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STAP問題の全解に向けて、その25

523名無しさん:2018/06/14(木) 04:02:14
で、ESの方の棒グラフはGFPとOCT4蛋白とどちらも1として赤と緑の棒が並んでいる。
ところがESのGFPはCAGだというのです。ESはコントロールとして比較対象をするために
置かれている筈なので、この場合GFPはOct4であるのが普通です。わざわざどうしてCAGなのかが
分からなかったので、翻訳機君はこれを誤植と考えたようです。誤植は多いです。丹羽さんに限りません。
英文をそのまま読んでると意味だけを追っているから意味の通らないところは補ったり無視したりして
読み進んでいますから誤植に気づきにくいですが、翻訳すると日本語に一対一に置き換えないと
いけないので、意味を取る作業から離れて機械的に語彙比較するときに気づきやすい。専門論文は
専門家しか読まないし、その論文が正しいかどうかは再現が取れて皆が認めるまでは有象無象の類です。
誤植を直す手間もないほど忙しいんで、たとえば湯川論文が全集になるとかいうことがあればちゃんとした
後世の専門家が入るということでしょうね。誤植、タイプミスは多い。でも他方こっちがど素人だから
内容的に誤解してるだけという可能性も大いにあるわけです。教えてくれる人があれば助かりますよね。

524名無しさん:2018/06/14(木) 04:03:52
後世の専門家→校正の専門家

525名無しさん:2018/06/14(木) 04:16:32
で、10%では蛍光は視認されないということになれば、昨日からここで言われている
<漏れだし>の誤認はないことになる。その場合は以前検討されたところに戻って
例えば1000個の中の1個が蛍光していてもその光が999個を照らして蛍光するのを
誤認したか、あるいはいや、ちゃんと全細胞が一個一個光っているのかという問題に
なるんでしょうね。ガンバレに出ている写真を見る限りでは特段中の一個だけが強く
光っているというようにも見えませんね。すると全部蛍光していたのだということになる。
すると丹羽さんの50万個の中の最大12個だという結果は何だったのかということになりますね。

526名無しさん:2018/06/14(木) 04:22:40
真実は急いで自らを現さなければならないという義務を負っていません。ゆっくり行きましょう。

527名無しさん:2018/06/14(木) 04:25:29
Ts.Markerさんは重複異常が見つからないなんて言ってますよ。一体どうなっていくのでしょうかね。
ではまた。

528地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう:2018/06/14(木) 08:18:16
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🙍 🙋 👏 👣 👅 💋 🐦 👻 💩 🌠 💚 💜 💙 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 
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📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 🏦  
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💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 ⛔ 🌃 🔔 🔎☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ 
㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 ▶ ▶ ↩

529名無しさん:2018/06/14(木) 08:18:23
①太田ESである。(若山さん、桂報告、BCA報告)***小保方さんの犯行

生物学者のうち100%はそう思ってるのでは?

530名無しさん:2018/06/14(木) 08:21:58
お前の確認した生物学者全員の名前を別スレを立てて書けばいいだけだ。頭悪いなあ。
金魚の糞はいくら頑張っても金魚だとは認められたないじぇ。北に帰ってハヨクーデタで
殺されて死ね。間抜け。

531👉 529 👊:2018/06/14(木) 08:25:51
🗻 🗻 🗻 🗻 🗻 🗻 🗻 🗻 🗻 🗻 🗻 🗻 🗻 🗻

532在原業平:2018/06/14(木) 08:28:00
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

533名無しさん:2018/06/14(木) 08:42:36
>>生物学者のうち100%はそう思ってるのでは?

L氏は違うけどね

534小野小町:2018/06/14(木) 08:43:52
お気に入りは言うまでもなくTs.Marker氏ね。それとOoboeさんが学さんのところに私たちのことを書いてるわね。

535名無しさん:2018/06/14(木) 08:45:18
ティッシュ論文も捏造でしょ?

バカンティが画像削除しちゃって誤魔化したけど

536名無しさん:2018/06/14(木) 08:48:30
>頭脳明晰なしたらばさん達でも
わからない展開みたいですから。


一人だけだけどw

しかも頭脳明晰ではない

一研究者でも結論ありきでも間違いだらけで馬鹿にされて仕方なくここにいるだけw

537在原業平:2018/06/14(木) 08:49:29
Ts.Markerさんは
③酸浴細胞そのものである。(和モガ説の本筋、Ts.Marker説、アルイミオウジ説)***若山さんの犯行
の立場だからね。
彼はなぜ若山さんが論文を取り消すことになったのかの動機や経緯に関して一言も言ってないが、
ただ物証をもって桂報告とBCA報告を否定しようとしている。まだ確定してはいないようだが期待したいね。
もし欠失や重複といった科学的時事に関して嘘があるとアルイミオウジ氏の言うように大きな陰謀があっても
不思議ではないということになる。いずれ丹羽論文にも批判が向くだろうね。③説はこれを放置できないからね。

538母はマンジルチョン死ぬのだ。:2018/06/14(木) 08:50:47
533 :名無しさん :2018/06/14(木) 08:42:36
>>生物学者のうち100%はそう思ってるのでは?

L氏は違うけどね

536 :名無しさん :2018/06/14(木) 08:48:30
>頭脳明晰なしたらばさん達でも
わからない展開みたいですから。


一人だけだけどw

しかも頭脳明晰ではない

一研究者でも結論ありきでも間違いだらけで馬鹿にされて仕方なくここにいるだけw

539小野小町:2018/06/14(木) 08:53:32
青洟垂れてるわ。マンジルチョン。米韓合同演習は止めてあげるわ。お前がまず核を
廃棄し、拉致者を開放したらな。ハヨシネヨ。見てるぞ。それまでは何も動かないだけだ。

540デラ・ストリート:2018/06/14(木) 08:56:27
マンジルチョン。目から短小チンポぶら下げてんじゃないわよ。エリンギヘッドから
煙が出ることになりそうだな。今のGPSは制度いいぞ。お前の粗チンの方がよければ
そっちに照準合わせてもいいわよ。いひひひひ。

541お前って馬鹿山嫁って聞いてるぞ。:2018/06/14(木) 08:58:20
535 :名無しさん :2018/06/14(木) 08:45:18
ティッシュ論文も捏造でしょ?

バカンティが画像削除しちゃって誤魔化したけど

542ペリー・メイスン:2018/06/14(木) 08:59:50
こいつが来るたびに馬鹿山犯人説が強まっていくんだから結構なことだ。

543シャーロック・ホームズ:2018/06/14(木) 09:03:17
追い詰められて必死になってるのがひしひしと伝わって面白いな。
まずは核をどうやって廃棄するか以前にどこにどれだけ置いてるかを正直に述べろよ。
米韓演習なんてやめたっていつでも攻撃できるんで、お前が実験場爆破したのと
同じくらい無意味な約束で返してやっただけだ。はっはっは。

544在原業平:2018/06/14(木) 09:12:56
Ooboeさんはここに質問を書き込んで後にあちらで我々のことを書き込んでるね。
我々は対話相手がスピン野郎なんで全くそのコメントは読んでないから分からないと言ってるんで
学さんの説明が悪いと言ってるのではないよ。学さんのTCRに関する説明が
独立してしてあればちゃんと読むつもりだけどね。Ooboeさん、我々のことを
引き合いに出さないでとお願いしてる。

545ドクター・ワトソン:2018/06/14(木) 09:14:49
何よりも学さんは一手引き受けしてくれてるんだよね。ふふふ。

546シャーロック・ホームズ:2018/06/14(木) 09:16:04
さて、戻ってくれるかね。

①太田ESである。(若山さん、桂報告、BCA報告)***小保方さんの犯行
②小保方細胞核使用ntESである。(和モガ説の一部としたらば歌劇団)***若山さんの犯行
③酸浴細胞そのものである。(和モガ説の本筋、Ts.Marker説、アルイミオウジ説)***若山さんの犯行

547ペリー・メイスン:2018/06/14(木) 09:17:49
②と③でなければ①になる。
①と③でなければ②になる。
①と②でなければ③になる。

今のところそういう関係だ。

548デラ・ストリート:2018/06/14(木) 09:22:36
①を否定しているのはOoboeさん達ね。小保方さんは太田ESを入手できない。若山さんは提出した細胞の出所を正直に言えない。
③を否定しているのは一応丹羽さんだわね。丹羽さん達は小保方さんの追求してきた細胞を再現できたが、幹細胞とキメラの再現はできなかった。

しかし、キメラと幹細胞は出来ているんだから小保方さんの細胞からそのままの手順で作られているのではないことになるよわね。

549名無しさん:2018/06/14(木) 09:23:59
不眠は精神の病

550在原業平:2018/06/14(木) 09:25:06
で、我々はntES化したとしか思いつけなかったんで今この説だ。一時期は論とまで
確信していたんだが、最近説にまで下がったかな。ははは。

551お前は死ねばいいだけ。ひひひ。:2018/06/14(木) 09:25:57
549 :名無しさん :2018/06/14(木) 09:23:59
不眠は精神の病

552小野小町:2018/06/14(木) 09:27:01
馬鹿山グループが断末魔ね。ざまあみろ。

553在原業平:2018/06/14(木) 09:36:12
②は今GFPの漏れだしに関してはコメント者本人に確認中だ。特に
>>
検証会見時スライド資料には、liverでのOct4-GFP発現の蛍光観察は×とありますので、Figure 3.aでの対ESの0.1以下のGFP「漏出」発現は、光らないレベルということでしょう。

ここの確認は重要だ。今元の通りには見れなくなっているのでこの人は録画を
保存している筈だ。それをアップして欲しいね。でないと、確認できない。

554ドクター・ワトソン:2018/06/14(木) 09:41:28
①丹羽さんが発見したGFPの漏れだしはOct4が発現してないのにOct4-GFPが光る現象
②大半光っていたのは自家蛍光でもなく死細胞の発するOct4蛋白発現に連動して光ったGFPでもなく、ただ壊れてGFPだけが光っている現象

などはないということです。というのはGFPの漏れだしが2から10%程度あることは間違いないので
それが光らないという根拠を示さないといけないが、彼はそれを
>>
検証会見時スライド資料には、liverでのOct4-GFP発現の蛍光観察は×

に求めているということだね。

555小野小町:2018/06/14(木) 09:46:04
そんなことはないはずなんだわよね。Ooboeさん達がたくさん光っている蛍光細胞の
写真をアップしてくれているわね。これが本物であれ、漏れだしであれ、自家蛍光でなく
光っている証拠だわよね。
>>
検証会見時スライド資料には、liverでのOct4-GFP発現の蛍光観察は×


もし本当なら相澤さん達の虚偽になるわね。

556ペリー・メイスン:2018/06/14(木) 09:50:09
他方で丹羽さんがコントロールにCAG-GFPを使った理由をこちらが誤植なりタイプミスと
解していると投げかけているんで彼もそれを考えている筈なんで、もう少し待とう。
序ながらGFPのリークという現象は知られていることなのか、それとも初見なのかな。
ここは丹羽さんの説明の欠けているところだよね。

557シャーロック・ホームズ:2018/06/14(木) 09:54:41
ここは重要なところなんで先に進めないね。ともかくよく光ってるねから始まっていて
これは自家蛍光でないことだけはガンバレのところの写真で明らかなんで、とりあえず
光っている細胞塊全部が小保方さんの見つけた未知の多能性細胞であると二人に信じられていたと
いう前提から推測を進めてみようかな。

558ドクター・ワトソン:2018/06/14(木) 09:57:06
いいだろう。ホームズ。まずGOFマウスでキメラができなかった。次に129B6は1で
キメラができなかった。そして小保方さんはできないという結果を論文に纏めようとしたと
手記は語る。そこからだね。

559シャーロック・ホームズ:2018/06/14(木) 10:03:23
そこが既に丹羽さんと清成さんの検証実験と違っているところだ。彼らは小保方さんの
初期論文からのスフィア塊のOct4蛋白発現細胞まで検証できている。しかし、それを
若山さんがナイフ切り分けで挿入したらキメラができ序に幹細胞ができたのに、丹羽さんと
清成さんはそれを再現できなかった。渡された細胞は同じものだ。渡された細胞が太田ESであると
いう根拠を問うているのに彼らは答えられていないから、ここではESではないということになる。
すると若山さんは何をしたのかということになる。

560ドクター・ワトソン:2018/06/14(木) 10:04:57
そうだね。そこで

②小保方細胞核使用ntESである。(和モガ説の一部としたらば歌劇団)***若山さんの犯行

を考えたわけだ。

561ペリー・メイスン:2018/06/14(木) 10:09:12
ここでは丹羽さんの結論は知られていない。つまり小保方さんのOct4蛋白発現細胞が
まずキメラも幹細胞もできないレベルのリプログラム細胞だということは十分には知られていない。
ただし、普通にやってできないことは博論時も入れれば二度も確認されているんだな。
若山さんは普通にはできないと分かっていたし、小保方さんもやっとそれを納得して、論文を
書こうとしていた。三胚葉には分化していることは既に分かっているんだから、では
この細胞は何かという課題が生まれるわけだね。

562デラ・ストリート:2018/06/14(木) 10:10:37
記者会見で小保方さんは何か既知の幹細胞を拾い出した可能性はあると説明してたわね。

563ペリー・メイスン:2018/06/14(木) 10:14:07
そうだね。ただし、それまで既知の幹細胞は体内で決まった組織にしか
分化しないと思われていたんで、仮にそれを乱暴に外に取り出したら三胚葉に分化した
という発見は新しいわけだ。それは後にキンガがムーさんの発見した原始リプログラム
細胞を外に取り出したら筋肉以外の組織にも分化しだしたという発見の先行発見だということになる。

564デラ・ストリート:2018/06/14(木) 10:17:29
そうね。でもムーさんの原始リプログラム細胞は体内で正常にリプログラムされて
筋肉幹細胞になっていくものなのよね。キンガはその完全なリプログラム細胞を
外に取り出したのね。でも小保方さんは最初から外に取り出した。ここが違っていて、
体内で自然のままで起きるリプログラミングでないから不完全なのかもしれないのよね。
それを調べるのが研究なのね。だから小保方さんはキメラができないならできないなりに
論文を纏めて先に進もうとしたのね。

565ドクター・ワトソン:2018/06/14(木) 10:21:48
我々は最初の動機はこのままだと小保方さんが米国に行ってしまう。若山さんは
一緒に研究したかったんだという動機を考えている。引き留めるためにキメラを
作って見せたと。しかし、今は動機解明に関してはまた何度でも考え直せば
いいんで繰り返さないが、ntESにしたのだというその手法を考えたいということだね。

566在原業平:2018/06/14(木) 10:27:41
我々が途中で釣りに行ったんでOoboeさんが先回りして悩んでおられたね。
丹羽さんの検証結果は小保方さんの細胞は3万個に13個だということなので、
ntESである確率は極めて低いという疑念だ。我々も同意しますね。
でも若山さんはそんなことはあの時点で知りはしませんね。光っている細胞は
全部小保方細胞だと思っているんです。Ooboe さんは自分たちがアップした
ガンバレの写真を全部小保方細胞だと思っているんではないのか。ならば
若山さんもそう思ったでしょう。ならばntESを作るための最初の作業である
クローン胚を作るのはたやすいことだ。

567小野小町:2018/06/14(木) 10:33:12
若山さんは小保方細胞核を使ってクローン胚を作ったと思っていたけれども、
ただ単に白血球の普通の体細胞核を使ってクローン胚を作っていただけだったと
うことになるのね。まあ、偶然に3万個に13個に当たる確率はゼロではないが、
では丹羽さんたちのの検証結果が正しいならまずその可能性はないし、当たっても
キメラにはならないはずだということになるのね。

568名無しさん:2018/06/14(木) 10:34:50
>>553
>>492氏ではないけれど
*ttp://www3.riken.jp/stap/j/e3document9.pdf
P.20のことでは?

569小野小町:2018/06/14(木) 10:35:40
では丹羽さんたちのの検証結果が正しいならまずその可能性はないし、当たっても
キメラにはならないはずだということになるのね。

丹羽さんたちの検証結果が正しいならまずその可能性はないし、当たっても
クローになる確率2,3%だといよいよゼロに近くなるのね。

570ペリー・メイスン:2018/06/14(木) 10:42:50
>>568

了解しました。これのことだったのか。記者会見での映像にあるんだと思ってた。

彼の言ってることは正しいですね。Oct4-GFPの蛍光は無かったと報告されている。
ふーむ。困ったことになっりましたね。ガンバレにあるのは何なのか。小保方HPに
ある写真は何なのか。どうやら相澤さんまで疑わなければならなくなりましたかね。

571デラ・ストリート:2018/06/14(木) 10:46:29
そのことはまた後に考えましょう。
私たちの考えではみかぃとが作られていても若山さんはただの体細胞から
ntESを作っているだけだというむ結論ね。すると問題は今残されている試料を
Ts.Markerさんやアルイミオウジ氏が分析している結果がntES論と矛盾しないかという
ことになるのね。特に胎盤が何故光ったかという問題だわね。

572デラ・ストリート:2018/06/14(木) 10:47:46
私たちの考えではみかぃとが作られていても若山さんはただの体細胞から
ntESを作っているだけだというむ結論ね。

私たちの考えではntESが作られていても若山さんはただの体細胞から
ntESを作っているだけだという結論ね。

573シャーロック・ホームズ:2018/06/14(木) 10:49:35
よし、いいだろう。ここで一応問題をペンディングしておこう。
そして先にガンバレにある映像は何かということを考えよう。

574孤舟:2018/06/14(木) 10:50:23
散髪に行きたい。

575開高健:2018/06/14(木) 10:51:22
孤舟さん、君に髪の毛があるという個人情報がばれてしまった。

576孤舟:2018/06/14(木) 10:51:59
エリンギヘッドにしてこよっと。

577ふむ:2018/06/14(木) 10:52:49
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578名無しさん:2018/06/14(木) 12:01:00
551: お前は死ねばいいだけ。ひひひ。 :2018/06/14(木) 09:25:57
549 :名無しさん :2018/06/14(木) 09:23:59
不眠は精神の病

552: 小野小町 :2018/06/14(木) 09:27:01
馬鹿山グループが断末魔ね。ざまあみろ。

579名無しさん:2018/06/14(木) 12:33:13
>>492 ですが、Figure 3.aグラフのESがCAG-GFPの件で、
グラフはOct3/4発現量の比較が主意であって、GFPは参考程度の扱いで(結果として興味深いデータが出ましたが)、コントロールが違うgfp使用でも特に問題ないように思います。
(小保方HPグラフでもGFPなしのESも並べていますし)
CAG-gfp ESが使用されているのは、それが意図的とかという以前の問題として、単にB6 Oct4-gfpの受精卵ESが準備できなかっただけのような気がします。
(つまり小保方HPグラフのES GFP+も同じく CAG-GFPではないかと。B6 Oct4-gfpのESは STAP論文でもGOF-ES(ntES)が使われていて何故受精卵ESでないのか不思議でしたが、B6 Oct4-gfpの受精卵ESは樹立しにくい?ということなのか、その辺はよくわかりませんが)

580あ、根拠ないマンジルチョンだ。誘拐犯だって?:2018/06/14(木) 13:18:11
578 :名無しさん :2018/06/14(木) 12:01:00
551: お前は死ねばいいだけ。ひひひ。 :2018/06/14(木) 09:25:57
549 :名無しさん :2018/06/14(木) 09:23:59
不眠は精神の病

552: 小野小町 :2018/06/14(木) 09:27:01
馬鹿山グループが断末魔ね。ざまあみろ。

581名無しさん:2018/06/14(木) 13:32:07
>>579

>グラフはOct3/4発現量の比較が主意

それならGFPをコントロールで並べる必要はない。右三つは小保方さんの実験で
GFPの漏れだしがあるという赤棒ですから、コントロールの赤棒もOct4-GFPなら
同じ漏れだしを差し引いて考えなければならない。でもそれがCAGだと並べている意味がない。
小保方さんのHPは関係ないでしょ。別の話だ。丹羽さんは右三つの漏れだしに関して
コントロールをつけてるんですよ。
CAGを並べて何の意味があるんですかと問い合わせている。

Ooboeさん気まぐれ先生を通して丹羽先生にどういう意味なのか解説を聞き出して
もらえませんかね。

582名無しさん:2018/06/14(木) 13:32:35
>>579 続き
CAG-GFPが誤植ではないと思うのは、Figure 5にも同じようにES cells carrying CAG-GFPと説明されているからなのですが、
思うに、このFigure 5ではFACSでのGOF(B6)のGFPの光具合をコントロールとして上げているのは、RFPチャネルにおけるGFPの漏出シグナルがないことを確認するための対照として示すためだけのものようなので、この実験が先にあって、その付随としてPCR解析されたのがFigure 3.aグラフだったのかと

583名無しさん:2018/06/14(木) 13:38:55
あ、因みにCAG-GFPの発現設計は丹羽さんですよね。GOFの設計とは全く違う。
そのあたりの解説を聞きたいですね。そもそもそんなに簡単に漏れだしては
GOFの意味がない。Oct4蛋白遺伝子が働いたときにGFPが発現して光るという
仕組みなんですから、蛋白発現遺伝子が働いてないのにGFPが漏れ出してもらっては困るでしょう。
それに漏れ出す仕組みに何の説明もなくそんなこと言ってどうなるんでしょうね。
ぜひ、解説願いたいですね。

584名無しさん:2018/06/14(木) 13:43:20
失礼。まだ続いていますね。ちと釣り場に行かないといけないんで
時間を置きます。

585司書:2018/06/14(木) 13:44:51
関連個所は貼っときましょう。
>>
Figure 5: アnalyses of fluorescent signals from GOF transgene.
Figure 5

(a) Fluorescent microscopic アnalysis of cell aggregates derived from GOF Tg mice. The cell aggregates (top) were derived from liver cells of 6-days old of GOF Tg mice. Fluorescent images with the filter sets for detection of GFP and RFP signals are shown. Images of ES cells carrying CAG-GFP (middle) captured with the same conditions are shown as a control to confirm no leaky signal of GFP in RFP channel. Images of wild-type ES cells (bottom) are shown as a control to confirm spesific signal of GFP in GFP channel. (b) FACS analysis of the low-pH treated spleen cells derived from GOF Tg mice. The spleen cells were isolated from 7-day-old GOF Tg mice and prepared with Lympholyte followed by treatment with the indicated stressors. After the culture for seven days, the cells were dissociated, stained with anti-E-cadherin with PE and anti-CD45 with APC, and analyzed by FACS. Wild-type ES cells were used as a positive control for E-cadherin staining and a negative control for CD45-staining as well as GFP fluorescence.

586翻訳機:2018/06/14(木) 13:45:34
図5:GOF挿入遺伝子からの蛍光シグナルの分析。
図5

(a)GOF Tgマウス由来の細胞凝集塊の蛍光顕微鏡分析。細胞凝集塊(上)は、6日齢のGOF Tgマウスの肝細胞に由来。 GFPおよびRFPシグナルの検出のためのフィルターセットを有する蛍光画像が示されている。同一条件下で捕捉されたCAG-GFP(中央)を有するES細胞の画像は、RFPチャネルにおけるGFPの漏出シグナルがないことを確認するためのコントロールとして示されている。野生型ES細胞の画像(下)は、GFPチャネルにおけるGFPの特異的シグナルを確認するためのコントロールとして示される。 (b)GOF Tgマウス由来の低pH処理脾臓細胞のFACS分析。脾臓細胞を7日齢のGOF Tgマウスから単離し、リンパ液で調製し、次いで示された刺激で処理した。 7日間培養した後、細胞を解離させ、PEを有する抗E-カドヘリンおよびAPCを有する抗CD45で染色し、FACSにより分析した。野生型ES細胞をE-カドヘリン染色の陽性コントロールとして使用し、CD45染色およびGFP蛍光の陰性コントルールとして使用した。

587名無しさん:2018/06/14(木) 14:35:43
>>581
STAP細胞塊のOct4-GFPの発現量とESのCAG-GFPの発現量を並べることに意味があったのではなく、Figure 5の補足として、GFPの漏出シグナルとしての発現量を確認するためだけだったのではないかと

>>583
C57BL/6-Tg(CAG-EGFP)は阪大からの既存のもので、このCAG-GFPの発現設計は丹羽氏ではないでは?
(丹羽氏/CDBが設計したのはAlb-cre/Rosa-GFP Tgと思いますが)

漏出の仕組みは、「Interestingly」というぐらい初めて気づかれたもののようで、今後の研究待ちでしょうね。

588名無しさん:2018/06/14(木) 15:32:15
>>555 >>570
*ttp://www3.riken.jp/stap/j/e3document9.pdf P.6
小保方再現実験では(パートナー氏UP画像は予備実験時のも含?)、緑色蛍光陽性が(若干ながらも)確認されて、丹羽検証実験で確認できなかった、ということだと思いますが

589名無しさん:2018/06/14(木) 17:50:55
丹羽検証実験は、細胞凝集塊の少なさや緑色蛍光陽性なしの結果からして、小保方氏のstap処理時の手技を十分にトレースできていないということだし、
stap細胞塊の延命と増殖能付与の「(小保方氏に秘密にされた)若山氏の特殊な手技」を何ら考慮せず(若山氏に確認もせず)、
キメラ胚注入時のタイミングをstap論文通りに(通常はE3.5を)E4.5にしなかったりして、
stapの検証が不十分なわけで、丹羽検証の結果を元にどうこう云うのはあまり意味ないように思いますが

590ジム ◆L2homMtBOk:2018/06/14(木) 19:29:57
紀州のドン・ファン怪死事件の件で
「後ろめたい事をしている人間ってのは、自らベラベラ余計な事を話すんだなぁと思ったよ」
というコメントがあった

そういえばSTAP騒動も最初期にマスコミを前にして、ペラペラ饒舌に発言している人物がいたなぁ(笑)

591名無しさん:2018/06/14(木) 21:19:19
>>590
小保方晴子さんの悪口はそこまで

592名無しさん:2018/06/14(木) 21:21:33
糞金のこめかみには拳銃の銃口がぴたりとあてられている。
ということですな。ジムさん。見てましょうぞ。

593Ooboe:2018/06/14(木) 23:59:29
👰小町さん、今晩は🌛🕚

さっきまで、「あの日」42ページから
今回は、立ち止まりながら読んでいます。
(46ページ)で、パタッと足が止まりました。

「このように、骨髄細胞からできたスフエア(塊)はひとつひとつの大きさや形状が異なっていたので、それぞれ異なる性質を持つ可能性が考えられるので、たとえスポアライクステムセル由来の
スフエアがあったとしても、どれが正解かわからなかった。そこで、スフエアを一個ずつ、それぞれの遺伝子の発現をしらべることにした。」
(53ページ)
「培養された細胞の解析を全ていっしょくたに行ってしまえば見逃されてしまうところを、
一個一個のスフエアを個別に解析したことで、
低い割合で起こっている現象を捉えることが
出来た」

RNA核酸溶液検出作業の説明(48ページ)
「微量な液体を計る道具を使って、顕微鏡下で
2マイクロリットルの培養液を吸うのと同時に
一個のスフエアを吸い上げ、

これらの実験作業の結果において、小保方さんは
スフエア塊だけでなく、
一個のスフエア細胞を確実に認識出来ていたことになるのでは、、、
バカンティ研、メンバー総出でこの作業を正確に
行えるようになるまで練習を繰り返していたと
ありますから、メンバーもひとつひとつの
スフエア細胞の認識が共有できていた訳ですね

1000個の中からラボメンバー全員が
一個ずつスフエアを吸い上げて、20回試した
中から、oct遺伝子発現を検出できた確率は
凄いと思っちゃいました。

594Ooboe:2018/06/15(金) 00:52:48
バカンティ研総出で
核酸溶液を検出しOct遺伝子発現実験を
した時、
丹羽検証データと整合するかなぁ
30スフエア塊が得られ
1つのスフエア塊には1000個の細胞が塊りに
なっていて、その内Oct蛋白発現が数個

バカンティ研メンバー
スフエア塊に存在する細胞1000個から
スフエア一個ずつ吸い上げ
Oct4遺伝子陽性の有無検出実験において、
スフエアサンプルの割合は
中はい葉、内はい葉由来スフエアでは
20個中1個のOct4遺伝子発現を検出していた。
すなわち1000個中50個かな?

この実験、
1000個の細胞が集合している、
1つのスフエア塊につき20個中1個なのか?
または
別々のスフエア塊の20塊毎の割合なのか?
どちらなんでしょう?
どちらにしろ
1個のスフエア細胞のOct4陽性細胞を
同定出来ていたことに変わりはないように
思う、私の頓珍漢かも知れないけど?
なんか、丹羽検証とは何かがまったく違うように
思えて来ます。

595Ooboe:2018/06/15(金) 00:59:05
581名無しさん

長いことパトナ、気まぐれ先生と連絡とれて
いませんの、なにしろ気まぐれ先生だから
でしょうか?

596自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2018/06/15(金) 05:02:52
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

597名無しさん:2018/06/15(金) 06:05:01
Ooboeさん。一個のスアィア塊は1000個の細胞集団です。一個のスフィア塊の中の細胞数は
細胞数計測用のマス目で区切って一個一個マス目の中を数えたのちに、マス目数で掛けるんです。
スポアアライクセルは小さい細胞とされていて、策を細めたピペットやメッシュのフィルターで
濾された後に培養液の中で浮遊培養しているとスボアライクセルらしきものは集まって来て
コロコロとした塊を形成する。それをスフィア、つまり球体と呼んでいるんです。小保方さんが
スフィアと書かずにスフェアと書いているのを難波先生は発音も知らんのかと例によって批判したのですが、
小保方さんがスフェアと発音しているのはコロンビア人の親友のアナが母国語のスペイン語訛りで
僧発音していたからです。スペイン語ではスフェーレなんです。小保方さんが来る前から小島さんや
アナがこのスフィア形成実験を先行して行っていたんです。小保方さんはそれを引き継いで、
Oct4蛋白質に注目してそのPCR検証を初めて行った。そしてされを発見した後に、三胚葉分化実験を
成功させているんです。細胞一つ一つの検証はしていません。とても大雑把な実験です。
丹羽さんが一個一個の発現を計算できたのは彼が独自の実験系を考えだしたからですよ。
小保方さんはそこまでできていないんです。レベルが違うんです。

598名無しさん:2018/06/15(金) 06:16:33
小保方さんのティシュー論文もここに挙げてありますから読まれておいてくださいよ。
もうすぐ丹羽さんの論文も挙がってくるでしょうから読み比べたら面白いはずです。
実験というのはこうやって少しずつ解明を進めていくんだなという醍醐味を味わえて
とても面白いと思います。丹羽さんは小保方さんがとても憧れていた先生だというのは
手記に書かれていますね。小保方さんはその憧れの先生に一度は師事して、挙句の果ては
自分の研究課題をテーマにしてそれを前進させる手法の見本まで見せてくれた。
一度はそういう人に師事できただけでも幸せだったと小保方さんは手記で書いてませんか。

599名無しさん:2018/06/15(金) 06:21:20
今日は朝から彼らは釣りに出かけてしまってますから、昼からまた丹羽論文の
検討に入るんだと思いますよ。では。

600ジム ◆L2homMtBOk:2018/06/15(金) 11:36:54
>>591
>小保方晴子さんの悪口はそこまで

えっ?若山氏のつもりなんだけど

601Ooboe:2018/06/15(金) 12:56:21
👰今日は

「あの日」バカンティ研のところ
考察を続けています。
それから、難しそうなティッシュ論文に
チャレンジしますね。

602イェイ:2018/06/15(金) 15:39:42


😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😡 😱 👿 💀 👹 🐝 🌅 👰 👩 
👦 👧 👮 👪 👫 🙇 🙈 🙊 🐰 😸 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 🙅 
🙍 🙋 👏 👣 👅 💋 🐦 👻 💩 🌠 💚 💜 💙 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 
🎷 🎺 🎹 🎥 🎶 🎵 🎧 🔊 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 🏦  
🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 💢 📹  
📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 
✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 🌃 🔔 🔎☀ ✈ ✂ ✒
✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 ▶ ▶ ↩

603在原業平:2018/06/15(金) 15:41:03
ああ、腰が痛い。小町ちゃん、コーヒーね。

604小野小町:2018/06/15(金) 15:45:19

579: 名無しさん :2018/06/14(木) 12:33:13
>>492 ですが、Figure 3.aグラフのESがCAG-GFPの件で、
グラフはOct3/4発現量の比較が主意であって、GFPは参考程度の扱いで(結果として興味深いデータが出ましたが)、コントロールが違うgfp使用でも特に問題ないように思います。
(小保方HPグラフでもGFPなしのESも並べていますし)
CAG-gfp ESが使用されているのは、それが意図的とかという以前の問題として、単にB6 Oct4-gfpの受精卵ESが準備できなかっただけのような気がします。
(つまり小保方HPグラフのES GFP+も同じく CAG-GFPではないかと。B6 Oct4-gfpのESは STAP論文でもGOF-ES(ntES)が使われていて何故受精卵ESでないのか不思議でしたが、B6 Oct4-gfpの受精卵ESは樹立しにくい?ということなのか、その辺はよくわかりませんが)

605小野小町:2018/06/15(金) 15:46:02

587: 名無しさん :2018/06/14(木) 14:35:43
>>581
STAP細胞塊のOct4-GFPの発現量とESのCAG-GFPの発現量を並べることに意味があったのではなく、Figure 5の補足として、GFPの漏出シグナルとしての発現量を確認するためだけだったのではないかと

>>583
C57BL/6-Tg(CAG-EGFP)は阪大からの既存のもので、このCAG-GFPの発現設計は丹羽氏ではないでは?
(丹羽氏/CDBが設計したのはAlb-cre/Rosa-GFP Tgと思いますが)

漏出の仕組みは、「Interestingly」というぐらい初めて気づかれたもののようで、今後の研究待ちでしょうね。

606小野小町:2018/06/15(金) 15:46:35
588: 名無しさん :2018/06/14(木) 15:32:15
>>555 >>570
*ttp://www3.riken.jp/stap/j/e3document9.pdf P.6
小保方再現実験では(パートナー氏UP画像は予備実験時のも含?)、緑色蛍光陽性が(若干ながらも)確認されて、丹羽検証実験で確認できなかった、ということだと思いますが

607小野小町:2018/06/15(金) 15:47:14
589: 名無しさん :2018/06/14(木) 17:50:55
丹羽検証実験は、細胞凝集塊の少なさや緑色蛍光陽性なしの結果からして、小保方氏のstap処理時の手技を十分にトレースできていないということだし、
stap細胞塊の延命と増殖能付与の「(小保方氏に秘密にされた)若山氏の特殊な手技」を何ら考慮せず(若山氏に確認もせず)、
キメラ胚注入時のタイミングをstap論文通りに(通常はE3.5を)E4.5にしなかったりして、
stapの検証が不十分なわけで、丹羽検証の結果を元にどうこう云うのはあまり意味ないように思いますが

608在原業平:2018/06/15(金) 15:50:44
書き込みの最初はここだね。

492: 名無しさん :2018/06/13(水) 11:48:37
>>470
検証会見時スライド資料には、liverでのOct4-GFP発現の蛍光観察は×とありますので、Figure 3.aでの対ESの0.1以下のGFP「漏出」発現は、光らないレベルということでしょう。
つまり「丹羽さんが発見したGFPの漏れだしはOct4が発現してないのにOct4-GFPが光る現象」「大半光っていたのは自家蛍光でもなく死細胞の発するOct4蛋白発現に連動して光ったGFPでもなく、ただ壊れてGFPだけが光っている現象」などはないということです。
(ちなみにFigure 3.aのコントロールのESは carrying CAG-GFP Tg なので,「(ESでの)Oct4蛋白の発現はそのOct4-GFP発現と比例」というのも確認されていませんが)
丹羽氏が発見した「Interestingly」のは、むしろOct3/4蛋白が検出されOct3/4遺伝子発現がPCRで確認されても、Oct4-GFP発現の蛍光が無いこともあるという事の方かも

609小野小町:2018/06/15(金) 15:53:25
いえ、もう一つ前があるわ。
>>
457: 名無しさん :2018/06/12(火) 22:42:04
>448
パートナー氏UP画像では、細胞塊内の1粒単位で明確に(自家蛍光なしに)光っていて、「GFPの漏れだし」なら滲んでぼやけたものになると思いますし、そもそも「壊れて、自家蛍光は光らずに、GFPだけが光っている現象」なぞ無いように思いますが。
小保方HPグラフでは、コントロールのmorura(B6)で、oct3/4がES並でGFPが1/500以下?という奇妙なのがありますので、Oct4-GFP発現はOct4蛋白発現量に完全比例していないのでは。
もっとも、Oct4の10倍,対ESで100倍以上のGFP発現というとんでもないSTAP細胞塊は、壊れて?Oct4蛋白ES以上発現GFP超過剰発現、という現象かもしれませんが。
Oct4プロモーターに比例せずGFP発現している要因は、morura(B6)のケースがヒントになりそうで、Oct4の上流にあるKlf4?Tcl1?辺りでの発現量に左右されているようにも見えます。
丹羽氏が「Interestingly」というのは、こういう過去に例がない現象をいっていると思います。

610ドクター・ワトソン:2018/06/15(金) 15:56:45
よっしゃあ。そこからだ。まずは我々がガンバレにアップされた画像は丹羽さんの言っている
GFPの漏れだしが大半だと思いついたところで、あちこちから待ったがかかったんだな。

611デラ・ストリート:2018/06/15(金) 15:57:49
Ooboeさんからもクレームがついたわね。

612在原業平:2018/06/15(金) 16:02:51
どこから整理するかな。まずは事実関係からだね。
丹羽さんの論文にはOct4-GFPにはPCR検証して漏れ出しがあると書かれている。
で、まず我々がこれがガンバレにアップされている画像の犯人なのではないかと
いたところ、457で異論が出されたが、まずその主張以前に、漏れ出しと
行こうとは違うという注意が入ったよね。

613小野小町:2018/06/15(金) 16:06:29
いえ、そうでなくてあなたは最初のコメントの中の「Interestingly」に関して
笹井さんの死と関係しているかもしれないと考えていたから、そちらの方を先に
問題にしたのよ。そしたら次に492が来て、漏れ出しと蛍光は違うという追加の
解説が入ったのね。

614在原業平:2018/06/15(金) 16:12:08
そうだったな。我々は漏れ出しイクオール蛍光と考えていたからね。GFPというのは
オワンクラゲの蛍光蛋白だからこれが漏れ出しであれ、GFPが作られた以上蛍光していると
考えた。たとえES細胞の数%であれ。そして更にそのES細胞の数%の意味がまた問題になった。
ESはCAGだというからね。で、そこを検討する前に蛍光してない証拠として理研の発表している
スライドの説明がXになっていることを指摘された。

615ドクター・ワトソン:2018/06/15(金) 16:18:08
我々はそれが本当なら彼の言っていることが正しいと認めた。でもそうだとすると
ガンバレの画像の説明がつかない。漏れ出しでなければ本当うにできているということに
なるんだろうけど、いずれにせよ光ってるわけだからね。それに対してスライド試料は
光ってないと言ってる。すると小保方さんの作ったものは光ってたけど丹羽さんのは光ってないと
いうことになるが、でも丹羽さんは3万個に12個はOct4蛋白を発現していると
報告している。使われているマウスはGOFマウスんなんだから同時にGFPも作られている。
12個は光ってたはずだね。光ってるのは3万個のなかで消えないよ。つまり
量的に少ないことをもってしてGFPはXだと書いてる可能性が高いわけよ。

616シャーロック・ホームズ:2018/06/15(金) 16:23:45
それは相澤さんの判断があったんだっけな。ちょっと今よく思い出せないが。
とにかく彼らの頭には無論論文があって、ギラギラ光ってるんだから12個光ってたとしても
それは論文に照らして蛍光はない、つまりXだと書かれた可能性があるんだな。
これは論文の問題とはまた別なんだね。要するに漏れ出しは光るのかそれとも
光らないレベルの発現量なのかということと絡むね。

617ドクター・ワトソン:2018/06/15(金) 16:34:49
そこにコントロールがCAGなのはなぜかという問題も絡んでいる。で、Figure3-aで
コントロールのESのCAG-GFPの発現量を1と置いてOCT4-GFPの漏れ出し量の
スケールとしたと書き込み者は言う。CAG-GFPであろうとOCT4-GFPであろうと
作られてくるのはFFPという蛍光蛋白質なのだから、その発現量を比較すると
どの程度光っているかという比較ができる。つまりESのCAG-GFPが100の単位で作られた時の
光の量と2から10の量作られた時の光の量が比較されていて、100作られると人の目に
はっきりと見えるが2から10だと薄くしか光らない、もしくは全く見えないという
解釈になる訳だね。租けがそうかどうかは分からないけどね。真っ暗の中で平家蛍が
光っているのと源氏ボタルが光ってるのとの違いがあるわけだね。でもこのことと
報告書のXは別の判断になるね。Xは恣意的な書き方ではないか。少ししかなかったと
書くべきなのではないのかな。のそして漏れ出しでむすら、もっとうまく作ると
ガンバレの量になる可能性もある訳だね。

618ペリー・メイスン:2018/06/15(金) 16:53:22
更にもっと複雑なのは、そもそもFigure3-aのESのGFPはOct4-GFPであるべきではないかという
疑念が入る。書き込み者は後の記述のFigure5の補足と考えた。
>>
STAP細胞塊のOct4-GFPの発現量とESのCAG-GFPの発現量を並べることに意味があったのではなく、Figure 5の補足として、GFPの漏出シグナルとしての発現量を確認するためだけだったのではないかと

619デラ・ストリート:2018/06/15(金) 16:54:48
論文の叙述で後にある実験記述の補足が先に來るというのは妙ね。

620在原業平:2018/06/15(金) 17:18:54
それは書き込み者の補足という言葉に拘泥するからでしょ。補足と言ったのは書き込み者なのであって
丹羽さんではない。丹羽さんがこのコントロールをどういう意味で置いたのかと考えるだけでいいでしょ。
Figure5は自家蛍光と区別するために赤色フィルターを使っている。aは酸浴スフィア塊で、緑と赤の両方で
蛍光が確認されているから自家蛍光だと判断されている。そしてbはCAG-GFPの
ES細胞で、緑だけで赤には蛍光していない。でもこれはOct4-GFPではないよね。だからOct4が発現している
多能性細胞で自家蛍光ではないと言ったところで意味のないコントロールだね。更にCはGFPの無いESだ。
これはどちらの蛍光もないという当たり前の結果だ。で、この時に使われたCAG-GFPのコントロールの意味合いが
ちゃんと書かれていて、それはGFPの漏れ出しが無いという証拠にしている。
>>
Images of ES cells carrying CAG-GFP (middle) captured with the same conditions are shown as a control to confirm no leaky signal of GFP in RFP channel.

621小野小町:2018/06/15(金) 17:20:25
論理が変ね。丹羽さんらしくもない。これってここでもGOFマウスからESを作って
並べるべきよね。

622ドクター・ワトソン:2018/06/15(金) 17:21:30
B6ではESができにくいという言葉はどこかで聞いたでしょ。


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