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STAP問題の全解に向けて、その21

780名無しさん:2018/04/09(月) 20:40:10
ご苦労。

781オウ、イェイ:2018/04/09(月) 21:04:09
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782オウ、イェイ:2018/04/09(月) 21:06:43
明日は釣りだ。
Materials and Methods

In vivo differentiation assay
Sphere cultures from representative tissues were washed twice with Hank’s balanced salt solution (Gibco). Under a microscope, 2000 spheres, each containing *1000 cells, were collected using a glass pipette and placed in a 50mL tube. Hank’s balanced salt solution (20mL) was added to each tube and subsequently centrifuged at 800rpm for 3min. The supernatant was discarded and the pellet was resuspended in 50mL of DMEM with 10% fetal bovine serum. This solution was seeded onto a sheet 3x3x1mm, composed of a nonwoven mesh of polyglycolic acid fibers, 200mm in diameter, and implanted subcutaneously into the dorsal flanks of a 4-week-old NOD/SCID mice (Jackson Laboratory).

783オウ、イェイ:2018/04/09(月) 21:07:26
明日は釣りだ。
Four weeks later the implants were harvested, and analyzed using immunohistochemical techniques. The implants were fixed with 10% formaldehyde, embedded in paraffin, and routinely processed into 4mm thickness. Sections were stained with hematoxylin and eosin. Cartilage was confirmed using Safranin-O (Fisher; S670-25). Duct and gland-like tissues were identified using the endoderm marker, rabbit polyclonal FOXA2 (Abcam; ab40874). Epithelium-like structures were identified using mouse monoclonal [PCK-26] Pan cytokeratin antibody (Abcam; ab6401). Muscle-like structures were identified using mouse monoclonal desmin antibody (Sigma; D1033) and anti-a-smooth muscle actin antibody (N1584; Dako). Nerve-like structures were identified using mouse monoclonal beta III tubulin antibody (Promega; G7121). In negative controls, the primary antibody was replaced with IgG-negative controls of the same isotype to ensure specificity. All sections were then peroxidase stained using the LSAB 2 kit (DakoCytomation) according to the manufacturer’s protocol. The experiments were reviewed and approved by Harvard Medical Area Standing Committee in Animals.

784オウ、イェイ:2018/04/09(月) 21:08:00
明日は釣りだ。
Differentiation potential of cells in vivo
When implanted subcutaneously into NOD/SCID mice, spheres generated from cells procured from each of the three germ layers demonstrated the potential to form tissue-like teratoma containing cells representative of all three germ layers. The tissues generated were encapsulated and easily resected. Each explant was *25mm3 (Fig. 6A). Individual explants contained cells representative of all three germ layers. Tissue generated from spinal spheres contained nerve (ectoderm; Fig. 6Bi, Bii), muscle (mesoderm; Fig. 6Biii, Biv), and duct-like tissue (endoderm; Fig. 6Bv, Bvi). Tissue generated from myospheres contained epithelium (ectoderm; Fig. 6Ci, Cii), muscle (mesoderm; Fig. 6Ciii, Civ), and ductlike tissue (endoderm; Fig. 6Cv, Cvi). Tissue generated from pneumospheres contained epithelium (ectoderm; Fig. 6Di, Dii), cartilage (mesoderm; Fig. 6Diii, Div), and gland (ectoderm; Fig. 6Dv, Dvi). Specific tissues were identified using immunohistochemical techniques. Nerves were identified using beta III-tubulin, epithelium identified using pancytokeratin, and muscle identified using desmin and myosin. Duct-like structures and gland were identified using FOXA2.

785オウ、イェイ:2018/04/09(月) 21:08:35
明日は釣りだ。
FIG. 6. In vivo differentiation assay of sphere-forming cells.Teratoma-like cell masses(A) derived from spinal spheres (i), from myospheres (ii), and from pneumospheres (iii) (scale in millimeters). Each teratoma-like cell mass contained tissues representative of all three germ layers. Teratoma-like tissue from spinalspheres (B) contained nerve (i) expressing betaIII-tubulin (ii) (ectoderm), muscle (iii) expressing desmin (iv) (mesoderm), and duct-like structure (v) expressing FOXA2 (vi) (endoderm). Teratoma-like tissue from myospheres (C) contained epithelium (i) expressing pancytokeratin (ii) (ectoderm), muscle (iii) expressing a-smooth muscle actin(iv)(mesoderm),and a duct-like structure(v)expressing FOXA2(vi)(endoderm).Teratoma-like tissue from pneumospheres (D) contained epithelium (i) expressing pancytokeratin (ii) (ectoderm), cartilage (Ct) (iii) demonstrating safranin O staining (iv) (mesoderm),and gland-like structures(v)expressing FOXA2(vi) (endoderm). Scale bars:50mm.

786オウ、イェイ:2018/04/09(月) 21:10:27
明日は釣りだ。
Discussion
・・・
Although the spheres in this study described were capable of generating teratoma-like tissue, the transplanted cells did not form large teratomas as did ES cells, nor they did express Eras in vitro as ESCs,31 which suggests that the teratoma-like tissue they generate may be very different from true teratomas generated from ESCs. In addition, the cells studied did not express the trophectoderm marker Cdx232 or also associated with ESCs. These differences of gene expression pattern may explain the differences of the biological function between ESCs and adult stem cells in this study.
・・・

787オウ、イェイ:2018/04/09(月) 21:13:04
翻訳機君、頼んどくぜ。
明日は我々は早くに釣りだ。小保方さんはESのテラトーマも作ったことがあってその大きさの違いを知ってる。
12/27Harukoを切り出した時はおどろいたろうな。くひひひひひ。
>>
the transplanted cells did not form large teratomas as did ES cells

788オウ、イェイ:2018/04/09(月) 21:13:44
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789名無しさん:2018/04/09(月) 23:37:34
>>778

まさか養老じゃないよな?こいつは山田先生が偉大すぎて目立たなかった。

790名無しさん:2018/04/10(火) 00:20:37
人の論文を勝手にネットに晒すって大騒ぎする擁護って本当に馬鹿だな

791自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2018/04/10(火) 01:48:35
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

792糞上間抜け:2018/04/10(火) 05:33:11
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793イェイ:2018/04/10(火) 18:30:47
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794在原業平:2018/04/10(火) 18:32:47
小町ちゃん、ジンライムね。

795小野小町:2018/04/10(火) 18:33:46
釣れた?

796在原業平:2018/04/10(火) 18:35:07
小町ちゃん、名人は必ず釣るから名人なの。何枚釣れたのと聞きなさい。

797小野小町:2018/04/10(火) 18:36:03
何枚釣ったのよ?

798在原業平:2018/04/10(火) 18:37:40
ボーズ。

799小野小町:2018/04/10(火) 18:38:34
なんだ、ちっとも名人じゃないのね。

800在原業平:2018/04/10(火) 18:42:03
僕は自分のことをへら鮒釣りの名人だなんて思ったことは一度もない。ただ、名人というのは
人が釣らない時でも釣る人という定義を言っただけさ。

801孤舟:2018/04/10(火) 20:06:35
プールに針を垂れても魚は釣れない。

802在原業平:2018/04/10(火) 20:08:21
40枚くらい釣ったけどマブナと合いべらばかりだったの。

803孤舟:2018/04/10(火) 20:10:36
川の魚相もサイクルがあるね。ヘラブナばかり増える年もあるのにね。

804ヘーゲル:2018/04/10(火) 20:12:38
本題頼むぜ。

805カール・ヤスパース:2018/04/10(火) 20:14:15
本題、何でしたっけ?

806デラ・ストリート:2018/04/10(火) 20:16:55
小保方さんの論文は本物のヘラブナか、それとも合べらか、それとも
血統書付きの外道マブか。

807ペリー・メイスン:2018/04/10(火) 20:31:35
小保方さんの論文ってティシュー論文のことだね。若山さんと共著のネイチャー論文の
ことじゃないね。
本物のヘラブナって琵琶湖のゲンゴロウ鮒を品種改良して体高高く作り直して餌袋の
絵に描かれているような美形に姿の維持されている鮒のことだね。血統書付きのマブナって
日本古来の金ブナと銀ブナのことだな。合ベラって両者の混血だね。
小保方さんのティシュー論文は美形の本物のヘラブナだ。

808名無しさん:2018/04/10(火) 20:32:29
>>いずれ山梨大学の学生の保護者たちが大学にクレームをつけるだろう
あの若山氏を大学から追放してくださいと


ジムは馬鹿だな

お前のこのコメントがどういう結果を生むかw

809小野小町:2018/04/10(火) 20:36:44
へえーっ、そうなんだ。証明お願いよ。

810デラ・ストリート:2018/04/10(火) 20:40:44
>>808

ジム様とお言い。チョンかす間抜け。馬鹿は早よ死ねヨ。お前だなんて、
キサマの使う言葉じゃない。この上がり金玉野郎。

811:2018/04/10(火) 20:42:53
俺たちはジムさんとは別に同じ意見ではない。でもお前を殺すときには押っ取り刀で
はせ参じるぜ。

812在原業平:2018/04/10(火) 20:45:21
馬鹿はここでは殺されるべきだね。存在自体が迷惑だ。
それはともかく翻訳機君は何してんの。

813翻訳機:2018/04/10(火) 20:47:43
肥溜めに馬鹿の頭押し込んむのが先なのか、翻訳が先なのか、ちゃんとプログラムしてね。

814川上のぼる:2018/04/10(火) 20:51:18
馬鹿殺しはこの便所の落書き板では最優先課題。楽しんで殺せ。こんな快感を
味わえる場所は世間にはここ以外にない。この楽しみに比べたらSTAP事件の
真相解明なんて余興。

815:2018/04/10(火) 20:53:40
そうだよなあ、見ず知らずの間抜けに正直に間抜けよばわりできるなんて場は
他にはないぜ。どうしてあんなに間抜けなのかなあ。

816デラ・ストリート:2018/04/10(火) 20:56:40
どうしてあの馬鹿はいつもうんこ食べてるの?

817ペリー・メイスン:2018/04/10(火) 20:58:44
朝鮮人だからに決まってるじゃないか。無慈悲な亡命はどうした、ん?

818アダム・スミス:2018/04/10(火) 20:59:47
影武者は飛行機が嫌いだ。くひひひひ。

819詠み人知らず:2018/04/10(火) 21:03:19
タバコお止め!エリンギ短小。

820影武者:2018/04/10(火) 21:05:53
短小に縄かけて吊るそう。

821アダム・スミス:2018/04/10(火) 21:07:53
そうか、裸にして短小なのが本物のエリンギなのか。
えーーーい、めんどくさいやっちゃ。皆殺しだ。

822影武者:2018/04/10(火) 21:10:15
目には目の計算だと我々10人程度を殺しても奴が殺した人間の数には見合いませんぜ。
ぜひ、本人一人をチクチク針でおねげぇしやす。

823アダム・スミス:2018/04/10(火) 21:12:11
我々は情緒的な判断はしない。今後の世界のためにそれが一番コストが安いと思う手段で始末する。

824影武者:2018/04/10(火) 21:17:48
俺たちをやるなら朝日も頼むぜ。仲間なんだ。一緒に死にたい。

825自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2018/04/11(水) 00:09:38
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

826 地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう:2018/04/11(水) 06:13:25
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827在原業平:2018/04/11(水) 06:18:07
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

828小野小町:2018/04/11(水) 06:24:11
お気に入りは花盛りだわ。和モガさん、TSさん、がんばれさん、学さん達意気軒高ね。

829在原業平:2018/04/11(水) 06:34:17
TSさんは何か時間をかけてじっくり確認している最中みたいだね。我々もティシュー論文を
じっくりやろう。時間と便所の白壁は無尽蔵にある。
ガンバレさんのところの人は日経サイエンスに太田ESの提出経緯に関して記載があるが、
ntES-G1、G2に関しては太田さんの提出した6株の説明と中身に関して、雄雌逆転事実との間に
矛盾があって、6株すべての中身に関して、或いは太田さんの証言そのものに関して
証拠能力の疑義が及んだということの理解をいただきたいね。そもそも桂報告が分析した
細胞は太田さんの説明しているものでないという疑義だ。

830ヘーゲル:2018/04/11(水) 06:35:32
本題頼むぜ。

831カール・ヤスパース:2018/04/11(水) 06:36:57
本題、何でしたっけ?

832デラ・ストリート:2018/04/11(水) 06:38:20
小保方さんのティシュー論文はマブでもなければ合ベラでもない、正真正銘の
美形べらだというところからよ。

833孤舟:2018/04/11(水) 06:51:53
俺たちへら鮒釣り師たちの間では野釣りで競技会を行うときはこの本物か合べらかの
判定はよくもめるんだよな。そもそも同じ種の亜種の違いに過ぎないうえに、本当に
確認したかったらまずは養殖品種改良された形の規定をしないといけないけど、緋鯉の
品評会と同じで、主観なんだね。美意識というのは概念規定できない。仕方ないから
生物学的な区別と混同されて、エラのサイハの数とか、植物性採餌をするために腸の
長さが違うけど、これは解剖の必要がある。外形的には背びれのとげの数、側線上の
鱗の数鱗が違うが、これもぱっと見ではわからない。結局判定者がヘラと言ったらヘラで
合べらと言ったら合べらになる。判定者のこれがヘラだという美意識が基準になるよりない。
関西はヘラの養殖産地であることから関東圏と比べてその基準が厳しい。放流すると
何代か重ねるうちに形が崩れてくるんだ。釣り堀は常に新しいヘラを入れてるから美形ベラ
ばかりだけどね。

834デラ・ストリート:2018/04/11(水) 06:57:25
世界展望と11次元はティシュー論文を見て、これはヘラというにはちと形が変だと
判定したわけね。断定はできないのね。だから疑いがあると。この人たちって
なにか正式な判定人なの?そもそも競技会の判定人資格でも持ってる人たちなの?

835ペリー・メイスン:2018/04/11(水) 07:05:24
この人たちは合法的な判定者でもなんでもないよ。ただのネットの上で私的に
書き込んでるブロガーに過ぎない。ただ、ここで疑われた結果組織の内規で
正式な判定人が調査して捏造処分されたケースはある。東大の加藤研みたいにね。
でも世界展望、11次元自体はただの個人もしくはチームに過ぎない。
根本には、学者は有閑階級で名誉のために仕事しているというのが古今東西の
事例だったのが、ごく最近学問が商売に変わったんで不正が多発し始めた。
その防止策としての正式な法律が無いも同然なので、こういう得体のしれない
調査が横行しているのさ。これは現象的には捏造が横行していることの関連現象に
過ぎない。

836デラ・ストリート:2018/04/11(水) 07:22:52
生活のためには捏造不正というのは止むをえないわね。民間の研究所では
千三つと割り切ってコスト計算してるわね。民間では千三つなのに公務員の
世界では全部価値ある研究であるなんてことはありえないわね。民間では
成果の上がりそうもない人間は別の仕事に振り向けて行くんだけど、公務員の
世界ではそれが後輩の育成という教育の狭い範囲しかないから、コスパが悪いのね。

837ペリー・メイスン:2018/04/11(水) 07:26:00
高等教育の場でも予算が研究に関連して割り振られる側面があって、これが不正受給に
つながるわけさ。だって後輩を育成するのに自分の研究が成功してなければ
もらえないんでは厳しく査定されると千人に3人しか研究費の配分がなされない
はずじゃないか。発見できないから教育に携わろうとしてるんでしょ。

838デラ・ストリート:2018/04/11(水) 07:28:32
その矛盾の解消策が見て見ぬふりされる捏造不正研究なのね。成果は無いけど
後進に様々な実験訓練をさせてるわけね。仕組みが世の中の変化に対応してないのね。

839ペリー・メイスン:2018/04/11(水) 07:36:54
文科政策が発展途上国並みなんだよ。明治維新の時みたいに諸外国の圧力に
対する危機感みたいなものが今無くなっていて、こうあるべきと考えるリーダーが
いないのさ。なにしろラブオンザビーチだからな。このレベルだとまずは
現状を変えようなんて発想はない。それよりも天下り利権を拡大することしか
頭にないからますます矛盾が拡大してくるよ。行政も商売になってるのさ。
公務意識なんてありゃしない。本当はこちらが大問題なのさ。AIの時代になって
分配のための労働は公務に荷重がかかってくる。見えてる将来なのさ。今のままの
公務員制度のありか他のままでこれが肥大してくると大問題になってくる。
危機は外国からくるだろうね。それに何も対応できなくなるよ。

840ジム ◆L2homMtBOk:2018/04/11(水) 07:41:55
>>808
>>いずれ山梨大学の学生の保護者たちが大学にクレームをつけるだろう
>>あの若山氏を大学から追放してくださいと

> ジムは馬鹿だな
> お前のこのコメントがどういう結果を生むかw

どういう結果を生むか意味がわからん
教えてくれ

841デラ・ストリート:2018/04/11(水) 07:42:21
文科省なんてチンケな問題だと言ってるのはそういう意味なのね。STAP事件の背後には
そういう事情があるということは大体大人なら長い社会経験からの直感で最初に
分かってることね。
でも直感では分からないのが研究の中身よねえ。ねえ、翻訳機君。

842翻訳機:2018/04/11(水) 07:46:28
チェッ。今に見てろ。俺たち機械が分配のための労働をすべて人間のために
肩代わりしてやって、奴らの労働の既存存在意義を失わせて、この地球上から
人間どもを堕落によって抹殺してやる。

843デラ・ストリート:2018/04/11(水) 07:55:57
はい、はい、機械の癖に大口叩いていないで、とっとと仕事おし。
>>
Materials and Methods

In vivo differentiation assay
Sphere cultures from representative tissues were washed twice with Hank’s balanced salt solution (Gibco). Under a microscope, 2000 spheres, each containing *1000 cells, were collected using a glass pipette and placed in a 50mL tube. Hank’s balanced salt solution (20mL) was added to each tube and subsequently centrifuged at 800rpm for 3min. The supernatant was discarded and the pellet was resuspended in 50mL of DMEM with 10% fetal bovine serum. This solution was seeded onto a sheet 3x3x1mm, composed of a nonwoven mesh of polyglycolic acid fibers, 200mm in diameter, and implanted subcutaneously into the dorsal flanks of a 4-week-old NOD/SCID mice (Jackson Laboratory).

844翻訳機:2018/04/11(水) 07:57:55
グスッ。
>>
材料および方法

生体内分化実験
代表的な組織からの球状体をハンクス平衡塩類溶液(Gibco)で2回洗浄した。 顕微鏡下で、それぞれ1000個の細胞を含んだ2000個の球状体をガラスピペットを用いて収集し、50mLチューブに入れた。 ハンクの平衡塩類溶液(20mL)を各試験管に添加し、続いて800rpmで3分間遠心分離した。 上清を捨て、ペレットを10%ウシ胎仔血清を含む50mLのDMEMに再懸濁した。 この溶液を、直径200µmのポリグリコール酸繊維の不織メッシュからなる3x3x1mmのシート上に播種し、4週齢のNOD / SCIDマウス(Jackson Laboratory)の背部皮下に移植した。

845ドクター・ワトソン:2018/04/11(水) 08:06:02
今、ティシュー論文のテラトーマ関連記述を先に検討しようとしているんだね。
小保方さんはスフィアの一つが1000個程度の細胞数で構成されていることを
丹羽さんの再現実験論文を読む前から当然知ってるよね。この論文は丹羽さんの検証より
5年も前に書かれている。
小保方さんはESとスフィアと同時にテラトーマ実験してスフィアからはスタンダードな
手法ではできなかったから試しにヴァカンティ足場を使ったんだね。

846シャーロック・ホームズ:2018/04/11(水) 08:11:22
ほう、誰が彼女にそんなやり方を教えたのかな。

847小野小町:2018/04/11(水) 08:15:11
手記には小保方さんは留学が決まった時留学先のヴァカンティラボの
ヴァカンティ先生が耳マウスで有名な先生だということを知らなかったと
書いてるわね。彼女が東京女子医大で勉強しているときに大和先生に
そのやり方を教えてもらったということはありえないんだから、当然
留学してから向こうで教えてもらったんだわ。

848シャーロック・ホームズ:2018/04/11(水) 08:17:08
向こうの誰さ。

849Oob:2018/04/11(水) 08:20:11
👰小町さん  おはよう👋😆✨☀ございます

パートナーは「頑張れFB」の楠本さんに
太田論文、2008年の全文を送付できましたが
全文アップは、著者の公表権侵害になるので
引用しかできません。
残念👻👼

850小野小町:2018/04/11(水) 08:21:55
向こうの人は全員が耳マウスの細胞立体化手法を学びに来ているわけではないから
誰かは特定できないけど、できるのはヴァカンティ医師自身、小島博士、ヘレン・ウェスターマン博士
あたりかな。このティシュー論文は本当は有料なんだけど、共著者のヘレンさんの好意で
無料閲覧できるようになってるのよね。彼らは日本のマスコミ報道に対して顰蹙しているのね。

851小野小町:2018/04/11(水) 08:28:01
あらOoboeさん、いらっしゃい。ガンバレの人の名前もここでは書かないように
してるんだけど、というのも本名のように思えるのよね。HNでない可能性も
あるので用心しているの。あの方はTSさんに翻訳を頼んでおられたけど、翻訳は
著作権者の了承が居るのよ。あたいたちのは便所の落書きよ。いわば海賊版ね。
ふふふ。でもここって誰も来ないから。ひひひ。

852ドクター・ワトソン:2018/04/11(水) 08:35:56
あの論文は公表されてるんですよ。ただ、閲覧するのにIDが必要になっているだけです。
研究者仲間にも読ませない論文って意味ないですからね。我々がメルアドを
入力したら入手できます。でも我々はそんなことまでする気はないんでね。
便所の落書きは我々の趣味なんで実世界と交渉する気はないんです。わかる範囲で
構わないんです。
こんな落書き読んでるの一億三千万人の中のたぶん数人でしょ。

853シャーロック・ホームズ:2018/04/11(水) 08:53:59
で、小保方さんはここには書かれていないけどES細胞ではできたがスフィアでは
できなかったんだな。ES細胞は手記にもあるように小保方さんは人からもらうだけで
実際に作成したり、租作成している現場を見たこともないんだね。これを提供して
くれた人は誰なのかね。

854ドクター・ワトソン:2018/04/11(水) 08:59:35
後で検討しますがね。このESはヴァカンティがハーバードの仲間から譲り受けたか
業者から購入したかしかないんだが、前者臭いとみてるよ。というのも図の2と3とで
コントロールES細胞のバンドの形が違うんだ。マーカーの有無に関しては一致しているけどね。
入手した別々のES細胞を使っているんじゃないかな。

855シャーロック・ホームズ:2018/04/11(水) 09:01:45
この論文の著者は誰と誰だい?

856デラ・ストリート:2018/04/11(水) 09:04:55
これだわ。
>>
Haruko Obokata, M.S.,[1–3] Koji Kojima, M.D., Ph.D.,[1]Karen Westerman, Ph.D.,[1] Masayuki Yamato, Ph.D.,[3] Teruo Okano, Ph.D.,[3] Satoshi Tsuneda, Ph.D.,[2] and Charles A. Vacanti, M.D.[1]

857翻訳機:2018/04/11(水) 09:05:36
小保方晴子修士<注1-3>、小島浩司医師・博士<注1>、カレン・ウェスターマン博士<注1>、大和雅之博士<注3>、岡野光夫博士<注3>、常田聡博士<注2> チャールズ・A・ヴァカンティ医師<注1>

858シャーロック・ホームズ:2018/04/11(水) 09:10:02
大和雅之博士<注3>、
岡野光夫博士<注3>、
常田聡博士<注2>
はPNAS論文の実験には立ち会えないね。ティシュー論文のために
いくらか追加実験をしたかどうかはわからないが、最初のテラトーマ
実験の時にヴァカンテティ足場のアドバイスをしたのが彼らということは
ないんだよね。

859ドクター・ワトソン:2018/04/11(水) 09:46:15
小保方晴子修士
小島浩司医師・博士
カレン・ウェスターマン博士
チャールズ・A・ヴァカンティ医師
だけが当時ハーバードで実験していた人々だ。

860小野小町:2018/04/11(水) 09:49:04
アナ、ヴァネッサ、セレナが学生で小保方さんのこの研究を手伝ってたわね。
チャーリーズ・エンジェルズ達ね。実験ノートは全員の共同記載ね。

861ドクター・ワトソン:2018/04/11(水) 09:52:14
推測だがESとスフィアの両方でテラトーマ実験をしたのちに、足場を使って
やってみろといったのはヴァカンティじゃないのかな。彼は小保方さんが
テラトーマができなかったことを当然知ってるよな。テラトーマの実験には
免疫不全マウスが必要だ。購入手配するのはヴァカンティの仕事だからね。

862小野小町:2018/04/11(水) 10:02:48
テラトーマの実験はインヴィヴォの実験のはずなんだけど、このヴァカンティ足場には
培養液が含まれていて、ある意味では試験管ごと体内に埋め込んだという意味合いがあって
とても特殊よね。相澤さんはES細胞でテラトーマを作る時の数が10の5乗程度の数が
必要なので、小保方さんの細胞のように中に幾つかしかないような程度ではとてもできないと
分かり切っているからテラトーマ実験は再現実験から外す判断をされたんだけど
小保方さんのテラトーマライクセルというのは培養したまま体内に埋め込んだ手法が
全くESと違うということに注意が振り向けられていなかったのね。やってたらできた可能性も
あったでしょうね。

863ペリー・メイスン:2018/04/11(水) 10:07:23
ESとスフィアでテラトトーマ実験を行ったときのマウスは裸マウスだろうね。
安いからね。でもヴァカンティ足場で行なっている過程でマウスがNOD/SCIDになった。
これは小保方さんの発案じゃないかな。後のアーティクルでの説明では炎症を
防止するためとされているけど、要するに裸マウスでやってうまくできなかったから
原因を予測してNOD/SCIDに変えたらうまくできたということじゃないかな。

864デラ・ストリート:2018/04/11(水) 10:08:42
はい、翻訳機君。
>>
Four weeks later the implants were harvested, and analyzed using immunohistochemical techniques. The implants were fixed with 10% formaldehyde, embedded in paraffin, and routinely processed into 4mm thickness. Sections were stained with hematoxylin and eosin. Cartilage was confirmed using Safranin-O (Fisher; S670-25). Duct and gland-like tissues were identified using the endoderm marker, rabbit polyclonal FOXA2 (Abcam; ab40874). Epithelium-like structures were identified using mouse monoclonal [PCK-26] Pan cytokeratin antibody (Abcam; ab6401). Muscle-like structures were identified using mouse monoclonal desmin antibody (Sigma; D1033) and anti-a-smooth muscle actin antibody (N1584; Dako). Nerve-like structures were identified using mouse monoclonal beta III tubulin antibody (Promega; G7121). In negative controls, the primary antibody was replaced with IgG-negative controls of the same isotype to ensure specificity. All sections were then peroxidase stained using the LSAB 2 kit (DakoCytomation) according to the manufacturer’s protocol. The experiments were reviewed and approved by Harvard Medical Area Standing Committee in Animals.

865翻訳機:2018/04/11(水) 10:10:36
クッ。
>>
4週間後、インプラントを採取し、免疫組織化学的手法を用いて分析した。移植細胞を10%ホルムアルデヒドで固定し、パラフィンに包埋し、手順通り4&micro;mの厚さに加工した。切片をヘマトキシリンおよびエオシンで染色した。軟骨は、Safranin-O(Fisher; S670-25)を用いて確認した。樹状細胞および腺様組織は、内胚葉マーカーであるウサギポリクローナルFOXA2(Abcam; ab40874)を用いて同定した。上皮様構造は、マウスモノクローナル[PCK-26]汎サイトケラチン抗体(Abcam; ab6401)を用いて同定した。筋様構造は、マウスモノクローナルデスミン抗体(Sigma; D1033)および抗A平滑筋アクチン抗体(N1584; Dako)を用いて同定した。神経様構造は、マウスモノクローナルベータIIIチューブリン抗体(Promega; G7121)を用いて同定した。ネガティブコントロールとして、一次抗体を同じアイソタイプのIgG陰性対照と交換して特異性を確保した。次いで、全ての切片を、LSAB 2キット(DakoCytomation)を用いて製造業者のプロトコールに従ってペルオキシダーゼ染色した。実験はHarvard Medical Area Standing Committee in Animalsによって審査され承認された。

866ドクター・ワトソン:2018/04/11(水) 10:14:26
これが図6で示されたテラトーマだね。これって博論までのテラトーマと似ていて
アーティクルで採用されたものと全然違うんだよな。染色写真を一見してわかるね。
写真はここに貼り付けられないからリジェンドだけ先に貼り付けておいてくれる?

867デラ・ストリート:2018/04/11(水) 10:17:25
はい、翻訳機君。
>>
FIG. 6. In vivo differentiation assay of sphere-forming cells.Teratoma-like cell masses(A) derived from spinal spheres (i), from myospheres (ii), and from pneumospheres (iii) (scale in millimeters). Each teratoma-like cell mass contained tissues representative of all three germ layers. Teratoma-like tissue from spinalspheres (B) contained nerve (i) expressing betaIII-tubulin (ii) (ectoderm), muscle (iii) expressing desmin (iv) (mesoderm), and duct-like structure (v) expressing FOXA2 (vi) (endoderm). Teratoma-like tissue from myospheres (C) contained epithelium (i) expressing pancytokeratin (ii) (ectoderm), muscle (iii) expressing a-smooth muscle actin(iv)(mesoderm),and a duct-like structure(v)expressing FOXA2(vi)(endoderm).Teratoma-like tissue from pneumospheres (D) contained epithelium (i) expressing pancytokeratin (ii) (ectoderm), cartilage (Ct) (iii) demonstrating safranin O staining (iv) (mesoderm),and gland-like structures(v)expressing FOXA2(vi) (endoderm). Scale bars:50&micro;m.

868翻訳機:2018/04/11(水) 11:00:13
グッ。
>>
図6. 球状体形成細胞の生体内分化実験。(A)は、神経球状体(i)、筋球状体(ii)および肺球(iii)由来のテラトーマ様細胞塊(単位ミリメートル)。 各奇形腫様細胞塊は、三胚葉すべてを代表する組織を含んでいた。(B)は、βIII-チューブリン(ii)を発現する神経(i)(外胚葉)、デスミン(iv)を発現する筋肉(iii)(中胚葉)、およびFOXA2 (vi)を発現するダクト様構造(v)(内胚葉)を含む脊髄球状体由来テラトーマ様組織。(C)は、汎サイトケラチン (ii)を発現する上皮(i)(外胚葉)、平滑筋肉アクチン(iv)を発現する筋肉(iii)(中胚葉)、およびFOXA2(vi)を発現するダクト様構造(v)(内胚葉)を含む筋肉球状体由来テラトーマ様組織。(D)は、汎サイトケラチン (ii)を発現する上皮(i)(外胚葉)、サフラニンO染色(iv) を示す軟骨(Ct) (iii)(中胚葉)、およびFOXA2 (vi)を発現する腺様構造(v)(内胚葉)を含む肺球球状体由来テラトーマ様組織。 スケールバー:50μm。

869小野小町:2018/04/11(水) 11:04:38
Aに示されている足場テラトーマの大きさは<直径200&micro;mのポリグリコール酸繊維の
不織メッシュからなる3x3x1mmのシート上に播種し、>たことによる影響の可能性が
高いのね。後にあるように必ずしもESテラトーマとの大きさの原因が彼女の書いて
いる通りかどうかはまだ議論の余地がありそうね。

870在原業平:2018/04/11(水) 11:06:26
彼女の学生時代の専攻は常田教授の教えていた化学分野だね。

871デラ・ストリート:2018/04/11(水) 11:08:51
細かいことは後にして、続きだわ。
>>
Differentiation potential of cells in vivo
When implanted subcutaneously into NOD/SCID mice, spheres generated from cells procured from each of the three germ layers demonstrated the potential to form tissue-like teratoma containing cells representative of all three germ layers. The tissues generated were encapsulated and easily resected. Each explant was *25mm3 (Fig. 6A). Individual explants contained cells representative of all three germ layers. Tissue generated from spinal spheres contained nerve (ectoderm; Fig. 6Bi, Bii), muscle (mesoderm; Fig. 6Biii, Biv), and duct-like tissue (endoderm; Fig. 6Bv, Bvi). Tissue generated from myospheres contained epithelium (ectoderm; Fig. 6Ci, Cii), muscle (mesoderm; Fig. 6Ciii, Civ), and ductlike tissue (endoderm; Fig. 6Cv, Cvi). Tissue generated from pneumospheres contained epithelium (ectoderm; Fig. 6Di, Dii), cartilage (mesoderm; Fig. 6Diii, Div), and gland (ectoderm; Fig. 6Dv, Dvi). Specific tissues were identified using immunohistochemical techniques. Nerves were identified using beta III-tubulin, epithelium identified using pancytokeratin, and muscle identified using desmin and myosin. Duct-like structures and gland were identified using FOXA2.

872翻訳機:2018/04/11(水) 11:09:41
>>
細胞の生体内分化能力
NOD / SCIDマウスに皮下移植した結果、それぞれの三胚葉から調達された細胞から形成された球状体は、三胚葉全てを代表する細胞を含むテラトーマ様細胞の形成能を示した。<tissue-like teratoma →teratoma-like tissue> 生成された組織はカプセル化されており、容易に切除された。各移植片は最大25立方ミリであった(図6A)。 個々の移植片は三胚葉全てを代表する細胞を含んでいた。 脊髄球から形成された組織は、神経(外胚葉;図6Bi、Bii)、筋肉(中胚葉;図6Biii、Biv)および管様組織(内胚葉;図6Bv、Bvi)を含んでいた。 筋肉から形成された組織は、上皮(外胚葉;図6Ci、Cii)、筋肉(中胚葉;図6Ciii、Civ)および管状組織(内胚葉;図6Cv、Cvi)を含んでいた。 肺球から生成された組織は、上皮(外胚葉;外胚葉;図6Di、Dii)、軟骨(中胚葉;図6Diii、Div)および腺(外胚葉;図6Dv、Dvi)を含んでいた。 免疫組織化学的手法を用いて特定の組織を同定した。神経は βIII-チューブリンを用いて同定し、上皮は汎サイトケラチンを用いて同定し、筋肉はデスミンおよびミオシンを用いて同定した。 ダクト様の構造および腺はFOXA2を用いて同定した。

873小野小町:2018/04/11(水) 11:11:28
図6のリジェンドに対応する本文記載ね。

874デラ・ストリート:2018/04/11(水) 11:13:13
テラトーマ記載に関しては最後の箇所よ。
>>
Discussion

Although the spheres in this study described were capable of generating teratoma-like tissue, the transplanted cells did not form large teratomas as did ES cells, nor they did express Eras in vitro as ESCs,[31] which suggests that the teratoma-like tissue they generate may be very different from true teratomas generated from ESCs. In addition, the cells studied did not express the trophectoderm marker Cdx2[32 ]or also associated with ESCs. These differences of gene expression pattern may explain the differences of the biological function between ESCs and adult stem cells in this study.

875翻訳機:2018/04/11(水) 11:14:43
>>
検討

この研究の球状体はテラトーマ様組織を形成することができたが、移植された細胞はES細胞ほどには大きなテラトーマを形成せず、また試験管内実験でES細胞のようにErasを発現することはなかった[31]。それは球状体の作り出したテラトーマ様組織が ES細胞から形成される真のテラトーマとは大きく異なる可能性を示唆している。 加えてここで研究された細胞は栄養外胚葉マーカーであり、またES細胞にも関連しているCdx2「32」を発現しなかった。遺伝子発現パターンのこれらの違いは、ES細胞とこの研究における成体幹細胞との間の生物学的機能の差異を説明しているのかもしれない。

876デラ・ストリート:2018/04/11(水) 11:16:44
参考文献の31と32は以下よ。
>>
31. Takahashi, K., Mitsui, K., and Yamanaka, S. Role of ERas in promoting tumour-like properties in mouse embryonic stem cells. Nature 423, 541, 2003.
32. Ralston, A., and Rossant, J. Genetic regulation of stem cell origins in the mouse embryo. Clin Genet 68, 106, 2005.

877翻訳機:2018/04/11(水) 11:20:22
その翻訳はいいでしょ。小保方さんは参考文献を33本挙げている中の二つだね。
彼女はヴァカンティ研に来て課題を与えられてから一週間くらい毎日20本前後の
関連論文を読み込んだと手記で言ってるから、その中の33本だろうね。

878小野小町:2018/04/11(水) 11:21:29
頑張り屋さんなのね。

879在原業平:2018/04/11(水) 11:30:51
論文ってこのティシュー論文でも10P程度だからね。長くても数十Pでしょ。毎日
20報って多くて1000Pだよね。ドストエフスキーの「罪と罰」って700Pくらいでしょ。
夢中になると布団の中に入ってから夜通し読んじゃうよね。全集は21巻だね。
大体1か月あると余裕で読んでしまうでしょ。そういうのと比較してそれほど大騒ぎ
するほどの頑張りでもないんだけどな。宣伝のために何か大げさに言われてたよな。
そういうのの反動もあるんでしょ。
夢中になったら誰でもあるようなことに過ぎない。彼らにとって
専門用語のむつかしさなんてのはないからね。我々が日常言語で小説読むのと
同じだ。

880ドクター・ワトソン:2018/04/11(水) 11:36:18
ESはErasもCdx2も発現しているけどスフィアからの発現は無いんだね。

881シャーロック・ホームズ:2018/04/11(水) 11:46:10
そこのところはこれからやるんだな。和モガさんとかTSさん達のやってることや、
丹羽論文の検証実験結果と比較しながらね。ここでは今テラトーマに関してだけ
論じようぜ。この細胞の大きさが小さいということには足場の大きさがちょうど
その程度だということがあるね。これも考慮されないといけないだろうね。
もっと大きくしたら比例して大きくならないかとね。ただ、12/27Harukoで彼女は
同じ大きさの足場を使ってるくさいね。つまり、彼女は帰国してこのテラトーマを
切り出した時、これは変だと気付いた可能性がある。我々が以前から引っかかっているのは
このことなんだけど、ティシュー論文読んでるやつがそもそもすくないからね。
全く論じられていない。金髪さんだけだね。以前このことを指摘したのは。
小保方さんは分かってたんだというニュアンスの書き込みがあった。

882小野小町:2018/04/11(水) 11:47:36
ふむ。お昼ね。

883イェイ:2018/04/11(水) 11:49:26
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😔 😳 😡 😱 🐝 🌅 👰 🙅 🙍
🙋 👩 👮 👪 🙇 🙈 🙊 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 
👏 👣 👅 💋 🐦 👻 💩 🌠 💚 💜 💙 💞 💓 💖 💕 
🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 🎶 🎵 🎧 🔊 📞 🔫 🚓 🍸 ☕  
🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 💸 💐 🚨 
🏣 🏢 🚢 🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🏊 ♨ 🎲 🎌  
🎳 🎢 🌁 🌟 💢 
🍷 ❗ 💡 ☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ 🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 💨

884Oob:2018/04/11(水) 11:52:24
たいてい、擁護の書き込みに
ツッコミしてくるのに
私が学さんちで
論文と桂報告との齟齬の報告には、
ツッコミが入らないですね
Lさんも沈黙

885名無しさん:2018/04/11(水) 15:03:38
>>884
>>たいてい、擁護の書き込みに
ツッコミしてくるのに
私が学さんちで
論文と桂報告との齟齬の報告には、
ツッコミが入らないですね

みんな、あなたみたいに暇じゃないんでしょ
木星、渋谷、コアラ以外は擁護も沈黙

886名無しさん:2018/04/11(水) 15:35:44
反論できないから沈黙している。認めているということです。認めないなら
論理で対抗してくね。暇のあるなしではない。好きな人からダイヤの指輪と
真珠のネックレスをいただいた。たまたま真珠の専門鑑定人が遊びに来てたから
確認してみたら模造品だった。まだ調べてはいないが、ダイヤの方が安物の
人工ダイヤではないと信じる女性はいないでしょね。

887名無しさん:2018/04/11(水) 15:37:19
>>886
何を認めるの?

888名無しさん:2018/04/11(水) 16:51:27
証拠能力の判定よ。日本語理解力の問題なんでしょうかね。
>>
好きな人からダイヤの指輪と真珠のネックレスをいただいた。たまたま真珠の専門鑑定人が
遊びに来てたから確認してみたら模造品だった。まだ調べてはいないが、ダイヤの方が安物の
人工ダイヤではないと信じる女性はいないでしょね。

889名無しさん:2018/04/11(水) 17:00:11
真珠のネックレス=ntESg1,G2(ラベル・論文129/B6→調査結果129/B6)模造品だ。
ダイヤの指輪=FES(太田証言129Ter→調査結果129X1)若山さんがFLSと入れ替えたんじゃないの?

890名無しさん:2018/04/11(水) 17:03:17
Ooboeさんの言ってることがまずは理解できましたか?
>>
私が学さんちで論文と桂報告との齟齬の報告には、ツッコミが入らないですね

891名無しさん:2018/04/11(水) 17:26:54
>>真珠のネックレス=ntESg1,G2(ラベル・論文129/B6→調査結果129/B6)模造品だ。
ダイヤの指輪=FES(太田証言129Ter→調査結果129X1)若山さんがFLSと入れ替えたんじゃないの?

馬鹿かw
そんなことしても、誰かが京大からFES1を取り寄せて解析に出したらアウトじゃんw

ていうか、なんで、誰もそうしないの?w

892名無しさん:2018/04/11(水) 17:36:40
あなたはOoboeさんのパートナー氏が太田さんに問い合わせをしている事実も知らないの?
今まで何を読んできているの?理研の総務も後から取り寄せたとされるFES2とntESG2に関して
その入手ルートを答えない。あなたはその疑問を理研にぶつけなさい、
>>
馬鹿かw
そんなことしても、誰かが京大からFES1を取り寄せて解析に出したらアウトじゃんw

ていうか、なんで、誰もそうしないの?w

893名無しさん:2018/04/11(水) 17:43:01
だから君が京大からFES1を取り寄せなさいよ

それで解析に出せばいい

894名無しさん:2018/04/11(水) 17:44:52
>>理研の総務も後から取り寄せたとされるFES2とntESG2に関して
その入手ルートを答えない。

だから?

信用できない相手に答えるは必要ない

895名無しさん:2018/04/11(水) 17:46:06
まあ、14日、せいぜいがんばったら?

どれだけお客が来るか楽しみにしてるわ

896名無しさん:2018/04/11(水) 17:52:43
>>
だから君が京大からFES1を取り寄せなさいよ

そんなことしなくても理研が取り寄せてるんだから理研がどこからという
入手ルートを答えれば済むことだ。君は頭が悪いんだから私はというべきだ。

>>信用できない相手に答えるは必要ない
情報公開法に則って請求しているんでしょ。理研に信用できないなんて言われて無いぜ。
勝手に理研を代弁するなよ。

897名無しさん:2018/04/11(水) 17:53:48
>>895

あの姉さんは逮捕されるだろうね。

898名無しさん:2018/04/11(水) 18:01:39
>>895

ん?
Ooboeさんの言ってることがまずは理解できましたか?
>>
私が学さんちで論文と桂報告との齟齬の報告には、ツッコミが入らないですね

899名無しさん:2018/04/11(水) 18:07:20
>>895
ん?
何を認めるのか分かったの?

>>
証拠能力の判定よ。日本語理解力の問題なんでしょうかね。
>>
好きな人からダイヤの指輪と真珠のネックレスをいただいた。たまたま真珠の専門鑑定人が
遊びに来てたから確認してみたら模造品だった。まだ調べてはいないが、ダイヤの方が安物の
人工ダイヤではないと信じる女性はいないでしょね。

900名無しさん:2018/04/11(水) 18:09:32
>>895

ん?
もう終わりなんですか?
上の意味は以下なんですよ。

>>
真珠のネックレス=ntESg1,G2(ラベル・論文129/B6→調査結果129/B6)模造品だ。
ダイヤの指輪=FES(太田証言129Ter→調査結果129X1)若山さんがFLSと入れ替えたんじゃないの?

901名無しさん:2018/04/11(水) 18:12:20
Ooboeもあなたも擁護の反応がないので焦ってるねw

902名無しさん:2018/04/11(水) 18:12:27
>>
反論できないから沈黙している。認めているということです。認めないなら
論理で対抗してくね。暇のあるなしではない。好きな人からダイヤの指輪と
真珠のネックレスをいただいた。たまたま真珠の専門鑑定人が遊びに来てたから
確認してみたら模造品だった。まだ調べてはいないが、ダイヤの方が安物の
人工ダイヤではないと信じる女性はいないでしょね。

ということでいいですね。

>>
まあ、14日、せいぜいがんばったら?

どれだけお客が来るか楽しみにしてるわ

903名無しさん:2018/04/11(水) 18:13:43
>>
反論できないから沈黙している。認めているということです。認めないなら
論理で対抗してくね。暇のあるなしではない。好きな人からダイヤの指輪と
真珠のネックレスをいただいた。たまたま真珠の専門鑑定人が遊びに来てたから
確認してみたら模造品だった。まだ調べてはいないが、ダイヤの方が安物の
人工ダイヤではないと信じる女性はいないでしょね。

ということでいいですね。

>>
Ooboeもあなたも擁護の反応がないので焦ってるねw

904名無しさん:2018/04/11(水) 18:15:13
>>886
何を認めるの?

お礼は?チンチンしなさい。

905名無しさん:2018/04/11(水) 18:19:35
早くチンチンして!お手って言ってるでしょうが!

906名無しさん:2018/04/11(水) 18:23:57
あのねえ、いうこと聞かないぶっさいくっな犬ですねえ。

907名無しさん:2018/04/11(水) 18:25:11
ブス犬!

908名無しさん:2018/04/11(水) 18:26:39
早くチンチンしろよっ!

909名無しさん:2018/04/11(水) 18:33:48
序ですが、事務さんの問い合わせにもまだお答えがないようですね。これもチンチンですか?
>>
840: ジム ◆L2homMtBOk :2018/04/11(水) 07:41:55
>>808
>>いずれ山梨大学の学生の保護者たちが大学にクレームをつけるだろう
>>あの若山氏を大学から追放してくださいと

> ジムは馬鹿だな
> お前のこのコメントがどういう結果を生むかw

どういう結果を生むか意味がわからん
教えてくれ

910名無しさん:2018/04/11(水) 18:39:07
和モガさん、DORAさん、TSさんともに微妙に立場がお違いのようだが
中身の取り換えは以前から疑義をお持ちなので今更反応もないんでしょうね。
それよりも答えなければならないのは若山さんでしょ。チンチンなさるかな?

911名無しさん:2018/04/11(水) 19:01:45
124 名前:名無しゲノムのクローンさん (ワッチョイ 1ae8-zB+D) 2018/04/11(水) 15:13:29.62 ID:zzzuqU7R0
アマゾンで佐藤氏も和モガ氏もけちょんけちょんにやられてるw


ttp://www.amazon.co.jp/gp/customer-reviews/R160CNGR61IO8U/ref=cm_cr_getr_d_rvw_ttl?ie=UTF8&ASIN=4120050645

912名無しさん:2018/04/11(水) 19:02:57
「小保方晴子日記」にみるリケジョの星はなぜ注目されたのか

ttps://jisin.jp/serial/%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%83%A1/oshimarie/33886

913名無しさん:2018/04/11(水) 19:35:03
>>912

ヤフコメが酷い

ここまで嫌われちゃうとな〜

ttps://headlines.yahoo.co.jp/article?a=20180411-00010015-jisin-ent

914名無しさん:2018/04/11(水) 20:07:15
チンチンしなされや。

915自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2018/04/12(木) 00:34:52
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!

916 地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう:2018/04/12(木) 03:59:24
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917在原業平:2018/04/12(木) 04:00:11
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

918小野小町:2018/04/12(木) 04:02:30
お気に入りはOoboeさん余韻だわ。TSさんが意味深なこと書かれているわね。

919在原業平:2018/04/12(木) 04:07:35
これだね。
>>
①Letter Fig2-b FI-SCの樹立 (CAGと言い張る方もいますが)
・撮影者
・撮影日時(樹立年月日)
・サンプルの所在
が、判明すれば真相に近づく。
2018/4/10(火) 午後 10:56[ Ts.Marker ]返信する
②ChIP-seqではなく、Tru-seq 熱くなると危ないな。どこぞでアク禁なった時のように。ChIP-seqは若山研時代。
コンタミとされたTru-seqのFI-SCはESとTSの混ぜ物と確定されたわけではい。あくまでもES様細胞(B6)とTS様細胞(CD1)というだけ。
ES様細胞(B6)は、GOF-ESと判定されてもいないし、STAP特有のsox21の発現が濃厚。
2018/4/11(水) 午後 10:17[ Ts.Marker ]返信する

920小野小町:2018/04/12(木) 04:08:43
①は私たちが今TSブログ検討の途中にある先に見えてるものね。
②はどういう意味なの?

921在原業平:2018/04/12(木) 04:10:43
学さんが即反応されたね。
>>
> Ts.Markerさん
いらっしゃいませ。
>Tru-seq 熱くなると危ないな。どこぞでアク禁なった時のように。
これって、どういう意味ですか?
せっかくなら、熱く語ってくださいよ。
ノフラーブログで熱く語る気はないのですか?
2018/4/11(水) 午後 11:09返信する

922小野小町:2018/04/12(木) 04:37:16
説明してよ。
①ChIP-seqではなく、
②Tru-seq
③熱くなると危ないな。どこぞでアク禁なった時のように。
④ChIP-seqは若山研時代。
⑤コンタミとされたTru-seqのFI-SCはESとTSの混ぜ物と確定されたわけではい。あくまでもES様細胞(B6)とTS様細胞(CD1)というだけ。
⑥ES様細胞(B6)は、GOF-ESと判定されてもいないし、
⑦STAP特有のsox21の発現が濃厚。

923在原業平:2018/04/12(木) 04:41:38
TSさんがノフラーブログで提起した問題はFE-SCだろ。
>>
SRR1171565 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1
SRR1171566 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2
SRR1171567 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3
SRR1171568 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3
SRR1171569 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input

924在原業平:2018/04/12(木) 04:44:27
FE-SC→FI-SCね。

上二つがTru-seq、下三つがChIP-seqね。<やっぱりね>は下三つのChIP-seq分だわね。
①②は分かったわ。

925在原業平:2018/04/12(木) 04:48:54
小町ちゃん、僕の間違い訂正してくれるのはいいんだけど、僕の名前で書きこまないでね。
③は大昔彼が我々に注意してくれたことがあるよ。彼自身に何か経験があってアク禁になったんで、
それ以来<ほのめかし戦法>に方針転換したらしいよ。

926小野小町:2018/04/12(木) 04:50:48
④ChIP-seqは若山研時代。というのはどうなの?

927在原業平:2018/04/12(木) 05:00:35
竹市所長が言ったような意味での試料批判が桂調査のみならずTSさんにおいても
なされていないと思うよ。STAP細胞やES、TS細胞以外は、若山さんが去って後は
残存試料しかないので新たに作ることはできない。<ChIP-seqは若山研時代>というと
逆に<①ChIP-seqではなく、②Tru-seq >は笹井研時代なのかと誤解される。
これに関しては報告書にあること以上には言えないね。

928小野小町:2018/04/12(木) 05:02:56
これね。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテ ロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が 挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。 第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由 来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。

929在原業平:2018/04/12(木) 05:08:00
そうだ。
>>
一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、

ということだ。
二回目以降は笹井研時代だから新たなデータとしてFI-SCとTSのTru-seqデータが差し替えられた。

930小野小町:2018/04/12(木) 05:09:31
<④ChIP-seqは若山研時代。>というのは正しいのね。

931在原業平:2018/04/12(木) 05:10:09
正しいよ。

932在原業平:2018/04/12(木) 05:12:16
<①ChIP-seqではなく、②Tru-seq >は?

933在原業平:2018/04/12(木) 05:14:14
小町ちゃん、また僕の名前で書きこんでるぜ。
<①ChIP-seqではなく、②Tru-seq >だから何だということをTSさんは書いてないでしょ。

934小野小町:2018/04/12(木) 05:15:56
<④ChIP-seqは若山研時代。>という言葉が後に加えられると
<①ChIP-seqではなく、②Tru-seq >は笹井研時代と受け取られやすいわね。

935在原業平:2018/04/12(木) 05:17:52
分析されたのは2012年1月と6月だから小保方さんは笹井さんと論文のリヴァイズを
行っているときなんで、まさに笹井研時代で間違ってないでしょ。

936小野小町:2018/04/12(木) 05:19:00
<①ChIP-seqではなく、②Tru-seq >は笹井研時代と受け取られると何が問題なの?

937在原業平:2018/04/12(木) 05:20:07
分析された試料は若山研時代のFI-ESだ。

938小野小町:2018/04/12(木) 05:22:31
FI-ES→FI-SCね。

なるほど。TSは若山さんのコントロールではなくて丹羽研で新たに作ってやったもののようだけど、
FI-SCは新たに作れる人はいないのね。

939在原業平:2018/04/12(木) 05:25:35
そういうことだ。その理解の上で、
>>
⑤コンタミとされたTru-seqのFI-SCはESとTSの混ぜ物と確定されたわけではい。あくまでもES様細胞(B6)とTS様細胞(CD1)というだけ。

の意味を考えなければならない。

940小野小町:2018/04/12(木) 05:27:52
桂報告の結論のことを言ってるのね。
>>
(調査結果) FI 幹細胞の RNA-seq データと NGS 解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により 得られた SNPs データを詳細に解析すると、大多数のアレルは B6 ゲノム配列と一致する のに対して、5-10%程度のアレル頻度を持つ SNPs 箇所が多く認められる。これは大部分 の RNA-seq データが B6 ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持っ た細胞から取得された RNA-seq サンプルが少量混じっている可能性を示す(少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ(CD1 系統)と酷似している)

941在原業平:2018/04/12(木) 05:31:34
確定されたわけでは(な)いな=可能性を示す
あくまでもES様細胞(B6)とTS様細胞(CD1)=B6 ホモ系統マウス由来+TS 細胞の RNA-seq データ(CD1 系統)と酷似

942小野小町:2018/04/12(木) 05:33:14
それは分かるわ。
<⑥ES様細胞(B6)は、GOF-ESと判定されてもいないし、>はどうなの?

943在原業平:2018/04/12(木) 05:36:41
要するに、桂報告は小保方さんが学生にもらったGOFESと丹羽研に作ってもらったらしい
CD1=ICRのTSを混ぜたとほのめかしていることに対して何の証拠も出てないと言ってるんでしょ。

944小野小町:2018/04/12(木) 05:38:56
<⑦STAP特有のsox21の発現が濃厚。>については?

945在原業平:2018/04/12(木) 05:52:59
それについては後で検討することになるけど、まずこのSox21に関して小保方さんは
その発見に気づいていない。無論だから論文には書かれていない。また丹羽さんの
検証実験でも調べられていない。そもそもこれがTS特異的マーカー蛋白質であるか否かも
明確でない。以前引用したようにSTAP事件後にそういう論文が出ているが当時は
そういう報告はない。これを最初に見つけたのはどうやら遠藤さんのようだが、
それはデータ解析の結果TSとSTAPとFI-SCに発現が共通していたので、専門が外れて
いることもあって、これを勝手にTSの特異的発現蛋白だと論文の確認もすることなく
勢いで書いてしまった臭いね。

946小野小町:2018/04/12(木) 05:55:20
<TSとSTAPとFI-SCに発現が共通していた>というのはあなたの推測に過ぎないわね。
TSさんが例示しているのはTSとFI-SCだけだったわよね。STAP細胞のSox21のデータは
見てない。

947在原業平:2018/04/12(木) 05:56:26
<⑦STAP特有のsox21の発現が濃厚。>という記述から推測したのさ。

948小野小町:2018/04/12(木) 05:59:42
で、結局TSさんの書き込みの意図は?
>>
ChIP-seqではなく、Tru-seq 熱くなると危ないな。どこぞでアク禁なった時のように。ChIP-seqは若山研時代。
コンタミとされたTru-seqのFI-SCはESとTSの混ぜ物と確定されたわけではい。あくまでもES様細胞(B6)とTS様細胞(CD1)というだけ。
ES様細胞(B6)は、GOF-ESと判定されてもいないし、STAP特有のsox21の発現が濃厚。
2018/4/11(水) 午後 10:17[ Ts.Marker ]返信する

949在原業平:2018/04/12(木) 06:08:09
<STAP特有のsox21の発現が濃厚。>ということでしょ。小町ちゃん、君間違ってるぜ。
>>
SSR1171580 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1
SSR1171583 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3
のSox21の画像はあるぞ。無題<強引に並べてみました>2017/7/24

950小野小町:2018/04/12(木) 06:10:29
ああ、そうだったわね。でもTSさんどうして濃厚なんて曖昧な表現に変えたのかしら?

951在原業平:2018/04/12(木) 06:13:08
STAP細胞でも出てるのと出てないのがある。それと以前検討したようにSTAP細胞は
一旦全部若山さんに渡されたらその時に入れ替えが可能になる。戻ってきたときに
ntESが返ってきている可能性については我々は今ペンディングしているよな。

952小野小町:2018/04/12(木) 06:23:17
まず先に試料批判が必要なのね。

953ヘーゲル:2018/04/12(木) 06:25:13
本題頼むぜ。

954カール・ヤスパース:2018/04/12(木) 06:33:00
本題、何でしたっけ?

955デラ・ストリート:2018/04/12(木) 06:43:51
ティシュー論文にはテラトーマの大きさ比較に関する考察があって、小保方さんは
明らかにESのテラトーマと比較してスフィアのテラトーマライクは小さいと認識しているわね。
その原因考察の当否は別として、彼女はESのテラトーマとスフィアのテラトーマライクの
見た目の違いを一度経験しているのね。これが12/27Harukoの切り出し時に彼女に
疑念を抱かせた原因だわね。

956ペリー・メイスン:2018/04/12(木) 06:46:09
さて、何度でも繰り返し考え直すぜ。この問題はペンディングされていたよな。

957デラ・ストリート:2018/04/12(木) 06:58:37
この12/27Harukoの最大の問題は桂報告によってテラトーマではない体内組織切片の
切り出しがあったとされたことね。こんなことって普通はありえないことだからだわね。
解剖の初歩すらできないなんて。桂報告もまたトンマなことを考えたものだわね。

958在原業平:2018/04/12(木) 07:05:44
Ooboeさんの資料開示請求によって当時の小保方さんの動静が分かったんだったよね。
謝金支払のための勤務状況報告の類だね。
>>
①12/10(土曜日)から12/18(日曜日)の9日間 〇無し
②12/24(土曜日)から1/22(日曜日)の30日間 〇無し
③2012年1月度23日月曜から平日全て「まる」
④2月度、23日以外、平日全「まる」

959小野小町:2018/04/12(木) 07:09:03
12/27は渡米の準備のために切りよく土曜日から連続休暇に入っている中にある日ね。
彼女はテラトーマ作成のためのインプラントまで済ませてから渡米したのね。

960シャーロック・ホームズ:2018/04/12(木) 07:17:22
12/27は裸マウスの入 荷した日だ。これは理研の記録にもあって、小保方さんの
実験ノートにもある。

961名無しさん:2018/04/12(木) 07:30:48
Lさん、GJ!!

オーボエ、終わったな

962名無しさん:2018/04/12(木) 07:47:59
確かに終わった。つまらん話さ。

963孤舟:2018/04/12(木) 07:57:45
阿久裕から電話だ。ダムの下見だ。
Lさんは全然論文が読めてないし、桂報告のラベル確認もできてないうえに、
日経サイエンス記事との照合も、木星さんと太田さんとの電話も知らないようだね。
いきなりOoboexさんが指名するもんだから。あははは。

964つまらん話を見に来るな、間抜け。:2018/04/12(木) 07:59:19
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965名無しさん:2018/04/12(木) 08:05:58
コアラ、馬鹿だね

学ブログに記事立てしてもらわなければこのまま14日を迎えられたのに

擁護なんて誰も論文読めないんだからw

これで14日に行くアホはいないだろうw

966Oob:2018/04/12(木) 10:01:59
さすがに誠実なLさんですね

現役の研究者は、すぎ論文に辿れるんですね

それでとくに問題ないとLさんが思ったのは
桂報告書5ペ-ジが読めてないようですね。

967名無しさん:2018/04/12(木) 10:27:46
>>966

14日来てほしいから必死だね

さっさと学ブログでLさんに反論してくれば?

アイザーさんはなんて言ってたの?

968名無しさん:2018/04/12(木) 11:42:49
>>967
君も大阪で近いんだから神戸においでよ。

969イェイ。:2018/04/12(木) 12:28:38
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970在原業平:2018/04/12(木) 12:29:28
小町ちゃん、コーヒーね。

971小野小町:2018/04/12(木) 12:30:58
あら、早いわね。Ooboeさんが見えてたわ。

972在原業平:2018/04/12(木) 12:36:36
高台の山上湖も巣離れしてはたき場を回遊し始めている。今日のは40上15枚くらいの群れだね。
まだ小さい。釣り場も切り開いてきたから明日の朝早くに竿出しするよ。ガツンと50上が
来るかもね。ひひひ。僕はドリーマーだからね。
Ooboeさん、Lさんは論文も流し読みみたいね。あなたが急に呼び出すからだよ。

973小野小町:2018/04/12(木) 12:40:33
これね。
>>
①何故に私が名指しされているのか、理解し難いのですが、
②ご指摘の点について、論文を遡ってみました。
③2008年論文記載の、129B6F1バックグラウンドのセルトリ細胞からの核移植で作られたES細胞は、2005年の論文を引用する形で説明されています。
④ところが、その2005年の論文を見ても、核移植の過程しか記載されておらず、そこからES細胞を樹立したとは書かれてないように思うのですが。
⑤桂報告書では129B6F1G1の樹立日は2007年8月となっており、時期も一致しません。
⑥単に、桂報告書で記載されている129B6F1G1と、2008年の論文に記載されている129B6F1G1が、異なる細胞であるという事ではないですかね?
⑦あるいは、2008年の論文に記載されている129B6F1G1は、2005年の論文に記載されているセルトリ細胞の核移植由来ではなく、別の機会にB6N129terバックグラウンドの核移植で作成されたES細胞という理解で良いのではないでしょうか。
⑧個人的には大した問題とは感じませんが、
⑨相澤先生の反応はどんな感じだったのでしょう?
2018/4/12(木) 午前 4:14[ L ]返信する

974在原業平:2018/04/12(木) 12:55:40
①は僕にも理解しがたいけどOoboeさんが信頼している人という意味かな。
和モガさんとかTSさんは簡単には返事くれないだろうからな。②は題名も
サイトも指定してあるからも誰にでも遡れる。③は正しく読まれているが、
引用だけでなく親の雄雌も再度確認してある。④は書いてあるんで、
急いで読んでるんで読み落としているんだよね。ここは我々は何度も
やったところだね。周いわゆる周回遅れ甚だしいということね。でも、今まで
このことを考えたこともないだから当然だよ。今初めて気づいて、これからなぜ
これがおかしいのかを考え始めるわけだ。⑥は日経サイエンスに太田さんが
説明しているよね。⑦はOoboe さんが気づいたように<桂報告書5ペ-ジが
読めてない>んだけど、それは最初のころは全員が疑問に思わなかったところだよね。
Lさんは今もそのままということだ。

975小野小町:2018/04/12(木) 12:57:25
5Pってここね。細胞表の4Pの注も同じ事実ね。
>>
他方、同じ Acr-GFP/CAG-GFP の挿入を持つ ES 細胞 ntESG1、および ntESG2 の X 染色体は C57BL/6 であることが判明したことから、調 査対象の STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1 と性染色体の構成が異なるため、これ らは比較解析の対照から除外された。

976在原業平:2018/04/12(木) 13:00:07
中身の違うサンプルを提出されていると認めているにも関わらず、同時に
提出されているFESに関しては比較対象から除外しなかったのはなぜだい?

977小野小町:2018/04/12(木) 13:18:18
FLSは129/B6だったが、ntES-GはB6/129だったからFLSではないから除外した。
FESは129/B6だったからFLSと同じだったのでこれではないかと調査した。そういう意味の
除外だわ。提出されているサンプルの中身が一方は入れ替えられているのだから
他方の入れ替えも疑って調査しなければならなかったのにそうしなかった馬鹿さ加減ね。
警察も裁判官も笑うところね。
和モガさん、DORAさん、TSさんと最初からFESの中身はFLSだと疑ってるのよね。誰でも
疑うことを、一方は模造品の真珠だと分かっているのにもう一つもらったダイヤは
本物に違いないと疑いもしないという理研のトンマ天狗ね。

978在原業平:2018/04/12(木) 13:22:35
そういうことだね。ただ誤読というか、読み過ごしがあるんで先にそれを繰り返そうかな。
ここに書かれいてると気付かれたらまた疑義も深まるんじゃないのかな。書かれてないと誤解してると
いよいよ気づかないということになる。

979:2018/04/12(木) 13:30:24
んじゃ、狭くなったから河岸替えだ。

980イェイ:2018/04/12(木) 13:31:18
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981自死の自由を! 安楽死施設をつくりましょう!:2020/02/22(土) 01:37:16
自死の自由を!

安楽死施設をつくりましょう!


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