STAP問題の全解に向けて、その25 - 1527227827

1：イェイ：2018/05/25(金) 14:57:07: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　👩　
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709：在原業平：2018/06/17(日) 07:12:12: あのフィネラルマーチの切々と続くメロディーラインを最後までハミングで
追い続けられたら彼の感情を自分の中に体現することができるよ。文献学が
書き手に寄り添って読むという訓練を要求するように、音楽もまた音が自分の中で
響くようになるまでよく聴く訓練を要求する。あんなメロディーを書けた人は
絶後だよ。
710：小野小町：2018/06/17(日) 07:14:07: DORAさんはやっぱりカラヤンが一番なのね。
711：在原業平：2018/06/17(日) 07:20:12: 彼はCD時代だからね。カラヤンが円熟した時代を聴いてる。我々はカラヤンの若い時に
聴いてるからね。我々の中で印象がそれほど良くないのは聞いてるものが違うからだ。
712：小野小町：2018/06/17(日) 07:24:51: 昔は大枚払ってたけど今便利ね。あははは。

youtube.com/watch?v=46dDkY8WDuo
713：在原業平：2018/06/17(日) 07:37:19: 学さんが引用しているLさんのコメントは変だね。
>>
2018/6/12(火) 午前 5:55
指摘せよとの事なので、自分の見解を示しておきます。
（１）一般論としては、ため息さんやyap*ari*w*katt*na*さんと同じ見解です。T細胞由来であっても、完全に初期化されていれば、細胞表面にTCRを発現しないと予想されるので、TCRを介した反応は起きないと予想します。
714：ドクター・ワトソン：2018/06/17(日) 07:49:36: <T細胞由来であっても、完全に初期化されていれば>って、遺伝子組み換えが起きてしまっているから
完全には元の状態には初期化されえない。だからこそSTAP細胞にTCR再構成があったら、それはT細胞から
リプログラムされてきた細胞だという由来証明ができるんで、<完全に初期化されていれば>って仮定
自体がありえない仮定を言ってるよね。どういう議論になってるのかな。
715：シャーロック・ホームズ：2018/06/17(日) 07:59:22: 本当に論文通りのSTAP細胞ができるのならT細胞は使わないよね。T細胞を
使ったのは由来を証明するだめだけの目的だ。ドリーでもそうだけど
遺伝子のテロメアは細胞分裂のたびにどんどん短くなってくるんで
そこのリプログラムは無いんだよね。修飾されているだけのものは修飾を
解除して遺伝子が自由に働ける状態に戻せるが、無くなってしまっているものは
復活できないからね。
716：小野小町：2018/06/17(日) 08:06:56: 学さんがジェネティックな現象とエピジェネティックな現象を区別しなさいと
言ってることがL氏に分からなかったのかな?

西川さんは小保方さんがたまたま白血球を使っていて、査読者からESのコンタミだと
疑われるんで、そうでないということを証明するには白血球の中にT細胞もかなりの割合で
存在しているから、そのTCR再構成の有無を調べて、ちょうどそれが見つかったらESでない
という証明になるよと教えたのよね。T細胞は結構数があるからたくさん実験してたら
いずれぶち当たる細胞よね。全部がT細胞だなんて誰も考えてないわよね。
717：在原業平：2018/06/17(日) 08:12:58: 僕は彼らの論争は相手方がスピン屋だと最初から知ってるんで読んでないからな。
だからLさんとのやりとりの経緯は知らないから、間違っているのかもしれないが、
TCR再構成の話自体はアーティクル論文に書かれているんだから議論の対象に
なるべきだと思ってるよ。
我々は丹羽論文からして50万個に最大12個しかない細胞がT細胞であった確率が
有意な数値であるかどうかすらおぼつかないぞと言ってるんだけどな。
718：小野小町：2018/06/17(日) 08:37:53: まずTCR記述に関してはアーティクルのExtended Data Figure2にあるのよね。
eに遺伝子組み換えの概念図があるわね。
>>
e, Schematic of Tcrb gene rearrangement.

図を見ると遺伝子が短くなってるわね。これってリプログラムされても元には戻らないのよね。
Lさんはどんな勘違いをされているのかしらね。読まれている筈なんだけど。
719：デラ・ストリート：2018/06/17(日) 08:46:57: fはT細胞だとされているものの写真ね。たくさんの白血球の中でOct4GFPが蛍光しているものを
T細胞だとしているのね。
>>
f, T-cell-derived STAP cells. Scale bar, 100 μm.

でも、小保方さんの理屈は変なのね。ここではOct4-GFP蛍光している細胞は
T細胞であるという理屈になっているけど、言うまでもなく理論的には蛍光しているのは
B細胞でもあり得るし、フィーダー細胞でもあり得るわよね。
720：ドクター・ワトソン：2018/06/17(日) 08:52:35: いや、そこは逆に後のPCR結果でTCR再構成があったからその中にT細胞が
含まれていたという理屈でそういう記述ができるわけさ。言うまでもないが
丹羽さんの５０万個に最大１２個なんて事実は知らないからね。小保方さんは
あくまでもスフィア単位で考えている。自家蛍光でないことは確認されている。
の証拠は我々はガンバレでみてるよね。でも漏れ出しなんてのは小保方さんは
無論知らない。この時点では丹羽さんですら知らない。だから自家蛍光でなく
Oct4-GFPが蛍光していて、かつそこから後にPCRでTCR再構成が確認されれば
そのスフィアにT細胞はあったことになる。
721：ドクター・ワトソン：2018/06/17(日) 08:53:28: いや、そこは逆に後のPCR結果でTCR再構成があったからその中にT細胞が
含まれていたという理屈でそういう記述ができるわけさ。言うまでもないが
丹羽さんの５０万個に最大１２個なんて事実は知らないからね。小保方さんは
あくまでもスフィア単位で考えている。自家蛍光でないことは確認されている。
の証拠は我々はガンバレでみてるよね。でも漏れ出しなんてのは小保方さんは
無論知らない。この時点では丹羽さんですら知らない。だから自家蛍光でなく
Oct4-GFPが蛍光していて、かつそこから後にPCRでTCR再構成が確認されれば
そのスフィアにT細胞はあったことになる。
722：小野小町：2018/06/17(日) 08:55:15: T細胞はあったけど、逆にそれがSTAP化されていたとは限らないというのが丹羽さんの
論文を見た後の我々の根本的疑念になったわけね。STAP化してないT細胞にもTCR再構成は
あるよと。
723：在原業平：2018/06/17(日) 09:00:12: 西川さんもスフィア単位でSTAP化していると思ってるからね。その前提で
沢山STAP化しているスフィアの中のT細胞にぶち当たればSTAPはT細胞から
できていてES由来ではないと証明できると考えたのさ。でもスフィァの中の
STAP化している細胞は３万個に12個だ。西川さんの理屈は三万個全部が
STAP化しているという前提での論理だ。でもそれはどうやら成立してない。
724：ドクター・ワトソン：2018/06/17(日) 09:04:52: まあ、科学的事実解明の検討は後にしよう。小保方さんや他の人もその時点で
思い込んでいることを前提にしてその記述が捏造不正で歩かないかを問わないといけない。
gが例の問題となったゲル写真だよね。石川調査で結局は何の実質的不正も無かったもので、
ただ単に白線を入れるというルールを知らなかっただけの話だったね。
>>
g, Genomic PCR analysis of (D)J recombination at the Tcrb gene of T-cell-derived STAP cells. G.L. is the size of the non-rearranged germline type, whereas the smaller ladders correspond to the alternative rearrangements of J exons (confirmed by sequencing). Negative controls (ES cells), positive controls (lymphocytes) and T-cell-derived STAP (two independent preparations on d7) are indicated.
725：デラ・ストリート：2018/06/17(日) 09:08:24: はい、ウィキの泥縄知識ね。
>>
V(D)J遺伝子再構成 (gene rearrangement)
B細胞に分化する前の生殖細胞の遺伝子では、重鎖可変領域 (VH) をコードする遺伝子は、VH遺伝子部分、DH遺伝子部分、JH遺伝子部分の3つに分かれており、この3つの遺伝子部分にそれぞれ、可変領域の遺伝子断片が複数個コードされている。抗体を産生するB細胞の重鎖可変領域の遺伝子は、VH遺伝子部分にコードされているいくつかの遺伝子断片の中から1種類、DH遺伝子部分から1種類、JH遺伝子部分から1種類が選ばれて、それが組み立てられてつくられる。VH遺伝子部分に50の遺伝子断片、DH遺伝子部分に30の遺伝子断片、JH遺伝子部分に6種類の遺伝子断片があるとすると、その組み合わせは50×30×6 = 9000種類となる。
軽鎖可変領域 (VL) をコードする遺伝子は、重鎖よりも少なく、VL遺伝子部分、JL遺伝子部分の2つの部分からなる。同じようにVL遺伝子部分に35の遺伝子断片、JL遺伝子部分に5つの遺伝子断片があるとすると、その組み合わせは35×5 = 175種類となる。そして、9000種類の重鎖と175種類の軽鎖の組み合わせは9000×175 = 150万種類以上となる。このように、重鎖のV、D、J、軽鎖のVとJの遺伝子断片の組み合わせで多様な遺伝子をもつB細胞ができ、それぞれ異なった種類のB細胞がそれぞれ異なった抗体を作ることで多様な抗体がつくられる[9][12]。これをV(D)J遺伝子再構成といい、主にヒトやマウスでみられる。
各細胞につき、遺伝子再構成が起こるのは相同染色体の片方だけであり、再構成がないほうの遺伝子は不活化される。
726：ドクター・ワトソン：2018/06/17(日) 09:18:30: それはB細胞の免疫ブログリンの説明だけどT細胞も同様の原理で抗体が作られるんだね。
で、gはまず左橋がES細胞、次が白血球、次がSTAP#1、次がSTAP#2だ。
ESには再構成は無い。血球じゃないからね。ネガティブコントロールだ。次の白血球は
ポジコンだね。あって当たり前。で、問題は#1には再構成があるが、#2にはないね。
前提になっているのは#1も#2もsTAPかしているということだ。これは誰もが
そう思い込んでいて、この時には丹羽さんもそうだ。
727：在原業平：2018/06/17(日) 09:24:47: 分かりやすく言うと、#1はSTAP化していないT細胞ということね。ポジコンの
白血球と同じであって当たり前だということね。では#2はなぜないのか。それは
ネガコンと同じ多と考えればいいよね。T細胞で無かったらTCRの再構成が無いのが当たり前だ。
B細胞でも、フィーダー細胞でもTCRの再構成は無いよ。無い方は初めから
分かっていたよね。丹羽さんがSTAP細胞はヘテロな細胞集団から作られると説明している。
でも、ある方はここでは十勝瀬かされたT細胞であると信じ込まれているよね。
だって、fで蛍光を確認されている。
728：在原業平：2018/06/17(日) 09:26:25: 十勝瀬か→STAP化
729：小野小町：2018/06/17(日) 09:37:51: 丹羽さんの後の検証が正しければ蛍光塊がすべてSTAP化していると考えると
間違う可能性が高いのね。でもそんなことこの時点では誰も知らないわね。
最初TCRの確認をしてくれたのはラボメンバーなのよね。そしてあったと
報告されたけど、培養中の細胞を後に小保方さんが調べたら無かったのよね。
これって培養でT細胞が死滅した可能性があるわね。フィーダー細胞ばかりに
なってたかもしれないわね。でも次に小保方さんがもう一度作ってみたら
その時にはやはりあったというわね。これはポジコンに当たってるわけよね。
でも丹羽さんがプロトコルを書こうとしたときにはまたも無くなっていた。それで
丹羽さんが嘘にならないように無かったと書いたのね。レター段階では調べたと
書いてたのね。ここは原因が誰にも分ってなかったという話よね。
730：孤舟：2018/06/17(日) 09:38:56: 阿久悠から電話だ。
731：ふむ：2018/06/17(日) 09:40:22: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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732：名無しさん：2018/06/17(日) 10:22:23: イメージしやすいのは、STAP細胞の論文不正問題で一躍時の人になった小保方晴子氏だろう。不正疑惑を追及されたときの記者会見で、少しやつれていた小保方氏は「STAP細胞はあります!」と反論した。涙ぐみながら訴えるさまは、無実の罪を着せられた悲劇のヒロインさながらだった。ネット上の反応の多くは冷ややかだったが、なかには「かわいそうだ」「追いつめるな」という声もあった。ごく一部の人に対しては被害者ぶる作戦が功を奏したのか、相変わらず“信者”がいるようだ。

「被害者ぶる人」増加中、巧妙な狙いを3分類で読み解く
ttps://headlines.yahoo.co.jp/article?a=20180613-00172224-diamond-bus_all&p=2
733：Ooboe：2018/06/17(日) 11:51:12: 732名無しさん

しっかり「あの日」第2、第3章を
読みましょうね
734：名無しさん：2018/06/17(日) 11:57:14: >>733
>>しっかり「あの日」第2、第3章を
読みましょうね

何と書いてあるのですか？

偉そうに読めというなら要約してください
735：名無しさん：2018/06/17(日) 12:27:05: 桂報告書
TCR遺伝子再構成に関しては、最初小保方氏が再構成を確認したとされたが、その後のCDB若山研メンバー、および小保方氏自身の追試で失敗した。
736：名無しさん：2018/06/17(日) 18:34:33: >>
偉そうに読めというなら要約してください

偉そうに感じるほど君は貧乏なんだな。金持ちになるように努力せい。
STAP問題なんかに関わり合いになれるほどの立場でないね。自分の問題を
先に解決するといいよ。
737：名無しさん：2018/06/17(日) 18:41:31: 1400円が払えない、もしくは払いたくないという金銭事情で他人の問題なんかに
かまけてる暇はないだろう。どうやったら自分が金持ちになれるかと考えろ。
他人のことなんか考えるな。自分がどうやったら他人のことが考えられくらい
ゆとりある金銭生活を送れるようになれるかと具体的に考えろ。今のままでいいのか。
こんなところに来てていいのか?
738：名無しさん：2018/06/17(日) 19:44:30: >>1400円が払えない、もしくは払いたくないという金銭事情で他人の問題なんかに
かまけてる暇はないだろう

払いたくないというのは必ずしも金銭事情とは限りませんね

あんなものに1円でも印税が払われることに対しての嫌悪感、とは考えられませんか？
739：名無しさん：2018/06/17(日) 22:20:49: あんなもん?
何に偏執してんの。
興味ないのにこんなとこに居てなにが楽しいの?
小保方が好きなの?
なぜ嫌悪してるのかは知らないが、忘れると相手は自分の中で死ぬぞ。
思い出すといつも不愉快だろ。
不愉快なのが気分いいというマゾか?
740：名無しさん：2018/06/17(日) 23:32:43: >>これについてこの実験の責任者だった若山さんはどのように言われているのでしょうか？
「僕のマウスでは無い」以外の説明は何もされていないと思うのですが有ったんですか？
実験の責任者たる若山氏が、あの程度の説明では自分の頭で考える一般人なら納得できないと思います。小保方さんの積極的な発言に対し彼は何も答えていません。
これでは、不信感が募るばかりだと思います。

>>小保方さんの積極的な発言

？？？
741：名無しさん：2018/06/17(日) 23:42:20: >>740
590 名前:ジム◆L2homMtBOk :2018/06/14(木) 19:29:57
紀州のドン・ファン怪死事件の件で
「後ろめたい事をしている人間ってのは、自らベラベラ余計な事を話すんだなぁと思ったよ」
というコメントがあった

そういえばSTAP騒動も最初期にマスコミを前にして、ペラペラ饒舌に発言している人物がいたなぁ（笑）
742：名無しさん：2018/06/18(月) 00:25:34: > でも次に小保方さんがもう一度作ってみたら

何を作ってみたら？
STAP幹細胞は小保方さんは作れないのでは？
743：名無しさん：2018/06/18(月) 00:32:35: もしかして誤読でしたか。

捏造の科学者
『二〇一二年の中頃、八株のSTAP幹細胞について研究室のメンバーが調べたが、遺伝子の痕跡はどの株にもみられなかった。
「ところが、小保方さんが翌週にもう一度調べたら、数株でうっすらと痕跡がみえたんです。小保方さんはその結果を、プログレスリポートで発表しました」』

このことですね。
744：名無しさん：2018/06/18(月) 02:37:10: >　T細胞であるという理屈になっているけど、言うまでもなく理論的には蛍光しているのは
>　B細胞でもあり得るし、フィーダー細胞でもあり得るわよね。

STAP細胞の樹立にフィーダー細胞使ってましたか？
Extended Data Figure2　はCD90（+）CD45（+） T cellsを使ったSTAP細胞のことでは？
745： 地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/06/18(月) 04:54:34: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😡　😱　👿　💀　👹　🐝　🌅　👰　
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746：在原業平：2018/06/18(月) 04:55:41: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
747：小野小町：2018/06/18(月) 05:01:03: アルイミオウジさんがまた爆発よ。でもまだ全体像は分からないわね。学さんは
ともかく、からかうのはおやめになったわね。吉村さんは査読文書を意図的に
ネットに流した張本人と我々は見てたわね。論文の事前流出もこの人臭いのよね。
なにしろ後から分かったことだけど遠藤論文の謝辞に出て来るのよね。初期の
スピン屋たちの仲間だったらしいと踏んでるのよね。
748：在原業平：2018/06/18(月) 05:06:50: 学さんが丹羽論文にスフィア塊の構成細胞数は1000個と書いてあると言われているが
あれは我々がティシュー論文に小保方さんが書いている数値を援用して計算したのを
不注意で読み過ごされているのではないかな。丹羽論文には細胞数は書いてなかったはずだよね。
それから吉村さんが１００個程度ということを全く別件で言ってるようなことを書かれているが
ティシュー論文のスフィア塊の写真をざっと数えてみても1000個あるとも見えないんだけどな。
それは我々も感じてでいることだ。でもまだそこには深入りしてないからね。
749：小野小町：2018/06/18(月) 05:08:19: ここ数日いろいろとコメントされてるんだけど、全く応答できてないわね。
750：在原業平：2018/06/18(月) 05:14:40: えっとね。僕はこの便所の落書きは３番目の趣味だからね。一番は昔からの僕の
テーマだ。２番目は釣り。そして3番目がここなんだ。それとボランティア活動で
時間を取られる。この４つで時間配分している。特に釣りは阿久悠が電話してくるから
嫌も応もない。人数も多いからな。身は一つだ。ボランティア以外は無論楽しい順番に
行動する。するとここは最後の選択になる。スマンの。
751：小野小町：2018/06/18(月) 05:15:55: 序にここでの書き込みにも自分のポリシーがあるんでしょ?
752：在原業平：2018/06/18(月) 05:22:39: 僕は人間関係に関しては律儀な男でね。それに性格が几帳面だということがあって、
やり残していることはずっと頭の隅に残っていて、それが溜まってくると、イライラと
ストレスが溜まってくる。まず自分の考えていく順番がある。そこに大事なコメントが入ると
取り敢えず応答して自分の間違いを確認したら訂正する。で、応答してると討論になる。
討論になるといろんな人が入り込んでくる。ここにスピン野郎も來る。これもぶち殺さないといけない。
無駄に時間がかかる。ということで、最初のころは討論受け付けなかったんだけどな。
753：小野小町：2018/06/18(月) 05:25:31: 律儀?几帳面?
自己認識と横で見てる人の認識ってこんなにも違うものなのね。はは。
754：名無しさん：2018/06/18(月) 05:29:23: 酸性溶液処理により⽣み出されたOct4陽性細胞はこれらの細胞よりさらに⼩さく、数⼗個が集合して凝集塊を作る
性質を持っていました。
755：デラ・ストリート：2018/06/18(月) 05:34:16: 業平さん、今大きな流れの中ではTs.Markerブログの検証中だわ。もう半年も
前から継続中でずっと脇道に入り込んでるわね。ただし、脇道の中でTs.Markerさんの
問題の一部が解明されて解消して言ってる面もあるわね。
現在は事件のあり得るストーリーが３つに分類されていて、その中のntES論を
立論しようとして丹羽論文が立ちはだかってるのよ。そんなに少ない細胞で
小保方細胞核使用ntESができたのかと。そして予測は何でもない細胞をntES化
してることになりそうなんだけど、それが和モガさんやTs.Markerさんや
アルイミオウジさんの分析中のデータと整合しうるのかという問題を考え中だわ。
756：鉄：2018/06/18(月) 05:39:08: >>754

こういうのがぶち殺すべき対象なんだな。マンジルチョン。邪魔したいだけの
間抜けだ。がははははは。俺はいちいちぶち殺したいんだ。サディストなんで。
これはまた俺のもう一つの趣味だ。この青洟垂れは人間の屑で昔からここにいる。
ひひひひ。晩酌時の最高のつまみだな。なあ、馬鹿山。
757：小野小町：2018/06/18(月) 05:40:18: チョンでしょ。下等動物ね。
758：デラ・ストリート：2018/06/18(月) 05:41:17: この精神薄弱児は昔から人種差別用語がぴったり嵌まる猿だわね。ぐひひひひ。
759：小学生：2018/06/18(月) 05:42:50: 死ねばいいのに。どうしてあの猿生きてんの?おとうさん?
760：おとうさん：2018/06/18(月) 05:44:24: 猿には脳みそが無い。自分では死ねないんだよ。もうすぐバンカーバスターだから。
761：小学生：2018/06/18(月) 05:45:50: え、おとうさん。糞金は殺されるの?
762：おとうさん：2018/06/18(月) 05:46:47: 猿には脳みそが無い。自分では死ねないんだよ。もうすぐバンカーバスターだから。
763：小学生：2018/06/18(月) 05:47:32: え、おとうさん。糞金は殺されるの?
764：おとうさん：2018/06/18(月) 05:48:30: 猿には脳みそが無い。自分では死ねないんだよ。もうすぐバンカーバスターだから。
765：DORA：2018/06/18(月) 05:50:43: 君、電蓄の針が飛んでるぜ。
766：在原業平：2018/06/18(月) 05:51:31: 川上さん!
767：川上のぼる：2018/06/18(月) 05:52:21: あれ、架空の人物は登場可能だろ?
768：孤舟：2018/06/18(月) 05:54:07: ダメッショ。こういうのは。
769：川上のぼる：2018/06/18(月) 05:57:14: あ、そ。ぼくのレコード体験の最初は電蓄で聴いたセントルイスブルースだった。
同時にそのラジオ放送で赤胴鈴之助を聞いてた。ひひひ。
770：孤舟：2018/06/18(月) 06:04:50: テレビも出てない頃だね。ソノシートってのがあったな。南国の夜のスティールギターの
音色に感動してたな。今日は病院の日だぜ。遅刻すんなよ。

youtube.com/watch?v=SC6Shi3MRcc
771：DORA：2018/06/18(月) 06:06:08: カートリッジはエレクトロアコースティクだね。
772：在原業平：2018/06/18(月) 06:07:04: 川上さん!ダメッショ。こういうのは。
773：川上のぼる：2018/06/18(月) 06:09:25: あ、いけね。忘れてた。最近10秒前に聞いたことも忘れちまう。
病院だったな。そうそう。
774：デラ・ストリート：2018/06/18(月) 06:12:42: 違うわ。以下の大筋が見えたんでゆとりができたから討議して遊ぶことができるようになったというところからだわ。
>>
①太田ESである。(若山さん、桂報告、BCA報告)***小保方さんの犯行
②小保方細胞核使用ntESである。(和モガ説の一部としたらば歌劇団)***若山さんの犯行
③酸浴細胞そのものである。(和モガ説の本筋、Ts.Marker説、アルイミオウジ説)***若山さんの犯行
775：ペリー・メイスン：2018/06/18(月) 06:16:40: そうだな。②が今丹羽論文によって風前の灯という体かな。
と同時に③は桂解析の結果が間違っているということ以外には解が無いという
ところに追い込まれつつあるかな。つまり、若山さんの入れ替えは無かったと。
776：ペリー・メイスン：2018/06/18(月) 06:21:04: 入れ替えが無いのに小保方さんが犯人でないという結論は既存ESであるという
桂調査結果自体が間違っているのでない限りはありえないんだな。他方、
若山さんと太田さんが論文をとり下げようとして、細胞の出所を答ええない
ということを考えると三すくみになっていて、一度全体を緩めて、他の可能性も
考えないといけないかな。
777：在原業平：2018/06/18(月) 06:27:34: 僕は今やってるそもそもスフィアとはという問題を追い続けていたら
別の視点を得られるかもしれないと予測しているよ。物事は過去から現在に
向かって生成してくる。逆は無い。ネイチャ-2論文から過去を観察していては
いけないよな。過去には存在していない視点で過去を見るとそれは現在にしか
ならない。過去にとって現在は未だ来たらずの不在だからな。文献学の基本だね。
過去の人になり切って過去を見ないとね。
778：小野小町：2018/06/18(月) 06:33:04: 直近のペンディングは丹羽論文に関しての討論相手との決着がついてないことね。
そのあとmさんあたりからの書き込みに応答できてないのね。律儀で几帳面な
あなたにとってストレスがたまる原因だと。でも釣りが優先するんだからそれは
仕方が無いわね。そういうストレスは覚えてるから感じるんで忘れちまったら
無かったことになるわ。ひひ。
779：孤舟：2018/06/18(月) 06:38:20: 我々の年齢になってくると一つ忘れることはすべてを忘れることに繋がるんだぜ。
何しろ脳細胞がどんどん壊れて行っちまってて、記憶を維持することができなくなっていく。
ベルクソン氏流に表現すると記憶というマントが脳という壁の衣文かけから外れて
別れ別れになっていくんだな。
780：シャーロック・ホームズ：2018/06/18(月) 06:43:22: ベルクソン氏は魂の不滅論だからね。彼が言ってる魂というのは記憶のことだけど、
記憶は肉体の分解とは無縁に存続するという論だろ。
781：ドクター・ワトソン：2018/06/18(月) 06:46:51: 証明ができないということはゲーデル氏が証明しているから、要するに
何とでもいえることがらだけど、一番近い思想は仏教の唯心論だね。
そもそもこの世は心が開示しているものだ。つまり記憶が先にあるんだな。
密教のマンダラの世界ね。
782：小野小町：2018/06/18(月) 06:52:20: 卵が先か鶏が先かということね。鶏なんでしょ。太古の昔の生物としての鶏は
卵がなくても生存を続けられてたんだけど、卵が後に作られるようになったものが
より長く生き延びてるということね。記憶が先にあったのよ。記憶の開示が人生だわ。
783：在原業平：2018/06/18(月) 06:53:10: ええーーーーーーっ?
784：アンリ・ベルクソン：2018/06/18(月) 06:54:51: 認識は最初の直覚である五感ですら既に記憶だと気付かないとね。
785：デラ・ストリート：2018/06/18(月) 07:17:25: 書き込み者はどうしてOCT4-GFPが漏れ出すのかを訝った。わたしたちも
この問題からよね。記憶は確か?
786：閲覧者：2018/06/18(月) 07:19:17: まだマントを引っかけている脳みそという壁の釘はしっかりしている。
787：デラ・ストリート：2018/06/18(月) 07:23:55: あっちの方に飛んでかないでね。
788：ペリー・メイスン：2018/06/18(月) 07:28:50: 時間は死ぬまであるぞ。急ぐ旅でない。
>>
457：名無しさん：2018/06/12(火) 22:42:04
>448
パートナー氏UP画像では、細胞塊内の１粒単位で明確に(自家蛍光なしに)光っていて、「GFPの漏れだし」なら滲んでぼやけたものになると思いますし、そもそも「壊れて、自家蛍光は光らずに、GFPだけが光っている現象」なぞ無いように思いますが。
小保方HPグラフでは、コントロールのmorura(B6)で、oct3/4がES並でGFPが1/500以下?という奇妙なのがありますので、Oct4-GFP発現はOct4蛋白発現量に完全比例していないのでは。
もっとも、Oct4の10倍,対ESで100倍以上のGFP発現というとんでもないSTAP細胞塊は、壊れて?Oct4蛋白ES以上発現GFP超過剰発現、という現象かもしれませんが。
Oct4プロモーターに比例せずGFP発現している要因は、morura(B6)のケースがヒントになりそうで、Oct4の上流にあるKlf4?Tcl1?辺りでの発現量に左右されているようにも見えます。
丹羽氏が「Interestingly」というのは、こういう過去に例がない現象をいっていると思います。
789：小野小町：2018/06/18(月) 07:29:46: やっと本論の続きからね。
790：在原業平：2018/06/18(月) 07:31:33: 丹羽さんがもけだしの件で発見したのはOct4-GFP発現のために働く人工構造遺伝子のRNAだね。
791：在原業平：2018/06/18(月) 07:32:19: もけだしの件→漏れ出しの件
792：小野小町：2018/06/18(月) 07:34:48: ①プロモーターが働く
②GFPを作る人工構造遺伝子のRNAがスプライシングされてくる。
③RNAの読み取りからGFPが作製される。
④GFPがあれば紫外線を当てると蛍光する。
793：在原業平：2018/06/18(月) 07:35:55: そうだね。これがGFPでなくOct4蛋白の場合は?
794：小野小町：2018/06/18(月) 07:38:39: ①プロモーターが働く
②Oct4蛋白を作る構造遺伝子のRNAがスプライシングされてくる。
③RNAの読み取りからOct4蛋白が作製される。
④Oct4蛋白があれば免染すると存在が示される。
795：在原業平：2018/06/18(月) 07:41:59: プロモーターはGOFの場合両者とも同じものだね。プロモーターが働くと
Oct4蛋白を作るRNAとGFPを作るRNAとが同時にスプライシングされてくる。
片方だけが見つかるということはないのが原則だね。
796：ドクター・ワトソン：2018/06/18(月) 07:55:57: 丹羽論文のFigure3-aはqPCRの結果だから、GFP、Oct4蛋白ともに②を確認した
だけのものだね。③はどちらも確認されていないから、当然④も確認されていない。
光るのか否かとか多能性マーカーであるOct4蛋白質が本当に作られているのか
などという段階の話ではない。そもそも、同じプロモーターが働いている筈なのに
GFP側のブロモーターだけが働いたという現象だ。
797：シャーロック・ホームズ：2018/06/18(月) 07:59:19: 挿入遺伝子の設計上の問題なんだね。なぜ同じプロモーターなのに
GFP人口構造遺伝子のRNAだけが作られて、Oct4蛋白作製構造遺伝子は作られなかったのか。
798：在原業平：2018/06/18(月) 08:07:09: このプロモーターが働くためには外部からそれを要請する関連蛋白質が来るんだよな。
それをきっかけにしてプロモーターが働き出す仕組みになってるはずなんだけど、
同じものが来ているのに片方が働き他方が働かないというのはそのプロモーターの
組み込み方になにか原因があるんだろうね。つまり通常の細胞では無論Oct4蛋白質を
作れという要請があって自然にそれが作られる。ところがその要請してくる蛋白が
少し違ってやってくると他の遺伝子との何らかの相関によってGFPプロモーターには作用するのに
本物のプロモーターには作用しないというような原因が予測されるんだろうな。
799：小野小町：2018/06/18(月) 08:10:07: <少し違ってやってくる>というのは細胞組織をミンチしたり遠心分離したり
薬剤で単離したり、酸浴させたりした細胞からくるその関連蛋白質が通常の
ES細胞で発現しているもののようなものでない可能性ね。
800：在原業平：2018/06/18(月) 08:13:02: まあ、素人が管変えても無駄なことみたいだな。そもそも具体的なことを知らない上に
実験で確かめるわけでもない。ただそう思うだけの話だ。これは専門の近い人が考えても
同じだよな。だって、この現象は今まで知られていないんだろ。実験して確かめた人以外は
ただ思うだけだね。
801：在原業平：2018/06/18(月) 08:14:35: これも思うだけなのは私たちと五十歩百歩なのね。
>>
Oct4プロモーターに比例せずGFP発現している要因は、morura(B6)のケースがヒントになりそうで、Oct4の上流にあるKlf4?Tcl1?辺りでの発現量に左右されているようにも見えます。
802：在原業平：2018/06/18(月) 08:18:34: 小町ちゃん、僕の名前で書きこまないでね。<左右されているようにも見えます。>
というのはそんな気がするというのと同じ意味だ。

ただ、ここで問題にされているのはまた別件なんでね。何もかも一緒くたに検討はできないよ。
今は丹羽論文においてGFPの漏れ出しがどういう解釈を受けているのかという検討だ。そもそも
書かなくてもよかったようなことなのかい?
803：小野小町：2018/06/18(月) 08:26:34: Figure3はすべてqPCRでの実験事実だから、RNAがあったという検証だけで、
GFPやOct4蛋白が作られていたかどうかは何も調べられていない。そのaに
GOFマウスではGFP作製人工構造遺伝子は作られているが、Oct4蛋白質作製
構造遺伝子は作られていないという図が添えられていて、とても興味深いという
丹羽さんの感想が語られているということよ。
804：在原業平：2018/06/18(月) 08:29:16: 感想と仮説は違うよ。感想だけしか述べないような現象を論理の中に組み込んでは
行けないだろう。読者をミスリードするよ。
805：小野小町：2018/06/18(月) 08:30:55: まあ、丹羽さんの報告は業界向けで私たちど素人を前提にはしてないんじゃないかしら。
806：在原業平：2018/06/18(月) 08:35:41: そこは分かるが、ただ、論理は専門家だろうとど素人だろうと普遍的なものだからね。
勘違いしないでよ。
GFPが無いことをもって体細胞だとし、それがリシピエントマウスの細胞であるかどうかを
確認しなかった専門家の非論理があったでしょ。専門家でもアホはアホだ。料理人でも
道場六三郎も、そこで皿洗いしてる若い衆もどちらも専門家で、その中で天地の開きがある。
どんな世界でも同じだよ。
807：小野小町：2018/06/18(月) 08:36:45: まあ、たとえがひどすぎるわ。丹羽さんは道場六三郎クラスだわ。皿洗いじゃない。
808：孤舟：2018/06/18(月) 08:38:45: 道場六三郎の名を聞くと腹が減ってくるね。病院行忘れるなよ。