses of FI-SC heterozygous SNVs in TSCs and TSC homozygous and heterozygous SNVs in FI-SCs, revealed that FI-SCs were derived from a C57BL6 strain origin, with approximately 10% contamination from TSCs (Fig. 1i and Extended Data Fig. 3). These are concordant with the findings from a recent RIKEN report .
469：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2018/08/27(月) 02:43:30: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
470：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/08/27(月) 05:17:26: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
👩　👦　👧　🙍　🙋　🙅　👮　👪　👫　🙇　🙈　🙊　🐰　😸　🐜　💪　👍　👎　
👉　👊　👋　🙏　🙌　👏　👣　👅　💋　🐦　👻　⛅　💩　🌠　💚　💜　💙　💏　
💞　💓　💖　💕　🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　🎥　🎶　🎵　🎧　🔊　📞　🔫　🚓　🍸　
☕　🍰　🍶　🍻　📡　🔑　🌈　📖　🆖　⏫　⏬　❎　🆘　🅿　🆗　⏪　🔙　🔜　
💸　💐　🚨　📠　🏣　🏢　🚢　🏦　🏭　⛵　🚇　⚾　⚽　🏈　🎿　🎆　🍀　🏊
♨　🎲　🎌　🎳　🎢　🌁　🌟　💢　📹　📺　📱　💻　📷　💊　⏰　⌛　🗻　🗾　
🗽　☔　🍓　🍌　🌛　🍒　🍮　🌀　🔓　🔥　🔰　🎴　✨　💦　❄　💨　🎐　💉　🍷　
❗　💡　🚧　🎏　🕖　🕚　⛔　🌃　🔔　🔎
☀　✈　✂　✒　✌　♠　☺　㊙　🈴　㊗　🈶　🈚　▶　▶　↩
471：在原業平：2018/08/27(月) 05:25:28: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
472：小野小町：2018/08/27(月) 05:51:42: お気に入りは学さんが、所謂小保方さんの言うところの<幼弱な多能性段階>に
関する丹羽さんの論文を紹介中だわ。
根本さんのところではOoboeさんが初めて<理研の報告書の不備>を指摘して撤回させるのが
目的と、パートナー氏の戦略を開示されたわ。これで誤解は晴れるでしょうね。
473：在原業平：2018/08/27(月) 05:59:56: XEN細胞に関してはアルイミオウジ氏がだいぶ論じているね。我々はそちらの方向に行く気はない。
というのもそれこそ専門家の仕事なんでね。小保方さんの見つけているスフィア細胞が何であるのか
という問題は小保方さん自身が述べているようにいずれ解明されていくよ。
我々の仕事は若山さんがスフィア細胞を如何にSTAP細胞に捏造してしまう結果を生んだ実験データを
小保方さんに渡してしまうことになったのかの経緯の解明だからね。
474：ヘーゲル：2018/08/27(月) 06:02:09: 本題頼むぜ。
475：カール・ヤスパース：2018/08/27(月) 06:03:03: 本題、何でしたっけ?
476：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 06:38:43: FI-SCに関する理研の嘘の可能性だわ。証拠が提示されていないということね。
>>
（調査結果） FI 幹細胞の RNA-seq データと NGS 解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により得られた SNPs データを詳細に解析すると、大多数のアレルは B6 ゲノム配列と一致するのに対して、5-10%程度のアレル頻度を持つ SNPs 箇所が多く認められる。これは大部分の RNA-seq データが B6 ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持った細胞から取得された RNA-seq サンプルが少量混じっている可能性を示す（少量混じっていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ（CD1 系統）と酷似している）。
477：在原業平：2018/08/27(月) 06:40:49: もう一度繰り返そうか。
>>
463：在原業平：2018/08/26(日) 10:26:29
ここはCD1が混じっているという根拠は示されていないからね。ここ推測に過ぎない。
むしろTSを入れたと誘導するためらCD1という言葉を出したのではないかな。それは
若山さんがGOFマウスでもFI-SCを作っていたということをごまかす役割も果たしているよな。
478：小野小町：2018/08/27(月) 06:42:45: FES1とFES2の違いはちゃんと全解析比較して色分けグラフにしたわよね。そして違っている
部分を提示しているのに、こんな大事なところで、なんの証拠も提示してないのね。
479：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 06:47:13: 彼らの主張を追いましょう。
>>
（調査結果) TS 細胞および FI 幹細胞の RNA-seq 解析に関しては、それぞれ複数サンプルがシークエンスされ、その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。それ以外の細胞に関する RNA-seq では 1 サンプルしか解析されていない。このことに関し、理研に残っていて論文には用いられていない RNA-seq データおよび複数サンプル解析を行った経緯について調査を行った。
480：ペリー・メイスン：2018/08/27(月) 06:49:27: ①その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。

論文のどこに何が対応しているのかが示されてないね。これから示されるんだね。
481：デラ・ストリート：2018/08/27(月) 06:50:43: 続きよ。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。