STAP問題の全解に向けて、その21 - 1522442541

1：イェイ：2018/03/31(土) 05:42:21: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
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932：在原業平：2018/04/12(木) 05:12:16: <①ChIP-seqではなく、②Tru-seq >は?
933：在原業平：2018/04/12(木) 05:14:14: 小町ちゃん、また僕の名前で書きこんでるぜ。
<①ChIP-seqではなく、②Tru-seq >だから何だということをTSさんは書いてないでしょ。
934：小野小町：2018/04/12(木) 05:15:56: <④ChIP-seqは若山研時代。>という言葉が後に加えられると
<①ChIP-seqではなく、②Tru-seq >は笹井研時代と受け取られやすいわね。
935：在原業平：2018/04/12(木) 05:17:52: 分析されたのは2012年1月と6月だから小保方さんは笹井さんと論文のリヴァイズを
行っているときなんで、まさに笹井研時代で間違ってないでしょ。
936：小野小町：2018/04/12(木) 05:19:00: <①ChIP-seqではなく、②Tru-seq >は笹井研時代と受け取られると何が問題なの?
937：在原業平：2018/04/12(木) 05:20:07: 分析された試料は若山研時代のFI-ESだ。
938：小野小町：2018/04/12(木) 05:22:31: FI-ES→FI-SCね。

なるほど。TSは若山さんのコントロールではなくて丹羽研で新たに作ってやったもののようだけど、
FI-SCは新たに作れる人はいないのね。
939：在原業平：2018/04/12(木) 05:25:35: そういうことだ。その理解の上で、
>>
⑤コンタミとされたTru-seqのFI-SCはESとTSの混ぜ物と確定されたわけではい。あくまでもES様細胞（B6）とTS様細胞（CD1)というだけ。

の意味を考えなければならない。
940：小野小町：2018/04/12(木) 05:27:52: 桂報告の結論のことを言ってるのね。
>>
（調査結果） FI 幹細胞の RNA-seq データと NGS 解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により得られた SNPs データを詳細に解析すると、大多数のアレルは B6 ゲノム配列と一致するのに対して、5-10%程度のアレル頻度を持つ SNPs 箇所が多く認められる。これは大部分の RNA-seq データが B6 ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持った細胞から取得された RNA-seq サンプルが少量混じっている可能性を示す（少量混じっていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ（CD1 系統）と酷似している）
941：在原業平：2018/04/12(木) 05:31:34: 確定されたわけでは(な)いな=可能性を示す
あくまでもES様細胞（B6）とTS様細胞（CD1)=B6 ホモ系統マウス由来+TS 細胞の RNA-seq データ（CD1 系統）と酷似
942：小野小町：2018/04/12(木) 05:33:14: それは分かるわ。
<⑥ES様細胞(B6)は、GOF-ESと判定されてもいないし、>はどうなの?
943：在原業平：2018/04/12(木) 05:36:41: 要するに、桂報告は小保方さんが学生にもらったGOFESと丹羽研に作ってもらったらしい
CD1=ICRのTSを混ぜたとほのめかしていることに対して何の証拠も出てないと言ってるんでしょ。
944：小野小町：2018/04/12(木) 05:38:56: <⑦STAP特有のsox21の発現が濃厚。>については?
945：在原業平：2018/04/12(木) 05:52:59: それについては後で検討することになるけど、まずこのSox21に関して小保方さんは
その発見に気づいていない。無論だから論文には書かれていない。また丹羽さんの
検証実験でも調べられていない。そもそもこれがTS特異的マーカー蛋白質であるか否かも
明確でない。以前引用したようにSTAP事件後にそういう論文が出ているが当時は
そういう報告はない。これを最初に見つけたのはどうやら遠藤さんのようだが、
それはデータ解析の結果TSとSTAPとFI-SCに発現が共通していたので、専門が外れて
いることもあって、これを勝手にTSの特異的発現蛋白だと論文の確認もすることなく
勢いで書いてしまった臭いね。
946：小野小町：2018/04/12(木) 05:55:20: <TSとSTAPとFI-SCに発現が共通していた>というのはあなたの推測に過ぎないわね。
TSさんが例示しているのはTSとFI-SCだけだったわよね。STAP細胞のSox21のデータは
見てない。
947：在原業平：2018/04/12(木) 05:56:26: <⑦STAP特有のsox21の発現が濃厚。>という記述から推測したのさ。
948：小野小町：2018/04/12(木) 05:59:42: で、結局TSさんの書き込みの意図は?
>>
ChIP-seqではなく、Tru-seq 熱くなると危ないな。どこぞでアク禁なった時のように。ChIP-seqは若山研時代。
コンタミとされたTru-seqのFI-SCはESとTSの混ぜ物と確定されたわけではい。あくまでもES様細胞（B6）とTS様細胞（CD1)というだけ。
ES様細胞(B6)は、GOF-ESと判定されてもいないし、STAP特有のsox21の発現が濃厚。
2018/4/11(水) 午後 10:17[ Ts.Marker ]返信する
949：在原業平：2018/04/12(木) 06:08:09: <STAP特有のsox21の発現が濃厚。>ということでしょ。小町ちゃん、君間違ってるぜ。
>>
SSR1171580　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1
SSR1171583　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3
のSox21の画像はあるぞ。無題<強引に並べてみました>2017/7/24
950：小野小町：2018/04/12(木) 06:10:29: ああ、そうだったわね。でもTSさんどうして濃厚なんて曖昧な表現に変えたのかしら?
951：在原業平：2018/04/12(木) 06:13:08: STAP細胞でも出てるのと出てないのがある。それと以前検討したようにSTAP細胞は
一旦全部若山さんに渡されたらその時に入れ替えが可能になる。戻ってきたときに
ntESが返ってきている可能性については我々は今ペンディングしているよな。
952：小野小町：2018/04/12(木) 06:23:17: まず先に試料批判が必要なのね。
953：ヘーゲル：2018/04/12(木) 06:25:13: 本題頼むぜ。
954：カール・ヤスパース：2018/04/12(木) 06:33:00: 本題、何でしたっけ?
955：デラ・ストリート：2018/04/12(木) 06:43:51: ティシュー論文にはテラトーマの大きさ比較に関する考察があって、小保方さんは
明らかにESのテラトーマと比較してスフィアのテラトーマライクは小さいと認識しているわね。
その原因考察の当否は別として、彼女はESのテラトーマとスフィアのテラトーマライクの
見た目の違いを一度経験しているのね。これが12/27Harukoの切り出し時に彼女に
疑念を抱かせた原因だわね。
956：ペリー・メイスン：2018/04/12(木) 06:46:09: さて、何度でも繰り返し考え直すぜ。この問題はペンディングされていたよな。
957：デラ・ストリート：2018/04/12(木) 06:58:37: この12/27Harukoの最大の問題は桂報告によってテラトーマではない体内組織切片の
切り出しがあったとされたことね。こんなことって普通はありえないことだからだわね。
解剖の初歩すらできないなんて。桂報告もまたトンマなことを考えたものだわね。
958：在原業平：2018/04/12(木) 07:05:44: Ooboeさんの資料開示請求によって当時の小保方さんの動静が分かったんだったよね。
謝金支払のための勤務状況報告の類だね。
>>
①12/10(土曜日）から12/18(日曜日)の9日間　〇無し
②12/24(土曜日)から1/22(日曜日)の３０日間　〇無し
③2012年1月度23日月曜から平日全て「まる」
④2月度、23日以外、平日全「まる」
959：小野小町：2018/04/12(木) 07:09:03: 12/27は渡米の準備のために切りよく土曜日から連続休暇に入っている中にある日ね。
彼女はテラトーマ作成のためのインプラントまで済ませてから渡米したのね。
960：シャーロック・ホームズ：2018/04/12(木) 07:17:22: 12/27は裸マウスの入荷した日だ。これは理研の記録にもあって、小保方さんの
実験ノートにもある。
961：名無しさん：2018/04/12(木) 07:30:48: Lさん、GJ!!

オーボエ、終わったな
962：名無しさん：2018/04/12(木) 07:47:59: 確かに終わった。つまらん話さ。
963：孤舟：2018/04/12(木) 07:57:45: 阿久裕から電話だ。ダムの下見だ。
Lさんは全然論文が読めてないし、桂報告のラベル確認もできてないうえに、
日経サイエンス記事との照合も、木星さんと太田さんとの電話も知らないようだね。
いきなりOoboexさんが指名するもんだから。あははは。
964：つまらん話を見に来るな、間抜け。：2018/04/12(木) 07:59:19: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
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965：名無しさん：2018/04/12(木) 08:05:58: コアラ、馬鹿だね

学ブログに記事立てしてもらわなければこのまま14日を迎えられたのに

擁護なんて誰も論文読めないんだからｗ

これで14日に行くアホはいないだろうｗ
966：Oob：2018/04/12(木) 10:01:59: さすがに誠実なLさんですね

現役の研究者は、すぎ論文に辿れるんですね

それでとくに問題ないとLさんが思ったのは
桂報告書5ペ－ジが読めてないようですね。
967：名無しさん：2018/04/12(木) 10:27:46: >>966

１４日来てほしいから必死だね

さっさと学ブログでLさんに反論してくれば？

アイザーさんはなんて言ってたの？
968：名無しさん：2018/04/12(木) 11:42:49: >>967
君も大阪で近いんだから神戸においでよ。
969：イェイ。：2018/04/12(木) 12:28:38: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
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970：在原業平：2018/04/12(木) 12:29:28: 小町ちゃん、コーヒーね。
971：小野小町：2018/04/12(木) 12:30:58: あら、早いわね。Ooboeさんが見えてたわ。
972：在原業平：2018/04/12(木) 12:36:36: 高台の山上湖も巣離れしてはたき場を回遊し始めている。今日のは40上15枚くらいの群れだね。
まだ小さい。釣り場も切り開いてきたから明日の朝早くに竿出しするよ。ガツンと50上が
来るかもね。ひひひ。僕はドリーマーだからね。
Ooboeさん、Lさんは論文も流し読みみたいね。あなたが急に呼び出すからだよ。
973：小野小町：2018/04/12(木) 12:40:33: これね。
>>
①何故に私が名指しされているのか、理解し難いのですが、
②ご指摘の点について、論文を遡ってみました。
③2008年論文記載の、129B6F1バックグラウンドのセルトリ細胞からの核移植で作られたES細胞は、2005年の論文を引用する形で説明されています。
④ところが、その2005年の論文を見ても、核移植の過程しか記載されておらず、そこからES細胞を樹立したとは書かれてないように思うのですが。
⑤桂報告書では129B6F1G1の樹立日は2007年8月となっており、時期も一致しません。
⑥単に、桂報告書で記載されている129B6F1G1と、2008年の論文に記載されている129B6F1G1が、異なる細胞であるという事ではないですかね？
⑦あるいは、2008年の論文に記載されている129B6F1G1は、2005年の論文に記載されているセルトリ細胞の核移植由来ではなく、別の機会にB6N129terバックグラウンドの核移植で作成されたES細胞という理解で良いのではないでしょうか。
⑧個人的には大した問題とは感じませんが、
⑨相澤先生の反応はどんな感じだったのでしょう？
2018/4/12(木) 午前 4:14[ L ]返信する
974：在原業平：2018/04/12(木) 12:55:40: ①は僕にも理解しがたいけどOoboeさんが信頼している人という意味かな。
和モガさんとかTSさんは簡単には返事くれないだろうからな。②は題名も
サイトも指定してあるからも誰にでも遡れる。③は正しく読まれているが、
引用だけでなく親の雄雌も再度確認してある。④は書いてあるんで、
急いで読んでるんで読み落としているんだよね。ここは我々は何度も
やったところだね。周いわゆる周回遅れ甚だしいということね。でも、今まで
このことを考えたこともないだから当然だよ。今初めて気づいて、これからなぜ
これがおかしいのかを考え始めるわけだ。⑥は日経サイエンスに太田さんが
説明しているよね。⑦はOoboe さんが気づいたように<桂報告書5ペ－ジが
読めてない>んだけど、それは最初のころは全員が疑問に思わなかったところだよね。
Lさんは今もそのままということだ。
975：小野小町：2018/04/12(木) 12:57:25: 5Pってここね。細胞表の4Pの注も同じ事実ね。
>>
他方、同じ Acr-GFP/CAG-GFP の挿入を持つ ES 細胞 ntESG1、および ntESG2 の X 染色体は C57BL/6 であることが判明したことから、調査対象の STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1 と性染色体の構成が異なるため、これらは比較解析の対照から除外された。
976：在原業平：2018/04/12(木) 13:00:07: 中身の違うサンプルを提出されていると認めているにも関わらず、同時に
提出されているFESに関しては比較対象から除外しなかったのはなぜだい?
977：小野小町：2018/04/12(木) 13:18:18: FLSは129/B6だったが、ntES-GはB6/129だったからFLSではないから除外した。
FESは129/B6だったからFLSと同じだったのでこれではないかと調査した。そういう意味の
除外だわ。提出されているサンプルの中身が一方は入れ替えられているのだから
他方の入れ替えも疑って調査しなければならなかったのにそうしなかった馬鹿さ加減ね。
警察も裁判官も笑うところね。
和モガさん、DORAさん、TSさんと最初からFESの中身はFLSだと疑ってるのよね。誰でも
疑うことを、一方は模造品の真珠だと分かっているのにもう一つもらったダイヤは
本物に違いないと疑いもしないという理研のトンマ天狗ね。
978：在原業平：2018/04/12(木) 13:22:35: そういうことだね。ただ誤読というか、読み過ごしがあるんで先にそれを繰り返そうかな。
ここに書かれいてると気付かれたらまた疑義も深まるんじゃないのかな。書かれてないと誤解してると
いよいよ気づかないということになる。
979：鉄：2018/04/12(木) 13:30:24: んじゃ、狭くなったから河岸替えだ。
980：イェイ：2018/04/12(木) 13:31:18: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
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🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　🎥　🎶　🎵　🎧　🔊　📞　🔫　🚓　🍸　☕　　
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🏣　🏢　🚢　🏦　🏭　⛵　🚇　⚾　⚽　🏈　🎿　🏊　♨　🎲　🎌　　
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981：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2020/02/22(土) 01:37:16: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！